add some newlines at the end of some of our files
gcc 4.2 complains about this.

conditionally build the paircomp tests

paircomp used the string find_first_not_of
so i needed to add it to my sequence class. (I'm trying to keep
my sequence class to look like an immutable string).

split unittests into seperate executables
ticket:208
I decided it was easer to debug my unittests when they were
in smaller pieces.

build paircomp if available

len(mussa.paths()) should equal the number of found paths
ticket:244
for some reason I was returning the number of sequences instead,
that is available as sequence_count.

Renamed size_t in NwayPaths to NwayPaths::size_type

Also I exported the various types of path size counts to the python layer

be resistent to not creating the browser
just on the off chance that MussaWindow.browser isn't created
test the pointer before trying to call it.
(AKA some left over debugging code)

make mussawindow initialize icons
this is also part of the useless try to stop qobject::moveToThread
warnings, but I decided it was a good idea for when qui/mussagl.cpp:main
isn't called because we were launched from a python extension.

try to reduce number of moveToThread warnings
I went off on a fools errand of trying to get rid of the QObject::moveToThread
warnings that Qt was spitting out when trying to prepare an icon.

Qt does prefer widgets to be dynamically constructed and to have their
parent widget set, which is what I tried to do to cut down on the
useless chatter.

(Note the chatter only happens on OS X when the frameworks have been installed
into the application bundle).

fix infinite loop for absolute pathnames
and add a --prelink-only update
and update to qt 4.2.2

provide get_py and get_py_ptr
I didn't like (*get_py)['name' as a way of getting a python namespace
object. So I changed get_py back to returning a reference by introducing
a new function get_py_ptr which creates the python singleton and returns
a pointer to it.

cut down on unnecessary linking to the python library

Allocating objects in the constructor causes problems
What do you know, being lazy and initializing Qt GUI objects in the
constructor cause problems. (AKA a segfault when running as a test case).

This patch allocates the various GUI objects in an actual function
(which is so the different contstructors can use the same initialization
code.

It looks like another coding standard to remember.

make compiled in python extension initialization more flexable
Because of weird library ordering issues, my test case that tested
running python code was looking for compiled in python modules that
weren't available yet it wouldn't link properly.

I solved this by making it possible to provide a list of what
compiled-in python extensions should be initialized when you launch
the interpreter, so the mussagl program, which does have all the right
components linked in is what is specifying what modules should be
provided to the python interpreter.

Now I just need to fix the build system so you can compile mussa without
all this python crud if needed.

And maybe decide how to launch the gui from a stanard python interpreter.

directly build the python extension modules
I learned about SET_TARGET_PROPERTIES( ... PREFIX )
to change the starting prefix for a library, which means
that I don't need to copy the libX.so to X.so to make something
a python importable module.

provide python interpreter for mussa qui via a seperate thread
helps ticket:201
Since both the python read-eval-print loop and Qt have their own
event loops one can't easily have a single threaded application
provide GUI code while still having an interpreter sitting around.
Additionally due to the limitations of OS X and Windows, the main
thread needs to be the GUI thread, so I needed to start the python
interpreter in a seperate thread.

I implemented several helper classes in qui/threading to help manage
creating threads. Currently it just provides a singleton interpreter
thread. The interpreter when started in its subthread will try to
initialize ipython, and if that fails will try InteractiveConsole
(I suppose I should've caught that failing, and then finally fell back
to the fgets read-eval-looop).

The way access to the GUI layer is handled is via a signal/slot thread
specific proxy class which holds a mussa analysis object and notifies
the copy in the main thread via a signal to create a new window using
the provided mussa object.

Access to some parts of the mussa object are thread safe, because I was
so enthusiastic about marking functions as const. All the other parts
are, shall we say, "up for grabs".

The other issue is I really need to improve the CMake scripts to be
a bit more robust about deteriming if python should be linked in.
(And one of my tests breaks because of this patch).

But since it works on OS X I want to know what it'll do on linux.
I'm pretty sure since a windows GUI app doesn't have a console that
it won't work on windows. (To say nothing of the command line
argument parser crashing under windows).

allow adding and viewing sequences to an analysis from python
this required a way to deal with the collection of sequences
returned by Mussa::sequences()

the python wiki had some suggestions (though their code didn't compile)
http://wiki.python.org/moin/boost.python/StlContainers

add python interface to seqcomp
which is actually provided by the class FLP

Finish off setting sequence offset user interface
ticket:111
I thought it would be better for the edit sequence properties action to live
under the main edit menu, instead of the popup menu.

Also I decided to use apply/close instead of ok/cancel as it seemed better
to make fiddling with the offset interactive.

And yes I probably should implement some graphical way of aligning the
sequences instead of just typing in offsets.

quick option to show sequence properties window

rename ok/cancel to okButton/cancelButton
so I can use cancel as a function name.

fix bad #ifdef names

more fs::native for user supplied paths
ticket:237
Give boost::filesystem more hints about what filenames were entered by the
user and thus conforming to native file conventions.

include sequence property editor source files
sorry tristan, I forgot to add the files.

allow copying files into a dmg
the manual is a .html file that needed to be copied into the dmg
which required a small update to osxdist.py

Mussagl Version number updated to 1.0
  * ticket #235

Win32 installer script update for 1.0
 * Updated installer for 1.0 version of mussagl

Mussagl Manual: 1.0 docs part 4
 * Updated motif file format
 * Updated UCSC Genome Broswer section slightly

Mussagl Manual: mussa_manual.adp updated for 1.0 docs
 * Updated for 1.0 documentation.

update CMakeLists.txt to build new SequencePropertiesWindow

update osxdist for qt4.2.1

move SubanalysisWindow code to a subdirectory

include filename in unparsable annotation error message
ticket:236

report filename for invalid fasta files
ticket:158

don't use staticly allocated widgets
dynamically create the widgets used in SequenceDescription

add include QCloseEvent to MussaWindow.hpp
wasn't needed but it was being used so this counts
as a bit more documentation

allow verticle scrollbar for sequence browser widget
ticket:182
if the window is smaller than the minimum useful scrollable browser
size start using a scroll bar.

compute the correct starting window size
ticket:233
try to compute a window size that will show the tracks as the
gl canvas decided to draw them.

use pointers for zoom spinbox in ZoomWidget

Mussagl Manual: Docs 1.0 (part 3)
 * Made link to SMN1 .mupa creation (ticket #170)
 * Documented deselecting tracks/paths. (ticket #213)
 * Fixed broken compile of rst2html from previous patch.

Mussagl Manual: Docs 1.0 updates (part two)
 * Updated Mac OS X install instruction. (ticket #168)
 * Documented why sub-analysis exists (ticket: #214)
 * Spelling err fix.
 * Hid changelog / major updates sections for future use. (ticket: #162)

Mussagl Manual: Updates for Docs 1.0
 * Moved UCSC tutorial toward end, but linked to from Obtaining Data section.
 * Added animated gif under dynamic threshold section.
 * Documented command line options. (tickets: #167, #225)
 * Mentioned Python existing in Mussagl. (tickets: #167, #227)
 * Updated repeats documentation. (tickets: #167)
 * Updated .mupa file format description.
 * Added note about .mupa comment character.
 * Added a create .mupa section for UCSC tutorial. (ticket:164)
 * Linked to Diane's OverlappingWindow wiki page (ticket:137)

Use Qt4.2 openUrl to show manual
ticket:217
This function means I can link to a website without using python.
So this patch disables building the python interpreter into mussa.
I'll make it optional when I actually make some progress in
interacting with mussa via python.

implement set window state
ticket:194
basically works, though I need to get mussa to notice when sequence
information has been changed.

include icon extension for os x bundle information

add copy sequence as string option
ticket:215
it turned out that the reson I couldn't paste was all the invalid
characters in the fasta representation of the sequence. This adds
a copy sequence option which just copies the sequence as an undecorated
string. (which does paste).

Of course this is now confusing as there's two copy options...

display number of basepairs copied
ticket:211
this also provides a quick and dirty way of counting number of base pairs.

Mussa Window Icon
 * Added mussa.png icon.
 * Added mussa.png to qrc file.
 * Added the icon to qApplication.

tagged release_1.0_rc3

Mussa Manual: spelling, wording, and grammer

call set_soft_threshold after subanalysis
ticket:216
this should make sure that all the match lines show up with you
first view a subanalysis. (Though perhaps not in the most
CPU efficient way.)

Enable Qt4 tests
ticket:207
To fix the problem generating the moc_Test files I stopped trying
to fake the .hpp file for moc, and renamed the qui/test/Test*.cpp files to
.hpp and added a very small .cpp file which included the header and
called the QTEST_MAIN or QTEST_APPLESS_MAIN macro.
APPLESS will work even if I don't have a working X server on linux, but
some parts of Qt require that the gApp be constructed.

add nl to end of 3 files

avoid multiple calls to setSoftThreshold
ticket:200
So I took the easy route and just wrapped a widet->setEnabled(false)
widget->setEnabled(true) around the setSoftThreshold code. Which should
hopefully prevent the possibility of calling setSoftThreshold before
the other call has terminated.

copy motifs to a new subanalysis
ticket:199
Also the second problem was that the motif_scan wasn't using the right
offsets to compute the motif start/stop locations.

fix motif loader under release build
tciet:163
It turns out that allocating a static class under a release build with a
static char might not be so reliable. This showed up as two problems
first was the test_algorithm unit test would fail.

The second was that the motif parser wouldn't work. In my efforts to
diagnose this I ended up moving the motif file parser to its own file
and splitting the spirit semantic actions up into multiple functors.
(functors remind me of anonmyous classes in java, useful but so annoying
synatacticaly).

Eventually I solved the problem by making the const char *alphabets
just available directly from the Alphabet class, as I couldn't figure out
a way to get the static function returning a reference to a static local
variable (which according to the C++ faq should've been allocated when called
and not before).

Sequence::rev_comp works on subsequences
ticket:197
Sequence::rev_comp when called on a Sequence which contained a subsequence
was actually reversing the entire sequence and not just the selected region.

To fix this I added rbegin and rend which return reverse iterators that
cover the subseq range and updated rev_comp to use them.

There's also some extra sequence unittests to make sure that rbegin/rend
work correctly. (and as a bonus loading several sequences out of one fasta
file works).

add to_upper_case to some sequence unittests
forcing sequences to all uppercase (though useful for doing seqcomps and
rendering) does mean that I needed to update tests to deal with the
differences from .get_sequence()

Mussa Manual: Screenshots + Performance section
 * Updated screenshots in the "view alignment" & "sub-analysis" sections.
 * Removed reference to build numbers (since this is for release 1.0)
 * Added an Understand Mussa section.
   * Added placeholder for algorithm performance.
   * Added documentation on the effects of repeats in DNA sequence on Mussa.
   * Added a placeholder for Diane's overlapping windows "interesting" case.

Mussa Manual: Deleting a Motif
 * Documentation on how to delete a motif using the Motif Editor (ticket:196)

Mussa Manual: Multiple Mussa Windows
 * Documented how to view multiple analyses at one time. (ticket:179)

Mussa Manual: save on close & save motif default behavior
 * Wrote the "Save on close" section. (ticket:189)
 * Documented default motif list extension, when not provided by user. (ticket:190)
 * Removed old "features to implement".

be more forging of user provided file names
ticket:192
It turned out my use of boost::filesystem::path could toss an exception
if there were spaces in the file name on OS X. I needed to do a bit more
work to construct a safe filename for saving analyses and motifs.

Also I discovered that runtime_error was not the root exception class,
std::exception was. So I adjusted my try/catch to catch that exception
in the hope that I can provide more meaningful error messages.

remove old code
remove the FLTK version of mussa and the non CMake-based build systems.

ignore eclipse settings

add a manually updated version number.

test_mussa_python also had an unecesary QtOpenGL library link

attempt to make buildnum.py generate a useful header
alas I couldn't get the CMake script to work reasonably well.

motif save should have a default extension.
ticket:188

don't like QTOPENGL to python module
The only dependency the python layer should have is on QtCore so adjust
which libraries are included to only include QtCore. Otherwise when
it decides to link in QtOpenGL I get a warning about not being able to find
QtGui.

changing motifs should make the analysis dirty
ticket:187
though if you apply and wihtout changing anything the dirty flag will
still be set. Hopefully no one will care.

Mussa Manual: updated motif dialog section.
 * Updated text/screenshots in the motif dialog section. (ticket #191)

always add a blank motif
ticket:186
given the way the motif editor automatically adds motifs its important
to make sure there's a blank one for users to start editing with.

Mussa Manual: Saving section
 * Added a new saving section
 * Added section template for save on close (ticket #189)
 * Documented saving analysis (ticket #176)
 * Documented saving analysis as (ticket #176)
 * Documented saving motif lists (ticket #175)

Mussa Manual: create/load analysis section updated
 * Updated text/screenshots in the "Create new analysis" section (ticket #169)
 * Updated text/screenshots in "Load a mussa parameter file" section. (ticket #181)
 * Updated text/screenshots in "Load an analysis" section. (ticket #185)

more python interface to Sequence

force loaded sequence to uppercase
ticket:183

validate app bundle before shipping
ticket:180
This path adds some support for parsing otool results so I can test
to make sure that object files are only linked against /usr/lib,
/System/Library or @executable_path entries.

I changed it to use subprocess (which required installation on OS X
because of python2.3) and it'll also handle the uploading of packages
now.

don't link against X11 on OS X
the python shared library ended up picking up a link to the OS X
X11R6 libraries because it was linking against the GUI code,
if we let it link mussa will require X11 to be present on the users
system which is not always true for an OS X user.

Mussa manual: Overview section update
 * Updated all images in overview section to latest version of Mussa. (Tickets: #166, #172, #173)
 * Updated text in section to match latest version of Mussa. (Tickets: #166, #172, #173)
 * Removed 'Motif Toggle' button documentation. (ticket:171)

Mussa Manual: Link to example data in UCSC genome browser section.
 * Added a link to the SMN1 example data made available on our wiki.

Mussa Manual: Save to image
 * Added documentation for the save to image feature.

don't seqcomp sequences that are too small
ticket:151
seqcomp gets really grumpy when it trys to analyze a sequence that
is shorter than the window sequence. So instead of letting it try
to malloc all of your memory, throw a more useful exception.

Also I updated the SubanalysisWindow to catch the exception and
report it to the user.

Fix for ticket:160
  * gcc 4.0.3 didn't like assing 0 to a MussaRef, removed default value based on Diane's suggestion. That did the trick.

Mussa Manual: motif list file masks
  * Documented file masks for motif lists.
  * Closes ticket:153

add operator< to ConservedPath
So I could sort a list of ConservedPaths it was hopefully going to
let me make simple_refine a little bit better by grouping paths
that were next to each other closer than those that were almost
next to each other execpt one match far away. Unfortunately
I didn't think it all the way through and the lists are already
sorted by that criteria. e.g.

1,1,1 < 1,1,70 < 2,2,2

when what simple refine needis is something more like

1,1,1 < 2,2,2 < 1,1,70

Build number python script
 * Reports the build number of a given darcs repository of mussa.
 * In support for ticket:124.

Save to image fix (ticket:96)

  * ImageSaveDialog now uses a SequenceBrowser copy contructor to draw the image.

  * glseqbrowser copy constructor was missing path_segments.

  * SequenceBrowser now has a copy constructor.

  * ImageSaveDialog needed to updated to use the bp per pixel zoom magnification;
meaning that when the user wants an image twice the x value of the glcanvas,
then the bps per pixel needed to halved.

  * bp_per_pixel2 = ( x_1 / x_2) * bp_per_pixel_1

save motifs with the analysis
ticket:133
This is the last part to implement ticket:133 this hooks up the
Mussa::save and Mussa::load code to automatically try saving the motif lists
into the analysis subdirectory.

pass default_dir around
convert default_dir to be a shared_ptr and then pass it around
all of our windows that need to save things. Pretty much now
whenever someone saves something we'll remember that last directory
and use it as our default dir.

I hope this works on windows, if it breaks, there
might be a few fs::natives that are needed.

change default_dir to a QDir
from a boost::filesystem::path, this should make it
easier to pass around.

cleanup image save dialog aesthetics
ticket:96
one of the problems is that when people try saving an image they
couldn't find where the image was saved too. This is probably because
they didn't set a file name and no errors were thrown.

this patch ties the "save as" prompt to the save button, so once someone
gets the pixel size right they have to chose a filename.

I also fixed the problem where it wasn't loading the "lock aspect ratio"
icon out of the resource file, and made a few other aesthetics updates.

tabs are of the devil

CMakeLists.txt: Added extra QT_LIBS depend to fix Qt Assistant linking.

Fix initialization of QtAssistant
ticket:120
I reenabled calling QtAssistant for help on windows to get around the lack
of a python standard library. However, I forgot to update the define
for initializing the QtAssistant. Needless to say an unininitialized
QtAssistantClient pointer wasn't terribly useful.

better glyph offset computation
my first attempt at computing an offset to better center the
AGCTN ended up putting the links under the wrong basepair.

Not only does this patch put the segment under the right basepair
it also makes the glyphs a little bit wider.

Windows installer script: updated to work in makelib directory

does createLocalAlignment work for a 3 way?
try to test ticket:137
I was hoping that creating a unit test would flush out the case where
a segement isn't part of a path. But unfortunately that doesn't seem
to happen.

However my draw code is drawing my paths in the wrong place.

add implementation for save motif menu item
ticket:133
this adds part of the save motif code. I still need to save motifs
that are attached to an analysis.

Make help a bit more reliable
ticket:120 ticket:49 ticket:98
Brandon figured out how to install QtAssistant on windows I haven't worked it
out for OS X or linux yet (as its noticeably harder).

I'd switched to using pythons webbrowser.open to go to our documentation
pages, except that only works if the python standard library is installed.
However windows lacks such a thing, and so the webbrowser.open code
wouldn't work.

This patch enables the QtAssistant for windows, and uses webbrowser.open
on OS X and Linux.

Also it'll actually open a warning messagebox if something goes wrong
trying to open the help, and display a not very useful error message.