ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 09:49:27 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bamtk.c
   5    M /trunk/samtools/sam.c
   6
   7  * samtools-0.1.4-23 (r372)
   8  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r371 | lh3lh3 | 2009-07-07 01:13:32 +0100 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/samtools.1
  14
  15 update documentation
  16
  17 ------------------------------------------------------------------------
  18 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 22:24:34 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
  19 Changed paths:
  20    M /trunk/samtools/Makefile
  21
  22 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
  23
  24 ------------------------------------------------------------------------
  25 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 13:36:53 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
  26 Changed paths:
  27    M /trunk/samtools/ChangeLog
  28    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  29    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  30    M /trunk/samtools/bamtk.c
  31
  32  * samtools-0.1.4-22 (r369)
  33  * in pileup, optionally print E2 and U2
  34  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
  35
  36 ------------------------------------------------------------------------
  37 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 11:32:26 +0100 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
  38 Changed paths:
  39    M /trunk/samtools/bam.c
  40    M /trunk/samtools/bam.h
  41    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  42    M /trunk/samtools/bam_index.c
  43    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
  44    M /trunk/samtools/bam_md.c
  45    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  46    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
  47    M /trunk/samtools/bam_stat.c
  48    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  49    M /trunk/samtools/bamtk.c
  50    M /trunk/samtools/faidx.c
  51    M /trunk/samtools/faidx.h
  52    M /trunk/samtools/glf.c
  53
  54  * samtools-0.1.4-21 (r368)
  55  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
  56    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
  57    inconsistency. I was just a bit lazy.
  58  * small memory leak may be present on failure, though
  59
  60 ------------------------------------------------------------------------
  61 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 16:18:42 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
  62 Changed paths:
  63    M /trunk/samtools/knetfile.c
  64
  65 reduce the chance of blocking in FTP connection
  66
  67 ------------------------------------------------------------------------
  68 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 15:35:21 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
  69 Changed paths:
  70    M /trunk/samtools/knetfile.c
  71
  72 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
  73
  74 ------------------------------------------------------------------------
  75 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 14:04:30 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
  76 Changed paths:
  77    M /trunk/samtools/bam_index.c
  78    M /trunk/samtools/bamtk.c
  79    M /trunk/samtools/knetfile.c
  80    M /trunk/samtools/knetfile.h
  81
  82  * samtools-0.1.4-20 (r365)
  83  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
  84
  85 ------------------------------------------------------------------------
  86 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 12:39:07 +0100 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
  87 Changed paths:
  88    M /trunk/samtools/bamtk.c
  89    M /trunk/samtools/knetfile.c
  90
  91  * samtools-0.1.4-19 (r364)
  92  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
  93
  94 ------------------------------------------------------------------------
  95 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 23:23:32 +0100 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
  96 Changed paths:
  97    M /trunk/samtools/bam_tview.c
  98    M /trunk/samtools/bamtk.c
  99    M /trunk/samtools/bgzf.c
 100    M /trunk/samtools/bgzf.h
 101    M /trunk/samtools/knetfile.c
 102    M /trunk/samtools/knetfile.h
 103
 104  * samtools-0.1.4-18 (r363)
 105  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
 106  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
 107
 108 ------------------------------------------------------------------------
 109 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:04:34 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 110 Changed paths:
 111    M /trunk/samtools/bgzf.c
 112
 113 write changelog
 114
 115 ------------------------------------------------------------------------
 116 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 21:03:10 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 117 Changed paths:
 118    M /trunk/samtools/bam_index.c
 119    M /trunk/samtools/bamtk.c
 120
 121  * samtools-0.1.4-17 (r361)
 122  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
 123
 124 ------------------------------------------------------------------------
 125 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 20:44:52 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
 126 Changed paths:
 127    M /trunk/samtools/Makefile
 128    M /trunk/samtools/bam_import.c
 129    M /trunk/samtools/bam_index.c
 130    M /trunk/samtools/bamtk.c
 131    M /trunk/samtools/bgzf.c
 132    M /trunk/samtools/bgzf.h
 133    M /trunk/samtools/knetfile.c
 134    M /trunk/samtools/knetfile.h
 135
 136  * samtools-0.1.4-16 (r360)
 137  * report more information in index when the input is not sorted
 138  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
 139  * support knetfile library in BGZF
 140
 141 ------------------------------------------------------------------------
 142 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 17:10:55 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 143 Changed paths:
 144    M /trunk/samtools/knetfile.c
 145    M /trunk/samtools/knetfile.h
 146
 147 fixed bugs in knetfile.*
 148
 149 ------------------------------------------------------------------------
 150 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:53:19 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
 151 Changed paths:
 152    A /trunk/samtools/knetfile.h
 153
 154 this is the header file
 155
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 13:52:03 +0100 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
 158 Changed paths:
 159    A /trunk/samtools/knetfile.c
 160
 161  * open a file at FTP
 162  * preliminary version
 163
 164 ------------------------------------------------------------------------
 165 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 14:02:25 +0100 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
 166 Changed paths:
 167    M /trunk/samtools/bam.c
 168    M /trunk/samtools/bamtk.c
 169
 170  * samtools-0.1.4-15 (r354)
 171  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
 172
 173 ------------------------------------------------------------------------
 174 r351 | lh3lh3 | 2009-06-18 00:16:26 +0100 (Thu, 18 Jun 2009) | 4 lines
 175 Changed paths:
 176    M /trunk/samtools/bamtk.c
 177    M /trunk/samtools/faidx.c
 178
 179  * samtools-0.1.4-13 (r351)
 180  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
 181  * hope this does not introduce new bugs...
 182
 183 ------------------------------------------------------------------------
 184 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 14:37:01 +0100 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
 185 Changed paths:
 186    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 187    M /trunk/samtools/bamtk.c
 188
 189  * samtools-0.1.4-13 (r350)
 190  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
 191
 192 ------------------------------------------------------------------------
 193 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 21:20:49 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 194 Changed paths:
 195    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 196    M /trunk/samtools/bamtk.c
 197    M /trunk/samtools/sam_view.c
 198
 199  * samtools-0.1.4-12 (r347)
 200  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
 201
 202 ------------------------------------------------------------------------
 203 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 17:52:31 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
 204 Changed paths:
 205    M /trunk/samtools/Makefile
 206    M /trunk/samtools/bamtk.c
 207    M /trunk/samtools/sam_view.c
 208    M /trunk/samtools/samtools.1
 209
 210  * samtools-0.1.4-11 (r346)
 211  * allow to select a read group at view command-line
 212
 213 ------------------------------------------------------------------------
 214 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:06:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 215 Changed paths:
 216    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 217
 218 added more comments
 219
 220 ------------------------------------------------------------------------
 221 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 14:01:22 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 222 Changed paths:
 223    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 224
 225 nothing really
 226
 227 ------------------------------------------------------------------------
 228 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:58:48 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 229 Changed paths:
 230    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 231    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
 232
 233 added an example of calculating read depth
 234
 235 ------------------------------------------------------------------------
 236 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 13:00:08 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 237 Changed paths:
 238    M /trunk/samtools/Makefile
 239    M /trunk/samtools/bam.h
 240    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 241    A /trunk/samtools/bam_color.c
 242    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 243    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 244    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 245    M /trunk/samtools/bamtk.c
 246    M /trunk/samtools/sam.c
 247    M /trunk/samtools/sam.h
 248
 249  * samtools-0.1.4-10 (r341)
 250  * only include key APIs in libbam.a
 251  * move color-specific routines to bam_color.c
 252  * update documentations
 253  * remove the support of -q in pileup
 254
 255 ------------------------------------------------------------------------
 256 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 11:17:14 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
 257 Changed paths:
 258    M /trunk/samtools/INSTALL
 259    M /trunk/samtools/Makefile
 260    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 261    M /trunk/samtools/bam_import.c
 262    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 263    M /trunk/samtools/bamtk.c
 264    M /trunk/samtools/razf.c
 265    M /trunk/samtools/sam_view.c
 266
 267  * samtools-0.1.4-9 (r340)
 268  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
 269  * fixed a compilation warning
 270  * fixed a segfault caused by @RG parsing
 271  * detect NCURSES in bam_tview.c
 272
 273 ------------------------------------------------------------------------
 274 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 10:35:19 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
 275 Changed paths:
 276    M /trunk/samtools/INSTALL
 277
 278 update INSTALL
 279
 280 ------------------------------------------------------------------------
 281 r338 | lh3lh3 | 2009-06-13 00:15:24 +0100 (Sat, 13 Jun 2009) | 4 lines
 282 Changed paths:
 283    M /trunk/samtools/bam.c
 284    M /trunk/samtools/bam.h
 285    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 286    M /trunk/samtools/bam_import.c
 287    M /trunk/samtools/bamtk.c
 288    M /trunk/samtools/kstring.h
 289    M /trunk/samtools/sam.c
 290    M /trunk/samtools/sam_view.c
 291
 292  * samtools-0.1.4-8 (r338)
 293  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
 294    command line
 295
 296 ------------------------------------------------------------------------
 297 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 21:25:50 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 298 Changed paths:
 299    M /trunk/samtools/bamtk.c
 300    M /trunk/samtools/bgzf.c
 301    M /trunk/samtools/bgzf.h
 302    M /trunk/samtools/sam.c
 303    M /trunk/samtools/sam_view.c
 304
 305  * samtools-0.1.4-7 (r337)
 306  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
 307  * "samtools view" support "-u" command-line option
 308
 309 ------------------------------------------------------------------------
 310 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 17:20:12 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 311 Changed paths:
 312    M /trunk/samtools/Makefile
 313    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 314    M /trunk/samtools/razf.c
 315    M /trunk/samtools/razf.h
 316    M /trunk/samtools/razip.c
 317
 318  * no changes to samtools itself
 319  * remove zlib source codes
 320  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
 321  * on old version of zlib, writing is not available
 322
 323 ------------------------------------------------------------------------
 324 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:47:33 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 325 Changed paths:
 326    D /trunk/samtools/zlib
 327
 328 remove zlib for simplification...
 329
 330 ------------------------------------------------------------------------
 331 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:43:36 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
 332 Changed paths:
 333    M /trunk/samtools/bam.h
 334    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 335    M /trunk/samtools/bamtk.c
 336
 337  * samtools-0.1.4-6 (r334)
 338  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
 339    been implemented in that.
 340  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
 341
 342 ------------------------------------------------------------------------
 343 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:33:42 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 344 Changed paths:
 345    M /trunk/samtools/ChangeLog
 346
 347 update ChangeLog
 348
 349 ------------------------------------------------------------------------
 350 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:21:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 351 Changed paths:
 352    M /trunk/samtools/AUTHORS
 353    M /trunk/samtools/Makefile
 354    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 355
 356 fixed minor things in Makefile
 357
 358 ------------------------------------------------------------------------
 359 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:07:05 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 360 Changed paths:
 361    M /trunk/samtools/bamtk.c
 362
 363  * samtools-0.1.4-5 (r3310
 364  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
 365    changes in the Makefile building system.
 366
 367 ------------------------------------------------------------------------
 368 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 15:03:38 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 369 Changed paths:
 370    M /trunk/samtools/AUTHORS
 371    D /trunk/samtools/README
 372
 373 update information...
 374
 375 ------------------------------------------------------------------------
 376 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:52:21 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 377 Changed paths:
 378    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 379
 380  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
 381  * this version works with indels
 382
 383 ------------------------------------------------------------------------
 384 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:50:53 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
 385 Changed paths:
 386    M /trunk/samtools/INSTALL
 387    M /trunk/samtools/Makefile
 388    M /trunk/samtools/misc/Makefile
 389    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
 390
 391  * update Makefile
 392  * update INSTALL instruction
 393
 394 ------------------------------------------------------------------------
 395 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:18:29 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
 396 Changed paths:
 397    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
 398    D /trunk/samtools/Makefile.am
 399    D /trunk/samtools/Makefile.generic
 400    D /trunk/samtools/Makefile.lite
 401    D /trunk/samtools/autogen.sh
 402    D /trunk/samtools/cleanup.sh
 403    D /trunk/samtools/configure.ac
 404    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
 405    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 406    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 407    M /trunk/samtools/razf.c
 408    A /trunk/samtools/zlib
 409    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
 410    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
 411    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
 412    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
 413    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
 414    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
 415    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
 416    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
 417    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
 418    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
 419    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
 420    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
 421    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
 422    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
 423    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
 424    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
 425    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
 426    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
 427    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
 428    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
 429    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
 430    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
 431    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
 432    D /trunk/samtools/zutil.h
 433
 434  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
 435  * prepare to changed back to the Makefile building system
 436  * unfinished! (will be soon)
 437
 438 ------------------------------------------------------------------------
 439 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 14:12:03 +0100 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
 440 Changed paths:
 441    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 442
 443 Unfinished
 444
 445 ------------------------------------------------------------------------
 446 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 16:27:59 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 447 Changed paths:
 448    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 449    M /trunk/samtools/bamtk.c
 450
 451  * samtools-0.1.4-4 (r325)
 452  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
 453
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 15:56:17 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
 456 Changed paths:
 457    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 458    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 459    M /trunk/samtools/bamtk.c
 460    M /trunk/samtools/sam.c
 461    M /trunk/samtools/sam.h
 462
 463  * samtools-0.1.4-3 (r324)
 464  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
 465  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
 466
 467 ------------------------------------------------------------------------
 468 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:04:21 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
 469 Changed paths:
 470    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 471
 472  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
 473  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
 474
 475 ------------------------------------------------------------------------
 476 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:03:22 +0100 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
 477 Changed paths:
 478    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
 479
 480 fixed a typo
 481
 482 ------------------------------------------------------------------------
 483 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 09:21:48 +0100 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
 484 Changed paths:
 485    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 486
 487 just typo. no real change
 488
 489 ------------------------------------------------------------------------
 490 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:32:51 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
 491 Changed paths:
 492    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 493
 494 a little bit code cleanup
 495
 496 ------------------------------------------------------------------------
 497 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:22:33 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
 498 Changed paths:
 499    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 500
 501  * samtools.pl-0.3.1
 502  * change default parameters
 503  * optionally print filtered variants
 504
 505 ------------------------------------------------------------------------
 506 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 14:14:26 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 507 Changed paths:
 508    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 509
 510  * samtools.pl-0.3.0
 511  * combine snpFilter and indelFilter
 512
 513 ------------------------------------------------------------------------
 514 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:31:42 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
 515 Changed paths:
 516    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 517
 518  * samtools.pl-0.2.3
 519  * change a default parameter
 520
 521 ------------------------------------------------------------------------
 522 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 11:11:06 +0100 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
 523 Changed paths:
 524    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 525    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 526    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 527    M /trunk/samtools/bamtk.c
 528    M /trunk/samtools/sam.c
 529
 530  * samtools-0.1.4-2 (r316)
 531  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
 532  * pileup: always calculate RMS mapq
 533  * pileup: allow to output variant sites only
 534
 535 ------------------------------------------------------------------------
 536 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 13:01:10 +0100 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
 537 Changed paths:
 538    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 539
 540  * samtools.pl-0.2.2
 541  * added pileup2fq
 542
 543 ------------------------------------------------------------------------
 544 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 09:40:40 +0100 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
 545 Changed paths:
 546    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 547
 548  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
 549
 550 ------------------------------------------------------------------------
 551 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:35:13 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 552 Changed paths:
 553    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 554
 555  * samtools.pl-0.2.1
 556  * fixed a typo
 557
 558 ------------------------------------------------------------------------
 559 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 14:04:39 +0100 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
 560 Changed paths:
 561    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 562
 563  * samtools.pl-0.2.0
 564  * snpFilter
 565
 566 ------------------------------------------------------------------------
 567 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:49:35 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 568 Changed paths:
 569    M /trunk/samtools/bgzf.c
 570
 571  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
 572  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
 573
 574 ------------------------------------------------------------------------
 575 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:16:08 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
 576 Changed paths:
 577    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
 578
 579 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
 580
 581 ------------------------------------------------------------------------
 582 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 11:08:49 +0100 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
 583 Changed paths:
 584    M /trunk/samtools/bamtk.c
 585    M /trunk/samtools/sam.c
 586
 587  * samtools-0.1.4-1 (r304)
 588  * fixed a minor bug in printing headers
 589
 590 ------------------------------------------------------------------------
 591 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 16:06:16 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
 592 Changed paths:
 593    M /trunk/samtools/ChangeLog
 594    M /trunk/samtools/NEWS
 595    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 596    M /trunk/samtools/bamtk.c
 597    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 598    M /trunk/samtools/samtools.1
 599
 600 Release samtools-0.1.4
 601
 602 ------------------------------------------------------------------------
 603 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:53:14 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 604 Changed paths:
 605    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 606    M /trunk/samtools/bamtk.c
 607
 608  * samtools-0.1.3-24 (r296)
 609  * another similar bug in the indel caller
 610
 611 ------------------------------------------------------------------------
 612 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 12:50:28 +0100 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
 613 Changed paths:
 614    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 615    M /trunk/samtools/bamtk.c
 616
 617  * samtools-0.1.3-23 (r295)
 618  * fixed a critical bug in the indel caller
 619
 620 ------------------------------------------------------------------------
 621 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 13:00:20 +0100 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
 622 Changed paths:
 623    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 624
 625 added a missing header file
 626
 627 ------------------------------------------------------------------------
 628 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 23:44:25 +0100 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
 629 Changed paths:
 630    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 631    M /trunk/samtools/bamtk.c
 632
 633  * samtools-0.1.3-22 (r293)
 634  * open tview in the dot-view mode by default
 635
 636 ------------------------------------------------------------------------
 637 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 21:01:23 +0100 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
 638 Changed paths:
 639    M /trunk/samtools/samtools.1
 640
 641 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
 642 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
 643 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
 644 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
 645
 646
 647 ------------------------------------------------------------------------
 648 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 15:23:13 +0100 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
 649 Changed paths:
 650    M /trunk/samtools/bam.h
 651    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 652    M /trunk/samtools/bamtk.c
 653
 654  * samtools-0.1.3-21 (286)
 655  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
 656
 657 ------------------------------------------------------------------------
 658 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 10:07:55 +0100 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
 659 Changed paths:
 660    M /trunk/samtools/bam.h
 661    M /trunk/samtools/bam_index.c
 662    M /trunk/samtools/bamtk.c
 663
 664  * samtools-0.1.3-20 (r276)
 665  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
 666    make it work with the latest SVN.
 667  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
 668
 669 ------------------------------------------------------------------------
 670 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 21:14:10 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
 671 Changed paths:
 672    M /trunk/samtools/ChangeLog
 673    M /trunk/samtools/bam.h
 674    M /trunk/samtools/bamtk.c
 675
 676  * samtools-0.1.3-19 (r275)
 677  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
 678    backward compatibility with Bio::DB::Sam
 679
 680 ------------------------------------------------------------------------
 681 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:28:39 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 682 Changed paths:
 683    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 684    M /trunk/samtools/bamtk.c
 685
 686  * samtools-0.1.3-18 (r273)
 687  * rmdupse: do not remove unmapped reads
 688
 689 ------------------------------------------------------------------------
 690 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:20:00 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
 691 Changed paths:
 692    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 693
 694 change a parameter. It does nothing
 695
 696 ------------------------------------------------------------------------
 697 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 14:17:58 +0100 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
 698 Changed paths:
 699    M /trunk/samtools/Makefile.am
 700    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 701    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 702    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 703    M /trunk/samtools/bamtk.c
 704    M /trunk/samtools/configure.ac
 705
 706  * samtools-0.1.3-17 (r271)
 707  * added 'rmdupse' command
 708
 709 ------------------------------------------------------------------------
 710 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:31:41 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 711 Changed paths:
 712    M /trunk/samtools/bamtk.c
 713    M /trunk/samtools/sam_view.c
 714
 715  * samtools-0.1.3-16 (r267)
 716  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
 717
 718 ------------------------------------------------------------------------
 719 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:23:27 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 720 Changed paths:
 721    M /trunk/samtools/bam_import.c
 722    M /trunk/samtools/bamtk.c
 723
 724  * samtools-0.1.3-15 (r266)
 725  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
 726
 727 ------------------------------------------------------------------------
 728 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 22:09:00 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 729 Changed paths:
 730    M /trunk/samtools/bam.h
 731    M /trunk/samtools/bam_import.c
 732    M /trunk/samtools/bamtk.c
 733    M /trunk/samtools/sam.c
 734    M /trunk/samtools/sam_view.c
 735
 736  * samtools-0.1.3-14 (r262)
 737  * make samopen() recognize @SQ header lines
 738
 739 ------------------------------------------------------------------------
 740 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:10:30 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 741 Changed paths:
 742    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 743    M /trunk/samtools/bamtk.c
 744    M /trunk/samtools/bgzf.c
 745    M /trunk/samtools/sam.c
 746    M /trunk/samtools/sam_view.c
 747
 748  * samtools-0.1.3-13 (r260)
 749  * report error for file I/O error
 750
 751 ------------------------------------------------------------------------
 752 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 15:01:16 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
 753 Changed paths:
 754    M /trunk/samtools/Makefile.am
 755
 756 update Makefile.am
 757
 758 ------------------------------------------------------------------------
 759 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:52:25 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 760 Changed paths:
 761    M /trunk/samtools/bam.h
 762    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 763    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 764    M /trunk/samtools/bamtk.c
 765    M /trunk/samtools/sam.c
 766    M /trunk/samtools/sam.h
 767
 768  * samtools-0.1.3-12 (r259)
 769  * use the new I/O interface in pileup
 770
 771 ------------------------------------------------------------------------
 772 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 14:33:22 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 773 Changed paths:
 774    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 775    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 776    M /trunk/samtools/bam.c
 777    M /trunk/samtools/bam.h
 778    M /trunk/samtools/bam_import.c
 779    M /trunk/samtools/bamtk.c
 780    A /trunk/samtools/sam.c
 781    A /trunk/samtools/sam.h
 782    A /trunk/samtools/sam_view.c
 783
 784  * samtools-0.1.3-11 (r258)
 785  * unify the interface to BAM and SAM I/O
 786
 787 ------------------------------------------------------------------------
 788 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:53:35 +0100 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
 789 Changed paths:
 790    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 791    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 792    M /trunk/samtools/bamtk.c
 793
 794  * samtools-0.1.3-10 (r257)
 795  * allow hex with "pileup -m"
 796
 797 ------------------------------------------------------------------------
 798 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 19:16:50 +0100 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
 799 Changed paths:
 800    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 801    M /trunk/samtools/bamtk.c
 802
 803  * samtools-0.1.3-9 (r256)
 804  * fixed a bug in bam_lpileup.c
 805  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
 806
 807 ------------------------------------------------------------------------
 808 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:53:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
 809 Changed paths:
 810    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 811    M /trunk/samtools/bamtk.c
 812
 813  * samtools-0.1.3-8 (r251)
 814  * fixed a bug when there are reads without coordinates
 815
 816 ------------------------------------------------------------------------
 817 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:43:33 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 818 Changed paths:
 819    A /trunk/samtools/AUTHORS
 820    A /trunk/samtools/README
 821    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 822
 823 added missing files
 824
 825 ------------------------------------------------------------------------
 826 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:37:16 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 827 Changed paths:
 828    M /trunk/samtools/Makefile.generic
 829    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 830    M /trunk/samtools/configure.ac
 831    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
 832
 833 improve large file support in compilation
 834
 835 ------------------------------------------------------------------------
 836 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:33:24 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 837 Changed paths:
 838    M /trunk/samtools/INSTALL
 839
 840 update INSTALL
 841
 842 ------------------------------------------------------------------------
 843 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:28:50 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
 844 Changed paths:
 845    M /trunk/samtools/Makefile.am
 846    M /trunk/samtools/autogen.sh
 847    M /trunk/samtools/cleanup.sh
 848    M /trunk/samtools/configure.ac
 849    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
 850
 851 fixed various issues about the GNU building scripts
 852
 853 ------------------------------------------------------------------------
 854 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 13:10:23 +0100 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
 855 Changed paths:
 856    M /trunk/samtools/ChangeLog
 857    D /trunk/samtools/Makefile
 858    A /trunk/samtools/Makefile.am
 859    A /trunk/samtools/Makefile.generic
 860    A /trunk/samtools/autogen.sh
 861    M /trunk/samtools/bam.h
 862    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 863    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 864    M /trunk/samtools/bamtk.c
 865    A /trunk/samtools/cleanup.sh
 866    A /trunk/samtools/configure.ac
 867    D /trunk/samtools/misc/Makefile
 868    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
 869
 870  * samtools-0.1.3-7 (r246)
 871  * incorporated revisions from Nils Homer
 872  * enhanced support of displaying color-space reads
 873
 874 ------------------------------------------------------------------------
 875 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 11:49:40 +0100 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
 876 Changed paths:
 877    M /trunk/samtools/bam_md.c
 878    M /trunk/samtools/bamtk.c
 879
 880  * samtools-0.1.3-6 (r244)
 881  * fixed segfault for unmapped reads
 882
 883 ------------------------------------------------------------------------
 884 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 21:27:26 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 885 Changed paths:
 886    M /trunk/samtools/bam.h
 887    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 888    M /trunk/samtools/bam_md.c
 889    M /trunk/samtools/bamtk.c
 890
 891  * samtools-0.1.3-5 (r243)
 892  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
 893  * check MD
 894  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
 895
 896 ------------------------------------------------------------------------
 897 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 20:44:46 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
 898 Changed paths:
 899    M /trunk/samtools/bam_md.c
 900    M /trunk/samtools/bamtk.c
 901
 902  * samtools-0.1.3-4 (r242)
 903  * fixed a memory leak
 904
 905 ------------------------------------------------------------------------
 906 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:40:18 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 907 Changed paths:
 908    M /trunk/samtools/Makefile
 909    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 910    M /trunk/samtools/bam.h
 911    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 912    A /trunk/samtools/bam_md.c
 913    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 914    M /trunk/samtools/bamtk.c
 915
 916  * samtools-0.1.3-3 (r240)
 917  * generate MD tag
 918  * generate "=" bases
 919  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
 920
 921 ------------------------------------------------------------------------
 922 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 12:08:20 +0100 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
 923 Changed paths:
 924    M /trunk/samtools/bam.h
 925    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 926    M /trunk/samtools/bamtk.c
 927
 928  * samtools-0.1.3-2 (r239)
 929  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
 930  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
 931  * added tagview for testing bam_aux
 932
 933 ------------------------------------------------------------------------
 934 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 23:17:39 +0100 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
 935 Changed paths:
 936    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 937    M /trunk/samtools/bamtk.c
 938
 939  * samtools-0.1.3-1
 940  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
 941
 942 ------------------------------------------------------------------------
 943 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 15:25:43 +0100 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
 944 Changed paths:
 945    M /trunk/samtools/Makefile.lite
 946
 947 a missing file in Makefile.lite
 948
 949 ------------------------------------------------------------------------
 950 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 22:02:53 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 951 Changed paths:
 952    M /trunk/samtools/NEWS
 953    M /trunk/samtools/bamtk.c
 954
 955 Release samtools-0.1.3
 956
 957 ------------------------------------------------------------------------
 958 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:31:32 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 959 Changed paths:
 960    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 961    M /trunk/samtools/bamtk.c
 962
 963  * samtools-0.1.2-28
 964  * make samtools more robust to weird input such as empty file
 965
 966 ------------------------------------------------------------------------
 967 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 14:05:33 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 968 Changed paths:
 969    M /trunk/samtools/ChangeLog
 970    M /trunk/samtools/NEWS
 971    M /trunk/samtools/samtools.1
 972
 973 prepare for release 0.1.3
 974
 975 ------------------------------------------------------------------------
 976 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:32:14 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
 977 Changed paths:
 978    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
 979
 980 convert NCBI-BLASTN to SAM
 981
 982 ------------------------------------------------------------------------
 983 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:18:19 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 984 Changed paths:
 985    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 986    M /trunk/samtools/bamtk.c
 987
 988  * samtools-0.1.2-27
 989  * fixed a small memory leak in tview
 990
 991 ------------------------------------------------------------------------
 992 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 13:00:08 +0100 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
 993 Changed paths:
 994    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 995    M /trunk/samtools/bamtk.c
 996
 997  * samtools-0.1.2-26
 998  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
 999
1000 ------------------------------------------------------------------------
1001 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:28:58 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
1002 Changed paths:
1003    M /trunk/samtools/ChangeLog
1004    M /trunk/samtools/NEWS
1005
1006 proposed NEWS for the new release (have not yet)
1007
1008 ------------------------------------------------------------------------
1009 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:10:46 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1010 Changed paths:
1011    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1012
1013  * samtools.pl-0.1.1
1014  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
1015    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
1016
1017 ------------------------------------------------------------------------
1018 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 22:04:19 +0100 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1019 Changed paths:
1020    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1021    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1022    M /trunk/samtools/bamtk.c
1023    M /trunk/samtools/samtools.1
1024
1025  * samtools-0.1.2-25
1026  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
1027    containing indels
1028
1029 ------------------------------------------------------------------------
1030 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 12:07:13 +0100 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
1031 Changed paths:
1032    M /trunk/samtools/ChangeLog
1033
1034 update ChangeLog from "svn log"
1035
1036 ------------------------------------------------------------------------
1037 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:57:05 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
1038 Changed paths:
1039    M /trunk/samtools/bam.c
1040    M /trunk/samtools/bam_import.c
1041    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1042    M /trunk/samtools/bamtk.c
1043    M /trunk/samtools/kseq.h
1044
1045  * samtools-0.1.2-24
1046  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
1047  * allow empty header
1048
1049 ------------------------------------------------------------------------
1050 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:32:44 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1051 Changed paths:
1052    M /trunk/samtools/bam.c
1053    M /trunk/samtools/bam_import.c
1054    M /trunk/samtools/bamtk.c
1055
1056  * samtools-0.1.2-23
1057  * recognize '*' at the QUAL field
1058
1059 ------------------------------------------------------------------------
1060 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 20:08:02 +0100 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1061 Changed paths:
1062    M /trunk/samtools/bam_import.c
1063    M /trunk/samtools/bamtk.c
1064    M /trunk/samtools/kseq.h
1065
1066  * samtools-0.1.2-22
1067  * the field separater is TAB only, now
1068
1069 ------------------------------------------------------------------------
1070 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:18:03 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1071 Changed paths:
1072    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1073
1074  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
1075
1076 ------------------------------------------------------------------------
1077 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 15:15:05 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
1078 Changed paths:
1079    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1080    M /trunk/samtools/bamtk.c
1081    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1082
1083  * samtools-0.1.2-21
1084  * fixed a nasty bug in `fixmate'
1085
1086 ------------------------------------------------------------------------
1087 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:57:08 +0100 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
1088 Changed paths:
1089    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
1090    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1091    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1092
1093 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
1094
1095 ------------------------------------------------------------------------
1096 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:14:56 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1097 Changed paths:
1098    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1099    M /trunk/samtools/bamtk.c
1100
1101  * samtools-0.1.2-20
1102  * check if file is truncated in flagstat
1103
1104 ------------------------------------------------------------------------
1105 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 15:09:10 +0100 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
1106 Changed paths:
1107    M /trunk/samtools/bamtk.c
1108
1109  * samtools-0.1.2-19
1110  * print the header if requested
1111
1112 ------------------------------------------------------------------------
1113 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 15:09:50 +0000 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
1114 Changed paths:
1115    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1116    M /trunk/samtools/bamtk.c
1117
1118  * samtools-0.1.2-18
1119  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
1120
1121 ------------------------------------------------------------------------
1122 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 11:50:32 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
1123 Changed paths:
1124    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
1125    D /trunk/samtools/Makefile.std
1126    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
1127    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
1128
1129 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
1130
1131 ------------------------------------------------------------------------
1132 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:36:38 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1133 Changed paths:
1134    D /trunk/samtools/Makefile
1135    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
1136    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1137    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1138    M /trunk/samtools/bamtk.c
1139    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1140    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
1141    M /trunk/samtools/samtools.1
1142
1143  * samtools-0.1.2-17
1144  * incorporating Nils' changes
1145  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
1146
1147 ------------------------------------------------------------------------
1148 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 10:30:23 +0000 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
1149 Changed paths:
1150    M /trunk/samtools/Makefile
1151    M /trunk/samtools/bam_import.c
1152    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1153    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1154    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1155    M /trunk/samtools/bamtk.c
1156    M /trunk/samtools/kseq.h
1157    A /trunk/samtools/kstring.c
1158    A /trunk/samtools/kstring.h
1159
1160  * samtools-0.1.2-16
1161  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
1162  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
1163
1164 ------------------------------------------------------------------------
1165 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 13:40:14 +0000 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
1166 Changed paths:
1167    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
1168
1169  * soap2sam.pl-0.1.2
1170  * more robust to truncated soap output
1171
1172 ------------------------------------------------------------------------
1173 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 10:49:00 +0000 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
1174 Changed paths:
1175    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1176
1177 added bam_stat.o to Makefile.lite
1178
1179 ------------------------------------------------------------------------
1180 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:11:31 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1181 Changed paths:
1182    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1183    M /trunk/samtools/bamtk.c
1184
1185  * samtools-0.1.2-15
1186  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
1187
1188 ------------------------------------------------------------------------
1189 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 22:06:45 +0000 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
1190 Changed paths:
1191    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1192    M /trunk/samtools/bamtk.c
1193    M /trunk/samtools/glf.c
1194    M /trunk/samtools/glf.h
1195    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1196
1197  * samtools-0.1.2-14
1198  * implemented GLFv3
1199
1200 ------------------------------------------------------------------------
1201 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:26:08 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1202 Changed paths:
1203    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1204    M /trunk/samtools/bamtk.c
1205
1206  * samtools-0.1.2-13
1207  * fixed a minor bug in displaying pileup
1208
1209 ------------------------------------------------------------------------
1210 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 11:24:16 +0000 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
1211 Changed paths:
1212    M /trunk/samtools/ChangeLog
1213    M /trunk/samtools/bamtk.c
1214
1215  * samtools-0.1.2-12
1216  * optionally print SAM header
1217
1218 ------------------------------------------------------------------------
1219 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:45:28 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
1220 Changed paths:
1221    M /trunk/samtools/bamtk.c
1222    M /trunk/samtools/glf.c
1223
1224  * samtools-0.1.2-11
1225  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
1226
1227 ------------------------------------------------------------------------
1228 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 10:39:09 +0000 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
1229 Changed paths:
1230    M /trunk/samtools/Makefile
1231    M /trunk/samtools/bam_import.c
1232    M /trunk/samtools/bam_index.c
1233    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1234    M /trunk/samtools/bamtk.c
1235    M /trunk/samtools/glf.c
1236    M /trunk/samtools/glf.h
1237
1238  * samtools-0.1.2-10
1239  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
1240  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
1241  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
1242
1243 ------------------------------------------------------------------------
1244 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 15:18:43 +0000 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
1245 Changed paths:
1246    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1247
1248  * wgsim-0.2.3
1249  * fixed a bug in simulating indels
1250
1251 ------------------------------------------------------------------------
1252 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 19:43:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
1253 Changed paths:
1254    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1255
1256  * wgsim-0.2.2
1257  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
1258    not like long read names.
1259
1260 ------------------------------------------------------------------------
1261 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:53:03 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
1262 Changed paths:
1263    M /trunk/samtools/ChangeLog
1264    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1265    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1266
1267  * wgsim-0.2.1
1268  * fixed a bug about color read coordinates
1269  * fixed a bug in read names
1270  * wgsim_eval.pl-0.1.3
1271  * make the script work with color reads
1272
1273 ------------------------------------------------------------------------
1274 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:02:57 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
1275 Changed paths:
1276    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1277    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1278
1279  * wgsim: added a note
1280
1281 ------------------------------------------------------------------------
1282 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 11:39:08 +0000 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
1283 Changed paths:
1284    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
1285    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1286
1287  * wgsim-0.2.0
1288  * considerable code clean up
1289  * print number of substitutions/indels/errors on each read
1290  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
1291  * wgsim_eval.pl-0.1.2
1292  * change in accordant with wgsim
1293
1294 ------------------------------------------------------------------------
1295 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 22:23:27 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
1296 Changed paths:
1297    M /trunk/samtools/bam_index.c
1298    M /trunk/samtools/bamtk.c
1299
1300  * samtools-0.1.2-9
1301  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
1302
1303 ------------------------------------------------------------------------
1304 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 19:06:57 +0000 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
1305 Changed paths:
1306    M /trunk/samtools/bamtk.c
1307
1308 Fix annoying segv when invalid region specified.
1309
1310 ------------------------------------------------------------------------
1311 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 10:49:55 +0000 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
1312 Changed paths:
1313    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1314    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1315
1316  * move indel_filter.pl to samtools.pl
1317
1318 ------------------------------------------------------------------------
1319 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 21:22:30 +0000 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
1320 Changed paths:
1321    M /trunk/samtools/bam_mate.c
1322    M /trunk/samtools/bamtk.c
1323
1324  * samtools-0.1.2-7
1325  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
1326
1327 ------------------------------------------------------------------------
1328 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 09:54:45 +0000 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
1329 Changed paths:
1330    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1331    M /trunk/samtools/bamtk.c
1332
1333  * samtools-0.1.2-7
1334  * fixed a minor bug in flagstat
1335
1336 ------------------------------------------------------------------------
1337 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 11:15:32 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
1338 Changed paths:
1339    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1340    M /trunk/samtools/bamtk.c
1341    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1342
1343  * samtools-0.1.2-6
1344  * improve indel caller by setting maximum window size
1345
1346 ------------------------------------------------------------------------
1347 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 10:30:29 +0000 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
1348 Changed paths:
1349    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1350    M /trunk/samtools/bamtk.c
1351
1352  * output max mapping quality in indel line
1353
1354 ------------------------------------------------------------------------
1355 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 10:59:10 +0000 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
1356 Changed paths:
1357    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1358
1359 fixed a bug in generating tag AM
1360
1361 ------------------------------------------------------------------------
1362 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 10:43:11 +0000 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
1363 Changed paths:
1364    M /trunk/samtools/bam_index.c
1365    M /trunk/samtools/bamtk.c
1366
1367 fixed a potential memory problem in indexing
1368
1369 ------------------------------------------------------------------------
1370 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 15:52:52 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
1371 Changed paths:
1372    M /trunk/samtools/Makefile
1373
1374 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
1375
1376 ------------------------------------------------------------------------
1377 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 10:12:15 +0000 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
1378 Changed paths:
1379    M /trunk/samtools/ChangeLog
1380    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1381    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1382    M /trunk/samtools/bamtk.c
1383
1384  * samtools-0.1.2-3
1385  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
1386  * improve flagstat report a little bit
1387
1388 ------------------------------------------------------------------------
1389 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 12:33:23 +0000 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
1390 Changed paths:
1391    M /trunk/samtools/Makefile
1392    A /trunk/samtools/bam_stat.c
1393    M /trunk/samtools/bamtk.c
1394
1395  * samtools-0.1.2-1
1396  * added flagstat command
1397
1398 ------------------------------------------------------------------------
1399 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 13:31:12 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1400 Changed paths:
1401    M /trunk/samtools/ChangeLog
1402    M /trunk/samtools/NEWS
1403    M /trunk/samtools/bamtk.c
1404    M /trunk/samtools/samtools.1
1405
1406 Release SAMtools-0.1.2
1407
1408 ------------------------------------------------------------------------
1409 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 12:54:08 +0000 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
1410 Changed paths:
1411    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
1412
1413 Script for filtering indel results
1414
1415 ------------------------------------------------------------------------
1416 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 11:45:37 +0000 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
1417 Changed paths:
1418    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
1419
1420 convert ZOOM to SAM
1421
1422 ------------------------------------------------------------------------
1423 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 14:25:07 +0000 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
1424 Changed paths:
1425    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1426
1427 add a script to convert novo alignment to SAM
1428
1429 ------------------------------------------------------------------------
1430 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 20:57:39 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
1431 Changed paths:
1432    M /trunk/samtools/ChangeLog
1433    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
1434    M /trunk/samtools/samtools.1
1435
1436 update documentation and ChangeLog
1437
1438 ------------------------------------------------------------------------
1439 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 19:22:59 +0000 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
1440 Changed paths:
1441    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1442    M /trunk/samtools/bamtk.c
1443
1444  * samtools-0.1.1-19
1445  * fixed a bug in "merge" command line
1446
1447 ------------------------------------------------------------------------
1448 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:36:48 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1449 Changed paths:
1450    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1451    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
1452    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1453    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
1454    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
1455    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
1456
1457  * merge from branches/dev/
1458  * all future development will happen here
1459
1460 ------------------------------------------------------------------------
1461 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 15:14:27 +0000 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
1462 Changed paths:
1463    M /trunk/samtools/COPYING
1464    M /trunk/samtools/ChangeLog
1465    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
1466    M /trunk/samtools/Makefile
1467    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
1468    M /trunk/samtools/bam.c
1469    M /trunk/samtools/bam.h
1470    M /trunk/samtools/bam_import.c
1471    M /trunk/samtools/bam_index.c
1472    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1473    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1474    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1475    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
1476    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1477    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1478    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
1479    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1480    M /trunk/samtools/bamtk.c
1481    M /trunk/samtools/bgzf.h
1482    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
1483    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
1484    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
1485    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
1486    M /trunk/samtools/faidx.c
1487    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
1488    M /trunk/samtools/glf.h
1489    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1490    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1491    M /trunk/samtools/razf.c
1492    M /trunk/samtools/source.dot
1493
1494  * Merge from branches/dev/
1495  * all future development will happen here at trunk/
1496
1497 ------------------------------------------------------------------------
1498 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 21:42:15 +0000 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
1499 Changed paths:
1500    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1501    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1502
1503 Fix problem with compiling without curses.
1504
1505 ------------------------------------------------------------------------
1506 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:58:02 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1507 Changed paths:
1508    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
1509
1510 Create trunk copy
1511
1512 ------------------------------------------------------------------------
1513 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:55:13 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1514 Changed paths:
1515    A /branches/dev/samtools/NEWS
1516    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1517    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1518
1519 Release samtools-0.1.1
1520
1521 ------------------------------------------------------------------------
1522 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:46:08 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
1523 Changed paths:
1524    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1525    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1526    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1527    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1528    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1529    M /branches/dev/samtools/razf.c
1530    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1531
1532  * samtools-0.1.0-66
1533  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
1534  * fixed a memory leak in parsing a region
1535  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
1536  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
1537  * fixed a bug in indexing for small alignment
1538  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
1539  * updated documentation
1540  * prepare to release 0.1.1
1541
1542 ------------------------------------------------------------------------
1543 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 15:10:16 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1544 Changed paths:
1545    A /branches/dev/samtools/examples
1546    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
1547    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
1548    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
1549    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
1550
1551 example
1552
1553 ------------------------------------------------------------------------
1554 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 09:38:15 +0000 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
1555 Changed paths:
1556    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1557
1558 update ChangeLog
1559
1560 ------------------------------------------------------------------------
1561 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 23:06:00 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
1562 Changed paths:
1563    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1564
1565  * added comments
1566  * fixed several bugs
1567
1568 ------------------------------------------------------------------------
1569 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 15:44:20 +0000 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
1570 Changed paths:
1571    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
1572
1573 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
1574
1575 ------------------------------------------------------------------------
1576 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 22:13:28 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
1577 Changed paths:
1578    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1579    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1580    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1581    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1582    A /branches/dev/samtools/source.dot
1583
1584  * samtools-0.1.0-65
1585  * pileup: generate maq-like simple output
1586  * pileup: allow to output pileup at required sites
1587  * source.dot: source file relationship graph
1588  * tview: fixed a minor bug
1589
1590 ------------------------------------------------------------------------
1591 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 20:10:26 +0000 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
1592 Changed paths:
1593    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1594
1595 remove all2sam.pl
1596
1597 ------------------------------------------------------------------------
1598 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 22:34:25 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
1599 Changed paths:
1600    A /branches/dev/samtools/COPYING
1601    M /branches/dev/samtools/bam.h
1602    M /branches/dev/samtools/faidx.h
1603    M /branches/dev/samtools/khash.h
1604    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1605    M /branches/dev/samtools/ksort.h
1606    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1607
1608 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
1609
1610 ------------------------------------------------------------------------
1611 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 13:40:18 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1612 Changed paths:
1613    M /branches/dev/samtools/bam.c
1614    M /branches/dev/samtools/bam.h
1615    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1616    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1617    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1618
1619  * samtools-0.1.0-64
1620  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
1621
1622 ------------------------------------------------------------------------
1623 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 10:28:20 +0000 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
1624 Changed paths:
1625    M /branches/dev/samtools/bam.c
1626    M /branches/dev/samtools/bam.h
1627    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1628    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1629    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1630
1631  * samtools-0.1.0-63
1632  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
1633
1634 ------------------------------------------------------------------------
1635 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:29:32 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
1636 Changed paths:
1637    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1638    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1639    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1640
1641  * samtools-0.1.0-62
1642  * fixed a memory leak
1643
1644 ------------------------------------------------------------------------
1645 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 14:00:13 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
1646 Changed paths:
1647    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1648    M /branches/dev/samtools/bam.h
1649    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1650
1651 update documentation, ChangeLog and a comment
1652
1653 ------------------------------------------------------------------------
1654 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 13:36:43 +0000 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
1655 Changed paths:
1656    M /branches/dev/samtools/Makefile
1657    M /branches/dev/samtools/bam.h
1658    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1659    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1660    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1661    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
1662    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1663    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1664
1665  * samtools-0.1.0-61
1666  * moved pileup command to a separate source file
1667  * added indel caller
1668  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
1669  * updated documentation
1670
1671 ------------------------------------------------------------------------
1672 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:55:36 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
1673 Changed paths:
1674    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1675    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1676
1677  * samtools-0.1.0-60
1678  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
1679
1680 ------------------------------------------------------------------------
1681 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 13:42:16 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
1682 Changed paths:
1683    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1684    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1685    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1686
1687  * samtools-0.1.0-59
1688  * pileup: outputing consensus is now optional
1689  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
1690    I am not quite sure why the previous version may have problem.
1691
1692 ------------------------------------------------------------------------
1693 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 11:44:56 +0000 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
1694 Changed paths:
1695    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1696    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1697
1698  * samtools-0.1.0-58
1699  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
1700    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
1701    and imposing it would make it harder to generate for other language
1702    bindings.
1703
1704 ------------------------------------------------------------------------
1705 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 20:43:56 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1706 Changed paths:
1707    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1708
1709 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
1710
1711 ------------------------------------------------------------------------
1712 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:36:53 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
1713 Changed paths:
1714    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1715
1716 update manual
1717
1718 ------------------------------------------------------------------------
1719 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 09:25:36 +0000 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
1720 Changed paths:
1721    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1722    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1723
1724  * samtools-0.1.0-57
1725  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
1726  * made the parser a bit more robust
1727
1728 ------------------------------------------------------------------------
1729 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 14:57:29 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1730 Changed paths:
1731    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1732    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1733    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1734
1735  * samtools-0.1.0-56
1736  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
1737  * fixed a typo in bam_index.c
1738  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
1739
1740 ------------------------------------------------------------------------
1741 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 12:53:08 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
1742 Changed paths:
1743    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1744
1745 update manual
1746
1747 ------------------------------------------------------------------------
1748 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 11:52:10 +0000 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
1749 Changed paths:
1750    M /branches/dev/samtools/bam.h
1751    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1752    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1753
1754  * samtools-0.1.0-55
1755  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
1756  * removed -v from pileup
1757  * made pileup take the reference sequence
1758
1759 ------------------------------------------------------------------------
1760 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:59:28 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
1761 Changed paths:
1762    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1763    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1764    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1765
1766  * samtools-0.1.0-54
1767  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
1768  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
1769
1770 ------------------------------------------------------------------------
1771 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 11:39:07 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1772 Changed paths:
1773    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1774
1775 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
1776
1777 ------------------------------------------------------------------------
1778 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:53:46 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1779 Changed paths:
1780    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1781
1782 also calculate unordered md5sum check
1783
1784 ------------------------------------------------------------------------
1785 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:46:21 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1786 Changed paths:
1787    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1788
1789 fixed a minor bug when there are space in the sequence
1790
1791 ------------------------------------------------------------------------
1792 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 09:40:45 +0000 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
1793 Changed paths:
1794    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1795
1796 fixed a potential memory leak
1797
1798 ------------------------------------------------------------------------
1799 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:52:17 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1800 Changed paths:
1801    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1802    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1803    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1804
1805  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
1806
1807 ------------------------------------------------------------------------
1808 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 14:08:01 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
1809 Changed paths:
1810    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
1811
1812 nothing, really
1813
1814 ------------------------------------------------------------------------
1815 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 12:56:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1816 Changed paths:
1817    M /branches/dev/samtools/Makefile
1818    M /branches/dev/samtools/kseq.h
1819    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
1820    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
1821    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
1822    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
1823
1824  * fixed two warnings in kseq.h
1825  * added md5sum utilities
1826
1827 ------------------------------------------------------------------------
1828 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:35:29 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
1829 Changed paths:
1830    M /branches/dev/samtools/Makefile
1831    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1832    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1833    A /branches/dev/samtools/kseq.h
1834    D /branches/dev/samtools/kstream.h
1835
1836  * samtools-0.1.0-52
1837  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
1838    extra functions in kseq.h.
1839  * also compile stand-alone faidx
1840
1841 ------------------------------------------------------------------------
1842 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 11:17:04 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1843 Changed paths:
1844    M /branches/dev/samtools/bam.h
1845    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1846    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1847
1848  * samtools-0.1.0-51
1849  * sorting by read names is available
1850
1851 ------------------------------------------------------------------------
1852 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 10:29:02 +0000 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
1853 Changed paths:
1854    M /branches/dev/samtools/bam.c
1855    M /branches/dev/samtools/bam.h
1856    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1857    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1858    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1859    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
1860    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1861    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1862    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1863
1864  * samtools-0.1.0-50
1865  * format change to meet the latest specification
1866
1867 ------------------------------------------------------------------------
1868 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 16:09:21 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
1869 Changed paths:
1870    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1871    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
1872
1873  * minor change in maqcns: special care when n==0
1874  * change maq2sam to meet the latest specification
1875
1876 ------------------------------------------------------------------------
1877 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:55:44 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1878 Changed paths:
1879    M /branches/dev/samtools/razf.c
1880    M /branches/dev/samtools/razf.h
1881
1882 considerable code clean up in razf
1883
1884 ------------------------------------------------------------------------
1885 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 15:08:18 +0000 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
1886 Changed paths:
1887    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
1888    M /branches/dev/samtools/Makefile
1889    M /branches/dev/samtools/faidx.c
1890
1891 make RAZF optional in faidx.c
1892
1893 ------------------------------------------------------------------------
1894 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 15:27:22 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
1895 Changed paths:
1896    M /branches/dev/samtools/Makefile
1897    M /branches/dev/samtools/bam.h
1898    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
1899    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1900    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1901
1902  * samtools-0.1.0-49
1903  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
1904
1905 ------------------------------------------------------------------------
1906 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 14:29:43 +0000 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
1907 Changed paths:
1908    M /branches/dev/samtools/bam.c
1909    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
1910    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1911    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1912    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1913    M /branches/dev/samtools/samtools.1
1914
1915  * samtools-0.1.0-48
1916  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
1917  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
1918  * supporting hex strings
1919
1920 ------------------------------------------------------------------------
1921 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:14:37 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1922 Changed paths:
1923    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1924    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1925
1926  * samtools-0.1.0-47
1927  * fixed the bug in maqcns
1928
1929 ------------------------------------------------------------------------
1930 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 17:08:11 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1931 Changed paths:
1932    M /branches/dev/samtools/Makefile
1933    M /branches/dev/samtools/bam.h
1934    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
1935    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
1936    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1937    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1938    A /branches/dev/samtools/glf.h
1939
1940  * samtools-0.1.0-46
1941  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
1942
1943 ------------------------------------------------------------------------
1944 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 13:51:28 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
1945 Changed paths:
1946    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
1947    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
1948    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1949
1950  * samtools-0.1.0-45
1951  * tview: display padded alignment (but not P operation)
1952  * better coordinates and reference sequence
1953
1954 ------------------------------------------------------------------------
1955 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:26:05 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
1956 Changed paths:
1957    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
1958
1959 new ChangeLog
1960
1961 ------------------------------------------------------------------------
1962 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:24:45 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
1963 Changed paths:
1964    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
1965    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
1966
1967 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
1968 the log of my personal SVN repository.
1969
1970 ------------------------------------------------------------------------
1971 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 09:22:55 +0000 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
1972 Changed paths:
1973    M /branches/dev/samtools/Makefile
1974    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1975    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1976
1977  * samtools-0.1.0-44
1978  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
1979    missing these declarations will make bgzf buggy
1980  * get rid of some harmless warings
1981  * use BGZF by default, now
1982
1983 ------------------------------------------------------------------------
1984 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 21:19:11 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
1985 Changed paths:
1986    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
1987    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
1988    M /branches/dev/samtools/razf.c
1989
1990  * samtools-0.1.0-43
1991  * fixed a bug in razf_read()
1992  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
1993
1994 ------------------------------------------------------------------------
1995 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 20:41:39 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
1996 Changed paths:
1997    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
1998
1999 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
2000
2001 ------------------------------------------------------------------------
2002 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:05:18 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2003 Changed paths:
2004    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2005
2006  * samtools-0.1.0-42
2007  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
2008    also update the version number anyway to avoid confusion
2009
2010 ------------------------------------------------------------------------
2011 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 17:03:48 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2012 Changed paths:
2013    M /branches/dev/samtools/razf.c
2014
2015 a change from Jue, but I think it should not matter
2016
2017 ------------------------------------------------------------------------
2018 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:48:14 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
2019 Changed paths:
2020    M /branches/dev/samtools/razf.c
2021
2022 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
2023 rarely happens, very rarely.
2024
2025 ------------------------------------------------------------------------
2026 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 14:02:56 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2027 Changed paths:
2028    M /branches/dev/samtools/razf.c
2029
2030 fixed a bug in razf, with the help of Jue
2031
2032 ------------------------------------------------------------------------
2033 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:55:32 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2034 Changed paths:
2035    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2036
2037 remove a comment
2038
2039 ------------------------------------------------------------------------
2040 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:37:05 +0000 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2041 Changed paths:
2042    M /branches/dev/samtools/Makefile
2043    M /branches/dev/samtools/bam.h
2044    M /branches/dev/samtools/razf.c
2045    M /branches/dev/samtools/razf.h
2046
2047  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
2048
2049 ------------------------------------------------------------------------
2050 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:37 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2051 Changed paths:
2052    A /branches/dev/samtools/samtools.1
2053
2054 the manual page
2055
2056 ------------------------------------------------------------------------
2057 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:37:16 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
2058 Changed paths:
2059    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2060    A /branches/dev/samtools/Makefile
2061    A /branches/dev/samtools/bam.c
2062    A /branches/dev/samtools/bam.h
2063    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2064    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
2065    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
2066    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
2067    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
2068    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2069    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2070    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2071    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
2072    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
2073    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
2074    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
2075    A /branches/dev/samtools/faidx.c
2076    A /branches/dev/samtools/faidx.h
2077    A /branches/dev/samtools/khash.h
2078    A /branches/dev/samtools/ksort.h
2079    A /branches/dev/samtools/kstream.h
2080    A /branches/dev/samtools/misc
2081    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2082    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2083    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2084    A /branches/dev/samtools/razf.c
2085    A /branches/dev/samtools/razf.h
2086    A /branches/dev/samtools/razip.c
2087    A /branches/dev/samtools/zutil.h
2088
2089 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
2090 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
2091
2092 ------------------------------------------------------------------------
2093 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 20:30:49 +0000 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2094 Changed paths:
2095    A /branches/dev/samtools
2096
2097 samtools (C version)
2098
2099 ------------------------------------------------------------------------