mussa_exceptions.hpp

   1 #ifndef _MUSSA_EXCEPTIONS_H_
   2 #define _MUSSA_EXCEPTIONS_H_
   3 #include <stdexcept>
   4 #include <boost/filesystem/exception.hpp>
   5
   6 //! base mussa exception
   7 class mussa_error : public std::runtime_error
   8 {
   9 public:
  10   explicit mussa_error(const std::string& msg): std::runtime_error(msg) {};
  11 };
  12
  13 //! Error processing commandline arguments
  14 class cmdline_error : public mussa_error
  15 {
  16 public:
  17   explicit cmdline_error(const std::string& msg): mussa_error(msg) {};
  18 };
  19 //! Error trying to save
  20 class mussa_save_error : public mussa_error
  21 {
  22 public:
  23   explicit mussa_save_error(const std::string& msg) :
  24     mussa_error(msg) {};
  25 };
  26 //! Error loading information
  27 class mussa_load_error : public mussa_error
  28 {
  29 public:
  30   explicit mussa_load_error(const std::string& msg) :
  31     mussa_error(msg) {};
  32 };
  33
  34 //! error doing a key lookup in the annotations class
  35 class annotations_key_error : public mussa_error {
  36 public:
  37   explicit annotations_key_error(const std::string& msg) :
  38     mussa_error(msg) {};
  39 };
  40
  41 //! Error loading sequence
  42 class sequence_load_error : public mussa_load_error
  43 {
  44 public:
  45   explicit sequence_load_error(const std::string& msg) :
  46     mussa_load_error(msg) {};
  47 };
  48
  49 // Empty sequence
  50 class sequence_empty_error : public sequence_load_error
  51 {
  52 public:
  53   explicit sequence_empty_error(const std::string& msg) :
  54     sequence_load_error(msg) {};
  55 };
  56
  57 // Empty fasta file
  58 class sequence_empty_file_error : public sequence_load_error
  59 {
  60 public:
  61   explicit sequence_empty_file_error(const std::string& msg) :
  62     sequence_load_error(msg) {};
  63 };
  64
  65 // Empty unrecognized characters
  66 class sequence_invalid_load_error : public sequence_load_error
  67 {
  68 public:
  69   explicit sequence_invalid_load_error(const std::string& msg) :
  70     sequence_load_error(msg) {};
  71 };
  72
  73 //! Incomprehensible comparison
  74 class sequence_invalid_comparison : public mussa_error
  75 {
  76 public:
  77   explicit sequence_invalid_comparison(const std::string& msg) :
  78     mussa_error(msg) {};
  79 };
  80
  81 //! Invalid strand identifier
  82 class sequence_invalid_strand : public mussa_error
  83 {
  84 public:
  85   explicit sequence_invalid_strand(const std::string& msg) :
  86     mussa_error(msg) {};
  87 };
  88
  89 //! Error loading sequence annotation
  90 class annotation_load_error : public sequence_load_error
  91 {
  92 public:
  93   explicit annotation_load_error(const std::string& msg) :
  94     sequence_load_error(msg) {};
  95 };
  96
  97 //! failure running analysis
  98 class mussa_analysis_error : public mussa_error
  99 {
 100 public:
 101   explicit mussa_analysis_error(const std::string& msg) :
 102     mussa_error(msg) {};
 103 };
 104
 105 //! failure running seqcomp
 106 class seqcomp_error : public mussa_analysis_error
 107 {
 108 public:
 109   explicit seqcomp_error(const std::string& msg) :
 110     mussa_analysis_error(msg) {};
 111 };
 112
 113 //! couldn't normalize a motif
 114 /*
 115 class motif_normalize_error : public mussa_error
 116 {
 117 public:
 118   explicit motif_normalize_error(const std::string& msg) :
 119     mussa_error(msg) {};
 120 };
 121 */
 122
 123 //! something went wrong loading a motif
 124 class motif_load_error : public mussa_load_error
 125 {
 126 public:
 127   explicit motif_load_error(const std::string& msg) :
 128     mussa_load_error(msg) {};
 129 };
 130
 131 //! ConservedPath::nextTo had two paths that weren't the same size
 132 class conserved_path_size_mismatch : public mussa_error
 133 {
 134 public:
 135   explicit conserved_path_size_mismatch(const std::string& msg) :
 136     mussa_error(msg) {};
 137 };
 138 #endif