Diane's e-mail patches and my inventory item _assign_uuid patch.

wsgi print error fixed.

remove spurious debug print statement

Report who the site managers are for the BCC
also include the affiliations email as one of the entities being notified
about a library.

Added control_lane column to Flowcell.
 * updated upgrade_v0.2.6_to_v0.3.py script to update flowcell table.

No printing allowed; fixed.

Now adding a user adds the key linking the htsuser object to the auth_user object.

(I overrode the user admin class and two supporting forms.)

Implemented custom templates by inventory type using PrinterTemplate object.
  * bcmagic app now has a Printer object which stores useable printers
  * PrinterTemplate links Item Type, Printer, and Template together.
  * Templates now stored in db in PrinterTemplate object.

Implement a send started email feature.

The UI is linked to from the admin page by overriding the django
admin change_form for experments/flowcell to include an new link
in the object-tools block.

The actual page is implemented as a custom view. Its designed to
render the emails to a preview page, and then, at the bottom
of the page there's a button to actually send the emails.

It'll re-load the page but with a small status message about
what happened with the email in question.

Additionally this requires that users be attached to affiliations
and that users have email addresses.

I forgot we were also going to extract an email address from the
affiliation as well, if it was set.

Reorder imports in model to make me happy.
(stdlib -> large dependencies -> app specific parts)

Update user db when doing update.

Use hasattr instead of checking for django version number to check
for the new admin.site.urls (django 1.1 compatibility)

Finished removing bcprinter module by moving what little code there
was to the bcmagic module. Removed app from settings. Fixed major bug
that I just created (and fixed) that caused only admin views to work.

Moved bcprinter.util to bcmagic.util.

Moved bcprinter/util.py to bcmagic/util.py

Hard Drive Shell label made by Lorian; templatized by me.

Admin compatibility for changes in Django >= 1.1.

Forgot to update one request to request.REQUEST variable lookup

Convert stanford/hudson alpha's updStatus to work with django 1.0.2's
WSGIRequest objects.

(Mostly this means accessing request.REQUEST instead of just request)

Also I changed the user restriction from 'rami' to is_superuser, as for
some reason the user variable attached to the request is an actual django
user.

Update hudson alpha's eland config file generator to work with the
lane table.

Update eland_config generator to work with the new seperate lane table

Update Rami's flowcell report to work with our new seperate lane table.

Add a custom (inherited) user object named HTSUser to the samples table.
This is so I can attach users (and their email addresses) to the
affiliation object.

Fix code where the python str() function had been overridden with a
string named str.

Lorian's request for a thin comment field implemented.

Lorian's requested filter by status; requires at least 2 status types.

New way of accessing pM for a lane in _summary_stats

Lane number fix for _summary_stats function and library_to_flowcells view

New lane model patch for library_to_flowcells view.

Converted Brandon's scripts into a single python script that doesn't require
a previous version to run. It may however still require running syncdb.

It also improves on my first attempt of just using straight SQL to split the
flowcell into flowcell + lanes table in that now all the lanes for a single flowcell
are all next to each other.

Move Brandon's upgrade script in with all the other upgrade scripts.

Making it more clear what the script does.

Script for conversion of db; start of fixes brought on by changes to the db.

print killing wsgi; minor fix.

New Lane Table migration progress.

Barcode Magic Initial Data

Minor update.

Lorian supplied quick fix for 32 char UUIDs.

Lorian requested item search box

ReadPreps can also use the netcopy complete flags which causes problems
so I needed to force the "completion file" to be only checked in the root
of the runfolder.

Moved from ext-3.0-rc2 to ext-3.0.0.

Allow specifying the we're finished sequencing file in the config file.
(Currently the default is netcopy_complete.txt, but that might not be a good
choice).

While I was in there I changed it to catch the current event, and set a
completed flag in the event instead of just directly sending the
sequencingFinished message.

I also put some effort into trying to only send startCopy messages for
things that look like runfolders, both by not sending a copy message
for the root of the watch directory and by checking to see if the
top level directory that contains the event looks kind of like a runfolder
name. (AKA "[0-9]{6}_" )

Lorian requested save_as feature in admin interface.

Prototype of bcmagic search plugin.
 * Works for inventory item object.

Adding ReagentLibrary & ReagentFlowcell tables in Inventory App.

Attempted linking to archived hard drive.

Attempted linking to archived hard drive.

Update to item summary now displays Long Term Storage information if exists.

Updated inventory to support display of inventory items based on uuid/barcode_id scans.

Made Diane's suggest json problem fix for python 2.5/2.6 support... now using simplejson for <= python 2.5.

Added a subtle but useful | to the toolbar

Added a subtle but useful | to the toolbar

NOTE: settings.py update:
  Will need to include a section as follows to ini file:

[bcprinter]
printer1_host=<ip_address>
printer1_port=9100
printer2_host=<ip_address>
printer2_port=9100

Added a simple way to print out a label on inventory item summary
page. Needs major improvement on this page, but went for getting
labels printed to start with.

Disabled menu selection when not logged in.

Added start of inventory summary view and cleaned up inventory template location

Add LibraryType option, (this will probably require a dump/reload)

And you'll probably need to do it before updating to this version of the
database

Change the cluster station default to the current working cluster station.

Allow cellline and conditition to be blank [ticket:115] [ticket:105]
However this requires a dump and reload of the database to work.

This saves the data as a django 'fixture'
python manage.py dumpdata samples > /tmp/sampledata.json
python manage.py sqlreset samples | sqlite3 [path to db]
python manage.py loadddata /tmp/sampledata.json

Auto resizing for grids based on collapsing and resizing of other components

Provide a dummy eland result lane class if there's nothing appropriate in the xml
files. Though this produces blank records in the library page, at least the
program doesn't crash.

Behold the power of ExtJS grids! Muhahaha! =o)

auto height test.

two json modules... one for 2.5, one for 2.6... util that just works.

Start of inventory app page.

Activating bcmagic model & initial data.

Pulling in barcode magic from sample tracker and starting to update it to use ExtJS

Libraries Detail View integrated.

Fixed dynamic east panel code

CSS fix broke non-library index views; fix for fix.

CSS fixes for library index

Migrating the west panel menu to a 2nd toolbar menu.

CSS fixes

Made a dynamic way of adding div dynamically to the east panel.
  * see app_base.html template for example.

Sample Tracker EXTJS frontend merge part 1

The url validation code wasn't working on python2.4
the problem where rpc exception are being eaten by something is getting
really annoying.

Schema update to inventory

Send the specific directory that needs to be copied in the startCopy message.
Also I changed it to send "urls" which need to match in both spoolwatcher
and copier. (as security feature it checks to make sure the rsync
directory it got over the network matches one of its internal list)

I started using ResultLane, so stop treating it like an abstract class.
I needed to initialize the ELAND class with something for the older
run xml files which don't have eland results initialized, So I initialized
some default values so the website wouldn't crash when accessing
these older files.

Add support for extracting data out of Illumina's new RTA runfolder.
I dropped extraction of matrix & phasing for the moment, no one was
looking for them, and I need to go back to one matrix per lane
for RTA Intensity directories. I'm also not sure where the phasing
information might be being stored.

Another weakness is if there is a firecrest directory the run scanning
wasn't finding the intensities directory.

Add a hack to add a frontend section if not present
This will allow the django test code to run on systems that aren't
setup to run the web site.

Loading really old run xml files caused the website to crash
with an attribute error.

frontend/samples/views.py line 220 had
  eland_summary = run.gerald.eland_results.results[end][lane_id]

However really old run.xmls lacked any eland_results so
I added some code to add dummy entries if the Eland class
wasn't initialized.

Also this adds a bit of test code which at least tries to load
a couple run xml files.

Ignore *.py[co~] files to make svn status happier

Add stub uuid function to make this module import when running under python2.4

remove spurious debug print statements

Arg... spelling!

Once again, assumed I had a flowcell object when I actually had a dictionary!

Apparently we might be receiving None, so this check should fix it.

 * Fixed urls for result_fc_cnm_eland_lane and summaryhtm_fc_cnm functions.
 * Added listing of hard drives the results have been archived to on the "Raw Result Files" table.

Updated Library view to show an icon if a record exists showing that the library has been archived.

The error being thrown by benderjab changed slightly.

Split rsync initialization out of run so we can test
it better. (needed to support the previous changes to test/test_copier.py

Fixed a couple of problems.
The name/description wasn't being updated.
there was a typo in the name of the outstream.

Update test copier code for the changes in the copier config file.
(Support for multiple source destinations)

Icon added.
Removed unneed urllib module import (since we switched to urllib2).

Managed to use a urllib python 2.6 feature... converting code to work in 2.5

Minor package update.

Updated installtion script:
  * Was missing some newer django apps
  * Was missing mark_archived_data script

Allow searching by library name on the experiments/flowcell page

Improved debugging output.
  * added a -v/--verbose option
  * Report if a record already existed and therefore did not need to be updated

Fixed a minor logic bug... wasn't actually causing problems.

Moved hardcoded URL to it's proper place in the settings.py.
  * Supports Diane's config file feature. =o)