Copied from SVN revision 4710 and adapted to Git.
[samtools.git] / ChangeLog
1 ------------------------------------------------------------------------
2 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
3 Changed paths:
4    M /trunk/samtools/knetfile.c
5
6 fixed a compiling issue for Windows
7
8 ------------------------------------------------------------------------
9 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
10 Changed paths:
11    M /trunk/samtools/bam_sort.c
12
13 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
14
15 ------------------------------------------------------------------------
16 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
17 Changed paths:
18    M /trunk/samtools/NEWS
19    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
20
21 change the command line option of pileup
22
23 ------------------------------------------------------------------------
24 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
25 Changed paths:
26    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
27    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
28    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
29
30 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
31
32 ------------------------------------------------------------------------
33 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
34 Changed paths:
35    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
36    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
37    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
38    M /trunk/samtools/bam_tview.c
39
40  * make tview more friendly
41  * a temporary remedy for an issue in indel calling
42
43 ------------------------------------------------------------------------
44 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
45 Changed paths:
46    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
47    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
48    M /trunk/samtools/bamtk.c
49
50  * samtools-0.1.7-r607
51  * improved the genotype accuracy for indels
52  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
53
54 ------------------------------------------------------------------------
55 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
56 Changed paths:
57    M /trunk/samtools/misc/Makefile
58
59 removed a debugging example
60
61 ------------------------------------------------------------------------
62 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
63 Changed paths:
64    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
65    M /trunk/samtools/bamtk.c
66
67  * samtools-.1.7-18 (r605)
68  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
69    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
70
71 ------------------------------------------------------------------------
72 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
73 Changed paths:
74    M /trunk/samtools/bam.h
75    M /trunk/samtools/bam_index.c
76    M /trunk/samtools/misc/Makefile
77
78 fixed a minor bug in idxstats
79
80 ------------------------------------------------------------------------
81 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
82 Changed paths:
83    M /trunk/samtools/bam_index.c
84
85 fixed a minor bug in indexing
86
87 ------------------------------------------------------------------------
88 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
89 Changed paths:
90    M /trunk/samtools/ChangeLog
91    M /trunk/samtools/bam.c
92
93 change printf() to puts in exporting
94
95 ------------------------------------------------------------------------
96 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
97 Changed paths:
98    M /trunk/samtools/bamtk.c
99
100 minor fix. No actual effect.
101
102 ------------------------------------------------------------------------
103 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
104 Changed paths:
105    M /trunk/samtools/Makefile
106
107 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
108
109 ------------------------------------------------------------------------
110 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
111 Changed paths:
112    M /trunk/samtools/ChangeLog
113    M /trunk/samtools/bam_index.c
114    M /trunk/samtools/bamtk.c
115
116  * samtools-0.1.7-17 (r596)
117  * also keep the number of coor-less reads in the index file
118
119 ------------------------------------------------------------------------
120 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
121 Changed paths:
122    M /trunk/samtools/bam_index.c
123    M /trunk/samtools/bamtk.c
124
125  * samtools-0.1.7-16 (r595)
126  * write additional information to bam index
127
128 ------------------------------------------------------------------------
129 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
130 Changed paths:
131    M /trunk/samtools/bam_index.c
132
133 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
134
135 ------------------------------------------------------------------------
136 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
137 Changed paths:
138    M /trunk/samtools/bam.h
139    M /trunk/samtools/bam_index.c
140    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
141    M /trunk/samtools/samtools.1
142
143 rename iterf as iter
144
145 ------------------------------------------------------------------------
146 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
147 Changed paths:
148    M /trunk/samtools/ChangeLog
149    M /trunk/samtools/bam_aux.c
150    M /trunk/samtools/bam_index.c
151    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
152    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
153    M /trunk/samtools/bamtk.c
154
155  * samtools-0.1.7-15 (r592)
156  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
157  * improved the functionality of mpileup
158
159 ------------------------------------------------------------------------
160 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
161 Changed paths:
162    M /trunk/samtools/bam.h
163    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
164    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
165    M /trunk/samtools/bamtk.c
166
167  * samtools-0.1.7-14 (r591)
168  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
169
170 ------------------------------------------------------------------------
171 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
172 Changed paths:
173    M /trunk/samtools/bam.h
174    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
175    M /trunk/samtools/bamtk.c
176
177  * samtools-0.1.7-13 (r590)
178  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
179
180 ------------------------------------------------------------------------
181 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
182 Changed paths:
183    M /trunk/samtools/bam.h
184    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
185    M /trunk/samtools/bamtk.c
186
187  * samtools-0.1.7-12 (r589)
188  * added iterator-like APIs for pileup
189
190 ------------------------------------------------------------------------
191 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
192 Changed paths:
193    M /trunk/samtools/bam_index.c
194    M /trunk/samtools/bamtk.c
195
196  * samtools-0.1.7-11 (r588)
197  * ported a few improvements from tabix back to samtools
198
199 ------------------------------------------------------------------------
200 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
201 Changed paths:
202    M /trunk/samtools/bam.h
203    M /trunk/samtools/bam_index.c
204    M /trunk/samtools/bamtk.c
205
206  * samtools-0.1.7-10 (r587)
207  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
208
209 ------------------------------------------------------------------------
210 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
211 Changed paths:
212    M /trunk/samtools/Makefile
213    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
214    M /trunk/samtools/bamtk.c
215    M /trunk/samtools/bgzf.c
216
217  * samtools-0.1.7-9 (r586)
218  * added "reheader" to replace the BAM header
219
220 ------------------------------------------------------------------------
221 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
222 Changed paths:
223    M /trunk/samtools/bam.c
224    M /trunk/samtools/bamtk.c
225    M /trunk/samtools/kstring.h
226
227  * samtools-0.1.7-8 (r585)
228  * speed up "view"
229
230 ------------------------------------------------------------------------
231 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
232 Changed paths:
233    M /trunk/samtools/bam.c
234    M /trunk/samtools/bamtk.c
235    M /trunk/samtools/bgzf.c
236    M /trunk/samtools/bgzf.h
237    M /trunk/samtools/kstring.h
238    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
239
240  * samtools-0.1.7-7 (r584)
241  * ported tabix BGZF to samtools
242  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
243
244 ------------------------------------------------------------------------
245 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
246 Changed paths:
247    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
248
249 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
250 ------------------------------------------------------------------------
251 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
252 Changed paths:
253    M /trunk/samtools/samtools.1
254
255 Added a note about the indels coordinates
256 ------------------------------------------------------------------------
257 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
258 Changed paths:
259    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
260
261 Added the possibility to print or not to print the reference allele
262 ------------------------------------------------------------------------
263 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
264 Changed paths:
265    M /trunk/samtools/sam_header.c
266
267 More descriptive message for space separated tags
268 ------------------------------------------------------------------------
269 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
270 Changed paths:
271    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
272
273 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
274 ------------------------------------------------------------------------
275 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
276 Changed paths:
277    M /trunk/samtools/sam_header.c
278
279 Fixed the order of sequences in the header
280 ------------------------------------------------------------------------
281 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
282 Changed paths:
283    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
284
285 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
286 ------------------------------------------------------------------------
287 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
288 Changed paths:
289    M /trunk/samtools/bam.c
290
291 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
292 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
293 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
294
295 ------------------------------------------------------------------------
296 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
297 Changed paths:
298    M /trunk/samtools/AUTHORS
299    M /trunk/samtools/bam.h
300    M /trunk/samtools/bam_import.c
301    M /trunk/samtools/sam_header.c
302
303 Improved efficiency of header parsing
304 ------------------------------------------------------------------------
305 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
306 Changed paths:
307    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
308
309 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
310
311
312 ------------------------------------------------------------------------
313 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
314 Changed paths:
315    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
316
317 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
318 ------------------------------------------------------------------------
319 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
320 Changed paths:
321    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
322
323 Print an error for pileups in simple format
324 ------------------------------------------------------------------------
325 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
326 Changed paths:
327    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
328
329 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
330
331 ------------------------------------------------------------------------
332 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
333 Changed paths:
334    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
335
336 Added possibility to specify a custom column title for the data column
337 ------------------------------------------------------------------------
338 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
339 Changed paths:
340    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
341
342 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
343 ------------------------------------------------------------------------
344 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
345 Changed paths:
346    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
347
348 Added VCF header
349 ------------------------------------------------------------------------
350 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
351 Changed paths:
352    M /trunk/samtools/ChangeLog
353    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
354    M /trunk/samtools/bamtk.c
355    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
356    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
357
358  * samtools-0.1.7-6
359  * fixed a bug in faidx
360
361 ------------------------------------------------------------------------
362 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
363 Changed paths:
364    M /trunk/samtools/faidx.c
365
366 Put the right filename in the error message.
367
368 ------------------------------------------------------------------------
369 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
370 Changed paths:
371    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
372    M /trunk/samtools/bamtk.c
373
374  * samtools-0.1.7-5 (r528)
375  * further add new consensus generation strategy
376
377 ------------------------------------------------------------------------
378 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
379 Changed paths:
380    M /trunk/samtools/knetfile.c
381
382 Fixed a bug in knet_seek
383 ------------------------------------------------------------------------
384 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
385 Changed paths:
386    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
387
388 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
389 ------------------------------------------------------------------------
390 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
391 Changed paths:
392    M /trunk/samtools/sam_header.c
393
394 Allow tabs in the CO header field
395 ------------------------------------------------------------------------
396 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
397 Changed paths:
398    M /trunk/samtools/Makefile
399    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
400
401 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
402 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
403
404 ------------------------------------------------------------------------
405 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
406 Changed paths:
407    M /trunk/samtools/Makefile
408    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
409
410 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
411 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
412 facilitate non-knet builds.
413
414 ------------------------------------------------------------------------
415 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
416 Changed paths:
417    M /trunk/samtools/bamtk.c
418    M /trunk/samtools/sam_view.c
419
420  * samtools-0.1.7-4 (r522)
421  * fixed a bug in "view -r"
422  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
423
424 ------------------------------------------------------------------------
425 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
426 Changed paths:
427    M /trunk/samtools/bam_md.c
428    M /trunk/samtools/bamtk.c
429
430  * samtools-0.1.7-3 (r521)
431  * calmd: optionally mask matching bases as N
432
433 ------------------------------------------------------------------------
434 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
435 Changed paths:
436    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
437    M /trunk/samtools/bamtk.c
438    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
439
440  * samtools-0.1.7-2 (r520)
441  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
442  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
443
444 ------------------------------------------------------------------------
445 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
446 Changed paths:
447    M /trunk/samtools/Makefile
448
449 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
450 as well, even with old-fashioned linkers.
451
452 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
453 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
454
455 ------------------------------------------------------------------------
456 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
457 Changed paths:
458    M /trunk/samtools/Makefile
459    M /trunk/samtools/misc/Makefile
460
461 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
462
463 ------------------------------------------------------------------------
464 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
465 Changed paths:
466    M /trunk/samtools/bam_index.c
467
468 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
469
470 ------------------------------------------------------------------------
471 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
472 Changed paths:
473    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
474
475 another example program
476
477 ------------------------------------------------------------------------
478 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
479 Changed paths:
480    M /trunk/samtools/bam_import.c
481    M /trunk/samtools/bamtk.c
482    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
483    M /trunk/samtools/sam.c
484
485  * samtools-0.1.7-1 (r515)
486  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
487
488 ------------------------------------------------------------------------
489 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
490 Changed paths:
491    M /trunk/samtools/bam.c
492
493 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
494
495 ------------------------------------------------------------------------
496 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
497 Changed paths:
498    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
499
500 Update Makefile.mingw for the same reason
501
502 ------------------------------------------------------------------------
503 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
504 Changed paths:
505    M /trunk/samtools/Makefile
506
507 Fixed a bug in compiling razip
508
509 ------------------------------------------------------------------------
510 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
511 Changed paths:
512    M /trunk/samtools/ChangeLog
513    M /trunk/samtools/NEWS
514    M /trunk/samtools/bamtk.c
515    M /trunk/samtools/samtools.1
516
517 Release samtools-0.1.7 (r510)
518
519 ------------------------------------------------------------------------
520 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
521 Changed paths:
522    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
523    M /trunk/samtools/bamtk.c
524
525  * samtools-0.1.6-22 (r509)
526  * forget to fix a similar problem in glfgen
527
528 ------------------------------------------------------------------------
529 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
530 Changed paths:
531    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
532    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
533    M /trunk/samtools/bamtk.c
534    M /trunk/samtools/sam_view.c
535
536  * samtools-0.1.6-21 (r508)
537  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
538
539 ------------------------------------------------------------------------
540 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
541 Changed paths:
542    M /trunk/samtools/bamtk.c
543    M /trunk/samtools/sam_view.c
544
545  * samtools-0.1.6-19 (r494)
546  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
547
548 ------------------------------------------------------------------------
549 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
550 Changed paths:
551    M /trunk/samtools/Makefile
552    M /trunk/samtools/bam.c
553    M /trunk/samtools/bam_import.c
554    M /trunk/samtools/bamtk.c
555    M /trunk/samtools/sam.c
556    M /trunk/samtools/sam_header.c
557
558  * samtools-0.1.6-18 (r493)
559  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
560  * a little code clean up in sam_header.c
561
562 ------------------------------------------------------------------------
563 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
564 Changed paths:
565    M /trunk/samtools/sam_header.c
566
567 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
568 ------------------------------------------------------------------------
569 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
570 Changed paths:
571    M /trunk/samtools/sam_view.c
572
573  * BUGGY VERSION
574  * fixed a minor bug
575
576 ------------------------------------------------------------------------
577 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
578 Changed paths:
579    M /trunk/samtools/bam.c
580    M /trunk/samtools/bam.h
581    M /trunk/samtools/bam_import.c
582    M /trunk/samtools/sam.c
583
584  * BUGGY VERSION
585  * improved the interface a bit
586  * bug unfixed
587
588 ------------------------------------------------------------------------
589 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
590 Changed paths:
591    M /trunk/samtools/bam_import.c
592    M /trunk/samtools/sam_header.c
593    M /trunk/samtools/sam_header.h
594
595  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
596  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
597
598 ------------------------------------------------------------------------
599 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
600 Changed paths:
601    M /trunk/samtools/Makefile
602    M /trunk/samtools/bam.c
603    M /trunk/samtools/bam.h
604    M /trunk/samtools/bam_aux.c
605    M /trunk/samtools/bam_import.c
606    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
607    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
608    M /trunk/samtools/kaln.c
609    M /trunk/samtools/sam.c
610    M /trunk/samtools/sam_header.c
611    M /trunk/samtools/sam_header.h
612    M /trunk/samtools/sam_view.c
613
614  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
615  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
616
617 ------------------------------------------------------------------------
618 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
619 Changed paths:
620    M /trunk/samtools/sam_header.c
621    M /trunk/samtools/sam_header.h
622
623 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
624 ------------------------------------------------------------------------
625 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
626 Changed paths:
627    M /trunk/samtools/sam_header.c
628
629
630 ------------------------------------------------------------------------
631 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
632 Changed paths:
633    A /trunk/samtools/sam_header.c
634    A /trunk/samtools/sam_header.h
635
636
637 ------------------------------------------------------------------------
638 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
639 Changed paths:
640    M /trunk/samtools/bam_import.c
641    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
642    M /trunk/samtools/bamtk.c
643    M /trunk/samtools/examples/Makefile
644
645  * samtools-0.1.6-17 (r484)
646  * fixed a memory leak in rmdupse
647  * fixed a bug in parsing @RG header lines
648  * test rmdup in examples/
649
650 ------------------------------------------------------------------------
651 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
652 Changed paths:
653    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
654    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
655    M /trunk/samtools/bamtk.c
656
657  * samtools-0.1.6-16 (r483)
658  * unify the interface of rmdup and rmdupse
659  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
660
661 ------------------------------------------------------------------------
662 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
663 Changed paths:
664    M /trunk/samtools/bam.h
665    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
666    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
667    M /trunk/samtools/bamtk.c
668    A /trunk/samtools/klist.h
669
670  * samtools-0.1.6-15 (r482)
671  * rewrite rmdupse
672  * rmdupse is now library aware
673
674 ------------------------------------------------------------------------
675 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
676 Changed paths:
677    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
678    M /trunk/samtools/bamtk.c
679
680  * samtools-0.1.6-14 (r480)
681  * rmdup is now RG aware
682
683 ------------------------------------------------------------------------
684 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
685 Changed paths:
686    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
687
688 added a small unitity to parse SRA XML files
689
690 ------------------------------------------------------------------------
691 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
692 Changed paths:
693    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
694    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
695    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
696    M /trunk/samtools/bam_sort.c
697    M /trunk/samtools/bamtk.c
698
699  * samtools-0.1.6-13 (r479)
700  * merge: optionally use file names as RG tags
701
702 ------------------------------------------------------------------------
703 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
704 Changed paths:
705    M /trunk/samtools/bam.c
706    M /trunk/samtools/bam.h
707    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
708    M /trunk/samtools/bamtk.c
709    M /trunk/samtools/kaln.c
710
711  * samtools-0.1.6-12 (r478)
712  * fixed a bug in the indel caller
713
714 ------------------------------------------------------------------------
715 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
716 Changed paths:
717    M /trunk/samtools/bam_index.c
718    M /trunk/samtools/bamtk.c
719
720  * samtools-0.1.6-11 (r477)
721  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
722
723 ------------------------------------------------------------------------
724 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
725 Changed paths:
726    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
727
728 Added the sam2vcf.pl script.
729 ------------------------------------------------------------------------
730 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
731 Changed paths:
732    M /trunk/samtools/Makefile
733    M /trunk/samtools/bam.c
734    M /trunk/samtools/bam.h
735    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
736    M /trunk/samtools/bamtk.c
737    A /trunk/samtools/kaln.c
738    A /trunk/samtools/kaln.h
739
740 Unfinished modification. Please do not use this revision...
741
742 ------------------------------------------------------------------------
743 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
744 Changed paths:
745    M /trunk/samtools/knetfile.c
746
747 Removed the offending knet_seek message.
748 ------------------------------------------------------------------------
749 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
750 Changed paths:
751    M /trunk/samtools/knetfile.c
752    M /trunk/samtools/razf.c
753
754 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
755 ------------------------------------------------------------------------
756 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
757 Changed paths:
758    M /trunk/samtools/samtools.1
759
760 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
761
762 ------------------------------------------------------------------------
763 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
764 Changed paths:
765    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
766
767 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
768
769 ------------------------------------------------------------------------
770 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
771 Changed paths:
772    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
773    M /trunk/samtools/bamtk.c
774    M /trunk/samtools/knetfile.c
775    M /trunk/samtools/knetfile.h
776
777  * samtools-0.1.6-9 (r470)
778  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
779
780 ------------------------------------------------------------------------
781 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
782 Changed paths:
783    M /trunk/samtools/bam_index.c
784    M /trunk/samtools/bamtk.c
785
786  * samtools-0.1.6-9 (r469)
787  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
788
789 ------------------------------------------------------------------------
790 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
791 Changed paths:
792    M /trunk/samtools/bam_sort.c
793    M /trunk/samtools/bamtk.c
794    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
795
796  * samtools-0.1.6-7 (r468)
797  * make merge stable
798
799 ------------------------------------------------------------------------
800 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
801 Changed paths:
802    M /trunk/samtools/bgzf.c
803    M /trunk/samtools/bgzip.c
804    M /trunk/samtools/razf.c
805    M /trunk/samtools/razip.c
806
807 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
808 ------------------------------------------------------------------------
809 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
810 Changed paths:
811    M /trunk/samtools/ChangeLog
812    M /trunk/samtools/bam_md.c
813    M /trunk/samtools/bamtk.c
814
815  * samtools-0.1.6-6 (r466)
816  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
817
818 ------------------------------------------------------------------------
819 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
820 Changed paths:
821    M /trunk/samtools/bam.c
822    M /trunk/samtools/knetfile.c
823
824 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
825 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
826
827 ------------------------------------------------------------------------
828 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
829 Changed paths:
830    M /trunk/samtools/knetfile.c
831    M /trunk/samtools/razf.c
832
833 A bug fix, "samtools view" is now working again.
834 ------------------------------------------------------------------------
835 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
836 Changed paths:
837    M /trunk/samtools/bamtk.c
838    M /trunk/samtools/faidx.c
839    M /trunk/samtools/knetfile.c
840    M /trunk/samtools/knetfile.h
841    M /trunk/samtools/razf.c
842    M /trunk/samtools/razf.h
843
844  * samtools-0.1.6-5 (r462)
845  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
846
847 ------------------------------------------------------------------------
848 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
849 Changed paths:
850    M /trunk/samtools/samtools.1
851
852 fixed a formatting issue
853
854 ------------------------------------------------------------------------
855 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
856 Changed paths:
857    M /trunk/samtools/bam_sort.c
858    M /trunk/samtools/bamtk.c
859
860  * samtools-0.1.6-4 (r459)
861  * make sort output the result to stdout when -o is in use
862
863 ------------------------------------------------------------------------
864 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
865 Changed paths:
866    M /trunk/samtools/bamtk.c
867    M /trunk/samtools/faidx.c
868    M /trunk/samtools/faidx.h
869    M /trunk/samtools/samtools.1
870
871  * samtools-0.1.6-2 (r458)
872  * added more interface to faidx (by Nils)
873  * updated documentation
874
875 ------------------------------------------------------------------------
876 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
877 Changed paths:
878    M /trunk/samtools/bam_sort.c
879    M /trunk/samtools/bamtk.c
880
881  * samtools-0.1.6-2 (r457)
882  * get rid of three assert() in bam_sort.c
883
884 ------------------------------------------------------------------------
885 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
886 Changed paths:
887    M /trunk/samtools/razf.c
888
889 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
890 when opening the file fails.
891
892 ------------------------------------------------------------------------
893 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
894 Changed paths:
895    M /trunk/samtools/ChangeLog
896    M /trunk/samtools/NEWS
897    M /trunk/samtools/bamtk.c
898    M /trunk/samtools/samtools.1
899    D /trunk/samtools/source.dot
900
901 Release samtools-0.1.6
902
903 ------------------------------------------------------------------------
904 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
905 Changed paths:
906    M /trunk/samtools/bam_md.c
907    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
908    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
909    M /trunk/samtools/bam_sort.c
910    M /trunk/samtools/bamtk.c
911    M /trunk/samtools/samtools.1
912
913  * samtools-0.1.5-34 (r451)
914  * applied the patch by John
915  * improved the help message a little bit
916
917 ------------------------------------------------------------------------
918 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
919 Changed paths:
920    M /trunk/samtools/bam_color.c
921    M /trunk/samtools/bamtk.c
922
923  * samtools-0.1.5-33 (r450)
924  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
925
926 ------------------------------------------------------------------------
927 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
928 Changed paths:
929    M /trunk/samtools/bam_import.c
930    M /trunk/samtools/bam_md.c
931    M /trunk/samtools/bamtk.c
932    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
933
934  * samtools-0.1.5-32 (r449)
935  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
936  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
937
938 ------------------------------------------------------------------------
939 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
940 Changed paths:
941    M /trunk/samtools/ChangeLog
942    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
943    M /trunk/samtools/bamtk.c
944    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
945
946  * samtools-0.1.5-31 (r448)
947  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
948
949 ------------------------------------------------------------------------
950 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
951 Changed paths:
952    M /trunk/samtools/bam_aux.c
953    M /trunk/samtools/bamtk.c
954
955  * samtools-0.1.5-30 (r447)
956  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
957
958 ------------------------------------------------------------------------
959 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
960 Changed paths:
961    M /trunk/samtools/bam_aux.c
962    M /trunk/samtools/bamtk.c
963
964  * 
965
966 ------------------------------------------------------------------------
967 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
968 Changed paths:
969    M /trunk/samtools/bam_sort.c
970    M /trunk/samtools/bamtk.c
971
972  * samtools-0.1.5-28 (r444)
973  * bug in "merge -n"
974
975 ------------------------------------------------------------------------
976 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
977 Changed paths:
978    M /trunk/samtools/bam.c
979    M /trunk/samtools/bam_import.c
980    M /trunk/samtools/bamtk.c
981
982  * samtools-0.1.5-27 (r443)
983  * SEQ and QUAL can be "*"
984  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
985
986 ------------------------------------------------------------------------
987 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
988 Changed paths:
989    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
990    M /trunk/samtools/bamtk.c
991    M /trunk/samtools/misc/md5.c
992    M /trunk/samtools/misc/md5.h
993    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
994
995  * samtools-0.1.5-26 (r442)
996  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
997  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
998
999 ------------------------------------------------------------------------
1000 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
1001 Changed paths:
1002    M /trunk/samtools/bgzf.c
1003    M /trunk/samtools/bgzf.h
1004    M /trunk/samtools/bgzip.c
1005
1006 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
1007
1008 ------------------------------------------------------------------------
1009 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
1010 Changed paths:
1011    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1012    M /trunk/samtools/bamtk.c
1013
1014  * samtools-0.1.5-25 (r436)
1015  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
1016
1017 ------------------------------------------------------------------------
1018 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
1019 Changed paths:
1020    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1021
1022 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
1023
1024 ------------------------------------------------------------------------
1025 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
1026 Changed paths:
1027    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1028
1029 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
1030
1031 ------------------------------------------------------------------------
1032 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
1033 Changed paths:
1034    M /trunk/samtools/bamtk.c
1035    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1036    M /trunk/samtools/sam_view.c
1037
1038  * samtools-0.1.5-24 (r435)
1039  * fixed a typo
1040
1041 ------------------------------------------------------------------------
1042 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
1043 Changed paths:
1044    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1045    M /trunk/samtools/bamtk.c
1046
1047  * samtools-0.1.5-23 (r434)
1048  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
1049
1050 ------------------------------------------------------------------------
1051 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
1052 Changed paths:
1053    M /trunk/samtools/knetfile.c
1054
1055  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
1056  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
1057
1058 ------------------------------------------------------------------------
1059 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
1060 Changed paths:
1061    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1062    M /trunk/samtools/bamtk.c
1063    M /trunk/samtools/faidx.c
1064    M /trunk/samtools/razf.c
1065    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
1066    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
1067
1068  * samtools-0.1.5-22 (r432)
1069  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
1070  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
1071  * PDCurses support in Windows
1072
1073 ------------------------------------------------------------------------
1074 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
1075 Changed paths:
1076    M /trunk/samtools/win32/libz.a
1077
1078 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
1079
1080 ------------------------------------------------------------------------
1081 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
1082 Changed paths:
1083    M /trunk/samtools/knetfile.c
1084
1085 add comments
1086
1087 ------------------------------------------------------------------------
1088 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
1089 Changed paths:
1090    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1091    M /trunk/samtools/bamtk.c
1092    M /trunk/samtools/knetfile.c
1093    M /trunk/samtools/knetfile.h
1094
1095  * samtools-0.1.5-21 (r428)
1096  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
1097
1098 ------------------------------------------------------------------------
1099 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
1100 Changed paths:
1101    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
1102
1103 simplify MinGW Makefile
1104
1105 ------------------------------------------------------------------------
1106 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
1107 Changed paths:
1108    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
1109    M /trunk/samtools/bam_import.c
1110    M /trunk/samtools/bamtk.c
1111    A /trunk/samtools/win32
1112    A /trunk/samtools/win32/libz.a
1113    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
1114    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
1115
1116  * samtools-0.1.5-20 (r427)
1117  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
1118    functionality are not tested at the moment.
1119  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
1120
1121 ------------------------------------------------------------------------
1122 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
1123 Changed paths:
1124    M /trunk/samtools/bamtk.c
1125    M /trunk/samtools/sam_view.c
1126
1127  * samtools-0.1.5-19 (r426)
1128  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
1129
1130 ------------------------------------------------------------------------
1131 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
1132 Changed paths:
1133    M /trunk/samtools/bgzf.c
1134
1135 compatible with Windows binary files
1136
1137 ------------------------------------------------------------------------
1138 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
1139 Changed paths:
1140    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1141    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1142    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1143    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1144    M /trunk/samtools/bamtk.c
1145    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1146
1147  * samtools-0.1.5-18 (r423)
1148  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
1149    of debugging at the moment
1150  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
1151
1152 ------------------------------------------------------------------------
1153 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
1154 Changed paths:
1155    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
1156
1157 convert BLAT psl to SAM.
1158
1159 ------------------------------------------------------------------------
1160 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
1161 Changed paths:
1162    M /trunk/samtools/ChangeLog
1163    M /trunk/samtools/bam.c
1164    M /trunk/samtools/bamtk.c
1165    M /trunk/samtools/bgzf.c
1166    M /trunk/samtools/bgzf.h
1167    M /trunk/samtools/knetfile.c
1168    M /trunk/samtools/sam.c
1169    M /trunk/samtools/sam_view.c
1170
1171  * samtools-0.1.5-17 (r422)
1172  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
1173  * write an empty BGZF block to every BGZF file
1174  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
1175  * update ChangeLog
1176
1177 ------------------------------------------------------------------------
1178 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
1179 Changed paths:
1180    M /trunk/samtools/bam_import.c
1181    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1182    M /trunk/samtools/bamtk.c
1183    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1184    M /trunk/samtools/sam.c
1185    M /trunk/samtools/sam.h
1186    M /trunk/samtools/sam_view.c
1187
1188  * samtools-0.1.5-16 (r421)
1189  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
1190
1191 ------------------------------------------------------------------------
1192 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
1193 Changed paths:
1194    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1195
1196 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
1197
1198 ------------------------------------------------------------------------
1199 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
1200 Changed paths:
1201    M /trunk/samtools/bam_import.c
1202    M /trunk/samtools/bamtk.c
1203    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1204    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1205
1206  * samtools-0.1.5-15 (r419)
1207  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
1208  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
1209  * add "unique" command to samtools.pl
1210
1211 ------------------------------------------------------------------------
1212 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
1213 Changed paths:
1214    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1215
1216 skip @header lines in SAM
1217
1218 ------------------------------------------------------------------------
1219 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1220 Changed paths:
1221    M /trunk/samtools/bamtk.c
1222    M /trunk/samtools/sam_view.c
1223
1224  * samtools-0.1.5-14 (r417)
1225  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
1226
1227 ------------------------------------------------------------------------
1228 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1229 Changed paths:
1230    M /trunk/samtools/bam.c
1231    M /trunk/samtools/bam.h
1232    M /trunk/samtools/bam_import.c
1233    M /trunk/samtools/bamtk.c
1234    M /trunk/samtools/sam.c
1235    M /trunk/samtools/sam.h
1236    M /trunk/samtools/sam_view.c
1237
1238  * samtools-0.1.5-17 (r416)
1239  * support import/export SAM with string tags
1240
1241 ------------------------------------------------------------------------
1242 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
1243 Changed paths:
1244    M /trunk/samtools/bam.c
1245    M /trunk/samtools/bam.h
1246    M /trunk/samtools/bam_import.c
1247    M /trunk/samtools/bamtk.c
1248    M /trunk/samtools/sam.c
1249    M /trunk/samtools/sam.h
1250    M /trunk/samtools/sam_view.c
1251
1252  * samtools-0.1.5-12 (r415)
1253  * FLAG now can be in HEX
1254
1255 ------------------------------------------------------------------------
1256 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
1257 Changed paths:
1258    M /trunk/samtools/kstring.h
1259
1260 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
1261
1262 ------------------------------------------------------------------------
1263 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
1264 Changed paths:
1265    M /trunk/samtools/kstring.c
1266    M /trunk/samtools/kstring.h
1267
1268 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
1269
1270 ------------------------------------------------------------------------
1271 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
1272 Changed paths:
1273    M /trunk/samtools/bam_index.c
1274
1275 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
1276
1277 ------------------------------------------------------------------------
1278 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1279 Changed paths:
1280    M /trunk/samtools/bam_md.c
1281    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1282    M /trunk/samtools/bamtk.c
1283    M /trunk/samtools/bgzf.c
1284
1285  * samtools-0.1.5-11 (r408)
1286  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
1287    from fillmd.
1288  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
1289
1290 ------------------------------------------------------------------------
1291 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
1292 Changed paths:
1293    M /trunk/samtools/bam.h
1294    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1295    M /trunk/samtools/bam_md.c
1296    M /trunk/samtools/bamtk.c
1297    M /trunk/samtools/sam.h
1298
1299  * samtools-0.1.5-10 (r407)
1300  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
1301  * fillmd: generate the NM tag
1302  * fillmd: cmd interface improvement
1303
1304 ------------------------------------------------------------------------
1305 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
1306 Changed paths:
1307    M /trunk/samtools/Makefile
1308
1309 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
1310
1311 ------------------------------------------------------------------------
1312 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1313 Changed paths:
1314    M /trunk/samtools/Makefile
1315    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1316    M /trunk/samtools/bamtk.c
1317
1318  * samtools-0.1.5-9 (r405)
1319  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
1320
1321 ------------------------------------------------------------------------
1322 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1323 Changed paths:
1324    M /trunk/samtools/Makefile
1325    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1326    M /trunk/samtools/bamtk.c
1327
1328  * samtools-0.1.5-8 (r404)
1329  * compatible with PDCurses
1330
1331 ------------------------------------------------------------------------
1332 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
1333 Changed paths:
1334    M /trunk/samtools/bamtk.c
1335    M /trunk/samtools/kseq.h
1336
1337  * samtools-0.1.5-7 (r403)
1338  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
1339
1340 ------------------------------------------------------------------------
1341 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
1342 Changed paths:
1343    M /trunk/samtools/bam_import.c
1344    M /trunk/samtools/bam_index.c
1345    M /trunk/samtools/bamtk.c
1346    M /trunk/samtools/bgzf.c
1347
1348  * samtools-0.1.5-6 (r402)
1349  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
1350  * improve portability to MinGW
1351
1352 ------------------------------------------------------------------------
1353 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1354 Changed paths:
1355    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
1356    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
1357    D /trunk/samtools/bam_lite.c
1358
1359  * move bam_lite.c to bam-lite
1360  * copy bam.h to bam-lite
1361
1362 ------------------------------------------------------------------------
1363 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
1364 Changed paths:
1365    M /trunk/samtools/bam.h
1366    M /trunk/samtools/bam_lite.c
1367    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1368    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1369    M /trunk/samtools/bamtk.c
1370
1371  * samtools-0.1.5-5 (r395)
1372  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
1373
1374 ------------------------------------------------------------------------
1375 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1376 Changed paths:
1377    M /trunk/samtools/bamtk.c
1378    M /trunk/samtools/knetfile.c
1379    M /trunk/samtools/knetfile.h
1380
1381  * samtools-0.1.5-4 (r394)
1382  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
1383
1384 ------------------------------------------------------------------------
1385 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
1386 Changed paths:
1387    M /trunk/samtools/bam_index.c
1388    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1389    M /trunk/samtools/bamtk.c
1390    M /trunk/samtools/knetfile.c
1391    M /trunk/samtools/knetfile.h
1392
1393  * samtools-0.1.5-3 (r393)
1394  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
1395  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
1396    not seen the sideeffect so far.
1397
1398 ------------------------------------------------------------------------
1399 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
1400 Changed paths:
1401    M /trunk/samtools/samtools.1
1402
1403 Remove the warning in tview
1404
1405 ------------------------------------------------------------------------
1406 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
1407 Changed paths:
1408    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1409    M /trunk/samtools/bamtk.c
1410
1411  * samtools-0.1.5-2 (r391)
1412  * do not show a blank screen when no reads mapped
1413
1414 ------------------------------------------------------------------------
1415 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
1416 Changed paths:
1417    M /trunk/samtools/bam.h
1418    A /trunk/samtools/bam_lite.c
1419    M /trunk/samtools/bamtk.c
1420
1421  * samtools-0.1.5-1 (r390)
1422  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
1423  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
1424
1425 ------------------------------------------------------------------------
1426 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1427 Changed paths:
1428    M /trunk/samtools/bamtk.c
1429    M /trunk/samtools/knetfile.c
1430
1431 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
1432
1433 ------------------------------------------------------------------------
1434 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1435 Changed paths:
1436    M /trunk/samtools/bamtk.c
1437    M /trunk/samtools/sam.c
1438
1439 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
1440
1441 ------------------------------------------------------------------------
1442 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1443 Changed paths:
1444    M /trunk/samtools/Makefile
1445    M /trunk/samtools/bam.h
1446    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1447    M /trunk/samtools/bamtk.c
1448
1449 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
1450
1451 ------------------------------------------------------------------------
1452 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
1453 Changed paths:
1454    M /trunk/samtools/ChangeLog
1455    M /trunk/samtools/NEWS
1456    M /trunk/samtools/bamtk.c
1457    M /trunk/samtools/samtools.1
1458
1459 Release samtools-0.1.5
1460
1461 ------------------------------------------------------------------------
1462 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
1463 Changed paths:
1464    M /trunk/samtools/bamtk.c
1465    M /trunk/samtools/sam.c
1466
1467  * samtools-0.1.4-23 (r372)
1468  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
1469
1470 ------------------------------------------------------------------------
1471 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
1472 Changed paths:
1473    M /trunk/samtools/samtools.1
1474
1475 update documentation
1476
1477 ------------------------------------------------------------------------
1478 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
1479 Changed paths:
1480    M /trunk/samtools/Makefile
1481
1482 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
1483
1484 ------------------------------------------------------------------------
1485 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
1486 Changed paths:
1487    M /trunk/samtools/ChangeLog
1488    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1489    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1490    M /trunk/samtools/bamtk.c
1491
1492  * samtools-0.1.4-22 (r369)
1493  * in pileup, optionally print E2 and U2
1494  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
1495
1496 ------------------------------------------------------------------------
1497 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
1498 Changed paths:
1499    M /trunk/samtools/bam.c
1500    M /trunk/samtools/bam.h
1501    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1502    M /trunk/samtools/bam_index.c
1503    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1504    M /trunk/samtools/bam_md.c
1505    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1506    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1507    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1508    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1509    M /trunk/samtools/bamtk.c
1510    M /trunk/samtools/faidx.c
1511    M /trunk/samtools/faidx.h
1512    M /trunk/samtools/glf.c
1513
1514  * samtools-0.1.4-21 (r368)
1515  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
1516    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
1517    inconsistency. I was just a bit lazy.
1518  * small memory leak may be present on failure, though
1519
1520 ------------------------------------------------------------------------
1521 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1522 Changed paths:
1523    M /trunk/samtools/knetfile.c
1524
1525 reduce the chance of blocking in FTP connection
1526
1527 ------------------------------------------------------------------------
1528 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1529 Changed paths:
1530    M /trunk/samtools/knetfile.c
1531
1532 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
1533
1534 ------------------------------------------------------------------------
1535 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1536 Changed paths:
1537    M /trunk/samtools/bam_index.c
1538    M /trunk/samtools/bamtk.c
1539    M /trunk/samtools/knetfile.c
1540    M /trunk/samtools/knetfile.h
1541
1542  * samtools-0.1.4-20 (r365)
1543  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
1544
1545 ------------------------------------------------------------------------
1546 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1547 Changed paths:
1548    M /trunk/samtools/bamtk.c
1549    M /trunk/samtools/knetfile.c
1550
1551  * samtools-0.1.4-19 (r364)
1552  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
1553
1554 ------------------------------------------------------------------------
1555 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
1556 Changed paths:
1557    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1558    M /trunk/samtools/bamtk.c
1559    M /trunk/samtools/bgzf.c
1560    M /trunk/samtools/bgzf.h
1561    M /trunk/samtools/knetfile.c
1562    M /trunk/samtools/knetfile.h
1563
1564  * samtools-0.1.4-18 (r363)
1565  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
1566  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
1567
1568 ------------------------------------------------------------------------
1569 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1570 Changed paths:
1571    M /trunk/samtools/bgzf.c
1572
1573 write changelog
1574
1575 ------------------------------------------------------------------------
1576 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1577 Changed paths:
1578    M /trunk/samtools/bam_index.c
1579    M /trunk/samtools/bamtk.c
1580
1581  * samtools-0.1.4-17 (r361)
1582  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
1583
1584 ------------------------------------------------------------------------
1585 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
1586 Changed paths:
1587    M /trunk/samtools/Makefile
1588    M /trunk/samtools/bam_import.c
1589    M /trunk/samtools/bam_index.c
1590    M /trunk/samtools/bamtk.c
1591    M /trunk/samtools/bgzf.c
1592    M /trunk/samtools/bgzf.h
1593    M /trunk/samtools/knetfile.c
1594    M /trunk/samtools/knetfile.h
1595
1596  * samtools-0.1.4-16 (r360)
1597  * report more information in index when the input is not sorted
1598  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
1599  * support knetfile library in BGZF
1600
1601 ------------------------------------------------------------------------
1602 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1603 Changed paths:
1604    M /trunk/samtools/knetfile.c
1605    M /trunk/samtools/knetfile.h
1606
1607 fixed bugs in knetfile.*
1608
1609 ------------------------------------------------------------------------
1610 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1611 Changed paths:
1612    A /trunk/samtools/knetfile.h
1613
1614 this is the header file
1615
1616 ------------------------------------------------------------------------
1617 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1618 Changed paths:
1619    A /trunk/samtools/knetfile.c
1620
1621  * open a file at FTP
1622  * preliminary version
1623
1624 ------------------------------------------------------------------------
1625 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
1626 Changed paths:
1627    M /trunk/samtools/bam.c
1628    M /trunk/samtools/bamtk.c
1629
1630  * samtools-0.1.4-15 (r354)
1631  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
1632
1633 ------------------------------------------------------------------------
1634 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
1635 Changed paths:
1636    M /trunk/samtools/bamtk.c
1637    M /trunk/samtools/faidx.c
1638
1639  * samtools-0.1.4-13 (r351)
1640  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
1641  * hope this does not introduce new bugs...
1642
1643 ------------------------------------------------------------------------
1644 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
1645 Changed paths:
1646    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1647    M /trunk/samtools/bamtk.c
1648
1649  * samtools-0.1.4-13 (r350)
1650  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
1651
1652 ------------------------------------------------------------------------
1653 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1654 Changed paths:
1655    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1656    M /trunk/samtools/bamtk.c
1657    M /trunk/samtools/sam_view.c
1658
1659  * samtools-0.1.4-12 (r347)
1660  * added `-S' to pileup, similar to `view -S' 
1661
1662 ------------------------------------------------------------------------
1663 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1664 Changed paths:
1665    M /trunk/samtools/Makefile
1666    M /trunk/samtools/bamtk.c
1667    M /trunk/samtools/sam_view.c
1668    M /trunk/samtools/samtools.1
1669
1670  * samtools-0.1.4-11 (r346)
1671  * allow to select a read group at view command-line
1672
1673 ------------------------------------------------------------------------
1674 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1675 Changed paths:
1676    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1677
1678 added more comments
1679
1680 ------------------------------------------------------------------------
1681 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1682 Changed paths:
1683    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1684
1685 nothing really
1686
1687 ------------------------------------------------------------------------
1688 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1689 Changed paths:
1690    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1691    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1692
1693 added an example of calculating read depth
1694
1695 ------------------------------------------------------------------------
1696 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1697 Changed paths:
1698    M /trunk/samtools/Makefile
1699    M /trunk/samtools/bam.h
1700    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1701    A /trunk/samtools/bam_color.c
1702    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1703    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1704    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1705    M /trunk/samtools/bamtk.c
1706    M /trunk/samtools/sam.c
1707    M /trunk/samtools/sam.h
1708
1709  * samtools-0.1.4-10 (r341)
1710  * only include key APIs in libbam.a
1711  * move color-specific routines to bam_color.c
1712  * update documentations
1713  * remove the support of -q in pileup
1714
1715 ------------------------------------------------------------------------
1716 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1717 Changed paths:
1718    M /trunk/samtools/INSTALL
1719    M /trunk/samtools/Makefile
1720    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1721    M /trunk/samtools/bam_import.c
1722    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1723    M /trunk/samtools/bamtk.c
1724    M /trunk/samtools/razf.c
1725    M /trunk/samtools/sam_view.c
1726
1727  * samtools-0.1.4-9 (r340)
1728  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
1729  * fixed a compilation warning
1730  * fixed a segfault caused by @RG parsing
1731  * detect NCURSES in bam_tview.c
1732
1733 ------------------------------------------------------------------------
1734 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1735 Changed paths:
1736    M /trunk/samtools/INSTALL
1737
1738 update INSTALL
1739
1740 ------------------------------------------------------------------------
1741 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1742 Changed paths:
1743    M /trunk/samtools/bam.c
1744    M /trunk/samtools/bam.h
1745    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1746    M /trunk/samtools/bam_import.c
1747    M /trunk/samtools/bamtk.c
1748    M /trunk/samtools/kstring.h
1749    M /trunk/samtools/sam.c
1750    M /trunk/samtools/sam_view.c
1751
1752  * samtools-0.1.4-8 (r338)
1753  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
1754    command line
1755
1756 ------------------------------------------------------------------------
1757 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1758 Changed paths:
1759    M /trunk/samtools/bamtk.c
1760    M /trunk/samtools/bgzf.c
1761    M /trunk/samtools/bgzf.h
1762    M /trunk/samtools/sam.c
1763    M /trunk/samtools/sam_view.c
1764
1765  * samtools-0.1.4-7 (r337)
1766  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
1767  * "samtools view" support "-u" command-line option
1768
1769 ------------------------------------------------------------------------
1770 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1771 Changed paths:
1772    M /trunk/samtools/Makefile
1773    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1774    M /trunk/samtools/razf.c
1775    M /trunk/samtools/razf.h
1776    M /trunk/samtools/razip.c
1777
1778  * no changes to samtools itself
1779  * remove zlib source codes
1780  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
1781  * on old version of zlib, writing is not available
1782
1783 ------------------------------------------------------------------------
1784 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1785 Changed paths:
1786    D /trunk/samtools/zlib
1787
1788 remove zlib for simplification...
1789
1790 ------------------------------------------------------------------------
1791 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1792 Changed paths:
1793    M /trunk/samtools/bam.h
1794    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1795    M /trunk/samtools/bamtk.c
1796
1797  * samtools-0.1.4-6 (r334)
1798  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
1799    been implemented in that.
1800  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
1801
1802 ------------------------------------------------------------------------
1803 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1804 Changed paths:
1805    M /trunk/samtools/ChangeLog
1806
1807 update ChangeLog
1808
1809 ------------------------------------------------------------------------
1810 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1811 Changed paths:
1812    M /trunk/samtools/AUTHORS
1813    M /trunk/samtools/Makefile
1814    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1815
1816 fixed minor things in Makefile
1817
1818 ------------------------------------------------------------------------
1819 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1820 Changed paths:
1821    M /trunk/samtools/bamtk.c
1822
1823  * samtools-0.1.4-5 (r3310
1824  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
1825    changes in the Makefile building system.
1826
1827 ------------------------------------------------------------------------
1828 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1829 Changed paths:
1830    M /trunk/samtools/AUTHORS
1831    D /trunk/samtools/README
1832
1833 update information...
1834
1835 ------------------------------------------------------------------------
1836 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1837 Changed paths:
1838    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1839
1840  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
1841  * this version works with indels
1842
1843 ------------------------------------------------------------------------
1844 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1845 Changed paths:
1846    M /trunk/samtools/INSTALL
1847    M /trunk/samtools/Makefile
1848    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1849    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
1850
1851  * update Makefile
1852  * update INSTALL instruction
1853
1854 ------------------------------------------------------------------------
1855 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1856 Changed paths:
1857    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
1858    D /trunk/samtools/Makefile.am
1859    D /trunk/samtools/Makefile.generic
1860    D /trunk/samtools/Makefile.lite
1861    D /trunk/samtools/autogen.sh
1862    D /trunk/samtools/cleanup.sh
1863    D /trunk/samtools/configure.ac
1864    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
1865    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1866    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1867    M /trunk/samtools/razf.c
1868    A /trunk/samtools/zlib
1869    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
1870    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
1871    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
1872    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
1873    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
1874    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
1875    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
1876    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
1877    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
1878    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
1879    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
1880    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
1881    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
1882    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
1883    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
1884    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
1885    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
1886    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
1887    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
1888    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
1889    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
1890    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
1891    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
1892    D /trunk/samtools/zutil.h
1893
1894  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
1895  * prepare to changed back to the Makefile building system
1896  * unfinished! (will be soon)
1897
1898 ------------------------------------------------------------------------
1899 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1900 Changed paths:
1901    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1902
1903 Unfinished
1904
1905 ------------------------------------------------------------------------
1906 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1907 Changed paths:
1908    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1909    M /trunk/samtools/bamtk.c
1910
1911  * samtools-0.1.4-4 (r325)
1912  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
1913
1914 ------------------------------------------------------------------------
1915 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
1916 Changed paths:
1917    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1918    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1919    M /trunk/samtools/bamtk.c
1920    M /trunk/samtools/sam.c
1921    M /trunk/samtools/sam.h
1922
1923  * samtools-0.1.4-3 (r324)
1924  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
1925  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
1926
1927 ------------------------------------------------------------------------
1928 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1929 Changed paths:
1930    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1931
1932  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
1933  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
1934
1935 ------------------------------------------------------------------------
1936 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
1937 Changed paths:
1938    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1939
1940 fixed a typo
1941
1942 ------------------------------------------------------------------------
1943 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
1944 Changed paths:
1945    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1946
1947 just typo. no real change
1948
1949 ------------------------------------------------------------------------
1950 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1951 Changed paths:
1952    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1953
1954 a little bit code cleanup
1955
1956 ------------------------------------------------------------------------
1957 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1958 Changed paths:
1959    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1960
1961  * samtools.pl-0.3.1
1962  * change default parameters
1963  * optionally print filtered variants
1964
1965 ------------------------------------------------------------------------
1966 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1967 Changed paths:
1968    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1969
1970  * samtools.pl-0.3.0
1971  * combine snpFilter and indelFilter
1972
1973 ------------------------------------------------------------------------
1974 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1975 Changed paths:
1976    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1977
1978  * samtools.pl-0.2.3
1979  * change a default parameter
1980
1981 ------------------------------------------------------------------------
1982 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1983 Changed paths:
1984    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1985    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1986    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1987    M /trunk/samtools/bamtk.c
1988    M /trunk/samtools/sam.c
1989
1990  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1991  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1992  * pileup: always calculate RMS mapq
1993  * pileup: allow to output variant sites only
1994
1995 ------------------------------------------------------------------------
1996 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1997 Changed paths:
1998    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1999
2000  * samtools.pl-0.2.2
2001  * added pileup2fq
2002
2003 ------------------------------------------------------------------------
2004 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
2005 Changed paths:
2006    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2007
2008  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
2009
2010 ------------------------------------------------------------------------
2011 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
2012 Changed paths:
2013    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2014
2015  * samtools.pl-0.2.1
2016  * fixed a typo
2017
2018 ------------------------------------------------------------------------
2019 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
2020 Changed paths:
2021    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2022
2023  * samtools.pl-0.2.0
2024  * snpFilter
2025
2026 ------------------------------------------------------------------------
2027 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
2028 Changed paths:
2029    M /trunk/samtools/bgzf.c
2030
2031  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
2032  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
2033
2034 ------------------------------------------------------------------------
2035 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
2036 Changed paths:
2037    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
2038
2039 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
2040
2041 ------------------------------------------------------------------------
2042 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
2043 Changed paths:
2044    M /trunk/samtools/bamtk.c
2045    M /trunk/samtools/sam.c
2046
2047  * samtools-0.1.4-1 (r304)
2048  * fixed a minor bug in printing headers
2049
2050 ------------------------------------------------------------------------
2051 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
2052 Changed paths:
2053    M /trunk/samtools/ChangeLog
2054    M /trunk/samtools/NEWS
2055    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2056    M /trunk/samtools/bamtk.c
2057    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2058    M /trunk/samtools/samtools.1
2059
2060 Release samtools-0.1.4
2061
2062 ------------------------------------------------------------------------
2063 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
2064 Changed paths:
2065    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2066    M /trunk/samtools/bamtk.c
2067
2068  * samtools-0.1.3-24 (r296)
2069  * another similar bug in the indel caller
2070
2071 ------------------------------------------------------------------------
2072 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
2073 Changed paths:
2074    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2075    M /trunk/samtools/bamtk.c
2076
2077  * samtools-0.1.3-23 (r295)
2078  * fixed a critical bug in the indel caller
2079
2080 ------------------------------------------------------------------------
2081 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
2082 Changed paths:
2083    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2084
2085 added a missing header file
2086
2087 ------------------------------------------------------------------------
2088 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
2089 Changed paths:
2090    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2091    M /trunk/samtools/bamtk.c
2092
2093  * samtools-0.1.3-22 (r293)
2094  * open tview in the dot-view mode by default
2095
2096 ------------------------------------------------------------------------
2097 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
2098 Changed paths:
2099    M /trunk/samtools/samtools.1
2100
2101 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
2102 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
2103 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
2104 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
2105
2106
2107 ------------------------------------------------------------------------
2108 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
2109 Changed paths:
2110    M /trunk/samtools/bam.h
2111    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2112    M /trunk/samtools/bamtk.c
2113
2114  * samtools-0.1.3-21 (286)
2115  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
2116
2117 ------------------------------------------------------------------------
2118 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
2119 Changed paths:
2120    M /trunk/samtools/bam.h
2121    M /trunk/samtools/bam_index.c
2122    M /trunk/samtools/bamtk.c
2123
2124  * samtools-0.1.3-20 (r276)
2125  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
2126    make it work with the latest SVN.
2127  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
2128
2129 ------------------------------------------------------------------------
2130 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
2131 Changed paths:
2132    M /trunk/samtools/ChangeLog
2133    M /trunk/samtools/bam.h
2134    M /trunk/samtools/bamtk.c
2135
2136  * samtools-0.1.3-19 (r275)
2137  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
2138    backward compatibility with Bio::DB::Sam
2139
2140 ------------------------------------------------------------------------
2141 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
2142 Changed paths:
2143    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2144    M /trunk/samtools/bamtk.c
2145
2146  * samtools-0.1.3-18 (r273)
2147  * rmdupse: do not remove unmapped reads
2148
2149 ------------------------------------------------------------------------
2150 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
2151 Changed paths:
2152    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2153
2154 change a parameter. It does nothing
2155
2156 ------------------------------------------------------------------------
2157 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
2158 Changed paths:
2159    M /trunk/samtools/Makefile.am
2160    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2161    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2162    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2163    M /trunk/samtools/bamtk.c
2164    M /trunk/samtools/configure.ac
2165
2166  * samtools-0.1.3-17 (r271)
2167  * added 'rmdupse' command
2168
2169 ------------------------------------------------------------------------
2170 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2171 Changed paths:
2172    M /trunk/samtools/bamtk.c
2173    M /trunk/samtools/sam_view.c
2174
2175  * samtools-0.1.3-16 (r267)
2176  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
2177
2178 ------------------------------------------------------------------------
2179 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2180 Changed paths:
2181    M /trunk/samtools/bam_import.c
2182    M /trunk/samtools/bamtk.c
2183
2184  * samtools-0.1.3-15 (r266)
2185  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
2186
2187 ------------------------------------------------------------------------
2188 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2189 Changed paths:
2190    M /trunk/samtools/bam.h
2191    M /trunk/samtools/bam_import.c
2192    M /trunk/samtools/bamtk.c
2193    M /trunk/samtools/sam.c
2194    M /trunk/samtools/sam_view.c
2195
2196  * samtools-0.1.3-14 (r262)
2197  * make samopen() recognize @SQ header lines
2198
2199 ------------------------------------------------------------------------
2200 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2201 Changed paths:
2202    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2203    M /trunk/samtools/bamtk.c
2204    M /trunk/samtools/bgzf.c
2205    M /trunk/samtools/sam.c
2206    M /trunk/samtools/sam_view.c
2207
2208  * samtools-0.1.3-13 (r260)
2209  * report error for file I/O error
2210
2211 ------------------------------------------------------------------------
2212 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
2213 Changed paths:
2214    M /trunk/samtools/Makefile.am
2215
2216 update Makefile.am
2217
2218 ------------------------------------------------------------------------
2219 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2220 Changed paths:
2221    M /trunk/samtools/bam.h
2222    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2223    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2224    M /trunk/samtools/bamtk.c
2225    M /trunk/samtools/sam.c
2226    M /trunk/samtools/sam.h
2227
2228  * samtools-0.1.3-12 (r259)
2229  * use the new I/O interface in pileup
2230
2231 ------------------------------------------------------------------------
2232 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2233 Changed paths:
2234    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2235    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2236    M /trunk/samtools/bam.c
2237    M /trunk/samtools/bam.h
2238    M /trunk/samtools/bam_import.c
2239    M /trunk/samtools/bamtk.c
2240    A /trunk/samtools/sam.c
2241    A /trunk/samtools/sam.h
2242    A /trunk/samtools/sam_view.c
2243
2244  * samtools-0.1.3-11 (r258)
2245  * unify the interface to BAM and SAM I/O
2246
2247 ------------------------------------------------------------------------
2248 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
2249 Changed paths:
2250    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2251    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2252    M /trunk/samtools/bamtk.c
2253
2254  * samtools-0.1.3-10 (r257)
2255  * allow hex with "pileup -m"
2256
2257 ------------------------------------------------------------------------
2258 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
2259 Changed paths:
2260    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2261    M /trunk/samtools/bamtk.c
2262
2263  * samtools-0.1.3-9 (r256)
2264  * fixed a bug in bam_lpileup.c
2265  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
2266
2267 ------------------------------------------------------------------------
2268 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
2269 Changed paths:
2270    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2271    M /trunk/samtools/bamtk.c
2272
2273  * samtools-0.1.3-8 (r251)
2274  * fixed a bug when there are reads without coordinates
2275
2276 ------------------------------------------------------------------------
2277 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2278 Changed paths:
2279    A /trunk/samtools/AUTHORS
2280    A /trunk/samtools/README
2281    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2282
2283 added missing files
2284
2285 ------------------------------------------------------------------------
2286 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2287 Changed paths:
2288    M /trunk/samtools/Makefile.generic
2289    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2290    M /trunk/samtools/configure.ac
2291    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
2292
2293 improve large file support in compilation
2294
2295 ------------------------------------------------------------------------
2296 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2297 Changed paths:
2298    M /trunk/samtools/INSTALL
2299
2300 update INSTALL
2301
2302 ------------------------------------------------------------------------
2303 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
2304 Changed paths:
2305    M /trunk/samtools/Makefile.am
2306    M /trunk/samtools/autogen.sh
2307    M /trunk/samtools/cleanup.sh
2308    M /trunk/samtools/configure.ac
2309    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
2310
2311 fixed various issues about the GNU building scripts
2312
2313 ------------------------------------------------------------------------
2314 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
2315 Changed paths:
2316    M /trunk/samtools/ChangeLog
2317    D /trunk/samtools/Makefile
2318    A /trunk/samtools/Makefile.am
2319    A /trunk/samtools/Makefile.generic
2320    A /trunk/samtools/autogen.sh
2321    M /trunk/samtools/bam.h
2322    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2323    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2324    M /trunk/samtools/bamtk.c
2325    A /trunk/samtools/cleanup.sh
2326    A /trunk/samtools/configure.ac
2327    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2328    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
2329
2330  * samtools-0.1.3-7 (r246)
2331  * incorporated revisions from Nils Homer
2332  * enhanced support of displaying color-space reads
2333
2334 ------------------------------------------------------------------------
2335 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
2336 Changed paths:
2337    M /trunk/samtools/bam_md.c
2338    M /trunk/samtools/bamtk.c
2339
2340  * samtools-0.1.3-6 (r244)
2341  * fixed segfault for unmapped reads
2342
2343 ------------------------------------------------------------------------
2344 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2345 Changed paths:
2346    M /trunk/samtools/bam.h
2347    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2348    M /trunk/samtools/bam_md.c
2349    M /trunk/samtools/bamtk.c
2350
2351  * samtools-0.1.3-5 (r243)
2352  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
2353  * check MD
2354  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
2355
2356 ------------------------------------------------------------------------
2357 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
2358 Changed paths:
2359    M /trunk/samtools/bam_md.c
2360    M /trunk/samtools/bamtk.c
2361
2362  * samtools-0.1.3-4 (r242)
2363  * fixed a memory leak
2364
2365 ------------------------------------------------------------------------
2366 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2367 Changed paths:
2368    M /trunk/samtools/Makefile
2369    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2370    M /trunk/samtools/bam.h
2371    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2372    A /trunk/samtools/bam_md.c
2373    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2374    M /trunk/samtools/bamtk.c
2375
2376  * samtools-0.1.3-3 (r240)
2377  * generate MD tag
2378  * generate "=" bases
2379  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
2380
2381 ------------------------------------------------------------------------
2382 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
2383 Changed paths:
2384    M /trunk/samtools/bam.h
2385    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2386    M /trunk/samtools/bamtk.c
2387
2388  * samtools-0.1.3-2 (r239)
2389  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
2390  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
2391  * added tagview for testing bam_aux
2392
2393 ------------------------------------------------------------------------
2394 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
2395 Changed paths:
2396    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2397    M /trunk/samtools/bamtk.c
2398
2399  * samtools-0.1.3-1
2400  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
2401
2402 ------------------------------------------------------------------------
2403 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
2404 Changed paths:
2405    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2406
2407 a missing file in Makefile.lite
2408
2409 ------------------------------------------------------------------------
2410 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2411 Changed paths:
2412    M /trunk/samtools/NEWS
2413    M /trunk/samtools/bamtk.c
2414
2415 Release samtools-0.1.3
2416
2417 ------------------------------------------------------------------------
2418 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2419 Changed paths:
2420    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2421    M /trunk/samtools/bamtk.c
2422
2423  * samtools-0.1.2-28
2424  * make samtools more robust to weird input such as empty file
2425
2426 ------------------------------------------------------------------------
2427 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2428 Changed paths:
2429    M /trunk/samtools/ChangeLog
2430    M /trunk/samtools/NEWS
2431    M /trunk/samtools/samtools.1
2432
2433 prepare for release 0.1.3
2434
2435 ------------------------------------------------------------------------
2436 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
2437 Changed paths:
2438    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
2439
2440 convert NCBI-BLASTN to SAM
2441
2442 ------------------------------------------------------------------------
2443 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2444 Changed paths:
2445    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2446    M /trunk/samtools/bamtk.c
2447
2448  * samtools-0.1.2-27
2449  * fixed a small memory leak in tview
2450
2451 ------------------------------------------------------------------------
2452 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
2453 Changed paths:
2454    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2455    M /trunk/samtools/bamtk.c
2456
2457  * samtools-0.1.2-26
2458  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
2459
2460 ------------------------------------------------------------------------
2461 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
2462 Changed paths:
2463    M /trunk/samtools/ChangeLog
2464    M /trunk/samtools/NEWS
2465
2466 proposed NEWS for the new release (have not yet)
2467
2468 ------------------------------------------------------------------------
2469 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2470 Changed paths:
2471    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2472
2473  * samtools.pl-0.1.1
2474  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
2475    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
2476
2477 ------------------------------------------------------------------------
2478 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
2479 Changed paths:
2480    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2481    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2482    M /trunk/samtools/bamtk.c
2483    M /trunk/samtools/samtools.1
2484
2485  * samtools-0.1.2-25
2486  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
2487    containing indels
2488
2489 ------------------------------------------------------------------------
2490 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
2491 Changed paths:
2492    M /trunk/samtools/ChangeLog
2493
2494 update ChangeLog from "svn log"
2495
2496 ------------------------------------------------------------------------
2497 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
2498 Changed paths:
2499    M /trunk/samtools/bam.c
2500    M /trunk/samtools/bam_import.c
2501    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2502    M /trunk/samtools/bamtk.c
2503    M /trunk/samtools/kseq.h
2504
2505  * samtools-0.1.2-24
2506  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
2507  * allow empty header
2508
2509 ------------------------------------------------------------------------
2510 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2511 Changed paths:
2512    M /trunk/samtools/bam.c
2513    M /trunk/samtools/bam_import.c
2514    M /trunk/samtools/bamtk.c
2515
2516  * samtools-0.1.2-23
2517  * recognize '*' at the QUAL field
2518
2519 ------------------------------------------------------------------------
2520 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2521 Changed paths:
2522    M /trunk/samtools/bam_import.c
2523    M /trunk/samtools/bamtk.c
2524    M /trunk/samtools/kseq.h
2525
2526  * samtools-0.1.2-22
2527  * the field separater is TAB only, now
2528
2529 ------------------------------------------------------------------------
2530 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2531 Changed paths:
2532    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2533
2534  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
2535
2536 ------------------------------------------------------------------------
2537 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
2538 Changed paths:
2539    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2540    M /trunk/samtools/bamtk.c
2541    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2542
2543  * samtools-0.1.2-21
2544  * fixed a nasty bug in `fixmate'
2545
2546 ------------------------------------------------------------------------
2547 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2548 Changed paths:
2549    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
2550    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2551    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2552
2553 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
2554
2555 ------------------------------------------------------------------------
2556 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2557 Changed paths:
2558    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2559    M /trunk/samtools/bamtk.c
2560
2561  * samtools-0.1.2-20
2562  * check if file is truncated in flagstat
2563
2564 ------------------------------------------------------------------------
2565 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2566 Changed paths:
2567    M /trunk/samtools/bamtk.c
2568
2569  * samtools-0.1.2-19
2570  * print the header if requested
2571
2572 ------------------------------------------------------------------------
2573 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
2574 Changed paths:
2575    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2576    M /trunk/samtools/bamtk.c
2577
2578  * samtools-0.1.2-18
2579  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
2580
2581 ------------------------------------------------------------------------
2582 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
2583 Changed paths:
2584    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
2585    D /trunk/samtools/Makefile.std
2586    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
2587    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
2588
2589 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
2590
2591 ------------------------------------------------------------------------
2592 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2593 Changed paths:
2594    D /trunk/samtools/Makefile
2595    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
2596    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2597    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2598    M /trunk/samtools/bamtk.c
2599    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2600    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
2601    M /trunk/samtools/samtools.1
2602
2603  * samtools-0.1.2-17
2604  * incorporating Nils' changes
2605  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
2606
2607 ------------------------------------------------------------------------
2608 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2609 Changed paths:
2610    M /trunk/samtools/Makefile
2611    M /trunk/samtools/bam_import.c
2612    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2613    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2614    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2615    M /trunk/samtools/bamtk.c
2616    M /trunk/samtools/kseq.h
2617    A /trunk/samtools/kstring.c
2618    A /trunk/samtools/kstring.h
2619
2620  * samtools-0.1.2-16
2621  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
2622  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
2623
2624 ------------------------------------------------------------------------
2625 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
2626 Changed paths:
2627    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2628
2629  * soap2sam.pl-0.1.2
2630  * more robust to truncated soap output
2631
2632 ------------------------------------------------------------------------
2633 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
2634 Changed paths:
2635    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2636
2637 added bam_stat.o to Makefile.lite
2638
2639 ------------------------------------------------------------------------
2640 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2641 Changed paths:
2642    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2643    M /trunk/samtools/bamtk.c
2644
2645  * samtools-0.1.2-15
2646  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
2647
2648 ------------------------------------------------------------------------
2649 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2650 Changed paths:
2651    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2652    M /trunk/samtools/bamtk.c
2653    M /trunk/samtools/glf.c
2654    M /trunk/samtools/glf.h
2655    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2656
2657  * samtools-0.1.2-14
2658  * implemented GLFv3
2659
2660 ------------------------------------------------------------------------
2661 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2662 Changed paths:
2663    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2664    M /trunk/samtools/bamtk.c
2665
2666  * samtools-0.1.2-13
2667  * fixed a minor bug in displaying pileup
2668
2669 ------------------------------------------------------------------------
2670 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2671 Changed paths:
2672    M /trunk/samtools/ChangeLog
2673    M /trunk/samtools/bamtk.c
2674
2675  * samtools-0.1.2-12
2676  * optionally print SAM header
2677
2678 ------------------------------------------------------------------------
2679 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
2680 Changed paths:
2681    M /trunk/samtools/bamtk.c
2682    M /trunk/samtools/glf.c
2683
2684  * samtools-0.1.2-11
2685  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
2686
2687 ------------------------------------------------------------------------
2688 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
2689 Changed paths:
2690    M /trunk/samtools/Makefile
2691    M /trunk/samtools/bam_import.c
2692    M /trunk/samtools/bam_index.c
2693    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2694    M /trunk/samtools/bamtk.c
2695    M /trunk/samtools/glf.c
2696    M /trunk/samtools/glf.h
2697
2698  * samtools-0.1.2-10
2699  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
2700  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
2701  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
2702
2703 ------------------------------------------------------------------------
2704 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
2705 Changed paths:
2706    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2707
2708  * wgsim-0.2.3
2709  * fixed a bug in simulating indels
2710
2711 ------------------------------------------------------------------------
2712 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
2713 Changed paths:
2714    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2715
2716  * wgsim-0.2.2
2717  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
2718    not like long read names.
2719
2720 ------------------------------------------------------------------------
2721 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
2722 Changed paths:
2723    M /trunk/samtools/ChangeLog
2724    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2725    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2726
2727  * wgsim-0.2.1
2728  * fixed a bug about color read coordinates
2729  * fixed a bug in read names
2730  * wgsim_eval.pl-0.1.3
2731  * make the script work with color reads
2732
2733 ------------------------------------------------------------------------
2734 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
2735 Changed paths:
2736    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2737    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2738
2739  * wgsim: added a note
2740
2741 ------------------------------------------------------------------------
2742 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
2743 Changed paths:
2744    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2745    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2746
2747  * wgsim-0.2.0
2748  * considerable code clean up
2749  * print number of substitutions/indels/errors on each read
2750  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
2751  * wgsim_eval.pl-0.1.2
2752  * change in accordant with wgsim
2753
2754 ------------------------------------------------------------------------
2755 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
2756 Changed paths:
2757    M /trunk/samtools/bam_index.c
2758    M /trunk/samtools/bamtk.c
2759
2760  * samtools-0.1.2-9
2761  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
2762
2763 ------------------------------------------------------------------------
2764 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
2765 Changed paths:
2766    M /trunk/samtools/bamtk.c
2767
2768 Fix annoying segv when invalid region specified.
2769
2770 ------------------------------------------------------------------------
2771 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
2772 Changed paths:
2773    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2774    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2775
2776  * move indel_filter.pl to samtools.pl
2777
2778 ------------------------------------------------------------------------
2779 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
2780 Changed paths:
2781    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2782    M /trunk/samtools/bamtk.c
2783
2784  * samtools-0.1.2-7
2785  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
2786
2787 ------------------------------------------------------------------------
2788 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
2789 Changed paths:
2790    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2791    M /trunk/samtools/bamtk.c
2792
2793  * samtools-0.1.2-7
2794  * fixed a minor bug in flagstat
2795
2796 ------------------------------------------------------------------------
2797 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
2798 Changed paths:
2799    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2800    M /trunk/samtools/bamtk.c
2801    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2802
2803  * samtools-0.1.2-6
2804  * improve indel caller by setting maximum window size
2805
2806 ------------------------------------------------------------------------
2807 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
2808 Changed paths:
2809    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2810    M /trunk/samtools/bamtk.c
2811
2812  * output max mapping quality in indel line
2813
2814 ------------------------------------------------------------------------
2815 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
2816 Changed paths:
2817    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2818
2819 fixed a bug in generating tag AM
2820
2821 ------------------------------------------------------------------------
2822 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
2823 Changed paths:
2824    M /trunk/samtools/bam_index.c
2825    M /trunk/samtools/bamtk.c
2826
2827 fixed a potential memory problem in indexing
2828
2829 ------------------------------------------------------------------------
2830 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
2831 Changed paths:
2832    M /trunk/samtools/Makefile
2833
2834 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
2835
2836 ------------------------------------------------------------------------
2837 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
2838 Changed paths:
2839    M /trunk/samtools/ChangeLog
2840    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2841    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2842    M /trunk/samtools/bamtk.c
2843
2844  * samtools-0.1.2-3
2845  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
2846  * improve flagstat report a little bit
2847
2848 ------------------------------------------------------------------------
2849 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
2850 Changed paths:
2851    M /trunk/samtools/Makefile
2852    A /trunk/samtools/bam_stat.c
2853    M /trunk/samtools/bamtk.c
2854
2855  * samtools-0.1.2-1
2856  * added flagstat command
2857
2858 ------------------------------------------------------------------------
2859 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2860 Changed paths:
2861    M /trunk/samtools/ChangeLog
2862    M /trunk/samtools/NEWS
2863    M /trunk/samtools/bamtk.c
2864    M /trunk/samtools/samtools.1
2865
2866 Release SAMtools-0.1.2
2867
2868 ------------------------------------------------------------------------
2869 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2870 Changed paths:
2871    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2872
2873 Script for filtering indel results
2874
2875 ------------------------------------------------------------------------
2876 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
2877 Changed paths:
2878    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
2879
2880 convert ZOOM to SAM
2881
2882 ------------------------------------------------------------------------
2883 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
2884 Changed paths:
2885    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2886
2887 add a script to convert novo alignment to SAM
2888
2889 ------------------------------------------------------------------------
2890 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
2891 Changed paths:
2892    M /trunk/samtools/ChangeLog
2893    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
2894    M /trunk/samtools/samtools.1
2895
2896 update documentation and ChangeLog
2897
2898 ------------------------------------------------------------------------
2899 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
2900 Changed paths:
2901    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2902    M /trunk/samtools/bamtk.c
2903
2904  * samtools-0.1.1-19
2905  * fixed a bug in "merge" command line
2906
2907 ------------------------------------------------------------------------
2908 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2909 Changed paths:
2910    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2911    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
2912    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2913    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
2914    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
2915    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
2916
2917  * merge from branches/dev/
2918  * all future development will happen here
2919
2920 ------------------------------------------------------------------------
2921 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2922 Changed paths:
2923    M /trunk/samtools/COPYING
2924    M /trunk/samtools/ChangeLog
2925    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
2926    M /trunk/samtools/Makefile
2927    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
2928    M /trunk/samtools/bam.c
2929    M /trunk/samtools/bam.h
2930    M /trunk/samtools/bam_import.c
2931    M /trunk/samtools/bam_index.c
2932    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2933    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2934    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2935    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
2936    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2937    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2938    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
2939    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2940    M /trunk/samtools/bamtk.c
2941    M /trunk/samtools/bgzf.h
2942    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
2943    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
2944    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
2945    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2946    M /trunk/samtools/faidx.c
2947    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2948    M /trunk/samtools/glf.h
2949    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2950    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2951    M /trunk/samtools/razf.c
2952    M /trunk/samtools/source.dot
2953
2954  * Merge from branches/dev/
2955  * all future development will happen here at trunk/
2956
2957 ------------------------------------------------------------------------
2958 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2959 Changed paths:
2960    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2961    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2962
2963 Fix problem with compiling without curses.
2964
2965 ------------------------------------------------------------------------
2966 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2967 Changed paths:
2968    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2969
2970 Create trunk copy
2971
2972 ------------------------------------------------------------------------
2973 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2974 Changed paths:
2975    A /branches/dev/samtools/NEWS
2976    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2977    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2978
2979 Release samtools-0.1.1
2980
2981 ------------------------------------------------------------------------
2982 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2983 Changed paths:
2984    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2985    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2986    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2987    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2988    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2989    M /branches/dev/samtools/razf.c
2990    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2991
2992  * samtools-0.1.0-66
2993  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2994  * fixed a memory leak in parsing a region
2995  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2996  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2997  * fixed a bug in indexing for small alignment
2998  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2999  * updated documentation
3000  * prepare to release 0.1.1
3001
3002 ------------------------------------------------------------------------
3003 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
3004 Changed paths:
3005    A /branches/dev/samtools/examples
3006    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
3007    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
3008    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
3009    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
3010
3011 example
3012
3013 ------------------------------------------------------------------------
3014 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
3015 Changed paths:
3016    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
3017
3018 update ChangeLog
3019
3020 ------------------------------------------------------------------------
3021 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
3022 Changed paths:
3023    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
3024
3025  * added comments
3026  * fixed several bugs 
3027
3028 ------------------------------------------------------------------------
3029 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
3030 Changed paths:
3031    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
3032
3033 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
3034
3035 ------------------------------------------------------------------------
3036 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
3037 Changed paths:
3038    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3039    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
3040    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3041    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3042    A /branches/dev/samtools/source.dot
3043
3044  * samtools-0.1.0-65
3045  * pileup: generate maq-like simple output
3046  * pileup: allow to output pileup at required sites
3047  * source.dot: source file relationship graph
3048  * tview: fixed a minor bug
3049
3050 ------------------------------------------------------------------------
3051 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
3052 Changed paths:
3053    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3054
3055 remove all2sam.pl
3056
3057 ------------------------------------------------------------------------
3058 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
3059 Changed paths:
3060    A /branches/dev/samtools/COPYING
3061    M /branches/dev/samtools/bam.h
3062    M /branches/dev/samtools/faidx.h
3063    M /branches/dev/samtools/khash.h
3064    M /branches/dev/samtools/kseq.h
3065    M /branches/dev/samtools/ksort.h
3066    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3067
3068 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
3069
3070 ------------------------------------------------------------------------
3071 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
3072 Changed paths:
3073    M /branches/dev/samtools/bam.c
3074    M /branches/dev/samtools/bam.h
3075    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3076    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3077    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3078
3079  * samtools-0.1.0-64
3080  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
3081
3082 ------------------------------------------------------------------------
3083 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
3084 Changed paths:
3085    M /branches/dev/samtools/bam.c
3086    M /branches/dev/samtools/bam.h
3087    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3088    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3089    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3090
3091  * samtools-0.1.0-63
3092  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
3093
3094 ------------------------------------------------------------------------
3095 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
3096 Changed paths:
3097    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3098    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
3099    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3100
3101  * samtools-0.1.0-62
3102  * fixed a memory leak
3103
3104 ------------------------------------------------------------------------
3105 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
3106 Changed paths:
3107    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
3108    M /branches/dev/samtools/bam.h
3109    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3110
3111 update documentation, ChangeLog and a comment
3112
3113 ------------------------------------------------------------------------
3114 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
3115 Changed paths:
3116    M /branches/dev/samtools/Makefile
3117    M /branches/dev/samtools/bam.h
3118    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3119    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3120    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3121    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
3122    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3123    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3124
3125  * samtools-0.1.0-61
3126  * moved pileup command to a separate source file
3127  * added indel caller
3128  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
3129  * updated documentation
3130
3131 ------------------------------------------------------------------------
3132 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
3133 Changed paths:
3134    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3135    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3136
3137  * samtools-0.1.0-60
3138  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
3139
3140 ------------------------------------------------------------------------
3141 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
3142 Changed paths:
3143    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3144    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3145    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3146
3147  * samtools-0.1.0-59
3148  * pileup: outputing consensus is now optional
3149  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
3150    I am not quite sure why the previous version may have problem.
3151
3152 ------------------------------------------------------------------------
3153 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
3154 Changed paths:
3155    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3156    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3157
3158  * samtools-0.1.0-58
3159  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
3160    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
3161    and imposing it would make it harder to generate for other language
3162    bindings.
3163
3164 ------------------------------------------------------------------------
3165 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3166 Changed paths:
3167    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3168
3169 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
3170
3171 ------------------------------------------------------------------------
3172 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
3173 Changed paths:
3174    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3175
3176 update manual
3177
3178 ------------------------------------------------------------------------
3179 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
3180 Changed paths:
3181    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3182    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3183
3184  * samtools-0.1.0-57
3185  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
3186  * made the parser a bit more robust
3187
3188 ------------------------------------------------------------------------
3189 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3190 Changed paths:
3191    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3192    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3193    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3194
3195  * samtools-0.1.0-56
3196  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
3197  * fixed a typo in bam_index.c
3198  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
3199
3200 ------------------------------------------------------------------------
3201 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
3202 Changed paths:
3203    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3204
3205 update manual
3206
3207 ------------------------------------------------------------------------
3208 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
3209 Changed paths:
3210    M /branches/dev/samtools/bam.h
3211    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3212    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3213
3214  * samtools-0.1.0-55
3215  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
3216  * removed -v from pileup
3217  * made pileup take the reference sequence
3218
3219 ------------------------------------------------------------------------
3220 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
3221 Changed paths:
3222    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3223    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3224    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3225
3226  * samtools-0.1.0-54
3227  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
3228  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
3229
3230 ------------------------------------------------------------------------
3231 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3232 Changed paths:
3233    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3234
3235 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
3236
3237 ------------------------------------------------------------------------
3238 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3239 Changed paths:
3240    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3241
3242 also calculate unordered md5sum check
3243
3244 ------------------------------------------------------------------------
3245 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3246 Changed paths:
3247    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3248
3249 fixed a minor bug when there are space in the sequence
3250
3251 ------------------------------------------------------------------------
3252 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
3253 Changed paths:
3254    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3255
3256 fixed a potential memory leak
3257
3258 ------------------------------------------------------------------------
3259 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3260 Changed paths:
3261    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3262    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3263    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3264
3265  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
3266
3267 ------------------------------------------------------------------------
3268 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
3269 Changed paths:
3270    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3271
3272 nothing, really
3273
3274 ------------------------------------------------------------------------
3275 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3276 Changed paths:
3277    M /branches/dev/samtools/Makefile
3278    M /branches/dev/samtools/kseq.h
3279    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3280    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
3281    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
3282    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
3283
3284  * fixed two warnings in kseq.h
3285  * added md5sum utilities
3286
3287 ------------------------------------------------------------------------
3288 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
3289 Changed paths:
3290    M /branches/dev/samtools/Makefile
3291    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3292    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3293    A /branches/dev/samtools/kseq.h
3294    D /branches/dev/samtools/kstream.h
3295
3296  * samtools-0.1.0-52
3297  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
3298    extra functions in kseq.h.
3299  * also compile stand-alone faidx
3300
3301 ------------------------------------------------------------------------
3302 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3303 Changed paths:
3304    M /branches/dev/samtools/bam.h
3305    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3306    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3307
3308  * samtools-0.1.0-51
3309  * sorting by read names is available
3310
3311 ------------------------------------------------------------------------
3312 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
3313 Changed paths:
3314    M /branches/dev/samtools/bam.c
3315    M /branches/dev/samtools/bam.h
3316    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3317    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3318    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3319    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3320    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3321    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3322    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3323
3324  * samtools-0.1.0-50
3325  * format change to meet the latest specification
3326
3327 ------------------------------------------------------------------------
3328 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
3329 Changed paths:
3330    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3331    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3332
3333  * minor change in maqcns: special care when n==0
3334  * change maq2sam to meet the latest specification
3335
3336 ------------------------------------------------------------------------
3337 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3338 Changed paths:
3339    M /branches/dev/samtools/razf.c
3340    M /branches/dev/samtools/razf.h
3341
3342 considerable code clean up in razf
3343
3344 ------------------------------------------------------------------------
3345 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
3346 Changed paths:
3347    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
3348    M /branches/dev/samtools/Makefile
3349    M /branches/dev/samtools/faidx.c
3350
3351 make RAZF optional in faidx.c
3352
3353 ------------------------------------------------------------------------
3354 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
3355 Changed paths:
3356    M /branches/dev/samtools/Makefile
3357    M /branches/dev/samtools/bam.h
3358    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3359    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3360    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3361
3362  * samtools-0.1.0-49
3363  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
3364
3365 ------------------------------------------------------------------------
3366 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
3367 Changed paths:
3368    M /branches/dev/samtools/bam.c
3369    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
3370    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3371    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3372    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3373    M /branches/dev/samtools/samtools.1
3374
3375  * samtools-0.1.0-48
3376  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
3377  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
3378  * supporting hex strings
3379
3380 ------------------------------------------------------------------------
3381 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3382 Changed paths:
3383    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3384    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3385
3386  * samtools-0.1.0-47
3387  * fixed the bug in maqcns
3388
3389 ------------------------------------------------------------------------
3390 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3391 Changed paths:
3392    M /branches/dev/samtools/Makefile
3393    M /branches/dev/samtools/bam.h
3394    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
3395    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
3396    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3397    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3398    A /branches/dev/samtools/glf.h
3399
3400  * samtools-0.1.0-46
3401  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
3402
3403 ------------------------------------------------------------------------
3404 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
3405 Changed paths:
3406    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3407    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3408    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3409
3410  * samtools-0.1.0-45
3411  * tview: display padded alignment (but not P operation)
3412  * better coordinates and reference sequence
3413
3414 ------------------------------------------------------------------------
3415 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
3416 Changed paths:
3417    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3418
3419 new ChangeLog
3420
3421 ------------------------------------------------------------------------
3422 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
3423 Changed paths:
3424    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
3425    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
3426
3427 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
3428 the log of my personal SVN repository.
3429
3430 ------------------------------------------------------------------------
3431 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
3432 Changed paths:
3433    M /branches/dev/samtools/Makefile
3434    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3435    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3436
3437  * samtools-0.1.0-44
3438  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
3439    missing these declarations will make bgzf buggy
3440  * get rid of some harmless warings
3441  * use BGZF by default, now
3442
3443 ------------------------------------------------------------------------
3444 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3445 Changed paths:
3446    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3447    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3448    M /branches/dev/samtools/razf.c
3449
3450  * samtools-0.1.0-43
3451  * fixed a bug in razf_read()
3452  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
3453
3454 ------------------------------------------------------------------------
3455 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3456 Changed paths:
3457    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
3458
3459 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
3460
3461 ------------------------------------------------------------------------
3462 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
3463 Changed paths:
3464    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
3465
3466  * samtools-0.1.0-42
3467  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
3468    also update the version number anyway to avoid confusion
3469
3470 ------------------------------------------------------------------------
3471 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3472 Changed paths:
3473    M /branches/dev/samtools/razf.c
3474
3475 a change from Jue, but I think it should not matter
3476
3477 ------------------------------------------------------------------------
3478 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
3479 Changed paths:
3480    M /branches/dev/samtools/razf.c
3481
3482 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
3483 rarely happens, very rarely.
3484
3485 ------------------------------------------------------------------------
3486 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3487 Changed paths:
3488    M /branches/dev/samtools/razf.c
3489
3490 fixed a bug in razf, with the help of Jue
3491
3492 ------------------------------------------------------------------------
3493 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3494 Changed paths:
3495    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
3496
3497 remove a comment
3498
3499 ------------------------------------------------------------------------
3500 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
3501 Changed paths:
3502    M /branches/dev/samtools/Makefile
3503    M /branches/dev/samtools/bam.h
3504    M /branches/dev/samtools/razf.c
3505    M /branches/dev/samtools/razf.h
3506
3507  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
3508
3509 ------------------------------------------------------------------------
3510 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3511 Changed paths:
3512    A /branches/dev/samtools/samtools.1
3513
3514 the manual page
3515
3516 ------------------------------------------------------------------------
3517 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
3518 Changed paths:
3519    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3520    A /branches/dev/samtools/Makefile
3521    A /branches/dev/samtools/bam.c
3522    A /branches/dev/samtools/bam.h
3523    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3524    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
3525    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
3526    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
3527    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
3528    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3529    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3530    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3531    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
3532    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
3533    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
3534    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
3535    A /branches/dev/samtools/faidx.c
3536    A /branches/dev/samtools/faidx.h
3537    A /branches/dev/samtools/khash.h
3538    A /branches/dev/samtools/ksort.h
3539    A /branches/dev/samtools/kstream.h
3540    A /branches/dev/samtools/misc
3541    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3542    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3543    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3544    A /branches/dev/samtools/razf.c
3545    A /branches/dev/samtools/razf.h
3546    A /branches/dev/samtools/razip.c
3547    A /branches/dev/samtools/zutil.h
3548
3549 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
3550 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
3551
3552 ------------------------------------------------------------------------
3553 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3554 Changed paths:
3555    A /branches/dev/samtools
3556
3557 samtools (C version)
3558
3559 ------------------------------------------------------------------------