# Install bcftools, its manpage, bcf-fix.pl, vcfutils.pl, and new examples.
[samtools.git] / ChangeLog
1 ------------------------------------------------------------------------
2 r782 | lh3lh3 | 2010-10-27 19:58:54 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
3 Changed paths:
4    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
5
6 fixed a silly bug in pileup
7
8 ------------------------------------------------------------------------
9 r781 | lh3lh3 | 2010-10-27 14:39:48 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 5 lines
10 Changed paths:
11    M /trunk/samtools/ChangeLog
12    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
13    M /trunk/samtools/bam_sort.c
14    M /trunk/samtools/bamtk.c
15    M /trunk/samtools/samtools.1
16
17  * samtools-0.1.8-22 (r781)
18  * made BAQ the default behavior of mpileup
19  * updated manual
20  * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.
21
22 ------------------------------------------------------------------------
23 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
24 Changed paths:
25    M /trunk/samtools/bam.h
26    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
27    M /trunk/samtools/bamtk.c
28
29  * samtools-0.1.8-21 (r780)
30  * minor speedup to pileup
31
32 ------------------------------------------------------------------------
33 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
34 Changed paths:
35    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
36    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
37    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
38
39 improve pileup a little bit
40
41 ------------------------------------------------------------------------
42 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
43 Changed paths:
44    M /trunk/samtools/bam.h
45    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
46    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
47    M /trunk/samtools/bam_tview.c
48    M /trunk/samtools/bamtk.c
49
50  * samtools-0.1.8-20 (r778)
51  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
52
53 ------------------------------------------------------------------------
54 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
55 Changed paths:
56    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
57    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
58    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
59    M /trunk/samtools/bamtk.c
60    M /trunk/samtools/examples/Makefile
61
62  * samtools-0.1.8-19 (r777)
63  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
64
65 ------------------------------------------------------------------------
66 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
67 Changed paths:
68    M /trunk/samtools/bam_md.c
69
70 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
71
72 ------------------------------------------------------------------------
73 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
74 Changed paths:
75    M /trunk/samtools/sam_view.c
76
77 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
78 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
79
80 ------------------------------------------------------------------------
81 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
82 Changed paths:
83    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
84    M /trunk/samtools/kaln.c
85
86  * Minor code changes. No real effect.
87  * change quality to 30 in toy.sam
88
89 ------------------------------------------------------------------------
90 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
91 Changed paths:
92    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
93    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
94
95 added another toy example
96
97 ------------------------------------------------------------------------
98 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
99 Changed paths:
100    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
101    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
102    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
103
104 improve the LD statistics
105
106 ------------------------------------------------------------------------
107 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
108 Changed paths:
109    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
110    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
111
112  * a minor fix to the -L option
113  * add ldstats to vcfutils.pl
114
115 ------------------------------------------------------------------------
116 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
117 Changed paths:
118    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
119
120 a minor change
121
122 ------------------------------------------------------------------------
123 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
124 Changed paths:
125    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
126    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
127
128 forget to add the key file
129
130 ------------------------------------------------------------------------
131 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
132 Changed paths:
133    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
134    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
135    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
136    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
137    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
138    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
139
140  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
141  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
142  * calculate adjacent LD
143
144 ------------------------------------------------------------------------
145 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
146 Changed paths:
147    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
148
149 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
150
151 ------------------------------------------------------------------------
152 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
153 Changed paths:
154    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
155    M /trunk/samtools/kaln.c
156
157  * removed a comment line in kaln.c
158  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
159
160 ------------------------------------------------------------------------
161 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
162 Changed paths:
163    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
164
165 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
166 ------------------------------------------------------------------------
167 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
168 Changed paths:
169    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
170    M /trunk/samtools/bamtk.c
171    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
172    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
173    M /trunk/samtools/samtools.1
174
175  * samtools-0.1.8-18 (r763)
176  * added bcftools manual page
177  * minor fix to mpileup and view command lines
178
179 ------------------------------------------------------------------------
180 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
181 Changed paths:
182    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
183    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
184    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
185
186  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
187  * allow to call genotypes at variant sites
188
189 ------------------------------------------------------------------------
190 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
191 Changed paths:
192    M /trunk/samtools/kaln.c
193    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
194
195 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
196 being conservative here is a good thing...
197
198 ------------------------------------------------------------------------
199 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
200 Changed paths:
201    M /trunk/samtools/bamtk.c
202    M /trunk/samtools/kaln.c
203    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
204
205  * samtools-0.1.8-17 (r760)
206  * the default gap open penalty is too small (a typo)
207  * added comments on hmm_realn
208  * Java implementation
209
210 ------------------------------------------------------------------------
211 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
212 Changed paths:
213    M /trunk/samtools/bamtk.c
214
215 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
216
217 ------------------------------------------------------------------------
218 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
219 Changed paths:
220    M /trunk/samtools/kaln.c
221
222 round to the nearest integer
223
224 ------------------------------------------------------------------------
225 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
226 Changed paths:
227    M /trunk/samtools/kaln.c
228
229 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
230 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
231 multiplication. OK. I will stop.
232
233 ------------------------------------------------------------------------
234 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
235 Changed paths:
236    M /trunk/samtools/kaln.c
237
238 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
239
240 ------------------------------------------------------------------------
241 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
242 Changed paths:
243    M /trunk/samtools/kaln.c
244
245 minor changes
246
247 ------------------------------------------------------------------------
248 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
249 Changed paths:
250    M /trunk/samtools/bam_md.c
251    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
252    M /trunk/samtools/kaln.c
253
254 prob_realn() seems working!
255
256 ------------------------------------------------------------------------
257 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
258 Changed paths:
259    M /trunk/samtools/kaln.c
260
261 minor
262
263 ------------------------------------------------------------------------
264 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
265 Changed paths:
266    M /trunk/samtools/kaln.c
267    M /trunk/samtools/kaln.h
268
269 Convert phredQ to probabilities
270
271 ------------------------------------------------------------------------
272 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
273 Changed paths:
274    M /trunk/samtools/kaln.c
275    M /trunk/samtools/kaln.h
276
277 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
278
279 ------------------------------------------------------------------------
280 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
281 Changed paths:
282    M /trunk/samtools/kaln.c
283
284 improve numerical stability
285
286 ------------------------------------------------------------------------
287 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
288 Changed paths:
289    M /trunk/samtools/kaln.c
290
291 more comments
292
293 ------------------------------------------------------------------------
294 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
295 Changed paths:
296    M /trunk/samtools/kaln.c
297
298 fixed a bug in banded DP
299
300 ------------------------------------------------------------------------
301 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
302 Changed paths:
303    M /trunk/samtools/kaln.c
304
305  * fixed that weird issue.
306  * the banded version is NOT working
307
308 ------------------------------------------------------------------------
309 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
310 Changed paths:
311    M /trunk/samtools/kaln.c
312
313 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
314
315 ------------------------------------------------------------------------
316 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
317 Changed paths:
318    M /trunk/samtools/kaln.c
319
320 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
321 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
322 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
323 the implementation may not be obvious.
324
325
326 ------------------------------------------------------------------------
327 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
328 Changed paths:
329    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
330    M /trunk/samtools/bam_sort.c
331    M /trunk/samtools/kaln.c
332    M /trunk/samtools/kaln.h
333
334 ...
335
336 ------------------------------------------------------------------------
337 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
338 Changed paths:
339    M /trunk/samtools/bam_sort.c
340
341 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
342 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
343
344 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
345 to samtools merge's exit status.
346
347 ------------------------------------------------------------------------
348 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
349 Changed paths:
350    M /trunk/samtools/bam_index.c
351
352 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
353 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
354 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
355 call, so the cost is insignificant in the normal case.
356
357 ------------------------------------------------------------------------
358 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
359 Changed paths:
360    M /trunk/samtools/bam.c
361    M /trunk/samtools/bam.h
362
363 Add bam_validate1().
364
365 ------------------------------------------------------------------------
366 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
367 Changed paths:
368    M /trunk/samtools/bam_md.c
369    M /trunk/samtools/bamtk.c
370
371  * samtools-0.1.8-15 (r379)
372  * allow to change capQ parameter in calmd
373
374 ------------------------------------------------------------------------
375 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
376 Changed paths:
377    M /trunk/samtools/bam_index.c
378    M /trunk/samtools/sam_view.c
379
380 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
381 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
382 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
383 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
384 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
385 returned) indicates corrupted input.
386
387 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
388
389 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
390 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
391 to the .bam file it is being used with.
392
393 ------------------------------------------------------------------------
394 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
395 Changed paths:
396    M /trunk/samtools/bam_index.c
397
398 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
399 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
400
401 ------------------------------------------------------------------------
402 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
403 Changed paths:
404    M /trunk/samtools/bam.h
405    M /trunk/samtools/bam_index.c
406    M /trunk/samtools/bam_sort.c
407
408  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
409
410 ------------------------------------------------------------------------
411 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
412 Changed paths:
413    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
414
415 improve qstats by checking the alleles as well
416
417 ------------------------------------------------------------------------
418 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
419 Changed paths:
420    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
421
422 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
423
424 ------------------------------------------------------------------------
425 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
426 Changed paths:
427    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
428
429 hapmap2vcf convertor
430
431 ------------------------------------------------------------------------
432 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
433 Changed paths:
434    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
435    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
436    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
437    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
438
439  * added comments
440  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
441
442 ------------------------------------------------------------------------
443 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
444 Changed paths:
445    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
446    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
447    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
448    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
449    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
450    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
451
452  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
453
454 ------------------------------------------------------------------------
455 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
456 Changed paths:
457    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
458    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
459    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
460
461 fixed a bug in indexing
462
463 ------------------------------------------------------------------------
464 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
465 Changed paths:
466    M /trunk/samtools/bam.c
467    M /trunk/samtools/bam_md.c
468    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
469
470  * fixed a bug in capQ
471  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
472
473 ------------------------------------------------------------------------
474 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
475 Changed paths:
476    M /trunk/samtools/bgzip.c
477    M /trunk/samtools/razip.c
478
479  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
480  * copy tabix/bgzip to here
481
482 ------------------------------------------------------------------------
483 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
484 Changed paths:
485    M /trunk/samtools/bam_md.c
486    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
487    M /trunk/samtools/bamtk.c
488
489  * samtools-0.1.8-14 (r727)
490  * allow to change the capQ parameter at the command line
491
492 ------------------------------------------------------------------------
493 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
494 Changed paths:
495    M /trunk/samtools/bam_md.c
496    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
497    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
498    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
499
500  * added varFilter to vcfutils.pl
501  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
502  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
503
504 ------------------------------------------------------------------------
505 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
506 Changed paths:
507    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
508    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
509    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
510
511  * convert BCF to QCALL input
512
513 ------------------------------------------------------------------------
514 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
515 Changed paths:
516    M /trunk/samtools/bam_md.c
517
518 dynamic band width in realignment
519
520 ------------------------------------------------------------------------
521 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
522 Changed paths:
523    M /trunk/samtools/bam_md.c
524    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
525
526 fixed a bug in realignment
527
528 ------------------------------------------------------------------------
529 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
530 Changed paths:
531    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
532
533 fixed a minor issue
534
535 ------------------------------------------------------------------------
536 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
537 Changed paths:
538    M /trunk/samtools/Makefile
539    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
540    M /trunk/samtools/bam_md.c
541
542 fixed a bug in realignment
543
544 ------------------------------------------------------------------------
545 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
546 Changed paths:
547    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
548
549 minor changes. It is BUGGY now!
550
551 ------------------------------------------------------------------------
552 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
553 Changed paths:
554    M /trunk/samtools/bam_md.c
555    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
556    M /trunk/samtools/kaln.c
557    M /trunk/samtools/kaln.h
558
559  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
560  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
561  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
562
563 ------------------------------------------------------------------------
564 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
565 Changed paths:
566    M /trunk/samtools
567
568 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
569
570 ------------------------------------------------------------------------
571 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
572 Changed paths:
573    M /trunk/samtools
574    M /trunk/samtools/bcftools
575    M /trunk/samtools/misc
576
577 Add svn:ignore properties listing the generated files.
578 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
579
580 ------------------------------------------------------------------------
581 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
582 Changed paths:
583    M /trunk/samtools/bamtk.c
584    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
585    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
586    M /trunk/samtools/sample.c
587    M /trunk/samtools/sample.h
588
589  * samtools-0.1.8-13 (r715)
590  * fixed a bug in identifying SM across files
591  * bcftools: estimate heterozygosity
592  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
593
594 ------------------------------------------------------------------------
595 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
596 Changed paths:
597    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
598    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
599    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
600    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
601
602 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
603
604 ------------------------------------------------------------------------
605 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
606 Changed paths:
607    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
608    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
609    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
610    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
611
612  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
613  * fixed a bug in the contrast caller
614  * calculate heterozygosity
615
616 ------------------------------------------------------------------------
617 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
618 Changed paths:
619    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
620    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
621    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
622
623 SNP calling from the GL field
624
625 ------------------------------------------------------------------------
626 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
627 Changed paths:
628    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
629
630 fixed another problem
631
632 ------------------------------------------------------------------------
633 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
634 Changed paths:
635    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
636    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
637
638  * fixed bugs in parsing VCF
639  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
640
641 ------------------------------------------------------------------------
642 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
643 Changed paths:
644    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
645    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
646
647 Do not compile _BCF_QUAD by default
648
649 ------------------------------------------------------------------------
650 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
651 Changed paths:
652    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
653    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
654    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
655    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
656
657 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
658
659 ------------------------------------------------------------------------
660 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
661 Changed paths:
662    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
663
664 more commands for my own uses
665
666 ------------------------------------------------------------------------
667 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
668 Changed paths:
669    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
670
671 Utilities for processing VCF
672
673 ------------------------------------------------------------------------
674 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
675 Changed paths:
676    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
677    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
678    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
679    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
680
681 preliminary contrast variant caller
682
683 ------------------------------------------------------------------------
684 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
685 Changed paths:
686    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
687    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
688    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
689
690 z' and z'' can be calculated
691
692 ------------------------------------------------------------------------
693 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
694 Changed paths:
695    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
696    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
697    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
698    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
699
700  * rename vcfout.c as call1.c
701  * prepare to add two-sample comparison
702
703 ------------------------------------------------------------------------
704 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
705 Changed paths:
706    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
707
708 fixed a bug in calculating the t statistics
709
710 ------------------------------------------------------------------------
711 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
712 Changed paths:
713    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
714    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
715    M /trunk/samtools/bamtk.c
716    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
717    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
718
719  * samtools-0.1.8-13 (r698)
720  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
721
722 ------------------------------------------------------------------------
723 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
724 Changed paths:
725    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
726
727 added regularized incomplete beta function
728
729 ------------------------------------------------------------------------
730 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
731 Changed paths:
732    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
733    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
734
735 change the default correlation coefficient
736
737 ------------------------------------------------------------------------
738 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
739 Changed paths:
740    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
741    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
742
743 print QUAL as floating numbers
744
745 ------------------------------------------------------------------------
746 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
747 Changed paths:
748    M /trunk/samtools/Makefile
749    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
750    M /trunk/samtools/bamtk.c
751    M /trunk/samtools/examples/Makefile
752    A /trunk/samtools/sample.c
753    A /trunk/samtools/sample.h
754
755  * samtools-0.1.8-12 (r692)
756  * group data by samples in "mpileup -g"
757
758 ------------------------------------------------------------------------
759 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
760 Changed paths:
761    M /trunk/samtools/Makefile
762    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
763    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
764    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
765
766 remove VCF output in mpileup
767
768 ------------------------------------------------------------------------
769 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
770 Changed paths:
771    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
772    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
773
774  * use the revised MAQ error model for mpileup
775  * prepare to remove the independent model from mpileup
776
777 ------------------------------------------------------------------------
778 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
779 Changed paths:
780    M /trunk/samtools/Makefile
781    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
782    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
783    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
784    A /trunk/samtools/errmod.c
785    A /trunk/samtools/errmod.h
786    M /trunk/samtools/ksort.h
787
788 added revised MAQ error model
789
790 ------------------------------------------------------------------------
791 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
792 Changed paths:
793    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
794    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
795    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
796
797 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
798
799 ------------------------------------------------------------------------
800 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
801 Changed paths:
802    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
803    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
804
805  * write a little more VCF header
806  * concatenate BCFs
807
808 ------------------------------------------------------------------------
809 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
810 Changed paths:
811    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
812    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
813    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
814
815 use float for QUAL
816
817 ------------------------------------------------------------------------
818 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
819 Changed paths:
820    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
821    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
822
823 faster for large sample size (in principle)
824
825 ------------------------------------------------------------------------
826 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
827 Changed paths:
828    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
829
830  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
831  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
832  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
833
834 ------------------------------------------------------------------------
835 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
836 Changed paths:
837    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
838
839 fixed an issue in parsing integer
840
841 ------------------------------------------------------------------------
842 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
843 Changed paths:
844    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
845
846 do not print refname if file is converted from VCF
847
848 ------------------------------------------------------------------------
849 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
850 Changed paths:
851    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
852
853  * parse PL
854  * fixed a bug in parsing VCF
855
856 ------------------------------------------------------------------------
857 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
858 Changed paths:
859    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
860    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
861    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
862    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
863    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
864    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
865    M /trunk/samtools/bgzf.c
866    M /trunk/samtools/kstring.c
867
868  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
869  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
870  * improved view interface
871
872 ------------------------------------------------------------------------
873 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
874 Changed paths:
875    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
876    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
877    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
878    M /trunk/samtools/kstring.c
879    M /trunk/samtools/kstring.h
880
881  * improved kstring (added kstrtok)
882  * removed the limit on the format string length in bcftools
883  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
884
885 ------------------------------------------------------------------------
886 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
887 Changed paths:
888    A /trunk/samtools/bcftools/README
889    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
890
891 help messages
892
893 ------------------------------------------------------------------------
894 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
895 Changed paths:
896    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
897
898 perform single-tail test for ED4
899
900 ------------------------------------------------------------------------
901 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
902 Changed paths:
903    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
904    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
905    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
906
907  * test depth, end distance and HWE
908
909 ------------------------------------------------------------------------
910 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
911 Changed paths:
912    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
913
914 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
915
916 ------------------------------------------------------------------------
917 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
918 Changed paths:
919    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
920    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
921    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
922    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
923    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
924    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
925
926  * bcftools: add HWE (no testing for now)
927  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
928
929 ------------------------------------------------------------------------
930 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
931 Changed paths:
932    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
933
934  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
935  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
936
937 ------------------------------------------------------------------------
938 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
939 Changed paths:
940    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
941
942 Fisher's exact test
943
944 ------------------------------------------------------------------------
945 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
946 Changed paths:
947    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
948    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
949    M /trunk/samtools/bamtk.c
950    M /trunk/samtools/examples/Makefile
951
952  * samtools-0.1.8-11 (r672)
953  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
954
955 ------------------------------------------------------------------------
956 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
957 Changed paths:
958    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
959    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
960    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
961
962  * the code base is stablized again.
963  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
964
965 ------------------------------------------------------------------------
966 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
967 Changed paths:
968    M /trunk/samtools/examples/Makefile
969
970 minor
971
972 ------------------------------------------------------------------------
973 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
974 Changed paths:
975    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
976
977 unfinished vcf parser
978
979 ------------------------------------------------------------------------
980 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
981 Changed paths:
982    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
983    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
984    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
985    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
986    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
987    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
988    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
989    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
990
991  * added prelimiary VCF parser (not finished)
992  * change struct a bit
993
994 ------------------------------------------------------------------------
995 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
996 Changed paths:
997    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
998    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
999    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1000    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1001
1002  * allow to set min base q
1003  * fixed a bug in mpileup -u
1004
1005 ------------------------------------------------------------------------
1006 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1007 Changed paths:
1008    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1009
1010 spec
1011
1012 ------------------------------------------------------------------------
1013 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1014 Changed paths:
1015    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1016
1017 added more examples
1018
1019 ------------------------------------------------------------------------
1020 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1021 Changed paths:
1022    M /trunk/samtools/Makefile
1023    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1024    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1025    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1026
1027 fixed compilation error
1028
1029 ------------------------------------------------------------------------
1030 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1031 Changed paths:
1032    M /trunk/samtools/Makefile
1033    D /trunk/samtools/bcf.c
1034    D /trunk/samtools/bcf.h
1035    A /trunk/samtools/bcftools
1036    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1037    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1038    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1039    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1040    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1041    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1042    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1043    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1044    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1045
1046 move bcftools to samtools
1047
1048 ------------------------------------------------------------------------
1049 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1050 Changed paths:
1051    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1052
1053 fixed another minor bug
1054
1055 ------------------------------------------------------------------------
1056 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1057 Changed paths:
1058    M /trunk/samtools/bamtk.c
1059    M /trunk/samtools/bcf.c
1060
1061  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1062  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1063
1064 ------------------------------------------------------------------------
1065 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1066 Changed paths:
1067    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1068    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1069
1070  * fixed a bug
1071  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1072
1073 ------------------------------------------------------------------------
1074 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1075 Changed paths:
1076    M /trunk/bcftools/bcf.c
1077    M /trunk/samtools/bcf.c
1078
1079 missing a column in VCF output...
1080
1081 ------------------------------------------------------------------------
1082 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1083 Changed paths:
1084    M /trunk/samtools/bcf.c
1085
1086 fixed a memory leak
1087
1088 ------------------------------------------------------------------------
1089 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1090 Changed paths:
1091    M /trunk/samtools/bcf.c
1092
1093 fixed a bug in bcf reader
1094
1095 ------------------------------------------------------------------------
1096 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1097 Changed paths:
1098    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1099
1100 fixed a bug
1101
1102 ------------------------------------------------------------------------
1103 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
1104 Changed paths:
1105    M /trunk/samtools/Makefile
1106    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1107    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1108    M /trunk/samtools/bamtk.c
1109
1110  * samtools-0.1.8-9 (r649)
1111  * lossless representation of PL in BCF output
1112
1113 ------------------------------------------------------------------------
1114 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1115 Changed paths:
1116    M /trunk/samtools/Makefile
1117    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
1118    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
1119    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1120    A /trunk/samtools/bcf.c
1121    A /trunk/samtools/bcf.h
1122
1123 Generate binary VCF
1124
1125 ------------------------------------------------------------------------
1126 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
1127 Changed paths:
1128    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1129    M /trunk/samtools/bamtk.c
1130
1131  * samtools-0.1.8-8 (r644)
1132  * mpileup becomes a little stable again
1133  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
1134  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
1135
1136 ------------------------------------------------------------------------
1137 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
1138 Changed paths:
1139    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1140
1141  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
1142  * I am going to clean up mcns a little bit
1143
1144 ------------------------------------------------------------------------
1145 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1146 Changed paths:
1147    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1148    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1149    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1150
1151 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
1152
1153 ------------------------------------------------------------------------
1154 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1155 Changed paths:
1156    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1157
1158 NOT ready yet. Going to make further changes...
1159
1160 ------------------------------------------------------------------------
1161 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
1162 Changed paths:
1163    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1164    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1165    M /trunk/samtools/bamtk.c
1166
1167  * samtools-0.1.8-7 (r639)
1168  * fixed the reference allele assignment
1169
1170 ------------------------------------------------------------------------
1171 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
1172 Changed paths:
1173    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1174    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1175    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1176    M /trunk/samtools/bamtk.c
1177
1178  * samtools-0.1.8-6 (r638)
1179  * skip isnan/isinf in case of float underflow
1180  * added the flat prior
1181  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
1182
1183 ------------------------------------------------------------------------
1184 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1185 Changed paths:
1186    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1187
1188 minor changes
1189
1190 ------------------------------------------------------------------------
1191 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1192 Changed paths:
1193    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1194    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1195    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1196    M /trunk/samtools/bamtk.c
1197
1198 minor tweaks
1199
1200 ------------------------------------------------------------------------
1201 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1202 Changed paths:
1203    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1204    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1205    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1206
1207 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
1208
1209 ------------------------------------------------------------------------
1210 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1211 Changed paths:
1212    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1213
1214 another minor fix to mpileup
1215
1216 ------------------------------------------------------------------------
1217 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1218 Changed paths:
1219    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1220
1221 added the format column
1222
1223 ------------------------------------------------------------------------
1224 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1225 Changed paths:
1226    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1227    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1228    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1229    M /trunk/samtools/bamtk.c
1230
1231 added an alternative prior
1232
1233 ------------------------------------------------------------------------
1234 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1235 Changed paths:
1236    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1237    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1238    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1239
1240 calculate posterior allele frequency
1241
1242 ------------------------------------------------------------------------
1243 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1244 Changed paths:
1245    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1246    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1247    M /trunk/samtools/bamtk.c
1248
1249  * samtools-0.1.8-3 (r627)
1250  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
1251
1252 ------------------------------------------------------------------------
1253 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1254 Changed paths:
1255    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1256    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1257    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1258    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1259
1260  * preliminary multisample SNP caller.
1261  * something looks not so right, but it largely works
1262
1263 ------------------------------------------------------------------------
1264 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1265 Changed paths:
1266    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1267    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1268    M /trunk/samtools/bamtk.c
1269
1270  * samtools-0.1.8-2 (r617)
1271  * allele frequency calculation apparently works...
1272
1273 ------------------------------------------------------------------------
1274 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1275 Changed paths:
1276    M /trunk/samtools/Makefile
1277    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
1278    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
1279    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1280
1281  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
1282  * improved the mpileup interface
1283
1284 ------------------------------------------------------------------------
1285 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
1286 Changed paths:
1287    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1288    M /trunk/samtools/bamtk.c
1289    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1290
1291  * samtools-0.1.8-1 (r615)
1292  * allow to get mpileup at required sites
1293
1294 ------------------------------------------------------------------------
1295 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1296 Changed paths:
1297    M /trunk/samtools/ChangeLog
1298    M /trunk/samtools/NEWS
1299    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1300    M /trunk/samtools/bamtk.c
1301    M /trunk/samtools/samtools.1
1302
1303 Release samtools-0.1.8
1304
1305 ------------------------------------------------------------------------
1306 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1307 Changed paths:
1308    M /trunk/samtools/knetfile.c
1309
1310 fixed a compiling issue for Windows
1311
1312 ------------------------------------------------------------------------
1313 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1314 Changed paths:
1315    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1316
1317 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
1318
1319 ------------------------------------------------------------------------
1320 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1321 Changed paths:
1322    M /trunk/samtools/NEWS
1323    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1324
1325 change the command line option of pileup
1326
1327 ------------------------------------------------------------------------
1328 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1329 Changed paths:
1330    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1331    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
1332    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
1333
1334 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
1335
1336 ------------------------------------------------------------------------
1337 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
1338 Changed paths:
1339    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1340    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1341    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1342    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1343
1344  * make tview more friendly
1345  * a temporary remedy for an issue in indel calling
1346
1347 ------------------------------------------------------------------------
1348 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1349 Changed paths:
1350    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1351    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1352    M /trunk/samtools/bamtk.c
1353
1354  * samtools-0.1.7-r607
1355  * improved the genotype accuracy for indels
1356  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
1357
1358 ------------------------------------------------------------------------
1359 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
1360 Changed paths:
1361    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1362
1363 removed a debugging example
1364
1365 ------------------------------------------------------------------------
1366 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1367 Changed paths:
1368    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1369    M /trunk/samtools/bamtk.c
1370
1371  * samtools-.1.7-18 (r605)
1372  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
1373    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
1374
1375 ------------------------------------------------------------------------
1376 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
1377 Changed paths:
1378    M /trunk/samtools/bam.h
1379    M /trunk/samtools/bam_index.c
1380    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1381
1382 fixed a minor bug in idxstats
1383
1384 ------------------------------------------------------------------------
1385 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
1386 Changed paths:
1387    M /trunk/samtools/bam_index.c
1388
1389 fixed a minor bug in indexing
1390
1391 ------------------------------------------------------------------------
1392 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
1393 Changed paths:
1394    M /trunk/samtools/ChangeLog
1395    M /trunk/samtools/bam.c
1396
1397 change printf() to puts in exporting
1398
1399 ------------------------------------------------------------------------
1400 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1401 Changed paths:
1402    M /trunk/samtools/bamtk.c
1403
1404 minor fix. No actual effect.
1405
1406 ------------------------------------------------------------------------
1407 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1408 Changed paths:
1409    M /trunk/samtools/Makefile
1410
1411 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
1412
1413 ------------------------------------------------------------------------
1414 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1415 Changed paths:
1416    M /trunk/samtools/ChangeLog
1417    M /trunk/samtools/bam_index.c
1418    M /trunk/samtools/bamtk.c
1419
1420  * samtools-0.1.7-17 (r596)
1421  * also keep the number of coor-less reads in the index file
1422
1423 ------------------------------------------------------------------------
1424 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1425 Changed paths:
1426    M /trunk/samtools/bam_index.c
1427    M /trunk/samtools/bamtk.c
1428
1429  * samtools-0.1.7-16 (r595)
1430  * write additional information to bam index
1431
1432 ------------------------------------------------------------------------
1433 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1434 Changed paths:
1435    M /trunk/samtools/bam_index.c
1436
1437 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
1438
1439 ------------------------------------------------------------------------
1440 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
1441 Changed paths:
1442    M /trunk/samtools/bam.h
1443    M /trunk/samtools/bam_index.c
1444    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1445    M /trunk/samtools/samtools.1
1446
1447 rename iterf as iter
1448
1449 ------------------------------------------------------------------------
1450 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
1451 Changed paths:
1452    M /trunk/samtools/ChangeLog
1453    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1454    M /trunk/samtools/bam_index.c
1455    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1456    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1457    M /trunk/samtools/bamtk.c
1458
1459  * samtools-0.1.7-15 (r592)
1460  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
1461  * improved the functionality of mpileup
1462
1463 ------------------------------------------------------------------------
1464 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1465 Changed paths:
1466    M /trunk/samtools/bam.h
1467    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1468    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1469    M /trunk/samtools/bamtk.c
1470
1471  * samtools-0.1.7-14 (r591)
1472  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
1473
1474 ------------------------------------------------------------------------
1475 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1476 Changed paths:
1477    M /trunk/samtools/bam.h
1478    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1479    M /trunk/samtools/bamtk.c
1480
1481  * samtools-0.1.7-13 (r590)
1482  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
1483
1484 ------------------------------------------------------------------------
1485 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1486 Changed paths:
1487    M /trunk/samtools/bam.h
1488    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1489    M /trunk/samtools/bamtk.c
1490
1491  * samtools-0.1.7-12 (r589)
1492  * added iterator-like APIs for pileup
1493
1494 ------------------------------------------------------------------------
1495 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1496 Changed paths:
1497    M /trunk/samtools/bam_index.c
1498    M /trunk/samtools/bamtk.c
1499
1500  * samtools-0.1.7-11 (r588)
1501  * ported a few improvements from tabix back to samtools
1502
1503 ------------------------------------------------------------------------
1504 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1505 Changed paths:
1506    M /trunk/samtools/bam.h
1507    M /trunk/samtools/bam_index.c
1508    M /trunk/samtools/bamtk.c
1509
1510  * samtools-0.1.7-10 (r587)
1511  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
1512
1513 ------------------------------------------------------------------------
1514 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1515 Changed paths:
1516    M /trunk/samtools/Makefile
1517    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
1518    M /trunk/samtools/bamtk.c
1519    M /trunk/samtools/bgzf.c
1520
1521  * samtools-0.1.7-9 (r586)
1522  * added "reheader" to replace the BAM header
1523
1524 ------------------------------------------------------------------------
1525 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1526 Changed paths:
1527    M /trunk/samtools/bam.c
1528    M /trunk/samtools/bamtk.c
1529    M /trunk/samtools/kstring.h
1530
1531  * samtools-0.1.7-8 (r585)
1532  * speed up "view"
1533
1534 ------------------------------------------------------------------------
1535 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
1536 Changed paths:
1537    M /trunk/samtools/bam.c
1538    M /trunk/samtools/bamtk.c
1539    M /trunk/samtools/bgzf.c
1540    M /trunk/samtools/bgzf.h
1541    M /trunk/samtools/kstring.h
1542    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1543
1544  * samtools-0.1.7-7 (r584)
1545  * ported tabix BGZF to samtools
1546  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
1547
1548 ------------------------------------------------------------------------
1549 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
1550 Changed paths:
1551    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
1552
1553 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
1554 ------------------------------------------------------------------------
1555 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
1556 Changed paths:
1557    M /trunk/samtools/samtools.1
1558
1559 Added a note about the indels coordinates
1560 ------------------------------------------------------------------------
1561 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
1562 Changed paths:
1563    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1564
1565 Added the possibility to print or not to print the reference allele
1566 ------------------------------------------------------------------------
1567 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
1568 Changed paths:
1569    M /trunk/samtools/sam_header.c
1570
1571 More descriptive message for space separated tags
1572 ------------------------------------------------------------------------
1573 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
1574 Changed paths:
1575    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1576
1577 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
1578 ------------------------------------------------------------------------
1579 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
1580 Changed paths:
1581    M /trunk/samtools/sam_header.c
1582
1583 Fixed the order of sequences in the header
1584 ------------------------------------------------------------------------
1585 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
1586 Changed paths:
1587    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1588
1589 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
1590 ------------------------------------------------------------------------
1591 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
1592 Changed paths:
1593    M /trunk/samtools/bam.c
1594
1595 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
1596 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
1597 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
1598
1599 ------------------------------------------------------------------------
1600 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
1601 Changed paths:
1602    M /trunk/samtools/AUTHORS
1603    M /trunk/samtools/bam.h
1604    M /trunk/samtools/bam_import.c
1605    M /trunk/samtools/sam_header.c
1606
1607 Improved efficiency of header parsing
1608 ------------------------------------------------------------------------
1609 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
1610 Changed paths:
1611    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1612
1613 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
1614
1615
1616 ------------------------------------------------------------------------
1617 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
1618 Changed paths:
1619    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1620
1621 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
1622 ------------------------------------------------------------------------
1623 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
1624 Changed paths:
1625    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1626
1627 Print an error for pileups in simple format
1628 ------------------------------------------------------------------------
1629 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
1630 Changed paths:
1631    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1632
1633 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
1634
1635 ------------------------------------------------------------------------
1636 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1637 Changed paths:
1638    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1639
1640 Added possibility to specify a custom column title for the data column
1641 ------------------------------------------------------------------------
1642 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
1643 Changed paths:
1644    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1645
1646 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
1647 ------------------------------------------------------------------------
1648 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
1649 Changed paths:
1650    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1651
1652 Added VCF header
1653 ------------------------------------------------------------------------
1654 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
1655 Changed paths:
1656    M /trunk/samtools/ChangeLog
1657    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1658    M /trunk/samtools/bamtk.c
1659    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1660    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1661
1662  * samtools-0.1.7-6
1663  * fixed a bug in faidx
1664
1665 ------------------------------------------------------------------------
1666 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
1667 Changed paths:
1668    M /trunk/samtools/faidx.c
1669
1670 Put the right filename in the error message.
1671
1672 ------------------------------------------------------------------------
1673 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
1674 Changed paths:
1675    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1676    M /trunk/samtools/bamtk.c
1677
1678  * samtools-0.1.7-5 (r528)
1679  * further add new consensus generation strategy
1680
1681 ------------------------------------------------------------------------
1682 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1683 Changed paths:
1684    M /trunk/samtools/knetfile.c
1685
1686 Fixed a bug in knet_seek
1687 ------------------------------------------------------------------------
1688 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1689 Changed paths:
1690    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
1691
1692 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
1693 ------------------------------------------------------------------------
1694 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
1695 Changed paths:
1696    M /trunk/samtools/sam_header.c
1697
1698 Allow tabs in the CO header field
1699 ------------------------------------------------------------------------
1700 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
1701 Changed paths:
1702    M /trunk/samtools/Makefile
1703    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1704
1705 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
1706 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
1707
1708 ------------------------------------------------------------------------
1709 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
1710 Changed paths:
1711    M /trunk/samtools/Makefile
1712    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1713
1714 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
1715 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
1716 facilitate non-knet builds.
1717
1718 ------------------------------------------------------------------------
1719 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
1720 Changed paths:
1721    M /trunk/samtools/bamtk.c
1722    M /trunk/samtools/sam_view.c
1723
1724  * samtools-0.1.7-4 (r522)
1725  * fixed a bug in "view -r"
1726  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
1727
1728 ------------------------------------------------------------------------
1729 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
1730 Changed paths:
1731    M /trunk/samtools/bam_md.c
1732    M /trunk/samtools/bamtk.c
1733
1734  * samtools-0.1.7-3 (r521)
1735  * calmd: optionally mask matching bases as N
1736
1737 ------------------------------------------------------------------------
1738 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
1739 Changed paths:
1740    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1741    M /trunk/samtools/bamtk.c
1742    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1743
1744  * samtools-0.1.7-2 (r520)
1745  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
1746  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
1747
1748 ------------------------------------------------------------------------
1749 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
1750 Changed paths:
1751    M /trunk/samtools/Makefile
1752
1753 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
1754 as well, even with old-fashioned linkers.
1755
1756 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
1757 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
1758
1759 ------------------------------------------------------------------------
1760 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
1761 Changed paths:
1762    M /trunk/samtools/Makefile
1763    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1764
1765 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
1766
1767 ------------------------------------------------------------------------
1768 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
1769 Changed paths:
1770    M /trunk/samtools/bam_index.c
1771
1772 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
1773
1774 ------------------------------------------------------------------------
1775 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
1776 Changed paths:
1777    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
1778
1779 another example program
1780
1781 ------------------------------------------------------------------------
1782 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
1783 Changed paths:
1784    M /trunk/samtools/bam_import.c
1785    M /trunk/samtools/bamtk.c
1786    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1787    M /trunk/samtools/sam.c
1788
1789  * samtools-0.1.7-1 (r515)
1790  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
1791
1792 ------------------------------------------------------------------------
1793 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
1794 Changed paths:
1795    M /trunk/samtools/bam.c
1796
1797 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
1798
1799 ------------------------------------------------------------------------
1800 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
1801 Changed paths:
1802    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1803
1804 Update Makefile.mingw for the same reason
1805
1806 ------------------------------------------------------------------------
1807 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
1808 Changed paths:
1809    M /trunk/samtools/Makefile
1810
1811 Fixed a bug in compiling razip
1812
1813 ------------------------------------------------------------------------
1814 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
1815 Changed paths:
1816    M /trunk/samtools/ChangeLog
1817    M /trunk/samtools/NEWS
1818    M /trunk/samtools/bamtk.c
1819    M /trunk/samtools/samtools.1
1820
1821 Release samtools-0.1.7 (r510)
1822
1823 ------------------------------------------------------------------------
1824 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
1825 Changed paths:
1826    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1827    M /trunk/samtools/bamtk.c
1828
1829  * samtools-0.1.6-22 (r509)
1830  * forget to fix a similar problem in glfgen
1831
1832 ------------------------------------------------------------------------
1833 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
1834 Changed paths:
1835    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1836    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1837    M /trunk/samtools/bamtk.c
1838    M /trunk/samtools/sam_view.c
1839
1840  * samtools-0.1.6-21 (r508)
1841  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
1842
1843 ------------------------------------------------------------------------
1844 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
1845 Changed paths:
1846    M /trunk/samtools/bamtk.c
1847    M /trunk/samtools/sam_view.c
1848
1849  * samtools-0.1.6-19 (r494)
1850  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
1851
1852 ------------------------------------------------------------------------
1853 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
1854 Changed paths:
1855    M /trunk/samtools/Makefile
1856    M /trunk/samtools/bam.c
1857    M /trunk/samtools/bam_import.c
1858    M /trunk/samtools/bamtk.c
1859    M /trunk/samtools/sam.c
1860    M /trunk/samtools/sam_header.c
1861
1862  * samtools-0.1.6-18 (r493)
1863  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
1864  * a little code clean up in sam_header.c
1865
1866 ------------------------------------------------------------------------
1867 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
1868 Changed paths:
1869    M /trunk/samtools/sam_header.c
1870
1871 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
1872 ------------------------------------------------------------------------
1873 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
1874 Changed paths:
1875    M /trunk/samtools/sam_view.c
1876
1877  * BUGGY VERSION
1878  * fixed a minor bug
1879
1880 ------------------------------------------------------------------------
1881 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
1882 Changed paths:
1883    M /trunk/samtools/bam.c
1884    M /trunk/samtools/bam.h
1885    M /trunk/samtools/bam_import.c
1886    M /trunk/samtools/sam.c
1887
1888  * BUGGY VERSION
1889  * improved the interface a bit
1890  * bug unfixed
1891
1892 ------------------------------------------------------------------------
1893 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
1894 Changed paths:
1895    M /trunk/samtools/bam_import.c
1896    M /trunk/samtools/sam_header.c
1897    M /trunk/samtools/sam_header.h
1898
1899  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
1900  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
1901
1902 ------------------------------------------------------------------------
1903 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
1904 Changed paths:
1905    M /trunk/samtools/Makefile
1906    M /trunk/samtools/bam.c
1907    M /trunk/samtools/bam.h
1908    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1909    M /trunk/samtools/bam_import.c
1910    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1911    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1912    M /trunk/samtools/kaln.c
1913    M /trunk/samtools/sam.c
1914    M /trunk/samtools/sam_header.c
1915    M /trunk/samtools/sam_header.h
1916    M /trunk/samtools/sam_view.c
1917
1918  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
1919  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
1920
1921 ------------------------------------------------------------------------
1922 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
1923 Changed paths:
1924    M /trunk/samtools/sam_header.c
1925    M /trunk/samtools/sam_header.h
1926
1927 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
1928 ------------------------------------------------------------------------
1929 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
1930 Changed paths:
1931    M /trunk/samtools/sam_header.c
1932
1933
1934 ------------------------------------------------------------------------
1935 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
1936 Changed paths:
1937    A /trunk/samtools/sam_header.c
1938    A /trunk/samtools/sam_header.h
1939
1940
1941 ------------------------------------------------------------------------
1942 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
1943 Changed paths:
1944    M /trunk/samtools/bam_import.c
1945    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1946    M /trunk/samtools/bamtk.c
1947    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1948
1949  * samtools-0.1.6-17 (r484)
1950  * fixed a memory leak in rmdupse
1951  * fixed a bug in parsing @RG header lines
1952  * test rmdup in examples/
1953
1954 ------------------------------------------------------------------------
1955 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
1956 Changed paths:
1957    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1958    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1959    M /trunk/samtools/bamtk.c
1960
1961  * samtools-0.1.6-16 (r483)
1962  * unify the interface of rmdup and rmdupse
1963  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
1964
1965 ------------------------------------------------------------------------
1966 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
1967 Changed paths:
1968    M /trunk/samtools/bam.h
1969    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1970    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1971    M /trunk/samtools/bamtk.c
1972    A /trunk/samtools/klist.h
1973
1974  * samtools-0.1.6-15 (r482)
1975  * rewrite rmdupse
1976  * rmdupse is now library aware
1977
1978 ------------------------------------------------------------------------
1979 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
1980 Changed paths:
1981    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1982    M /trunk/samtools/bamtk.c
1983
1984  * samtools-0.1.6-14 (r480)
1985  * rmdup is now RG aware
1986
1987 ------------------------------------------------------------------------
1988 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
1989 Changed paths:
1990    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1991
1992 added a small unitity to parse SRA XML files
1993
1994 ------------------------------------------------------------------------
1995 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
1996 Changed paths:
1997    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1998    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1999    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2000    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2001    M /trunk/samtools/bamtk.c
2002
2003  * samtools-0.1.6-13 (r479)
2004  * merge: optionally use file names as RG tags
2005
2006 ------------------------------------------------------------------------
2007 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
2008 Changed paths:
2009    M /trunk/samtools/bam.c
2010    M /trunk/samtools/bam.h
2011    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2012    M /trunk/samtools/bamtk.c
2013    M /trunk/samtools/kaln.c
2014
2015  * samtools-0.1.6-12 (r478)
2016  * fixed a bug in the indel caller
2017
2018 ------------------------------------------------------------------------
2019 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
2020 Changed paths:
2021    M /trunk/samtools/bam_index.c
2022    M /trunk/samtools/bamtk.c
2023
2024  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2025  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2026
2027 ------------------------------------------------------------------------
2028 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2029 Changed paths:
2030    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2031
2032 Added the sam2vcf.pl script.
2033 ------------------------------------------------------------------------
2034 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2035 Changed paths:
2036    M /trunk/samtools/Makefile
2037    M /trunk/samtools/bam.c
2038    M /trunk/samtools/bam.h
2039    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2040    M /trunk/samtools/bamtk.c
2041    A /trunk/samtools/kaln.c
2042    A /trunk/samtools/kaln.h
2043
2044 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2045
2046 ------------------------------------------------------------------------
2047 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2048 Changed paths:
2049    M /trunk/samtools/knetfile.c
2050
2051 Removed the offending knet_seek message.
2052 ------------------------------------------------------------------------
2053 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2054 Changed paths:
2055    M /trunk/samtools/knetfile.c
2056    M /trunk/samtools/razf.c
2057
2058 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2059 ------------------------------------------------------------------------
2060 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2061 Changed paths:
2062    M /trunk/samtools/samtools.1
2063
2064 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2065
2066 ------------------------------------------------------------------------
2067 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2068 Changed paths:
2069    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2070
2071 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2072
2073 ------------------------------------------------------------------------
2074 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2075 Changed paths:
2076    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2077    M /trunk/samtools/bamtk.c
2078    M /trunk/samtools/knetfile.c
2079    M /trunk/samtools/knetfile.h
2080
2081  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2082  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2083
2084 ------------------------------------------------------------------------
2085 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2086 Changed paths:
2087    M /trunk/samtools/bam_index.c
2088    M /trunk/samtools/bamtk.c
2089
2090  * samtools-0.1.6-9 (r469)
2091  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
2092
2093 ------------------------------------------------------------------------
2094 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
2095 Changed paths:
2096    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2097    M /trunk/samtools/bamtk.c
2098    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2099
2100  * samtools-0.1.6-7 (r468)
2101  * make merge stable
2102
2103 ------------------------------------------------------------------------
2104 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
2105 Changed paths:
2106    M /trunk/samtools/bgzf.c
2107    M /trunk/samtools/bgzip.c
2108    M /trunk/samtools/razf.c
2109    M /trunk/samtools/razip.c
2110
2111 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
2112 ------------------------------------------------------------------------
2113 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
2114 Changed paths:
2115    M /trunk/samtools/ChangeLog
2116    M /trunk/samtools/bam_md.c
2117    M /trunk/samtools/bamtk.c
2118
2119  * samtools-0.1.6-6 (r466)
2120  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
2121
2122 ------------------------------------------------------------------------
2123 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
2124 Changed paths:
2125    M /trunk/samtools/bam.c
2126    M /trunk/samtools/knetfile.c
2127
2128 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
2129 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
2130
2131 ------------------------------------------------------------------------
2132 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
2133 Changed paths:
2134    M /trunk/samtools/knetfile.c
2135    M /trunk/samtools/razf.c
2136
2137 A bug fix, "samtools view" is now working again.
2138 ------------------------------------------------------------------------
2139 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
2140 Changed paths:
2141    M /trunk/samtools/bamtk.c
2142    M /trunk/samtools/faidx.c
2143    M /trunk/samtools/knetfile.c
2144    M /trunk/samtools/knetfile.h
2145    M /trunk/samtools/razf.c
2146    M /trunk/samtools/razf.h
2147
2148  * samtools-0.1.6-5 (r462)
2149  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
2150
2151 ------------------------------------------------------------------------
2152 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
2153 Changed paths:
2154    M /trunk/samtools/samtools.1
2155
2156 fixed a formatting issue
2157
2158 ------------------------------------------------------------------------
2159 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
2160 Changed paths:
2161    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2162    M /trunk/samtools/bamtk.c
2163
2164  * samtools-0.1.6-4 (r459)
2165  * make sort output the result to stdout when -o is in use
2166
2167 ------------------------------------------------------------------------
2168 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
2169 Changed paths:
2170    M /trunk/samtools/bamtk.c
2171    M /trunk/samtools/faidx.c
2172    M /trunk/samtools/faidx.h
2173    M /trunk/samtools/samtools.1
2174
2175  * samtools-0.1.6-2 (r458)
2176  * added more interface to faidx (by Nils)
2177  * updated documentation
2178
2179 ------------------------------------------------------------------------
2180 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
2181 Changed paths:
2182    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2183    M /trunk/samtools/bamtk.c
2184
2185  * samtools-0.1.6-2 (r457)
2186  * get rid of three assert() in bam_sort.c
2187
2188 ------------------------------------------------------------------------
2189 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
2190 Changed paths:
2191    M /trunk/samtools/razf.c
2192
2193 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
2194 when opening the file fails.
2195
2196 ------------------------------------------------------------------------
2197 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
2198 Changed paths:
2199    M /trunk/samtools/ChangeLog
2200    M /trunk/samtools/NEWS
2201    M /trunk/samtools/bamtk.c
2202    M /trunk/samtools/samtools.1
2203    D /trunk/samtools/source.dot
2204
2205 Release samtools-0.1.6
2206
2207 ------------------------------------------------------------------------
2208 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
2209 Changed paths:
2210    M /trunk/samtools/bam_md.c
2211    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2212    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2213    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2214    M /trunk/samtools/bamtk.c
2215    M /trunk/samtools/samtools.1
2216
2217  * samtools-0.1.5-34 (r451)
2218  * applied the patch by John
2219  * improved the help message a little bit
2220
2221 ------------------------------------------------------------------------
2222 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
2223 Changed paths:
2224    M /trunk/samtools/bam_color.c
2225    M /trunk/samtools/bamtk.c
2226
2227  * samtools-0.1.5-33 (r450)
2228  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
2229
2230 ------------------------------------------------------------------------
2231 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
2232 Changed paths:
2233    M /trunk/samtools/bam_import.c
2234    M /trunk/samtools/bam_md.c
2235    M /trunk/samtools/bamtk.c
2236    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2237
2238  * samtools-0.1.5-32 (r449)
2239  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
2240  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
2241
2242 ------------------------------------------------------------------------
2243 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
2244 Changed paths:
2245    M /trunk/samtools/ChangeLog
2246    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2247    M /trunk/samtools/bamtk.c
2248    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2249
2250  * samtools-0.1.5-31 (r448)
2251  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
2252
2253 ------------------------------------------------------------------------
2254 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
2255 Changed paths:
2256    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2257    M /trunk/samtools/bamtk.c
2258
2259  * samtools-0.1.5-30 (r447)
2260  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
2261
2262 ------------------------------------------------------------------------
2263 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
2264 Changed paths:
2265    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2266    M /trunk/samtools/bamtk.c
2267
2268  * 
2269
2270 ------------------------------------------------------------------------
2271 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
2272 Changed paths:
2273    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2274    M /trunk/samtools/bamtk.c
2275
2276  * samtools-0.1.5-28 (r444)
2277  * bug in "merge -n"
2278
2279 ------------------------------------------------------------------------
2280 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
2281 Changed paths:
2282    M /trunk/samtools/bam.c
2283    M /trunk/samtools/bam_import.c
2284    M /trunk/samtools/bamtk.c
2285
2286  * samtools-0.1.5-27 (r443)
2287  * SEQ and QUAL can be "*"
2288  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
2289
2290 ------------------------------------------------------------------------
2291 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
2292 Changed paths:
2293    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2294    M /trunk/samtools/bamtk.c
2295    M /trunk/samtools/misc/md5.c
2296    M /trunk/samtools/misc/md5.h
2297    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
2298
2299  * samtools-0.1.5-26 (r442)
2300  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
2301  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
2302
2303 ------------------------------------------------------------------------
2304 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
2305 Changed paths:
2306    M /trunk/samtools/bgzf.c
2307    M /trunk/samtools/bgzf.h
2308    M /trunk/samtools/bgzip.c
2309
2310 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
2311
2312 ------------------------------------------------------------------------
2313 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
2314 Changed paths:
2315    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2316    M /trunk/samtools/bamtk.c
2317
2318  * samtools-0.1.5-25 (r436)
2319  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
2320
2321 ------------------------------------------------------------------------
2322 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2323 Changed paths:
2324    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2325
2326 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
2327
2328 ------------------------------------------------------------------------
2329 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2330 Changed paths:
2331    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2332
2333 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
2334
2335 ------------------------------------------------------------------------
2336 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
2337 Changed paths:
2338    M /trunk/samtools/bamtk.c
2339    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2340    M /trunk/samtools/sam_view.c
2341
2342  * samtools-0.1.5-24 (r435)
2343  * fixed a typo
2344
2345 ------------------------------------------------------------------------
2346 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
2347 Changed paths:
2348    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2349    M /trunk/samtools/bamtk.c
2350
2351  * samtools-0.1.5-23 (r434)
2352  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
2353
2354 ------------------------------------------------------------------------
2355 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
2356 Changed paths:
2357    M /trunk/samtools/knetfile.c
2358
2359  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
2360  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
2361
2362 ------------------------------------------------------------------------
2363 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
2364 Changed paths:
2365    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2366    M /trunk/samtools/bamtk.c
2367    M /trunk/samtools/faidx.c
2368    M /trunk/samtools/razf.c
2369    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
2370    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
2371
2372  * samtools-0.1.5-22 (r432)
2373  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
2374  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
2375  * PDCurses support in Windows
2376
2377 ------------------------------------------------------------------------
2378 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2379 Changed paths:
2380    M /trunk/samtools/win32/libz.a
2381
2382 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
2383
2384 ------------------------------------------------------------------------
2385 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2386 Changed paths:
2387    M /trunk/samtools/knetfile.c
2388
2389 add comments
2390
2391 ------------------------------------------------------------------------
2392 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
2393 Changed paths:
2394    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2395    M /trunk/samtools/bamtk.c
2396    M /trunk/samtools/knetfile.c
2397    M /trunk/samtools/knetfile.h
2398
2399  * samtools-0.1.5-21 (r428)
2400  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
2401
2402 ------------------------------------------------------------------------
2403 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2404 Changed paths:
2405    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2406
2407 simplify MinGW Makefile
2408
2409 ------------------------------------------------------------------------
2410 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2411 Changed paths:
2412    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
2413    M /trunk/samtools/bam_import.c
2414    M /trunk/samtools/bamtk.c
2415    A /trunk/samtools/win32
2416    A /trunk/samtools/win32/libz.a
2417    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
2418    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
2419
2420  * samtools-0.1.5-20 (r427)
2421  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
2422    functionality are not tested at the moment.
2423  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
2424
2425 ------------------------------------------------------------------------
2426 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
2427 Changed paths:
2428    M /trunk/samtools/bamtk.c
2429    M /trunk/samtools/sam_view.c
2430
2431  * samtools-0.1.5-19 (r426)
2432  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
2433
2434 ------------------------------------------------------------------------
2435 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2436 Changed paths:
2437    M /trunk/samtools/bgzf.c
2438
2439 compatible with Windows binary files
2440
2441 ------------------------------------------------------------------------
2442 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2443 Changed paths:
2444    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2445    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2446    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2447    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2448    M /trunk/samtools/bamtk.c
2449    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2450
2451  * samtools-0.1.5-18 (r423)
2452  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
2453    of debugging at the moment
2454  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
2455
2456 ------------------------------------------------------------------------
2457 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
2458 Changed paths:
2459    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
2460
2461 convert BLAT psl to SAM.
2462
2463 ------------------------------------------------------------------------
2464 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
2465 Changed paths:
2466    M /trunk/samtools/ChangeLog
2467    M /trunk/samtools/bam.c
2468    M /trunk/samtools/bamtk.c
2469    M /trunk/samtools/bgzf.c
2470    M /trunk/samtools/bgzf.h
2471    M /trunk/samtools/knetfile.c
2472    M /trunk/samtools/sam.c
2473    M /trunk/samtools/sam_view.c
2474
2475  * samtools-0.1.5-17 (r422)
2476  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
2477  * write an empty BGZF block to every BGZF file
2478  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
2479  * update ChangeLog
2480
2481 ------------------------------------------------------------------------
2482 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
2483 Changed paths:
2484    M /trunk/samtools/bam_import.c
2485    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2486    M /trunk/samtools/bamtk.c
2487    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2488    M /trunk/samtools/sam.c
2489    M /trunk/samtools/sam.h
2490    M /trunk/samtools/sam_view.c
2491
2492  * samtools-0.1.5-16 (r421)
2493  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
2494
2495 ------------------------------------------------------------------------
2496 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
2497 Changed paths:
2498    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2499
2500 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
2501
2502 ------------------------------------------------------------------------
2503 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
2504 Changed paths:
2505    M /trunk/samtools/bam_import.c
2506    M /trunk/samtools/bamtk.c
2507    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2508    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2509
2510  * samtools-0.1.5-15 (r419)
2511  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
2512  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
2513  * add "unique" command to samtools.pl
2514
2515 ------------------------------------------------------------------------
2516 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
2517 Changed paths:
2518    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2519
2520 skip @header lines in SAM
2521
2522 ------------------------------------------------------------------------
2523 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2524 Changed paths:
2525    M /trunk/samtools/bamtk.c
2526    M /trunk/samtools/sam_view.c
2527
2528  * samtools-0.1.5-14 (r417)
2529  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
2530
2531 ------------------------------------------------------------------------
2532 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2533 Changed paths:
2534    M /trunk/samtools/bam.c
2535    M /trunk/samtools/bam.h
2536    M /trunk/samtools/bam_import.c
2537    M /trunk/samtools/bamtk.c
2538    M /trunk/samtools/sam.c
2539    M /trunk/samtools/sam.h
2540    M /trunk/samtools/sam_view.c
2541
2542  * samtools-0.1.5-17 (r416)
2543  * support import/export SAM with string tags
2544
2545 ------------------------------------------------------------------------
2546 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2547 Changed paths:
2548    M /trunk/samtools/bam.c
2549    M /trunk/samtools/bam.h
2550    M /trunk/samtools/bam_import.c
2551    M /trunk/samtools/bamtk.c
2552    M /trunk/samtools/sam.c
2553    M /trunk/samtools/sam.h
2554    M /trunk/samtools/sam_view.c
2555
2556  * samtools-0.1.5-12 (r415)
2557  * FLAG now can be in HEX
2558
2559 ------------------------------------------------------------------------
2560 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
2561 Changed paths:
2562    M /trunk/samtools/kstring.h
2563
2564 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
2565
2566 ------------------------------------------------------------------------
2567 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
2568 Changed paths:
2569    M /trunk/samtools/kstring.c
2570    M /trunk/samtools/kstring.h
2571
2572 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
2573
2574 ------------------------------------------------------------------------
2575 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
2576 Changed paths:
2577    M /trunk/samtools/bam_index.c
2578
2579 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
2580
2581 ------------------------------------------------------------------------
2582 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2583 Changed paths:
2584    M /trunk/samtools/bam_md.c
2585    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2586    M /trunk/samtools/bamtk.c
2587    M /trunk/samtools/bgzf.c
2588
2589  * samtools-0.1.5-11 (r408)
2590  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
2591    from fillmd.
2592  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
2593
2594 ------------------------------------------------------------------------
2595 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
2596 Changed paths:
2597    M /trunk/samtools/bam.h
2598    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2599    M /trunk/samtools/bam_md.c
2600    M /trunk/samtools/bamtk.c
2601    M /trunk/samtools/sam.h
2602
2603  * samtools-0.1.5-10 (r407)
2604  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
2605  * fillmd: generate the NM tag
2606  * fillmd: cmd interface improvement
2607
2608 ------------------------------------------------------------------------
2609 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
2610 Changed paths:
2611    M /trunk/samtools/Makefile
2612
2613 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
2614
2615 ------------------------------------------------------------------------
2616 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2617 Changed paths:
2618    M /trunk/samtools/Makefile
2619    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2620    M /trunk/samtools/bamtk.c
2621
2622  * samtools-0.1.5-9 (r405)
2623  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
2624
2625 ------------------------------------------------------------------------
2626 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2627 Changed paths:
2628    M /trunk/samtools/Makefile
2629    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2630    M /trunk/samtools/bamtk.c
2631
2632  * samtools-0.1.5-8 (r404)
2633  * compatible with PDCurses
2634
2635 ------------------------------------------------------------------------
2636 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
2637 Changed paths:
2638    M /trunk/samtools/bamtk.c
2639    M /trunk/samtools/kseq.h
2640
2641  * samtools-0.1.5-7 (r403)
2642  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
2643
2644 ------------------------------------------------------------------------
2645 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
2646 Changed paths:
2647    M /trunk/samtools/bam_import.c
2648    M /trunk/samtools/bam_index.c
2649    M /trunk/samtools/bamtk.c
2650    M /trunk/samtools/bgzf.c
2651
2652  * samtools-0.1.5-6 (r402)
2653  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
2654  * improve portability to MinGW
2655
2656 ------------------------------------------------------------------------
2657 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2658 Changed paths:
2659    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
2660    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
2661    D /trunk/samtools/bam_lite.c
2662
2663  * move bam_lite.c to bam-lite
2664  * copy bam.h to bam-lite
2665
2666 ------------------------------------------------------------------------
2667 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
2668 Changed paths:
2669    M /trunk/samtools/bam.h
2670    M /trunk/samtools/bam_lite.c
2671    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2672    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2673    M /trunk/samtools/bamtk.c
2674
2675  * samtools-0.1.5-5 (r395)
2676  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
2677
2678 ------------------------------------------------------------------------
2679 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
2680 Changed paths:
2681    M /trunk/samtools/bamtk.c
2682    M /trunk/samtools/knetfile.c
2683    M /trunk/samtools/knetfile.h
2684
2685  * samtools-0.1.5-4 (r394)
2686  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
2687
2688 ------------------------------------------------------------------------
2689 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
2690 Changed paths:
2691    M /trunk/samtools/bam_index.c
2692    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2693    M /trunk/samtools/bamtk.c
2694    M /trunk/samtools/knetfile.c
2695    M /trunk/samtools/knetfile.h
2696
2697  * samtools-0.1.5-3 (r393)
2698  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
2699  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
2700    not seen the sideeffect so far.
2701
2702 ------------------------------------------------------------------------
2703 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
2704 Changed paths:
2705    M /trunk/samtools/samtools.1
2706
2707 Remove the warning in tview
2708
2709 ------------------------------------------------------------------------
2710 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
2711 Changed paths:
2712    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2713    M /trunk/samtools/bamtk.c
2714
2715  * samtools-0.1.5-2 (r391)
2716  * do not show a blank screen when no reads mapped
2717
2718 ------------------------------------------------------------------------
2719 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
2720 Changed paths:
2721    M /trunk/samtools/bam.h
2722    A /trunk/samtools/bam_lite.c
2723    M /trunk/samtools/bamtk.c
2724
2725  * samtools-0.1.5-1 (r390)
2726  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
2727  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
2728
2729 ------------------------------------------------------------------------
2730 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2731 Changed paths:
2732    M /trunk/samtools/bamtk.c
2733    M /trunk/samtools/knetfile.c
2734
2735 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
2736
2737 ------------------------------------------------------------------------
2738 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2739 Changed paths:
2740    M /trunk/samtools/bamtk.c
2741    M /trunk/samtools/sam.c
2742
2743 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
2744
2745 ------------------------------------------------------------------------
2746 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2747 Changed paths:
2748    M /trunk/samtools/Makefile
2749    M /trunk/samtools/bam.h
2750    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2751    M /trunk/samtools/bamtk.c
2752
2753 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
2754
2755 ------------------------------------------------------------------------
2756 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
2757 Changed paths:
2758    M /trunk/samtools/ChangeLog
2759    M /trunk/samtools/NEWS
2760    M /trunk/samtools/bamtk.c
2761    M /trunk/samtools/samtools.1
2762
2763 Release samtools-0.1.5
2764
2765 ------------------------------------------------------------------------
2766 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
2767 Changed paths:
2768    M /trunk/samtools/bamtk.c
2769    M /trunk/samtools/sam.c
2770
2771  * samtools-0.1.4-23 (r372)
2772  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
2773
2774 ------------------------------------------------------------------------
2775 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
2776 Changed paths:
2777    M /trunk/samtools/samtools.1
2778
2779 update documentation
2780
2781 ------------------------------------------------------------------------
2782 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
2783 Changed paths:
2784    M /trunk/samtools/Makefile
2785
2786 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
2787
2788 ------------------------------------------------------------------------
2789 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
2790 Changed paths:
2791    M /trunk/samtools/ChangeLog
2792    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2793    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2794    M /trunk/samtools/bamtk.c
2795
2796  * samtools-0.1.4-22 (r369)
2797  * in pileup, optionally print E2 and U2
2798  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
2799
2800 ------------------------------------------------------------------------
2801 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
2802 Changed paths:
2803    M /trunk/samtools/bam.c
2804    M /trunk/samtools/bam.h
2805    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2806    M /trunk/samtools/bam_index.c
2807    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2808    M /trunk/samtools/bam_md.c
2809    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2810    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2811    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2812    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2813    M /trunk/samtools/bamtk.c
2814    M /trunk/samtools/faidx.c
2815    M /trunk/samtools/faidx.h
2816    M /trunk/samtools/glf.c
2817
2818  * samtools-0.1.4-21 (r368)
2819  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
2820    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
2821    inconsistency. I was just a bit lazy.
2822  * small memory leak may be present on failure, though
2823
2824 ------------------------------------------------------------------------
2825 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
2826 Changed paths:
2827    M /trunk/samtools/knetfile.c
2828
2829 reduce the chance of blocking in FTP connection
2830
2831 ------------------------------------------------------------------------
2832 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
2833 Changed paths:
2834    M /trunk/samtools/knetfile.c
2835
2836 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
2837
2838 ------------------------------------------------------------------------
2839 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
2840 Changed paths:
2841    M /trunk/samtools/bam_index.c
2842    M /trunk/samtools/bamtk.c
2843    M /trunk/samtools/knetfile.c
2844    M /trunk/samtools/knetfile.h
2845
2846  * samtools-0.1.4-20 (r365)
2847  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
2848
2849 ------------------------------------------------------------------------
2850 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
2851 Changed paths:
2852    M /trunk/samtools/bamtk.c
2853    M /trunk/samtools/knetfile.c
2854
2855  * samtools-0.1.4-19 (r364)
2856  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
2857
2858 ------------------------------------------------------------------------
2859 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
2860 Changed paths:
2861    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2862    M /trunk/samtools/bamtk.c
2863    M /trunk/samtools/bgzf.c
2864    M /trunk/samtools/bgzf.h
2865    M /trunk/samtools/knetfile.c
2866    M /trunk/samtools/knetfile.h
2867
2868  * samtools-0.1.4-18 (r363)
2869  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
2870  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
2871
2872 ------------------------------------------------------------------------
2873 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
2874 Changed paths:
2875    M /trunk/samtools/bgzf.c
2876
2877 write changelog
2878
2879 ------------------------------------------------------------------------
2880 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
2881 Changed paths:
2882    M /trunk/samtools/bam_index.c
2883    M /trunk/samtools/bamtk.c
2884
2885  * samtools-0.1.4-17 (r361)
2886  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
2887
2888 ------------------------------------------------------------------------
2889 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
2890 Changed paths:
2891    M /trunk/samtools/Makefile
2892    M /trunk/samtools/bam_import.c
2893    M /trunk/samtools/bam_index.c
2894    M /trunk/samtools/bamtk.c
2895    M /trunk/samtools/bgzf.c
2896    M /trunk/samtools/bgzf.h
2897    M /trunk/samtools/knetfile.c
2898    M /trunk/samtools/knetfile.h
2899
2900  * samtools-0.1.4-16 (r360)
2901  * report more information in index when the input is not sorted
2902  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
2903  * support knetfile library in BGZF
2904
2905 ------------------------------------------------------------------------
2906 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
2907 Changed paths:
2908    M /trunk/samtools/knetfile.c
2909    M /trunk/samtools/knetfile.h
2910
2911 fixed bugs in knetfile.*
2912
2913 ------------------------------------------------------------------------
2914 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
2915 Changed paths:
2916    A /trunk/samtools/knetfile.h
2917
2918 this is the header file
2919
2920 ------------------------------------------------------------------------
2921 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
2922 Changed paths:
2923    A /trunk/samtools/knetfile.c
2924
2925  * open a file at FTP
2926  * preliminary version
2927
2928 ------------------------------------------------------------------------
2929 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
2930 Changed paths:
2931    M /trunk/samtools/bam.c
2932    M /trunk/samtools/bamtk.c
2933
2934  * samtools-0.1.4-15 (r354)
2935  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
2936
2937 ------------------------------------------------------------------------
2938 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
2939 Changed paths:
2940    M /trunk/samtools/bamtk.c
2941    M /trunk/samtools/faidx.c
2942
2943  * samtools-0.1.4-13 (r351)
2944  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
2945  * hope this does not introduce new bugs...
2946
2947 ------------------------------------------------------------------------
2948 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
2949 Changed paths:
2950    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2951    M /trunk/samtools/bamtk.c
2952
2953  * samtools-0.1.4-13 (r350)
2954  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
2955
2956 ------------------------------------------------------------------------
2957 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
2958 Changed paths:
2959    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2960    M /trunk/samtools/bamtk.c
2961    M /trunk/samtools/sam_view.c
2962
2963  * samtools-0.1.4-12 (r347)
2964  * added `-S' to pileup, similar to `view -S' 
2965
2966 ------------------------------------------------------------------------
2967 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
2968 Changed paths:
2969    M /trunk/samtools/Makefile
2970    M /trunk/samtools/bamtk.c
2971    M /trunk/samtools/sam_view.c
2972    M /trunk/samtools/samtools.1
2973
2974  * samtools-0.1.4-11 (r346)
2975  * allow to select a read group at view command-line
2976
2977 ------------------------------------------------------------------------
2978 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
2979 Changed paths:
2980    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
2981
2982 added more comments
2983
2984 ------------------------------------------------------------------------
2985 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
2986 Changed paths:
2987    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
2988
2989 nothing really
2990
2991 ------------------------------------------------------------------------
2992 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
2993 Changed paths:
2994    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2995    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
2996
2997 added an example of calculating read depth
2998
2999 ------------------------------------------------------------------------
3000 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3001 Changed paths:
3002    M /trunk/samtools/Makefile
3003    M /trunk/samtools/bam.h
3004    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3005    A /trunk/samtools/bam_color.c
3006    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3007    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3008    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3009    M /trunk/samtools/bamtk.c
3010    M /trunk/samtools/sam.c
3011    M /trunk/samtools/sam.h
3012
3013  * samtools-0.1.4-10 (r341)
3014  * only include key APIs in libbam.a
3015  * move color-specific routines to bam_color.c
3016  * update documentations
3017  * remove the support of -q in pileup
3018
3019 ------------------------------------------------------------------------
3020 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3021 Changed paths:
3022    M /trunk/samtools/INSTALL
3023    M /trunk/samtools/Makefile
3024    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3025    M /trunk/samtools/bam_import.c
3026    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3027    M /trunk/samtools/bamtk.c
3028    M /trunk/samtools/razf.c
3029    M /trunk/samtools/sam_view.c
3030
3031  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3032  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3033  * fixed a compilation warning
3034  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3035  * detect NCURSES in bam_tview.c
3036
3037 ------------------------------------------------------------------------
3038 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3039 Changed paths:
3040    M /trunk/samtools/INSTALL
3041
3042 update INSTALL
3043
3044 ------------------------------------------------------------------------
3045 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3046 Changed paths:
3047    M /trunk/samtools/bam.c
3048    M /trunk/samtools/bam.h
3049    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3050    M /trunk/samtools/bam_import.c
3051    M /trunk/samtools/bamtk.c
3052    M /trunk/samtools/kstring.h
3053    M /trunk/samtools/sam.c
3054    M /trunk/samtools/sam_view.c
3055
3056  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3057  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3058    command line
3059
3060 ------------------------------------------------------------------------
3061 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3062 Changed paths:
3063    M /trunk/samtools/bamtk.c
3064    M /trunk/samtools/bgzf.c
3065    M /trunk/samtools/bgzf.h
3066    M /trunk/samtools/sam.c
3067    M /trunk/samtools/sam_view.c
3068
3069  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3070  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3071  * "samtools view" support "-u" command-line option
3072
3073 ------------------------------------------------------------------------
3074 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3075 Changed paths:
3076    M /trunk/samtools/Makefile
3077    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3078    M /trunk/samtools/razf.c
3079    M /trunk/samtools/razf.h
3080    M /trunk/samtools/razip.c
3081
3082  * no changes to samtools itself
3083  * remove zlib source codes
3084  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3085  * on old version of zlib, writing is not available
3086
3087 ------------------------------------------------------------------------
3088 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3089 Changed paths:
3090    D /trunk/samtools/zlib
3091
3092 remove zlib for simplification...
3093
3094 ------------------------------------------------------------------------
3095 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3096 Changed paths:
3097    M /trunk/samtools/bam.h
3098    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3099    M /trunk/samtools/bamtk.c
3100
3101  * samtools-0.1.4-6 (r334)
3102  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
3103    been implemented in that.
3104  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
3105
3106 ------------------------------------------------------------------------
3107 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3108 Changed paths:
3109    M /trunk/samtools/ChangeLog
3110
3111 update ChangeLog
3112
3113 ------------------------------------------------------------------------
3114 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3115 Changed paths:
3116    M /trunk/samtools/AUTHORS
3117    M /trunk/samtools/Makefile
3118    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3119
3120 fixed minor things in Makefile
3121
3122 ------------------------------------------------------------------------
3123 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3124 Changed paths:
3125    M /trunk/samtools/bamtk.c
3126
3127  * samtools-0.1.4-5 (r3310
3128  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
3129    changes in the Makefile building system.
3130
3131 ------------------------------------------------------------------------
3132 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3133 Changed paths:
3134    M /trunk/samtools/AUTHORS
3135    D /trunk/samtools/README
3136
3137 update information...
3138
3139 ------------------------------------------------------------------------
3140 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3141 Changed paths:
3142    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
3143
3144  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
3145  * this version works with indels
3146
3147 ------------------------------------------------------------------------
3148 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3149 Changed paths:
3150    M /trunk/samtools/INSTALL
3151    M /trunk/samtools/Makefile
3152    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3153    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
3154
3155  * update Makefile
3156  * update INSTALL instruction
3157
3158 ------------------------------------------------------------------------
3159 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3160 Changed paths:
3161    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
3162    D /trunk/samtools/Makefile.am
3163    D /trunk/samtools/Makefile.generic
3164    D /trunk/samtools/Makefile.lite
3165    D /trunk/samtools/autogen.sh
3166    D /trunk/samtools/cleanup.sh
3167    D /trunk/samtools/configure.ac
3168    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
3169    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3170    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3171    M /trunk/samtools/razf.c
3172    A /trunk/samtools/zlib
3173    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
3174    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
3175    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
3176    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
3177    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
3178    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
3179    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
3180    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
3181    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
3182    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
3183    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
3184    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
3185    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
3186    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
3187    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
3188    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
3189    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
3190    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
3191    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
3192    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
3193    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
3194    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
3195    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
3196    D /trunk/samtools/zutil.h
3197
3198  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
3199  * prepare to changed back to the Makefile building system
3200  * unfinished! (will be soon)
3201
3202 ------------------------------------------------------------------------
3203 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3204 Changed paths:
3205    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3206
3207 Unfinished
3208
3209 ------------------------------------------------------------------------
3210 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3211 Changed paths:
3212    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3213    M /trunk/samtools/bamtk.c
3214
3215  * samtools-0.1.4-4 (r325)
3216  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
3217
3218 ------------------------------------------------------------------------
3219 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
3220 Changed paths:
3221    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3222    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3223    M /trunk/samtools/bamtk.c
3224    M /trunk/samtools/sam.c
3225    M /trunk/samtools/sam.h
3226
3227  * samtools-0.1.4-3 (r324)
3228  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
3229  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
3230
3231 ------------------------------------------------------------------------
3232 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3233 Changed paths:
3234    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3235
3236  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
3237  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
3238
3239 ------------------------------------------------------------------------
3240 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
3241 Changed paths:
3242    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
3243
3244 fixed a typo
3245
3246 ------------------------------------------------------------------------
3247 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
3248 Changed paths:
3249    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3250
3251 just typo. no real change
3252
3253 ------------------------------------------------------------------------
3254 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
3255 Changed paths:
3256    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3257
3258 a little bit code cleanup
3259
3260 ------------------------------------------------------------------------
3261 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
3262 Changed paths:
3263    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3264
3265  * samtools.pl-0.3.1
3266  * change default parameters
3267  * optionally print filtered variants
3268
3269 ------------------------------------------------------------------------
3270 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3271 Changed paths:
3272    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3273
3274  * samtools.pl-0.3.0
3275  * combine snpFilter and indelFilter
3276
3277 ------------------------------------------------------------------------
3278 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3279 Changed paths:
3280    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3281
3282  * samtools.pl-0.2.3
3283  * change a default parameter
3284
3285 ------------------------------------------------------------------------
3286 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
3287 Changed paths:
3288    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3289    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3290    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3291    M /trunk/samtools/bamtk.c
3292    M /trunk/samtools/sam.c
3293
3294  * samtools-0.1.4-2 (r316)
3295  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
3296  * pileup: always calculate RMS mapq
3297  * pileup: allow to output variant sites only
3298
3299 ------------------------------------------------------------------------
3300 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
3301 Changed paths:
3302    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3303
3304  * samtools.pl-0.2.2
3305  * added pileup2fq
3306
3307 ------------------------------------------------------------------------
3308 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
3309 Changed paths:
3310    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3311
3312  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
3313
3314 ------------------------------------------------------------------------
3315 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3316 Changed paths:
3317    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3318
3319  * samtools.pl-0.2.1
3320  * fixed a typo
3321
3322 ------------------------------------------------------------------------
3323 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3324 Changed paths:
3325    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3326
3327  * samtools.pl-0.2.0
3328  * snpFilter
3329
3330 ------------------------------------------------------------------------
3331 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3332 Changed paths:
3333    M /trunk/samtools/bgzf.c
3334
3335  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
3336  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
3337
3338 ------------------------------------------------------------------------
3339 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
3340 Changed paths:
3341    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
3342
3343 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
3344
3345 ------------------------------------------------------------------------
3346 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3347 Changed paths:
3348    M /trunk/samtools/bamtk.c
3349    M /trunk/samtools/sam.c
3350
3351  * samtools-0.1.4-1 (r304)
3352  * fixed a minor bug in printing headers
3353
3354 ------------------------------------------------------------------------
3355 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
3356 Changed paths:
3357    M /trunk/samtools/ChangeLog
3358    M /trunk/samtools/NEWS
3359    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3360    M /trunk/samtools/bamtk.c
3361    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3362    M /trunk/samtools/samtools.1
3363
3364 Release samtools-0.1.4
3365
3366 ------------------------------------------------------------------------
3367 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3368 Changed paths:
3369    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3370    M /trunk/samtools/bamtk.c
3371
3372  * samtools-0.1.3-24 (r296)
3373  * another similar bug in the indel caller
3374
3375 ------------------------------------------------------------------------
3376 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3377 Changed paths:
3378    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3379    M /trunk/samtools/bamtk.c
3380
3381  * samtools-0.1.3-23 (r295)
3382  * fixed a critical bug in the indel caller
3383
3384 ------------------------------------------------------------------------
3385 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
3386 Changed paths:
3387    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3388
3389 added a missing header file
3390
3391 ------------------------------------------------------------------------
3392 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
3393 Changed paths:
3394    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3395    M /trunk/samtools/bamtk.c
3396
3397  * samtools-0.1.3-22 (r293)
3398  * open tview in the dot-view mode by default
3399
3400 ------------------------------------------------------------------------
3401 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
3402 Changed paths:
3403    M /trunk/samtools/samtools.1
3404
3405 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
3406 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
3407 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
3408 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
3409
3410
3411 ------------------------------------------------------------------------
3412 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
3413 Changed paths:
3414    M /trunk/samtools/bam.h
3415    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3416    M /trunk/samtools/bamtk.c
3417
3418  * samtools-0.1.3-21 (286)
3419  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
3420
3421 ------------------------------------------------------------------------
3422 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
3423 Changed paths:
3424    M /trunk/samtools/bam.h
3425    M /trunk/samtools/bam_index.c
3426    M /trunk/samtools/bamtk.c
3427
3428  * samtools-0.1.3-20 (r276)
3429  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
3430    make it work with the latest SVN.
3431  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
3432
3433 ------------------------------------------------------------------------
3434 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
3435 Changed paths:
3436    M /trunk/samtools/ChangeLog
3437    M /trunk/samtools/bam.h
3438    M /trunk/samtools/bamtk.c
3439
3440  * samtools-0.1.3-19 (r275)
3441  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
3442    backward compatibility with Bio::DB::Sam
3443
3444 ------------------------------------------------------------------------
3445 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3446 Changed paths:
3447    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3448    M /trunk/samtools/bamtk.c
3449
3450  * samtools-0.1.3-18 (r273)
3451  * rmdupse: do not remove unmapped reads
3452
3453 ------------------------------------------------------------------------
3454 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
3455 Changed paths:
3456    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3457
3458 change a parameter. It does nothing
3459
3460 ------------------------------------------------------------------------
3461 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3462 Changed paths:
3463    M /trunk/samtools/Makefile.am
3464    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3465    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3466    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3467    M /trunk/samtools/bamtk.c
3468    M /trunk/samtools/configure.ac
3469
3470  * samtools-0.1.3-17 (r271)
3471  * added 'rmdupse' command
3472
3473 ------------------------------------------------------------------------
3474 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3475 Changed paths:
3476    M /trunk/samtools/bamtk.c
3477    M /trunk/samtools/sam_view.c
3478
3479  * samtools-0.1.3-16 (r267)
3480  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
3481
3482 ------------------------------------------------------------------------
3483 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3484 Changed paths:
3485    M /trunk/samtools/bam_import.c
3486    M /trunk/samtools/bamtk.c
3487
3488  * samtools-0.1.3-15 (r266)
3489  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
3490
3491 ------------------------------------------------------------------------
3492 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3493 Changed paths:
3494    M /trunk/samtools/bam.h
3495    M /trunk/samtools/bam_import.c
3496    M /trunk/samtools/bamtk.c
3497    M /trunk/samtools/sam.c
3498    M /trunk/samtools/sam_view.c
3499
3500  * samtools-0.1.3-14 (r262)
3501  * make samopen() recognize @SQ header lines
3502
3503 ------------------------------------------------------------------------
3504 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3505 Changed paths:
3506    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3507    M /trunk/samtools/bamtk.c
3508    M /trunk/samtools/bgzf.c
3509    M /trunk/samtools/sam.c
3510    M /trunk/samtools/sam_view.c
3511
3512  * samtools-0.1.3-13 (r260)
3513  * report error for file I/O error
3514
3515 ------------------------------------------------------------------------
3516 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
3517 Changed paths:
3518    M /trunk/samtools/Makefile.am
3519
3520 update Makefile.am
3521
3522 ------------------------------------------------------------------------
3523 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3524 Changed paths:
3525    M /trunk/samtools/bam.h
3526    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3527    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3528    M /trunk/samtools/bamtk.c
3529    M /trunk/samtools/sam.c
3530    M /trunk/samtools/sam.h
3531
3532  * samtools-0.1.3-12 (r259)
3533  * use the new I/O interface in pileup
3534
3535 ------------------------------------------------------------------------
3536 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3537 Changed paths:
3538    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3539    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3540    M /trunk/samtools/bam.c
3541    M /trunk/samtools/bam.h
3542    M /trunk/samtools/bam_import.c
3543    M /trunk/samtools/bamtk.c
3544    A /trunk/samtools/sam.c
3545    A /trunk/samtools/sam.h
3546    A /trunk/samtools/sam_view.c
3547
3548  * samtools-0.1.3-11 (r258)
3549  * unify the interface to BAM and SAM I/O
3550
3551 ------------------------------------------------------------------------
3552 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3553 Changed paths:
3554    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3555    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3556    M /trunk/samtools/bamtk.c
3557
3558  * samtools-0.1.3-10 (r257)
3559  * allow hex with "pileup -m"
3560
3561 ------------------------------------------------------------------------
3562 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
3563 Changed paths:
3564    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3565    M /trunk/samtools/bamtk.c
3566
3567  * samtools-0.1.3-9 (r256)
3568  * fixed a bug in bam_lpileup.c
3569  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
3570
3571 ------------------------------------------------------------------------
3572 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
3573 Changed paths:
3574    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3575    M /trunk/samtools/bamtk.c
3576
3577  * samtools-0.1.3-8 (r251)
3578  * fixed a bug when there are reads without coordinates
3579
3580 ------------------------------------------------------------------------
3581 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3582 Changed paths:
3583    A /trunk/samtools/AUTHORS
3584    A /trunk/samtools/README
3585    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3586
3587 added missing files
3588
3589 ------------------------------------------------------------------------
3590 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3591 Changed paths:
3592    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3593    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3594    M /trunk/samtools/configure.ac
3595    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3596
3597 improve large file support in compilation
3598
3599 ------------------------------------------------------------------------
3600 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3601 Changed paths:
3602    M /trunk/samtools/INSTALL
3603
3604 update INSTALL
3605
3606 ------------------------------------------------------------------------
3607 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
3608 Changed paths:
3609    M /trunk/samtools/Makefile.am
3610    M /trunk/samtools/autogen.sh
3611    M /trunk/samtools/cleanup.sh
3612    M /trunk/samtools/configure.ac
3613    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3614
3615 fixed various issues about the GNU building scripts
3616
3617 ------------------------------------------------------------------------
3618 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
3619 Changed paths:
3620    M /trunk/samtools/ChangeLog
3621    D /trunk/samtools/Makefile
3622    A /trunk/samtools/Makefile.am
3623    A /trunk/samtools/Makefile.generic
3624    A /trunk/samtools/autogen.sh
3625    M /trunk/samtools/bam.h
3626    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3627    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3628    M /trunk/samtools/bamtk.c
3629    A /trunk/samtools/cleanup.sh
3630    A /trunk/samtools/configure.ac
3631    D /trunk/samtools/misc/Makefile
3632    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
3633
3634  * samtools-0.1.3-7 (r246)
3635  * incorporated revisions from Nils Homer
3636  * enhanced support of displaying color-space reads
3637
3638 ------------------------------------------------------------------------
3639 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
3640 Changed paths:
3641    M /trunk/samtools/bam_md.c
3642    M /trunk/samtools/bamtk.c
3643
3644  * samtools-0.1.3-6 (r244)
3645  * fixed segfault for unmapped reads
3646
3647 ------------------------------------------------------------------------
3648 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3649 Changed paths:
3650    M /trunk/samtools/bam.h
3651    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3652    M /trunk/samtools/bam_md.c
3653    M /trunk/samtools/bamtk.c
3654
3655  * samtools-0.1.3-5 (r243)
3656  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
3657  * check MD
3658  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
3659
3660 ------------------------------------------------------------------------
3661 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
3662 Changed paths:
3663    M /trunk/samtools/bam_md.c
3664    M /trunk/samtools/bamtk.c
3665
3666  * samtools-0.1.3-4 (r242)
3667  * fixed a memory leak
3668
3669 ------------------------------------------------------------------------
3670 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3671 Changed paths:
3672    M /trunk/samtools/Makefile
3673    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3674    M /trunk/samtools/bam.h
3675    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3676    A /trunk/samtools/bam_md.c
3677    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3678    M /trunk/samtools/bamtk.c
3679
3680  * samtools-0.1.3-3 (r240)
3681  * generate MD tag
3682  * generate "=" bases
3683  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
3684
3685 ------------------------------------------------------------------------
3686 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
3687 Changed paths:
3688    M /trunk/samtools/bam.h
3689    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3690    M /trunk/samtools/bamtk.c
3691
3692  * samtools-0.1.3-2 (r239)
3693  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
3694  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
3695  * added tagview for testing bam_aux
3696
3697 ------------------------------------------------------------------------
3698 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
3699 Changed paths:
3700    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3701    M /trunk/samtools/bamtk.c
3702
3703  * samtools-0.1.3-1
3704  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
3705
3706 ------------------------------------------------------------------------
3707 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
3708 Changed paths:
3709    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3710
3711 a missing file in Makefile.lite
3712
3713 ------------------------------------------------------------------------
3714 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3715 Changed paths:
3716    M /trunk/samtools/NEWS
3717    M /trunk/samtools/bamtk.c
3718
3719 Release samtools-0.1.3
3720
3721 ------------------------------------------------------------------------
3722 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3723 Changed paths:
3724    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3725    M /trunk/samtools/bamtk.c
3726
3727  * samtools-0.1.2-28
3728  * make samtools more robust to weird input such as empty file
3729
3730 ------------------------------------------------------------------------
3731 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3732 Changed paths:
3733    M /trunk/samtools/ChangeLog
3734    M /trunk/samtools/NEWS
3735    M /trunk/samtools/samtools.1
3736
3737 prepare for release 0.1.3
3738
3739 ------------------------------------------------------------------------
3740 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
3741 Changed paths:
3742    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
3743
3744 convert NCBI-BLASTN to SAM
3745
3746 ------------------------------------------------------------------------
3747 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3748 Changed paths:
3749    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3750    M /trunk/samtools/bamtk.c
3751
3752  * samtools-0.1.2-27
3753  * fixed a small memory leak in tview
3754
3755 ------------------------------------------------------------------------
3756 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
3757 Changed paths:
3758    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3759    M /trunk/samtools/bamtk.c
3760
3761  * samtools-0.1.2-26
3762  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
3763
3764 ------------------------------------------------------------------------
3765 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
3766 Changed paths:
3767    M /trunk/samtools/ChangeLog
3768    M /trunk/samtools/NEWS
3769
3770 proposed NEWS for the new release (have not yet)
3771
3772 ------------------------------------------------------------------------
3773 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
3774 Changed paths:
3775    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3776
3777  * samtools.pl-0.1.1
3778  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
3779    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
3780
3781 ------------------------------------------------------------------------
3782 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
3783 Changed paths:
3784    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3785    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3786    M /trunk/samtools/bamtk.c
3787    M /trunk/samtools/samtools.1
3788
3789  * samtools-0.1.2-25
3790  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
3791    containing indels
3792
3793 ------------------------------------------------------------------------
3794 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
3795 Changed paths:
3796    M /trunk/samtools/ChangeLog
3797
3798 update ChangeLog from "svn log"
3799
3800 ------------------------------------------------------------------------
3801 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
3802 Changed paths:
3803    M /trunk/samtools/bam.c
3804    M /trunk/samtools/bam_import.c
3805    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3806    M /trunk/samtools/bamtk.c
3807    M /trunk/samtools/kseq.h
3808
3809  * samtools-0.1.2-24
3810  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
3811  * allow empty header
3812
3813 ------------------------------------------------------------------------
3814 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
3815 Changed paths:
3816    M /trunk/samtools/bam.c
3817    M /trunk/samtools/bam_import.c
3818    M /trunk/samtools/bamtk.c
3819
3820  * samtools-0.1.2-23
3821  * recognize '*' at the QUAL field
3822
3823 ------------------------------------------------------------------------
3824 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
3825 Changed paths:
3826    M /trunk/samtools/bam_import.c
3827    M /trunk/samtools/bamtk.c
3828    M /trunk/samtools/kseq.h
3829
3830  * samtools-0.1.2-22
3831  * the field separater is TAB only, now
3832
3833 ------------------------------------------------------------------------
3834 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
3835 Changed paths:
3836    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
3837
3838  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
3839
3840 ------------------------------------------------------------------------
3841 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
3842 Changed paths:
3843    M /trunk/samtools/bam_mate.c
3844    M /trunk/samtools/bamtk.c
3845    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
3846
3847  * samtools-0.1.2-21
3848  * fixed a nasty bug in `fixmate'
3849
3850 ------------------------------------------------------------------------
3851 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
3852 Changed paths:
3853    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
3854    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
3855    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3856
3857 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
3858
3859 ------------------------------------------------------------------------
3860 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
3861 Changed paths:
3862    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3863    M /trunk/samtools/bamtk.c
3864
3865  * samtools-0.1.2-20
3866  * check if file is truncated in flagstat
3867
3868 ------------------------------------------------------------------------
3869 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
3870 Changed paths:
3871    M /trunk/samtools/bamtk.c
3872
3873  * samtools-0.1.2-19
3874  * print the header if requested
3875
3876 ------------------------------------------------------------------------
3877 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
3878 Changed paths:
3879    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3880    M /trunk/samtools/bamtk.c
3881
3882  * samtools-0.1.2-18
3883  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
3884
3885 ------------------------------------------------------------------------
3886 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
3887 Changed paths:
3888    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
3889    D /trunk/samtools/Makefile.std
3890    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
3891    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
3892
3893 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
3894
3895 ------------------------------------------------------------------------
3896 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
3897 Changed paths:
3898    D /trunk/samtools/Makefile
3899    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
3900    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3901    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3902    M /trunk/samtools/bamtk.c
3903    D /trunk/samtools/misc/Makefile
3904    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
3905    M /trunk/samtools/samtools.1
3906
3907  * samtools-0.1.2-17
3908  * incorporating Nils' changes
3909  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
3910
3911 ------------------------------------------------------------------------
3912 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
3913 Changed paths:
3914    M /trunk/samtools/Makefile
3915    M /trunk/samtools/bam_import.c
3916    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3917    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3918    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3919    M /trunk/samtools/bamtk.c
3920    M /trunk/samtools/kseq.h
3921    A /trunk/samtools/kstring.c
3922    A /trunk/samtools/kstring.h
3923
3924  * samtools-0.1.2-16
3925  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
3926  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
3927
3928 ------------------------------------------------------------------------
3929 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
3930 Changed paths:
3931    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
3932
3933  * soap2sam.pl-0.1.2
3934  * more robust to truncated soap output
3935
3936 ------------------------------------------------------------------------
3937 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
3938 Changed paths:
3939    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3940
3941 added bam_stat.o to Makefile.lite
3942
3943 ------------------------------------------------------------------------
3944 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
3945 Changed paths:
3946    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3947    M /trunk/samtools/bamtk.c
3948
3949  * samtools-0.1.2-15
3950  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
3951
3952 ------------------------------------------------------------------------
3953 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
3954 Changed paths:
3955    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3956    M /trunk/samtools/bamtk.c
3957    M /trunk/samtools/glf.c
3958    M /trunk/samtools/glf.h
3959    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3960
3961  * samtools-0.1.2-14
3962  * implemented GLFv3
3963
3964 ------------------------------------------------------------------------
3965 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
3966 Changed paths:
3967    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3968    M /trunk/samtools/bamtk.c
3969
3970  * samtools-0.1.2-13
3971  * fixed a minor bug in displaying pileup
3972
3973 ------------------------------------------------------------------------
3974 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
3975 Changed paths:
3976    M /trunk/samtools/ChangeLog
3977    M /trunk/samtools/bamtk.c
3978
3979  * samtools-0.1.2-12
3980  * optionally print SAM header
3981
3982 ------------------------------------------------------------------------
3983 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
3984 Changed paths:
3985    M /trunk/samtools/bamtk.c
3986    M /trunk/samtools/glf.c
3987
3988  * samtools-0.1.2-11
3989  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
3990
3991 ------------------------------------------------------------------------
3992 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
3993 Changed paths:
3994    M /trunk/samtools/Makefile
3995    M /trunk/samtools/bam_import.c
3996    M /trunk/samtools/bam_index.c
3997    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3998    M /trunk/samtools/bamtk.c
3999    M /trunk/samtools/glf.c
4000    M /trunk/samtools/glf.h
4001
4002  * samtools-0.1.2-10
4003  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
4004  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
4005  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
4006
4007 ------------------------------------------------------------------------
4008 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
4009 Changed paths:
4010    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4011
4012  * wgsim-0.2.3
4013  * fixed a bug in simulating indels
4014
4015 ------------------------------------------------------------------------
4016 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
4017 Changed paths:
4018    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4019
4020  * wgsim-0.2.2
4021  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4022    not like long read names.
4023
4024 ------------------------------------------------------------------------
4025 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4026 Changed paths:
4027    M /trunk/samtools/ChangeLog
4028    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4029    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4030
4031  * wgsim-0.2.1
4032  * fixed a bug about color read coordinates
4033  * fixed a bug in read names
4034  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4035  * make the script work with color reads
4036
4037 ------------------------------------------------------------------------
4038 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4039 Changed paths:
4040    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4041    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4042
4043  * wgsim: added a note
4044
4045 ------------------------------------------------------------------------
4046 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4047 Changed paths:
4048    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4049    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4050
4051  * wgsim-0.2.0
4052  * considerable code clean up
4053  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4054  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4055  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4056  * change in accordant with wgsim
4057
4058 ------------------------------------------------------------------------
4059 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4060 Changed paths: