ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
   5    M /trunk/samtools/bamtk.c
   6
   7  * samtools-0.1.6-22 (r509)
   8  * forget to fix a similar problem in glfgen
   9
  10 ------------------------------------------------------------------------
  11 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
  12 Changed paths:
  13    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  14    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  15    M /trunk/samtools/bamtk.c
  16    M /trunk/samtools/sam_view.c
  17
  18  * samtools-0.1.6-21 (r508)
  19  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
  20
  21 ------------------------------------------------------------------------
  22 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
  23 Changed paths:
  24    M /trunk/samtools/bamtk.c
  25    M /trunk/samtools/sam_view.c
  26
  27  * samtools-0.1.6-19 (r494)
  28  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
  29
  30 ------------------------------------------------------------------------
  31 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
  32 Changed paths:
  33    M /trunk/samtools/Makefile
  34    M /trunk/samtools/bam.c
  35    M /trunk/samtools/bam_import.c
  36    M /trunk/samtools/bamtk.c
  37    M /trunk/samtools/sam.c
  38    M /trunk/samtools/sam_header.c
  39
  40  * samtools-0.1.6-18 (r493)
  41  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
  42  * a little code clean up in sam_header.c
  43
  44 ------------------------------------------------------------------------
  45 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
  46 Changed paths:
  47    M /trunk/samtools/sam_header.c
  48
  49 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
  50 ------------------------------------------------------------------------
  51 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
  52 Changed paths:
  53    M /trunk/samtools/sam_view.c
  54
  55  * BUGGY VERSION
  56  * fixed a minor bug
  57
  58 ------------------------------------------------------------------------
  59 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
  60 Changed paths:
  61    M /trunk/samtools/bam.c
  62    M /trunk/samtools/bam.h
  63    M /trunk/samtools/bam_import.c
  64    M /trunk/samtools/sam.c
  65
  66  * BUGGY VERSION
  67  * improved the interface a bit
  68  * bug unfixed
  69
  70 ------------------------------------------------------------------------
  71 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
  72 Changed paths:
  73    M /trunk/samtools/bam_import.c
  74    M /trunk/samtools/sam_header.c
  75    M /trunk/samtools/sam_header.h
  76
  77  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
  78  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
  79
  80 ------------------------------------------------------------------------
  81 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
  82 Changed paths:
  83    M /trunk/samtools/Makefile
  84    M /trunk/samtools/bam.c
  85    M /trunk/samtools/bam.h
  86    M /trunk/samtools/bam_aux.c
  87    M /trunk/samtools/bam_import.c
  88    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
  89    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
  90    M /trunk/samtools/kaln.c
  91    M /trunk/samtools/sam.c
  92    M /trunk/samtools/sam_header.c
  93    M /trunk/samtools/sam_header.h
  94    M /trunk/samtools/sam_view.c
  95
  96  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
  97  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
  98
  99 ------------------------------------------------------------------------
 100 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
 101 Changed paths:
 102    M /trunk/samtools/sam_header.c
 103    M /trunk/samtools/sam_header.h
 104
 105 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
 106 ------------------------------------------------------------------------
 107 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 108 Changed paths:
 109    M /trunk/samtools/sam_header.c
 110
 111
 112 ------------------------------------------------------------------------
 113 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
 114 Changed paths:
 115    A /trunk/samtools/sam_header.c
 116    A /trunk/samtools/sam_header.h
 117
 118
 119 ------------------------------------------------------------------------
 120 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
 121 Changed paths:
 122    M /trunk/samtools/bam_import.c
 123    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 124    M /trunk/samtools/bamtk.c
 125    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 126
 127  * samtools-0.1.6-17 (r484)
 128  * fixed a memory leak in rmdupse
 129  * fixed a bug in parsing @RG header lines
 130  * test rmdup in examples/
 131
 132 ------------------------------------------------------------------------
 133 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 134 Changed paths:
 135    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 136    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 137    M /trunk/samtools/bamtk.c
 138
 139  * samtools-0.1.6-16 (r483)
 140  * unify the interface of rmdup and rmdupse
 141  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
 142
 143 ------------------------------------------------------------------------
 144 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
 145 Changed paths:
 146    M /trunk/samtools/bam.h
 147    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 148    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 149    M /trunk/samtools/bamtk.c
 150    A /trunk/samtools/klist.h
 151
 152  * samtools-0.1.6-15 (r482)
 153  * rewrite rmdupse
 154  * rmdupse is now library aware
 155
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
 158 Changed paths:
 159    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 160    M /trunk/samtools/bamtk.c
 161
 162  * samtools-0.1.6-14 (r480)
 163  * rmdup is now RG aware
 164
 165 ------------------------------------------------------------------------
 166 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
 167 Changed paths:
 168    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 169
 170 added a small unitity to parse SRA XML files
 171
 172 ------------------------------------------------------------------------
 173 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
 174 Changed paths:
 175    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 176    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 177    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 178    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 179    M /trunk/samtools/bamtk.c
 180
 181  * samtools-0.1.6-13 (r479)
 182  * merge: optionally use file names as RG tags
 183
 184 ------------------------------------------------------------------------
 185 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
 186 Changed paths:
 187    M /trunk/samtools/bam.c
 188    M /trunk/samtools/bam.h
 189    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 190    M /trunk/samtools/bamtk.c
 191    M /trunk/samtools/kaln.c
 192
 193  * samtools-0.1.6-12 (r478)
 194  * fixed a bug in the indel caller
 195
 196 ------------------------------------------------------------------------
 197 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
 198 Changed paths:
 199    M /trunk/samtools/bam_index.c
 200    M /trunk/samtools/bamtk.c
 201
 202  * samtools-0.1.6-11 (r477)
 203  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
 204
 205 ------------------------------------------------------------------------
 206 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
 207 Changed paths:
 208    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
 209
 210 Added the sam2vcf.pl script.
 211 ------------------------------------------------------------------------
 212 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
 213 Changed paths:
 214    M /trunk/samtools/Makefile
 215    M /trunk/samtools/bam.c
 216    M /trunk/samtools/bam.h
 217    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 218    M /trunk/samtools/bamtk.c
 219    A /trunk/samtools/kaln.c
 220    A /trunk/samtools/kaln.h
 221
 222 Unfinished modification. Please do not use this revision...
 223
 224 ------------------------------------------------------------------------
 225 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
 226 Changed paths:
 227    M /trunk/samtools/knetfile.c
 228
 229 Removed the offending knet_seek message.
 230 ------------------------------------------------------------------------
 231 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
 232 Changed paths:
 233    M /trunk/samtools/knetfile.c
 234    M /trunk/samtools/razf.c
 235
 236 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
 237 ------------------------------------------------------------------------
 238 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 239 Changed paths:
 240    M /trunk/samtools/samtools.1
 241
 242 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
 243
 244 ------------------------------------------------------------------------
 245 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
 246 Changed paths:
 247    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
 248
 249 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
 250
 251 ------------------------------------------------------------------------
 252 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 253 Changed paths:
 254    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 255    M /trunk/samtools/bamtk.c
 256    M /trunk/samtools/knetfile.c
 257    M /trunk/samtools/knetfile.h
 258
 259  * samtools-0.1.6-9 (r470)
 260  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
 261
 262 ------------------------------------------------------------------------
 263 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
 264 Changed paths:
 265    M /trunk/samtools/bam_index.c
 266    M /trunk/samtools/bamtk.c
 267
 268  * samtools-0.1.6-9 (r469)
 269  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
 270
 271 ------------------------------------------------------------------------
 272 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
 273 Changed paths:
 274    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 275    M /trunk/samtools/bamtk.c
 276    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 277
 278  * samtools-0.1.6-7 (r468)
 279  * make merge stable
 280
 281 ------------------------------------------------------------------------
 282 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
 283 Changed paths:
 284    M /trunk/samtools/bgzf.c
 285    M /trunk/samtools/bgzip.c
 286    M /trunk/samtools/razf.c
 287    M /trunk/samtools/razip.c
 288
 289 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
 290 ------------------------------------------------------------------------
 291 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
 292 Changed paths:
 293    M /trunk/samtools/ChangeLog
 294    M /trunk/samtools/bam_md.c
 295    M /trunk/samtools/bamtk.c
 296
 297  * samtools-0.1.6-6 (r466)
 298  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
 299
 300 ------------------------------------------------------------------------
 301 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
 302 Changed paths:
 303    M /trunk/samtools/bam.c
 304    M /trunk/samtools/knetfile.c
 305
 306 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
 307 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
 308
 309 ------------------------------------------------------------------------
 310 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
 311 Changed paths:
 312    M /trunk/samtools/knetfile.c
 313    M /trunk/samtools/razf.c
 314
 315 A bug fix, "samtools view" is now working again.
 316 ------------------------------------------------------------------------
 317 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
 318 Changed paths:
 319    M /trunk/samtools/bamtk.c
 320    M /trunk/samtools/faidx.c
 321    M /trunk/samtools/knetfile.c
 322    M /trunk/samtools/knetfile.h
 323    M /trunk/samtools/razf.c
 324    M /trunk/samtools/razf.h
 325
 326  * samtools-0.1.6-5 (r462)
 327  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
 328
 329 ------------------------------------------------------------------------
 330 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
 331 Changed paths:
 332    M /trunk/samtools/samtools.1
 333
 334 fixed a formatting issue
 335
 336 ------------------------------------------------------------------------
 337 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
 338 Changed paths:
 339    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 340    M /trunk/samtools/bamtk.c
 341
 342  * samtools-0.1.6-4 (r459)
 343  * make sort output the result to stdout when -o is in use
 344
 345 ------------------------------------------------------------------------
 346 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
 347 Changed paths:
 348    M /trunk/samtools/bamtk.c
 349    M /trunk/samtools/faidx.c
 350    M /trunk/samtools/faidx.h
 351    M /trunk/samtools/samtools.1
 352
 353  * samtools-0.1.6-2 (r458)
 354  * added more interface to faidx (by Nils)
 355  * updated documentation
 356
 357 ------------------------------------------------------------------------
 358 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
 359 Changed paths:
 360    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 361    M /trunk/samtools/bamtk.c
 362
 363  * samtools-0.1.6-2 (r457)
 364  * get rid of three assert() in bam_sort.c
 365
 366 ------------------------------------------------------------------------
 367 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
 368 Changed paths:
 369    M /trunk/samtools/razf.c
 370
 371 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
 372 when opening the file fails.
 373
 374 ------------------------------------------------------------------------
 375 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
 376 Changed paths:
 377    M /trunk/samtools/ChangeLog
 378    M /trunk/samtools/NEWS
 379    M /trunk/samtools/bamtk.c
 380    M /trunk/samtools/samtools.1
 381    D /trunk/samtools/source.dot
 382
 383 Release samtools-0.1.6
 384
 385 ------------------------------------------------------------------------
 386 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
 387 Changed paths:
 388    M /trunk/samtools/bam_md.c
 389    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 390    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
 391    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 392    M /trunk/samtools/bamtk.c
 393    M /trunk/samtools/samtools.1
 394
 395  * samtools-0.1.5-34 (r451)
 396  * applied the patch by John
 397  * improved the help message a little bit
 398
 399 ------------------------------------------------------------------------
 400 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
 401 Changed paths:
 402    M /trunk/samtools/bam_color.c
 403    M /trunk/samtools/bamtk.c
 404
 405  * samtools-0.1.5-33 (r450)
 406  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
 407
 408 ------------------------------------------------------------------------
 409 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
 410 Changed paths:
 411    M /trunk/samtools/bam_import.c
 412    M /trunk/samtools/bam_md.c
 413    M /trunk/samtools/bamtk.c
 414    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 415
 416  * samtools-0.1.5-32 (r449)
 417  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 418  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
 419
 420 ------------------------------------------------------------------------
 421 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
 422 Changed paths:
 423    M /trunk/samtools/ChangeLog
 424    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 425    M /trunk/samtools/bamtk.c
 426    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 427
 428  * samtools-0.1.5-31 (r448)
 429  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
 430
 431 ------------------------------------------------------------------------
 432 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
 433 Changed paths:
 434    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 435    M /trunk/samtools/bamtk.c
 436
 437  * samtools-0.1.5-30 (r447)
 438  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
 439
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
 442 Changed paths:
 443    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 444    M /trunk/samtools/bamtk.c
 445
 446  *
 447
 448 ------------------------------------------------------------------------
 449 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
 450 Changed paths:
 451    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 452    M /trunk/samtools/bamtk.c
 453
 454  * samtools-0.1.5-28 (r444)
 455  * bug in "merge -n"
 456
 457 ------------------------------------------------------------------------
 458 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
 459 Changed paths:
 460    M /trunk/samtools/bam.c
 461    M /trunk/samtools/bam_import.c
 462    M /trunk/samtools/bamtk.c
 463
 464  * samtools-0.1.5-27 (r443)
 465  * SEQ and QUAL can be "*"
 466  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
 467
 468 ------------------------------------------------------------------------
 469 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
 470 Changed paths:
 471    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 472    M /trunk/samtools/bamtk.c
 473    M /trunk/samtools/misc/md5.c
 474    M /trunk/samtools/misc/md5.h
 475    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
 476
 477  * samtools-0.1.5-26 (r442)
 478  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 479  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
 480
 481 ------------------------------------------------------------------------
 482 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
 483 Changed paths:
 484    M /trunk/samtools/bgzf.c
 485    M /trunk/samtools/bgzf.h
 486    M /trunk/samtools/bgzip.c
 487
 488 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
 489
 490 ------------------------------------------------------------------------
 491 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
 492 Changed paths:
 493    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 494    M /trunk/samtools/bamtk.c
 495
 496  * samtools-0.1.5-25 (r436)
 497  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
 498
 499 ------------------------------------------------------------------------
 500 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 501 Changed paths:
 502    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 503
 504 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
 505
 506 ------------------------------------------------------------------------
 507 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
 508 Changed paths:
 509    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 510
 511 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
 512
 513 ------------------------------------------------------------------------
 514 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
 515 Changed paths:
 516    M /trunk/samtools/bamtk.c
 517    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 518    M /trunk/samtools/sam_view.c
 519
 520  * samtools-0.1.5-24 (r435)
 521  * fixed a typo
 522
 523 ------------------------------------------------------------------------
 524 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
 525 Changed paths:
 526    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 527    M /trunk/samtools/bamtk.c
 528
 529  * samtools-0.1.5-23 (r434)
 530  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
 531
 532 ------------------------------------------------------------------------
 533 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
 534 Changed paths:
 535    M /trunk/samtools/knetfile.c
 536
 537  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 538  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
 539
 540 ------------------------------------------------------------------------
 541 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
 542 Changed paths:
 543    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 544    M /trunk/samtools/bamtk.c
 545    M /trunk/samtools/faidx.c
 546    M /trunk/samtools/razf.c
 547    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
 548    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
 549
 550  * samtools-0.1.5-22 (r432)
 551  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 552  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 553  * PDCurses support in Windows
 554
 555 ------------------------------------------------------------------------
 556 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 557 Changed paths:
 558    M /trunk/samtools/win32/libz.a
 559
 560 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
 561
 562 ------------------------------------------------------------------------
 563 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
 564 Changed paths:
 565    M /trunk/samtools/knetfile.c
 566
 567 add comments
 568
 569 ------------------------------------------------------------------------
 570 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
 571 Changed paths:
 572    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 573    M /trunk/samtools/bamtk.c
 574    M /trunk/samtools/knetfile.c
 575    M /trunk/samtools/knetfile.h
 576
 577  * samtools-0.1.5-21 (r428)
 578  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
 579
 580 ------------------------------------------------------------------------
 581 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 582 Changed paths:
 583    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
 584
 585 simplify MinGW Makefile
 586
 587 ------------------------------------------------------------------------
 588 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 589 Changed paths:
 590    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
 591    M /trunk/samtools/bam_import.c
 592    M /trunk/samtools/bamtk.c
 593    A /trunk/samtools/win32
 594    A /trunk/samtools/win32/libz.a
 595    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
 596    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
 597
 598  * samtools-0.1.5-20 (r427)
 599  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
 600    functionality are not tested at the moment.
 601  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
 602
 603 ------------------------------------------------------------------------
 604 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
 605 Changed paths:
 606    M /trunk/samtools/bamtk.c
 607    M /trunk/samtools/sam_view.c
 608
 609  * samtools-0.1.5-19 (r426)
 610  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
 611
 612 ------------------------------------------------------------------------
 613 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
 614 Changed paths:
 615    M /trunk/samtools/bgzf.c
 616
 617 compatible with Windows binary files
 618
 619 ------------------------------------------------------------------------
 620 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
 621 Changed paths:
 622    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 623    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 624    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 625    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 626    M /trunk/samtools/bamtk.c
 627    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 628
 629  * samtools-0.1.5-18 (r423)
 630  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
 631    of debugging at the moment
 632  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
 633
 634 ------------------------------------------------------------------------
 635 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
 636 Changed paths:
 637    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
 638
 639 convert BLAT psl to SAM.
 640
 641 ------------------------------------------------------------------------
 642 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
 643 Changed paths:
 644    M /trunk/samtools/ChangeLog
 645    M /trunk/samtools/bam.c
 646    M /trunk/samtools/bamtk.c
 647    M /trunk/samtools/bgzf.c
 648    M /trunk/samtools/bgzf.h
 649    M /trunk/samtools/knetfile.c
 650    M /trunk/samtools/sam.c
 651    M /trunk/samtools/sam_view.c
 652
 653  * samtools-0.1.5-17 (r422)
 654  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
 655  * write an empty BGZF block to every BGZF file
 656  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
 657  * update ChangeLog
 658
 659 ------------------------------------------------------------------------
 660 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
 661 Changed paths:
 662    M /trunk/samtools/bam_import.c
 663    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 664    M /trunk/samtools/bamtk.c
 665    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 666    M /trunk/samtools/sam.c
 667    M /trunk/samtools/sam.h
 668    M /trunk/samtools/sam_view.c
 669
 670  * samtools-0.1.5-16 (r421)
 671  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
 672
 673 ------------------------------------------------------------------------
 674 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
 675 Changed paths:
 676    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
 677
 678 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
 679
 680 ------------------------------------------------------------------------
 681 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
 682 Changed paths:
 683    M /trunk/samtools/bam_import.c
 684    M /trunk/samtools/bamtk.c
 685    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 686    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 687
 688  * samtools-0.1.5-15 (r419)
 689  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
 690  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
 691  * add "unique" command to samtools.pl
 692
 693 ------------------------------------------------------------------------
 694 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
 695 Changed paths:
 696    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
 697
 698 skip @header lines in SAM
 699
 700 ------------------------------------------------------------------------
 701 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 702 Changed paths:
 703    M /trunk/samtools/bamtk.c
 704    M /trunk/samtools/sam_view.c
 705
 706  * samtools-0.1.5-14 (r417)
 707  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
 708
 709 ------------------------------------------------------------------------
 710 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 711 Changed paths:
 712    M /trunk/samtools/bam.c
 713    M /trunk/samtools/bam.h
 714    M /trunk/samtools/bam_import.c
 715    M /trunk/samtools/bamtk.c
 716    M /trunk/samtools/sam.c
 717    M /trunk/samtools/sam.h
 718    M /trunk/samtools/sam_view.c
 719
 720  * samtools-0.1.5-17 (r416)
 721  * support import/export SAM with string tags
 722
 723 ------------------------------------------------------------------------
 724 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
 725 Changed paths:
 726    M /trunk/samtools/bam.c
 727    M /trunk/samtools/bam.h
 728    M /trunk/samtools/bam_import.c
 729    M /trunk/samtools/bamtk.c
 730    M /trunk/samtools/sam.c
 731    M /trunk/samtools/sam.h
 732    M /trunk/samtools/sam_view.c
 733
 734  * samtools-0.1.5-12 (r415)
 735  * FLAG now can be in HEX
 736
 737 ------------------------------------------------------------------------
 738 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
 739 Changed paths:
 740    M /trunk/samtools/kstring.h
 741
 742 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
 743
 744 ------------------------------------------------------------------------
 745 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
 746 Changed paths:
 747    M /trunk/samtools/kstring.c
 748    M /trunk/samtools/kstring.h
 749
 750 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
 751
 752 ------------------------------------------------------------------------
 753 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
 754 Changed paths:
 755    M /trunk/samtools/bam_index.c
 756
 757 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
 758
 759 ------------------------------------------------------------------------
 760 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 761 Changed paths:
 762    M /trunk/samtools/bam_md.c
 763    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 764    M /trunk/samtools/bamtk.c
 765    M /trunk/samtools/bgzf.c
 766
 767  * samtools-0.1.5-11 (r408)
 768  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
 769    from fillmd.
 770  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
 771
 772 ------------------------------------------------------------------------
 773 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
 774 Changed paths:
 775    M /trunk/samtools/bam.h
 776    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 777    M /trunk/samtools/bam_md.c
 778    M /trunk/samtools/bamtk.c
 779    M /trunk/samtools/sam.h
 780
 781  * samtools-0.1.5-10 (r407)
 782  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 783  * fillmd: generate the NM tag
 784  * fillmd: cmd interface improvement
 785
 786 ------------------------------------------------------------------------
 787 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
 788 Changed paths:
 789    M /trunk/samtools/Makefile
 790
 791 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
 792
 793 ------------------------------------------------------------------------
 794 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 795 Changed paths:
 796    M /trunk/samtools/Makefile
 797    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 798    M /trunk/samtools/bamtk.c
 799
 800  * samtools-0.1.5-9 (r405)
 801  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
 802
 803 ------------------------------------------------------------------------
 804 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 805 Changed paths:
 806    M /trunk/samtools/Makefile
 807    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 808    M /trunk/samtools/bamtk.c
 809
 810  * samtools-0.1.5-8 (r404)
 811  * compatible with PDCurses
 812
 813 ------------------------------------------------------------------------
 814 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
 815 Changed paths:
 816    M /trunk/samtools/bamtk.c
 817    M /trunk/samtools/kseq.h
 818
 819  * samtools-0.1.5-7 (r403)
 820  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
 821
 822 ------------------------------------------------------------------------
 823 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
 824 Changed paths:
 825    M /trunk/samtools/bam_import.c
 826    M /trunk/samtools/bam_index.c
 827    M /trunk/samtools/bamtk.c
 828    M /trunk/samtools/bgzf.c
 829
 830  * samtools-0.1.5-6 (r402)
 831  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
 832  * improve portability to MinGW
 833
 834 ------------------------------------------------------------------------
 835 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 836 Changed paths:
 837    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
 838    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
 839    D /trunk/samtools/bam_lite.c
 840
 841  * move bam_lite.c to bam-lite
 842  * copy bam.h to bam-lite
 843
 844 ------------------------------------------------------------------------
 845 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
 846 Changed paths:
 847    M /trunk/samtools/bam.h
 848    M /trunk/samtools/bam_lite.c
 849    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 850    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 851    M /trunk/samtools/bamtk.c
 852
 853  * samtools-0.1.5-5 (r395)
 854  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
 855
 856 ------------------------------------------------------------------------
 857 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
 858 Changed paths:
 859    M /trunk/samtools/bamtk.c
 860    M /trunk/samtools/knetfile.c
 861    M /trunk/samtools/knetfile.h
 862
 863  * samtools-0.1.5-4 (r394)
 864  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
 865
 866 ------------------------------------------------------------------------
 867 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
 868 Changed paths:
 869    M /trunk/samtools/bam_index.c
 870    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 871    M /trunk/samtools/bamtk.c
 872    M /trunk/samtools/knetfile.c
 873    M /trunk/samtools/knetfile.h
 874
 875  * samtools-0.1.5-3 (r393)
 876  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
 877  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
 878    not seen the sideeffect so far.
 879
 880 ------------------------------------------------------------------------
 881 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
 882 Changed paths:
 883    M /trunk/samtools/samtools.1
 884
 885 Remove the warning in tview
 886
 887 ------------------------------------------------------------------------
 888 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
 889 Changed paths:
 890    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 891    M /trunk/samtools/bamtk.c
 892
 893  * samtools-0.1.5-2 (r391)
 894  * do not show a blank screen when no reads mapped
 895
 896 ------------------------------------------------------------------------
 897 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
 898 Changed paths:
 899    M /trunk/samtools/bam.h
 900    A /trunk/samtools/bam_lite.c
 901    M /trunk/samtools/bamtk.c
 902
 903  * samtools-0.1.5-1 (r390)
 904  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
 905  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
 906
 907 ------------------------------------------------------------------------
 908 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 909 Changed paths:
 910    M /trunk/samtools/bamtk.c
 911    M /trunk/samtools/knetfile.c
 912
 913 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
 914
 915 ------------------------------------------------------------------------
 916 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 917 Changed paths:
 918    M /trunk/samtools/bamtk.c
 919    M /trunk/samtools/sam.c
 920
 921 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
 922
 923 ------------------------------------------------------------------------
 924 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 925 Changed paths:
 926    M /trunk/samtools/Makefile
 927    M /trunk/samtools/bam.h
 928    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 929    M /trunk/samtools/bamtk.c
 930
 931 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
 932
 933 ------------------------------------------------------------------------
 934 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
 935 Changed paths:
 936    M /trunk/samtools/ChangeLog
 937    M /trunk/samtools/NEWS
 938    M /trunk/samtools/bamtk.c
 939    M /trunk/samtools/samtools.1
 940
 941 Release samtools-0.1.5
 942
 943 ------------------------------------------------------------------------
 944 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
 945 Changed paths:
 946    M /trunk/samtools/bamtk.c
 947    M /trunk/samtools/sam.c
 948
 949  * samtools-0.1.4-23 (r372)
 950  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
 951
 952 ------------------------------------------------------------------------
 953 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
 954 Changed paths:
 955    M /trunk/samtools/samtools.1
 956
 957 update documentation
 958
 959 ------------------------------------------------------------------------
 960 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
 961 Changed paths:
 962    M /trunk/samtools/Makefile
 963
 964 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
 965
 966 ------------------------------------------------------------------------
 967 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
 968 Changed paths:
 969    M /trunk/samtools/ChangeLog
 970    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 971    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 972    M /trunk/samtools/bamtk.c
 973
 974  * samtools-0.1.4-22 (r369)
 975  * in pileup, optionally print E2 and U2
 976  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
 977
 978 ------------------------------------------------------------------------
 979 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
 980 Changed paths:
 981    M /trunk/samtools/bam.c
 982    M /trunk/samtools/bam.h
 983    M /trunk/samtools/bam_aux.c
 984    M /trunk/samtools/bam_index.c
 985    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
 986    M /trunk/samtools/bam_md.c
 987    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 988    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
 989    M /trunk/samtools/bam_stat.c
 990    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 991    M /trunk/samtools/bamtk.c
 992    M /trunk/samtools/faidx.c
 993    M /trunk/samtools/faidx.h
 994    M /trunk/samtools/glf.c
 995
 996  * samtools-0.1.4-21 (r368)
 997  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
 998    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
 999    inconsistency. I was just a bit lazy.
1000  * small memory leak may be present on failure, though
1001
1002 ------------------------------------------------------------------------
1003 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1004 Changed paths:
1005    M /trunk/samtools/knetfile.c
1006
1007 reduce the chance of blocking in FTP connection
1008
1009 ------------------------------------------------------------------------
1010 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
1011 Changed paths:
1012    M /trunk/samtools/knetfile.c
1013
1014 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
1015
1016 ------------------------------------------------------------------------
1017 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1018 Changed paths:
1019    M /trunk/samtools/bam_index.c
1020    M /trunk/samtools/bamtk.c
1021    M /trunk/samtools/knetfile.c
1022    M /trunk/samtools/knetfile.h
1023
1024  * samtools-0.1.4-20 (r365)
1025  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
1026
1027 ------------------------------------------------------------------------
1028 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
1029 Changed paths:
1030    M /trunk/samtools/bamtk.c
1031    M /trunk/samtools/knetfile.c
1032
1033  * samtools-0.1.4-19 (r364)
1034  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
1035
1036 ------------------------------------------------------------------------
1037 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
1038 Changed paths:
1039    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1040    M /trunk/samtools/bamtk.c
1041    M /trunk/samtools/bgzf.c
1042    M /trunk/samtools/bgzf.h
1043    M /trunk/samtools/knetfile.c
1044    M /trunk/samtools/knetfile.h
1045
1046  * samtools-0.1.4-18 (r363)
1047  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
1048  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
1049
1050 ------------------------------------------------------------------------
1051 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1052 Changed paths:
1053    M /trunk/samtools/bgzf.c
1054
1055 write changelog
1056
1057 ------------------------------------------------------------------------
1058 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1059 Changed paths:
1060    M /trunk/samtools/bam_index.c
1061    M /trunk/samtools/bamtk.c
1062
1063  * samtools-0.1.4-17 (r361)
1064  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
1065
1066 ------------------------------------------------------------------------
1067 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
1068 Changed paths:
1069    M /trunk/samtools/Makefile
1070    M /trunk/samtools/bam_import.c
1071    M /trunk/samtools/bam_index.c
1072    M /trunk/samtools/bamtk.c
1073    M /trunk/samtools/bgzf.c
1074    M /trunk/samtools/bgzf.h
1075    M /trunk/samtools/knetfile.c
1076    M /trunk/samtools/knetfile.h
1077
1078  * samtools-0.1.4-16 (r360)
1079  * report more information in index when the input is not sorted
1080  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
1081  * support knetfile library in BGZF
1082
1083 ------------------------------------------------------------------------
1084 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1085 Changed paths:
1086    M /trunk/samtools/knetfile.c
1087    M /trunk/samtools/knetfile.h
1088
1089 fixed bugs in knetfile.*
1090
1091 ------------------------------------------------------------------------
1092 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
1093 Changed paths:
1094    A /trunk/samtools/knetfile.h
1095
1096 this is the header file
1097
1098 ------------------------------------------------------------------------
1099 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
1100 Changed paths:
1101    A /trunk/samtools/knetfile.c
1102
1103  * open a file at FTP
1104  * preliminary version
1105
1106 ------------------------------------------------------------------------
1107 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
1108 Changed paths:
1109    M /trunk/samtools/bam.c
1110    M /trunk/samtools/bamtk.c
1111
1112  * samtools-0.1.4-15 (r354)
1113  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
1114
1115 ------------------------------------------------------------------------
1116 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
1117 Changed paths:
1118    M /trunk/samtools/bamtk.c
1119    M /trunk/samtools/faidx.c
1120
1121  * samtools-0.1.4-13 (r351)
1122  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
1123  * hope this does not introduce new bugs...
1124
1125 ------------------------------------------------------------------------
1126 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
1127 Changed paths:
1128    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1129    M /trunk/samtools/bamtk.c
1130
1131  * samtools-0.1.4-13 (r350)
1132  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
1133
1134 ------------------------------------------------------------------------
1135 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1136 Changed paths:
1137    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1138    M /trunk/samtools/bamtk.c
1139    M /trunk/samtools/sam_view.c
1140
1141  * samtools-0.1.4-12 (r347)
1142  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
1143
1144 ------------------------------------------------------------------------
1145 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
1146 Changed paths:
1147    M /trunk/samtools/Makefile
1148    M /trunk/samtools/bamtk.c
1149    M /trunk/samtools/sam_view.c
1150    M /trunk/samtools/samtools.1
1151
1152  * samtools-0.1.4-11 (r346)
1153  * allow to select a read group at view command-line
1154
1155 ------------------------------------------------------------------------
1156 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1157 Changed paths:
1158    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1159
1160 added more comments
1161
1162 ------------------------------------------------------------------------
1163 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1164 Changed paths:
1165    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1166
1167 nothing really
1168
1169 ------------------------------------------------------------------------
1170 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1171 Changed paths:
1172    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1173    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
1174
1175 added an example of calculating read depth
1176
1177 ------------------------------------------------------------------------
1178 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1179 Changed paths:
1180    M /trunk/samtools/Makefile
1181    M /trunk/samtools/bam.h
1182    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1183    A /trunk/samtools/bam_color.c
1184    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1185    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1186    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1187    M /trunk/samtools/bamtk.c
1188    M /trunk/samtools/sam.c
1189    M /trunk/samtools/sam.h
1190
1191  * samtools-0.1.4-10 (r341)
1192  * only include key APIs in libbam.a
1193  * move color-specific routines to bam_color.c
1194  * update documentations
1195  * remove the support of -q in pileup
1196
1197 ------------------------------------------------------------------------
1198 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
1199 Changed paths:
1200    M /trunk/samtools/INSTALL
1201    M /trunk/samtools/Makefile
1202    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1203    M /trunk/samtools/bam_import.c
1204    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1205    M /trunk/samtools/bamtk.c
1206    M /trunk/samtools/razf.c
1207    M /trunk/samtools/sam_view.c
1208
1209  * samtools-0.1.4-9 (r340)
1210  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
1211  * fixed a compilation warning
1212  * fixed a segfault caused by @RG parsing
1213  * detect NCURSES in bam_tview.c
1214
1215 ------------------------------------------------------------------------
1216 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
1217 Changed paths:
1218    M /trunk/samtools/INSTALL
1219
1220 update INSTALL
1221
1222 ------------------------------------------------------------------------
1223 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1224 Changed paths:
1225    M /trunk/samtools/bam.c
1226    M /trunk/samtools/bam.h
1227    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1228    M /trunk/samtools/bam_import.c
1229    M /trunk/samtools/bamtk.c
1230    M /trunk/samtools/kstring.h
1231    M /trunk/samtools/sam.c
1232    M /trunk/samtools/sam_view.c
1233
1234  * samtools-0.1.4-8 (r338)
1235  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
1236    command line
1237
1238 ------------------------------------------------------------------------
1239 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1240 Changed paths:
1241    M /trunk/samtools/bamtk.c
1242    M /trunk/samtools/bgzf.c
1243    M /trunk/samtools/bgzf.h
1244    M /trunk/samtools/sam.c
1245    M /trunk/samtools/sam_view.c
1246
1247  * samtools-0.1.4-7 (r337)
1248  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
1249  * "samtools view" support "-u" command-line option
1250
1251 ------------------------------------------------------------------------
1252 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1253 Changed paths:
1254    M /trunk/samtools/Makefile
1255    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1256    M /trunk/samtools/razf.c
1257    M /trunk/samtools/razf.h
1258    M /trunk/samtools/razip.c
1259
1260  * no changes to samtools itself
1261  * remove zlib source codes
1262  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
1263  * on old version of zlib, writing is not available
1264
1265 ------------------------------------------------------------------------
1266 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1267 Changed paths:
1268    D /trunk/samtools/zlib
1269
1270 remove zlib for simplification...
1271
1272 ------------------------------------------------------------------------
1273 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
1274 Changed paths:
1275    M /trunk/samtools/bam.h
1276    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1277    M /trunk/samtools/bamtk.c
1278
1279  * samtools-0.1.4-6 (r334)
1280  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
1281    been implemented in that.
1282  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
1283
1284 ------------------------------------------------------------------------
1285 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1286 Changed paths:
1287    M /trunk/samtools/ChangeLog
1288
1289 update ChangeLog
1290
1291 ------------------------------------------------------------------------
1292 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1293 Changed paths:
1294    M /trunk/samtools/AUTHORS
1295    M /trunk/samtools/Makefile
1296    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1297
1298 fixed minor things in Makefile
1299
1300 ------------------------------------------------------------------------
1301 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1302 Changed paths:
1303    M /trunk/samtools/bamtk.c
1304
1305  * samtools-0.1.4-5 (r3310
1306  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
1307    changes in the Makefile building system.
1308
1309 ------------------------------------------------------------------------
1310 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1311 Changed paths:
1312    M /trunk/samtools/AUTHORS
1313    D /trunk/samtools/README
1314
1315 update information...
1316
1317 ------------------------------------------------------------------------
1318 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1319 Changed paths:
1320    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
1321
1322  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
1323  * this version works with indels
1324
1325 ------------------------------------------------------------------------
1326 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
1327 Changed paths:
1328    M /trunk/samtools/INSTALL
1329    M /trunk/samtools/Makefile
1330    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1331    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
1332
1333  * update Makefile
1334  * update INSTALL instruction
1335
1336 ------------------------------------------------------------------------
1337 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
1338 Changed paths:
1339    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
1340    D /trunk/samtools/Makefile.am
1341    D /trunk/samtools/Makefile.generic
1342    D /trunk/samtools/Makefile.lite
1343    D /trunk/samtools/autogen.sh
1344    D /trunk/samtools/cleanup.sh
1345    D /trunk/samtools/configure.ac
1346    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
1347    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1348    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1349    M /trunk/samtools/razf.c
1350    A /trunk/samtools/zlib
1351    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
1352    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
1353    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
1354    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
1355    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
1356    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
1357    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
1358    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
1359    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
1360    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
1361    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
1362    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
1363    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
1364    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
1365    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
1366    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
1367    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
1368    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
1369    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
1370    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
1371    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
1372    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
1373    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
1374    D /trunk/samtools/zutil.h
1375
1376  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
1377  * prepare to changed back to the Makefile building system
1378  * unfinished! (will be soon)
1379
1380 ------------------------------------------------------------------------
1381 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
1382 Changed paths:
1383    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1384
1385 Unfinished
1386
1387 ------------------------------------------------------------------------
1388 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1389 Changed paths:
1390    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1391    M /trunk/samtools/bamtk.c
1392
1393  * samtools-0.1.4-4 (r325)
1394  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
1395
1396 ------------------------------------------------------------------------
1397 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
1398 Changed paths:
1399    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1400    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1401    M /trunk/samtools/bamtk.c
1402    M /trunk/samtools/sam.c
1403    M /trunk/samtools/sam.h
1404
1405  * samtools-0.1.4-3 (r324)
1406  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
1407  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
1408
1409 ------------------------------------------------------------------------
1410 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
1411 Changed paths:
1412    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1413
1414  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
1415  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
1416
1417 ------------------------------------------------------------------------
1418 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
1419 Changed paths:
1420    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
1421
1422 fixed a typo
1423
1424 ------------------------------------------------------------------------
1425 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
1426 Changed paths:
1427    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1428
1429 just typo. no real change
1430
1431 ------------------------------------------------------------------------
1432 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
1433 Changed paths:
1434    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1435
1436 a little bit code cleanup
1437
1438 ------------------------------------------------------------------------
1439 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
1440 Changed paths:
1441    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1442
1443  * samtools.pl-0.3.1
1444  * change default parameters
1445  * optionally print filtered variants
1446
1447 ------------------------------------------------------------------------
1448 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1449 Changed paths:
1450    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1451
1452  * samtools.pl-0.3.0
1453  * combine snpFilter and indelFilter
1454
1455 ------------------------------------------------------------------------
1456 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
1457 Changed paths:
1458    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1459
1460  * samtools.pl-0.2.3
1461  * change a default parameter
1462
1463 ------------------------------------------------------------------------
1464 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
1465 Changed paths:
1466    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1467    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1468    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1469    M /trunk/samtools/bamtk.c
1470    M /trunk/samtools/sam.c
1471
1472  * samtools-0.1.4-2 (r316)
1473  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
1474  * pileup: always calculate RMS mapq
1475  * pileup: allow to output variant sites only
1476
1477 ------------------------------------------------------------------------
1478 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
1479 Changed paths:
1480    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1481
1482  * samtools.pl-0.2.2
1483  * added pileup2fq
1484
1485 ------------------------------------------------------------------------
1486 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
1487 Changed paths:
1488    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1489
1490  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
1491
1492 ------------------------------------------------------------------------
1493 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1494 Changed paths:
1495    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1496
1497  * samtools.pl-0.2.1
1498  * fixed a typo
1499
1500 ------------------------------------------------------------------------
1501 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
1502 Changed paths:
1503    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1504
1505  * samtools.pl-0.2.0
1506  * snpFilter
1507
1508 ------------------------------------------------------------------------
1509 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1510 Changed paths:
1511    M /trunk/samtools/bgzf.c
1512
1513  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
1514  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
1515
1516 ------------------------------------------------------------------------
1517 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
1518 Changed paths:
1519    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
1520
1521 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
1522
1523 ------------------------------------------------------------------------
1524 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
1525 Changed paths:
1526    M /trunk/samtools/bamtk.c
1527    M /trunk/samtools/sam.c
1528
1529  * samtools-0.1.4-1 (r304)
1530  * fixed a minor bug in printing headers
1531
1532 ------------------------------------------------------------------------
1533 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
1534 Changed paths:
1535    M /trunk/samtools/ChangeLog
1536    M /trunk/samtools/NEWS
1537    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1538    M /trunk/samtools/bamtk.c
1539    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
1540    M /trunk/samtools/samtools.1
1541
1542 Release samtools-0.1.4
1543
1544 ------------------------------------------------------------------------
1545 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1546 Changed paths:
1547    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1548    M /trunk/samtools/bamtk.c
1549
1550  * samtools-0.1.3-24 (r296)
1551  * another similar bug in the indel caller
1552
1553 ------------------------------------------------------------------------
1554 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
1555 Changed paths:
1556    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1557    M /trunk/samtools/bamtk.c
1558
1559  * samtools-0.1.3-23 (r295)
1560  * fixed a critical bug in the indel caller
1561
1562 ------------------------------------------------------------------------
1563 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
1564 Changed paths:
1565    M /trunk/samtools/bam_stat.c
1566
1567 added a missing header file
1568
1569 ------------------------------------------------------------------------
1570 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
1571 Changed paths:
1572    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1573    M /trunk/samtools/bamtk.c
1574
1575  * samtools-0.1.3-22 (r293)
1576  * open tview in the dot-view mode by default
1577
1578 ------------------------------------------------------------------------
1579 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
1580 Changed paths:
1581    M /trunk/samtools/samtools.1
1582
1583 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
1584 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
1585 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
1586 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
1587
1588
1589 ------------------------------------------------------------------------
1590 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
1591 Changed paths:
1592    M /trunk/samtools/bam.h
1593    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1594    M /trunk/samtools/bamtk.c
1595
1596  * samtools-0.1.3-21 (286)
1597  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
1598
1599 ------------------------------------------------------------------------
1600 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
1601 Changed paths:
1602    M /trunk/samtools/bam.h
1603    M /trunk/samtools/bam_index.c
1604    M /trunk/samtools/bamtk.c
1605
1606  * samtools-0.1.3-20 (r276)
1607  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
1608    make it work with the latest SVN.
1609  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
1610
1611 ------------------------------------------------------------------------
1612 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
1613 Changed paths:
1614    M /trunk/samtools/ChangeLog
1615    M /trunk/samtools/bam.h
1616    M /trunk/samtools/bamtk.c
1617
1618  * samtools-0.1.3-19 (r275)
1619  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
1620    backward compatibility with Bio::DB::Sam
1621
1622 ------------------------------------------------------------------------
1623 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1624 Changed paths:
1625    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1626    M /trunk/samtools/bamtk.c
1627
1628  * samtools-0.1.3-18 (r273)
1629  * rmdupse: do not remove unmapped reads
1630
1631 ------------------------------------------------------------------------
1632 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
1633 Changed paths:
1634    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1635
1636 change a parameter. It does nothing
1637
1638 ------------------------------------------------------------------------
1639 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
1640 Changed paths:
1641    M /trunk/samtools/Makefile.am
1642    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1643    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1644    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
1645    M /trunk/samtools/bamtk.c
1646    M /trunk/samtools/configure.ac
1647
1648  * samtools-0.1.3-17 (r271)
1649  * added 'rmdupse' command
1650
1651 ------------------------------------------------------------------------
1652 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1653 Changed paths:
1654    M /trunk/samtools/bamtk.c
1655    M /trunk/samtools/sam_view.c
1656
1657  * samtools-0.1.3-16 (r267)
1658  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
1659
1660 ------------------------------------------------------------------------
1661 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1662 Changed paths:
1663    M /trunk/samtools/bam_import.c
1664    M /trunk/samtools/bamtk.c
1665
1666  * samtools-0.1.3-15 (r266)
1667  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
1668
1669 ------------------------------------------------------------------------
1670 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1671 Changed paths:
1672    M /trunk/samtools/bam.h
1673    M /trunk/samtools/bam_import.c
1674    M /trunk/samtools/bamtk.c
1675    M /trunk/samtools/sam.c
1676    M /trunk/samtools/sam_view.c
1677
1678  * samtools-0.1.3-14 (r262)
1679  * make samopen() recognize @SQ header lines
1680
1681 ------------------------------------------------------------------------
1682 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1683 Changed paths:
1684    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1685    M /trunk/samtools/bamtk.c
1686    M /trunk/samtools/bgzf.c
1687    M /trunk/samtools/sam.c
1688    M /trunk/samtools/sam_view.c
1689
1690  * samtools-0.1.3-13 (r260)
1691  * report error for file I/O error
1692
1693 ------------------------------------------------------------------------
1694 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
1695 Changed paths:
1696    M /trunk/samtools/Makefile.am
1697
1698 update Makefile.am
1699
1700 ------------------------------------------------------------------------
1701 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1702 Changed paths:
1703    M /trunk/samtools/bam.h
1704    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1705    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1706    M /trunk/samtools/bamtk.c
1707    M /trunk/samtools/sam.c
1708    M /trunk/samtools/sam.h
1709
1710  * samtools-0.1.3-12 (r259)
1711  * use the new I/O interface in pileup
1712
1713 ------------------------------------------------------------------------
1714 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1715 Changed paths:
1716    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1717    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1718    M /trunk/samtools/bam.c
1719    M /trunk/samtools/bam.h
1720    M /trunk/samtools/bam_import.c
1721    M /trunk/samtools/bamtk.c
1722    A /trunk/samtools/sam.c
1723    A /trunk/samtools/sam.h
1724    A /trunk/samtools/sam_view.c
1725
1726  * samtools-0.1.3-11 (r258)
1727  * unify the interface to BAM and SAM I/O
1728
1729 ------------------------------------------------------------------------
1730 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
1731 Changed paths:
1732    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1733    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1734    M /trunk/samtools/bamtk.c
1735
1736  * samtools-0.1.3-10 (r257)
1737  * allow hex with "pileup -m"
1738
1739 ------------------------------------------------------------------------
1740 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
1741 Changed paths:
1742    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1743    M /trunk/samtools/bamtk.c
1744
1745  * samtools-0.1.3-9 (r256)
1746  * fixed a bug in bam_lpileup.c
1747  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
1748
1749 ------------------------------------------------------------------------
1750 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
1751 Changed paths:
1752    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1753    M /trunk/samtools/bamtk.c
1754
1755  * samtools-0.1.3-8 (r251)
1756  * fixed a bug when there are reads without coordinates
1757
1758 ------------------------------------------------------------------------
1759 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1760 Changed paths:
1761    A /trunk/samtools/AUTHORS
1762    A /trunk/samtools/README
1763    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1764
1765 added missing files
1766
1767 ------------------------------------------------------------------------
1768 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1769 Changed paths:
1770    M /trunk/samtools/Makefile.generic
1771    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1772    M /trunk/samtools/configure.ac
1773    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
1774
1775 improve large file support in compilation
1776
1777 ------------------------------------------------------------------------
1778 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1779 Changed paths:
1780    M /trunk/samtools/INSTALL
1781
1782 update INSTALL
1783
1784 ------------------------------------------------------------------------
1785 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
1786 Changed paths:
1787    M /trunk/samtools/Makefile.am
1788    M /trunk/samtools/autogen.sh
1789    M /trunk/samtools/cleanup.sh
1790    M /trunk/samtools/configure.ac
1791    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
1792
1793 fixed various issues about the GNU building scripts
1794
1795 ------------------------------------------------------------------------
1796 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
1797 Changed paths:
1798    M /trunk/samtools/ChangeLog
1799    D /trunk/samtools/Makefile
1800    A /trunk/samtools/Makefile.am
1801    A /trunk/samtools/Makefile.generic
1802    A /trunk/samtools/autogen.sh
1803    M /trunk/samtools/bam.h
1804    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1805    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1806    M /trunk/samtools/bamtk.c
1807    A /trunk/samtools/cleanup.sh
1808    A /trunk/samtools/configure.ac
1809    D /trunk/samtools/misc/Makefile
1810    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
1811
1812  * samtools-0.1.3-7 (r246)
1813  * incorporated revisions from Nils Homer
1814  * enhanced support of displaying color-space reads
1815
1816 ------------------------------------------------------------------------
1817 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
1818 Changed paths:
1819    M /trunk/samtools/bam_md.c
1820    M /trunk/samtools/bamtk.c
1821
1822  * samtools-0.1.3-6 (r244)
1823  * fixed segfault for unmapped reads
1824
1825 ------------------------------------------------------------------------
1826 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1827 Changed paths:
1828    M /trunk/samtools/bam.h
1829    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1830    M /trunk/samtools/bam_md.c
1831    M /trunk/samtools/bamtk.c
1832
1833  * samtools-0.1.3-5 (r243)
1834  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
1835  * check MD
1836  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
1837
1838 ------------------------------------------------------------------------
1839 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
1840 Changed paths:
1841    M /trunk/samtools/bam_md.c
1842    M /trunk/samtools/bamtk.c
1843
1844  * samtools-0.1.3-4 (r242)
1845  * fixed a memory leak
1846
1847 ------------------------------------------------------------------------
1848 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1849 Changed paths:
1850    M /trunk/samtools/Makefile
1851    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1852    M /trunk/samtools/bam.h
1853    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1854    A /trunk/samtools/bam_md.c
1855    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1856    M /trunk/samtools/bamtk.c
1857
1858  * samtools-0.1.3-3 (r240)
1859  * generate MD tag
1860  * generate "=" bases
1861  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
1862
1863 ------------------------------------------------------------------------
1864 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
1865 Changed paths:
1866    M /trunk/samtools/bam.h
1867    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1868    M /trunk/samtools/bamtk.c
1869
1870  * samtools-0.1.3-2 (r239)
1871  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
1872  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
1873  * added tagview for testing bam_aux
1874
1875 ------------------------------------------------------------------------
1876 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
1877 Changed paths:
1878    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1879    M /trunk/samtools/bamtk.c
1880
1881  * samtools-0.1.3-1
1882  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
1883
1884 ------------------------------------------------------------------------
1885 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
1886 Changed paths:
1887    M /trunk/samtools/Makefile.lite
1888
1889 a missing file in Makefile.lite
1890
1891 ------------------------------------------------------------------------
1892 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1893 Changed paths:
1894    M /trunk/samtools/NEWS
1895    M /trunk/samtools/bamtk.c
1896
1897 Release samtools-0.1.3
1898
1899 ------------------------------------------------------------------------
1900 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1901 Changed paths:
1902    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1903    M /trunk/samtools/bamtk.c
1904
1905  * samtools-0.1.2-28
1906  * make samtools more robust to weird input such as empty file
1907
1908 ------------------------------------------------------------------------
1909 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1910 Changed paths:
1911    M /trunk/samtools/ChangeLog
1912    M /trunk/samtools/NEWS
1913    M /trunk/samtools/samtools.1
1914
1915 prepare for release 0.1.3
1916
1917 ------------------------------------------------------------------------
1918 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
1919 Changed paths:
1920    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
1921
1922 convert NCBI-BLASTN to SAM
1923
1924 ------------------------------------------------------------------------
1925 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1926 Changed paths:
1927    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
1928    M /trunk/samtools/bamtk.c
1929
1930  * samtools-0.1.2-27
1931  * fixed a small memory leak in tview
1932
1933 ------------------------------------------------------------------------
1934 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
1935 Changed paths:
1936    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
1937    M /trunk/samtools/bamtk.c
1938
1939  * samtools-0.1.2-26
1940  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
1941
1942 ------------------------------------------------------------------------
1943 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
1944 Changed paths:
1945    M /trunk/samtools/ChangeLog
1946    M /trunk/samtools/NEWS
1947
1948 proposed NEWS for the new release (have not yet)
1949
1950 ------------------------------------------------------------------------
1951 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1952 Changed paths:
1953    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1954
1955  * samtools.pl-0.1.1
1956  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
1957    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
1958
1959 ------------------------------------------------------------------------
1960 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
1961 Changed paths:
1962    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1963    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1964    M /trunk/samtools/bamtk.c
1965    M /trunk/samtools/samtools.1
1966
1967  * samtools-0.1.2-25
1968  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
1969    containing indels
1970
1971 ------------------------------------------------------------------------
1972 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
1973 Changed paths:
1974    M /trunk/samtools/ChangeLog
1975
1976 update ChangeLog from "svn log"
1977
1978 ------------------------------------------------------------------------
1979 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
1980 Changed paths:
1981    M /trunk/samtools/bam.c
1982    M /trunk/samtools/bam_import.c
1983    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1984    M /trunk/samtools/bamtk.c
1985    M /trunk/samtools/kseq.h
1986
1987  * samtools-0.1.2-24
1988  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
1989  * allow empty header
1990
1991 ------------------------------------------------------------------------
1992 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
1993 Changed paths:
1994    M /trunk/samtools/bam.c
1995    M /trunk/samtools/bam_import.c
1996    M /trunk/samtools/bamtk.c
1997
1998  * samtools-0.1.2-23
1999  * recognize '*' at the QUAL field
2000
2001 ------------------------------------------------------------------------
2002 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
2003 Changed paths:
2004    M /trunk/samtools/bam_import.c
2005    M /trunk/samtools/bamtk.c
2006    M /trunk/samtools/kseq.h
2007
2008  * samtools-0.1.2-22
2009  * the field separater is TAB only, now
2010
2011 ------------------------------------------------------------------------
2012 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2013 Changed paths:
2014    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2015
2016  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
2017
2018 ------------------------------------------------------------------------
2019 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
2020 Changed paths:
2021    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2022    M /trunk/samtools/bamtk.c
2023    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2024
2025  * samtools-0.1.2-21
2026  * fixed a nasty bug in `fixmate'
2027
2028 ------------------------------------------------------------------------
2029 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
2030 Changed paths:
2031    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
2032    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2033    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2034
2035 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
2036
2037 ------------------------------------------------------------------------
2038 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2039 Changed paths:
2040    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2041    M /trunk/samtools/bamtk.c
2042
2043  * samtools-0.1.2-20
2044  * check if file is truncated in flagstat
2045
2046 ------------------------------------------------------------------------
2047 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
2048 Changed paths:
2049    M /trunk/samtools/bamtk.c
2050
2051  * samtools-0.1.2-19
2052  * print the header if requested
2053
2054 ------------------------------------------------------------------------
2055 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
2056 Changed paths:
2057    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2058    M /trunk/samtools/bamtk.c
2059
2060  * samtools-0.1.2-18
2061  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
2062
2063 ------------------------------------------------------------------------
2064 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
2065 Changed paths:
2066    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
2067    D /trunk/samtools/Makefile.std
2068    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
2069    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
2070
2071 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
2072
2073 ------------------------------------------------------------------------
2074 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2075 Changed paths:
2076    D /trunk/samtools/Makefile
2077    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
2078    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2079    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2080    M /trunk/samtools/bamtk.c
2081    D /trunk/samtools/misc/Makefile
2082    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
2083    M /trunk/samtools/samtools.1
2084
2085  * samtools-0.1.2-17
2086  * incorporating Nils' changes
2087  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
2088
2089 ------------------------------------------------------------------------
2090 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
2091 Changed paths:
2092    M /trunk/samtools/Makefile
2093    M /trunk/samtools/bam_import.c
2094    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2095    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2096    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2097    M /trunk/samtools/bamtk.c
2098    M /trunk/samtools/kseq.h
2099    A /trunk/samtools/kstring.c
2100    A /trunk/samtools/kstring.h
2101
2102  * samtools-0.1.2-16
2103  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
2104  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
2105
2106 ------------------------------------------------------------------------
2107 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
2108 Changed paths:
2109    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
2110
2111  * soap2sam.pl-0.1.2
2112  * more robust to truncated soap output
2113
2114 ------------------------------------------------------------------------
2115 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
2116 Changed paths:
2117    M /trunk/samtools/Makefile.lite
2118
2119 added bam_stat.o to Makefile.lite
2120
2121 ------------------------------------------------------------------------
2122 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2123 Changed paths:
2124    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2125    M /trunk/samtools/bamtk.c
2126
2127  * samtools-0.1.2-15
2128  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
2129
2130 ------------------------------------------------------------------------
2131 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
2132 Changed paths:
2133    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2134    M /trunk/samtools/bamtk.c
2135    M /trunk/samtools/glf.c
2136    M /trunk/samtools/glf.h
2137    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2138
2139  * samtools-0.1.2-14
2140  * implemented GLFv3
2141
2142 ------------------------------------------------------------------------
2143 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2144 Changed paths:
2145    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2146    M /trunk/samtools/bamtk.c
2147
2148  * samtools-0.1.2-13
2149  * fixed a minor bug in displaying pileup
2150
2151 ------------------------------------------------------------------------
2152 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
2153 Changed paths:
2154    M /trunk/samtools/ChangeLog
2155    M /trunk/samtools/bamtk.c
2156
2157  * samtools-0.1.2-12
2158  * optionally print SAM header
2159
2160 ------------------------------------------------------------------------
2161 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
2162 Changed paths:
2163    M /trunk/samtools/bamtk.c
2164    M /trunk/samtools/glf.c
2165
2166  * samtools-0.1.2-11
2167  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
2168
2169 ------------------------------------------------------------------------
2170 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
2171 Changed paths:
2172    M /trunk/samtools/Makefile
2173    M /trunk/samtools/bam_import.c
2174    M /trunk/samtools/bam_index.c
2175    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2176    M /trunk/samtools/bamtk.c
2177    M /trunk/samtools/glf.c
2178    M /trunk/samtools/glf.h
2179
2180  * samtools-0.1.2-10
2181  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
2182  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
2183  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
2184
2185 ------------------------------------------------------------------------
2186 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
2187 Changed paths:
2188    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2189
2190  * wgsim-0.2.3
2191  * fixed a bug in simulating indels
2192
2193 ------------------------------------------------------------------------
2194 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
2195 Changed paths:
2196    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2197
2198  * wgsim-0.2.2
2199  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
2200    not like long read names.
2201
2202 ------------------------------------------------------------------------
2203 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
2204 Changed paths:
2205    M /trunk/samtools/ChangeLog
2206    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2207    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2208
2209  * wgsim-0.2.1
2210  * fixed a bug about color read coordinates
2211  * fixed a bug in read names
2212  * wgsim_eval.pl-0.1.3
2213  * make the script work with color reads
2214
2215 ------------------------------------------------------------------------
2216 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
2217 Changed paths:
2218    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2219    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2220
2221  * wgsim: added a note
2222
2223 ------------------------------------------------------------------------
2224 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
2225 Changed paths:
2226    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2227    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2228
2229  * wgsim-0.2.0
2230  * considerable code clean up
2231  * print number of substitutions/indels/errors on each read
2232  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
2233  * wgsim_eval.pl-0.1.2
2234  * change in accordant with wgsim
2235
2236 ------------------------------------------------------------------------
2237 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
2238 Changed paths:
2239    M /trunk/samtools/bam_index.c
2240    M /trunk/samtools/bamtk.c
2241
2242  * samtools-0.1.2-9
2243  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
2244
2245 ------------------------------------------------------------------------
2246 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
2247 Changed paths:
2248    M /trunk/samtools/bamtk.c
2249
2250 Fix annoying segv when invalid region specified.
2251
2252 ------------------------------------------------------------------------
2253 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
2254 Changed paths:
2255    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2256    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2257
2258  * move indel_filter.pl to samtools.pl
2259
2260 ------------------------------------------------------------------------
2261 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
2262 Changed paths:
2263    M /trunk/samtools/bam_mate.c
2264    M /trunk/samtools/bamtk.c
2265
2266  * samtools-0.1.2-7
2267  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
2268
2269 ------------------------------------------------------------------------
2270 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
2271 Changed paths:
2272    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2273    M /trunk/samtools/bamtk.c
2274
2275  * samtools-0.1.2-7
2276  * fixed a minor bug in flagstat
2277
2278 ------------------------------------------------------------------------
2279 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
2280 Changed paths:
2281    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2282    M /trunk/samtools/bamtk.c
2283    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2284
2285  * samtools-0.1.2-6
2286  * improve indel caller by setting maximum window size
2287
2288 ------------------------------------------------------------------------
2289 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
2290 Changed paths:
2291    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2292    M /trunk/samtools/bamtk.c
2293
2294  * output max mapping quality in indel line
2295
2296 ------------------------------------------------------------------------
2297 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
2298 Changed paths:
2299    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2300
2301 fixed a bug in generating tag AM
2302
2303 ------------------------------------------------------------------------
2304 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
2305 Changed paths:
2306    M /trunk/samtools/bam_index.c
2307    M /trunk/samtools/bamtk.c
2308
2309 fixed a potential memory problem in indexing
2310
2311 ------------------------------------------------------------------------
2312 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
2313 Changed paths:
2314    M /trunk/samtools/Makefile
2315
2316 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
2317
2318 ------------------------------------------------------------------------
2319 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
2320 Changed paths:
2321    M /trunk/samtools/ChangeLog
2322    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2323    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2324    M /trunk/samtools/bamtk.c
2325
2326  * samtools-0.1.2-3
2327  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
2328  * improve flagstat report a little bit
2329
2330 ------------------------------------------------------------------------
2331 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
2332 Changed paths:
2333    M /trunk/samtools/Makefile
2334    A /trunk/samtools/bam_stat.c
2335    M /trunk/samtools/bamtk.c
2336
2337  * samtools-0.1.2-1
2338  * added flagstat command
2339
2340 ------------------------------------------------------------------------
2341 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2342 Changed paths:
2343    M /trunk/samtools/ChangeLog
2344    M /trunk/samtools/NEWS
2345    M /trunk/samtools/bamtk.c
2346    M /trunk/samtools/samtools.1
2347
2348 Release SAMtools-0.1.2
2349
2350 ------------------------------------------------------------------------
2351 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
2352 Changed paths:
2353    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
2354
2355 Script for filtering indel results
2356
2357 ------------------------------------------------------------------------
2358 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
2359 Changed paths:
2360    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
2361
2362 convert ZOOM to SAM
2363
2364 ------------------------------------------------------------------------
2365 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
2366 Changed paths:
2367    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2368
2369 add a script to convert novo alignment to SAM
2370
2371 ------------------------------------------------------------------------
2372 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
2373 Changed paths:
2374    M /trunk/samtools/ChangeLog
2375    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
2376    M /trunk/samtools/samtools.1
2377
2378 update documentation and ChangeLog
2379
2380 ------------------------------------------------------------------------
2381 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
2382 Changed paths:
2383    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2384    M /trunk/samtools/bamtk.c
2385
2386  * samtools-0.1.1-19
2387  * fixed a bug in "merge" command line
2388
2389 ------------------------------------------------------------------------
2390 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2391 Changed paths:
2392    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2393    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
2394    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2395    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
2396    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
2397    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
2398
2399  * merge from branches/dev/
2400  * all future development will happen here
2401
2402 ------------------------------------------------------------------------
2403 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
2404 Changed paths:
2405    M /trunk/samtools/COPYING
2406    M /trunk/samtools/ChangeLog
2407    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
2408    M /trunk/samtools/Makefile
2409    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
2410    M /trunk/samtools/bam.c
2411    M /trunk/samtools/bam.h
2412    M /trunk/samtools/bam_import.c
2413    M /trunk/samtools/bam_index.c
2414    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
2415    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2416    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2417    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
2418    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2419    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2420    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
2421    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2422    M /trunk/samtools/bamtk.c
2423    M /trunk/samtools/bgzf.h
2424    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
2425    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
2426    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
2427    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
2428    M /trunk/samtools/faidx.c
2429    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
2430    M /trunk/samtools/glf.h
2431    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2432    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2433    M /trunk/samtools/razf.c
2434    M /trunk/samtools/source.dot
2435
2436  * Merge from branches/dev/
2437  * all future development will happen here at trunk/
2438
2439 ------------------------------------------------------------------------
2440 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
2441 Changed paths:
2442    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2443    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2444
2445 Fix problem with compiling without curses.
2446
2447 ------------------------------------------------------------------------
2448 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2449 Changed paths:
2450    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
2451
2452 Create trunk copy
2453
2454 ------------------------------------------------------------------------
2455 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2456 Changed paths:
2457    A /branches/dev/samtools/NEWS
2458    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2459    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2460
2461 Release samtools-0.1.1
2462
2463 ------------------------------------------------------------------------
2464 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
2465 Changed paths:
2466    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2467    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2468    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2469    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2470    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2471    M /branches/dev/samtools/razf.c
2472    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2473
2474  * samtools-0.1.0-66
2475  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
2476  * fixed a memory leak in parsing a region
2477  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
2478  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
2479  * fixed a bug in indexing for small alignment
2480  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
2481  * updated documentation
2482  * prepare to release 0.1.1
2483
2484 ------------------------------------------------------------------------
2485 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2486 Changed paths:
2487    A /branches/dev/samtools/examples
2488    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
2489    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
2490    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
2491    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
2492
2493 example
2494
2495 ------------------------------------------------------------------------
2496 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
2497 Changed paths:
2498    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2499
2500 update ChangeLog
2501
2502 ------------------------------------------------------------------------
2503 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
2504 Changed paths:
2505    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2506
2507  * added comments
2508  * fixed several bugs
2509
2510 ------------------------------------------------------------------------
2511 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
2512 Changed paths:
2513    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
2514
2515 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
2516
2517 ------------------------------------------------------------------------
2518 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
2519 Changed paths:
2520    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2521    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2522    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2523    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2524    A /branches/dev/samtools/source.dot
2525
2526  * samtools-0.1.0-65
2527  * pileup: generate maq-like simple output
2528  * pileup: allow to output pileup at required sites
2529  * source.dot: source file relationship graph
2530  * tview: fixed a minor bug
2531
2532 ------------------------------------------------------------------------
2533 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
2534 Changed paths:
2535    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2536
2537 remove all2sam.pl
2538
2539 ------------------------------------------------------------------------
2540 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
2541 Changed paths:
2542    A /branches/dev/samtools/COPYING
2543    M /branches/dev/samtools/bam.h
2544    M /branches/dev/samtools/faidx.h
2545    M /branches/dev/samtools/khash.h
2546    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2547    M /branches/dev/samtools/ksort.h
2548    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2549
2550 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
2551
2552 ------------------------------------------------------------------------
2553 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2554 Changed paths:
2555    M /branches/dev/samtools/bam.c
2556    M /branches/dev/samtools/bam.h
2557    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2558    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2559    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2560
2561  * samtools-0.1.0-64
2562  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
2563
2564 ------------------------------------------------------------------------
2565 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
2566 Changed paths:
2567    M /branches/dev/samtools/bam.c
2568    M /branches/dev/samtools/bam.h
2569    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2570    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2571    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2572
2573  * samtools-0.1.0-63
2574  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
2575
2576 ------------------------------------------------------------------------
2577 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
2578 Changed paths:
2579    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2580    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2581    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2582
2583  * samtools-0.1.0-62
2584  * fixed a memory leak
2585
2586 ------------------------------------------------------------------------
2587 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
2588 Changed paths:
2589    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2590    M /branches/dev/samtools/bam.h
2591    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2592
2593 update documentation, ChangeLog and a comment
2594
2595 ------------------------------------------------------------------------
2596 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
2597 Changed paths:
2598    M /branches/dev/samtools/Makefile
2599    M /branches/dev/samtools/bam.h
2600    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2601    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2602    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2603    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
2604    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2605    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2606
2607  * samtools-0.1.0-61
2608  * moved pileup command to a separate source file
2609  * added indel caller
2610  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
2611  * updated documentation
2612
2613 ------------------------------------------------------------------------
2614 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
2615 Changed paths:
2616    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2617    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2618
2619  * samtools-0.1.0-60
2620  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
2621
2622 ------------------------------------------------------------------------
2623 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
2624 Changed paths:
2625    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2626    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2627    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2628
2629  * samtools-0.1.0-59
2630  * pileup: outputing consensus is now optional
2631  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
2632    I am not quite sure why the previous version may have problem.
2633
2634 ------------------------------------------------------------------------
2635 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
2636 Changed paths:
2637    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2638    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2639
2640  * samtools-0.1.0-58
2641  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
2642    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
2643    and imposing it would make it harder to generate for other language
2644    bindings.
2645
2646 ------------------------------------------------------------------------
2647 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2648 Changed paths:
2649    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2650
2651 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
2652
2653 ------------------------------------------------------------------------
2654 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
2655 Changed paths:
2656    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2657
2658 update manual
2659
2660 ------------------------------------------------------------------------
2661 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
2662 Changed paths:
2663    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2664    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2665
2666  * samtools-0.1.0-57
2667  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
2668  * made the parser a bit more robust
2669
2670 ------------------------------------------------------------------------
2671 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2672 Changed paths:
2673    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2674    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2675    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2676
2677  * samtools-0.1.0-56
2678  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
2679  * fixed a typo in bam_index.c
2680  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
2681
2682 ------------------------------------------------------------------------
2683 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
2684 Changed paths:
2685    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2686
2687 update manual
2688
2689 ------------------------------------------------------------------------
2690 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
2691 Changed paths:
2692    M /branches/dev/samtools/bam.h
2693    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2694    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2695
2696  * samtools-0.1.0-55
2697  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
2698  * removed -v from pileup
2699  * made pileup take the reference sequence
2700
2701 ------------------------------------------------------------------------
2702 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
2703 Changed paths:
2704    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2705    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2706    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2707
2708  * samtools-0.1.0-54
2709  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
2710  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
2711
2712 ------------------------------------------------------------------------
2713 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2714 Changed paths:
2715    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2716
2717 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
2718
2719 ------------------------------------------------------------------------
2720 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2721 Changed paths:
2722    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2723
2724 also calculate unordered md5sum check
2725
2726 ------------------------------------------------------------------------
2727 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2728 Changed paths:
2729    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2730
2731 fixed a minor bug when there are space in the sequence
2732
2733 ------------------------------------------------------------------------
2734 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
2735 Changed paths:
2736    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2737
2738 fixed a potential memory leak
2739
2740 ------------------------------------------------------------------------
2741 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2742 Changed paths:
2743    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2744    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2745    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2746
2747  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
2748
2749 ------------------------------------------------------------------------
2750 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
2751 Changed paths:
2752    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
2753
2754 nothing, really
2755
2756 ------------------------------------------------------------------------
2757 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2758 Changed paths:
2759    M /branches/dev/samtools/Makefile
2760    M /branches/dev/samtools/kseq.h
2761    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
2762    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
2763    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
2764    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
2765
2766  * fixed two warnings in kseq.h
2767  * added md5sum utilities
2768
2769 ------------------------------------------------------------------------
2770 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
2771 Changed paths:
2772    M /branches/dev/samtools/Makefile
2773    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2774    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2775    A /branches/dev/samtools/kseq.h
2776    D /branches/dev/samtools/kstream.h
2777
2778  * samtools-0.1.0-52
2779  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
2780    extra functions in kseq.h.
2781  * also compile stand-alone faidx
2782
2783 ------------------------------------------------------------------------
2784 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2785 Changed paths:
2786    M /branches/dev/samtools/bam.h
2787    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2788    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2789
2790  * samtools-0.1.0-51
2791  * sorting by read names is available
2792
2793 ------------------------------------------------------------------------
2794 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
2795 Changed paths:
2796    M /branches/dev/samtools/bam.c
2797    M /branches/dev/samtools/bam.h
2798    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2799    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2800    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2801    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
2802    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2803    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2804    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2805
2806  * samtools-0.1.0-50
2807  * format change to meet the latest specification
2808
2809 ------------------------------------------------------------------------
2810 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
2811 Changed paths:
2812    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2813    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
2814
2815  * minor change in maqcns: special care when n==0
2816  * change maq2sam to meet the latest specification
2817
2818 ------------------------------------------------------------------------
2819 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2820 Changed paths:
2821    M /branches/dev/samtools/razf.c
2822    M /branches/dev/samtools/razf.h
2823
2824 considerable code clean up in razf
2825
2826 ------------------------------------------------------------------------
2827 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
2828 Changed paths:
2829    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
2830    M /branches/dev/samtools/Makefile
2831    M /branches/dev/samtools/faidx.c
2832
2833 make RAZF optional in faidx.c
2834
2835 ------------------------------------------------------------------------
2836 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
2837 Changed paths:
2838    M /branches/dev/samtools/Makefile
2839    M /branches/dev/samtools/bam.h
2840    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
2841    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2842    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2843
2844  * samtools-0.1.0-49
2845  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
2846
2847 ------------------------------------------------------------------------
2848 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
2849 Changed paths:
2850    M /branches/dev/samtools/bam.c
2851    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
2852    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2853    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2854    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2855    M /branches/dev/samtools/samtools.1
2856
2857  * samtools-0.1.0-48
2858  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
2859  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
2860  * supporting hex strings
2861
2862 ------------------------------------------------------------------------
2863 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2864 Changed paths:
2865    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2866    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2867
2868  * samtools-0.1.0-47
2869  * fixed the bug in maqcns
2870
2871 ------------------------------------------------------------------------
2872 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2873 Changed paths:
2874    M /branches/dev/samtools/Makefile
2875    M /branches/dev/samtools/bam.h
2876    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
2877    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
2878    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2879    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2880    A /branches/dev/samtools/glf.h
2881
2882  * samtools-0.1.0-46
2883  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
2884
2885 ------------------------------------------------------------------------
2886 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
2887 Changed paths:
2888    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
2889    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
2890    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2891
2892  * samtools-0.1.0-45
2893  * tview: display padded alignment (but not P operation)
2894  * better coordinates and reference sequence
2895
2896 ------------------------------------------------------------------------
2897 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
2898 Changed paths:
2899    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
2900
2901 new ChangeLog
2902
2903 ------------------------------------------------------------------------
2904 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
2905 Changed paths:
2906    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
2907    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
2908
2909 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
2910 the log of my personal SVN repository.
2911
2912 ------------------------------------------------------------------------
2913 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
2914 Changed paths:
2915    M /branches/dev/samtools/Makefile
2916    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2917    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2918
2919  * samtools-0.1.0-44
2920  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
2921    missing these declarations will make bgzf buggy
2922  * get rid of some harmless warings
2923  * use BGZF by default, now
2924
2925 ------------------------------------------------------------------------
2926 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2927 Changed paths:
2928    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2929    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2930    M /branches/dev/samtools/razf.c
2931
2932  * samtools-0.1.0-43
2933  * fixed a bug in razf_read()
2934  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
2935
2936 ------------------------------------------------------------------------
2937 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2938 Changed paths:
2939    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
2940
2941 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
2942
2943 ------------------------------------------------------------------------
2944 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
2945 Changed paths:
2946    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
2947
2948  * samtools-0.1.0-42
2949  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
2950    also update the version number anyway to avoid confusion
2951
2952 ------------------------------------------------------------------------
2953 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2954 Changed paths:
2955    M /branches/dev/samtools/razf.c
2956
2957 a change from Jue, but I think it should not matter
2958
2959 ------------------------------------------------------------------------
2960 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
2961 Changed paths:
2962    M /branches/dev/samtools/razf.c
2963
2964 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
2965 rarely happens, very rarely.
2966
2967 ------------------------------------------------------------------------
2968 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2969 Changed paths:
2970    M /branches/dev/samtools/razf.c
2971
2972 fixed a bug in razf, with the help of Jue
2973
2974 ------------------------------------------------------------------------
2975 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2976 Changed paths:
2977    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
2978
2979 remove a comment
2980
2981 ------------------------------------------------------------------------
2982 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
2983 Changed paths:
2984    M /branches/dev/samtools/Makefile
2985    M /branches/dev/samtools/bam.h
2986    M /branches/dev/samtools/razf.c
2987    M /branches/dev/samtools/razf.h
2988
2989  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
2990
2991 ------------------------------------------------------------------------
2992 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
2993 Changed paths:
2994    A /branches/dev/samtools/samtools.1
2995
2996 the manual page
2997
2998 ------------------------------------------------------------------------
2999 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
3000 Changed paths:
3001    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
3002    A /branches/dev/samtools/Makefile
3003    A /branches/dev/samtools/bam.c
3004    A /branches/dev/samtools/bam.h
3005    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
3006    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
3007    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
3008    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
3009    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
3010    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
3011    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
3012    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
3013    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
3014    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
3015    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
3016    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
3017    A /branches/dev/samtools/faidx.c
3018    A /branches/dev/samtools/faidx.h
3019    A /branches/dev/samtools/khash.h
3020    A /branches/dev/samtools/ksort.h
3021    A /branches/dev/samtools/kstream.h
3022    A /branches/dev/samtools/misc
3023    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
3024    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
3025    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
3026    A /branches/dev/samtools/razf.c
3027    A /branches/dev/samtools/razf.h
3028    A /branches/dev/samtools/razip.c
3029    A /branches/dev/samtools/zutil.h
3030
3031 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
3032 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
3033
3034 ------------------------------------------------------------------------
3035 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
3036 Changed paths:
3037    A /branches/dev/samtools
3038
3039 samtools (C version)
3040
3041 ------------------------------------------------------------------------