ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r844 | lh3lh3 | 2010-11-19 23:16:08 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 3 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bamtk.c
   5    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
   6    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
   7    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
   8
   9  * samtools-0.1.10-9 (r844)
  10  * added the "folded" or reference-free mode for variant calling
  11
  12 ------------------------------------------------------------------------
  13 r843 | lh3lh3 | 2010-11-19 22:26:36 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 2 lines
  14 Changed paths:
  15    M /trunk/samtools/NEWS
  16    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  17
  18 In merging, if -R is specified, do not abort if the sequence dictionary is different.
  19
  20 ------------------------------------------------------------------------
  21 r842 | jmarshall | 2010-11-19 21:24:28 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 5 lines
  22 Changed paths:
  23    M /trunk/samtools/bam_sort.c
  24
  25 When merging BAM headers, compare the list of target reference sequences
  26 strictly (and fail/abort if there is a mismatch), but allow one list to be a
  27 prefix of the other.  (i.e., check that the lists are identical up until the
  28 shorter runs out, and add the excess targets from the longer to the output.)
  29
  30 ------------------------------------------------------------------------
  31 r841 | lh3lh3 | 2010-11-19 14:49:27 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 4 lines
  32 Changed paths:
  33    M /trunk/samtools/bam_index.c
  34    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
  35    M /trunk/samtools/bamtk.c
  36
  37  * samtools-0.1.10 (r841)
  38  * fixed a bug in pileup when the first CIGAR operation is D
  39  * fixed a bug in view with range query
  40
  41 ------------------------------------------------------------------------
  42 r840 | lh3lh3 | 2010-11-19 13:45:51 -0500 (Fri, 19 Nov 2010) | 10 lines
  43 Changed paths:
  44    M /trunk/samtools/ChangeLog
  45    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  46    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  47    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  48    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  49    M /trunk/samtools/bamtk.c
  50
  51  * samtools-0.1.10-4 (r840)
  52
  53  * drop the MNP caller. It is slow while does not diliver too much
  54    benefit. Possibly I will work on it in future given more time.
  55
  56  * there is a segfault in pileup
  57
  58  * someone has reported segfault from view/index/sort
  59
  60
  61 ------------------------------------------------------------------------
  62 r839 | lh3lh3 | 2010-11-18 17:30:11 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 9 lines
  63 Changed paths:
  64    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  65    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  66    M /trunk/samtools/bamtk.c
  67
  68  * samtools-0.1.10-6 (r839)
  69
  70  * call MNPs without realignment because it seems to me that it is not
  71    worthwhile to significantly slow down SNP calling.
  72
  73  * the result looks quite different from the previous version. I have
  74    work to do...
  75
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r838 | lh3lh3 | 2010-11-18 11:26:09 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 2 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/samtools/knetfile.c
  81
  82 Apply a patch by Rob Davis, which improves fault detection.
  83
  84 ------------------------------------------------------------------------
  85 r836 | lh3lh3 | 2010-11-18 11:09:23 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 3 lines
  86 Changed paths:
  87    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  88    M /trunk/samtools/bamtk.c
  89
  90  * samtools-r836
  91  * initiate MNP realignment when the MNP has at least 0.2% frequency (otherwise too slow)
  92
  93 ------------------------------------------------------------------------
  94 r835 | lh3lh3 | 2010-11-18 00:25:13 -0500 (Thu, 18 Nov 2010) | 3 lines
  95 Changed paths:
  96    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  97
  98  * modify the filtering rule: also filter SNPs around filtered indels
  99  * added MNP filter
 100
 101 ------------------------------------------------------------------------
 102 r834 | lh3lh3 | 2010-11-17 23:13:52 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 4 lines
 103 Changed paths:
 104    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 105    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 106    M /trunk/samtools/bamtk.c
 107
 108  * samtools-0.1.10-4 (r834)
 109  * fixed a silly bug in printing MNP
 110  * restrict to at most 1 alternative allele
 111
 112 ------------------------------------------------------------------------
 113 r833 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:58:58 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 2 lines
 114 Changed paths:
 115    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 116    M /trunk/samtools/bamtk.c
 117
 118 fixed a bug in printing MNPs
 119
 120 ------------------------------------------------------------------------
 121 r832 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:47:20 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 2 lines
 122 Changed paths:
 123    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 124    M /trunk/samtools/bamtk.c
 125
 126 minor change to how seqQ is applied
 127
 128 ------------------------------------------------------------------------
 129 r831 | lh3lh3 | 2010-11-17 21:41:12 -0500 (Wed, 17 Nov 2010) | 3 lines
 130 Changed paths:
 131    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 132    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 133    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 134    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 135    M /trunk/samtools/bamtk.c
 136
 137  * samtools-0.1.10 (r831)
 138  * initial MNP caller
 139
 140 ------------------------------------------------------------------------
 141 r829 | lh3lh3 | 2010-11-16 23:14:15 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 142 Changed paths:
 143    M /trunk/samtools/ChangeLog
 144    M /trunk/samtools/NEWS
 145    M /trunk/samtools/bamtk.c
 146
 147 Release samtools-0.1.10 (r829)
 148
 149 ------------------------------------------------------------------------
 150 r828 | lh3lh3 | 2010-11-16 20:48:49 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 151 Changed paths:
 152    M /trunk/samtools/bamtk.c
 153
 154 update version information: samtools-0.1.9-20 (r828)
 155
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r827 | lh3lh3 | 2010-11-16 15:32:50 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 158 Changed paths:
 159    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 160
 161 bcftools: allow to skip indels
 162
 163 ------------------------------------------------------------------------
 164 r826 | lh3lh3 | 2010-11-16 14:11:58 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
 165 Changed paths:
 166    M /trunk/samtools/bam_md.c
 167
 168 remove ZQ if both BQ and ZQ are present
 169
 170 ------------------------------------------------------------------------
 171 r825 | lh3lh3 | 2010-11-16 13:51:33 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 3 lines
 172 Changed paths:
 173    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 174    M /trunk/samtools/bam_md.c
 175    M /trunk/samtools/bamtk.c
 176    M /trunk/samtools/samtools.1
 177
 178  * samtools-0.1.9-18 (r825)
 179  * change the behaviour of calmd such that by default it does not change the base quality
 180
 181 ------------------------------------------------------------------------
 182 r824 | lh3lh3 | 2010-11-15 23:31:53 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 4 lines
 183 Changed paths:
 184    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 185    M /trunk/samtools/bamtk.c
 186    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 187    M /trunk/samtools/samtools.1
 188
 189  * samtools-0.1.9-17 (r824)
 190  * added command line options to change the default parameters in indel calling
 191  * update the manual
 192
 193 ------------------------------------------------------------------------
 194 r823 | lh3lh3 | 2010-11-15 12:20:13 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
 195 Changed paths:
 196    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 197    M /trunk/samtools/bam_md.c
 198    M /trunk/samtools/bamtk.c
 199
 200  * samtools-0.1.9-r823
 201  * the BQ tag is now 64 shifted, not 33 shifted
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r822 | lh3lh3 | 2010-11-15 00:30:18 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
 205 Changed paths:
 206    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 207    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 208    M /trunk/samtools/bamtk.c
 209    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 210    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 211
 212  * samtools-0.1.9-16 (r822)
 213  * keep the raw depth because in indel calling, DP4 may be way off the true depth
 214
 215 ------------------------------------------------------------------------
 216 r821 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:18:31 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 4 lines
 217 Changed paths:
 218    M /trunk/samtools/bam_md.c
 219    M /trunk/samtools/bamtk.c
 220
 221  * samtools-0.1.9-15 (r821)
 222  * calmd: write BQ
 223  * skip realignment if BQ is present
 224
 225 ------------------------------------------------------------------------
 226 r820 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:08:26 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 3 lines
 227 Changed paths:
 228    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 229    M /trunk/samtools/bamtk.c
 230
 231  * samtools-0.1.9-14 (r820)
 232  * penalize reads with excessive differences in indel calling
 233
 234 ------------------------------------------------------------------------
 235 r819 | lh3lh3 | 2010-11-12 21:36:27 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
 236 Changed paths:
 237    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 238    M /trunk/samtools/bamtk.c
 239
 240  * samtools-0.1.9-13 (r819)
 241  * fixed a bug in pileup given refskip
 242
 243 ------------------------------------------------------------------------
 244 r818 | lh3lh3 | 2010-11-12 13:04:53 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
 245 Changed paths:
 246    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 247    M /trunk/samtools/bamtk.c
 248
 249  * samtools-r818
 250  * for indel calling, do two rounds of probabilistic realignments
 251
 252 ------------------------------------------------------------------------
 253 r817 | lh3lh3 | 2010-11-11 20:04:07 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 3 lines
 254 Changed paths:
 255    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 256    M /trunk/samtools/bamtk.c
 257    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 258
 259  * samtools-0.1.19-11 (r817)
 260  * only initiate indel calling when 0.2% of reads contain a gap
 261
 262 ------------------------------------------------------------------------
 263 r816 | lh3lh3 | 2010-11-11 01:22:59 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 7 lines
 264 Changed paths:
 265    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 266    M /trunk/samtools/bamtk.c
 267
 268  * samtools-0.1.9-10 (r816)
 269
 270  * I know why the forward method fails. it is because of zero base
 271    qualities. when that is fixed, the forward method seems to give
 272    better results than Viterbi, as it should be. I am tired...
 273
 274
 275 ------------------------------------------------------------------------
 276 r815 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:57:15 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 2 lines
 277 Changed paths:
 278    M /trunk/samtools/ChangeLog
 279    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 280
 281 effectively revert to the viterbi version. The forward realignment gives too many false positives.
 282
 283 ------------------------------------------------------------------------
 284 r814 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:18:02 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 4 lines
 285 Changed paths:
 286    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 287    M /trunk/samtools/bam_md.c
 288    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 289    M /trunk/samtools/bamtk.c
 290
 291  * samtools-0.1.9-9 (r810)
 292  * use forward, instead of viterbi, for realignment
 293  * realignment is now quality aware
 294
 295 ------------------------------------------------------------------------
 296 r813 | lh3lh3 | 2010-11-10 22:45:24 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 297 Changed paths:
 298    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 299    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 300    M /trunk/samtools/kprobaln.h
 301
 302  * prepare to replace kaln with kprobaln in realignment
 303
 304 ------------------------------------------------------------------------
 305 r812 | lh3lh3 | 2010-11-10 17:28:50 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 306 Changed paths:
 307    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 308
 309 fixed a typo
 310
 311 ------------------------------------------------------------------------
 312 r811 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:54:46 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 313 Changed paths:
 314    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 315    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 316
 317 use zlib for direct reading when BCF_LITE is in use
 318
 319 ------------------------------------------------------------------------
 320 r810 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:32:13 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 321 Changed paths:
 322    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 323
 324  * do not use reads containing too many mismatches for indel calling
 325  * fixed a trivial bug in case of multi-allelic indels
 326
 327 ------------------------------------------------------------------------
 328 r809 | lh3lh3 | 2010-11-10 13:23:02 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 329 Changed paths:
 330    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 331    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 332    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 333    M /trunk/samtools/bamtk.c
 334
 335  * samtools-0.1.9-8 (r809)
 336  * fixed a bug in the indel caller
 337
 338 ------------------------------------------------------------------------
 339 r808 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:24:10 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 340 Changed paths:
 341    M /trunk/samtools/Makefile
 342
 343 minor change to makefile
 344
 345 ------------------------------------------------------------------------
 346 r807 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:10:21 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 4 lines
 347 Changed paths:
 348    M /trunk/samtools/Makefile
 349    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 350    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 351    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 352    M /trunk/samtools/bamtk.c
 353    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 354
 355  * samtools-0.1.9-8 (r807)
 356  * collect indel candidates only from specified platforms (@RG-PL)
 357  * merge varFilter and filter4vcf in vcfutils.pl
 358
 359 ------------------------------------------------------------------------
 360 r806 | lh3lh3 | 2010-11-09 22:05:46 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 361 Changed paths:
 362    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 363    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 364    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 365
 366 bcftools: compute equal-tail (Bayesian) credible interval
 367
 368 ------------------------------------------------------------------------
 369 r805 | lh3lh3 | 2010-11-09 16:28:39 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 370 Changed paths:
 371    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 372
 373 added a double-hit filter to avoid overestimated indel likelihood
 374
 375 ------------------------------------------------------------------------
 376 r804 | lh3lh3 | 2010-11-09 14:12:06 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 3 lines
 377 Changed paths:
 378    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 379    M /trunk/samtools/bamtk.c
 380
 381  * samtools-0.1.9-7 (r804)
 382  * fixed a bug in the gap caller
 383
 384 ------------------------------------------------------------------------
 385 r803 | lh3lh3 | 2010-11-09 10:45:33 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 4 lines
 386 Changed paths:
 387    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 388    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 389    M /trunk/samtools/bamtk.c
 390    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 391    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 392    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 393
 394  * samtools-0.1.9-6 (r803)
 395  * mpileup: apply homopolymer correction when calculating GL, instead of before
 396  * bcftools: apply a different prior to indels
 397
 398 ------------------------------------------------------------------------
 399 r802 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:53:15 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 400 Changed paths:
 401    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 402    M /trunk/samtools/bamtk.c
 403
 404  * samtools-0.1.9-5 (r802)
 405  * relax tandem penalty. this will be made a command-line option in future.
 406
 407 ------------------------------------------------------------------------
 408 r801 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:35:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 409 Changed paths:
 410    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 411    M /trunk/samtools/bamtk.c
 412
 413  * samtools-0.1.9-4 (r801)
 414  * fixed a minor issue in printing indel VCF
 415
 416 ------------------------------------------------------------------------
 417 r800 | lh3lh3 | 2010-11-08 15:28:14 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 418 Changed paths:
 419    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 420    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 421
 422 fixed another silly bug in mpileup's indel caller
 423
 424 ------------------------------------------------------------------------
 425 r799 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:28:27 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 426 Changed paths:
 427    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 428
 429 fixed a silly bug in the indel caller
 430
 431 ------------------------------------------------------------------------
 432 r798 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:07:33 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 433 Changed paths:
 434    M /trunk/samtools/ChangeLog
 435    M /trunk/samtools/sam_view.c
 436    M /trunk/samtools/samtools.1
 437
 438 Incorporate patches by Marcel Martin for read counting.
 439
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r797 | lh3lh3 | 2010-11-08 13:39:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 442 Changed paths:
 443    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 444    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 445    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 446    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 447    M /trunk/samtools/bamtk.c
 448
 449  * samtools-0.1.9-2 (r797)
 450  * mpileup: indel calling seems to be working
 451
 452 ------------------------------------------------------------------------
 453 r796 | lh3lh3 | 2010-11-08 10:54:46 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 454 Changed paths:
 455    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 456    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 457    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 458    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 459    M /trunk/samtools/kaln.c
 460
 461 indel calling is apparently working, but more information needs to be collected
 462
 463 ------------------------------------------------------------------------
 464 r795 | lh3lh3 | 2010-11-08 00:39:18 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 465 Changed paths:
 466    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 467    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 468
 469 fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.
 470
 471 ------------------------------------------------------------------------
 472 r794 | lh3lh3 | 2010-11-07 22:23:16 -0500 (Sun, 07 Nov 2010) | 2 lines
 473 Changed paths:
 474    M /trunk/samtools/Makefile
 475    M /trunk/samtools/bam.h
 476    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 477    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 478    A /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 479    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 480    M /trunk/samtools/kaln.c
 481    M /trunk/samtools/kaln.h
 482
 483 prepare for the indel caller. It is not ready yet.
 484
 485 ------------------------------------------------------------------------
 486 r793 | lh3lh3 | 2010-11-05 11:28:23 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 2 lines
 487 Changed paths:
 488    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 489    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 490    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 491
 492 Revert to r790. The recent changes are not good...
 493
 494 ------------------------------------------------------------------------
 495 r792 | lh3lh3 | 2010-11-05 00:19:14 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 6 lines
 496 Changed paths:
 497    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 498    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 499    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 500
 501  * this revision is UNSTABLE
 502
 503  * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
 504    several things I do not quite understand.
 505
 506
 507 ------------------------------------------------------------------------
 508 r791 | lh3lh3 | 2010-11-04 22:58:43 -0400 (Thu, 04 Nov 2010) | 2 lines
 509 Changed paths:
 510    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 511    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 512    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 513
 514 for backup. no effective changes
 515
 516 ------------------------------------------------------------------------
 517 r790 | lh3lh3 | 2010-11-03 15:51:24 -0400 (Wed, 03 Nov 2010) | 2 lines
 518 Changed paths:
 519    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 520    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 521
 522 fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c
 523
 524 ------------------------------------------------------------------------
 525 r789 | lh3lh3 | 2010-11-02 15:41:27 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 4 lines
 526 Changed paths:
 527    M /trunk/samtools/Makefile
 528    M /trunk/samtools/bam_md.c
 529    M /trunk/samtools/kaln.c
 530    M /trunk/samtools/kaln.h
 531    A /trunk/samtools/kprobaln.c
 532    A /trunk/samtools/kprobaln.h
 533
 534 Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
 535 present, the results should be identical to the previous.
 536
 537
 538 ------------------------------------------------------------------------
 539 r788 | petulda | 2010-11-02 12:19:04 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 1 line
 540 Changed paths:
 541    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 542
 543 Added -b option: read file names from a file
 544 ------------------------------------------------------------------------
 545 r787 | lh3lh3 | 2010-10-29 23:17:22 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 7 lines
 546 Changed paths:
 547    M /trunk/samtools/bam.h
 548    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 549    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 550    M /trunk/samtools/bamtk.c
 551
 552  * samtools-0.1.9-2 (r787)
 553
 554  * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
 555    BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
 556    improved.
 557
 558
 559 ------------------------------------------------------------------------
 560 r786 | lh3lh3 | 2010-10-29 12:10:40 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 3 lines
 561 Changed paths:
 562    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 563    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 564    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 565    M /trunk/samtools/bamtk.c
 566    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 567    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 568
 569  * samtools-0.1.9-1 (r786)
 570  * samtools: optionally perform exact test for each sample
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r785 | lh3lh3 | 2010-10-29 09:42:25 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 2 lines
 574 Changed paths:
 575    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 576    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 577    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 578    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 579
 580 Optionally output "DP", the individual read depth
 581
 582 ------------------------------------------------------------------------
 583 r784 | lh3lh3 | 2010-10-27 23:10:27 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 584 Changed paths:
 585    M /trunk/samtools/samtools.1
 586
 587 acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.
 588
 589 ------------------------------------------------------------------------
 590 r783 | lh3lh3 | 2010-10-27 22:47:47 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 591 Changed paths:
 592    M /trunk/samtools/ChangeLog
 593    M /trunk/samtools/NEWS
 594    M /trunk/samtools/bamtk.c
 595    M /trunk/samtools/samtools.1
 596
 597 Release samtools-0.1.9 (r783)
 598
 599 ------------------------------------------------------------------------
 600 r782 | lh3lh3 | 2010-10-27 19:58:54 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 601 Changed paths:
 602    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 603
 604 fixed a silly bug in pileup
 605
 606 ------------------------------------------------------------------------
 607 r781 | lh3lh3 | 2010-10-27 14:39:48 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 5 lines
 608 Changed paths:
 609    M /trunk/samtools/ChangeLog
 610    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 611    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 612    M /trunk/samtools/bamtk.c
 613    M /trunk/samtools/samtools.1
 614
 615  * samtools-0.1.8-22 (r781)
 616  * made BAQ the default behavior of mpileup
 617  * updated manual
 618  * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.
 619
 620 ------------------------------------------------------------------------
 621 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 622 Changed paths:
 623    M /trunk/samtools/bam.h
 624    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 625    M /trunk/samtools/bamtk.c
 626
 627  * samtools-0.1.8-21 (r780)
 628  * minor speedup to pileup
 629
 630 ------------------------------------------------------------------------
 631 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 632 Changed paths:
 633    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 634    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 635    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 636
 637 improve pileup a little bit
 638
 639 ------------------------------------------------------------------------
 640 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 641 Changed paths:
 642    M /trunk/samtools/bam.h
 643    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 644    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 645    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 646    M /trunk/samtools/bamtk.c
 647
 648  * samtools-0.1.8-20 (r778)
 649  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
 650
 651 ------------------------------------------------------------------------
 652 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
 653 Changed paths:
 654    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 655    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 656    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 657    M /trunk/samtools/bamtk.c
 658    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 659
 660  * samtools-0.1.8-19 (r777)
 661  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
 662
 663 ------------------------------------------------------------------------
 664 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
 665 Changed paths:
 666    M /trunk/samtools/bam_md.c
 667
 668 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
 669
 670 ------------------------------------------------------------------------
 671 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
 672 Changed paths:
 673    M /trunk/samtools/sam_view.c
 674
 675 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
 676 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
 677
 678 ------------------------------------------------------------------------
 679 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
 680 Changed paths:
 681    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 682    M /trunk/samtools/kaln.c
 683
 684  * Minor code changes. No real effect.
 685  * change quality to 30 in toy.sam
 686
 687 ------------------------------------------------------------------------
 688 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
 689 Changed paths:
 690    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
 691    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 692
 693 added another toy example
 694
 695 ------------------------------------------------------------------------
 696 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
 697 Changed paths:
 698    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 699    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 700    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 701
 702 improve the LD statistics
 703
 704 ------------------------------------------------------------------------
 705 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
 706 Changed paths:
 707    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 708    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 709
 710  * a minor fix to the -L option
 711  * add ldstats to vcfutils.pl
 712
 713 ------------------------------------------------------------------------
 714 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 715 Changed paths:
 716    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 717
 718 a minor change
 719
 720 ------------------------------------------------------------------------
 721 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 722 Changed paths:
 723    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 724    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 725
 726 forget to add the key file
 727
 728 ------------------------------------------------------------------------
 729 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
 730 Changed paths:
 731    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 732    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 733    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 734    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 735    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 736    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 737
 738  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 739  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 740  * calculate adjacent LD
 741
 742 ------------------------------------------------------------------------
 743 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
 744 Changed paths:
 745    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 746
 747 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
 748
 749 ------------------------------------------------------------------------
 750 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
 751 Changed paths:
 752    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 753    M /trunk/samtools/kaln.c
 754
 755  * removed a comment line in kaln.c
 756  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
 757
 758 ------------------------------------------------------------------------
 759 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
 760 Changed paths:
 761    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
 762
 763 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
 764 ------------------------------------------------------------------------
 765 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
 766 Changed paths:
 767    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 768    M /trunk/samtools/bamtk.c
 769    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
 770    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 771    M /trunk/samtools/samtools.1
 772
 773  * samtools-0.1.8-18 (r763)
 774  * added bcftools manual page
 775  * minor fix to mpileup and view command lines
 776
 777 ------------------------------------------------------------------------
 778 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
 779 Changed paths:
 780    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 781    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 782    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 783
 784  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 785  * allow to call genotypes at variant sites
 786
 787 ------------------------------------------------------------------------
 788 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
 789 Changed paths:
 790    M /trunk/samtools/kaln.c
 791    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 792
 793 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
 794 being conservative here is a good thing...
 795
 796 ------------------------------------------------------------------------
 797 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
 798 Changed paths:
 799    M /trunk/samtools/bamtk.c
 800    M /trunk/samtools/kaln.c
 801    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 802
 803  * samtools-0.1.8-17 (r760)
 804  * the default gap open penalty is too small (a typo)
 805  * added comments on hmm_realn
 806  * Java implementation
 807
 808 ------------------------------------------------------------------------
 809 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 810 Changed paths:
 811    M /trunk/samtools/bamtk.c
 812
 813 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
 814
 815 ------------------------------------------------------------------------
 816 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 817 Changed paths:
 818    M /trunk/samtools/kaln.c
 819
 820 round to the nearest integer
 821
 822 ------------------------------------------------------------------------
 823 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
 824 Changed paths:
 825    M /trunk/samtools/kaln.c
 826
 827 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
 828 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
 829 multiplication. OK. I will stop.
 830
 831 ------------------------------------------------------------------------
 832 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 833 Changed paths:
 834    M /trunk/samtools/kaln.c
 835
 836 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
 837
 838 ------------------------------------------------------------------------
 839 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 840 Changed paths:
 841    M /trunk/samtools/kaln.c
 842
 843 minor changes
 844
 845 ------------------------------------------------------------------------
 846 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 847 Changed paths:
 848    M /trunk/samtools/bam_md.c
 849    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 850    M /trunk/samtools/kaln.c
 851
 852 prob_realn() seems working!
 853
 854 ------------------------------------------------------------------------
 855 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 856 Changed paths:
 857    M /trunk/samtools/kaln.c
 858
 859 minor
 860
 861 ------------------------------------------------------------------------
 862 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 863 Changed paths:
 864    M /trunk/samtools/kaln.c
 865    M /trunk/samtools/kaln.h
 866
 867 Convert phredQ to probabilities
 868
 869 ------------------------------------------------------------------------
 870 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 871 Changed paths:
 872    M /trunk/samtools/kaln.c
 873    M /trunk/samtools/kaln.h
 874
 875 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
 876
 877 ------------------------------------------------------------------------
 878 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 879 Changed paths:
 880    M /trunk/samtools/kaln.c
 881
 882 improve numerical stability
 883
 884 ------------------------------------------------------------------------
 885 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 886 Changed paths:
 887    M /trunk/samtools/kaln.c
 888
 889 more comments
 890
 891 ------------------------------------------------------------------------
 892 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 893 Changed paths:
 894    M /trunk/samtools/kaln.c
 895
 896 fixed a bug in banded DP
 897
 898 ------------------------------------------------------------------------
 899 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
 900 Changed paths:
 901    M /trunk/samtools/kaln.c
 902
 903  * fixed that weird issue.
 904  * the banded version is NOT working
 905
 906 ------------------------------------------------------------------------
 907 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 908 Changed paths:
 909    M /trunk/samtools/kaln.c
 910
 911 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
 912
 913 ------------------------------------------------------------------------
 914 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 915 Changed paths:
 916    M /trunk/samtools/kaln.c
 917
 918 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
 919 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
 920 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
 921 the implementation may not be obvious.
 922
 923
 924 ------------------------------------------------------------------------
 925 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 926 Changed paths:
 927    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 928    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 929    M /trunk/samtools/kaln.c
 930    M /trunk/samtools/kaln.h
 931
 932 ...
 933
 934 ------------------------------------------------------------------------
 935 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 936 Changed paths:
 937    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 938
 939 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
 940 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
 941
 942 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
 943 to samtools merge's exit status.
 944
 945 ------------------------------------------------------------------------
 946 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
 947 Changed paths:
 948    M /trunk/samtools/bam_index.c
 949
 950 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
 951 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
 952 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
 953 call, so the cost is insignificant in the normal case.
 954
 955 ------------------------------------------------------------------------
 956 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
 957 Changed paths:
 958    M /trunk/samtools/bam.c
 959    M /trunk/samtools/bam.h
 960
 961 Add bam_validate1().
 962
 963 ------------------------------------------------------------------------
 964 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 965 Changed paths:
 966    M /trunk/samtools/bam_md.c
 967    M /trunk/samtools/bamtk.c
 968
 969  * samtools-0.1.8-15 (r379)
 970  * allow to change capQ parameter in calmd
 971
 972 ------------------------------------------------------------------------
 973 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
 974 Changed paths:
 975    M /trunk/samtools/bam_index.c
 976    M /trunk/samtools/sam_view.c
 977
 978 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
 979 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
 980 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
 981 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
 982 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
 983 returned) indicates corrupted input.
 984
 985 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
 986
 987 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
 988 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
 989 to the .bam file it is being used with.
 990
 991 ------------------------------------------------------------------------
 992 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 993 Changed paths:
 994    M /trunk/samtools/bam_index.c
 995
 996 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
 997 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
 998
 999 ------------------------------------------------------------------------
1000 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
1001 Changed paths:
1002    M /trunk/samtools/bam.h
1003    M /trunk/samtools/bam_index.c
1004    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1005
1006  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
1007
1008 ------------------------------------------------------------------------
1009 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
1010 Changed paths:
1011    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1012
1013 improve qstats by checking the alleles as well
1014
1015 ------------------------------------------------------------------------
1016 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
1017 Changed paths:
1018    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1019
1020 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
1021
1022 ------------------------------------------------------------------------
1023 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
1024 Changed paths:
1025    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1026
1027 hapmap2vcf convertor
1028
1029 ------------------------------------------------------------------------
1030 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
1031 Changed paths:
1032    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1033    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1034    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1035    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1036
1037  * added comments
1038  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
1039
1040 ------------------------------------------------------------------------
1041 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
1042 Changed paths:
1043    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1044    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1045    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1046    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1047    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1048    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1049
1050  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
1051
1052 ------------------------------------------------------------------------
1053 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
1054 Changed paths:
1055    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1056    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1057    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1058
1059 fixed a bug in indexing
1060
1061 ------------------------------------------------------------------------
1062 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1063 Changed paths:
1064    M /trunk/samtools/bam.c
1065    M /trunk/samtools/bam_md.c
1066    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1067
1068  * fixed a bug in capQ
1069  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
1070
1071 ------------------------------------------------------------------------
1072 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1073 Changed paths:
1074    M /trunk/samtools/bgzip.c
1075    M /trunk/samtools/razip.c
1076
1077  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
1078  * copy tabix/bgzip to here
1079
1080 ------------------------------------------------------------------------
1081 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
1082 Changed paths:
1083    M /trunk/samtools/bam_md.c
1084    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1085    M /trunk/samtools/bamtk.c
1086
1087  * samtools-0.1.8-14 (r727)
1088  * allow to change the capQ parameter at the command line
1089
1090 ------------------------------------------------------------------------
1091 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
1092 Changed paths:
1093    M /trunk/samtools/bam_md.c
1094    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1095    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1096    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
1097
1098  * added varFilter to vcfutils.pl
1099  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
1100  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
1101
1102 ------------------------------------------------------------------------
1103 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
1104 Changed paths:
1105    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1106    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
1107    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1108
1109  * convert BCF to QCALL input
1110
1111 ------------------------------------------------------------------------
1112 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1113 Changed paths:
1114    M /trunk/samtools/bam_md.c
1115
1116 dynamic band width in realignment
1117
1118 ------------------------------------------------------------------------
1119 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1120 Changed paths:
1121    M /trunk/samtools/bam_md.c
1122    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1123
1124 fixed a bug in realignment
1125
1126 ------------------------------------------------------------------------
1127 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1128 Changed paths:
1129    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1130
1131 fixed a minor issue
1132
1133 ------------------------------------------------------------------------
1134 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1135 Changed paths:
1136    M /trunk/samtools/Makefile
1137    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1138    M /trunk/samtools/bam_md.c
1139
1140 fixed a bug in realignment
1141
1142 ------------------------------------------------------------------------
1143 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1144 Changed paths:
1145    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1146
1147 minor changes. It is BUGGY now!
1148
1149 ------------------------------------------------------------------------
1150 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
1151 Changed paths:
1152    M /trunk/samtools/bam_md.c
1153    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1154    M /trunk/samtools/kaln.c
1155    M /trunk/samtools/kaln.h
1156
1157  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
1158  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
1159  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
1160
1161 ------------------------------------------------------------------------
1162 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1163 Changed paths:
1164    M /trunk/samtools
1165
1166 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
1167
1168 ------------------------------------------------------------------------
1169 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
1170 Changed paths:
1171    M /trunk/samtools
1172    M /trunk/samtools/bcftools
1173    M /trunk/samtools/misc
1174
1175 Add svn:ignore properties listing the generated files.
1176 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
1177
1178 ------------------------------------------------------------------------
1179 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
1180 Changed paths:
1181    M /trunk/samtools/bamtk.c
1182    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1183    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1184    M /trunk/samtools/sample.c
1185    M /trunk/samtools/sample.h
1186
1187  * samtools-0.1.8-13 (r715)
1188  * fixed a bug in identifying SM across files
1189  * bcftools: estimate heterozygosity
1190  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
1191
1192 ------------------------------------------------------------------------
1193 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
1194 Changed paths:
1195    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1196    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1197    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1198    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1199
1200 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
1201
1202 ------------------------------------------------------------------------
1203 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
1204 Changed paths:
1205    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1206    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1207    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1208    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1209
1210  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
1211  * fixed a bug in the contrast caller
1212  * calculate heterozygosity
1213
1214 ------------------------------------------------------------------------
1215 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1216 Changed paths:
1217    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1218    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1219    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1220
1221 SNP calling from the GL field
1222
1223 ------------------------------------------------------------------------
1224 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1225 Changed paths:
1226    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1227
1228 fixed another problem
1229
1230 ------------------------------------------------------------------------
1231 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
1232 Changed paths:
1233    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1234    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1235
1236  * fixed bugs in parsing VCF
1237  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
1238
1239 ------------------------------------------------------------------------
1240 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1241 Changed paths:
1242    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1243    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1244
1245 Do not compile _BCF_QUAD by default
1246
1247 ------------------------------------------------------------------------
1248 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1249 Changed paths:
1250    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1251    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1252    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1253    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1254
1255 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
1256
1257 ------------------------------------------------------------------------
1258 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1259 Changed paths:
1260    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1261
1262 more commands for my own uses
1263
1264 ------------------------------------------------------------------------
1265 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1266 Changed paths:
1267    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1268
1269 Utilities for processing VCF
1270
1271 ------------------------------------------------------------------------
1272 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1273 Changed paths:
1274    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1275    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1276    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1277    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1278
1279 preliminary contrast variant caller
1280
1281 ------------------------------------------------------------------------
1282 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1283 Changed paths:
1284    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1285    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1286    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1287
1288 z' and z'' can be calculated
1289
1290 ------------------------------------------------------------------------
1291 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
1292 Changed paths:
1293    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1294    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
1295    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1296    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1297
1298  * rename vcfout.c as call1.c
1299  * prepare to add two-sample comparison
1300
1301 ------------------------------------------------------------------------
1302 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1303 Changed paths:
1304    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1305
1306 fixed a bug in calculating the t statistics
1307
1308 ------------------------------------------------------------------------
1309 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
1310 Changed paths:
1311    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1312    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1313    M /trunk/samtools/bamtk.c
1314    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1315    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1316
1317  * samtools-0.1.8-13 (r698)
1318  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
1319
1320 ------------------------------------------------------------------------
1321 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1322 Changed paths:
1323    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1324
1325 added regularized incomplete beta function
1326
1327 ------------------------------------------------------------------------
1328 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1329 Changed paths:
1330    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1331    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1332
1333 change the default correlation coefficient
1334
1335 ------------------------------------------------------------------------
1336 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1337 Changed paths:
1338    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1339    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1340
1341 print QUAL as floating numbers
1342
1343 ------------------------------------------------------------------------
1344 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1345 Changed paths:
1346    M /trunk/samtools/Makefile
1347    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1348    M /trunk/samtools/bamtk.c
1349    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1350    A /trunk/samtools/sample.c
1351    A /trunk/samtools/sample.h
1352
1353  * samtools-0.1.8-12 (r692)
1354  * group data by samples in "mpileup -g"
1355
1356 ------------------------------------------------------------------------
1357 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1358 Changed paths:
1359    M /trunk/samtools/Makefile
1360    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
1361    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
1362    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1363
1364 remove VCF output in mpileup
1365
1366 ------------------------------------------------------------------------
1367 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1368 Changed paths:
1369    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1370    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1371
1372  * use the revised MAQ error model for mpileup
1373  * prepare to remove the independent model from mpileup
1374
1375 ------------------------------------------------------------------------
1376 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
1377 Changed paths:
1378    M /trunk/samtools/Makefile
1379    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1380    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1381    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1382    A /trunk/samtools/errmod.c
1383    A /trunk/samtools/errmod.h
1384    M /trunk/samtools/ksort.h
1385
1386 added revised MAQ error model
1387
1388 ------------------------------------------------------------------------
1389 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
1390 Changed paths:
1391    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1392    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1393    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1394
1395 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
1396
1397 ------------------------------------------------------------------------
1398 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
1399 Changed paths:
1400    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1401    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1402
1403  * write a little more VCF header
1404  * concatenate BCFs
1405
1406 ------------------------------------------------------------------------
1407 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
1408 Changed paths:
1409    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1410    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1411    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1412
1413 use float for QUAL
1414
1415 ------------------------------------------------------------------------
1416 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
1417 Changed paths:
1418    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1419    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1420
1421 faster for large sample size (in principle)
1422
1423 ------------------------------------------------------------------------
1424 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
1425 Changed paths:
1426    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1427
1428  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
1429  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
1430  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
1431
1432 ------------------------------------------------------------------------
1433 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
1434 Changed paths:
1435    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1436
1437 fixed an issue in parsing integer
1438
1439 ------------------------------------------------------------------------
1440 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1441 Changed paths:
1442    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1443
1444 do not print refname if file is converted from VCF
1445
1446 ------------------------------------------------------------------------
1447 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
1448 Changed paths:
1449    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1450
1451  * parse PL
1452  * fixed a bug in parsing VCF
1453
1454 ------------------------------------------------------------------------
1455 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1456 Changed paths:
1457    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1458    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1459    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1460    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1461    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1462    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1463    M /trunk/samtools/bgzf.c
1464    M /trunk/samtools/kstring.c
1465
1466  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
1467  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
1468  * improved view interface
1469
1470 ------------------------------------------------------------------------
1471 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1472 Changed paths:
1473    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1474    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1475    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1476    M /trunk/samtools/kstring.c
1477    M /trunk/samtools/kstring.h
1478
1479  * improved kstring (added kstrtok)
1480  * removed the limit on the format string length in bcftools
1481  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
1482
1483 ------------------------------------------------------------------------
1484 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1485 Changed paths:
1486    A /trunk/samtools/bcftools/README
1487    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1488
1489 help messages
1490
1491 ------------------------------------------------------------------------
1492 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1493 Changed paths:
1494    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1495
1496 perform single-tail test for ED4
1497
1498 ------------------------------------------------------------------------
1499 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1500 Changed paths:
1501    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1502    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1503    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1504
1505  * test depth, end distance and HWE
1506
1507 ------------------------------------------------------------------------
1508 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1509 Changed paths:
1510    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1511
1512 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
1513
1514 ------------------------------------------------------------------------
1515 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1516 Changed paths:
1517    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1518    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1519    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1520    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1521    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1522    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1523
1524  * bcftools: add HWE (no testing for now)
1525  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
1526
1527 ------------------------------------------------------------------------
1528 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1529 Changed paths:
1530    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1531
1532  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
1533  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
1534
1535 ------------------------------------------------------------------------
1536 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1537 Changed paths:
1538    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1539
1540 Fisher's exact test
1541
1542 ------------------------------------------------------------------------
1543 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1544 Changed paths:
1545    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1546    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1547    M /trunk/samtools/bamtk.c
1548    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1549
1550  * samtools-0.1.8-11 (r672)
1551  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
1552
1553 ------------------------------------------------------------------------
1554 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1555 Changed paths:
1556    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1557    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1558    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1559
1560  * the code base is stablized again.
1561  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
1562
1563 ------------------------------------------------------------------------
1564 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1565 Changed paths:
1566    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1567
1568 minor
1569
1570 ------------------------------------------------------------------------
1571 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1572 Changed paths:
1573    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1574
1575 unfinished vcf parser
1576
1577 ------------------------------------------------------------------------
1578 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1579 Changed paths:
1580    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1581    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1582    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1583    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1584    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1585    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1586    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1587    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1588
1589  * added prelimiary VCF parser (not finished)
1590  * change struct a bit
1591
1592 ------------------------------------------------------------------------
1593 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1594 Changed paths:
1595    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1596    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1597    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1598    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1599
1600  * allow to set min base q
1601  * fixed a bug in mpileup -u
1602
1603 ------------------------------------------------------------------------
1604 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1605 Changed paths:
1606    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1607
1608 spec
1609
1610 ------------------------------------------------------------------------
1611 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1612 Changed paths:
1613    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1614
1615 added more examples
1616
1617 ------------------------------------------------------------------------
1618 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1619 Changed paths:
1620    M /trunk/samtools/Makefile
1621    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1622    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1623    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1624
1625 fixed compilation error
1626
1627 ------------------------------------------------------------------------
1628 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1629 Changed paths:
1630    M /trunk/samtools/Makefile
1631    D /trunk/samtools/bcf.c
1632    D /trunk/samtools/bcf.h
1633    A /trunk/samtools/bcftools
1634    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1635    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1636    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1637    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1638    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1639    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1640    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1641    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1642    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1643
1644 move bcftools to samtools
1645
1646 ------------------------------------------------------------------------
1647 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1648 Changed paths:
1649    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1650
1651 fixed another minor bug
1652
1653 ------------------------------------------------------------------------
1654 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1655 Changed paths:
1656    M /trunk/samtools/bamtk.c
1657    M /trunk/samtools/bcf.c
1658
1659  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1660  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1661
1662 ------------------------------------------------------------------------
1663 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1664 Changed paths:
1665    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1666    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1667
1668  * fixed a bug
1669  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1670
1671 ------------------------------------------------------------------------
1672 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1673 Changed paths:
1674    M /trunk/bcftools/bcf.c
1675    M /trunk/samtools/bcf.c
1676
1677 missing a column in VCF output...
1678
1679 ------------------------------------------------------------------------
1680 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1681 Changed paths:
1682    M /trunk/samtools/bcf.c
1683
1684 fixed a memory leak
1685
1686 ------------------------------------------------------------------------
1687 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1688 Changed paths:
1689    M /trunk/samtools/bcf.c
1690
1691 fixed a bug in bcf reader
1692
1693 ------------------------------------------------------------------------
1694 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1695 Changed paths:
1696    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1697
1698 fixed a bug
1699
1700 ------------------------------------------------------------------------
1701 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
1702 Changed paths:
1703    M /trunk/samtools/Makefile
1704    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1705    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1706    M /trunk/samtools/bamtk.c
1707
1708  * samtools-0.1.8-9 (r649)
1709  * lossless representation of PL in BCF output
1710
1711 ------------------------------------------------------------------------
1712 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1713 Changed paths:
1714    M /trunk/samtools/Makefile
1715    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
1716    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
1717    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1718    A /trunk/samtools/bcf.c
1719    A /trunk/samtools/bcf.h
1720
1721 Generate binary VCF
1722
1723 ------------------------------------------------------------------------
1724 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
1725 Changed paths:
1726    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1727    M /trunk/samtools/bamtk.c
1728
1729  * samtools-0.1.8-8 (r644)
1730  * mpileup becomes a little stable again
1731  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
1732  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
1733
1734 ------------------------------------------------------------------------
1735 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
1736 Changed paths:
1737    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1738
1739  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
1740  * I am going to clean up mcns a little bit
1741
1742 ------------------------------------------------------------------------
1743 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1744 Changed paths:
1745    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1746    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1747    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1748
1749 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
1750
1751 ------------------------------------------------------------------------
1752 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1753 Changed paths:
1754    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1755
1756 NOT ready yet. Going to make further changes...
1757
1758 ------------------------------------------------------------------------
1759 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
1760 Changed paths:
1761    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1762    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1763    M /trunk/samtools/bamtk.c
1764
1765  * samtools-0.1.8-7 (r639)
1766  * fixed the reference allele assignment
1767
1768 ------------------------------------------------------------------------
1769 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
1770 Changed paths:
1771    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1772    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1773    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1774    M /trunk/samtools/bamtk.c
1775
1776  * samtools-0.1.8-6 (r638)
1777  * skip isnan/isinf in case of float underflow
1778  * added the flat prior
1779  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
1780
1781 ------------------------------------------------------------------------
1782 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1783 Changed paths:
1784    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1785
1786 minor changes
1787
1788 ------------------------------------------------------------------------
1789 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1790 Changed paths:
1791    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1792    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1793    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1794    M /trunk/samtools/bamtk.c
1795
1796 minor tweaks
1797
1798 ------------------------------------------------------------------------
1799 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1800 Changed paths:
1801    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1802    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1803    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1804
1805 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
1806
1807 ------------------------------------------------------------------------
1808 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1809 Changed paths:
1810    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1811
1812 another minor fix to mpileup
1813
1814 ------------------------------------------------------------------------
1815 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1816 Changed paths:
1817    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1818
1819 added the format column
1820
1821 ------------------------------------------------------------------------
1822 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1823 Changed paths:
1824    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1825    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1826    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1827    M /trunk/samtools/bamtk.c
1828
1829 added an alternative prior
1830
1831 ------------------------------------------------------------------------
1832 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1833 Changed paths:
1834    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1835    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1836    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1837
1838 calculate posterior allele frequency
1839
1840 ------------------------------------------------------------------------
1841 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1842 Changed paths:
1843    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1844    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1845    M /trunk/samtools/bamtk.c
1846
1847  * samtools-0.1.8-3 (r627)
1848  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
1849
1850 ------------------------------------------------------------------------
1851 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1852 Changed paths:
1853    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1854    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1855    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1856    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1857
1858  * preliminary multisample SNP caller.
1859  * something looks not so right, but it largely works
1860
1861 ------------------------------------------------------------------------
1862 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1863 Changed paths:
1864    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1865    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1866    M /trunk/samtools/bamtk.c
1867
1868  * samtools-0.1.8-2 (r617)
1869  * allele frequency calculation apparently works...
1870
1871 ------------------------------------------------------------------------
1872 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1873 Changed paths:
1874    M /trunk/samtools/Makefile
1875    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
1876    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
1877    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1878
1879  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
1880  * improved the mpileup interface
1881
1882 ------------------------------------------------------------------------
1883 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
1884 Changed paths:
1885    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1886    M /trunk/samtools/bamtk.c
1887    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1888
1889  * samtools-0.1.8-1 (r615)
1890  * allow to get mpileup at required sites
1891
1892 ------------------------------------------------------------------------
1893 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1894 Changed paths:
1895    M /trunk/samtools/ChangeLog
1896    M /trunk/samtools/NEWS
1897    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1898    M /trunk/samtools/bamtk.c
1899    M /trunk/samtools/samtools.1
1900
1901 Release samtools-0.1.8
1902
1903 ------------------------------------------------------------------------
1904 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1905 Changed paths:
1906    M /trunk/samtools/knetfile.c
1907
1908 fixed a compiling issue for Windows
1909
1910 ------------------------------------------------------------------------
1911 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1912 Changed paths:
1913    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1914
1915 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
1916
1917 ------------------------------------------------------------------------
1918 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1919 Changed paths:
1920    M /trunk/samtools/NEWS
1921    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1922
1923 change the command line option of pileup
1924
1925 ------------------------------------------------------------------------
1926 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1927 Changed paths:
1928    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1929    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
1930    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
1931
1932 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
1933
1934 ------------------------------------------------------------------------
1935 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
1936 Changed paths:
1937    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1938    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1939    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1940    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1941
1942  * make tview more friendly
1943  * a temporary remedy for an issue in indel calling
1944
1945 ------------------------------------------------------------------------
1946 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1947 Changed paths:
1948    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1949    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1950    M /trunk/samtools/bamtk.c
1951
1952  * samtools-0.1.7-r607
1953  * improved the genotype accuracy for indels
1954  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
1955
1956 ------------------------------------------------------------------------
1957 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
1958 Changed paths:
1959    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1960
1961 removed a debugging example
1962
1963 ------------------------------------------------------------------------
1964 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1965 Changed paths:
1966    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1967    M /trunk/samtools/bamtk.c
1968
1969  * samtools-.1.7-18 (r605)
1970  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
1971    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
1972
1973 ------------------------------------------------------------------------
1974 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
1975 Changed paths:
1976    M /trunk/samtools/bam.h
1977    M /trunk/samtools/bam_index.c
1978    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1979
1980 fixed a minor bug in idxstats
1981
1982 ------------------------------------------------------------------------
1983 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
1984 Changed paths:
1985    M /trunk/samtools/bam_index.c
1986
1987 fixed a minor bug in indexing
1988
1989 ------------------------------------------------------------------------
1990 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
1991 Changed paths:
1992    M /trunk/samtools/ChangeLog
1993    M /trunk/samtools/bam.c
1994
1995 change printf() to puts in exporting
1996
1997 ------------------------------------------------------------------------
1998 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1999 Changed paths:
2000    M /trunk/samtools/bamtk.c
2001
2002 minor fix. No actual effect.
2003
2004 ------------------------------------------------------------------------
2005 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
2006 Changed paths:
2007    M /trunk/samtools/Makefile
2008
2009 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
2010
2011 ------------------------------------------------------------------------
2012 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
2013 Changed paths:
2014    M /trunk/samtools/ChangeLog
2015    M /trunk/samtools/bam_index.c
2016    M /trunk/samtools/bamtk.c
2017
2018  * samtools-0.1.7-17 (r596)
2019  * also keep the number of coor-less reads in the index file
2020
2021 ------------------------------------------------------------------------
2022 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
2023 Changed paths:
2024    M /trunk/samtools/bam_index.c
2025    M /trunk/samtools/bamtk.c
2026
2027  * samtools-0.1.7-16 (r595)
2028  * write additional information to bam index
2029
2030 ------------------------------------------------------------------------
2031 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
2032 Changed paths:
2033    M /trunk/samtools/bam_index.c
2034
2035 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
2036
2037 ------------------------------------------------------------------------
2038 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
2039 Changed paths:
2040    M /trunk/samtools/bam.h
2041    M /trunk/samtools/bam_index.c
2042    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2043    M /trunk/samtools/samtools.1
2044
2045 rename iterf as iter
2046
2047 ------------------------------------------------------------------------
2048 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
2049 Changed paths:
2050    M /trunk/samtools/ChangeLog
2051    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2052    M /trunk/samtools/bam_index.c
2053    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2054    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2055    M /trunk/samtools/bamtk.c
2056
2057  * samtools-0.1.7-15 (r592)
2058  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
2059  * improved the functionality of mpileup
2060
2061 ------------------------------------------------------------------------
2062 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
2063 Changed paths:
2064    M /trunk/samtools/bam.h
2065    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2066    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2067    M /trunk/samtools/bamtk.c
2068
2069  * samtools-0.1.7-14 (r591)
2070  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
2071
2072 ------------------------------------------------------------------------
2073 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
2074 Changed paths:
2075    M /trunk/samtools/bam.h
2076    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2077    M /trunk/samtools/bamtk.c
2078
2079  * samtools-0.1.7-13 (r590)
2080  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
2081
2082 ------------------------------------------------------------------------
2083 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2084 Changed paths:
2085    M /trunk/samtools/bam.h
2086    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2087    M /trunk/samtools/bamtk.c
2088
2089  * samtools-0.1.7-12 (r589)
2090  * added iterator-like APIs for pileup
2091
2092 ------------------------------------------------------------------------
2093 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2094 Changed paths:
2095    M /trunk/samtools/bam_index.c
2096    M /trunk/samtools/bamtk.c
2097
2098  * samtools-0.1.7-11 (r588)
2099  * ported a few improvements from tabix back to samtools
2100
2101 ------------------------------------------------------------------------
2102 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2103 Changed paths:
2104    M /trunk/samtools/bam.h
2105    M /trunk/samtools/bam_index.c
2106    M /trunk/samtools/bamtk.c
2107
2108  * samtools-0.1.7-10 (r587)
2109  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
2110
2111 ------------------------------------------------------------------------
2112 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2113 Changed paths:
2114    M /trunk/samtools/Makefile
2115    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
2116    M /trunk/samtools/bamtk.c
2117    M /trunk/samtools/bgzf.c
2118
2119  * samtools-0.1.7-9 (r586)
2120  * added "reheader" to replace the BAM header
2121
2122 ------------------------------------------------------------------------
2123 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
2124 Changed paths:
2125    M /trunk/samtools/bam.c
2126    M /trunk/samtools/bamtk.c
2127    M /trunk/samtools/kstring.h
2128
2129  * samtools-0.1.7-8 (r585)
2130  * speed up "view"
2131
2132 ------------------------------------------------------------------------
2133 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
2134 Changed paths:
2135    M /trunk/samtools/bam.c
2136    M /trunk/samtools/bamtk.c
2137    M /trunk/samtools/bgzf.c
2138    M /trunk/samtools/bgzf.h
2139    M /trunk/samtools/kstring.h
2140    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2141
2142  * samtools-0.1.7-7 (r584)
2143  * ported tabix BGZF to samtools
2144  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
2145
2146 ------------------------------------------------------------------------
2147 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
2148 Changed paths:
2149    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
2150
2151 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
2152 ------------------------------------------------------------------------
2153 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
2154 Changed paths:
2155    M /trunk/samtools/samtools.1
2156
2157 Added a note about the indels coordinates
2158 ------------------------------------------------------------------------
2159 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
2160 Changed paths:
2161    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2162
2163 Added the possibility to print or not to print the reference allele
2164 ------------------------------------------------------------------------
2165 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
2166 Changed paths:
2167    M /trunk/samtools/sam_header.c
2168
2169 More descriptive message for space separated tags
2170 ------------------------------------------------------------------------
2171 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
2172 Changed paths:
2173    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2174
2175 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
2176 ------------------------------------------------------------------------
2177 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
2178 Changed paths:
2179    M /trunk/samtools/sam_header.c
2180
2181 Fixed the order of sequences in the header
2182 ------------------------------------------------------------------------
2183 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
2184 Changed paths:
2185    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2186
2187 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
2188 ------------------------------------------------------------------------
2189 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
2190 Changed paths:
2191    M /trunk/samtools/bam.c
2192
2193 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
2194 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
2195 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
2196
2197 ------------------------------------------------------------------------
2198 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
2199 Changed paths:
2200    M /trunk/samtools/AUTHORS
2201    M /trunk/samtools/bam.h
2202    M /trunk/samtools/bam_import.c
2203    M /trunk/samtools/sam_header.c
2204
2205 Improved efficiency of header parsing
2206 ------------------------------------------------------------------------
2207 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
2208 Changed paths:
2209    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2210
2211 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
2212
2213
2214 ------------------------------------------------------------------------
2215 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
2216 Changed paths:
2217    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2218
2219 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
2220 ------------------------------------------------------------------------
2221 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
2222 Changed paths:
2223    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2224
2225 Print an error for pileups in simple format
2226 ------------------------------------------------------------------------
2227 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
2228 Changed paths:
2229    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2230
2231 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
2232
2233 ------------------------------------------------------------------------
2234 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2235 Changed paths:
2236    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2237
2238 Added possibility to specify a custom column title for the data column
2239 ------------------------------------------------------------------------
2240 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2241 Changed paths:
2242    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2243
2244 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
2245 ------------------------------------------------------------------------
2246 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
2247 Changed paths:
2248    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2249
2250 Added VCF header
2251 ------------------------------------------------------------------------
2252 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
2253 Changed paths:
2254    M /trunk/samtools/ChangeLog
2255    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2256    M /trunk/samtools/bamtk.c
2257    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2258    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2259
2260  * samtools-0.1.7-6
2261  * fixed a bug in faidx
2262
2263 ------------------------------------------------------------------------
2264 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
2265 Changed paths:
2266    M /trunk/samtools/faidx.c
2267
2268 Put the right filename in the error message.
2269
2270 ------------------------------------------------------------------------
2271 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
2272 Changed paths:
2273    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2274    M /trunk/samtools/bamtk.c
2275
2276  * samtools-0.1.7-5 (r528)
2277  * further add new consensus generation strategy
2278
2279 ------------------------------------------------------------------------
2280 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2281 Changed paths:
2282    M /trunk/samtools/knetfile.c
2283
2284 Fixed a bug in knet_seek
2285 ------------------------------------------------------------------------
2286 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2287 Changed paths:
2288    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2289
2290 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
2291 ------------------------------------------------------------------------
2292 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2293 Changed paths:
2294    M /trunk/samtools/sam_header.c
2295
2296 Allow tabs in the CO header field
2297 ------------------------------------------------------------------------
2298 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
2299 Changed paths:
2300    M /trunk/samtools/Makefile
2301    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2302
2303 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
2304 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
2305
2306 ------------------------------------------------------------------------
2307 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
2308 Changed paths:
2309    M /trunk/samtools/Makefile
2310    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2311
2312 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
2313 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
2314 facilitate non-knet builds.
2315
2316 ------------------------------------------------------------------------
2317 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2318 Changed paths:
2319    M /trunk/samtools/bamtk.c
2320    M /trunk/samtools/sam_view.c
2321
2322  * samtools-0.1.7-4 (r522)
2323  * fixed a bug in "view -r"
2324  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
2325
2326 ------------------------------------------------------------------------
2327 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
2328 Changed paths:
2329    M /trunk/samtools/bam_md.c
2330    M /trunk/samtools/bamtk.c
2331
2332  * samtools-0.1.7-3 (r521)
2333  * calmd: optionally mask matching bases as N
2334
2335 ------------------------------------------------------------------------
2336 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2337 Changed paths:
2338    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2339    M /trunk/samtools/bamtk.c
2340    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2341
2342  * samtools-0.1.7-2 (r520)
2343  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
2344  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
2345
2346 ------------------------------------------------------------------------
2347 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
2348 Changed paths:
2349    M /trunk/samtools/Makefile
2350
2351 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
2352 as well, even with old-fashioned linkers.
2353
2354 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
2355 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
2356
2357 ------------------------------------------------------------------------
2358 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2359 Changed paths:
2360    M /trunk/samtools/Makefile
2361    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2362
2363 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
2364
2365 ------------------------------------------------------------------------
2366 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2367 Changed paths:
2368    M /trunk/samtools/bam_index.c
2369
2370 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
2371
2372 ------------------------------------------------------------------------
2373 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
2374 Changed paths:
2375    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
2376
2377 another example program
2378
2379 ------------------------------------------------------------------------
2380 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
2381 Changed paths:
2382    M /trunk/samtools/bam_import.c
2383    M /trunk/samtools/bamtk.c
2384    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2385    M /trunk/samtools/sam.c
2386
2387  * samtools-0.1.7-1 (r515)
2388  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
2389
2390 ------------------------------------------------------------------------
2391 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
2392 Changed paths:
2393    M /trunk/samtools/bam.c
2394
2395 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
2396
2397 ------------------------------------------------------------------------
2398 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2399 Changed paths:
2400    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2401
2402 Update Makefile.mingw for the same reason
2403
2404 ------------------------------------------------------------------------
2405 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2406 Changed paths:
2407    M /trunk/samtools/Makefile
2408
2409 Fixed a bug in compiling razip
2410
2411 ------------------------------------------------------------------------
2412 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
2413 Changed paths:
2414    M /trunk/samtools/ChangeLog
2415    M /trunk/samtools/NEWS
2416    M /trunk/samtools/bamtk.c
2417    M /trunk/samtools/samtools.1
2418
2419 Release samtools-0.1.7 (r510)
2420
2421 ------------------------------------------------------------------------
2422 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2423 Changed paths:
2424    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2425    M /trunk/samtools/bamtk.c
2426
2427  * samtools-0.1.6-22 (r509)
2428  * forget to fix a similar problem in glfgen
2429
2430 ------------------------------------------------------------------------
2431 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2432 Changed paths:
2433    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2434    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2435    M /trunk/samtools/bamtk.c
2436    M /trunk/samtools/sam_view.c
2437
2438  * samtools-0.1.6-21 (r508)
2439  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
2440
2441 ------------------------------------------------------------------------
2442 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
2443 Changed paths:
2444    M /trunk/samtools/bamtk.c
2445    M /trunk/samtools/sam_view.c
2446
2447  * samtools-0.1.6-19 (r494)
2448  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
2449
2450 ------------------------------------------------------------------------
2451 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
2452 Changed paths:
2453    M /trunk/samtools/Makefile
2454    M /trunk/samtools/bam.c
2455    M /trunk/samtools/bam_import.c
2456    M /trunk/samtools/bamtk.c
2457    M /trunk/samtools/sam.c
2458    M /trunk/samtools/sam_header.c
2459
2460  * samtools-0.1.6-18 (r493)
2461  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
2462  * a little code clean up in sam_header.c
2463
2464 ------------------------------------------------------------------------
2465 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
2466 Changed paths:
2467    M /trunk/samtools/sam_header.c
2468
2469 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
2470 ------------------------------------------------------------------------
2471 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2472 Changed paths:
2473    M /trunk/samtools/sam_view.c
2474
2475  * BUGGY VERSION
2476  * fixed a minor bug
2477
2478 ------------------------------------------------------------------------
2479 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
2480 Changed paths:
2481    M /trunk/samtools/bam.c
2482    M /trunk/samtools/bam.h
2483    M /trunk/samtools/bam_import.c
2484    M /trunk/samtools/sam.c
2485
2486  * BUGGY VERSION
2487  * improved the interface a bit
2488  * bug unfixed
2489
2490 ------------------------------------------------------------------------
2491 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2492 Changed paths:
2493    M /trunk/samtools/bam_import.c
2494    M /trunk/samtools/sam_header.c
2495    M /trunk/samtools/sam_header.h
2496
2497  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
2498  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
2499
2500 ------------------------------------------------------------------------
2501 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2502 Changed paths:
2503    M /trunk/samtools/Makefile
2504    M /trunk/samtools/bam.c
2505    M /trunk/samtools/bam.h
2506    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2507    M /trunk/samtools/bam_import.c
2508    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2509    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2510    M /trunk/samtools/kaln.c
2511    M /trunk/samtools/sam.c
2512    M /trunk/samtools/sam_header.c
2513    M /trunk/samtools/sam_header.h
2514    M /trunk/samtools/sam_view.c
2515
2516  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
2517  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
2518
2519 ------------------------------------------------------------------------
2520 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
2521 Changed paths:
2522    M /trunk/samtools/sam_header.c
2523    M /trunk/samtools/sam_header.h
2524
2525 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
2526 ------------------------------------------------------------------------
2527 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2528 Changed paths:
2529    M /trunk/samtools/sam_header.c
2530
2531
2532 ------------------------------------------------------------------------
2533 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2534 Changed paths:
2535    A /trunk/samtools/sam_header.c
2536    A /trunk/samtools/sam_header.h
2537
2538
2539 ------------------------------------------------------------------------
2540 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
2541 Changed paths:
2542    M /trunk/samtools/bam_import.c
2543    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2544    M /trunk/samtools/bamtk.c
2545    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2546
2547  * samtools-0.1.6-17 (r484)
2548  * fixed a memory leak in rmdupse
2549  * fixed a bug in parsing @RG header lines
2550  * test rmdup in examples/
2551
2552 ------------------------------------------------------------------------
2553 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2554 Changed paths:
2555    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2556    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2557    M /trunk/samtools/bamtk.c
2558
2559  * samtools-0.1.6-16 (r483)
2560  * unify the interface of rmdup and rmdupse
2561  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
2562
2563 ------------------------------------------------------------------------
2564 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2565 Changed paths:
2566    M /trunk/samtools/bam.h
2567    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2568    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2569    M /trunk/samtools/bamtk.c
2570    A /trunk/samtools/klist.h
2571
2572  * samtools-0.1.6-15 (r482)
2573  * rewrite rmdupse
2574  * rmdupse is now library aware
2575
2576 ------------------------------------------------------------------------
2577 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
2578 Changed paths:
2579    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2580    M /trunk/samtools/bamtk.c
2581
2582  * samtools-0.1.6-14 (r480)
2583  * rmdup is now RG aware
2584
2585 ------------------------------------------------------------------------
2586 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
2587 Changed paths:
2588    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2589
2590 added a small unitity to parse SRA XML files
2591
2592 ------------------------------------------------------------------------
2593 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
2594 Changed paths:
2595    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2596    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2597    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2598    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2599    M /trunk/samtools/bamtk.c
2600
2601  * samtools-0.1.6-13 (r479)
2602  * merge: optionally use file names as RG tags
2603
2604 ------------------------------------------------------------------------
2605 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
2606 Changed paths:
2607    M /trunk/samtools/bam.c
2608    M /trunk/samtools/bam.h
2609    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2610    M /trunk/samtools/bamtk.c
2611    M /trunk/samtools/kaln.c
2612
2613  * samtools-0.1.6-12 (r478)
2614  * fixed a bug in the indel caller
2615
2616 ------------------------------------------------------------------------
2617 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
2618 Changed paths:
2619    M /trunk/samtools/bam_index.c
2620    M /trunk/samtools/bamtk.c
2621
2622  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2623  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2624
2625 ------------------------------------------------------------------------
2626 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2627 Changed paths:
2628    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2629
2630 Added the sam2vcf.pl script.
2631 ------------------------------------------------------------------------
2632 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2633 Changed paths:
2634    M /trunk/samtools/Makefile
2635    M /trunk/samtools/bam.c
2636    M /trunk/samtools/bam.h
2637    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2638    M /trunk/samtools/bamtk.c
2639    A /trunk/samtools/kaln.c
2640    A /trunk/samtools/kaln.h
2641
2642 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2643
2644 ------------------------------------------------------------------------
2645 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2646 Changed paths:
2647    M /trunk/samtools/knetfile.c
2648
2649 Removed the offending knet_seek message.
2650 ------------------------------------------------------------------------
2651 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2652 Changed paths:
2653    M /trunk/samtools/knetfile.c
2654    M /trunk/samtools/razf.c
2655
2656 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2657 ------------------------------------------------------------------------
2658 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2659 Changed paths:
2660    M /trunk/samtools/samtools.1
2661
2662 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2663
2664 ------------------------------------------------------------------------
2665 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2666 Changed paths:
2667    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2668
2669 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2670
2671 ------------------------------------------------------------------------
2672 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2673 Changed paths:
2674    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2675    M /trunk/samtools/bamtk.c
2676    M /trunk/samtools/knetfile.c
2677    M /trunk/samtools/knetfile.h
2678
2679  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2680  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2681
2682 ------------------------------------------------------------------------
2683 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2684 Changed paths:
2685    M /trunk/samtools/bam_index.c
2686    M /trunk/samtools/bamtk.c
2687
2688  * samtools-0.1.6-9 (r469)
2689  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
2690
2691 ------------------------------------------------------------------------
2692 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
2693 Changed paths:
2694    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2695    M /trunk/samtools/bamtk.c
2696    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2697
2698  * samtools-0.1.6-7 (r468)
2699  * make merge stable
2700
2701 ------------------------------------------------------------------------
2702 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
2703 Changed paths:
2704    M /trunk/samtools/bgzf.c
2705    M /trunk/samtools/bgzip.c
2706    M /trunk/samtools/razf.c
2707    M /trunk/samtools/razip.c
2708
2709 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
2710 ------------------------------------------------------------------------
2711 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
2712 Changed paths:
2713    M /trunk/samtools/ChangeLog
2714    M /trunk/samtools/bam_md.c
2715    M /trunk/samtools/bamtk.c
2716
2717  * samtools-0.1.6-6 (r466)
2718  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
2719
2720 ------------------------------------------------------------------------
2721 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
2722 Changed paths:
2723    M /trunk/samtools/bam.c
2724    M /trunk/samtools/knetfile.c
2725
2726 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
2727 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
2728
2729 ------------------------------------------------------------------------
2730 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
2731 Changed paths:
2732    M /trunk/samtools/knetfile.c
2733    M /trunk/samtools/razf.c
2734
2735 A bug fix, "samtools view" is now working again.
2736 ------------------------------------------------------------------------
2737 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
2738 Changed paths:
2739    M /trunk/samtools/bamtk.c
2740    M /trunk/samtools/faidx.c
2741    M /trunk/samtools/knetfile.c
2742    M /trunk/samtools/knetfile.h
2743    M /trunk/samtools/razf.c
2744    M /trunk/samtools/razf.h
2745
2746  * samtools-0.1.6-5 (r462)
2747  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
2748
2749 ------------------------------------------------------------------------
2750 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
2751 Changed paths:
2752    M /trunk/samtools/samtools.1
2753
2754 fixed a formatting issue
2755
2756 ------------------------------------------------------------------------
2757 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
2758 Changed paths:
2759    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2760    M /trunk/samtools/bamtk.c
2761
2762  * samtools-0.1.6-4 (r459)
2763  * make sort output the result to stdout when -o is in use
2764
2765 ------------------------------------------------------------------------
2766 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
2767 Changed paths:
2768    M /trunk/samtools/bamtk.c
2769    M /trunk/samtools/faidx.c
2770    M /trunk/samtools/faidx.h
2771    M /trunk/samtools/samtools.1
2772
2773  * samtools-0.1.6-2 (r458)
2774  * added more interface to faidx (by Nils)
2775  * updated documentation
2776
2777 ------------------------------------------------------------------------
2778 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
2779 Changed paths:
2780    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2781    M /trunk/samtools/bamtk.c
2782
2783  * samtools-0.1.6-2 (r457)
2784  * get rid of three assert() in bam_sort.c
2785
2786 ------------------------------------------------------------------------
2787 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
2788 Changed paths:
2789    M /trunk/samtools/razf.c
2790
2791 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
2792 when opening the file fails.
2793
2794 ------------------------------------------------------------------------
2795 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
2796 Changed paths:
2797    M /trunk/samtools/ChangeLog
2798    M /trunk/samtools/NEWS
2799    M /trunk/samtools/bamtk.c
2800    M /trunk/samtools/samtools.1
2801    D /trunk/samtools/source.dot
2802
2803 Release samtools-0.1.6
2804
2805 ------------------------------------------------------------------------
2806 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
2807 Changed paths:
2808    M /trunk/samtools/bam_md.c
2809    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2810    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2811    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2812    M /trunk/samtools/bamtk.c
2813    M /trunk/samtools/samtools.1
2814
2815  * samtools-0.1.5-34 (r451)
2816  * applied the patch by John
2817  * improved the help message a little bit
2818
2819 ------------------------------------------------------------------------
2820 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
2821 Changed paths:
2822    M /trunk/samtools/bam_color.c
2823    M /trunk/samtools/bamtk.c
2824
2825  * samtools-0.1.5-33 (r450)
2826  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
2827
2828 ------------------------------------------------------------------------
2829 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
2830 Changed paths:
2831    M /trunk/samtools/bam_import.c
2832    M /trunk/samtools/bam_md.c
2833    M /trunk/samtools/bamtk.c
2834    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2835
2836  * samtools-0.1.5-32 (r449)
2837  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
2838  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
2839
2840 ------------------------------------------------------------------------
2841 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
2842 Changed paths:
2843    M /trunk/samtools/ChangeLog
2844    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2845    M /trunk/samtools/bamtk.c
2846    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2847
2848  * samtools-0.1.5-31 (r448)
2849  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
2850
2851 ------------------------------------------------------------------------
2852 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
2853 Changed paths:
2854    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2855    M /trunk/samtools/bamtk.c
2856
2857  * samtools-0.1.5-30 (r447)
2858  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
2859
2860 ------------------------------------------------------------------------
2861 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
2862 Changed paths:
2863    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2864    M /trunk/samtools/bamtk.c
2865
2866  *
2867
2868 ------------------------------------------------------------------------
2869 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
2870 Changed paths:
2871    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2872    M /trunk/samtools/bamtk.c
2873
2874  * samtools-0.1.5-28 (r444)
2875  * bug in "merge -n"
2876
2877 ------------------------------------------------------------------------
2878 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
2879 Changed paths:
2880    M /trunk/samtools/bam.c
2881    M /trunk/samtools/bam_import.c
2882    M /trunk/samtools/bamtk.c
2883
2884  * samtools-0.1.5-27 (r443)
2885  * SEQ and QUAL can be "*"
2886  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
2887
2888 ------------------------------------------------------------------------
2889 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
2890 Changed paths:
2891    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2892    M /trunk/samtools/bamtk.c
2893    M /trunk/samtools/misc/md5.c
2894    M /trunk/samtools/misc/md5.h
2895    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
2896
2897  * samtools-0.1.5-26 (r442)
2898  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
2899  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
2900
2901 ------------------------------------------------------------------------
2902 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
2903 Changed paths:
2904    M /trunk/samtools/bgzf.c
2905    M /trunk/samtools/bgzf.h
2906    M /trunk/samtools/bgzip.c
2907
2908 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
2909
2910 ------------------------------------------------------------------------
2911 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
2912 Changed paths:
2913    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2914    M /trunk/samtools/bamtk.c
2915
2916  * samtools-0.1.5-25 (r436)
2917  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
2918
2919 ------------------------------------------------------------------------
2920 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2921 Changed paths:
2922    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2923
2924 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
2925
2926 ------------------------------------------------------------------------
2927 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2928 Changed paths:
2929    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2930
2931 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
2932
2933 ------------------------------------------------------------------------
2934 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
2935 Changed paths:
2936    M /trunk/samtools/bamtk.c
2937    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2938    M /trunk/samtools/sam_view.c
2939
2940  * samtools-0.1.5-24 (r435)
2941  * fixed a typo
2942
2943 ------------------------------------------------------------------------
2944 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
2945 Changed paths:
2946    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2947    M /trunk/samtools/bamtk.c
2948
2949  * samtools-0.1.5-23 (r434)
2950  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
2951
2952 ------------------------------------------------------------------------
2953 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
2954 Changed paths:
2955    M /trunk/samtools/knetfile.c
2956
2957  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
2958  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
2959
2960 ------------------------------------------------------------------------
2961 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
2962 Changed paths:
2963    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2964    M /trunk/samtools/bamtk.c
2965    M /trunk/samtools/faidx.c
2966    M /trunk/samtools/razf.c
2967    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
2968    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
2969
2970  * samtools-0.1.5-22 (r432)
2971  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
2972  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
2973  * PDCurses support in Windows
2974
2975 ------------------------------------------------------------------------
2976 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2977 Changed paths:
2978    M /trunk/samtools/win32/libz.a
2979
2980 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
2981
2982 ------------------------------------------------------------------------
2983 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2984 Changed paths:
2985    M /trunk/samtools/knetfile.c
2986
2987 add comments
2988
2989 ------------------------------------------------------------------------
2990 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
2991 Changed paths:
2992    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2993    M /trunk/samtools/bamtk.c
2994    M /trunk/samtools/knetfile.c
2995    M /trunk/samtools/knetfile.h
2996
2997  * samtools-0.1.5-21 (r428)
2998  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
2999
3000 ------------------------------------------------------------------------
3001 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
3002 Changed paths:
3003    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
3004
3005 simplify MinGW Makefile
3006
3007 ------------------------------------------------------------------------
3008 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
3009 Changed paths:
3010    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
3011    M /trunk/samtools/bam_import.c
3012    M /trunk/samtools/bamtk.c
3013    A /trunk/samtools/win32
3014    A /trunk/samtools/win32/libz.a
3015    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
3016    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
3017
3018  * samtools-0.1.5-20 (r427)
3019  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
3020    functionality are not tested at the moment.
3021  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
3022
3023 ------------------------------------------------------------------------
3024 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
3025 Changed paths:
3026    M /trunk/samtools/bamtk.c
3027    M /trunk/samtools/sam_view.c
3028
3029  * samtools-0.1.5-19 (r426)
3030  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
3031
3032 ------------------------------------------------------------------------
3033 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
3034 Changed paths:
3035    M /trunk/samtools/bgzf.c
3036
3037 compatible with Windows binary files
3038
3039 ------------------------------------------------------------------------
3040 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
3041 Changed paths:
3042    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3043    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3044    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3045    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3046    M /trunk/samtools/bamtk.c
3047    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3048
3049  * samtools-0.1.5-18 (r423)
3050  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
3051    of debugging at the moment
3052  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
3053
3054 ------------------------------------------------------------------------
3055 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
3056 Changed paths:
3057    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
3058
3059 convert BLAT psl to SAM.
3060
3061 ------------------------------------------------------------------------
3062 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
3063 Changed paths:
3064    M /trunk/samtools/ChangeLog
3065    M /trunk/samtools/bam.c
3066    M /trunk/samtools/bamtk.c
3067    M /trunk/samtools/bgzf.c
3068    M /trunk/samtools/bgzf.h
3069    M /trunk/samtools/knetfile.c
3070    M /trunk/samtools/sam.c
3071    M /trunk/samtools/sam_view.c
3072
3073  * samtools-0.1.5-17 (r422)
3074  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
3075  * write an empty BGZF block to every BGZF file
3076  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
3077  * update ChangeLog
3078
3079 ------------------------------------------------------------------------
3080 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
3081 Changed paths:
3082    M /trunk/samtools/bam_import.c
3083    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3084    M /trunk/samtools/bamtk.c
3085    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3086    M /trunk/samtools/sam.c
3087    M /trunk/samtools/sam.h
3088    M /trunk/samtools/sam_view.c
3089
3090  * samtools-0.1.5-16 (r421)
3091  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
3092
3093 ------------------------------------------------------------------------
3094 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
3095 Changed paths:
3096    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3097
3098 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
3099
3100 ------------------------------------------------------------------------
3101 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
3102 Changed paths:
3103    M /trunk/samtools/bam_import.c
3104    M /trunk/samtools/bamtk.c
3105    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3106    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3107
3108  * samtools-0.1.5-15 (r419)
3109  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
3110  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
3111  * add "unique" command to samtools.pl
3112
3113 ------------------------------------------------------------------------
3114 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
3115 Changed paths:
3116    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
3117
3118 skip @header lines in SAM
3119
3120 ------------------------------------------------------------------------
3121 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3122 Changed paths:
3123    M /trunk/samtools/bamtk.c
3124    M /trunk/samtools/sam_view.c
3125
3126  * samtools-0.1.5-14 (r417)
3127  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
3128
3129 ------------------------------------------------------------------------
3130 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3131 Changed paths:
3132    M /trunk/samtools/bam.c
3133    M /trunk/samtools/bam.h
3134    M /trunk/samtools/bam_import.c
3135    M /trunk/samtools/bamtk.c
3136    M /trunk/samtools/sam.c
3137    M /trunk/samtools/sam.h
3138    M /trunk/samtools/sam_view.c
3139
3140  * samtools-0.1.5-17 (r416)
3141  * support import/export SAM with string tags
3142
3143 ------------------------------------------------------------------------
3144 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
3145 Changed paths:
3146    M /trunk/samtools/bam.c
3147    M /trunk/samtools/bam.h
3148    M /trunk/samtools/bam_import.c
3149    M /trunk/samtools/bamtk.c
3150    M /trunk/samtools/sam.c
3151    M /trunk/samtools/sam.h
3152    M /trunk/samtools/sam_view.c
3153
3154  * samtools-0.1.5-12 (r415)
3155  * FLAG now can be in HEX
3156
3157 ------------------------------------------------------------------------
3158 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
3159 Changed paths:
3160    M /trunk/samtools/kstring.h
3161
3162 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
3163
3164 ------------------------------------------------------------------------
3165 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
3166 Changed paths:
3167    M /trunk/samtools/kstring.c
3168    M /trunk/samtools/kstring.h
3169
3170 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
3171
3172 ------------------------------------------------------------------------
3173 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
3174 Changed paths:
3175    M /trunk/samtools/bam_index.c
3176
3177 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
3178
3179 ------------------------------------------------------------------------
3180 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3181 Changed paths:
3182    M /trunk/samtools/bam_md.c
3183    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3184    M /trunk/samtools/bamtk.c
3185    M /trunk/samtools/bgzf.c
3186
3187  * samtools-0.1.5-11 (r408)
3188  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
3189    from fillmd.
3190  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
3191
3192 ------------------------------------------------------------------------
3193 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3194 Changed paths:
3195    M /trunk/samtools/bam.h
3196    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3197    M /trunk/samtools/bam_md.c
3198    M /trunk/samtools/bamtk.c
3199    M /trunk/samtools/sam.h
3200
3201  * samtools-0.1.5-10 (r407)
3202  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
3203  * fillmd: generate the NM tag
3204  * fillmd: cmd interface improvement
3205
3206 ------------------------------------------------------------------------
3207 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
3208 Changed paths:
3209    M /trunk/samtools/Makefile
3210
3211 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
3212
3213 ------------------------------------------------------------------------
3214 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3215 Changed paths:
3216    M /trunk/samtools/Makefile
3217    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3218    M /trunk/samtools/bamtk.c
3219
3220  * samtools-0.1.5-9 (r405)
3221  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
3222
3223 ------------------------------------------------------------------------
3224 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3225 Changed paths:
3226    M /trunk/samtools/Makefile
3227    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3228    M /trunk/samtools/bamtk.c
3229
3230  * samtools-0.1.5-8 (r404)
3231  * compatible with PDCurses
3232
3233 ------------------------------------------------------------------------
3234 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3235 Changed paths:
3236    M /trunk/samtools/bamtk.c
3237    M /trunk/samtools/kseq.h
3238
3239  * samtools-0.1.5-7 (r403)
3240  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
3241
3242 ------------------------------------------------------------------------
3243 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
3244 Changed paths:
3245    M /trunk/samtools/bam_import.c
3246    M /trunk/samtools/bam_index.c
3247    M /trunk/samtools/bamtk.c
3248    M /trunk/samtools/bgzf.c
3249
3250  * samtools-0.1.5-6 (r402)
3251  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
3252  * improve portability to MinGW
3253
3254 ------------------------------------------------------------------------
3255 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3256 Changed paths:
3257    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
3258    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
3259    D /trunk/samtools/bam_lite.c
3260
3261  * move bam_lite.c to bam-lite
3262  * copy bam.h to bam-lite
3263
3264 ------------------------------------------------------------------------
3265 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3266 Changed paths:
3267    M /trunk/samtools/bam.h
3268    M /trunk/samtools/bam_lite.c
3269    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3270    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3271    M /trunk/samtools/bamtk.c
3272
3273  * samtools-0.1.5-5 (r395)
3274  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
3275
3276 ------------------------------------------------------------------------
3277 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3278 Changed paths:
3279    M /trunk/samtools/bamtk.c
3280    M /trunk/samtools/knetfile.c
3281    M /trunk/samtools/knetfile.h
3282
3283  * samtools-0.1.5-4 (r394)
3284  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
3285
3286 ------------------------------------------------------------------------
3287 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
3288 Changed paths:
3289    M /trunk/samtools/bam_index.c
3290    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3291    M /trunk/samtools/bamtk.c
3292    M /trunk/samtools/knetfile.c
3293    M /trunk/samtools/knetfile.h
3294
3295  * samtools-0.1.5-3 (r393)
3296  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
3297  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
3298    not seen the sideeffect so far.
3299
3300 ------------------------------------------------------------------------
3301 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
3302 Changed paths:
3303    M /trunk/samtools/samtools.1
3304
3305 Remove the warning in tview
3306
3307 ------------------------------------------------------------------------
3308 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3309 Changed paths:
3310    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3311    M /trunk/samtools/bamtk.c
3312
3313  * samtools-0.1.5-2 (r391)
3314  * do not show a blank screen when no reads mapped
3315
3316 ------------------------------------------------------------------------
3317 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
3318 Changed paths:
3319    M /trunk/samtools/bam.h
3320    A /trunk/samtools/bam_lite.c
3321    M /trunk/samtools/bamtk.c
3322
3323  * samtools-0.1.5-1 (r390)
3324  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
3325  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
3326
3327 ------------------------------------------------------------------------
3328 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3329 Changed paths:
3330    M /trunk/samtools/bamtk.c
3331    M /trunk/samtools/knetfile.c
3332
3333 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
3334
3335 ------------------------------------------------------------------------
3336 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3337 Changed paths:
3338    M /trunk/samtools/bamtk.c
3339    M /trunk/samtools/sam.c
3340
3341 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
3342
3343 ------------------------------------------------------------------------
3344 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3345 Changed paths:
3346    M /trunk/samtools/Makefile
3347    M /trunk/samtools/bam.h
3348    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3349    M /trunk/samtools/bamtk.c
3350
3351 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
3352
3353 ------------------------------------------------------------------------
3354 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3355 Changed paths:
3356    M /trunk/samtools/ChangeLog
3357    M /trunk/samtools/NEWS
3358    M /trunk/samtools/bamtk.c
3359    M /trunk/samtools/samtools.1
3360
3361 Release samtools-0.1.5
3362
3363 ------------------------------------------------------------------------
3364 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
3365 Changed paths:
3366    M /trunk/samtools/bamtk.c
3367    M /trunk/samtools/sam.c
3368
3369  * samtools-0.1.4-23 (r372)
3370  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
3371
3372 ------------------------------------------------------------------------
3373 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
3374 Changed paths:
3375    M /trunk/samtools/samtools.1
3376
3377 update documentation
3378
3379 ------------------------------------------------------------------------
3380 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
3381 Changed paths:
3382    M /trunk/samtools/Makefile
3383
3384 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
3385
3386 ------------------------------------------------------------------------
3387 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
3388 Changed paths:
3389    M /trunk/samtools/ChangeLog
3390    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3391    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3392    M /trunk/samtools/bamtk.c
3393
3394  * samtools-0.1.4-22 (r369)
3395  * in pileup, optionally print E2 and U2
3396  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
3397
3398 ------------------------------------------------------------------------
3399 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
3400 Changed paths:
3401    M /trunk/samtools/bam.c
3402    M /trunk/samtools/bam.h
3403    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3404    M /trunk/samtools/bam_index.c
3405    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3406    M /trunk/samtools/bam_md.c
3407    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3408    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3409    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3410    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3411    M /trunk/samtools/bamtk.c
3412    M /trunk/samtools/faidx.c
3413    M /trunk/samtools/faidx.h
3414    M /trunk/samtools/glf.c
3415
3416  * samtools-0.1.4-21 (r368)
3417  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
3418    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
3419    inconsistency. I was just a bit lazy.
3420  * small memory leak may be present on failure, though
3421
3422 ------------------------------------------------------------------------
3423 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3424 Changed paths:
3425    M /trunk/samtools/knetfile.c
3426
3427 reduce the chance of blocking in FTP connection
3428
3429 ------------------------------------------------------------------------
3430 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3431 Changed paths:
3432    M /trunk/samtools/knetfile.c
3433
3434 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
3435
3436 ------------------------------------------------------------------------
3437 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3438 Changed paths:
3439    M /trunk/samtools/bam_index.c
3440    M /trunk/samtools/bamtk.c
3441    M /trunk/samtools/knetfile.c
3442    M /trunk/samtools/knetfile.h
3443
3444  * samtools-0.1.4-20 (r365)
3445  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
3446
3447 ------------------------------------------------------------------------
3448 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3449 Changed paths:
3450    M /trunk/samtools/bamtk.c
3451    M /trunk/samtools/knetfile.c
3452
3453  * samtools-0.1.4-19 (r364)
3454  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
3455
3456 ------------------------------------------------------------------------
3457 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
3458 Changed paths:
3459    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3460    M /trunk/samtools/bamtk.c
3461    M /trunk/samtools/bgzf.c
3462    M /trunk/samtools/bgzf.h
3463    M /trunk/samtools/knetfile.c
3464    M /trunk/samtools/knetfile.h
3465
3466  * samtools-0.1.4-18 (r363)
3467  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
3468  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
3469
3470 ------------------------------------------------------------------------
3471 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3472 Changed paths:
3473    M /trunk/samtools/bgzf.c
3474
3475 write changelog
3476
3477 ------------------------------------------------------------------------
3478 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3479 Changed paths:
3480    M /trunk/samtools/bam_index.c
3481    M /trunk/samtools/bamtk.c
3482
3483  * samtools-0.1.4-17 (r361)
3484  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
3485
3486 ------------------------------------------------------------------------
3487 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
3488 Changed paths:
3489    M /trunk/samtools/Makefile
3490    M /trunk/samtools/bam_import.c
3491    M /trunk/samtools/bam_index.c
3492    M /trunk/samtools/bamtk.c
3493    M /trunk/samtools/bgzf.c
3494    M /trunk/samtools/bgzf.h
3495    M /trunk/samtools/knetfile.c
3496    M /trunk/samtools/knetfile.h
3497
3498  * samtools-0.1.4-16 (r360)
3499  * report more information in index when the input is not sorted
3500  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
3501  * support knetfile library in BGZF
3502
3503 ------------------------------------------------------------------------
3504 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3505 Changed paths:
3506    M /trunk/samtools/knetfile.c
3507    M /trunk/samtools/knetfile.h
3508
3509 fixed bugs in knetfile.*
3510
3511 ------------------------------------------------------------------------
3512 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3513 Changed paths:
3514    A /trunk/samtools/knetfile.h
3515
3516 this is the header file
3517
3518 ------------------------------------------------------------------------
3519 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3520 Changed paths:
3521    A /trunk/samtools/knetfile.c
3522
3523  * open a file at FTP
3524  * preliminary version
3525
3526 ------------------------------------------------------------------------
3527 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
3528 Changed paths:
3529    M /trunk/samtools/bam.c
3530    M /trunk/samtools/bamtk.c
3531
3532  * samtools-0.1.4-15 (r354)
3533  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
3534
3535 ------------------------------------------------------------------------
3536 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
3537 Changed paths:
3538    M /trunk/samtools/bamtk.c
3539    M /trunk/samtools/faidx.c
3540
3541  * samtools-0.1.4-13 (r351)
3542  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
3543  * hope this does not introduce new bugs...
3544
3545 ------------------------------------------------------------------------
3546 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
3547 Changed paths:
3548    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3549    M /trunk/samtools/bamtk.c
3550
3551  * samtools-0.1.4-13 (r350)
3552  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
3553
3554 ------------------------------------------------------------------------
3555 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3556 Changed paths:
3557    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3558    M /trunk/samtools/bamtk.c
3559    M /trunk/samtools/sam_view.c
3560
3561  * samtools-0.1.4-12 (r347)
3562  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
3563
3564 ------------------------------------------------------------------------
3565 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3566 Changed paths:
3567    M /trunk/samtools/Makefile
3568    M /trunk/samtools/bamtk.c
3569    M /trunk/samtools/sam_view.c
3570    M /trunk/samtools/samtools.1
3571
3572  * samtools-0.1.4-11 (r346)
3573  * allow to select a read group at view command-line
3574
3575 ------------------------------------------------------------------------
3576 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3577 Changed paths:
3578    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3579
3580 added more comments
3581
3582 ------------------------------------------------------------------------
3583 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3584 Changed paths:
3585    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3586
3587 nothing really
3588
3589 ------------------------------------------------------------------------
3590 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3591 Changed paths:
3592    M /trunk/samtools/examples/Makefile
3593    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3594
3595 added an example of calculating read depth
3596
3597 ------------------------------------------------------------------------
3598 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3599 Changed paths:
3600    M /trunk/samtools/Makefile
3601    M /trunk/samtools/bam.h
3602    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3603    A /trunk/samtools/bam_color.c
3604    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3605    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3606    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3607    M /trunk/samtools/bamtk.c
3608    M /trunk/samtools/sam.c
3609    M /trunk/samtools/sam.h
3610
3611  * samtools-0.1.4-10 (r341)
3612  * only include key APIs in libbam.a
3613  * move color-specific routines to bam_color.c
3614  * update documentations
3615  * remove the support of -q in pileup
3616
3617 ------------------------------------------------------------------------
3618 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3619 Changed paths:
3620    M /trunk/samtools/INSTALL
3621    M /trunk/samtools/Makefile
3622    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3623    M /trunk/samtools/bam_import.c
3624    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3625    M /trunk/samtools/bamtk.c
3626    M /trunk/samtools/razf.c
3627    M /trunk/samtools/sam_view.c
3628
3629  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3630  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3631  * fixed a compilation warning
3632  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3633  * detect NCURSES in bam_tview.c
3634
3635 ------------------------------------------------------------------------
3636 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3637 Changed paths:
3638    M /trunk/samtools/INSTALL
3639
3640 update INSTALL
3641
3642 ------------------------------------------------------------------------
3643 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3644 Changed paths:
3645    M /trunk/samtools/bam.c
3646    M /trunk/samtools/bam.h
3647    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3648    M /trunk/samtools/bam_import.c
3649    M /trunk/samtools/bamtk.c
3650    M /trunk/samtools/kstring.h
3651    M /trunk/samtools/sam.c
3652    M /trunk/samtools/sam_view.c
3653
3654  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3655  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3656    command line
3657
3658 ------------------------------------------------------------------------
3659 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3660 Changed paths:
3661    M /trunk/samtools/bamtk.c
3662    M /trunk/samtools/bgzf.c
3663    M /trunk/samtools/bgzf.h
3664    M /trunk/samtools/sam.c
3665    M /trunk/samtools/sam_view.c
3666
3667  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3668  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3669  * "samtools view" support "-u" command-line option
3670
3671 ------------------------------------------------------------------------
3672 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3673 Changed paths:
3674    M /trunk/samtools/Makefile
3675    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3676    M /trunk/samtools/razf.c
3677    M /trunk/samtools/razf.h
3678    M /trunk/samtools/razip.c
3679
3680  * no changes to samtools itself
3681  * remove zlib source codes
3682  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3683  * on old version of zlib, writing is not available
3684
3685 ------------------------------------------------------------------------
3686 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3687 Changed paths:
3688    D /trunk/samtools/zlib
3689
3690 remove zlib for simplification...
3691
3692 ------------------------------------------------------------------------
3693 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3694 Changed paths:
3695    M /trunk/samtools/bam.h
3696    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3697    M /trunk/samtools/bamtk.c
3698
3699  * samtools-0.1.4-6 (r334)
3700  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
3701    been implemented in that.
3702  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
3703
3704 ------------------------------------------------------------------------
3705 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3706 Changed paths:
3707    M /trunk/samtools/ChangeLog
3708
3709 update ChangeLog
3710
3711 ------------------------------------------------------------------------
3712 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3713 Changed paths:
3714    M /trunk/samtools/AUTHORS
3715    M /trunk/samtools/Makefile
3716    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3717
3718 fixed minor things in Makefile
3719
3720 ------------------------------------------------------------------------
3721 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3722 Changed paths:
3723    M /trunk/samtools/bamtk.c
3724
3725  * samtools-0.1.4-5 (r3310
3726  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
3727    changes in the Makefile building system.
3728
3729 ------------------------------------------------------------------------
3730 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3731 Changed paths:
3732    M /trunk/samtools/AUTHORS
3733    D /trunk/samtools/README
3734
3735 update information...
3736
3737 ------------------------------------------------------------------------
3738 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3739 Changed paths:
3740    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
3741
3742  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
3743  * this version works with indels
3744
3745 ------------------------------------------------------------------------
3746 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3747 Changed paths:
3748    M /trunk/samtools/INSTALL
3749    M /trunk/samtools/Makefile
3750    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3751    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
3752
3753  * update Makefile
3754  * update INSTALL instruction
3755
3756 ------------------------------------------------------------------------
3757 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3758 Changed paths:
3759    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
3760    D /trunk/samtools/Makefile.am
3761    D /trunk/samtools/Makefile.generic
3762    D /trunk/samtools/Makefile.lite
3763    D /trunk/samtools/autogen.sh
3764    D /trunk/samtools/cleanup.sh
3765    D /trunk/samtools/configure.ac
3766    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
3767    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3768    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3769    M /trunk/samtools/razf.c
3770    A /trunk/samtools/zlib
3771    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
3772    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
3773    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
3774    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
3775    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
3776    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
3777    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
3778    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
3779    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
3780    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
3781    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
3782    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
3783    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
3784    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
3785    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
3786    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
3787    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
3788    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
3789    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
3790    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
3791    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
3792    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
3793    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
3794    D /trunk/samtools/zutil.h
3795
3796  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
3797  * prepare to changed back to the Makefile building system
3798  * unfinished! (will be soon)
3799
3800 ------------------------------------------------------------------------
3801 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3802 Changed paths:
3803    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3804
3805 Unfinished
3806
3807 ------------------------------------------------------------------------
3808 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3809 Changed paths:
3810    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3811    M /trunk/samtools/bamtk.c
3812
3813  * samtools-0.1.4-4 (r325)
3814  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
3815
3816 ------------------------------------------------------------------------
3817 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
3818 Changed paths:
3819    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3820    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3821    M /trunk/samtools/bamtk.c
3822    M /trunk/samtools/sam.c
3823    M /trunk/samtools/sam.h
3824
3825  * samtools-0.1.4-3 (r324)
3826  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
3827  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
3828
3829 ------------------------------------------------------------------------
3830 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3831 Changed paths:
3832    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3833
3834  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
3835  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
3836
3837 ------------------------------------------------------------------------
3838 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
3839 Changed paths:
3840    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
3841
3842 fixed a typo
3843
3844 ------------------------------------------------------------------------
3845 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
3846 Changed paths:
3847    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3848
3849 just typo. no real change
3850
3851 ------------------------------------------------------------------------
3852 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
3853 Changed paths:
3854    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3855
3856 a little bit code cleanup
3857
3858 ------------------------------------------------------------------------
3859 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
3860 Changed paths:
3861    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3862
3863  * samtools.pl-0.3.1
3864  * change default parameters
3865  * optionally print filtered variants
3866
3867 ------------------------------------------------------------------------
3868 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3869 Changed paths:
3870    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3871
3872  * samtools.pl-0.3.0
3873  * combine snpFilter and indelFilter
3874
3875 ------------------------------------------------------------------------
3876 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3877 Changed paths:
3878    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3879
3880  * samtools.pl-0.2.3
3881  * change a default parameter
3882
3883 ------------------------------------------------------------------------
3884 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
3885 Changed paths:
3886    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3887    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3888    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3889    M /trunk/samtools/bamtk.c
3890    M /trunk/samtools/sam.c
3891
3892  * samtools-0.1.4-2 (r316)
3893  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
3894  * pileup: always calculate RMS mapq
3895  * pileup: allow to output variant sites only
3896
3897 ------------------------------------------------------------------------
3898 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
3899 Changed paths:
3900    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3901
3902  * samtools.pl-0.2.2
3903  * added pileup2fq
3904
3905 ------------------------------------------------------------------------
3906 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
3907 Changed paths:
3908    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3909
3910  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
3911
3912 ------------------------------------------------------------------------
3913 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3914 Changed paths:
3915    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3916
3917  * samtools.pl-0.2.1
3918  * fixed a typo
3919
3920 ------------------------------------------------------------------------
3921 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3922 Changed paths:
3923    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3924
3925  * samtools.pl-0.2.0
3926  * snpFilter
3927
3928 ------------------------------------------------------------------------
3929 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3930 Changed paths:
3931    M /trunk/samtools/bgzf.c
3932
3933  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
3934  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
3935
3936 ------------------------------------------------------------------------
3937 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
3938 Changed paths:
3939    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
3940
3941 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
3942
3943 ------------------------------------------------------------------------
3944 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3945 Changed paths:
3946    M /trunk/samtools/bamtk.c
3947    M /trunk/samtools/sam.c
3948
3949  * samtools-0.1.4-1 (r304)
3950  * fixed a minor bug in printing headers
3951
3952 ------------------------------------------------------------------------
3953 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
3954 Changed paths:
3955    M /trunk/samtools/ChangeLog
3956    M /trunk/samtools/NEWS
3957    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3958    M /trunk/samtools/bamtk.c
3959    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3960    M /trunk/samtools/samtools.1
3961
3962 Release samtools-0.1.4
3963
3964 ------------------------------------------------------------------------
3965 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3966 Changed paths:
3967    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3968    M /trunk/samtools/bamtk.c
3969
3970  * samtools-0.1.3-24 (r296)
3971  * another similar bug in the indel caller
3972
3973 ------------------------------------------------------------------------
3974 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3975 Changed paths:
3976    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3977    M /trunk/samtools/bamtk.c
3978
3979  * samtools-0.1.3-23 (r295)
3980  * fixed a critical bug in the indel caller
3981
3982 ------------------------------------------------------------------------
3983 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
3984 Changed paths:
3985    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3986
3987 added a missing header file
3988
3989 ------------------------------------------------------------------------
3990 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
3991 Changed paths:
3992    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3993    M /trunk/samtools/bamtk.c
3994
3995  * samtools-0.1.3-22 (r293)
3996  * open tview in the dot-view mode by default
3997
3998 ------------------------------------------------------------------------
3999 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
4000 Changed paths:
4001    M /trunk/samtools/samtools.1
4002
4003 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
4004 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
4005 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
4006 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
4007
4008
4009 ------------------------------------------------------------------------
4010 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
4011 Changed paths:
4012    M /trunk/samtools/bam.h
4013    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4014    M /trunk/samtools/bamtk.c
4015
4016  * samtools-0.1.3-21 (286)
4017  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
4018
4019 ------------------------------------------------------------------------
4020 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
4021 Changed paths:
4022    M /trunk/samtools/bam.h
4023    M /trunk/samtools/bam_index.c
4024    M /trunk/samtools/bamtk.c
4025
4026  * samtools-0.1.3-20 (r276)
4027  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
4028    make it work with the latest SVN.
4029  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
4030
4031 ------------------------------------------------------------------------
4032 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
4033 Changed paths:
4034    M /trunk/samtools/ChangeLog
4035    M /trunk/samtools/bam.h
4036    M /trunk/samtools/bamtk.c
4037
4038  * samtools-0.1.3-19 (r275)
4039  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
4040    backward compatibility with Bio::DB::Sam
4041
4042 ------------------------------------------------------------------------
4043 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
4044 Changed paths:
4045    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
4046    M /trunk/samtools/bamtk.c
4047
4048  * samtools-0.1.3-18 (r273)
4049  * rmdupse: do not remove unmapped reads
4050
4051 ------------------------------------------------------------------------
4052 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
4053 Changed paths:
4054    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
4055
4056 change a parameter. It does nothing
4057
4058 ------------------------------------------------------------------------
4059 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
4060 Changed paths:
4061    M /trunk/samtools/Makefile.am
4062    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4063    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4064    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
4065    M /trunk/samtools/bamtk.c
4066    M /trunk/samtools/configure.ac
4067
4068  * samtools-0.1.3-17 (r271)
4069  * added 'rmdupse' command
4070
4071 ------------------------------------------------------------------------
4072 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4073 Changed paths:
4074    M /trunk/samtools/bamtk.c
4075    M /trunk/samtools/sam_view.c
4076
4077  * samtools-0.1.3-16 (r267)
4078  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
4079
4080 ------------------------------------------------------------------------
4081 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4082 Changed paths:
4083    M /trunk/samtools/bam_import.c
4084    M /trunk/samtools/bamtk.c
4085
4086  * samtools-0.1.3-15 (r266)
4087  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
4088
4089 ------------------------------------------------------------------------
4090 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4091 Changed paths:
4092    M /trunk/samtools/bam.h
4093    M /trunk/samtools/bam_import.c
4094    M /trunk/samtools/bamtk.c
4095    M /trunk/samtools/sam.c
4096    M /trunk/samtools/sam_view.c
4097
4098  * samtools-0.1.3-14 (r262)
4099  * make samopen() recognize @SQ header lines
4100
4101 ------------------------------------------------------------------------
4102 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4103 Changed paths:
4104    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4105    M /trunk/samtools/bamtk.c
4106    M /trunk/samtools/bgzf.c
4107    M /trunk/samtools/sam.c
4108    M /trunk/samtools/sam_view.c
4109
4110  * samtools-0.1.3-13 (r260)
4111  * report error for file I/O error
4112
4113 ------------------------------------------------------------------------
4114 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
4115 Changed paths:
4116    M /trunk/samtools/Makefile.am
4117
4118 update Makefile.am
4119
4120 ------------------------------------------------------------------------
4121 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4122 Changed paths:
4123    M /trunk/samtools/bam.h
4124    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4125    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4126    M /trunk/samtools/bamtk.c
4127    M /trunk/samtools/sam.c
4128    M /trunk/samtools/sam.h
4129
4130  * samtools-0.1.3-12 (r259)
4131  * use the new I/O interface in pileup
4132
4133 ------------------------------------------------------------------------
4134 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4135 Changed paths:
4136    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4137    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4138    M /trunk/samtools/bam.c
4139    M /trunk/samtools/bam.h
4140    M /trunk/samtools/bam_import.c
4141    M /trunk/samtools/bamtk.c
4142    A /trunk/samtools/sam.c
4143    A /trunk/samtools/sam.h
4144    A /trunk/samtools/sam_view.c
4145
4146  * samtools-0.1.3-11 (r258)
4147  * unify the interface to BAM and SAM I/O
4148
4149 ------------------------------------------------------------------------
4150 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4151 Changed paths:
4152    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4153    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4154    M /trunk/samtools/bamtk.c
4155
4156  * samtools-0.1.3-10 (r257)
4157  * allow hex with "pileup -m"
4158
4159 ------------------------------------------------------------------------
4160 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
4161 Changed paths:
4162    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4163    M /trunk/samtools/bamtk.c
4164
4165  * samtools-0.1.3-9 (r256)
4166  * fixed a bug in bam_lpileup.c
4167  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
4168
4169 ------------------------------------------------------------------------
4170 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
4171 Changed paths:
4172    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4173    M /trunk/samtools/bamtk.c
4174
4175  * samtools-0.1.3-8 (r251)
4176  * fixed a bug when there are reads without coordinates
4177
4178 ------------------------------------------------------------------------
4179 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4180 Changed paths:
4181    A /trunk/samtools/AUTHORS
4182    A /trunk/samtools/README
4183    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4184
4185 added missing files
4186
4187 ------------------------------------------------------------------------
4188 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4189 Changed paths:
4190    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4191    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4192    M /trunk/samtools/configure.ac
4193    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
4194
4195 improve large file support in compilation
4196
4197 ------------------------------------------------------------------------
4198 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4199 Changed paths:
4200    M /trunk/samtools/INSTALL
4201
4202 update INSTALL
4203
4204 ------------------------------------------------------------------------
4205 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4206 Changed paths:
4207    M /trunk/samtools/Makefile.am
4208    M /trunk/samtools/autogen.sh
4209    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4210    M /trunk/samtools/configure.ac
4211    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
4212
4213 fixed various issues about the GNU building scripts
4214
4215 ------------------------------------------------------------------------
4216 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
4217 Changed paths:
4218    M /trunk/samtools/ChangeLog
4219    D /trunk/samtools/Makefile
4220    A /trunk/samtools/Makefile.am
4221    A /trunk/samtools/Makefile.generic
4222    A /trunk/samtools/autogen.sh
4223    M /trunk/samtools/bam.h
4224    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4225    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4226    M /trunk/samtools/bamtk.c
4227    A /trunk/samtools/cleanup.sh
4228    A /trunk/samtools/configure.ac
4229    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4230    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
4231
4232  * samtools-0.1.3-7 (r246)
4233  * incorporated revisions from Nils Homer
4234  * enhanced support of displaying color-space reads
4235
4236 ------------------------------------------------------------------------
4237 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
4238 Changed paths:
4239    M /trunk/samtools/bam_md.c
4240    M /trunk/samtools/bamtk.c
4241
4242  * samtools-0.1.3-6 (r244)
4243  * fixed segfault for unmapped reads
4244
4245 ------------------------------------------------------------------------
4246 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4247 Changed paths:
4248    M /trunk/samtools/bam.h
4249    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4250    M /trunk/samtools/bam_md.c
4251    M /trunk/samtools/bamtk.c
4252
4253  * samtools-0.1.3-5 (r243)
4254  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
4255  * check MD
4256  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
4257
4258 ------------------------------------------------------------------------
4259 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
4260 Changed paths:
4261    M /trunk/samtools/bam_md.c
4262    M /trunk/samtools/bamtk.c
4263
4264  * samtools-0.1.3-4 (r242)
4265  * fixed a memory leak
4266
4267 ------------------------------------------------------------------------
4268 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4269 Changed paths:
4270    M /trunk/samtools/Makefile
4271    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4272    M /trunk/samtools/bam.h
4273    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4274    A /trunk/samtools/bam_md.c
4275    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4276    M /trunk/samtools/bamtk.c
4277
4278  * samtools-0.1.3-3 (r240)
4279  * generate MD tag
4280  * generate "=" bases
4281  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
4282
4283 ------------------------------------------------------------------------
4284 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4285 Changed paths:
4286    M /trunk/samtools/bam.h
4287    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4288    M /trunk/samtools/bamtk.c
4289
4290  * samtools-0.1.3-2 (r239)
4291  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
4292  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
4293  * added tagview for testing bam_aux
4294
4295 ------------------------------------------------------------------------
4296 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
4297 Changed paths:
4298    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4299    M /trunk/samtools/bamtk.c
4300
4301  * samtools-0.1.3-1
4302  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
4303
4304 ------------------------------------------------------------------------
4305 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
4306 Changed paths:
4307    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4308
4309 a missing file in Makefile.lite
4310
4311 ------------------------------------------------------------------------
4312 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4313 Changed paths:
4314    M /trunk/samtools/NEWS
4315    M /trunk/samtools/bamtk.c
4316
4317 Release samtools-0.1.3
4318
4319 ------------------------------------------------------------------------
4320 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4321 Changed paths:
4322    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4323    M /trunk/samtools/bamtk.c
4324
4325  * samtools-0.1.2-28
4326  * make samtools more robust to weird input such as empty file
4327
4328 ------------------------------------------------------------------------
4329 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4330 Changed paths:
4331    M /trunk/samtools/ChangeLog
4332    M /trunk/samtools/NEWS
4333    M /trunk/samtools/samtools.1
4334
4335 prepare for release 0.1.3
4336
4337 ------------------------------------------------------------------------
4338 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4339 Changed paths:
4340    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
4341
4342 convert NCBI-BLASTN to SAM
4343
4344 ------------------------------------------------------------------------
4345 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4346 Changed paths:
4347    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4348    M /trunk/samtools/bamtk.c
4349
4350  * samtools-0.1.2-27
4351  * fixed a small memory leak in tview
4352
4353 ------------------------------------------------------------------------
4354 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4355 Changed paths:
4356    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
4357    M /trunk/samtools/bamtk.c
4358
4359  * samtools-0.1.2-26
4360  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
4361
4362 ------------------------------------------------------------------------
4363 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
4364 Changed paths:
4365    M /trunk/samtools/ChangeLog
4366    M /trunk/samtools/NEWS
4367
4368 proposed NEWS for the new release (have not yet)
4369
4370 ------------------------------------------------------------------------
4371 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4372 Changed paths:
4373    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4374
4375  * samtools.pl-0.1.1
4376  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
4377    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
4378
4379 ------------------------------------------------------------------------
4380 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4381 Changed paths:
4382    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4383    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4384    M /trunk/samtools/bamtk.c
4385    M /trunk/samtools/samtools.1
4386
4387  * samtools-0.1.2-25
4388  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
4389    containing indels
4390
4391 ------------------------------------------------------------------------
4392 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
4393 Changed paths:
4394    M /trunk/samtools/ChangeLog
4395
4396 update ChangeLog from "svn log"
4397
4398 ------------------------------------------------------------------------
4399 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
4400 Changed paths:
4401    M /trunk/samtools/bam.c
4402    M /trunk/samtools/bam_import.c
4403    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4404    M /trunk/samtools/bamtk.c
4405    M /trunk/samtools/kseq.h
4406
4407  * samtools-0.1.2-24
4408  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
4409  * allow empty header
4410
4411 ------------------------------------------------------------------------
4412 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4413 Changed paths:
4414    M /trunk/samtools/bam.c
4415    M /trunk/samtools/bam_import.c
4416    M /trunk/samtools/bamtk.c
4417
4418  * samtools-0.1.2-23
4419  * recognize '*' at the QUAL field
4420
4421 ------------------------------------------------------------------------
4422 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4423 Changed paths:
4424    M /trunk/samtools/bam_import.c
4425    M /trunk/samtools/bamtk.c
4426    M /trunk/samtools/kseq.h
4427
4428  * samtools-0.1.2-22
4429  * the field separater is TAB only, now
4430
4431 ------------------------------------------------------------------------
4432 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4433 Changed paths:
4434    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4435
4436  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
4437
4438 ------------------------------------------------------------------------
4439 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
4440 Changed paths:
4441    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4442    M /trunk/samtools/bamtk.c
4443    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4444
4445  * samtools-0.1.2-21
4446  * fixed a nasty bug in `fixmate'
4447
4448 ------------------------------------------------------------------------
4449 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4450 Changed paths:
4451    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
4452    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4453    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4454
4455 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
4456
4457 ------------------------------------------------------------------------
4458 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4459 Changed paths:
4460    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4461    M /trunk/samtools/bamtk.c
4462
4463  * samtools-0.1.2-20
4464  * check if file is truncated in flagstat
4465
4466 ------------------------------------------------------------------------
4467 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4468 Changed paths:
4469    M /trunk/samtools/bamtk.c
4470
4471  * samtools-0.1.2-19
4472  * print the header if requested
4473
4474 ------------------------------------------------------------------------
4475 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
4476 Changed paths:
4477    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4478    M /trunk/samtools/bamtk.c
4479
4480  * samtools-0.1.2-18
4481  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
4482
4483 ------------------------------------------------------------------------
4484 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
4485 Changed paths:
4486    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
4487    D /trunk/samtools/Makefile.std
4488    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
4489    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
4490
4491 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
4492
4493 ------------------------------------------------------------------------
4494 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4495 Changed paths:
4496    D /trunk/samtools/Makefile
4497    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
4498    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4499    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4500    M /trunk/samtools/bamtk.c
4501    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4502    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
4503    M /trunk/samtools/samtools.1
4504
4505  * samtools-0.1.2-17
4506  * incorporating Nils' changes
4507  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
4508
4509 ------------------------------------------------------------------------
4510 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4511 Changed paths:
4512    M /trunk/samtools/Makefile
4513    M /trunk/samtools/bam_import.c
4514    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4515    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4516    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4517    M /trunk/samtools/bamtk.c
4518    M /trunk/samtools/kseq.h
4519    A /trunk/samtools/kstring.c
4520    A /trunk/samtools/kstring.h
4521
4522  * samtools-0.1.2-16
4523  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
4524  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
4525
4526 ------------------------------------------------------------------------
4527 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
4528 Changed paths:
4529    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4530
4531  * soap2sam.pl-0.1.2
4532  * more robust to truncated soap output
4533
4534 ------------------------------------------------------------------------
4535 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
4536 Changed paths:
4537    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4538
4539 added bam_stat.o to Makefile.lite
4540
4541 ------------------------------------------------------------------------
4542 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4543 Changed paths:
4544    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4545    M /trunk/samtools/bamtk.c
4546
4547  * samtools-0.1.2-15
4548  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
4549
4550 ------------------------------------------------------------------------
4551 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4552 Changed paths:
4553    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4554    M /trunk/samtools/bamtk.c
4555    M /trunk/samtools/glf.c
4556    M /trunk/samtools/glf.h
4557    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4558
4559  * samtools-0.1.2-14
4560  * implemented GLFv3
4561
4562 ------------------------------------------------------------------------
4563 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4564 Changed paths:
4565    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4566    M /trunk/samtools/bamtk.c
4567
4568  * samtools-0.1.2-13
4569  * fixed a minor bug in displaying pileup
4570
4571 ------------------------------------------------------------------------
4572 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4573 Changed paths:
4574    M /trunk/samtools/ChangeLog
4575    M /trunk/samtools/bamtk.c
4576
4577  * samtools-0.1.2-12
4578  * optionally print SAM header
4579
4580 ------------------------------------------------------------------------
4581 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
4582 Changed paths:
4583    M /trunk/samtools/bamtk.c
4584    M /trunk/samtools/glf.c
4585
4586  * samtools-0.1.2-11
4587  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
4588
4589 ------------------------------------------------------------------------
4590 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
4591 Changed paths:
4592    M /trunk/samtools/Makefile
4593    M /trunk/samtools/bam_import.c
4594    M /trunk/samtools/bam_index.c
4595    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4596    M /trunk/samtools/bamtk.c
4597    M /trunk/samtools/glf.c
4598    M /trunk/samtools/glf.h
4599
4600  * samtools-0.1.2-10
4601  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
4602  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
4603  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
4604
4605 ------------------------------------------------------------------------
4606 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
4607 Changed paths:
4608    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4609
4610  * wgsim-0.2.3
4611  * fixed a bug in simulating indels
4612
4613 ------------------------------------------------------------------------
4614 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
4615 Changed paths:
4616    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4617
4618  * wgsim-0.2.2
4619  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4620    not like long read names.
4621
4622 ------------------------------------------------------------------------
4623 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4624 Changed paths:
4625    M /trunk/samtools/ChangeLog
4626    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4627    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4628
4629  * wgsim-0.2.1
4630  * fixed a bug about color read coordinates
4631  * fixed a bug in read names
4632  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4633  * make the script work with color reads
4634
4635 ------------------------------------------------------------------------
4636 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4637 Changed paths:
4638    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4639    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4640
4641  * wgsim: added a note
4642
4643 ------------------------------------------------------------------------
4644 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4645 Changed paths:
4646    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4647    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4648
4649  * wgsim-0.2.0
4650  * considerable code clean up
4651  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4652  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4653  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4654  * change in accordant with wgsim
4655
4656 ------------------------------------------------------------------------
4657 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4658 Changed paths:
4659    M /trunk/samtools/bam_index.c
4660    M /trunk/samtools/bamtk.c
4661
4662  * samtools-0.1.2-9
4663  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
4664
4665 ------------------------------------------------------------------------
4666 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
4667 Changed paths:
4668    M /trunk/samtools/bamtk.c
4669
4670 Fix annoying segv when invalid region specified.
4671
4672 ------------------------------------------------------------------------
4673 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
4674 Changed paths:
4675    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4676    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4677
4678  * move indel_filter.pl to samtools.pl
4679
4680 ------------------------------------------------------------------------
4681 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
4682 Changed paths:
4683    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4684    M /trunk/samtools/bamtk.c
4685
4686  * samtools-0.1.2-7
4687  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
4688
4689 ------------------------------------------------------------------------
4690 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
4691 Changed paths:
4692    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4693    M /trunk/samtools/bamtk.c
4694
4695  * samtools-0.1.2-7
4696  * fixed a minor bug in flagstat
4697
4698 ------------------------------------------------------------------------
4699 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
4700 Changed paths:
4701    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4702    M /trunk/samtools/bamtk.c
4703    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4704
4705  * samtools-0.1.2-6
4706  * improve indel caller by setting maximum window size
4707
4708 ------------------------------------------------------------------------
4709 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
4710 Changed paths:
4711    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4712    M /trunk/samtools/bamtk.c
4713
4714  * output max mapping quality in indel line
4715
4716 ------------------------------------------------------------------------
4717 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
4718 Changed paths:
4719    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4720
4721 fixed a bug in generating tag AM
4722
4723 ------------------------------------------------------------------------
4724 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
4725 Changed paths:
4726    M /trunk/samtools/bam_index.c
4727    M /trunk/samtools/bamtk.c
4728
4729 fixed a potential memory problem in indexing
4730
4731 ------------------------------------------------------------------------
4732 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
4733 Changed paths:
4734    M /trunk/samtools/Makefile
4735
4736 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
4737
4738 ------------------------------------------------------------------------
4739 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
4740 Changed paths:
4741    M /trunk/samtools/ChangeLog
4742    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4743    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4744    M /trunk/samtools/bamtk.c
4745
4746  * samtools-0.1.2-3
4747  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
4748  * improve flagstat report a little bit
4749
4750 ------------------------------------------------------------------------
4751 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
4752 Changed paths:
4753    M /trunk/samtools/Makefile
4754    A /trunk/samtools/bam_stat.c
4755    M /trunk/samtools/bamtk.c
4756
4757  * samtools-0.1.2-1
4758  * added flagstat command
4759
4760 ------------------------------------------------------------------------
4761 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4762 Changed paths:
4763    M /trunk/samtools/ChangeLog
4764    M /trunk/samtools/NEWS
4765    M /trunk/samtools/bamtk.c
4766    M /trunk/samtools/samtools.1
4767
4768 Release SAMtools-0.1.2
4769
4770 ------------------------------------------------------------------------
4771 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4772 Changed paths:
4773    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4774
4775 Script for filtering indel results
4776
4777 ------------------------------------------------------------------------
4778 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
4779 Changed paths:
4780    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
4781
4782 convert ZOOM to SAM
4783
4784 ------------------------------------------------------------------------
4785 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
4786 Changed paths:
4787    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
4788
4789 add a script to convert novo alignment to SAM
4790
4791 ------------------------------------------------------------------------
4792 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
4793 Changed paths:
4794    M /trunk/samtools/ChangeLog
4795    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
4796    M /trunk/samtools/samtools.1
4797
4798 update documentation and ChangeLog
4799
4800 ------------------------------------------------------------------------
4801 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
4802 Changed paths:
4803    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4804    M /trunk/samtools/bamtk.c
4805
4806  * samtools-0.1.1-19
4807  * fixed a bug in "merge" command line
4808
4809 ------------------------------------------------------------------------
4810 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4811 Changed paths:
4812    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4813    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
4814    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
4815    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
4816    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
4817    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
4818
4819  * merge from branches/dev/
4820  * all future development will happen here
4821
4822 ------------------------------------------------------------------------
4823 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4824 Changed paths:
4825    M /trunk/samtools/COPYING
4826    M /trunk/samtools/ChangeLog
4827    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
4828    M /trunk/samtools/Makefile
4829    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
4830    M /trunk/samtools/bam.c
4831    M /trunk/samtools/bam.h
4832    M /trunk/samtools/bam_import.c
4833    M /trunk/samtools/bam_index.c
4834    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4835    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4836    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4837    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
4838    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4839    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4840    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
4841    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4842    M /trunk/samtools/bamtk.c
4843    M /trunk/samtools/bgzf.h
4844    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
4845    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
4846    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
4847    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4848    M /trunk/samtools/faidx.c
4849    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
4850    M /trunk/samtools/glf.h
4851    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4852    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4853    M /trunk/samtools/razf.c
4854    M /trunk/samtools/source.dot
4855
4856  * Merge from branches/dev/
4857  * all future development will happen here at trunk/
4858
4859 ------------------------------------------------------------------------
4860 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
4861 Changed paths:
4862    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4863    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4864
4865 Fix problem with compiling without curses.
4866
4867 ------------------------------------------------------------------------
4868 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4869 Changed paths:
4870    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
4871
4872 Create trunk copy
4873
4874 ------------------------------------------------------------------------
4875 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4876 Changed paths:
4877    A /branches/dev/samtools/NEWS
4878    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4879    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4880
4881 Release samtools-0.1.1
4882
4883 ------------------------------------------------------------------------
4884 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
4885 Changed paths:
4886    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4887    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4888    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4889    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4890    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4891    M /branches/dev/samtools/razf.c
4892    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4893
4894  * samtools-0.1.0-66
4895  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
4896  * fixed a memory leak in parsing a region
4897  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
4898  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
4899  * fixed a bug in indexing for small alignment
4900  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
4901  * updated documentation
4902  * prepare to release 0.1.1
4903
4904 ------------------------------------------------------------------------
4905 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4906 Changed paths:
4907    A /branches/dev/samtools/examples
4908    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
4909    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
4910    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
4911    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
4912
4913 example
4914
4915 ------------------------------------------------------------------------
4916 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4917 Changed paths:
4918    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4919
4920 update ChangeLog
4921
4922 ------------------------------------------------------------------------
4923 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
4924 Changed paths:
4925    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4926
4927  * added comments
4928  * fixed several bugs
4929
4930 ------------------------------------------------------------------------
4931 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
4932 Changed paths:
4933    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4934
4935 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
4936
4937 ------------------------------------------------------------------------
4938 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
4939 Changed paths:
4940    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4941    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4942    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4943    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4944    A /branches/dev/samtools/source.dot
4945
4946  * samtools-0.1.0-65
4947  * pileup: generate maq-like simple output
4948  * pileup: allow to output pileup at required sites
4949  * source.dot: source file relationship graph
4950  * tview: fixed a minor bug
4951
4952 ------------------------------------------------------------------------
4953 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
4954 Changed paths:
4955    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4956
4957 remove all2sam.pl
4958
4959 ------------------------------------------------------------------------
4960 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
4961 Changed paths:
4962    A /branches/dev/samtools/COPYING
4963    M /branches/dev/samtools/bam.h
4964    M /branches/dev/samtools/faidx.h
4965    M /branches/dev/samtools/khash.h
4966    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4967    M /branches/dev/samtools/ksort.h
4968    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4969
4970 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
4971
4972 ------------------------------------------------------------------------
4973 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4974 Changed paths:
4975    M /branches/dev/samtools/bam.c
4976    M /branches/dev/samtools/bam.h
4977    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4978    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4979    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4980
4981  * samtools-0.1.0-64
4982  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
4983
4984 ------------------------------------------------------------------------
4985 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4986 Changed paths:
4987    M /branches/dev/samtools/bam.c
4988    M /branches/dev/samtools/bam.h
4989    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4990    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4991    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4992
4993  * samtools-0.1.0-63
4994  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
4995
4996 ------------------------------------------------------------------------
4997 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
4998 Changed paths:
4999    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5000    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
5001    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5002
5003  * samtools-0.1.0-62
5004  * fixed a memory leak
5005
5006 ------------------------------------------------------------------------
5007 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
5008 Changed paths:
5009    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
5010    M /branches/dev/samtools/bam.h
5011    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5012
5013 update documentation, ChangeLog and a comment
5014
5015 ------------------------------------------------------------------------
5016 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
5017 Changed paths:
5018    M /branches/dev/samtools/Makefile
5019    M /branches/dev/samtools/bam.h
5020    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5021    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
5022    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5023    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
5024    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5025    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5026
5027  * samtools-0.1.0-61
5028  * moved pileup command to a separate source file
5029  * added indel caller
5030  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
5031  * updated documentation
5032
5033 ------------------------------------------------------------------------
5034 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
5035 Changed paths:
5036    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5037    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5038
5039  * samtools-0.1.0-60
5040  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
5041
5042 ------------------------------------------------------------------------
5043 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
5044 Changed paths:
5045    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5046    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5047    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5048
5049  * samtools-0.1.0-59
5050  * pileup: outputing consensus is now optional
5051  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
5052    I am not quite sure why the previous version may have problem.
5053
5054 ------------------------------------------------------------------------
5055 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
5056 Changed paths:
5057    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5058    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5059
5060  * samtools-0.1.0-58
5061  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
5062    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
5063    and imposing it would make it harder to generate for other language
5064    bindings.
5065
5066 ------------------------------------------------------------------------
5067 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
5068 Changed paths:
5069    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5070
5071 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
5072
5073 ------------------------------------------------------------------------
5074 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
5075 Changed paths:
5076    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5077
5078 update manual
5079
5080 ------------------------------------------------------------------------
5081 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
5082 Changed paths:
5083    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5084    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5085
5086  * samtools-0.1.0-57
5087  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
5088  * made the parser a bit more robust
5089
5090 ------------------------------------------------------------------------
5091 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
5092 Changed paths:
5093    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5094    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5095    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5096
5097  * samtools-0.1.0-56
5098  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
5099  * fixed a typo in bam_index.c
5100  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
5101
5102 ------------------------------------------------------------------------
5103 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
5104 Changed paths:
5105    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5106
5107 update manual
5108
5109 ------------------------------------------------------------------------
5110 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
5111 Changed paths:
5112    M /branches/dev/samtools/bam.h
5113    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5114    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5115
5116  * samtools-0.1.0-55
5117  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
5118  * removed -v from pileup
5119  * made pileup take the reference sequence
5120
5121 ------------------------------------------------------------------------
5122 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
5123 Changed paths:
5124    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5125    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5126    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5127
5128  * samtools-0.1.0-54
5129  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
5130  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
5131
5132 ------------------------------------------------------------------------
5133 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5134 Changed paths:
5135    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5136
5137 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
5138
5139 ------------------------------------------------------------------------
5140 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5141 Changed paths:
5142    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5143
5144 also calculate unordered md5sum check
5145
5146 ------------------------------------------------------------------------
5147 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5148 Changed paths:
5149    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5150
5151 fixed a minor bug when there are space in the sequence
5152
5153 ------------------------------------------------------------------------
5154 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5155 Changed paths:
5156    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5157
5158 fixed a potential memory leak
5159
5160 ------------------------------------------------------------------------
5161 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5162 Changed paths:
5163    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5164    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5165    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5166
5167  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
5168
5169 ------------------------------------------------------------------------
5170 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5171 Changed paths:
5172    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5173
5174 nothing, really
5175
5176 ------------------------------------------------------------------------
5177 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5178 Changed paths:
5179    M /branches/dev/samtools/Makefile
5180    M /branches/dev/samtools/kseq.h
5181    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5182    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
5183    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
5184    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5185
5186  * fixed two warnings in kseq.h
5187  * added md5sum utilities
5188
5189 ------------------------------------------------------------------------
5190 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
5191 Changed paths:
5192    M /branches/dev/samtools/Makefile
5193    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5194    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5195    A /branches/dev/samtools/kseq.h
5196    D /branches/dev/samtools/kstream.h
5197
5198  * samtools-0.1.0-52
5199  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
5200    extra functions in kseq.h.
5201  * also compile stand-alone faidx
5202
5203 ------------------------------------------------------------------------
5204 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5205 Changed paths:
5206    M /branches/dev/samtools/bam.h
5207    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5208    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5209
5210  * samtools-0.1.0-51
5211  * sorting by read names is available
5212
5213 ------------------------------------------------------------------------
5214 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5215 Changed paths:
5216    M /branches/dev/samtools/bam.c
5217    M /branches/dev/samtools/bam.h
5218    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5219    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5220    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5221    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5222    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5223    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5224    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5225
5226  * samtools-0.1.0-50
5227  * format change to meet the latest specification
5228
5229 ------------------------------------------------------------------------
5230 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
5231 Changed paths:
5232    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5233    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5234
5235  * minor change in maqcns: special care when n==0
5236  * change maq2sam to meet the latest specification
5237
5238 ------------------------------------------------------------------------
5239 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5240 Changed paths:
5241    M /branches/dev/samtools/razf.c
5242    M /branches/dev/samtools/razf.h
5243
5244 considerable code clean up in razf
5245
5246 ------------------------------------------------------------------------
5247 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5248 Changed paths:
5249    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
5250    M /branches/dev/samtools/Makefile
5251    M /branches/dev/samtools/faidx.c
5252
5253 make RAZF optional in faidx.c
5254
5255 ------------------------------------------------------------------------
5256 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
5257 Changed paths:
5258    M /branches/dev/samtools/Makefile
5259    M /branches/dev/samtools/bam.h
5260    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5261    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5262    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5263
5264  * samtools-0.1.0-49
5265  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
5266
5267 ------------------------------------------------------------------------
5268 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
5269 Changed paths:
5270    M /branches/dev/samtools/bam.c
5271    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5272    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5273    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5274    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5275    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5276
5277  * samtools-0.1.0-48
5278  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
5279  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
5280  * supporting hex strings
5281
5282 ------------------------------------------------------------------------
5283 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5284 Changed paths:
5285    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5286    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5287
5288  * samtools-0.1.0-47
5289  * fixed the bug in maqcns
5290
5291 ------------------------------------------------------------------------
5292 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5293 Changed paths:
5294    M /branches/dev/samtools/Makefile
5295    M /branches/dev/samtools/bam.h
5296    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5297    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
5298    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5299    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5300    A /branches/dev/samtools/glf.h
5301
5302  * samtools-0.1.0-46
5303  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
5304
5305 ------------------------------------------------------------------------
5306 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
5307 Changed paths:
5308    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5309    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5310    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5311
5312  * samtools-0.1.0-45
5313  * tview: display padded alignment (but not P operation)
5314  * better coordinates and reference sequence
5315
5316 ------------------------------------------------------------------------
5317 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
5318 Changed paths:
5319    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5320
5321 new ChangeLog
5322
5323 ------------------------------------------------------------------------
5324 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5325 Changed paths:
5326    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
5327    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
5328
5329 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
5330 the log of my personal SVN repository.
5331
5332 ------------------------------------------------------------------------
5333 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
5334 Changed paths:
5335    M /branches/dev/samtools/Makefile
5336    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5337    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5338
5339  * samtools-0.1.0-44
5340  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
5341    missing these declarations will make bgzf buggy
5342  * get rid of some harmless warings
5343  * use BGZF by default, now
5344
5345 ------------------------------------------------------------------------
5346 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5347 Changed paths:
5348    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5349    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5350    M /branches/dev/samtools/razf.c
5351
5352  * samtools-0.1.0-43
5353  * fixed a bug in razf_read()
5354  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
5355
5356 ------------------------------------------------------------------------
5357 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5358 Changed paths:
5359    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5360
5361 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
5362
5363 ------------------------------------------------------------------------
5364 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5365 Changed paths:
5366    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5367
5368  * samtools-0.1.0-42
5369  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
5370    also update the version number anyway to avoid confusion
5371
5372 ------------------------------------------------------------------------
5373 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5374 Changed paths:
5375    M /branches/dev/samtools/razf.c
5376
5377 a change from Jue, but I think it should not matter
5378
5379 ------------------------------------------------------------------------
5380 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
5381 Changed paths:
5382    M /branches/dev/samtools/razf.c
5383
5384 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
5385 rarely happens, very rarely.
5386
5387 ------------------------------------------------------------------------
5388 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5389 Changed paths:
5390    M /branches/dev/samtools/razf.c
5391
5392 fixed a bug in razf, with the help of Jue
5393
5394 ------------------------------------------------------------------------
5395 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5396 Changed paths:
5397    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5398
5399 remove a comment
5400
5401 ------------------------------------------------------------------------
5402 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5403 Changed paths:
5404    M /branches/dev/samtools/Makefile
5405    M /branches/dev/samtools/bam.h
5406    M /branches/dev/samtools/razf.c
5407    M /branches/dev/samtools/razf.h
5408
5409  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
5410
5411 ------------------------------------------------------------------------
5412 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5413 Changed paths:
5414    A /branches/dev/samtools/samtools.1
5415
5416 the manual page
5417
5418 ------------------------------------------------------------------------
5419 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
5420 Changed paths:
5421    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5422    A /branches/dev/samtools/Makefile
5423    A /branches/dev/samtools/bam.c
5424    A /branches/dev/samtools/bam.h
5425    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5426    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
5427    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
5428    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
5429    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
5430    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5431    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5432    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5433    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
5434    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
5435    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
5436    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
5437    A /branches/dev/samtools/faidx.c
5438    A /branches/dev/samtools/faidx.h
5439    A /branches/dev/samtools/khash.h
5440    A /branches/dev/samtools/ksort.h
5441    A /branches/dev/samtools/kstream.h
5442    A /branches/dev/samtools/misc
5443    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5444    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5445    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5446    A /branches/dev/samtools/razf.c
5447    A /branches/dev/samtools/razf.h
5448    A /branches/dev/samtools/razip.c
5449    A /branches/dev/samtools/zutil.h
5450
5451 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
5452 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
5453
5454 ------------------------------------------------------------------------
5455 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5456 Changed paths:
5457    A /branches/dev/samtools
5458
5459 samtools (C version)
5460
5461 ------------------------------------------------------------------------