setup.py

   1 #!/usr/bin/python
   2 '''
   3
   4 pysam
   5 *****
   6
   7 '''
   8
   9 import os, sys, glob, shutil, hashlib, re, fnmatch
  10 import platform
  11
  12 name = "pysam"
  13
  14 # collect pysam version
  15 sys.path.insert( 0, "pysam")
  16 import version
  17
  18 version = version.__version__
  19
  20 samtools_exclude = ( "bamtk.c", "razip.c", "bgzip.c",
  21                      "main.c", "calDepth.c", "bam2bed.c",
  22                      "wgsim.c", "md5fa.c", "maq2sam.c",)
  23 samtools_dest = os.path.abspath( "samtools" )
  24 tabix_exclude = ( "main.c", )
  25 tabix_dest = os.path.abspath( "tabix" )
  26
  27 def locate(pattern, root=os.curdir):
  28     '''Locate all files matching supplied filename pattern in and below
  29     supplied root directory.'''
  30     for path, dirs, files in os.walk(os.path.abspath(root)):
  31        for filename in fnmatch.filter(files, pattern):
  32           yield os.path.join(path, filename)
  33
  34 def _update_pysam_files(cf, destdir):
  35     '''update pysam files applying redirection of ouput'''
  36     for filename in cf:
  37         if not filename: continue
  38         dest = filename + ".pysam.c"
  39         with open( filename ) as infile:
  40             with open( dest, "w" ) as outfile:
  41                 outfile.write( '#include "pysam.h"\n\n' )
  42                 outfile.write( re.sub( "stderr", "pysamerr", "".join(infile.readlines()) ) )
  43             with open( os.path.join( destdir, "pysam.h" ), "w" )as outfile:
  44                 outfile.write ("""#ifndef PYSAM_H
  45 #define PYSAM_H
  46 #include "stdio.h"
  47 extern FILE * pysamerr;
  48 #endif
  49 """)
  50
  51 # copy samtools source
  52 if len(sys.argv) >= 2 and sys.argv[1] == "import":
  53    if len(sys.argv) < 3: raise ValueError("missing PATH to samtools source directory")
  54    if len(sys.argv) < 4: raise ValueError("missing PATH to tabix source directory")
  55
  56    for destdir, srcdir, exclude in zip(
  57       (samtools_dest, tabix_dest),
  58       sys.argv[2:4],
  59       (samtools_exclude, tabix_exclude)):
  60
  61       srcdir = os.path.abspath( srcdir )
  62       if not os.path.exists( srcdir ): raise IOError( "samtools src dir `%s` does not exist." % srcdir )
  63
  64       cfiles = locate( "*.c", srcdir )
  65       hfiles = locate( "*.h", srcdir )
  66       ncopied = 0
  67
  68       def _compareAndCopy( src, srcdir, destdir, exclude ):
  69
  70          d, f = os.path.split(src)
  71          if f in exclude: return None
  72          common_prefix = os.path.commonprefix( (d, srcdir ) )
  73          subdir = re.sub( common_prefix, "", d )[1:]
  74          targetdir = os.path.join( destdir, subdir )
  75          if not os.path.exists( targetdir ):
  76             os.makedirs( targetdir )
  77          old_file = os.path.join( targetdir, f )
  78          if os.path.exists( old_file ):
  79             md5_old = hashlib.md5("".join(open(old_file,"r").readlines())).digest()
  80             md5_new = hashlib.md5("".join(open(src,"r").readlines())).digest()
  81             if md5_old != md5_new:
  82                raise ValueError( "incompatible files for %s and %s" % (old_file, src ))
  83
  84          shutil.copy( src, targetdir )
  85          return old_file
  86
  87       for src_file in hfiles:
  88          _compareAndCopy( src_file, srcdir,destdir, exclude )
  89          ncopied += 1
  90
  91       cf = []
  92       for src_file in cfiles:
  93          cf.append( _compareAndCopy( src_file, srcdir, destdir, exclude ) )
  94          ncopied += 1
  95
  96       sys.stdout.write("installed latest source code from %s: %i files copied" % (srcdir, ncopied))
  97       # redirect stderr to pysamerr and replace bam.h with a stub.
  98       sys.stdout.write("applying stderr redirection")
  99
 100       _update_pysam_files(cf, destdir)
 101
 102
 103    sys.exit(0)
 104
 105 if len(sys.argv) >= 2 and sys.argv[1] == "refresh":
 106     sys.stdout.write("refreshing latest source code from .c to .pysam.c")
 107 # redirect stderr to pysamerr and replace bam.h with a stub.
 108     sys.stdout.write("applying stderr redirection")
 109     for destdir in ('samtools', 'tabix'):
 110         pysamcfiles = locate( "*.pysam.c", destdir )
 111         for f in pysamcfiles: os.remove(f)
 112         cfiles = locate( "*.c", destdir )
 113         _update_pysam_files(cfiles, destdir)
 114
 115     sys.exit(0)
 116
 117
 118
 119 from distribute_setup import use_setuptools
 120 use_setuptools()
 121
 122 from setuptools import Extension, setup
 123 from Cython.Distutils import build_ext
 124
 125 classifiers = """
 126 Development Status :: 2 - Alpha
 127 Operating System :: MacOS :: MacOS X
 128 Operating System :: Microsoft :: Windows :: Windows NT/2000
 129 Operating System :: OS Independent
 130 Operating System :: POSIX
 131 Operating System :: POSIX :: Linux
 132 Operating System :: Unix
 133 Programming Language :: Python
 134 Topic :: Scientific/Engineering
 135 Topic :: Scientific/Engineering :: Bioinformatics
 136 """
 137
 138 if platform.system()=='Windows':
 139     include_os = ['win32']
 140     os_c_files = ['win32/getopt.c']
 141 else:
 142     include_os = []
 143     os_c_files = []
 144
 145 samtools = Extension(
 146     "csamtools",                   # name of extension
 147     [ "pysam/csamtools.pyx" ]  +\
 148         [ "pysam/%s" % x for x in (
 149                 "pysam_util.c", )] +\
 150         glob.glob( os.path.join( "samtools", "*.pysam.c" )) +\
 151         os_c_files + \
 152         glob.glob( os.path.join( "samtools", "*", "*.pysam.c" ) ),
 153     library_dirs=[],
 154     include_dirs=[ "samtools", "pysam" ] + include_os,
 155     libraries=[ "z", ],
 156     language="c",
 157     define_macros = [('_FILE_OFFSET_BITS','64'),
 158                      ('_USE_KNETFILE','')],
 159     )
 160
 161 tabix = Extension(
 162     "ctabix",                   # name of extension
 163     [ "pysam/ctabix.pyx", ]  +\
 164        [ "pysam/%s" % x for x in ( "tabix_util.c", )] +\
 165         os_c_files + \
 166        glob.glob( os.path.join( "tabix", "*.pysam.c" ) ),
 167     library_dirs=[],
 168     include_dirs=[ "tabix", "pysam" ] + include_os,
 169     libraries=[ "z", ],
 170     language="c",
 171     define_macros = [('_FILE_OFFSET_BITS','64'),
 172                      ('_USE_KNETFILE','')],
 173     )
 174
 175 tabproxies = Extension(
 176     "TabProxies",                   # name of extension
 177     [ "pysam/TabProxies.pyx", ] + os_c_files,
 178     library_dirs=[],
 179     include_dirs= include_os,
 180     libraries=[ "z", ],
 181     language="c",
 182     )
 183
 184 cvcf = Extension(
 185     "cvcf",                   # name of extension
 186     [ "pysam/cvcf.pyx", ] + os_c_files,
 187     library_dirs=[],
 188     include_dirs= ["tabix",] + include_os,
 189     libraries=[ "z", ],
 190     language="c",
 191     )
 192
 193 metadata = {
 194     'name': name,
 195     'version': version,
 196     'description': "pysam",
 197     'long_description': __doc__,
 198     'author': "Andreas Heger",
 199     'author_email': "andreas.heger@gmail.com",
 200     'license': "MIT",
 201     'platforms': "ALL",
 202     'url': "http://code.google.com/p/pysam/",
 203     'py_modules': [
 204       "pysam/__init__",
 205       "pysam/Pileup",
 206       "pysam/version" ],
 207     # cython larger that 0.16 for yield support
 208     'requires' : ['cython (>=0.16)'],
 209     'ext_modules': [samtools, tabix, tabproxies, cvcf ],
 210     'cmdclass' : {'build_ext': build_ext},
 211     'install_requires' : ['cython>=0.12.1',],
 212     # do not pack in order to permit linking to csamtools.so
 213     'zip_safe' :False,
 214     'use_2to3': True,
 215     }
 216
 217 if sys.version_info[0] < 3:
 218     metadata['py_modules'].append("pysam/namedtuple")
 219
 220 if __name__=='__main__':
 221    dist = setup(**metadata)