X-Git-Url: http://woldlab.caltech.edu/gitweb/?p=pysam.git;a=blobdiff_plain;f=tests%2Fvcf-examples%2F22.vcf;fp=tests%2Fvcf-examples%2F22.vcf;h=ffb2fce2fd815ea675ca5f0151cd6c842cafe727;hp=0000000000000000000000000000000000000000;hb=68c074fc81858150ca7447a88e731eec96be6378;hpb=768881ffd9d33e3c5fa00dd9ea6f488f4f0700b3 diff --git a/tests/vcf-examples/22.vcf b/tests/vcf-examples/22.vcf new file mode 100644 index 0000000..ffb2fce --- /dev/null +++ b/tests/vcf-examples/22.vcf @@ -0,0 +1,1000 @@ +##fileformat=VCFv4.0 +##FORMAT= +##FilterLiftedVariants="analysis_type=FilterLiftedVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/local/sequence/reference/BWA_ref/hg19/hg19.fasta rodBind=[/local/scratch/xyliu/0.915136538286792.sorted.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false enable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA15029 NA15036 NA15038 NA15056b NA15072 NA15144C NA15213_006 NA15215A NA15216_A2 NA15221b NA15223_6v2 NA15224_4 NA15226A NA15227b NA15236_6 NA15242_005 NA15245v2 NA15268 NA15324_A1 NA15385b NA15386A NA15510_A1 NA15590_4 NA15594_005 NA18500b NA18501 NA18502 NA18503 NA18504 NA18505 NA18506 NA18507 NA18508 NA18515 NA18516 NA18517 NA18521 NA18522 NA18523 NA18524_B1 NA18526_B2 NA18529_B1 NA18532_B1 NA18537_B1 NA18540_B1 NA18542_B1 NA18545_5 NA18547_B1 NA18550_B1 NA18555_A2 NA18561_A3 NA18562_B1 NA18563 NA18564_4 NA18566_3 NA18570_3 NA18571_3 NA18572_3 NA18573_B3 NA18576_4 NA18577_B1 NA18579_B1 NA18582_B1 NA18592_2 NA18593_B1 NA18594_B1 NA18603_B1 NA18605_B1 NA18608_B1 NA18609_B1 NA18611_B1 NA18612_B1 NA18620_3 NA18621_B1 NA18622_B1 NA18623_B1 NA18624 NA18632_3 NA18635_A1 NA18637_2 NA18852 NA18853 NA18854 NA18855 NA18856 NA18857 NA18858 NA18859 NA18860 NA18861 NA18862 NA18863 NA18870 NA18871 NA18872 NA18912 NA18913 NA18914 NA18940_3 NA19092 NA19093 NA19094 NA19098 NA19099 NA19100 NA19101 NA19102 NA19103 NA19116 NA19119b NA19120 NA19127 NA19128 NA19129 NA19130b NA19131 NA19132b NA19137 NA19138 NA19139 NA19140b NA19141 NA19142 NA19143 NA19144 NA19145 NA19152 NA19153 NA19154 NA19159 NA19160 NA19161 NA19171 NA19172 NA19173 NA19192 NA19193 NA19194 NA19200 NA19201 NA19202 NA19203 NA19204 NA19205 NA19206 NA19207 NA19208v2 NA19209 NA19210 NA19211 NA19221 NA19222 NA19223 NA19238 NA19239 NA19240 NA_pos103a NS12911_1 +chr1 5911136 . 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PASS VC=INDEL;AC=142;AF=0.45;AN=316;refseq.name=NM_004700;refseq.positionType=intron GT 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 +chr1 41808814 . CT C . 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PASS VC=INDEL;AC=60;AF=0.21;AN=292;refseq.name=NM_002221;refseq.positionType=intron GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 ./. ./. 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 1/1 ./. ./. 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 ./. 0/1 0/0 +chr1 226913049 . GCCA G . 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PASS VC=INDEL;AC=70;AF=0.22;AN=312 GT 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 1/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 +chr1 244517491 . A AG . PASS VC=INDEL;AC=229;AF=0.72;AN=316;refseq.name=NM_001012970;refseq.positionType=intron GT 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 1/1 0/0 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 +chr1 244552134 . CATTT C . PASS VC=INDEL;AC=41;AF=0.13;AN=314;refseq.name=NM_001012970;refseq.positionType=intron GT 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 +chr1 244794244 . T TAAC . 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PASS VC=INDEL;AC=82;AF=0.27;AN=308 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 ./. 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 ./. 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/1 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 +chr2 4607815 . TAT T . PASS VC=INDEL;AC=90;AF=0.28;AN=316 GT 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 +chr2 4874174 . CAT C . PASS VC=INDEL;AC=203;AF=0.64;AN=316 GT 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 0/0 1/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/0 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 1/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/0 +chr2 4933418 . GATC G . PASS VC=INDEL;AC=86;AF=0.28;AN=304 GT 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/0 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 ./. 0/1 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 ./. 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 ./. 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 +chr2 4987676 . A ACT . PASS VC=INDEL;AC=100;AF=0.32;AN=316 GT 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 1/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 1/1 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 1/1 0/0 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 1/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/0 +chr2 4994909 . G GT . 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