ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r828 | lh3lh3 | 2010-11-16 20:48:49 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/samtools/bamtk.c
   5
   6 update version information: samtools-0.1.9-20 (r828)
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r827 | lh3lh3 | 2010-11-16 15:32:50 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
  10 Changed paths:
  11    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  12
  13 bcftools: allow to skip indels
  14
  15 ------------------------------------------------------------------------
  16 r826 | lh3lh3 | 2010-11-16 14:11:58 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 2 lines
  17 Changed paths:
  18    M /trunk/samtools/bam_md.c
  19
  20 remove ZQ if both BQ and ZQ are present
  21
  22 ------------------------------------------------------------------------
  23 r825 | lh3lh3 | 2010-11-16 13:51:33 -0500 (Tue, 16 Nov 2010) | 3 lines
  24 Changed paths:
  25    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  26    M /trunk/samtools/bam_md.c
  27    M /trunk/samtools/bamtk.c
  28    M /trunk/samtools/samtools.1
  29
  30  * samtools-0.1.9-18 (r825)
  31  * change the behaviour of calmd such that by default it does not change the base quality
  32
  33 ------------------------------------------------------------------------
  34 r824 | lh3lh3 | 2010-11-15 23:31:53 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 4 lines
  35 Changed paths:
  36    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
  37    M /trunk/samtools/bamtk.c
  38    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
  39    M /trunk/samtools/samtools.1
  40
  41  * samtools-0.1.9-17 (r824)
  42  * added command line options to change the default parameters in indel calling
  43  * update the manual
  44
  45 ------------------------------------------------------------------------
  46 r823 | lh3lh3 | 2010-11-15 12:20:13 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
  47 Changed paths:
  48    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  49    M /trunk/samtools/bam_md.c
  50    M /trunk/samtools/bamtk.c
  51
  52  * samtools-0.1.9-r823
  53  * the BQ tag is now 64 shifted, not 33 shifted
  54
  55 ------------------------------------------------------------------------
  56 r822 | lh3lh3 | 2010-11-15 00:30:18 -0500 (Mon, 15 Nov 2010) | 3 lines
  57 Changed paths:
  58    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
  59    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
  60    M /trunk/samtools/bamtk.c
  61    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
  62    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
  63
  64  * samtools-0.1.9-16 (r822)
  65  * keep the raw depth because in indel calling, DP4 may be way off the true depth
  66
  67 ------------------------------------------------------------------------
  68 r821 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:18:31 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 4 lines
  69 Changed paths:
  70    M /trunk/samtools/bam_md.c
  71    M /trunk/samtools/bamtk.c
  72
  73  * samtools-0.1.9-15 (r821)
  74  * calmd: write BQ
  75  * skip realignment if BQ is present
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r820 | lh3lh3 | 2010-11-13 01:08:26 -0500 (Sat, 13 Nov 2010) | 3 lines
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  81    M /trunk/samtools/bamtk.c
  82
  83  * samtools-0.1.9-14 (r820)
  84  * penalize reads with excessive differences in indel calling
  85
  86 ------------------------------------------------------------------------
  87 r819 | lh3lh3 | 2010-11-12 21:36:27 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
  88 Changed paths:
  89    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
  90    M /trunk/samtools/bamtk.c
  91
  92  * samtools-0.1.9-13 (r819)
  93  * fixed a bug in pileup given refskip
  94
  95 ------------------------------------------------------------------------
  96 r818 | lh3lh3 | 2010-11-12 13:04:53 -0500 (Fri, 12 Nov 2010) | 3 lines
  97 Changed paths:
  98    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
  99    M /trunk/samtools/bamtk.c
 100
 101  * samtools-r818
 102  * for indel calling, do two rounds of probabilistic realignments
 103
 104 ------------------------------------------------------------------------
 105 r817 | lh3lh3 | 2010-11-11 20:04:07 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 3 lines
 106 Changed paths:
 107    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 108    M /trunk/samtools/bamtk.c
 109    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 110
 111  * samtools-0.1.19-11 (r817)
 112  * only initiate indel calling when 0.2% of reads contain a gap
 113
 114 ------------------------------------------------------------------------
 115 r816 | lh3lh3 | 2010-11-11 01:22:59 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 7 lines
 116 Changed paths:
 117    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 118    M /trunk/samtools/bamtk.c
 119
 120  * samtools-0.1.9-10 (r816)
 121
 122  * I know why the forward method fails. it is because of zero base
 123    qualities. when that is fixed, the forward method seems to give
 124    better results than Viterbi, as it should be. I am tired...
 125
 126
 127 ------------------------------------------------------------------------
 128 r815 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:57:15 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 2 lines
 129 Changed paths:
 130    M /trunk/samtools/ChangeLog
 131    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 132
 133 effectively revert to the viterbi version. The forward realignment gives too many false positives.
 134
 135 ------------------------------------------------------------------------
 136 r814 | lh3lh3 | 2010-11-11 00:18:02 -0500 (Thu, 11 Nov 2010) | 4 lines
 137 Changed paths:
 138    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 139    M /trunk/samtools/bam_md.c
 140    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 141    M /trunk/samtools/bamtk.c
 142
 143  * samtools-0.1.9-9 (r810)
 144  * use forward, instead of viterbi, for realignment
 145  * realignment is now quality aware
 146
 147 ------------------------------------------------------------------------
 148 r813 | lh3lh3 | 2010-11-10 22:45:24 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 149 Changed paths:
 150    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 151    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 152    M /trunk/samtools/kprobaln.h
 153
 154  * prepare to replace kaln with kprobaln in realignment
 155
 156 ------------------------------------------------------------------------
 157 r812 | lh3lh3 | 2010-11-10 17:28:50 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 158 Changed paths:
 159    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 160
 161 fixed a typo
 162
 163 ------------------------------------------------------------------------
 164 r811 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:54:46 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 165 Changed paths:
 166    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 167    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 168
 169 use zlib for direct reading when BCF_LITE is in use
 170
 171 ------------------------------------------------------------------------
 172 r810 | lh3lh3 | 2010-11-10 16:32:13 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 173 Changed paths:
 174    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 175
 176  * do not use reads containing too many mismatches for indel calling
 177  * fixed a trivial bug in case of multi-allelic indels
 178
 179 ------------------------------------------------------------------------
 180 r809 | lh3lh3 | 2010-11-10 13:23:02 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 3 lines
 181 Changed paths:
 182    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 183    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 184    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 185    M /trunk/samtools/bamtk.c
 186
 187  * samtools-0.1.9-8 (r809)
 188  * fixed a bug in the indel caller
 189
 190 ------------------------------------------------------------------------
 191 r808 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:24:10 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 2 lines
 192 Changed paths:
 193    M /trunk/samtools/Makefile
 194
 195 minor change to makefile
 196
 197 ------------------------------------------------------------------------
 198 r807 | lh3lh3 | 2010-11-10 12:10:21 -0500 (Wed, 10 Nov 2010) | 4 lines
 199 Changed paths:
 200    M /trunk/samtools/Makefile
 201    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 202    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 203    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 204    M /trunk/samtools/bamtk.c
 205    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 206
 207  * samtools-0.1.9-8 (r807)
 208  * collect indel candidates only from specified platforms (@RG-PL)
 209  * merge varFilter and filter4vcf in vcfutils.pl
 210
 211 ------------------------------------------------------------------------
 212 r806 | lh3lh3 | 2010-11-09 22:05:46 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 213 Changed paths:
 214    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 215    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 216    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
 217
 218 bcftools: compute equal-tail (Bayesian) credible interval
 219
 220 ------------------------------------------------------------------------
 221 r805 | lh3lh3 | 2010-11-09 16:28:39 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 2 lines
 222 Changed paths:
 223    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 224
 225 added a double-hit filter to avoid overestimated indel likelihood
 226
 227 ------------------------------------------------------------------------
 228 r804 | lh3lh3 | 2010-11-09 14:12:06 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 3 lines
 229 Changed paths:
 230    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 231    M /trunk/samtools/bamtk.c
 232
 233  * samtools-0.1.9-7 (r804)
 234  * fixed a bug in the gap caller
 235
 236 ------------------------------------------------------------------------
 237 r803 | lh3lh3 | 2010-11-09 10:45:33 -0500 (Tue, 09 Nov 2010) | 4 lines
 238 Changed paths:
 239    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 240    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 241    M /trunk/samtools/bamtk.c
 242    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 243    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 244    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 245
 246  * samtools-0.1.9-6 (r803)
 247  * mpileup: apply homopolymer correction when calculating GL, instead of before
 248  * bcftools: apply a different prior to indels
 249
 250 ------------------------------------------------------------------------
 251 r802 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:53:15 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 252 Changed paths:
 253    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 254    M /trunk/samtools/bamtk.c
 255
 256  * samtools-0.1.9-5 (r802)
 257  * relax tandem penalty. this will be made a command-line option in future.
 258
 259 ------------------------------------------------------------------------
 260 r801 | lh3lh3 | 2010-11-08 23:35:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 261 Changed paths:
 262    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 263    M /trunk/samtools/bamtk.c
 264
 265  * samtools-0.1.9-4 (r801)
 266  * fixed a minor issue in printing indel VCF
 267
 268 ------------------------------------------------------------------------
 269 r800 | lh3lh3 | 2010-11-08 15:28:14 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 270 Changed paths:
 271    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 272    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 273
 274 fixed another silly bug in mpileup's indel caller
 275
 276 ------------------------------------------------------------------------
 277 r799 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:28:27 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 278 Changed paths:
 279    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 280
 281 fixed a silly bug in the indel caller
 282
 283 ------------------------------------------------------------------------
 284 r798 | lh3lh3 | 2010-11-08 14:07:33 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 285 Changed paths:
 286    M /trunk/samtools/ChangeLog
 287    M /trunk/samtools/sam_view.c
 288    M /trunk/samtools/samtools.1
 289
 290 Incorporate patches by Marcel Martin for read counting.
 291
 292 ------------------------------------------------------------------------
 293 r797 | lh3lh3 | 2010-11-08 13:39:52 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 3 lines
 294 Changed paths:
 295    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 296    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 297    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 298    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 299    M /trunk/samtools/bamtk.c
 300
 301  * samtools-0.1.9-2 (r797)
 302  * mpileup: indel calling seems to be working
 303
 304 ------------------------------------------------------------------------
 305 r796 | lh3lh3 | 2010-11-08 10:54:46 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 306 Changed paths:
 307    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 308    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 309    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 310    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 311    M /trunk/samtools/kaln.c
 312
 313 indel calling is apparently working, but more information needs to be collected
 314
 315 ------------------------------------------------------------------------
 316 r795 | lh3lh3 | 2010-11-08 00:39:18 -0500 (Mon, 08 Nov 2010) | 2 lines
 317 Changed paths:
 318    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 319    M /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 320
 321 fixed a few bugs in the indel caller. Probably there are more.
 322
 323 ------------------------------------------------------------------------
 324 r794 | lh3lh3 | 2010-11-07 22:23:16 -0500 (Sun, 07 Nov 2010) | 2 lines
 325 Changed paths:
 326    M /trunk/samtools/Makefile
 327    M /trunk/samtools/bam.h
 328    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 329    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 330    A /trunk/samtools/bam2bcf_indel.c
 331    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 332    M /trunk/samtools/kaln.c
 333    M /trunk/samtools/kaln.h
 334
 335 prepare for the indel caller. It is not ready yet.
 336
 337 ------------------------------------------------------------------------
 338 r793 | lh3lh3 | 2010-11-05 11:28:23 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 2 lines
 339 Changed paths:
 340    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 341    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 342    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 343
 344 Revert to r790. The recent changes are not good...
 345
 346 ------------------------------------------------------------------------
 347 r792 | lh3lh3 | 2010-11-05 00:19:14 -0400 (Fri, 05 Nov 2010) | 6 lines
 348 Changed paths:
 349    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 350    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 351    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 352
 353  * this revision is UNSTABLE
 354
 355  * indel caller seems working, but it is very insensitive and has
 356    several things I do not quite understand.
 357
 358
 359 ------------------------------------------------------------------------
 360 r791 | lh3lh3 | 2010-11-04 22:58:43 -0400 (Thu, 04 Nov 2010) | 2 lines
 361 Changed paths:
 362    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 363    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 364    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 365
 366 for backup. no effective changes
 367
 368 ------------------------------------------------------------------------
 369 r790 | lh3lh3 | 2010-11-03 15:51:24 -0400 (Wed, 03 Nov 2010) | 2 lines
 370 Changed paths:
 371    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 372    M /trunk/samtools/kprobaln.c
 373
 374 fixed a minor problem in the example coming with kprobaln.c
 375
 376 ------------------------------------------------------------------------
 377 r789 | lh3lh3 | 2010-11-02 15:41:27 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 4 lines
 378 Changed paths:
 379    M /trunk/samtools/Makefile
 380    M /trunk/samtools/bam_md.c
 381    M /trunk/samtools/kaln.c
 382    M /trunk/samtools/kaln.h
 383    A /trunk/samtools/kprobaln.c
 384    A /trunk/samtools/kprobaln.h
 385
 386 Separate kaln and kprobaln as I am preparing further changes. At
 387 present, the results should be identical to the previous.
 388
 389
 390 ------------------------------------------------------------------------
 391 r788 | petulda | 2010-11-02 12:19:04 -0400 (Tue, 02 Nov 2010) | 1 line
 392 Changed paths:
 393    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 394
 395 Added -b option: read file names from a file
 396 ------------------------------------------------------------------------
 397 r787 | lh3lh3 | 2010-10-29 23:17:22 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 7 lines
 398 Changed paths:
 399    M /trunk/samtools/bam.h
 400    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 401    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 402    M /trunk/samtools/bamtk.c
 403
 404  * samtools-0.1.9-2 (r787)
 405
 406  * Allow to set a maximum per-sample depth to reduce memory. However,
 407    BAQ computation is still applied to every read. The speed is not
 408    improved.
 409
 410
 411 ------------------------------------------------------------------------
 412 r786 | lh3lh3 | 2010-10-29 12:10:40 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 3 lines
 413 Changed paths:
 414    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 415    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 416    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 417    M /trunk/samtools/bamtk.c
 418    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 419    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 420
 421  * samtools-0.1.9-1 (r786)
 422  * samtools: optionally perform exact test for each sample
 423
 424 ------------------------------------------------------------------------
 425 r785 | lh3lh3 | 2010-10-29 09:42:25 -0400 (Fri, 29 Oct 2010) | 2 lines
 426 Changed paths:
 427    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 428    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
 429    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 430    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 431
 432 Optionally output "DP", the individual read depth
 433
 434 ------------------------------------------------------------------------
 435 r784 | lh3lh3 | 2010-10-27 23:10:27 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 436 Changed paths:
 437    M /trunk/samtools/samtools.1
 438
 439 acknowledge Petr and John who have greatly contributed to the project.
 440
 441 ------------------------------------------------------------------------
 442 r783 | lh3lh3 | 2010-10-27 22:47:47 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 443 Changed paths:
 444    M /trunk/samtools/ChangeLog
 445    M /trunk/samtools/NEWS
 446    M /trunk/samtools/bamtk.c
 447    M /trunk/samtools/samtools.1
 448
 449 Release samtools-0.1.9 (r783)
 450
 451 ------------------------------------------------------------------------
 452 r782 | lh3lh3 | 2010-10-27 19:58:54 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 453 Changed paths:
 454    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 455
 456 fixed a silly bug in pileup
 457
 458 ------------------------------------------------------------------------
 459 r781 | lh3lh3 | 2010-10-27 14:39:48 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 5 lines
 460 Changed paths:
 461    M /trunk/samtools/ChangeLog
 462    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 463    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 464    M /trunk/samtools/bamtk.c
 465    M /trunk/samtools/samtools.1
 466
 467  * samtools-0.1.8-22 (r781)
 468  * made BAQ the default behavior of mpileup
 469  * updated manual
 470  * in merge, force to exit given inconsistent header when "-R" is not in use.
 471
 472 ------------------------------------------------------------------------
 473 r780 | lh3lh3 | 2010-10-27 11:01:11 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 474 Changed paths:
 475    M /trunk/samtools/bam.h
 476    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 477    M /trunk/samtools/bamtk.c
 478
 479  * samtools-0.1.8-21 (r780)
 480  * minor speedup to pileup
 481
 482 ------------------------------------------------------------------------
 483 r779 | lh3lh3 | 2010-10-27 09:58:56 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 2 lines
 484 Changed paths:
 485    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 486    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 487    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 488
 489 improve pileup a little bit
 490
 491 ------------------------------------------------------------------------
 492 r778 | lh3lh3 | 2010-10-27 00:14:43 -0400 (Wed, 27 Oct 2010) | 3 lines
 493 Changed paths:
 494    M /trunk/samtools/bam.h
 495    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 496    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 497    M /trunk/samtools/bam_tview.c
 498    M /trunk/samtools/bamtk.c
 499
 500  * samtools-0.1.8-20 (r778)
 501  * speed up pileup, although I do not know how much is the improvement
 502
 503 ------------------------------------------------------------------------
 504 r777 | lh3lh3 | 2010-10-26 17:26:04 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 3 lines
 505 Changed paths:
 506    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 507    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
 508    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 509    M /trunk/samtools/bamtk.c
 510    M /trunk/samtools/examples/Makefile
 511
 512  * samtools-0.1.8-19 (r777)
 513  * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior
 514
 515 ------------------------------------------------------------------------
 516 r776 | lh3lh3 | 2010-10-26 15:27:46 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 2 lines
 517 Changed paths:
 518    M /trunk/samtools/bam_md.c
 519
 520 remove local realignment (probabilistic realignment is still there)
 521
 522 ------------------------------------------------------------------------
 523 r774 | jmarshall | 2010-10-21 06:52:38 -0400 (Thu, 21 Oct 2010) | 3 lines
 524 Changed paths:
 525    M /trunk/samtools/sam_view.c
 526
 527 Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
 528 exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.
 529
 530 ------------------------------------------------------------------------
 531 r773 | lh3lh3 | 2010-10-19 19:44:31 -0400 (Tue, 19 Oct 2010) | 3 lines
 532 Changed paths:
 533    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 534    M /trunk/samtools/kaln.c
 535
 536  * Minor code changes. No real effect.
 537  * change quality to 30 in toy.sam
 538
 539 ------------------------------------------------------------------------
 540 r772 | lh3lh3 | 2010-10-18 23:40:13 -0400 (Mon, 18 Oct 2010) | 2 lines
 541 Changed paths:
 542    M /trunk/samtools/examples/toy.fa
 543    M /trunk/samtools/examples/toy.sam
 544
 545 added another toy example
 546
 547 ------------------------------------------------------------------------
 548 r771 | lh3lh3 | 2010-10-13 23:32:12 -0400 (Wed, 13 Oct 2010) | 2 lines
 549 Changed paths:
 550    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 551    M /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 552    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 553
 554 improve the LD statistics
 555
 556 ------------------------------------------------------------------------
 557 r770 | lh3lh3 | 2010-10-12 23:49:26 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 3 lines
 558 Changed paths:
 559    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 560    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 561
 562  * a minor fix to the -L option
 563  * add ldstats to vcfutils.pl
 564
 565 ------------------------------------------------------------------------
 566 r769 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:51:57 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 567 Changed paths:
 568    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 569
 570 a minor change
 571
 572 ------------------------------------------------------------------------
 573 r768 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:49:06 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 2 lines
 574 Changed paths:
 575    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 576    A /trunk/samtools/bcftools/ld.c
 577
 578 forget to add the key file
 579
 580 ------------------------------------------------------------------------
 581 r767 | lh3lh3 | 2010-10-12 15:48:46 -0400 (Tue, 12 Oct 2010) | 4 lines
 582 Changed paths:
 583    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 584    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 585    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 586    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 587    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 588    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 589
 590  * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 591  * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 592  * calculate adjacent LD
 593
 594 ------------------------------------------------------------------------
 595 r766 | lh3lh3 | 2010-10-11 11:06:40 -0400 (Mon, 11 Oct 2010) | 2 lines
 596 Changed paths:
 597    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 598
 599 added filter for samtools/bcftools genetated VCFs
 600
 601 ------------------------------------------------------------------------
 602 r765 | lh3lh3 | 2010-10-05 14:05:18 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 3 lines
 603 Changed paths:
 604    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 605    M /trunk/samtools/kaln.c
 606
 607  * removed a comment line in kaln.c
 608  * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field
 609
 610 ------------------------------------------------------------------------
 611 r764 | petulda | 2010-10-05 08:59:36 -0400 (Tue, 05 Oct 2010) | 1 line
 612 Changed paths:
 613    A /trunk/samtools/bcftools/bcf-fix.pl
 614
 615 Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file
 616 ------------------------------------------------------------------------
 617 r763 | lh3lh3 | 2010-10-02 22:51:03 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 4 lines
 618 Changed paths:
 619    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 620    M /trunk/samtools/bamtk.c
 621    A /trunk/samtools/bcftools/bcftools.1
 622    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 623    M /trunk/samtools/samtools.1
 624
 625  * samtools-0.1.8-18 (r763)
 626  * added bcftools manual page
 627  * minor fix to mpileup and view command lines
 628
 629 ------------------------------------------------------------------------
 630 r762 | lh3lh3 | 2010-10-02 21:46:25 -0400 (Sat, 02 Oct 2010) | 3 lines
 631 Changed paths:
 632    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 633    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 634    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 635
 636  * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 637  * allow to call genotypes at variant sites
 638
 639 ------------------------------------------------------------------------
 640 r761 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:29:55 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 3 lines
 641 Changed paths:
 642    M /trunk/samtools/kaln.c
 643    M /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 644
 645 I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
 646 being conservative here is a good thing...
 647
 648 ------------------------------------------------------------------------
 649 r760 | lh3lh3 | 2010-10-01 00:11:27 -0400 (Fri, 01 Oct 2010) | 5 lines
 650 Changed paths:
 651    M /trunk/samtools/bamtk.c
 652    M /trunk/samtools/kaln.c
 653    A /trunk/samtools/misc/HmmGlocal.java
 654
 655  * samtools-0.1.8-17 (r760)
 656  * the default gap open penalty is too small (a typo)
 657  * added comments on hmm_realn
 658  * Java implementation
 659
 660 ------------------------------------------------------------------------
 661 r759 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:54 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 662 Changed paths:
 663    M /trunk/samtools/bamtk.c
 664
 665 mark samtools-0.1.8-16 (r759)
 666
 667 ------------------------------------------------------------------------
 668 r758 | lh3lh3 | 2010-09-30 10:12:02 -0400 (Thu, 30 Sep 2010) | 2 lines
 669 Changed paths:
 670    M /trunk/samtools/kaln.c
 671
 672 round to the nearest integer
 673
 674 ------------------------------------------------------------------------
 675 r757 | lh3lh3 | 2010-09-28 17:16:43 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 4 lines
 676 Changed paths:
 677    M /trunk/samtools/kaln.c
 678
 679 I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
 680 bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
 681 multiplication. OK. I will stop.
 682
 683 ------------------------------------------------------------------------
 684 r756 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:57:49 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 685 Changed paths:
 686    M /trunk/samtools/kaln.c
 687
 688 this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac
 689
 690 ------------------------------------------------------------------------
 691 r755 | lh3lh3 | 2010-09-28 16:19:13 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 692 Changed paths:
 693    M /trunk/samtools/kaln.c
 694
 695 minor changes
 696
 697 ------------------------------------------------------------------------
 698 r754 | lh3lh3 | 2010-09-28 15:44:16 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 699 Changed paths:
 700    M /trunk/samtools/bam_md.c
 701    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 702    M /trunk/samtools/kaln.c
 703
 704 prob_realn() seems working!
 705
 706 ------------------------------------------------------------------------
 707 r753 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:48:23 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 708 Changed paths:
 709    M /trunk/samtools/kaln.c
 710
 711 minor
 712
 713 ------------------------------------------------------------------------
 714 r752 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:47:41 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 715 Changed paths:
 716    M /trunk/samtools/kaln.c
 717    M /trunk/samtools/kaln.h
 718
 719 Convert phredQ to probabilities
 720
 721 ------------------------------------------------------------------------
 722 r751 | lh3lh3 | 2010-09-28 12:32:08 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 723 Changed paths:
 724    M /trunk/samtools/kaln.c
 725    M /trunk/samtools/kaln.h
 726
 727 Implement the glocal HMM; discard the extention HMM
 728
 729 ------------------------------------------------------------------------
 730 r750 | lh3lh3 | 2010-09-28 00:06:11 -0400 (Tue, 28 Sep 2010) | 2 lines
 731 Changed paths:
 732    M /trunk/samtools/kaln.c
 733
 734 improve numerical stability
 735
 736 ------------------------------------------------------------------------
 737 r749 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:27:54 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 738 Changed paths:
 739    M /trunk/samtools/kaln.c
 740
 741 more comments
 742
 743 ------------------------------------------------------------------------
 744 r748 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:17:16 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 745 Changed paths:
 746    M /trunk/samtools/kaln.c
 747
 748 fixed a bug in banded DP
 749
 750 ------------------------------------------------------------------------
 751 r747 | lh3lh3 | 2010-09-27 23:05:12 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 3 lines
 752 Changed paths:
 753    M /trunk/samtools/kaln.c
 754
 755  * fixed that weird issue.
 756  * the banded version is NOT working
 757
 758 ------------------------------------------------------------------------
 759 r746 | lh3lh3 | 2010-09-27 22:57:05 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 760 Changed paths:
 761    M /trunk/samtools/kaln.c
 762
 763 More comments. This version seems working, but something is a little weird...
 764
 765 ------------------------------------------------------------------------
 766 r745 | lh3lh3 | 2010-09-27 17:21:40 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 767 Changed paths:
 768    M /trunk/samtools/kaln.c
 769
 770 A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
 771 nearly identical P(x), which means both are close to the correct
 772 forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
 773 the implementation may not be obvious.
 774
 775
 776 ------------------------------------------------------------------------
 777 r744 | lh3lh3 | 2010-09-27 16:55:15 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 778 Changed paths:
 779    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 780    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 781    M /trunk/samtools/kaln.c
 782    M /trunk/samtools/kaln.h
 783
 784 ...
 785
 786 ------------------------------------------------------------------------
 787 r743 | jmarshall | 2010-09-27 08:19:06 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 6 lines
 788 Changed paths:
 789    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 790
 791 Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
 792 if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.
 793
 794 Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
 795 to samtools merge's exit status.
 796
 797 ------------------------------------------------------------------------
 798 r741 | jmarshall | 2010-09-24 11:08:24 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 5 lines
 799 Changed paths:
 800    M /trunk/samtools/bam_index.c
 801
 802 Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
 803 BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
 804 one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
 805 call, so the cost is insignificant in the normal case.
 806
 807 ------------------------------------------------------------------------
 808 r740 | jmarshall | 2010-09-24 11:00:19 -0400 (Fri, 24 Sep 2010) | 2 lines
 809 Changed paths:
 810    M /trunk/samtools/bam.c
 811    M /trunk/samtools/bam.h
 812
 813 Add bam_validate1().
 814
 815 ------------------------------------------------------------------------
 816 r739 | lh3lh3 | 2010-09-22 12:07:50 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 817 Changed paths:
 818    M /trunk/samtools/bam_md.c
 819    M /trunk/samtools/bamtk.c
 820
 821  * samtools-0.1.8-15 (r379)
 822  * allow to change capQ parameter in calmd
 823
 824 ------------------------------------------------------------------------
 825 r738 | jmarshall | 2010-09-22 11:15:33 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 13 lines
 826 Changed paths:
 827    M /trunk/samtools/bam_index.c
 828    M /trunk/samtools/sam_view.c
 829
 830 When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
 831 to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
 832 bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
 833 callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
 834 indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
 835 returned) indicates corrupted input.
 836
 837 bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().
 838
 839 main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
 840 detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
 841 to the .bam file it is being used with.
 842
 843 ------------------------------------------------------------------------
 844 r737 | jmarshall | 2010-09-22 10:47:42 -0400 (Wed, 22 Sep 2010) | 3 lines
 845 Changed paths:
 846    M /trunk/samtools/bam_index.c
 847
 848 0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
 849 returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)
 850
 851 ------------------------------------------------------------------------
 852 r736 | lh3lh3 | 2010-09-20 17:43:08 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 853 Changed paths:
 854    M /trunk/samtools/bam.h
 855    M /trunk/samtools/bam_index.c
 856    M /trunk/samtools/bam_sort.c
 857
 858  * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.
 859
 860 ------------------------------------------------------------------------
 861 r735 | lh3lh3 | 2010-09-20 16:56:24 -0400 (Mon, 20 Sep 2010) | 2 lines
 862 Changed paths:
 863    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 864
 865 improve qstats by checking the alleles as well
 866
 867 ------------------------------------------------------------------------
 868 r734 | lh3lh3 | 2010-09-17 18:12:13 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 869 Changed paths:
 870    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 871
 872 convert UCSC SNP SQL dump to VCF
 873
 874 ------------------------------------------------------------------------
 875 r733 | lh3lh3 | 2010-09-17 13:02:11 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 876 Changed paths:
 877    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 878
 879 hapmap2vcf convertor
 880
 881 ------------------------------------------------------------------------
 882 r732 | lh3lh3 | 2010-09-17 10:11:37 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 3 lines
 883 Changed paths:
 884    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 885    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 886    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 887    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 888
 889  * added comments
 890  * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...
 891
 892 ------------------------------------------------------------------------
 893 r731 | lh3lh3 | 2010-09-17 09:15:53 -0400 (Fri, 17 Sep 2010) | 2 lines
 894 Changed paths:
 895    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
 896    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
 897    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 898    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
 899    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 900    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
 901
 902  * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little
 903
 904 ------------------------------------------------------------------------
 905 r730 | lh3lh3 | 2010-09-16 21:36:01 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 2 lines
 906 Changed paths:
 907    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
 908    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 909    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
 910
 911 fixed a bug in indexing
 912
 913 ------------------------------------------------------------------------
 914 r729 | lh3lh3 | 2010-09-16 16:54:48 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 915 Changed paths:
 916    M /trunk/samtools/bam.c
 917    M /trunk/samtools/bam_md.c
 918    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
 919
 920  * fixed a bug in capQ
 921  * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.
 922
 923 ------------------------------------------------------------------------
 924 r728 | lh3lh3 | 2010-09-16 15:03:59 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 925 Changed paths:
 926    M /trunk/samtools/bgzip.c
 927    M /trunk/samtools/razip.c
 928
 929  * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
 930  * copy tabix/bgzip to here
 931
 932 ------------------------------------------------------------------------
 933 r727 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:45:49 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 3 lines
 934 Changed paths:
 935    M /trunk/samtools/bam_md.c
 936    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 937    M /trunk/samtools/bamtk.c
 938
 939  * samtools-0.1.8-14 (r727)
 940  * allow to change the capQ parameter at the command line
 941
 942 ------------------------------------------------------------------------
 943 r726 | lh3lh3 | 2010-09-16 13:38:43 -0400 (Thu, 16 Sep 2010) | 4 lines
 944 Changed paths:
 945    M /trunk/samtools/bam_md.c
 946    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 947    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
 948    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
 949
 950  * added varFilter to vcfutils.pl
 951  * reimplement realn(). now it performs a local alignment
 952  * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions
 953
 954 ------------------------------------------------------------------------
 955 r724 | lh3lh3 | 2010-09-15 00:18:31 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
 956 Changed paths:
 957    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
 958    A /trunk/samtools/bcftools/bcf2qcall.c
 959    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
 960
 961  * convert BCF to QCALL input
 962
 963 ------------------------------------------------------------------------
 964 r723 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:41:50 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 965 Changed paths:
 966    M /trunk/samtools/bam_md.c
 967
 968 dynamic band width in realignment
 969
 970 ------------------------------------------------------------------------
 971 r722 | lh3lh3 | 2010-09-14 22:05:32 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 972 Changed paths:
 973    M /trunk/samtools/bam_md.c
 974    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 975
 976 fixed a bug in realignment
 977
 978 ------------------------------------------------------------------------
 979 r721 | lh3lh3 | 2010-09-14 20:54:09 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 980 Changed paths:
 981    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
 982
 983 fixed a minor issue
 984
 985 ------------------------------------------------------------------------
 986 r720 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:25:10 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 987 Changed paths:
 988    M /trunk/samtools/Makefile
 989    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
 990    M /trunk/samtools/bam_md.c
 991
 992 fixed a bug in realignment
 993
 994 ------------------------------------------------------------------------
 995 r719 | lh3lh3 | 2010-09-14 19:18:24 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
 996 Changed paths:
 997    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
 998
 999 minor changes. It is BUGGY now!
1000
1001 ------------------------------------------------------------------------
1002 r718 | lh3lh3 | 2010-09-14 16:32:33 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 4 lines
1003 Changed paths:
1004    M /trunk/samtools/bam_md.c
1005    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1006    M /trunk/samtools/kaln.c
1007    M /trunk/samtools/kaln.h
1008
1009  * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
1010  * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
1011  * make tview accepts alignment with heading and tailing D
1012
1013 ------------------------------------------------------------------------
1014 r717 | jmarshall | 2010-09-14 09:04:28 -0400 (Tue, 14 Sep 2010) | 2 lines
1015 Changed paths:
1016    M /trunk/samtools
1017
1018 Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".
1019
1020 ------------------------------------------------------------------------
1021 r716 | jmarshall | 2010-09-13 08:37:53 -0400 (Mon, 13 Sep 2010) | 3 lines
1022 Changed paths:
1023    M /trunk/samtools
1024    M /trunk/samtools/bcftools
1025    M /trunk/samtools/misc
1026
1027 Add svn:ignore properties listing the generated files.
1028 (Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)
1029
1030 ------------------------------------------------------------------------
1031 r715 | lh3lh3 | 2010-09-08 12:53:55 -0400 (Wed, 08 Sep 2010) | 5 lines
1032 Changed paths:
1033    M /trunk/samtools/bamtk.c
1034    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1035    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1036    M /trunk/samtools/sample.c
1037    M /trunk/samtools/sample.h
1038
1039  * samtools-0.1.8-13 (r715)
1040  * fixed a bug in identifying SM across files
1041  * bcftools: estimate heterozygosity
1042  * bcftools: allow to skip sites without reference bases
1043
1044 ------------------------------------------------------------------------
1045 r713 | lh3lh3 | 2010-09-03 17:19:12 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
1046 Changed paths:
1047    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1048    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1049    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1050    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1051
1052 quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...
1053
1054 ------------------------------------------------------------------------
1055 r711 | lh3lh3 | 2010-09-03 00:30:48 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 4 lines
1056 Changed paths:
1057    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1058    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1059    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1060    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1061
1062  * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
1063  * fixed a bug in the contrast caller
1064  * calculate heterozygosity
1065
1066 ------------------------------------------------------------------------
1067 r710 | lh3lh3 | 2010-09-01 23:24:47 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1068 Changed paths:
1069    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1070    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1071    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1072
1073 SNP calling from the GL field
1074
1075 ------------------------------------------------------------------------
1076 r709 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:52:30 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1077 Changed paths:
1078    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1079
1080 fixed another problem
1081
1082 ------------------------------------------------------------------------
1083 r708 | lh3lh3 | 2010-09-01 18:31:17 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 3 lines
1084 Changed paths:
1085    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1086    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1087
1088  * fixed bugs in parsing VCF
1089  * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL
1090
1091 ------------------------------------------------------------------------
1092 r707 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:28:29 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1093 Changed paths:
1094    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1095    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1096
1097 Do not compile _BCF_QUAD by default
1098
1099 ------------------------------------------------------------------------
1100 r706 | lh3lh3 | 2010-09-01 15:21:41 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1101 Changed paths:
1102    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1103    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1104    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1105    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1106
1107 Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.
1108
1109 ------------------------------------------------------------------------
1110 r705 | lh3lh3 | 2010-09-01 12:50:33 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1111 Changed paths:
1112    M /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1113
1114 more commands for my own uses
1115
1116 ------------------------------------------------------------------------
1117 r704 | lh3lh3 | 2010-09-01 09:26:10 -0400 (Wed, 01 Sep 2010) | 2 lines
1118 Changed paths:
1119    A /trunk/samtools/bcftools/vcfutils.pl
1120
1121 Utilities for processing VCF
1122
1123 ------------------------------------------------------------------------
1124 r703 | lh3lh3 | 2010-08-31 16:44:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1125 Changed paths:
1126    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1127    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1128    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1129    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1130
1131 preliminary contrast variant caller
1132
1133 ------------------------------------------------------------------------
1134 r702 | lh3lh3 | 2010-08-31 12:28:39 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 2 lines
1135 Changed paths:
1136    M /trunk/samtools/bcftools/call1.c
1137    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1138    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1139
1140 z' and z'' can be calculated
1141
1142 ------------------------------------------------------------------------
1143 r701 | lh3lh3 | 2010-08-31 10:20:57 -0400 (Tue, 31 Aug 2010) | 3 lines
1144 Changed paths:
1145    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1146    A /trunk/samtools/bcftools/call1.c (from /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c:699)
1147    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1148    D /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1149
1150  * rename vcfout.c as call1.c
1151  * prepare to add two-sample comparison
1152
1153 ------------------------------------------------------------------------
1154 r699 | lh3lh3 | 2010-08-24 15:28:16 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1155 Changed paths:
1156    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1157
1158 fixed a bug in calculating the t statistics
1159
1160 ------------------------------------------------------------------------
1161 r698 | lh3lh3 | 2010-08-24 14:05:50 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 3 lines
1162 Changed paths:
1163    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1164    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1165    M /trunk/samtools/bamtk.c
1166    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1167    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1168
1169  * samtools-0.1.8-13 (r698)
1170  * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist
1171
1172 ------------------------------------------------------------------------
1173 r697 | lh3lh3 | 2010-08-24 12:30:13 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 2 lines
1174 Changed paths:
1175    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1176
1177 added regularized incomplete beta function
1178
1179 ------------------------------------------------------------------------
1180 r695 | lh3lh3 | 2010-08-23 17:36:17 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1181 Changed paths:
1182    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1183    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1184
1185 change the default correlation coefficient
1186
1187 ------------------------------------------------------------------------
1188 r694 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:46:52 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1189 Changed paths:
1190    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1191    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1192
1193 print QUAL as floating numbers
1194
1195 ------------------------------------------------------------------------
1196 r693 | lh3lh3 | 2010-08-23 14:06:07 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1197 Changed paths:
1198    M /trunk/samtools/Makefile
1199    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1200    M /trunk/samtools/bamtk.c
1201    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1202    A /trunk/samtools/sample.c
1203    A /trunk/samtools/sample.h
1204
1205  * samtools-0.1.8-12 (r692)
1206  * group data by samples in "mpileup -g"
1207
1208 ------------------------------------------------------------------------
1209 r692 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:58:53 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 2 lines
1210 Changed paths:
1211    M /trunk/samtools/Makefile
1212    D /trunk/samtools/bam_mcns.c
1213    D /trunk/samtools/bam_mcns.h
1214    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1215
1216 remove VCF output in mpileup
1217
1218 ------------------------------------------------------------------------
1219 r691 | lh3lh3 | 2010-08-23 10:48:20 -0400 (Mon, 23 Aug 2010) | 3 lines
1220 Changed paths:
1221    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1222    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1223
1224  * use the revised MAQ error model for mpileup
1225  * prepare to remove the independent model from mpileup
1226
1227 ------------------------------------------------------------------------
1228 r690 | lh3lh3 | 2010-08-20 15:46:40 -0400 (Fri, 20 Aug 2010) | 2 lines
1229 Changed paths:
1230    M /trunk/samtools/Makefile
1231    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1232    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1233    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1234    A /trunk/samtools/errmod.c
1235    A /trunk/samtools/errmod.h
1236    M /trunk/samtools/ksort.h
1237
1238 added revised MAQ error model
1239
1240 ------------------------------------------------------------------------
1241 r689 | lh3lh3 | 2010-08-18 09:55:20 -0400 (Wed, 18 Aug 2010) | 2 lines
1242 Changed paths:
1243    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1244    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1245    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1246
1247 allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.
1248
1249 ------------------------------------------------------------------------
1250 r688 | lh3lh3 | 2010-08-17 12:12:20 -0400 (Tue, 17 Aug 2010) | 3 lines
1251 Changed paths:
1252    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1253    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1254
1255  * write a little more VCF header
1256  * concatenate BCFs
1257
1258 ------------------------------------------------------------------------
1259 r687 | lh3lh3 | 2010-08-16 20:53:16 -0400 (Mon, 16 Aug 2010) | 2 lines
1260 Changed paths:
1261    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1262    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1263    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1264
1265 use float for QUAL
1266
1267 ------------------------------------------------------------------------
1268 r686 | lh3lh3 | 2010-08-14 00:11:13 -0400 (Sat, 14 Aug 2010) | 2 lines
1269 Changed paths:
1270    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1271    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1272
1273 faster for large sample size (in principle)
1274
1275 ------------------------------------------------------------------------
1276 r685 | lh3lh3 | 2010-08-13 23:28:31 -0400 (Fri, 13 Aug 2010) | 4 lines
1277 Changed paths:
1278    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1279
1280  * a numerically stable method to calculate z_{jk}
1281  * currently slower than the old method but will be important for large sample size
1282  * in principle, we can speed up for large n, but have not tried
1283
1284 ------------------------------------------------------------------------
1285 r684 | lh3lh3 | 2010-08-11 21:58:31 -0400 (Wed, 11 Aug 2010) | 2 lines
1286 Changed paths:
1287    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1288
1289 fixed an issue in parsing integer
1290
1291 ------------------------------------------------------------------------
1292 r683 | lh3lh3 | 2010-08-09 13:05:07 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1293 Changed paths:
1294    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1295
1296 do not print refname if file is converted from VCF
1297
1298 ------------------------------------------------------------------------
1299 r682 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:59:47 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 3 lines
1300 Changed paths:
1301    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1302
1303  * parse PL
1304  * fixed a bug in parsing VCF
1305
1306 ------------------------------------------------------------------------
1307 r681 | lh3lh3 | 2010-08-09 12:49:23 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1308 Changed paths:
1309    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1310    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1311    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1312    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1313    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1314    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1315    M /trunk/samtools/bgzf.c
1316    M /trunk/samtools/kstring.c
1317
1318  * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
1319  * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
1320  * improved view interface
1321
1322 ------------------------------------------------------------------------
1323 r680 | lh3lh3 | 2010-08-09 10:43:13 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 4 lines
1324 Changed paths:
1325    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1326    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1327    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1328    M /trunk/samtools/kstring.c
1329    M /trunk/samtools/kstring.h
1330
1331  * improved kstring (added kstrtok)
1332  * removed the limit on the format string length in bcftools
1333  * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code
1334
1335 ------------------------------------------------------------------------
1336 r679 | lh3lh3 | 2010-08-09 01:12:05 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1337 Changed paths:
1338    A /trunk/samtools/bcftools/README
1339    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1340
1341 help messages
1342
1343 ------------------------------------------------------------------------
1344 r678 | lh3lh3 | 2010-08-09 00:01:52 -0400 (Mon, 09 Aug 2010) | 2 lines
1345 Changed paths:
1346    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1347
1348 perform single-tail test for ED4
1349
1350 ------------------------------------------------------------------------
1351 r677 | lh3lh3 | 2010-08-08 23:48:35 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1352 Changed paths:
1353    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1354    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1355    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1356
1357  * test depth, end distance and HWE
1358
1359 ------------------------------------------------------------------------
1360 r676 | lh3lh3 | 2010-08-08 02:04:15 -0400 (Sun, 08 Aug 2010) | 2 lines
1361 Changed paths:
1362    M /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1363
1364 reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste
1365
1366 ------------------------------------------------------------------------
1367 r675 | lh3lh3 | 2010-08-06 22:42:54 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1368 Changed paths:
1369    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1370    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1371    M /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1372    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1373    M /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1374    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1375
1376  * bcftools: add HWE (no testing for now)
1377  * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more
1378
1379 ------------------------------------------------------------------------
1380 r674 | lh3lh3 | 2010-08-06 17:30:16 -0400 (Fri, 06 Aug 2010) | 3 lines
1381 Changed paths:
1382    A /trunk/samtools/bcftools/kfunc.c
1383
1384  * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
1385  * Not using Numerical Recipe due to licensing issues
1386
1387 ------------------------------------------------------------------------
1388 r673 | lh3lh3 | 2010-08-05 23:46:53 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1389 Changed paths:
1390    A /trunk/samtools/bcftools/fet.c
1391
1392 Fisher's exact test
1393
1394 ------------------------------------------------------------------------
1395 r672 | lh3lh3 | 2010-08-05 21:48:33 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1396 Changed paths:
1397    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1398    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1399    M /trunk/samtools/bamtk.c
1400    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1401
1402  * samtools-0.1.8-11 (r672)
1403  * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)
1404
1405 ------------------------------------------------------------------------
1406 r671 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:17:58 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1407 Changed paths:
1408    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1409    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1410    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1411
1412  * the code base is stablized again.
1413  * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now
1414
1415 ------------------------------------------------------------------------
1416 r670 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:23 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1417 Changed paths:
1418    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1419
1420 minor
1421
1422 ------------------------------------------------------------------------
1423 r669 | lh3lh3 | 2010-08-05 16:03:08 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 2 lines
1424 Changed paths:
1425    M /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1426
1427 unfinished vcf parser
1428
1429 ------------------------------------------------------------------------
1430 r668 | lh3lh3 | 2010-08-05 15:46:40 -0400 (Thu, 05 Aug 2010) | 3 lines
1431 Changed paths:
1432    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1433    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1434    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1435    M /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1436    M /trunk/samtools/bcftools/index.c
1437    M /trunk/samtools/bcftools/main.c
1438    A /trunk/samtools/bcftools/vcf.c
1439    M /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1440
1441  * added prelimiary VCF parser (not finished)
1442  * change struct a bit
1443
1444 ------------------------------------------------------------------------
1445 r667 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:35:27 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1446 Changed paths:
1447    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1448    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1449    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1450    M /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1451
1452  * allow to set min base q
1453  * fixed a bug in mpileup -u
1454
1455 ------------------------------------------------------------------------
1456 r666 | lh3lh3 | 2010-08-03 22:08:44 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1457 Changed paths:
1458    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.tex
1459
1460 spec
1461
1462 ------------------------------------------------------------------------
1463 r665 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:18:57 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1464 Changed paths:
1465    M /trunk/samtools/examples/Makefile
1466
1467 added more examples
1468
1469 ------------------------------------------------------------------------
1470 r664 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:13:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1471 Changed paths:
1472    M /trunk/samtools/Makefile
1473    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1474    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1475    M /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1476
1477 fixed compilation error
1478
1479 ------------------------------------------------------------------------
1480 r662 | lh3lh3 | 2010-08-03 21:04:00 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1481 Changed paths:
1482    M /trunk/samtools/Makefile
1483    D /trunk/samtools/bcf.c
1484    D /trunk/samtools/bcf.h
1485    A /trunk/samtools/bcftools
1486    A /trunk/samtools/bcftools/Makefile
1487    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.c
1488    A /trunk/samtools/bcftools/bcf.h
1489    A /trunk/samtools/bcftools/bcfutils.c
1490    A /trunk/samtools/bcftools/index.c
1491    A /trunk/samtools/bcftools/main.c
1492    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.c
1493    A /trunk/samtools/bcftools/prob1.h
1494    A /trunk/samtools/bcftools/vcfout.c
1495
1496 move bcftools to samtools
1497
1498 ------------------------------------------------------------------------
1499 r660 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:58:32 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 2 lines
1500 Changed paths:
1501    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1502
1503 fixed another minor bug
1504
1505 ------------------------------------------------------------------------
1506 r658 | lh3lh3 | 2010-08-03 15:06:45 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1507 Changed paths:
1508    M /trunk/samtools/bamtk.c
1509    M /trunk/samtools/bcf.c
1510
1511  * samtools-0.1.8-10 (r658)
1512  * fixed a bug in bam2bcf when the reference is N
1513
1514 ------------------------------------------------------------------------
1515 r657 | lh3lh3 | 2010-08-03 14:50:23 -0400 (Tue, 03 Aug 2010) | 3 lines
1516 Changed paths:
1517    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1518    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1519
1520  * fixed a bug
1521  * treat ambiguous ref base as the fifth base
1522
1523 ------------------------------------------------------------------------
1524 r654 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:38:27 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1525 Changed paths:
1526    M /trunk/bcftools/bcf.c
1527    M /trunk/samtools/bcf.c
1528
1529 missing a column in VCF output...
1530
1531 ------------------------------------------------------------------------
1532 r653 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:31:33 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1533 Changed paths:
1534    M /trunk/samtools/bcf.c
1535
1536 fixed a memory leak
1537
1538 ------------------------------------------------------------------------
1539 r651 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:27:31 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1540 Changed paths:
1541    M /trunk/samtools/bcf.c
1542
1543 fixed a bug in bcf reader
1544
1545 ------------------------------------------------------------------------
1546 r650 | lh3lh3 | 2010-08-02 17:00:41 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1547 Changed paths:
1548    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1549
1550 fixed a bug
1551
1552 ------------------------------------------------------------------------
1553 r649 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:49:35 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 3 lines
1554 Changed paths:
1555    M /trunk/samtools/Makefile
1556    M /trunk/samtools/bam2bcf.c
1557    M /trunk/samtools/bam2bcf.h
1558    M /trunk/samtools/bamtk.c
1559
1560  * samtools-0.1.8-9 (r649)
1561  * lossless representation of PL in BCF output
1562
1563 ------------------------------------------------------------------------
1564 r648 | lh3lh3 | 2010-08-02 16:07:25 -0400 (Mon, 02 Aug 2010) | 2 lines
1565 Changed paths:
1566    M /trunk/samtools/Makefile
1567    A /trunk/samtools/bam2bcf.c
1568    A /trunk/samtools/bam2bcf.h
1569    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1570    A /trunk/samtools/bcf.c
1571    A /trunk/samtools/bcf.h
1572
1573 Generate binary VCF
1574
1575 ------------------------------------------------------------------------
1576 r644 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:59:19 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 5 lines
1577 Changed paths:
1578    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1579    M /trunk/samtools/bamtk.c
1580
1581  * samtools-0.1.8-8 (r644)
1582  * mpileup becomes a little stable again
1583  * the method is slightly different, but is more theoretically correct
1584  * snp calling is O(n^2) instead of O(n^3)
1585
1586 ------------------------------------------------------------------------
1587 r643 | lh3lh3 | 2010-07-28 11:54:15 -0400 (Wed, 28 Jul 2010) | 3 lines
1588 Changed paths:
1589    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1590
1591  * fixed a STUPID bug, which cost me a lot of time.
1592  * I am going to clean up mcns a little bit
1593
1594 ------------------------------------------------------------------------
1595 r642 | lh3lh3 | 2010-07-27 23:23:07 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1596 Changed paths:
1597    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1598    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1599    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1600
1601 supposedly this is THE correct implementation, but more testing is needed
1602
1603 ------------------------------------------------------------------------
1604 r641 | lh3lh3 | 2010-07-27 22:43:39 -0400 (Tue, 27 Jul 2010) | 2 lines
1605 Changed paths:
1606    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1607
1608 NOT ready yet. Going to make further changes...
1609
1610 ------------------------------------------------------------------------
1611 r639 | lh3lh3 | 2010-07-25 22:18:38 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 3 lines
1612 Changed paths:
1613    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1614    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1615    M /trunk/samtools/bamtk.c
1616
1617  * samtools-0.1.8-7 (r639)
1618  * fixed the reference allele assignment
1619
1620 ------------------------------------------------------------------------
1621 r638 | lh3lh3 | 2010-07-25 12:01:26 -0400 (Sun, 25 Jul 2010) | 5 lines
1622 Changed paths:
1623    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1624    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1625    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1626    M /trunk/samtools/bamtk.c
1627
1628  * samtools-0.1.8-6 (r638)
1629  * skip isnan/isinf in case of float underflow
1630  * added the flat prior
1631  * fixed an issue where there are no reads supporting the reference
1632
1633 ------------------------------------------------------------------------
1634 r637 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:16:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1635 Changed paths:
1636    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1637
1638 minor changes
1639
1640 ------------------------------------------------------------------------
1641 r636 | lh3lh3 | 2010-07-24 14:07:27 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1642 Changed paths:
1643    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1644    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1645    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1646    M /trunk/samtools/bamtk.c
1647
1648 minor tweaks
1649
1650 ------------------------------------------------------------------------
1651 r635 | lh3lh3 | 2010-07-24 01:49:49 -0400 (Sat, 24 Jul 2010) | 2 lines
1652 Changed paths:
1653    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1654    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1655    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1656
1657 posterior expectation FINALLY working. I am so tired...
1658
1659 ------------------------------------------------------------------------
1660 r633 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:50:48 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1661 Changed paths:
1662    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1663
1664 another minor fix to mpileup
1665
1666 ------------------------------------------------------------------------
1667 r632 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:43:31 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1668 Changed paths:
1669    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1670
1671 added the format column
1672
1673 ------------------------------------------------------------------------
1674 r631 | lh3lh3 | 2010-07-23 13:25:44 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1675 Changed paths:
1676    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1677    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1678    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1679    M /trunk/samtools/bamtk.c
1680
1681 added an alternative prior
1682
1683 ------------------------------------------------------------------------
1684 r628 | lh3lh3 | 2010-07-23 11:48:51 -0400 (Fri, 23 Jul 2010) | 2 lines
1685 Changed paths:
1686    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1687    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1688    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1689
1690 calculate posterior allele frequency
1691
1692 ------------------------------------------------------------------------
1693 r627 | lh3lh3 | 2010-07-22 21:39:13 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1694 Changed paths:
1695    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1696    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1697    M /trunk/samtools/bamtk.c
1698
1699  * samtools-0.1.8-3 (r627)
1700  * multi-sample snp calling appears to work. More tests needed.
1701
1702 ------------------------------------------------------------------------
1703 r626 | lh3lh3 | 2010-07-22 16:37:56 -0400 (Thu, 22 Jul 2010) | 3 lines
1704 Changed paths:
1705    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1706    M /trunk/samtools/bam_mcns.h
1707    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1708    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1709
1710  * preliminary multisample SNP caller.
1711  * something looks not so right, but it largely works
1712
1713 ------------------------------------------------------------------------
1714 r617 | lh3lh3 | 2010-07-14 16:26:27 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1715 Changed paths:
1716    M /trunk/samtools/bam_mcns.c
1717    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1718    M /trunk/samtools/bamtk.c
1719
1720  * samtools-0.1.8-2 (r617)
1721  * allele frequency calculation apparently works...
1722
1723 ------------------------------------------------------------------------
1724 r616 | lh3lh3 | 2010-07-14 13:33:51 -0400 (Wed, 14 Jul 2010) | 3 lines
1725 Changed paths:
1726    M /trunk/samtools/Makefile
1727    A /trunk/samtools/bam_mcns.c
1728    A /trunk/samtools/bam_mcns.h
1729    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1730
1731  * added mutli-sample framework. It is not working, yet.
1732  * improved the mpileup interface
1733
1734 ------------------------------------------------------------------------
1735 r615 | lh3lh3 | 2010-07-13 14:50:12 -0400 (Tue, 13 Jul 2010) | 3 lines
1736 Changed paths:
1737    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1738    M /trunk/samtools/bamtk.c
1739    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1740
1741  * samtools-0.1.8-1 (r615)
1742  * allow to get mpileup at required sites
1743
1744 ------------------------------------------------------------------------
1745 r613 | lh3lh3 | 2010-07-11 22:40:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1746 Changed paths:
1747    M /trunk/samtools/ChangeLog
1748    M /trunk/samtools/NEWS
1749    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1750    M /trunk/samtools/bamtk.c
1751    M /trunk/samtools/samtools.1
1752
1753 Release samtools-0.1.8
1754
1755 ------------------------------------------------------------------------
1756 r612 | lh3lh3 | 2010-07-11 21:08:56 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1757 Changed paths:
1758    M /trunk/samtools/knetfile.c
1759
1760 fixed a compiling issue for Windows
1761
1762 ------------------------------------------------------------------------
1763 r611 | lh3lh3 | 2010-07-11 20:59:15 -0400 (Sun, 11 Jul 2010) | 2 lines
1764 Changed paths:
1765    M /trunk/samtools/bam_sort.c
1766
1767 fixed a bug in sorting when output to stdout (by Peter Chines)
1768
1769 ------------------------------------------------------------------------
1770 r610 | lh3lh3 | 2010-07-09 17:05:10 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1771 Changed paths:
1772    M /trunk/samtools/NEWS
1773    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1774
1775 change the command line option of pileup
1776
1777 ------------------------------------------------------------------------
1778 r609 | lh3lh3 | 2010-07-09 00:39:34 -0400 (Fri, 09 Jul 2010) | 2 lines
1779 Changed paths:
1780    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1781    A /trunk/samtools/examples/toy.fa
1782    A /trunk/samtools/examples/toy.sam
1783
1784 make pileup work with CIGAR with I/D at the beginning or in the end
1785
1786 ------------------------------------------------------------------------
1787 r608 | lh3lh3 | 2010-07-08 22:36:12 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 3 lines
1788 Changed paths:
1789    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1790    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
1791    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1792    M /trunk/samtools/bam_tview.c
1793
1794  * make tview more friendly
1795  * a temporary remedy for an issue in indel calling
1796
1797 ------------------------------------------------------------------------
1798 r607 | lh3lh3 | 2010-07-08 14:43:52 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1799 Changed paths:
1800    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1801    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1802    M /trunk/samtools/bamtk.c
1803
1804  * samtools-0.1.7-r607
1805  * improved the genotype accuracy for indels
1806  * use the SOAPsnp model for SNP calling by default.
1807
1808 ------------------------------------------------------------------------
1809 r606 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:05:19 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 2 lines
1810 Changed paths:
1811    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1812
1813 removed a debugging example
1814
1815 ------------------------------------------------------------------------
1816 r605 | lh3lh3 | 2010-07-08 01:04:09 -0400 (Thu, 08 Jul 2010) | 4 lines
1817 Changed paths:
1818    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
1819    M /trunk/samtools/bamtk.c
1820
1821  * samtools-.1.7-18 (r605)
1822  * fixed an issue when a deletion and mismatch occur at the same time
1823    and the base quality is higher than 40 (if -I40).
1824
1825 ------------------------------------------------------------------------
1826 r604 | lh3lh3 | 2010-07-02 19:32:24 -0400 (Fri, 02 Jul 2010) | 2 lines
1827 Changed paths:
1828    M /trunk/samtools/bam.h
1829    M /trunk/samtools/bam_index.c
1830    M /trunk/samtools/misc/Makefile
1831
1832 fixed a minor bug in idxstats
1833
1834 ------------------------------------------------------------------------
1835 r601 | lh3lh3 | 2010-06-16 09:03:59 -0400 (Wed, 16 Jun 2010) | 2 lines
1836 Changed paths:
1837    M /trunk/samtools/bam_index.c
1838
1839 fixed a minor bug in indexing
1840
1841 ------------------------------------------------------------------------
1842 r600 | lh3lh3 | 2010-06-15 10:17:53 -0400 (Tue, 15 Jun 2010) | 2 lines
1843 Changed paths:
1844    M /trunk/samtools/ChangeLog
1845    M /trunk/samtools/bam.c
1846
1847 change printf() to puts in exporting
1848
1849 ------------------------------------------------------------------------
1850 r599 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:41:11 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1851 Changed paths:
1852    M /trunk/samtools/bamtk.c
1853
1854 minor fix. No actual effect.
1855
1856 ------------------------------------------------------------------------
1857 r598 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:32:45 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1858 Changed paths:
1859    M /trunk/samtools/Makefile
1860
1861 added Makefile targets to compile shared/dynamic library
1862
1863 ------------------------------------------------------------------------
1864 r596 | lh3lh3 | 2010-06-13 19:48:07 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1865 Changed paths:
1866    M /trunk/samtools/ChangeLog
1867    M /trunk/samtools/bam_index.c
1868    M /trunk/samtools/bamtk.c
1869
1870  * samtools-0.1.7-17 (r596)
1871  * also keep the number of coor-less reads in the index file
1872
1873 ------------------------------------------------------------------------
1874 r595 | lh3lh3 | 2010-06-13 18:54:26 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
1875 Changed paths:
1876    M /trunk/samtools/bam_index.c
1877    M /trunk/samtools/bamtk.c
1878
1879  * samtools-0.1.7-16 (r595)
1880  * write additional information to bam index
1881
1882 ------------------------------------------------------------------------
1883 r594 | lh3lh3 | 2010-06-13 17:29:52 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 2 lines
1884 Changed paths:
1885    M /trunk/samtools/bam_index.c
1886
1887 fixed a bug for unmapped sequences in indexing
1888
1889 ------------------------------------------------------------------------
1890 r593 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:11:32 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 2 lines
1891 Changed paths:
1892    M /trunk/samtools/bam.h
1893    M /trunk/samtools/bam_index.c
1894    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1895    M /trunk/samtools/samtools.1
1896
1897 rename iterf as iter
1898
1899 ------------------------------------------------------------------------
1900 r592 | lh3lh3 | 2010-06-12 18:02:38 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 4 lines
1901 Changed paths:
1902    M /trunk/samtools/ChangeLog
1903    M /trunk/samtools/bam_aux.c
1904    M /trunk/samtools/bam_index.c
1905    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1906    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1907    M /trunk/samtools/bamtk.c
1908
1909  * samtools-0.1.7-15 (r592)
1910  * fixed a few minor memory leaks in the new pileup code
1911  * improved the functionality of mpileup
1912
1913 ------------------------------------------------------------------------
1914 r591 | lh3lh3 | 2010-06-12 14:09:22 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1915 Changed paths:
1916    M /trunk/samtools/bam.h
1917    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1918    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
1919    M /trunk/samtools/bamtk.c
1920
1921  * samtools-0.1.7-14 (r591)
1922  * elementary multi-way pileup. More testing and more functionality to be done.
1923
1924 ------------------------------------------------------------------------
1925 r590 | lh3lh3 | 2010-06-12 01:00:24 -0400 (Sat, 12 Jun 2010) | 3 lines
1926 Changed paths:
1927    M /trunk/samtools/bam.h
1928    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1929    M /trunk/samtools/bamtk.c
1930
1931  * samtools-0.1.7-13 (r590)
1932  * added mpileup APIs. No compiling errors, but not tested at all. It is late.
1933
1934 ------------------------------------------------------------------------
1935 r589 | lh3lh3 | 2010-06-11 22:37:09 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1936 Changed paths:
1937    M /trunk/samtools/bam.h
1938    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
1939    M /trunk/samtools/bamtk.c
1940
1941  * samtools-0.1.7-12 (r589)
1942  * added iterator-like APIs for pileup
1943
1944 ------------------------------------------------------------------------
1945 r588 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:41:13 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1946 Changed paths:
1947    M /trunk/samtools/bam_index.c
1948    M /trunk/samtools/bamtk.c
1949
1950  * samtools-0.1.7-11 (r588)
1951  * ported a few improvements from tabix back to samtools
1952
1953 ------------------------------------------------------------------------
1954 r587 | lh3lh3 | 2010-06-11 17:33:16 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1955 Changed paths:
1956    M /trunk/samtools/bam.h
1957    M /trunk/samtools/bam_index.c
1958    M /trunk/samtools/bamtk.c
1959
1960  * samtools-0.1.7-10 (r587)
1961  * added iterator interface for bam_fetch (ported back from tabix)
1962
1963 ------------------------------------------------------------------------
1964 r586 | lh3lh3 | 2010-06-11 13:23:53 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1965 Changed paths:
1966    M /trunk/samtools/Makefile
1967    A /trunk/samtools/bam_reheader.c
1968    M /trunk/samtools/bamtk.c
1969    M /trunk/samtools/bgzf.c
1970
1971  * samtools-0.1.7-9 (r586)
1972  * added "reheader" to replace the BAM header
1973
1974 ------------------------------------------------------------------------
1975 r585 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:22:06 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 3 lines
1976 Changed paths:
1977    M /trunk/samtools/bam.c
1978    M /trunk/samtools/bamtk.c
1979    M /trunk/samtools/kstring.h
1980
1981  * samtools-0.1.7-8 (r585)
1982  * speed up "view"
1983
1984 ------------------------------------------------------------------------
1985 r584 | lh3lh3 | 2010-06-11 12:00:41 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 4 lines
1986 Changed paths:
1987    M /trunk/samtools/bam.c
1988    M /trunk/samtools/bamtk.c
1989    M /trunk/samtools/bgzf.c
1990    M /trunk/samtools/bgzf.h
1991    M /trunk/samtools/kstring.h
1992    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
1993
1994  * samtools-0.1.7-7 (r584)
1995  * ported tabix BGZF to samtools
1996  * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries
1997
1998 ------------------------------------------------------------------------
1999 r583 | petulda | 2010-06-11 11:58:20 -0400 (Fri, 11 Jun 2010) | 1 line
2000 Changed paths:
2001    A /trunk/samtools/misc/varfilter.py
2002
2003 Initial release on behalf of Aylwyn Scally
2004 ------------------------------------------------------------------------
2005 r561 | petulda | 2010-05-07 08:41:56 -0400 (Fri, 07 May 2010) | 1 line
2006 Changed paths:
2007    M /trunk/samtools/samtools.1
2008
2009 Added a note about the indels coordinates
2010 ------------------------------------------------------------------------
2011 r551 | petulda | 2010-04-23 09:42:13 -0400 (Fri, 23 Apr 2010) | 1 line
2012 Changed paths:
2013    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2014
2015 Added the possibility to print or not to print the reference allele
2016 ------------------------------------------------------------------------
2017 r546 | petulda | 2010-04-15 04:33:55 -0400 (Thu, 15 Apr 2010) | 1 line
2018 Changed paths:
2019    M /trunk/samtools/sam_header.c
2020
2021 More descriptive message for space separated tags
2022 ------------------------------------------------------------------------
2023 r545 | petulda | 2010-04-14 11:44:50 -0400 (Wed, 14 Apr 2010) | 1 line
2024 Changed paths:
2025    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2026
2027 Speedup with -i, no need to query the reference all the time
2028 ------------------------------------------------------------------------
2029 r541 | petulda | 2010-03-15 10:03:51 -0400 (Mon, 15 Mar 2010) | 1 line
2030 Changed paths:
2031    M /trunk/samtools/sam_header.c
2032
2033 Fixed the order of sequences in the header
2034 ------------------------------------------------------------------------
2035 r540 | petulda | 2010-03-04 06:28:35 -0500 (Thu, 04 Mar 2010) | 1 line
2036 Changed paths:
2037    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2038
2039 Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.
2040 ------------------------------------------------------------------------
2041 r539 | jmarshall | 2010-02-27 06:48:17 -0500 (Sat, 27 Feb 2010) | 4 lines
2042 Changed paths:
2043    M /trunk/samtools/bam.c
2044
2045 Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
2046 when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
2047 user error case when a SAM file has accidentally been supplied.
2048
2049 ------------------------------------------------------------------------
2050 r538 | petulda | 2010-02-26 10:51:40 -0500 (Fri, 26 Feb 2010) | 1 line
2051 Changed paths:
2052    M /trunk/samtools/AUTHORS
2053    M /trunk/samtools/bam.h
2054    M /trunk/samtools/bam_import.c
2055    M /trunk/samtools/sam_header.c
2056
2057 Improved efficiency of header parsing
2058 ------------------------------------------------------------------------
2059 r537 | lh3lh3 | 2010-02-23 21:08:48 -0500 (Tue, 23 Feb 2010) | 3 lines
2060 Changed paths:
2061    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
2062
2063 Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.
2064
2065
2066 ------------------------------------------------------------------------
2067 r536 | petulda | 2010-02-17 08:32:53 -0500 (Wed, 17 Feb 2010) | 1 line
2068 Changed paths:
2069    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2070
2071 Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.
2072 ------------------------------------------------------------------------
2073 r535 | petulda | 2010-02-12 04:52:37 -0500 (Fri, 12 Feb 2010) | 1 line
2074 Changed paths:
2075    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2076
2077 Print an error for pileups in simple format
2078 ------------------------------------------------------------------------
2079 r534 | lh3lh3 | 2010-02-11 14:01:41 -0500 (Thu, 11 Feb 2010) | 2 lines
2080 Changed paths:
2081    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2082
2083 added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)
2084
2085 ------------------------------------------------------------------------
2086 r533 | petulda | 2010-02-09 10:12:14 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2087 Changed paths:
2088    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2089
2090 Added possibility to specify a custom column title for the data column
2091 ------------------------------------------------------------------------
2092 r532 | petulda | 2010-02-09 09:46:09 -0500 (Tue, 09 Feb 2010) | 1 line
2093 Changed paths:
2094    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2095
2096 Added the -d option to limit maximum depth for indels.
2097 ------------------------------------------------------------------------
2098 r531 | petulda | 2010-02-03 07:57:27 -0500 (Wed, 03 Feb 2010) | 1 line
2099 Changed paths:
2100    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2101
2102 Added VCF header
2103 ------------------------------------------------------------------------
2104 r530 | lh3lh3 | 2010-02-01 09:13:19 -0500 (Mon, 01 Feb 2010) | 3 lines
2105 Changed paths:
2106    M /trunk/samtools/ChangeLog
2107    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2108    M /trunk/samtools/bamtk.c
2109    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2110    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
2111
2112  * samtools-0.1.7-6
2113  * fixed a bug in faidx
2114
2115 ------------------------------------------------------------------------
2116 r529 | jmarshall | 2010-01-11 18:51:49 -0500 (Mon, 11 Jan 2010) | 2 lines
2117 Changed paths:
2118    M /trunk/samtools/faidx.c
2119
2120 Put the right filename in the error message.
2121
2122 ------------------------------------------------------------------------
2123 r528 | lh3lh3 | 2009-12-14 11:26:47 -0500 (Mon, 14 Dec 2009) | 3 lines
2124 Changed paths:
2125    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2126    M /trunk/samtools/bamtk.c
2127
2128  * samtools-0.1.7-5 (r528)
2129  * further add new consensus generation strategy
2130
2131 ------------------------------------------------------------------------
2132 r527 | petulda | 2009-12-11 12:31:05 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2133 Changed paths:
2134    M /trunk/samtools/knetfile.c
2135
2136 Fixed a bug in knet_seek
2137 ------------------------------------------------------------------------
2138 r526 | petulda | 2009-12-11 07:51:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2139 Changed paths:
2140    M /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2141
2142 Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field
2143 ------------------------------------------------------------------------
2144 r525 | petulda | 2009-12-11 04:36:18 -0500 (Fri, 11 Dec 2009) | 1 line
2145 Changed paths:
2146    M /trunk/samtools/sam_header.c
2147
2148 Allow tabs in the CO header field
2149 ------------------------------------------------------------------------
2150 r524 | jmarshall | 2009-12-10 10:03:58 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 3 lines
2151 Changed paths:
2152    M /trunk/samtools/Makefile
2153    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2154
2155 Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
2156 unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.
2157
2158 ------------------------------------------------------------------------
2159 r523 | jmarshall | 2009-12-10 09:45:32 -0500 (Thu, 10 Dec 2009) | 4 lines
2160 Changed paths:
2161    M /trunk/samtools/Makefile
2162    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2163
2164 Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
2165 is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
2166 facilitate non-knet builds.
2167
2168 ------------------------------------------------------------------------
2169 r522 | lh3lh3 | 2009-12-01 13:02:36 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2170 Changed paths:
2171    M /trunk/samtools/bamtk.c
2172    M /trunk/samtools/sam_view.c
2173
2174  * samtools-0.1.7-4 (r522)
2175  * fixed a bug in "view -r"
2176  * added a new option "view -R" to read required read groups from a file
2177
2178 ------------------------------------------------------------------------
2179 r521 | lh3lh3 | 2009-12-01 10:00:12 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 3 lines
2180 Changed paths:
2181    M /trunk/samtools/bam_md.c
2182    M /trunk/samtools/bamtk.c
2183
2184  * samtools-0.1.7-3 (r521)
2185  * calmd: optionally mask matching bases as N
2186
2187 ------------------------------------------------------------------------
2188 r520 | lh3lh3 | 2009-12-01 09:37:17 -0500 (Tue, 01 Dec 2009) | 4 lines
2189 Changed paths:
2190    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2191    M /trunk/samtools/bamtk.c
2192    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2193
2194  * samtools-0.1.7-2 (r520)
2195  * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
2196  * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)
2197
2198 ------------------------------------------------------------------------
2199 r519 | jmarshall | 2009-11-30 10:53:02 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 6 lines
2200 Changed paths:
2201    M /trunk/samtools/Makefile
2202
2203 Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
2204 as well, even with old-fashioned linkers.
2205
2206 Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
2207 the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.
2208
2209 ------------------------------------------------------------------------
2210 r518 | jmarshall | 2009-11-30 08:44:56 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2211 Changed paths:
2212    M /trunk/samtools/Makefile
2213    M /trunk/samtools/misc/Makefile
2214
2215 Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).
2216
2217 ------------------------------------------------------------------------
2218 r517 | jmarshall | 2009-11-30 07:09:04 -0500 (Mon, 30 Nov 2009) | 2 lines
2219 Changed paths:
2220    M /trunk/samtools/bam_index.c
2221
2222 Index files should be opened in binary mode, not text mode.
2223
2224 ------------------------------------------------------------------------
2225 r516 | lh3lh3 | 2009-11-27 15:18:59 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 2 lines
2226 Changed paths:
2227    A /trunk/samtools/examples/bam2bed.c
2228
2229 another example program
2230
2231 ------------------------------------------------------------------------
2232 r515 | lh3lh3 | 2009-11-27 10:44:56 -0500 (Fri, 27 Nov 2009) | 3 lines
2233 Changed paths:
2234    M /trunk/samtools/bam_import.c
2235    M /trunk/samtools/bamtk.c
2236    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2237    M /trunk/samtools/sam.c
2238
2239  * samtools-0.1.7-1 (r515)
2240  * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault
2241
2242 ------------------------------------------------------------------------
2243 r514 | jmarshall | 2009-11-24 09:45:35 -0500 (Tue, 24 Nov 2009) | 2 lines
2244 Changed paths:
2245    M /trunk/samtools/bam.c
2246
2247 Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.
2248
2249 ------------------------------------------------------------------------
2250 r513 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:13:07 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2251 Changed paths:
2252    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2253
2254 Update Makefile.mingw for the same reason
2255
2256 ------------------------------------------------------------------------
2257 r512 | lh3lh3 | 2009-11-16 10:00:08 -0500 (Mon, 16 Nov 2009) | 2 lines
2258 Changed paths:
2259    M /trunk/samtools/Makefile
2260
2261 Fixed a bug in compiling razip
2262
2263 ------------------------------------------------------------------------
2264 r510 | lh3lh3 | 2009-11-10 10:55:41 -0500 (Tue, 10 Nov 2009) | 2 lines
2265 Changed paths:
2266    M /trunk/samtools/ChangeLog
2267    M /trunk/samtools/NEWS
2268    M /trunk/samtools/bamtk.c
2269    M /trunk/samtools/samtools.1
2270
2271 Release samtools-0.1.7 (r510)
2272
2273 ------------------------------------------------------------------------
2274 r509 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:17:09 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2275 Changed paths:
2276    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2277    M /trunk/samtools/bamtk.c
2278
2279  * samtools-0.1.6-22 (r509)
2280  * forget to fix a similar problem in glfgen
2281
2282 ------------------------------------------------------------------------
2283 r508 | lh3lh3 | 2009-11-06 09:06:40 -0500 (Fri, 06 Nov 2009) | 3 lines
2284 Changed paths:
2285    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2286    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2287    M /trunk/samtools/bamtk.c
2288    M /trunk/samtools/sam_view.c
2289
2290  * samtools-0.1.6-21 (r508)
2291  * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome
2292
2293 ------------------------------------------------------------------------
2294 r494 | lh3lh3 | 2009-10-26 11:38:00 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 3 lines
2295 Changed paths:
2296    M /trunk/samtools/bamtk.c
2297    M /trunk/samtools/sam_view.c
2298
2299  * samtools-0.1.6-19 (r494)
2300  * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality
2301
2302 ------------------------------------------------------------------------
2303 r493 | lh3lh3 | 2009-10-26 10:24:39 -0400 (Mon, 26 Oct 2009) | 4 lines
2304 Changed paths:
2305    M /trunk/samtools/Makefile
2306    M /trunk/samtools/bam.c
2307    M /trunk/samtools/bam_import.c
2308    M /trunk/samtools/bamtk.c
2309    M /trunk/samtools/sam.c
2310    M /trunk/samtools/sam_header.c
2311
2312  * samtools-0.1.6-18 (r493)
2313  * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
2314  * a little code clean up in sam_header.c
2315
2316 ------------------------------------------------------------------------
2317 r492 | petulda | 2009-10-24 09:43:25 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 1 line
2318 Changed paths:
2319    M /trunk/samtools/sam_header.c
2320
2321 Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2
2322 ------------------------------------------------------------------------
2323 r491 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:50:16 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2324 Changed paths:
2325    M /trunk/samtools/sam_view.c
2326
2327  * BUGGY VERSION
2328  * fixed a minor bug
2329
2330 ------------------------------------------------------------------------
2331 r490 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:45:12 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 4 lines
2332 Changed paths:
2333    M /trunk/samtools/bam.c
2334    M /trunk/samtools/bam.h
2335    M /trunk/samtools/bam_import.c
2336    M /trunk/samtools/sam.c
2337
2338  * BUGGY VERSION
2339  * improved the interface a bit
2340  * bug unfixed
2341
2342 ------------------------------------------------------------------------
2343 r489 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:41:50 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2344 Changed paths:
2345    M /trunk/samtools/bam_import.c
2346    M /trunk/samtools/sam_header.c
2347    M /trunk/samtools/sam_header.h
2348
2349  * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
2350  * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.
2351
2352 ------------------------------------------------------------------------
2353 r488 | lh3lh3 | 2009-10-24 00:17:10 -0400 (Sat, 24 Oct 2009) | 3 lines
2354 Changed paths:
2355    M /trunk/samtools/Makefile
2356    M /trunk/samtools/bam.c
2357    M /trunk/samtools/bam.h
2358    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2359    M /trunk/samtools/bam_import.c
2360    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2361    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2362    M /trunk/samtools/kaln.c
2363    M /trunk/samtools/sam.c
2364    M /trunk/samtools/sam_header.c
2365    M /trunk/samtools/sam_header.h
2366    M /trunk/samtools/sam_view.c
2367
2368  * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
2369  * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek
2370
2371 ------------------------------------------------------------------------
2372 r487 | petulda | 2009-10-23 11:44:32 -0400 (Fri, 23 Oct 2009) | 1 line
2373 Changed paths:
2374    M /trunk/samtools/sam_header.c
2375    M /trunk/samtools/sam_header.h
2376
2377 Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries
2378 ------------------------------------------------------------------------
2379 r486 | petulda | 2009-10-22 11:46:58 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2380 Changed paths:
2381    M /trunk/samtools/sam_header.c
2382
2383
2384 ------------------------------------------------------------------------
2385 r485 | petulda | 2009-10-22 11:41:56 -0400 (Thu, 22 Oct 2009) | 1 line
2386 Changed paths:
2387    A /trunk/samtools/sam_header.c
2388    A /trunk/samtools/sam_header.h
2389
2390
2391 ------------------------------------------------------------------------
2392 r484 | lh3lh3 | 2009-10-19 14:31:32 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 5 lines
2393 Changed paths:
2394    M /trunk/samtools/bam_import.c
2395    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2396    M /trunk/samtools/bamtk.c
2397    M /trunk/samtools/examples/Makefile
2398
2399  * samtools-0.1.6-17 (r484)
2400  * fixed a memory leak in rmdupse
2401  * fixed a bug in parsing @RG header lines
2402  * test rmdup in examples/
2403
2404 ------------------------------------------------------------------------
2405 r483 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:22:48 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2406 Changed paths:
2407    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2408    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2409    M /trunk/samtools/bamtk.c
2410
2411  * samtools-0.1.6-16 (r483)
2412  * unify the interface of rmdup and rmdupse
2413  * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.
2414
2415 ------------------------------------------------------------------------
2416 r482 | lh3lh3 | 2009-10-19 13:03:34 -0400 (Mon, 19 Oct 2009) | 4 lines
2417 Changed paths:
2418    M /trunk/samtools/bam.h
2419    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2420    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2421    M /trunk/samtools/bamtk.c
2422    A /trunk/samtools/klist.h
2423
2424  * samtools-0.1.6-15 (r482)
2425  * rewrite rmdupse
2426  * rmdupse is now library aware
2427
2428 ------------------------------------------------------------------------
2429 r481 | lh3lh3 | 2009-10-18 00:07:21 -0400 (Sun, 18 Oct 2009) | 3 lines
2430 Changed paths:
2431    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2432    M /trunk/samtools/bamtk.c
2433
2434  * samtools-0.1.6-14 (r480)
2435  * rmdup is now RG aware
2436
2437 ------------------------------------------------------------------------
2438 r480 | lh3lh3 | 2009-10-17 22:05:20 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 2 lines
2439 Changed paths:
2440    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2441
2442 added a small unitity to parse SRA XML files
2443
2444 ------------------------------------------------------------------------
2445 r479 | lh3lh3 | 2009-10-17 20:57:26 -0400 (Sat, 17 Oct 2009) | 3 lines
2446 Changed paths:
2447    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2448    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2449    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2450    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2451    M /trunk/samtools/bamtk.c
2452
2453  * samtools-0.1.6-13 (r479)
2454  * merge: optionally use file names as RG tags
2455
2456 ------------------------------------------------------------------------
2457 r478 | lh3lh3 | 2009-10-14 14:18:12 -0400 (Wed, 14 Oct 2009) | 3 lines
2458 Changed paths:
2459    M /trunk/samtools/bam.c
2460    M /trunk/samtools/bam.h
2461    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2462    M /trunk/samtools/bamtk.c
2463    M /trunk/samtools/kaln.c
2464
2465  * samtools-0.1.6-12 (r478)
2466  * fixed a bug in the indel caller
2467
2468 ------------------------------------------------------------------------
2469 r477 | lh3lh3 | 2009-10-10 06:12:26 -0400 (Sat, 10 Oct 2009) | 3 lines
2470 Changed paths:
2471    M /trunk/samtools/bam_index.c
2472    M /trunk/samtools/bamtk.c
2473
2474  * samtools-0.1.6-11 (r477)
2475  * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)
2476
2477 ------------------------------------------------------------------------
2478 r476 | petulda | 2009-10-09 11:45:36 -0400 (Fri, 09 Oct 2009) | 1 line
2479 Changed paths:
2480    A /trunk/samtools/misc/sam2vcf.pl
2481
2482 Added the sam2vcf.pl script.
2483 ------------------------------------------------------------------------
2484 r475 | lh3lh3 | 2009-10-08 10:19:16 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 2 lines
2485 Changed paths:
2486    M /trunk/samtools/Makefile
2487    M /trunk/samtools/bam.c
2488    M /trunk/samtools/bam.h
2489    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2490    M /trunk/samtools/bamtk.c
2491    A /trunk/samtools/kaln.c
2492    A /trunk/samtools/kaln.h
2493
2494 Unfinished modification. Please do not use this revision...
2495
2496 ------------------------------------------------------------------------
2497 r474 | petulda | 2009-10-08 06:39:54 -0400 (Thu, 08 Oct 2009) | 1 line
2498 Changed paths:
2499    M /trunk/samtools/knetfile.c
2500
2501 Removed the offending knet_seek message.
2502 ------------------------------------------------------------------------
2503 r473 | petulda | 2009-10-06 09:26:35 -0400 (Tue, 06 Oct 2009) | 1 line
2504 Changed paths:
2505    M /trunk/samtools/knetfile.c
2506    M /trunk/samtools/razf.c
2507
2508 Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.
2509 ------------------------------------------------------------------------
2510 r472 | lh3lh3 | 2009-10-02 08:42:57 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2511 Changed paths:
2512    M /trunk/samtools/samtools.1
2513
2514 Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".
2515
2516 ------------------------------------------------------------------------
2517 r471 | lh3lh3 | 2009-10-02 05:42:19 -0400 (Fri, 02 Oct 2009) | 2 lines
2518 Changed paths:
2519    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
2520
2521 Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)
2522
2523 ------------------------------------------------------------------------
2524 r470 | lh3lh3 | 2009-09-29 15:01:27 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2525 Changed paths:
2526    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2527    M /trunk/samtools/bamtk.c
2528    M /trunk/samtools/knetfile.c
2529    M /trunk/samtools/knetfile.h
2530
2531  * samtools-0.1.6-9 (r470)
2532  * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)
2533
2534 ------------------------------------------------------------------------
2535 r469 | lh3lh3 | 2009-09-29 08:07:44 -0400 (Tue, 29 Sep 2009) | 3 lines
2536 Changed paths:
2537    M /trunk/samtools/bam_index.c
2538    M /trunk/samtools/bamtk.c
2539
2540  * samtools-0.1.6-9 (r469)
2541  * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.
2542
2543 ------------------------------------------------------------------------
2544 r468 | lh3lh3 | 2009-09-28 05:18:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 3 lines
2545 Changed paths:
2546    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2547    M /trunk/samtools/bamtk.c
2548    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2549
2550  * samtools-0.1.6-7 (r468)
2551  * make merge stable
2552
2553 ------------------------------------------------------------------------
2554 r467 | petulda | 2009-09-28 04:51:29 -0400 (Mon, 28 Sep 2009) | 1 line
2555 Changed paths:
2556    M /trunk/samtools/bgzf.c
2557    M /trunk/samtools/bgzip.c
2558    M /trunk/samtools/razf.c
2559    M /trunk/samtools/razip.c
2560
2561 Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).
2562 ------------------------------------------------------------------------
2563 r466 | lh3lh3 | 2009-09-24 06:29:19 -0400 (Thu, 24 Sep 2009) | 3 lines
2564 Changed paths:
2565    M /trunk/samtools/ChangeLog
2566    M /trunk/samtools/bam_md.c
2567    M /trunk/samtools/bamtk.c
2568
2569  * samtools-0.1.6-6 (r466)
2570  * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.
2571
2572 ------------------------------------------------------------------------
2573 r464 | jmarshall | 2009-09-23 06:14:32 -0400 (Wed, 23 Sep 2009) | 3 lines
2574 Changed paths:
2575    M /trunk/samtools/bam.c
2576    M /trunk/samtools/knetfile.c
2577
2578 Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
2579 no way to seek on a pipe and the messages always appear.
2580
2581 ------------------------------------------------------------------------
2582 r463 | petulda | 2009-09-16 07:05:41 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 1 line
2583 Changed paths:
2584    M /trunk/samtools/knetfile.c
2585    M /trunk/samtools/razf.c
2586
2587 A bug fix, "samtools view" is now working again.
2588 ------------------------------------------------------------------------
2589 r462 | lh3lh3 | 2009-09-16 04:51:07 -0400 (Wed, 16 Sep 2009) | 3 lines
2590 Changed paths:
2591    M /trunk/samtools/bamtk.c
2592    M /trunk/samtools/faidx.c
2593    M /trunk/samtools/knetfile.c
2594    M /trunk/samtools/knetfile.h
2595    M /trunk/samtools/razf.c
2596    M /trunk/samtools/razf.h
2597
2598  * samtools-0.1.6-5 (r462)
2599  * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)
2600
2601 ------------------------------------------------------------------------
2602 r460 | lh3lh3 | 2009-09-09 07:06:22 -0400 (Wed, 09 Sep 2009) | 2 lines
2603 Changed paths:
2604    M /trunk/samtools/samtools.1
2605
2606 fixed a formatting issue
2607
2608 ------------------------------------------------------------------------
2609 r459 | lh3lh3 | 2009-09-08 18:14:08 -0400 (Tue, 08 Sep 2009) | 3 lines
2610 Changed paths:
2611    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2612    M /trunk/samtools/bamtk.c
2613
2614  * samtools-0.1.6-4 (r459)
2615  * make sort output the result to stdout when -o is in use
2616
2617 ------------------------------------------------------------------------
2618 r458 | lh3lh3 | 2009-09-07 05:10:28 -0400 (Mon, 07 Sep 2009) | 4 lines
2619 Changed paths:
2620    M /trunk/samtools/bamtk.c
2621    M /trunk/samtools/faidx.c
2622    M /trunk/samtools/faidx.h
2623    M /trunk/samtools/samtools.1
2624
2625  * samtools-0.1.6-2 (r458)
2626  * added more interface to faidx (by Nils)
2627  * updated documentation
2628
2629 ------------------------------------------------------------------------
2630 r457 | lh3lh3 | 2009-09-05 16:12:04 -0400 (Sat, 05 Sep 2009) | 3 lines
2631 Changed paths:
2632    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2633    M /trunk/samtools/bamtk.c
2634
2635  * samtools-0.1.6-2 (r457)
2636  * get rid of three assert() in bam_sort.c
2637
2638 ------------------------------------------------------------------------
2639 r456 | jmarshall | 2009-09-04 12:46:25 -0400 (Fri, 04 Sep 2009) | 3 lines
2640 Changed paths:
2641    M /trunk/samtools/razf.c
2642
2643 Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
2644 when opening the file fails.
2645
2646 ------------------------------------------------------------------------
2647 r453 | lh3lh3 | 2009-09-02 08:56:33 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 2 lines
2648 Changed paths:
2649    M /trunk/samtools/ChangeLog
2650    M /trunk/samtools/NEWS
2651    M /trunk/samtools/bamtk.c
2652    M /trunk/samtools/samtools.1
2653    D /trunk/samtools/source.dot
2654
2655 Release samtools-0.1.6
2656
2657 ------------------------------------------------------------------------
2658 r451 | lh3lh3 | 2009-09-02 05:44:48 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 4 lines
2659 Changed paths:
2660    M /trunk/samtools/bam_md.c
2661    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
2662    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
2663    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2664    M /trunk/samtools/bamtk.c
2665    M /trunk/samtools/samtools.1
2666
2667  * samtools-0.1.5-34 (r451)
2668  * applied the patch by John
2669  * improved the help message a little bit
2670
2671 ------------------------------------------------------------------------
2672 r450 | lh3lh3 | 2009-09-02 04:55:55 -0400 (Wed, 02 Sep 2009) | 3 lines
2673 Changed paths:
2674    M /trunk/samtools/bam_color.c
2675    M /trunk/samtools/bamtk.c
2676
2677  * samtools-0.1.5-33 (r450)
2678  * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)
2679
2680 ------------------------------------------------------------------------
2681 r449 | lh3lh3 | 2009-08-29 15:36:41 -0400 (Sat, 29 Aug 2009) | 4 lines
2682 Changed paths:
2683    M /trunk/samtools/bam_import.c
2684    M /trunk/samtools/bam_md.c
2685    M /trunk/samtools/bamtk.c
2686    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2687
2688  * samtools-0.1.5-32 (r449)
2689  * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
2690  * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.
2691
2692 ------------------------------------------------------------------------
2693 r448 | lh3lh3 | 2009-08-19 04:44:28 -0400 (Wed, 19 Aug 2009) | 3 lines
2694 Changed paths:
2695    M /trunk/samtools/ChangeLog
2696    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2697    M /trunk/samtools/bamtk.c
2698    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2699
2700  * samtools-0.1.5-31 (r448)
2701  * fixed an issue when the last CIGAR is I or D
2702
2703 ------------------------------------------------------------------------
2704 r447 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:34:57 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 3 lines
2705 Changed paths:
2706    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2707    M /trunk/samtools/bamtk.c
2708
2709  * samtools-0.1.5-30 (r447)
2710  * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked
2711
2712 ------------------------------------------------------------------------
2713 r446 | lh3lh3 | 2009-08-17 04:33:17 -0400 (Mon, 17 Aug 2009) | 2 lines
2714 Changed paths:
2715    M /trunk/samtools/bam_aux.c
2716    M /trunk/samtools/bamtk.c
2717
2718  *
2719
2720 ------------------------------------------------------------------------
2721 r444 | lh3lh3 | 2009-08-11 05:02:36 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 3 lines
2722 Changed paths:
2723    M /trunk/samtools/bam_sort.c
2724    M /trunk/samtools/bamtk.c
2725
2726  * samtools-0.1.5-28 (r444)
2727  * bug in "merge -n"
2728
2729 ------------------------------------------------------------------------
2730 r443 | lh3lh3 | 2009-08-11 04:29:11 -0400 (Tue, 11 Aug 2009) | 4 lines
2731 Changed paths:
2732    M /trunk/samtools/bam.c
2733    M /trunk/samtools/bam_import.c
2734    M /trunk/samtools/bamtk.c
2735
2736  * samtools-0.1.5-27 (r443)
2737  * SEQ and QUAL can be "*"
2738  * parse CIGAR "=" and "X" as "M"
2739
2740 ------------------------------------------------------------------------
2741 r442 | lh3lh3 | 2009-08-07 16:56:38 -0400 (Fri, 07 Aug 2009) | 4 lines
2742 Changed paths:
2743    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
2744    M /trunk/samtools/bamtk.c
2745    M /trunk/samtools/misc/md5.c
2746    M /trunk/samtools/misc/md5.h
2747    M /trunk/samtools/misc/md5fa.c
2748
2749  * samtools-0.1.5-26 (r442)
2750  * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
2751  * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup
2752
2753 ------------------------------------------------------------------------
2754 r441 | bhandsaker | 2009-08-05 09:41:28 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 2 lines
2755 Changed paths:
2756    M /trunk/samtools/bgzf.c
2757    M /trunk/samtools/bgzf.h
2758    M /trunk/samtools/bgzip.c
2759
2760 Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.
2761
2762 ------------------------------------------------------------------------
2763 r440 | lh3lh3 | 2009-08-05 05:44:24 -0400 (Wed, 05 Aug 2009) | 3 lines
2764 Changed paths:
2765    M /trunk/samtools/bam_stat.c
2766    M /trunk/samtools/bamtk.c
2767
2768  * samtools-0.1.5-25 (r436)
2769  * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped
2770
2771 ------------------------------------------------------------------------
2772 r439 | lh3lh3 | 2009-08-04 17:16:51 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2773 Changed paths:
2774    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2775
2776 fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag
2777
2778 ------------------------------------------------------------------------
2779 r438 | lh3lh3 | 2009-08-04 16:50:43 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 2 lines
2780 Changed paths:
2781    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2782
2783 fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)
2784
2785 ------------------------------------------------------------------------
2786 r437 | lh3lh3 | 2009-08-04 04:13:24 -0400 (Tue, 04 Aug 2009) | 3 lines
2787 Changed paths:
2788    M /trunk/samtools/bamtk.c
2789    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2790    M /trunk/samtools/sam_view.c
2791
2792  * samtools-0.1.5-24 (r435)
2793  * fixed a typo
2794
2795 ------------------------------------------------------------------------
2796 r434 | lh3lh3 | 2009-08-03 05:40:42 -0400 (Mon, 03 Aug 2009) | 3 lines
2797 Changed paths:
2798    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2799    M /trunk/samtools/bamtk.c
2800
2801  * samtools-0.1.5-23 (r434)
2802  * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences
2803
2804 ------------------------------------------------------------------------
2805 r433 | lh3lh3 | 2009-08-02 14:13:35 -0400 (Sun, 02 Aug 2009) | 3 lines
2806 Changed paths:
2807    M /trunk/samtools/knetfile.c
2808
2809  * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
2810  * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".
2811
2812 ------------------------------------------------------------------------
2813 r432 | lh3lh3 | 2009-08-01 19:32:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 5 lines
2814 Changed paths:
2815    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2816    M /trunk/samtools/bamtk.c
2817    M /trunk/samtools/faidx.c
2818    M /trunk/samtools/razf.c
2819    A /trunk/samtools/win32/libcurses.a
2820    A /trunk/samtools/win32/xcurses.h
2821
2822  * samtools-0.1.5-22 (r432)
2823  * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
2824  * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
2825  * PDCurses support in Windows
2826
2827 ------------------------------------------------------------------------
2828 r431 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:34:54 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2829 Changed paths:
2830    M /trunk/samtools/win32/libz.a
2831
2832 replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.
2833
2834 ------------------------------------------------------------------------
2835 r430 | lh3lh3 | 2009-08-01 18:21:07 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 2 lines
2836 Changed paths:
2837    M /trunk/samtools/knetfile.c
2838
2839 add comments
2840
2841 ------------------------------------------------------------------------
2842 r429 | lh3lh3 | 2009-08-01 17:41:19 -0400 (Sat, 01 Aug 2009) | 3 lines
2843 Changed paths:
2844    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2845    M /trunk/samtools/bamtk.c
2846    M /trunk/samtools/knetfile.c
2847    M /trunk/samtools/knetfile.h
2848
2849  * samtools-0.1.5-21 (r428)
2850  * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock
2851
2852 ------------------------------------------------------------------------
2853 r428 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:39:07 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2854 Changed paths:
2855    M /trunk/samtools/Makefile.mingw
2856
2857 simplify MinGW Makefile
2858
2859 ------------------------------------------------------------------------
2860 r427 | lh3lh3 | 2009-07-31 19:30:54 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2861 Changed paths:
2862    A /trunk/samtools/Makefile.mingw
2863    M /trunk/samtools/bam_import.c
2864    M /trunk/samtools/bamtk.c
2865    A /trunk/samtools/win32
2866    A /trunk/samtools/win32/libz.a
2867    A /trunk/samtools/win32/zconf.h
2868    A /trunk/samtools/win32/zlib.h
2869
2870  * samtools-0.1.5-20 (r427)
2871  * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
2872    functionality are not tested at the moment.
2873  * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/
2874
2875 ------------------------------------------------------------------------
2876 r426 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:32:09 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 3 lines
2877 Changed paths:
2878    M /trunk/samtools/bamtk.c
2879    M /trunk/samtools/sam_view.c
2880
2881  * samtools-0.1.5-19 (r426)
2882  * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.
2883
2884 ------------------------------------------------------------------------
2885 r425 | lh3lh3 | 2009-07-31 18:23:51 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 2 lines
2886 Changed paths:
2887    M /trunk/samtools/bgzf.c
2888
2889 compatible with Windows binary files
2890
2891 ------------------------------------------------------------------------
2892 r424 | lh3lh3 | 2009-07-31 05:19:59 -0400 (Fri, 31 Jul 2009) | 5 lines
2893 Changed paths:
2894    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
2895    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
2896    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2897    M /trunk/samtools/bam_tview.c
2898    M /trunk/samtools/bamtk.c
2899    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2900
2901  * samtools-0.1.5-18 (r423)
2902  * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
2903    of debugging at the moment
2904  * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion
2905
2906 ------------------------------------------------------------------------
2907 r423 | lh3lh3 | 2009-07-30 17:00:36 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 2 lines
2908 Changed paths:
2909    A /trunk/samtools/misc/psl2sam.pl
2910
2911 convert BLAT psl to SAM.
2912
2913 ------------------------------------------------------------------------
2914 r422 | lh3lh3 | 2009-07-30 06:24:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 6 lines
2915 Changed paths:
2916    M /trunk/samtools/ChangeLog
2917    M /trunk/samtools/bam.c
2918    M /trunk/samtools/bamtk.c
2919    M /trunk/samtools/bgzf.c
2920    M /trunk/samtools/bgzf.h
2921    M /trunk/samtools/knetfile.c
2922    M /trunk/samtools/sam.c
2923    M /trunk/samtools/sam_view.c
2924
2925  * samtools-0.1.5-17 (r422)
2926  * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
2927  * write an empty BGZF block to every BGZF file
2928  * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
2929  * update ChangeLog
2930
2931 ------------------------------------------------------------------------
2932 r421 | lh3lh3 | 2009-07-30 05:03:39 -0400 (Thu, 30 Jul 2009) | 3 lines
2933 Changed paths:
2934    M /trunk/samtools/bam_import.c
2935    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
2936    M /trunk/samtools/bamtk.c
2937    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2938    M /trunk/samtools/sam.c
2939    M /trunk/samtools/sam.h
2940    M /trunk/samtools/sam_view.c
2941
2942  * samtools-0.1.5-16 (r421)
2943  * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.
2944
2945 ------------------------------------------------------------------------
2946 r420 | lh3lh3 | 2009-07-29 04:18:55 -0400 (Wed, 29 Jul 2009) | 2 lines
2947 Changed paths:
2948    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
2949
2950 do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq
2951
2952 ------------------------------------------------------------------------
2953 r419 | lh3lh3 | 2009-07-28 04:52:33 -0400 (Tue, 28 Jul 2009) | 5 lines
2954 Changed paths:
2955    M /trunk/samtools/bam_import.c
2956    M /trunk/samtools/bamtk.c
2957    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
2958    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2959
2960  * samtools-0.1.5-15 (r419)
2961  * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
2962  * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
2963  * add "unique" command to samtools.pl
2964
2965 ------------------------------------------------------------------------
2966 r418 | lh3lh3 | 2009-07-24 09:04:19 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 2 lines
2967 Changed paths:
2968    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
2969
2970 skip @header lines in SAM
2971
2972 ------------------------------------------------------------------------
2973 r417 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:42:38 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2974 Changed paths:
2975    M /trunk/samtools/bamtk.c
2976    M /trunk/samtools/sam_view.c
2977
2978  * samtools-0.1.5-14 (r417)
2979  * more help in "samtools view" due to the recent changes.
2980
2981 ------------------------------------------------------------------------
2982 r416 | lh3lh3 | 2009-07-24 07:34:30 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2983 Changed paths:
2984    M /trunk/samtools/bam.c
2985    M /trunk/samtools/bam.h
2986    M /trunk/samtools/bam_import.c
2987    M /trunk/samtools/bamtk.c
2988    M /trunk/samtools/sam.c
2989    M /trunk/samtools/sam.h
2990    M /trunk/samtools/sam_view.c
2991
2992  * samtools-0.1.5-17 (r416)
2993  * support import/export SAM with string tags
2994
2995 ------------------------------------------------------------------------
2996 r415 | lh3lh3 | 2009-07-24 06:39:26 -0400 (Fri, 24 Jul 2009) | 3 lines
2997 Changed paths:
2998    M /trunk/samtools/bam.c
2999    M /trunk/samtools/bam.h
3000    M /trunk/samtools/bam_import.c
3001    M /trunk/samtools/bamtk.c
3002    M /trunk/samtools/sam.c
3003    M /trunk/samtools/sam.h
3004    M /trunk/samtools/sam_view.c
3005
3006  * samtools-0.1.5-12 (r415)
3007  * FLAG now can be in HEX
3008
3009 ------------------------------------------------------------------------
3010 r414 | lh3lh3 | 2009-07-22 17:03:49 -0400 (Wed, 22 Jul 2009) | 2 lines
3011 Changed paths:
3012    M /trunk/samtools/kstring.h
3013
3014 fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)
3015
3016 ------------------------------------------------------------------------
3017 r412 | lh3lh3 | 2009-07-21 17:19:40 -0400 (Tue, 21 Jul 2009) | 2 lines
3018 Changed paths:
3019    M /trunk/samtools/kstring.c
3020    M /trunk/samtools/kstring.h
3021
3022 Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
3023
3024 ------------------------------------------------------------------------
3025 r409 | lh3lh3 | 2009-07-17 12:10:20 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 2 lines
3026 Changed paths:
3027    M /trunk/samtools/bam_index.c
3028
3029 do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined
3030
3031 ------------------------------------------------------------------------
3032 r408 | lh3lh3 | 2009-07-17 10:29:21 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3033 Changed paths:
3034    M /trunk/samtools/bam_md.c
3035    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3036    M /trunk/samtools/bamtk.c
3037    M /trunk/samtools/bgzf.c
3038
3039  * samtools-0.1.5-11 (r408)
3040  * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
3041    from fillmd.
3042  * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers
3043
3044 ------------------------------------------------------------------------
3045 r407 | lh3lh3 | 2009-07-17 09:46:56 -0400 (Fri, 17 Jul 2009) | 5 lines
3046 Changed paths:
3047    M /trunk/samtools/bam.h
3048    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3049    M /trunk/samtools/bam_md.c
3050    M /trunk/samtools/bamtk.c
3051    M /trunk/samtools/sam.h
3052
3053  * samtools-0.1.5-10 (r407)
3054  * implemented bam_aux_del() to remove a tag
3055  * fillmd: generate the NM tag
3056  * fillmd: cmd interface improvement
3057
3058 ------------------------------------------------------------------------
3059 r406 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:40 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 2 lines
3060 Changed paths:
3061    M /trunk/samtools/Makefile
3062
3063 Sorry. The old Makefile is for PDCurses...
3064
3065 ------------------------------------------------------------------------
3066 r405 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:30:11 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3067 Changed paths:
3068    M /trunk/samtools/Makefile
3069    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3070    M /trunk/samtools/bamtk.c
3071
3072  * samtools-0.1.5-9 (r405)
3073  * improved the compatibility with PDCurses a little bit
3074
3075 ------------------------------------------------------------------------
3076 r404 | lh3lh3 | 2009-07-16 18:23:52 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3077 Changed paths:
3078    M /trunk/samtools/Makefile
3079    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3080    M /trunk/samtools/bamtk.c
3081
3082  * samtools-0.1.5-8 (r404)
3083  * compatible with PDCurses
3084
3085 ------------------------------------------------------------------------
3086 r403 | lh3lh3 | 2009-07-16 17:39:39 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 3 lines
3087 Changed paths:
3088    M /trunk/samtools/bamtk.c
3089    M /trunk/samtools/kseq.h
3090
3091  * samtools-0.1.5-7 (r403)
3092  * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)
3093
3094 ------------------------------------------------------------------------
3095 r402 | lh3lh3 | 2009-07-16 06:49:53 -0400 (Thu, 16 Jul 2009) | 4 lines
3096 Changed paths:
3097    M /trunk/samtools/bam_import.c
3098    M /trunk/samtools/bam_index.c
3099    M /trunk/samtools/bamtk.c
3100    M /trunk/samtools/bgzf.c
3101
3102  * samtools-0.1.5-6 (r402)
3103  * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
3104  * improve portability to MinGW
3105
3106 ------------------------------------------------------------------------
3107 r398 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:21:36 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3108 Changed paths:
3109    A /trunk/bam-lite/bam.h (from /trunk/samtools/bam.h:395)
3110    A /trunk/bam-lite/bam_lite.c (from /trunk/samtools/bam_lite.c:395)
3111    D /trunk/samtools/bam_lite.c
3112
3113  * move bam_lite.c to bam-lite
3114  * copy bam.h to bam-lite
3115
3116 ------------------------------------------------------------------------
3117 r395 | lh3lh3 | 2009-07-13 05:12:57 -0400 (Mon, 13 Jul 2009) | 3 lines
3118 Changed paths:
3119    M /trunk/samtools/bam.h
3120    M /trunk/samtools/bam_lite.c
3121    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3122    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3123    M /trunk/samtools/bamtk.c
3124
3125  * samtools-0.1.5-5 (r395)
3126  * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()
3127
3128 ------------------------------------------------------------------------
3129 r394 | lh3lh3 | 2009-07-12 19:35:10 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3130 Changed paths:
3131    M /trunk/samtools/bamtk.c
3132    M /trunk/samtools/knetfile.c
3133    M /trunk/samtools/knetfile.h
3134
3135  * samtools-0.1.5-4 (r394)
3136  * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)
3137
3138 ------------------------------------------------------------------------
3139 r393 | lh3lh3 | 2009-07-12 18:57:07 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 5 lines
3140 Changed paths:
3141    M /trunk/samtools/bam_index.c
3142    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3143    M /trunk/samtools/bamtk.c
3144    M /trunk/samtools/knetfile.c
3145    M /trunk/samtools/knetfile.h
3146
3147  * samtools-0.1.5-3 (r393)
3148  * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
3149  * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
3150    not seen the sideeffect so far.
3151
3152 ------------------------------------------------------------------------
3153 r392 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:50:55 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 2 lines
3154 Changed paths:
3155    M /trunk/samtools/samtools.1
3156
3157 Remove the warning in tview
3158
3159 ------------------------------------------------------------------------
3160 r391 | lh3lh3 | 2009-07-12 13:42:43 -0400 (Sun, 12 Jul 2009) | 3 lines
3161 Changed paths:
3162    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3163    M /trunk/samtools/bamtk.c
3164
3165  * samtools-0.1.5-2 (r391)
3166  * do not show a blank screen when no reads mapped
3167
3168 ------------------------------------------------------------------------
3169 r390 | lh3lh3 | 2009-07-09 09:01:42 -0400 (Thu, 09 Jul 2009) | 4 lines
3170 Changed paths:
3171    M /trunk/samtools/bam.h
3172    A /trunk/samtools/bam_lite.c
3173    M /trunk/samtools/bamtk.c
3174
3175  * samtools-0.1.5-1 (r390)
3176  * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
3177  * added bam_lite.c for light-weight BAM reading
3178
3179 ------------------------------------------------------------------------
3180 r385 | lh3lh3 | 2009-07-07 11:53:29 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3181 Changed paths:
3182    M /trunk/samtools/bamtk.c
3183    M /trunk/samtools/knetfile.c
3184
3185 Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)
3186
3187 ------------------------------------------------------------------------
3188 r383 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:39:55 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3189 Changed paths:
3190    M /trunk/samtools/bamtk.c
3191    M /trunk/samtools/sam.c
3192
3193 Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)
3194
3195 ------------------------------------------------------------------------
3196 r381 | lh3lh3 | 2009-07-07 06:20:06 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3197 Changed paths:
3198    M /trunk/samtools/Makefile
3199    M /trunk/samtools/bam.h
3200    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3201    M /trunk/samtools/bamtk.c
3202
3203 Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)
3204
3205 ------------------------------------------------------------------------
3206 r373 | lh3lh3 | 2009-07-07 05:26:57 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 2 lines
3207 Changed paths:
3208    M /trunk/samtools/ChangeLog
3209    M /trunk/samtools/NEWS
3210    M /trunk/samtools/bamtk.c
3211    M /trunk/samtools/samtools.1
3212
3213 Release samtools-0.1.5
3214
3215 ------------------------------------------------------------------------
3216 r372 | lh3lh3 | 2009-07-07 04:49:27 -0400 (Tue, 07 Jul 2009) | 3 lines
3217 Changed paths:
3218    M /trunk/samtools/bamtk.c
3219    M /trunk/samtools/sam.c
3220
3221  * samtools-0.1.4-23 (r372)
3222  * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)
3223
3224 ------------------------------------------------------------------------
3225 r371 | lh3lh3 | 2009-07-06 20:13:32 -0400 (Mon, 06 Jul 2009) | 2 lines
3226 Changed paths:
3227    M /trunk/samtools/samtools.1
3228
3229 update documentation
3230
3231 ------------------------------------------------------------------------
3232 r370 | bhandsaker | 2009-07-02 17:24:34 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 2 lines
3233 Changed paths:
3234    M /trunk/samtools/Makefile
3235
3236 Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.
3237
3238 ------------------------------------------------------------------------
3239 r369 | lh3lh3 | 2009-07-02 08:36:53 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 4 lines
3240 Changed paths:
3241    M /trunk/samtools/ChangeLog
3242    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3243    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3244    M /trunk/samtools/bamtk.c
3245
3246  * samtools-0.1.4-22 (r369)
3247  * in pileup, optionally print E2 and U2
3248  * remove the debugging code in bam_aux_get() (Drat!)
3249
3250 ------------------------------------------------------------------------
3251 r368 | lh3lh3 | 2009-07-02 06:32:26 -0400 (Thu, 02 Jul 2009) | 6 lines
3252 Changed paths:
3253    M /trunk/samtools/bam.c
3254    M /trunk/samtools/bam.h
3255    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3256    M /trunk/samtools/bam_index.c
3257    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
3258    M /trunk/samtools/bam_md.c
3259    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3260    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
3261    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3262    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3263    M /trunk/samtools/bamtk.c
3264    M /trunk/samtools/faidx.c
3265    M /trunk/samtools/faidx.h
3266    M /trunk/samtools/glf.c
3267
3268  * samtools-0.1.4-21 (r368)
3269  * propagate errors rather than exit or complain assertion failure. Assertion
3270    should be only used for checking internal bugs, but not for external input
3271    inconsistency. I was just a bit lazy.
3272  * small memory leak may be present on failure, though
3273
3274 ------------------------------------------------------------------------
3275 r367 | lh3lh3 | 2009-06-30 11:18:42 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3276 Changed paths:
3277    M /trunk/samtools/knetfile.c
3278
3279 reduce the chance of blocking in FTP connection
3280
3281 ------------------------------------------------------------------------
3282 r366 | lh3lh3 | 2009-06-30 10:35:21 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 2 lines
3283 Changed paths:
3284    M /trunk/samtools/knetfile.c
3285
3286 minor changes to knetfile: invalid fd equals -1 rather than 0
3287
3288 ------------------------------------------------------------------------
3289 r365 | lh3lh3 | 2009-06-30 09:04:30 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3290 Changed paths:
3291    M /trunk/samtools/bam_index.c
3292    M /trunk/samtools/bamtk.c
3293    M /trunk/samtools/knetfile.c
3294    M /trunk/samtools/knetfile.h
3295
3296  * samtools-0.1.4-20 (r365)
3297  * download the BAM index file if it is not found in the current working directory.
3298
3299 ------------------------------------------------------------------------
3300 r364 | lh3lh3 | 2009-06-30 07:39:07 -0400 (Tue, 30 Jun 2009) | 3 lines
3301 Changed paths:
3302    M /trunk/samtools/bamtk.c
3303    M /trunk/samtools/knetfile.c
3304
3305  * samtools-0.1.4-19 (r364)
3306  * knetfile: report error when the file is not present on FTP
3307
3308 ------------------------------------------------------------------------
3309 r363 | lh3lh3 | 2009-06-29 18:23:32 -0400 (Mon, 29 Jun 2009) | 4 lines
3310 Changed paths:
3311    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3312    M /trunk/samtools/bamtk.c
3313    M /trunk/samtools/bgzf.c
3314    M /trunk/samtools/bgzf.h
3315    M /trunk/samtools/knetfile.c
3316    M /trunk/samtools/knetfile.h
3317
3318  * samtools-0.1.4-18 (r363)
3319  * knetfile: do not trigger network communication in FTP seek (lazy seek)
3320  * bgzf: cache recent blocks (disabled by default)
3321
3322 ------------------------------------------------------------------------
3323 r362 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:04:34 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3324 Changed paths:
3325    M /trunk/samtools/bgzf.c
3326
3327 write changelog
3328
3329 ------------------------------------------------------------------------
3330 r361 | lh3lh3 | 2009-06-25 16:03:10 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3331 Changed paths:
3332    M /trunk/samtools/bam_index.c
3333    M /trunk/samtools/bamtk.c
3334
3335  * samtools-0.1.4-17 (r361)
3336  * if a file is given on FTP, search locally for the BAM index
3337
3338 ------------------------------------------------------------------------
3339 r360 | lh3lh3 | 2009-06-25 15:44:52 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 5 lines
3340 Changed paths:
3341    M /trunk/samtools/Makefile
3342    M /trunk/samtools/bam_import.c
3343    M /trunk/samtools/bam_index.c
3344    M /trunk/samtools/bamtk.c
3345    M /trunk/samtools/bgzf.c
3346    M /trunk/samtools/bgzf.h
3347    M /trunk/samtools/knetfile.c
3348    M /trunk/samtools/knetfile.h
3349
3350  * samtools-0.1.4-16 (r360)
3351  * report more information in index when the input is not sorted
3352  * change the behaviour of knet_seek() such that it returns 0 on success
3353  * support knetfile library in BGZF
3354
3355 ------------------------------------------------------------------------
3356 r359 | lh3lh3 | 2009-06-25 12:10:55 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3357 Changed paths:
3358    M /trunk/samtools/knetfile.c
3359    M /trunk/samtools/knetfile.h
3360
3361 fixed bugs in knetfile.*
3362
3363 ------------------------------------------------------------------------
3364 r358 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:53:19 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 2 lines
3365 Changed paths:
3366    A /trunk/samtools/knetfile.h
3367
3368 this is the header file
3369
3370 ------------------------------------------------------------------------
3371 r357 | lh3lh3 | 2009-06-25 08:52:03 -0400 (Thu, 25 Jun 2009) | 3 lines
3372 Changed paths:
3373    A /trunk/samtools/knetfile.c
3374
3375  * open a file at FTP
3376  * preliminary version
3377
3378 ------------------------------------------------------------------------
3379 r354 | lh3lh3 | 2009-06-24 09:02:25 -0400 (Wed, 24 Jun 2009) | 3 lines
3380 Changed paths:
3381    M /trunk/samtools/bam.c
3382    M /trunk/samtools/bamtk.c
3383
3384  * samtools-0.1.4-15 (r354)
3385  * fixed a memory leak in bam_view1(), although samtools is not using this routine.
3386
3387 ------------------------------------------------------------------------
3388 r351 | lh3lh3 | 2009-06-17 19:16:26 -0400 (Wed, 17 Jun 2009) | 4 lines
3389 Changed paths:
3390    M /trunk/samtools/bamtk.c
3391    M /trunk/samtools/faidx.c
3392
3393  * samtools-0.1.4-13 (r351)
3394  * make faidx more tolerant to empty lines right before or after > lines
3395  * hope this does not introduce new bugs...
3396
3397 ------------------------------------------------------------------------
3398 r350 | lh3lh3 | 2009-06-16 09:37:01 -0400 (Tue, 16 Jun 2009) | 3 lines
3399 Changed paths:
3400    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3401    M /trunk/samtools/bamtk.c
3402
3403  * samtools-0.1.4-13 (r350)
3404  * fixed a small memory leak in pileup, caused by recent modifications
3405
3406 ------------------------------------------------------------------------
3407 r347 | lh3lh3 | 2009-06-13 16:20:49 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3408 Changed paths:
3409    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3410    M /trunk/samtools/bamtk.c
3411    M /trunk/samtools/sam_view.c
3412
3413  * samtools-0.1.4-12 (r347)
3414  * added `-S' to pileup, similar to `view -S'
3415
3416 ------------------------------------------------------------------------
3417 r346 | lh3lh3 | 2009-06-13 12:52:31 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 3 lines
3418 Changed paths:
3419    M /trunk/samtools/Makefile
3420    M /trunk/samtools/bamtk.c
3421    M /trunk/samtools/sam_view.c
3422    M /trunk/samtools/samtools.1
3423
3424  * samtools-0.1.4-11 (r346)
3425  * allow to select a read group at view command-line
3426
3427 ------------------------------------------------------------------------
3428 r344 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:06:24 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3429 Changed paths:
3430    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3431
3432 added more comments
3433
3434 ------------------------------------------------------------------------
3435 r343 | lh3lh3 | 2009-06-13 09:01:22 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3436 Changed paths:
3437    M /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3438
3439 nothing really
3440
3441 ------------------------------------------------------------------------
3442 r342 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:58:48 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3443 Changed paths:
3444    M /trunk/samtools/examples/Makefile
3445    A /trunk/samtools/examples/calDepth.c
3446
3447 added an example of calculating read depth
3448
3449 ------------------------------------------------------------------------
3450 r341 | lh3lh3 | 2009-06-13 08:00:08 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3451 Changed paths:
3452    M /trunk/samtools/Makefile
3453    M /trunk/samtools/bam.h
3454    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3455    A /trunk/samtools/bam_color.c
3456    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3457    M /trunk/samtools/bam_sort.c
3458    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3459    M /trunk/samtools/bamtk.c
3460    M /trunk/samtools/sam.c
3461    M /trunk/samtools/sam.h
3462
3463  * samtools-0.1.4-10 (r341)
3464  * only include key APIs in libbam.a
3465  * move color-specific routines to bam_color.c
3466  * update documentations
3467  * remove the support of -q in pileup
3468
3469 ------------------------------------------------------------------------
3470 r340 | lh3lh3 | 2009-06-13 06:17:14 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 6 lines
3471 Changed paths:
3472    M /trunk/samtools/INSTALL
3473    M /trunk/samtools/Makefile
3474    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3475    M /trunk/samtools/bam_import.c
3476    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3477    M /trunk/samtools/bamtk.c
3478    M /trunk/samtools/razf.c
3479    M /trunk/samtools/sam_view.c
3480
3481  * samtools-0.1.4-9 (r340)
3482  * added a warning to razf.c if zlib<1.2.2.1
3483  * fixed a compilation warning
3484  * fixed a segfault caused by @RG parsing
3485  * detect NCURSES in bam_tview.c
3486
3487 ------------------------------------------------------------------------
3488 r339 | lh3lh3 | 2009-06-13 05:35:19 -0400 (Sat, 13 Jun 2009) | 2 lines
3489 Changed paths:
3490    M /trunk/samtools/INSTALL
3491
3492 update INSTALL
3493
3494 ------------------------------------------------------------------------
3495 r338 | lh3lh3 | 2009-06-12 19:15:24 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3496 Changed paths:
3497    M /trunk/samtools/bam.c
3498    M /trunk/samtools/bam.h
3499    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3500    M /trunk/samtools/bam_import.c
3501    M /trunk/samtools/bamtk.c
3502    M /trunk/samtools/kstring.h
3503    M /trunk/samtools/sam.c
3504    M /trunk/samtools/sam_view.c
3505
3506  * samtools-0.1.4-8 (r338)
3507  * parse the @RG header lines and allow to choose library at the "samtools view"
3508    command line
3509
3510 ------------------------------------------------------------------------
3511 r337 | lh3lh3 | 2009-06-12 16:25:50 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3512 Changed paths:
3513    M /trunk/samtools/bamtk.c
3514    M /trunk/samtools/bgzf.c
3515    M /trunk/samtools/bgzf.h
3516    M /trunk/samtools/sam.c
3517    M /trunk/samtools/sam_view.c
3518
3519  * samtools-0.1.4-7 (r337)
3520  * bgzf.c: support mode string "wu": uncompressed output
3521  * "samtools view" support "-u" command-line option
3522
3523 ------------------------------------------------------------------------
3524 r336 | lh3lh3 | 2009-06-12 12:20:12 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3525 Changed paths:
3526    M /trunk/samtools/Makefile
3527    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3528    M /trunk/samtools/razf.c
3529    M /trunk/samtools/razf.h
3530    M /trunk/samtools/razip.c
3531
3532  * no changes to samtools itself
3533  * remove zlib source codes
3534  * make RAZF reading compatible with old version of zlib
3535  * on old version of zlib, writing is not available
3536
3537 ------------------------------------------------------------------------
3538 r335 | lh3lh3 | 2009-06-12 11:47:33 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3539 Changed paths:
3540    D /trunk/samtools/zlib
3541
3542 remove zlib for simplification...
3543
3544 ------------------------------------------------------------------------
3545 r334 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:43:36 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 5 lines
3546 Changed paths:
3547    M /trunk/samtools/bam.h
3548    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3549    M /trunk/samtools/bamtk.c
3550
3551  * samtools-0.1.4-6 (r334)
3552  * do not export bam_aux_get_core() for Bio::DB::Sam because it has already
3553    been implemented in that.
3554  * this version works with the latest Bio::DB::Sam (20090612)
3555
3556 ------------------------------------------------------------------------
3557 r333 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:33:42 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3558 Changed paths:
3559    M /trunk/samtools/ChangeLog
3560
3561 update ChangeLog
3562
3563 ------------------------------------------------------------------------
3564 r332 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:21:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3565 Changed paths:
3566    M /trunk/samtools/AUTHORS
3567    M /trunk/samtools/Makefile
3568    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3569
3570 fixed minor things in Makefile
3571
3572 ------------------------------------------------------------------------
3573 r331 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:07:05 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3574 Changed paths:
3575    M /trunk/samtools/bamtk.c
3576
3577  * samtools-0.1.4-5 (r3310
3578  * no change to samtools itself. Version number is increased to reflect the
3579    changes in the Makefile building system.
3580
3581 ------------------------------------------------------------------------
3582 r330 | lh3lh3 | 2009-06-12 10:03:38 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3583 Changed paths:
3584    M /trunk/samtools/AUTHORS
3585    D /trunk/samtools/README
3586
3587 update information...
3588
3589 ------------------------------------------------------------------------
3590 r329 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:52:21 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3591 Changed paths:
3592    M /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
3593
3594  * updated novoalign converter by Colin Hercus et al.
3595  * this version works with indels
3596
3597 ------------------------------------------------------------------------
3598 r328 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:50:53 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 3 lines
3599 Changed paths:
3600    M /trunk/samtools/INSTALL
3601    M /trunk/samtools/Makefile
3602    M /trunk/samtools/misc/Makefile
3603    M /trunk/samtools/zlib/Makefile
3604
3605  * update Makefile
3606  * update INSTALL instruction
3607
3608 ------------------------------------------------------------------------
3609 r327 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:18:29 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 4 lines
3610 Changed paths:
3611    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.generic:325)
3612    D /trunk/samtools/Makefile.am
3613    D /trunk/samtools/Makefile.generic
3614    D /trunk/samtools/Makefile.lite
3615    D /trunk/samtools/autogen.sh
3616    D /trunk/samtools/cleanup.sh
3617    D /trunk/samtools/configure.ac
3618    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.generic:305)
3619    D /trunk/samtools/misc/Makefile.am
3620    D /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
3621    M /trunk/samtools/razf.c
3622    A /trunk/samtools/zlib
3623    A /trunk/samtools/zlib/Makefile
3624    A /trunk/samtools/zlib/adler32.c
3625    A /trunk/samtools/zlib/compress.c
3626    A /trunk/samtools/zlib/crc32.c
3627    A /trunk/samtools/zlib/crc32.h
3628    A /trunk/samtools/zlib/deflate.c
3629    A /trunk/samtools/zlib/deflate.h
3630    A /trunk/samtools/zlib/gzio.c
3631    A /trunk/samtools/zlib/infback.c
3632    A /trunk/samtools/zlib/inffast.c
3633    A /trunk/samtools/zlib/inffast.h
3634    A /trunk/samtools/zlib/inffixed.h
3635    A /trunk/samtools/zlib/inflate.c
3636    A /trunk/samtools/zlib/inflate.h
3637    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.c
3638    A /trunk/samtools/zlib/inftrees.h
3639    A /trunk/samtools/zlib/trees.c
3640    A /trunk/samtools/zlib/trees.h
3641    A /trunk/samtools/zlib/uncompr.c
3642    A /trunk/samtools/zlib/zconf.h
3643    A /trunk/samtools/zlib/zlib.h
3644    A /trunk/samtools/zlib/zutil.c
3645    A /trunk/samtools/zlib/zutil.h
3646    D /trunk/samtools/zutil.h
3647
3648  * added zlib-1.2.3 as razip requires that
3649  * prepare to changed back to the Makefile building system
3650  * unfinished! (will be soon)
3651
3652 ------------------------------------------------------------------------
3653 r326 | lh3lh3 | 2009-06-12 09:12:03 -0400 (Fri, 12 Jun 2009) | 2 lines
3654 Changed paths:
3655    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3656
3657 Unfinished
3658
3659 ------------------------------------------------------------------------
3660 r325 | lh3lh3 | 2009-06-10 11:27:59 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3661 Changed paths:
3662    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3663    M /trunk/samtools/bamtk.c
3664
3665  * samtools-0.1.4-4 (r325)
3666  * further avoid wrong consensus calls in repetitive regions.
3667
3668 ------------------------------------------------------------------------
3669 r324 | lh3lh3 | 2009-06-10 10:56:17 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 4 lines
3670 Changed paths:
3671    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3672    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3673    M /trunk/samtools/bamtk.c
3674    M /trunk/samtools/sam.c
3675    M /trunk/samtools/sam.h
3676
3677  * samtools-0.1.4-3 (r324)
3678  * make maqcns generate the correct call in repetitive regions.
3679  * allow filtering on mapQ at the pileup command line
3680
3681 ------------------------------------------------------------------------
3682 r323 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:04:21 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 3 lines
3683 Changed paths:
3684    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3685
3686  * samtools.pl-0.3.2 (r322)
3687  * indels and SNPs use different mapping quality threshold
3688
3689 ------------------------------------------------------------------------
3690 r322 | lh3lh3 | 2009-06-10 05:03:22 -0400 (Wed, 10 Jun 2009) | 2 lines
3691 Changed paths:
3692    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
3693
3694 fixed a typo
3695
3696 ------------------------------------------------------------------------
3697 r321 | lh3lh3 | 2009-06-09 04:21:48 -0400 (Tue, 09 Jun 2009) | 2 lines
3698 Changed paths:
3699    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3700
3701 just typo. no real change
3702
3703 ------------------------------------------------------------------------
3704 r320 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:32:51 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 2 lines
3705 Changed paths:
3706    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3707
3708 a little bit code cleanup
3709
3710 ------------------------------------------------------------------------
3711 r319 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:22:33 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 4 lines
3712 Changed paths:
3713    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3714
3715  * samtools.pl-0.3.1
3716  * change default parameters
3717  * optionally print filtered variants
3718
3719 ------------------------------------------------------------------------
3720 r318 | lh3lh3 | 2009-06-08 09:14:26 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3721 Changed paths:
3722    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3723
3724  * samtools.pl-0.3.0
3725  * combine snpFilter and indelFilter
3726
3727 ------------------------------------------------------------------------
3728 r317 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:31:42 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 3 lines
3729 Changed paths:
3730    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3731
3732  * samtools.pl-0.2.3
3733  * change a default parameter
3734
3735 ------------------------------------------------------------------------
3736 r316 | lh3lh3 | 2009-06-08 06:11:06 -0400 (Mon, 08 Jun 2009) | 5 lines
3737 Changed paths:
3738    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3739    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
3740    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3741    M /trunk/samtools/bamtk.c
3742    M /trunk/samtools/sam.c
3743
3744  * samtools-0.1.4-2 (r316)
3745  * pileup: cap mapping quality at 60 (by default)
3746  * pileup: always calculate RMS mapq
3747  * pileup: allow to output variant sites only
3748
3749 ------------------------------------------------------------------------
3750 r312 | lh3lh3 | 2009-06-04 08:01:10 -0400 (Thu, 04 Jun 2009) | 3 lines
3751 Changed paths:
3752    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3753
3754  * samtools.pl-0.2.2
3755  * added pileup2fq
3756
3757 ------------------------------------------------------------------------
3758 r311 | lh3lh3 | 2009-06-03 04:40:40 -0400 (Wed, 03 Jun 2009) | 2 lines
3759 Changed paths:
3760    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3761
3762  * in snpFilter, suppress non-SNP sites
3763
3764 ------------------------------------------------------------------------
3765 r310 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:35:13 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3766 Changed paths:
3767    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3768
3769  * samtools.pl-0.2.1
3770  * fixed a typo
3771
3772 ------------------------------------------------------------------------
3773 r309 | lh3lh3 | 2009-06-01 09:04:39 -0400 (Mon, 01 Jun 2009) | 3 lines
3774 Changed paths:
3775    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
3776
3777  * samtools.pl-0.2.0
3778  * snpFilter
3779
3780 ------------------------------------------------------------------------
3781 r306 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:49:35 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3782 Changed paths:
3783    M /trunk/samtools/bgzf.c
3784
3785  * minor changes to bgzf: return NULL if fd == -1
3786  * suggested by {kdj,jm18}@sanger.ac.uk
3787
3788 ------------------------------------------------------------------------
3789 r305 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:16:08 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 2 lines
3790 Changed paths:
3791    A /trunk/samtools/misc/interpolate_sam.pl
3792
3793 Script for paired-end pileup, contributed by Stephen Montgomery.
3794
3795 ------------------------------------------------------------------------
3796 r304 | lh3lh3 | 2009-05-28 06:08:49 -0400 (Thu, 28 May 2009) | 3 lines
3797 Changed paths:
3798    M /trunk/samtools/bamtk.c
3799    M /trunk/samtools/sam.c
3800
3801  * samtools-0.1.4-1 (r304)
3802  * fixed a minor bug in printing headers
3803
3804 ------------------------------------------------------------------------
3805 r297 | lh3lh3 | 2009-05-21 11:06:16 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 2 lines
3806 Changed paths:
3807    M /trunk/samtools/ChangeLog
3808    M /trunk/samtools/NEWS
3809    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3810    M /trunk/samtools/bamtk.c
3811    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
3812    M /trunk/samtools/samtools.1
3813
3814 Release samtools-0.1.4
3815
3816 ------------------------------------------------------------------------
3817 r296 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:53:14 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3818 Changed paths:
3819    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3820    M /trunk/samtools/bamtk.c
3821
3822  * samtools-0.1.3-24 (r296)
3823  * another similar bug in the indel caller
3824
3825 ------------------------------------------------------------------------
3826 r295 | lh3lh3 | 2009-05-21 07:50:28 -0400 (Thu, 21 May 2009) | 3 lines
3827 Changed paths:
3828    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
3829    M /trunk/samtools/bamtk.c
3830
3831  * samtools-0.1.3-23 (r295)
3832  * fixed a critical bug in the indel caller
3833
3834 ------------------------------------------------------------------------
3835 r294 | lh3lh3 | 2009-05-20 08:00:20 -0400 (Wed, 20 May 2009) | 2 lines
3836 Changed paths:
3837    M /trunk/samtools/bam_stat.c
3838
3839 added a missing header file
3840
3841 ------------------------------------------------------------------------
3842 r293 | lh3lh3 | 2009-05-19 18:44:25 -0400 (Tue, 19 May 2009) | 3 lines
3843 Changed paths:
3844    M /trunk/samtools/bam_tview.c
3845    M /trunk/samtools/bamtk.c
3846
3847  * samtools-0.1.3-22 (r293)
3848  * open tview in the dot-view mode by default
3849
3850 ------------------------------------------------------------------------
3851 r292 | lh3lh3 | 2009-05-18 16:01:23 -0400 (Mon, 18 May 2009) | 6 lines
3852 Changed paths:
3853    M /trunk/samtools/samtools.1
3854
3855 Added a note to the manual. Currently SAMtools used unaligned words in
3856 several places. Although this does not cause bus errors to me, it may
3857 affect portability. Please see the "Bus error" wiki page for more
3858 information. Also thank James Bonfields for pointing this out.
3859
3860
3861 ------------------------------------------------------------------------
3862 r286 | lh3lh3 | 2009-05-14 10:23:13 -0400 (Thu, 14 May 2009) | 3 lines
3863 Changed paths:
3864    M /trunk/samtools/bam.h
3865    M /trunk/samtools/bam_aux.c
3866    M /trunk/samtools/bamtk.c
3867
3868  * samtools-0.1.3-21 (286)
3869  * declare bam_aux_get_core() in bam.h
3870
3871 ------------------------------------------------------------------------
3872 r276 | lh3lh3 | 2009-05-13 05:07:55 -0400 (Wed, 13 May 2009) | 5 lines
3873 Changed paths:
3874    M /trunk/samtools/bam.h
3875    M /trunk/samtools/bam_index.c
3876    M /trunk/samtools/bamtk.c
3877
3878  * samtools-0.1.3-20 (r276)
3879  * remove bam1_t::hash again. We need to modify the Perl API anyway to
3880    make it work with the latest SVN.
3881  * As is suggested by Tim, scan "{base}.bai" and "{base}.bam.bai" for index
3882
3883 ------------------------------------------------------------------------
3884 r275 | lh3lh3 | 2009-05-12 16:14:10 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 4 lines
3885 Changed paths:
3886    M /trunk/samtools/ChangeLog
3887    M /trunk/samtools/bam.h
3888    M /trunk/samtools/bamtk.c
3889
3890  * samtools-0.1.3-19 (r275)
3891  * a minor change to the bam1_t struct: added back "void *hash" for the
3892    backward compatibility with Bio::DB::Sam
3893
3894 ------------------------------------------------------------------------
3895 r273 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:28:39 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3896 Changed paths:
3897    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3898    M /trunk/samtools/bamtk.c
3899
3900  * samtools-0.1.3-18 (r273)
3901  * rmdupse: do not remove unmapped reads
3902
3903 ------------------------------------------------------------------------
3904 r272 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:20:00 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 2 lines
3905 Changed paths:
3906    M /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3907
3908 change a parameter. It does nothing
3909
3910 ------------------------------------------------------------------------
3911 r271 | lh3lh3 | 2009-05-12 09:17:58 -0400 (Tue, 12 May 2009) | 3 lines
3912 Changed paths:
3913    M /trunk/samtools/Makefile.am
3914    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3915    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3916    A /trunk/samtools/bam_rmdupse.c
3917    M /trunk/samtools/bamtk.c
3918    M /trunk/samtools/configure.ac
3919
3920  * samtools-0.1.3-17 (r271)
3921  * added 'rmdupse' command
3922
3923 ------------------------------------------------------------------------
3924 r267 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:31:41 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3925 Changed paths:
3926    M /trunk/samtools/bamtk.c
3927    M /trunk/samtools/sam_view.c
3928
3929  * samtools-0.1.3-16 (r267)
3930  * in sam_view.c, changed g_flag_on based on the suggestion by Angie Hinrichs
3931
3932 ------------------------------------------------------------------------
3933 r266 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:23:27 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3934 Changed paths:
3935    M /trunk/samtools/bam_import.c
3936    M /trunk/samtools/bamtk.c
3937
3938  * samtools-0.1.3-15 (r266)
3939  * report an error if a non-* reference is present while @SQ is absent
3940
3941 ------------------------------------------------------------------------
3942 r265 | lh3lh3 | 2009-05-05 17:09:00 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3943 Changed paths:
3944    M /trunk/samtools/bam.h
3945    M /trunk/samtools/bam_import.c
3946    M /trunk/samtools/bamtk.c
3947    M /trunk/samtools/sam.c
3948    M /trunk/samtools/sam_view.c
3949
3950  * samtools-0.1.3-14 (r262)
3951  * make samopen() recognize @SQ header lines
3952
3953 ------------------------------------------------------------------------
3954 r261 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:10:30 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3955 Changed paths:
3956    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3957    M /trunk/samtools/bamtk.c
3958    M /trunk/samtools/bgzf.c
3959    M /trunk/samtools/sam.c
3960    M /trunk/samtools/sam_view.c
3961
3962  * samtools-0.1.3-13 (r260)
3963  * report error for file I/O error
3964
3965 ------------------------------------------------------------------------
3966 r260 | lh3lh3 | 2009-05-05 10:01:16 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 2 lines
3967 Changed paths:
3968    M /trunk/samtools/Makefile.am
3969
3970 update Makefile.am
3971
3972 ------------------------------------------------------------------------
3973 r259 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:52:25 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3974 Changed paths:
3975    M /trunk/samtools/bam.h
3976    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
3977    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
3978    M /trunk/samtools/bamtk.c
3979    M /trunk/samtools/sam.c
3980    M /trunk/samtools/sam.h
3981
3982  * samtools-0.1.3-12 (r259)
3983  * use the new I/O interface in pileup
3984
3985 ------------------------------------------------------------------------
3986 r258 | lh3lh3 | 2009-05-05 09:33:22 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
3987 Changed paths:
3988    M /trunk/samtools/Makefile.generic
3989    M /trunk/samtools/Makefile.lite
3990    M /trunk/samtools/bam.c
3991    M /trunk/samtools/bam.h
3992    M /trunk/samtools/bam_import.c
3993    M /trunk/samtools/bamtk.c
3994    A /trunk/samtools/sam.c
3995    A /trunk/samtools/sam.h
3996    A /trunk/samtools/sam_view.c
3997
3998  * samtools-0.1.3-11 (r258)
3999  * unify the interface to BAM and SAM I/O
4000
4001 ------------------------------------------------------------------------
4002 r257 | lh3lh3 | 2009-05-05 04:53:35 -0400 (Tue, 05 May 2009) | 3 lines
4003 Changed paths:
4004    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4005    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4006    M /trunk/samtools/bamtk.c
4007
4008  * samtools-0.1.3-10 (r257)
4009  * allow hex with "pileup -m"
4010
4011 ------------------------------------------------------------------------
4012 r256 | lh3lh3 | 2009-05-04 14:16:50 -0400 (Mon, 04 May 2009) | 4 lines
4013 Changed paths:
4014    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4015    M /trunk/samtools/bamtk.c
4016
4017  * samtools-0.1.3-9 (r256)
4018  * fixed a bug in bam_lpileup.c
4019  * I do not know if this also fixes the bug causing assertion failure in the tview
4020
4021 ------------------------------------------------------------------------
4022 r251 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:53:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 3 lines
4023 Changed paths:
4024    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4025    M /trunk/samtools/bamtk.c
4026
4027  * samtools-0.1.3-8 (r251)
4028  * fixed a bug when there are reads without coordinates
4029
4030 ------------------------------------------------------------------------
4031 r250 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:43:33 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4032 Changed paths:
4033    A /trunk/samtools/AUTHORS
4034    A /trunk/samtools/README
4035    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4036
4037 added missing files
4038
4039 ------------------------------------------------------------------------
4040 r249 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:37:16 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4041 Changed paths:
4042    M /trunk/samtools/Makefile.generic
4043    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4044    M /trunk/samtools/configure.ac
4045    M /trunk/samtools/misc/Makefile.generic
4046
4047 improve large file support in compilation
4048
4049 ------------------------------------------------------------------------
4050 r248 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:33:24 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4051 Changed paths:
4052    M /trunk/samtools/INSTALL
4053
4054 update INSTALL
4055
4056 ------------------------------------------------------------------------
4057 r247 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:28:50 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 2 lines
4058 Changed paths:
4059    M /trunk/samtools/Makefile.am
4060    M /trunk/samtools/autogen.sh
4061    M /trunk/samtools/cleanup.sh
4062    M /trunk/samtools/configure.ac
4063    A /trunk/samtools/misc/Makefile.am
4064
4065 fixed various issues about the GNU building scripts
4066
4067 ------------------------------------------------------------------------
4068 r246 | lh3lh3 | 2009-04-28 08:10:23 -0400 (Tue, 28 Apr 2009) | 4 lines
4069 Changed paths:
4070    M /trunk/samtools/ChangeLog
4071    D /trunk/samtools/Makefile
4072    A /trunk/samtools/Makefile.am
4073    A /trunk/samtools/Makefile.generic
4074    A /trunk/samtools/autogen.sh
4075    M /trunk/samtools/bam.h
4076    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4077    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4078    M /trunk/samtools/bamtk.c
4079    A /trunk/samtools/cleanup.sh
4080    A /trunk/samtools/configure.ac
4081    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4082    A /trunk/samtools/misc/Makefile.generic (from /trunk/samtools/misc/Makefile:245)
4083
4084  * samtools-0.1.3-7 (r246)
4085  * incorporated revisions from Nils Homer
4086  * enhanced support of displaying color-space reads
4087
4088 ------------------------------------------------------------------------
4089 r244 | lh3lh3 | 2009-04-25 06:49:40 -0400 (Sat, 25 Apr 2009) | 3 lines
4090 Changed paths:
4091    M /trunk/samtools/bam_md.c
4092    M /trunk/samtools/bamtk.c
4093
4094  * samtools-0.1.3-6 (r244)
4095  * fixed segfault for unmapped reads
4096
4097 ------------------------------------------------------------------------
4098 r243 | lh3lh3 | 2009-04-24 16:27:26 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4099 Changed paths:
4100    M /trunk/samtools/bam.h
4101    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4102    M /trunk/samtools/bam_md.c
4103    M /trunk/samtools/bamtk.c
4104
4105  * samtools-0.1.3-5 (r243)
4106  * fixed a long existing bug which may cause memory leak
4107  * check MD
4108  * consensus calling now works with "=", but indel calling not
4109
4110 ------------------------------------------------------------------------
4111 r242 | lh3lh3 | 2009-04-24 15:44:46 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 3 lines
4112 Changed paths:
4113    M /trunk/samtools/bam_md.c
4114    M /trunk/samtools/bamtk.c
4115
4116  * samtools-0.1.3-4 (r242)
4117  * fixed a memory leak
4118
4119 ------------------------------------------------------------------------
4120 r240 | lh3lh3 | 2009-04-24 11:40:18 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4121 Changed paths:
4122    M /trunk/samtools/Makefile
4123    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4124    M /trunk/samtools/bam.h
4125    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4126    A /trunk/samtools/bam_md.c
4127    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4128    M /trunk/samtools/bamtk.c
4129
4130  * samtools-0.1.3-3 (r240)
4131  * generate MD tag
4132  * generate "=" bases
4133  * the plain pileup now support "=" bases, but consensus calling and glfgen may fail
4134
4135 ------------------------------------------------------------------------
4136 r239 | lh3lh3 | 2009-04-24 07:08:20 -0400 (Fri, 24 Apr 2009) | 5 lines
4137 Changed paths:
4138    M /trunk/samtools/bam.h
4139    M /trunk/samtools/bam_aux.c
4140    M /trunk/samtools/bamtk.c
4141
4142  * samtools-0.1.3-2 (r239)
4143  * fixed bugs in bam_aux.c (these functions nevered used by samtools)
4144  * removed bam_aux_init()/bam_aux_destroy()
4145  * added tagview for testing bam_aux
4146
4147 ------------------------------------------------------------------------
4148 r235 | lh3lh3 | 2009-04-21 18:17:39 -0400 (Tue, 21 Apr 2009) | 3 lines
4149 Changed paths:
4150    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4151    M /trunk/samtools/bamtk.c
4152
4153  * samtools-0.1.3-1
4154  * fixed a bug in pileup: the first read in a chromosome may not be printed
4155
4156 ------------------------------------------------------------------------
4157 r232 | lh3lh3 | 2009-04-16 10:25:43 -0400 (Thu, 16 Apr 2009) | 2 lines
4158 Changed paths:
4159    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4160
4161 a missing file in Makefile.lite
4162
4163 ------------------------------------------------------------------------
4164 r227 | lh3lh3 | 2009-04-15 17:02:53 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4165 Changed paths:
4166    M /trunk/samtools/NEWS
4167    M /trunk/samtools/bamtk.c
4168
4169 Release samtools-0.1.3
4170
4171 ------------------------------------------------------------------------
4172 r223 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:31:32 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4173 Changed paths:
4174    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4175    M /trunk/samtools/bamtk.c
4176
4177  * samtools-0.1.2-28
4178  * make samtools more robust to weird input such as empty file
4179
4180 ------------------------------------------------------------------------
4181 r222 | lh3lh3 | 2009-04-15 09:05:33 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4182 Changed paths:
4183    M /trunk/samtools/ChangeLog
4184    M /trunk/samtools/NEWS
4185    M /trunk/samtools/samtools.1
4186
4187 prepare for release 0.1.3
4188
4189 ------------------------------------------------------------------------
4190 r221 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:32:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 2 lines
4191 Changed paths:
4192    A /trunk/samtools/misc/blast2sam.pl
4193
4194 convert NCBI-BLASTN to SAM
4195
4196 ------------------------------------------------------------------------
4197 r220 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:18:19 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4198 Changed paths:
4199    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4200    M /trunk/samtools/bamtk.c
4201
4202  * samtools-0.1.2-27
4203  * fixed a small memory leak in tview
4204
4205 ------------------------------------------------------------------------
4206 r219 | lh3lh3 | 2009-04-15 08:00:08 -0400 (Wed, 15 Apr 2009) | 3 lines
4207 Changed paths:
4208    M /trunk/samtools/bam_rmdup.c
4209    M /trunk/samtools/bamtk.c
4210
4211  * samtools-0.1.2-26
4212  * fixed a bug in rmdup when there are unmapped reads
4213
4214 ------------------------------------------------------------------------
4215 r218 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:28:58 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 2 lines
4216 Changed paths:
4217    M /trunk/samtools/ChangeLog
4218    M /trunk/samtools/NEWS
4219
4220 proposed NEWS for the new release (have not yet)
4221
4222 ------------------------------------------------------------------------
4223 r216 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:10:46 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4224 Changed paths:
4225    M /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4226
4227  * samtools.pl-0.1.1
4228  * improve indelFilter to avoid filtering true indels. The new filter relies
4229    on the new pileup indel line implemented in samtools-0.1.2-25
4230
4231 ------------------------------------------------------------------------
4232 r215 | lh3lh3 | 2009-04-14 17:04:19 -0400 (Tue, 14 Apr 2009) | 4 lines
4233 Changed paths:
4234    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4235    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4236    M /trunk/samtools/bamtk.c
4237    M /trunk/samtools/samtools.1
4238
4239  * samtools-0.1.2-25
4240  * change the pileup indel line to shows the number of alignments actually
4241    containing indels
4242
4243 ------------------------------------------------------------------------
4244 r211 | lh3lh3 | 2009-04-13 07:07:13 -0400 (Mon, 13 Apr 2009) | 2 lines
4245 Changed paths:
4246    M /trunk/samtools/ChangeLog
4247
4248 update ChangeLog from "svn log"
4249
4250 ------------------------------------------------------------------------
4251 r210 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:57:05 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 4 lines
4252 Changed paths:
4253    M /trunk/samtools/bam.c
4254    M /trunk/samtools/bam_import.c
4255    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4256    M /trunk/samtools/bamtk.c
4257    M /trunk/samtools/kseq.h
4258
4259  * samtools-0.1.2-24
4260  * in merge, gives a warning rather than error if the target sequence length is different
4261  * allow empty header
4262
4263 ------------------------------------------------------------------------
4264 r209 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:32:44 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4265 Changed paths:
4266    M /trunk/samtools/bam.c
4267    M /trunk/samtools/bam_import.c
4268    M /trunk/samtools/bamtk.c
4269
4270  * samtools-0.1.2-23
4271  * recognize '*' at the QUAL field
4272
4273 ------------------------------------------------------------------------
4274 r208 | lh3lh3 | 2009-04-12 15:08:02 -0400 (Sun, 12 Apr 2009) | 3 lines
4275 Changed paths:
4276    M /trunk/samtools/bam_import.c
4277    M /trunk/samtools/bamtk.c
4278    M /trunk/samtools/kseq.h
4279
4280  * samtools-0.1.2-22
4281  * the field separater is TAB only, now
4282
4283 ------------------------------------------------------------------------
4284 r207 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:18:03 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4285 Changed paths:
4286    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4287
4288  * fixed the problem in the example alignment due to the bug in fixmate
4289
4290 ------------------------------------------------------------------------
4291 r206 | lh3lh3 | 2009-04-08 10:15:05 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 3 lines
4292 Changed paths:
4293    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4294    M /trunk/samtools/bamtk.c
4295    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4296
4297  * samtools-0.1.2-21
4298  * fixed a nasty bug in `fixmate'
4299
4300 ------------------------------------------------------------------------
4301 r205 | lh3lh3 | 2009-04-08 05:57:08 -0400 (Wed, 08 Apr 2009) | 2 lines
4302 Changed paths:
4303    M /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl
4304    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4305    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4306
4307 make the script robust to the bugs in SOAP-2.1.7
4308
4309 ------------------------------------------------------------------------
4310 r200 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:14:56 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4311 Changed paths:
4312    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4313    M /trunk/samtools/bamtk.c
4314
4315  * samtools-0.1.2-20
4316  * check if file is truncated in flagstat
4317
4318 ------------------------------------------------------------------------
4319 r199 | lh3lh3 | 2009-04-02 10:09:10 -0400 (Thu, 02 Apr 2009) | 3 lines
4320 Changed paths:
4321    M /trunk/samtools/bamtk.c
4322
4323  * samtools-0.1.2-19
4324  * print the header if requested
4325
4326 ------------------------------------------------------------------------
4327 r193 | lh3lh3 | 2009-03-27 11:09:50 -0400 (Fri, 27 Mar 2009) | 3 lines
4328 Changed paths:
4329    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4330    M /trunk/samtools/bamtk.c
4331
4332  * samtools-0.1.2-18
4333  * fixed a minor bug reported by Nils Homer
4334
4335 ------------------------------------------------------------------------
4336 r185 | lh3lh3 | 2009-03-24 07:50:32 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 2 lines
4337 Changed paths:
4338    A /trunk/samtools/Makefile (from /trunk/samtools/Makefile.std:184)
4339    D /trunk/samtools/Makefile.std
4340    A /trunk/samtools/misc/Makefile (from /trunk/samtools/misc/Makefile.std:184)
4341    D /trunk/samtools/misc/Makefile.std
4342
4343 rename Makefile.std as Makefile. GNU building systerm is not ready and may take some time...
4344
4345 ------------------------------------------------------------------------
4346 r184 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:36:38 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4347 Changed paths:
4348    D /trunk/samtools/Makefile
4349    A /trunk/samtools/Makefile.std (from /trunk/samtools/Makefile:183)
4350    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4351    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4352    M /trunk/samtools/bamtk.c
4353    D /trunk/samtools/misc/Makefile
4354    A /trunk/samtools/misc/Makefile.std (from /trunk/samtools/misc/Makefile:182)
4355    M /trunk/samtools/samtools.1
4356
4357  * samtools-0.1.2-17
4358  * incorporating Nils' changes
4359  * rename Makefile to Makefile.std and prepare to add the GNU building systerms (also by Nils)
4360
4361 ------------------------------------------------------------------------
4362 r183 | lh3lh3 | 2009-03-24 06:30:23 -0400 (Tue, 24 Mar 2009) | 4 lines
4363 Changed paths:
4364    M /trunk/samtools/Makefile
4365    M /trunk/samtools/bam_import.c
4366    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4367    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4368    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4369    M /trunk/samtools/bamtk.c
4370    M /trunk/samtools/kseq.h
4371    A /trunk/samtools/kstring.c
4372    A /trunk/samtools/kstring.h
4373
4374  * samtools-0.1.2-16
4375  * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
4376  * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.
4377
4378 ------------------------------------------------------------------------
4379 r169 | lh3lh3 | 2009-03-12 09:40:14 -0400 (Thu, 12 Mar 2009) | 3 lines
4380 Changed paths:
4381    M /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl
4382
4383  * soap2sam.pl-0.1.2
4384  * more robust to truncated soap output
4385
4386 ------------------------------------------------------------------------
4387 r168 | lh3lh3 | 2009-03-11 06:49:00 -0400 (Wed, 11 Mar 2009) | 2 lines
4388 Changed paths:
4389    M /trunk/samtools/Makefile.lite
4390
4391 added bam_stat.o to Makefile.lite
4392
4393 ------------------------------------------------------------------------
4394 r167 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:11:31 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4395 Changed paths:
4396    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4397    M /trunk/samtools/bamtk.c
4398
4399  * samtools-0.1.2-15
4400  * generate RMS of mapQ instead of max mapQ
4401
4402 ------------------------------------------------------------------------
4403 r166 | lh3lh3 | 2009-03-10 18:06:45 -0400 (Tue, 10 Mar 2009) | 3 lines
4404 Changed paths:
4405    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4406    M /trunk/samtools/bamtk.c
4407    M /trunk/samtools/glf.c
4408    M /trunk/samtools/glf.h
4409    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4410
4411  * samtools-0.1.2-14
4412  * implemented GLFv3
4413
4414 ------------------------------------------------------------------------
4415 r159 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:26:08 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4416 Changed paths:
4417    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4418    M /trunk/samtools/bamtk.c
4419
4420  * samtools-0.1.2-13
4421  * fixed a minor bug in displaying pileup
4422
4423 ------------------------------------------------------------------------
4424 r158 | lh3lh3 | 2009-03-03 06:24:16 -0500 (Tue, 03 Mar 2009) | 3 lines
4425 Changed paths:
4426    M /trunk/samtools/ChangeLog
4427    M /trunk/samtools/bamtk.c
4428
4429  * samtools-0.1.2-12
4430  * optionally print SAM header
4431
4432 ------------------------------------------------------------------------
4433 r153 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:45:28 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 3 lines
4434 Changed paths:
4435    M /trunk/samtools/bamtk.c
4436    M /trunk/samtools/glf.c
4437
4438  * samtools-0.1.2-11
4439  * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files
4440
4441 ------------------------------------------------------------------------
4442 r152 | lh3lh3 | 2009-03-02 05:39:09 -0500 (Mon, 02 Mar 2009) | 5 lines
4443 Changed paths:
4444    M /trunk/samtools/Makefile
4445    M /trunk/samtools/bam_import.c
4446    M /trunk/samtools/bam_index.c
4447    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4448    M /trunk/samtools/bamtk.c
4449    M /trunk/samtools/glf.c
4450    M /trunk/samtools/glf.h
4451
4452  * samtools-0.1.2-10
4453  * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
4454  * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
4455  * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression
4456
4457 ------------------------------------------------------------------------
4458 r151 | lh3lh3 | 2009-03-01 10:18:43 -0500 (Sun, 01 Mar 2009) | 3 lines
4459 Changed paths:
4460    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4461
4462  * wgsim-0.2.3
4463  * fixed a bug in simulating indels
4464
4465 ------------------------------------------------------------------------
4466 r145 | lh3lh3 | 2009-02-26 14:43:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 4 lines
4467 Changed paths:
4468    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4469
4470  * wgsim-0.2.2
4471  * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
4472    not like long read names.
4473
4474 ------------------------------------------------------------------------
4475 r141 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:53:03 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 6 lines
4476 Changed paths:
4477    M /trunk/samtools/ChangeLog
4478    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4479    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4480
4481  * wgsim-0.2.1
4482  * fixed a bug about color read coordinates
4483  * fixed a bug in read names
4484  * wgsim_eval.pl-0.1.3
4485  * make the script work with color reads
4486
4487 ------------------------------------------------------------------------
4488 r140 | lh3lh3 | 2009-02-26 09:02:57 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 2 lines
4489 Changed paths:
4490    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4491    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4492
4493  * wgsim: added a note
4494
4495 ------------------------------------------------------------------------
4496 r139 | lh3lh3 | 2009-02-26 06:39:08 -0500 (Thu, 26 Feb 2009) | 7 lines
4497 Changed paths:
4498    M /trunk/samtools/misc/wgsim.c
4499    M /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl
4500
4501  * wgsim-0.2.0
4502  * considerable code clean up
4503  * print number of substitutions/indels/errors on each read
4504  * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
4505  * wgsim_eval.pl-0.1.2
4506  * change in accordant with wgsim
4507
4508 ------------------------------------------------------------------------
4509 r129 | lh3lh3 | 2009-02-18 17:23:27 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 3 lines
4510 Changed paths:
4511    M /trunk/samtools/bam_index.c
4512    M /trunk/samtools/bamtk.c
4513
4514  * samtools-0.1.2-9
4515  * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks
4516
4517 ------------------------------------------------------------------------
4518 r128 | bhandsaker | 2009-02-18 14:06:57 -0500 (Wed, 18 Feb 2009) | 2 lines
4519 Changed paths:
4520    M /trunk/samtools/bamtk.c
4521
4522 Fix annoying segv when invalid region specified.
4523
4524 ------------------------------------------------------------------------
4525 r127 | lh3lh3 | 2009-02-17 05:49:55 -0500 (Tue, 17 Feb 2009) | 2 lines
4526 Changed paths:
4527    D /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4528    A /trunk/samtools/misc/samtools.pl
4529
4530  * move indel_filter.pl to samtools.pl
4531
4532 ------------------------------------------------------------------------
4533 r126 | lh3lh3 | 2009-02-14 16:22:30 -0500 (Sat, 14 Feb 2009) | 3 lines
4534 Changed paths:
4535    M /trunk/samtools/bam_mate.c
4536    M /trunk/samtools/bamtk.c
4537
4538  * samtools-0.1.2-7
4539  * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP
4540
4541 ------------------------------------------------------------------------
4542 r125 | lh3lh3 | 2009-02-13 04:54:45 -0500 (Fri, 13 Feb 2009) | 3 lines
4543 Changed paths:
4544    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4545    M /trunk/samtools/bamtk.c
4546
4547  * samtools-0.1.2-7
4548  * fixed a minor bug in flagstat
4549
4550 ------------------------------------------------------------------------
4551 r124 | lh3lh3 | 2009-02-12 06:15:32 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 3 lines
4552 Changed paths:
4553    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4554    M /trunk/samtools/bamtk.c
4555    M /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4556
4557  * samtools-0.1.2-6
4558  * improve indel caller by setting maximum window size
4559
4560 ------------------------------------------------------------------------
4561 r123 | lh3lh3 | 2009-02-12 05:30:29 -0500 (Thu, 12 Feb 2009) | 2 lines
4562 Changed paths:
4563    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4564    M /trunk/samtools/bamtk.c
4565
4566  * output max mapping quality in indel line
4567
4568 ------------------------------------------------------------------------
4569 r122 | lh3lh3 | 2009-02-11 05:59:10 -0500 (Wed, 11 Feb 2009) | 2 lines
4570 Changed paths:
4571    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4572
4573 fixed a bug in generating tag AM
4574
4575 ------------------------------------------------------------------------
4576 r121 | lh3lh3 | 2009-02-03 05:43:11 -0500 (Tue, 03 Feb 2009) | 2 lines
4577 Changed paths:
4578    M /trunk/samtools/bam_index.c
4579    M /trunk/samtools/bamtk.c
4580
4581 fixed a potential memory problem in indexing
4582
4583 ------------------------------------------------------------------------
4584 r120 | bhandsaker | 2009-02-02 10:52:52 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 2 lines
4585 Changed paths:
4586    M /trunk/samtools/Makefile
4587
4588 Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.
4589
4590 ------------------------------------------------------------------------
4591 r119 | lh3lh3 | 2009-02-02 05:12:15 -0500 (Mon, 02 Feb 2009) | 4 lines
4592 Changed paths:
4593    M /trunk/samtools/ChangeLog
4594    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4595    M /trunk/samtools/bam_stat.c
4596    M /trunk/samtools/bamtk.c
4597
4598  * samtools-0.1.2-3
4599  * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
4600  * improve flagstat report a little bit
4601
4602 ------------------------------------------------------------------------
4603 r118 | lh3lh3 | 2009-01-29 07:33:23 -0500 (Thu, 29 Jan 2009) | 3 lines
4604 Changed paths:
4605    M /trunk/samtools/Makefile
4606    A /trunk/samtools/bam_stat.c
4607    M /trunk/samtools/bamtk.c
4608
4609  * samtools-0.1.2-1
4610  * added flagstat command
4611
4612 ------------------------------------------------------------------------
4613 r116 | lh3lh3 | 2009-01-28 08:31:12 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4614 Changed paths:
4615    M /trunk/samtools/ChangeLog
4616    M /trunk/samtools/NEWS
4617    M /trunk/samtools/bamtk.c
4618    M /trunk/samtools/samtools.1
4619
4620 Release SAMtools-0.1.2
4621
4622 ------------------------------------------------------------------------
4623 r115 | lh3lh3 | 2009-01-28 07:54:08 -0500 (Wed, 28 Jan 2009) | 2 lines
4624 Changed paths:
4625    A /trunk/samtools/misc/indel_filter.pl
4626
4627 Script for filtering indel results
4628
4629 ------------------------------------------------------------------------
4630 r114 | lh3lh3 | 2009-01-25 06:45:37 -0500 (Sun, 25 Jan 2009) | 2 lines
4631 Changed paths:
4632    A /trunk/samtools/misc/zoom2sam.pl
4633
4634 convert ZOOM to SAM
4635
4636 ------------------------------------------------------------------------
4637 r113 | lh3lh3 | 2009-01-24 09:25:07 -0500 (Sat, 24 Jan 2009) | 2 lines
4638 Changed paths:
4639    A /trunk/samtools/misc/novo2sam.pl
4640
4641 add a script to convert novo alignment to SAM
4642
4643 ------------------------------------------------------------------------
4644 r112 | lh3lh3 | 2009-01-23 15:57:39 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 2 lines
4645 Changed paths:
4646    M /trunk/samtools/ChangeLog
4647    M /trunk/samtools/ChangeLog.old
4648    M /trunk/samtools/samtools.1
4649
4650 update documentation and ChangeLog
4651
4652 ------------------------------------------------------------------------
4653 r111 | lh3lh3 | 2009-01-23 14:22:59 -0500 (Fri, 23 Jan 2009) | 3 lines
4654 Changed paths:
4655    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4656    M /trunk/samtools/bamtk.c
4657
4658  * samtools-0.1.1-19
4659  * fixed a bug in "merge" command line
4660
4661 ------------------------------------------------------------------------
4662 r110 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:36:48 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4663 Changed paths:
4664    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4665    A /trunk/samtools/misc/bowtie2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/bowtie2sam.pl:108)
4666    M /trunk/samtools/misc/export2sam.pl
4667    A /trunk/samtools/misc/soap2sam.pl (from /branches/dev/samtools/misc/soap2sam.pl:108)
4668    A /trunk/samtools/misc/wgsim.c (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim.c:108)
4669    A /trunk/samtools/misc/wgsim_eval.pl (from /branches/dev/samtools/misc/wgsim_eval.pl:108)
4670
4671  * merge from branches/dev/
4672  * all future development will happen here
4673
4674 ------------------------------------------------------------------------
4675 r109 | lh3lh3 | 2009-01-22 10:14:27 -0500 (Thu, 22 Jan 2009) | 3 lines
4676 Changed paths:
4677    M /trunk/samtools/COPYING
4678    M /trunk/samtools/ChangeLog
4679    A /trunk/samtools/INSTALL (from /branches/dev/samtools/INSTALL:108)
4680    M /trunk/samtools/Makefile
4681    A /trunk/samtools/Makefile.lite (from /branches/dev/samtools/Makefile.lite:108)
4682    M /trunk/samtools/bam.c
4683    M /trunk/samtools/bam.h
4684    M /trunk/samtools/bam_import.c
4685    M /trunk/samtools/bam_index.c
4686    M /trunk/samtools/bam_lpileup.c
4687    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4688    M /trunk/samtools/bam_maqcns.h
4689    A /trunk/samtools/bam_mate.c (from /branches/dev/samtools/bam_mate.c:108)
4690    M /trunk/samtools/bam_pileup.c
4691    M /trunk/samtools/bam_plcmd.c
4692    A /trunk/samtools/bam_rmdup.c (from /branches/dev/samtools/bam_rmdup.c:108)
4693    M /trunk/samtools/bam_sort.c
4694    M /trunk/samtools/bamtk.c
4695    M /trunk/samtools/bgzf.h
4696    M /trunk/samtools/examples/00README.txt
4697    A /trunk/samtools/examples/Makefile (from /branches/dev/samtools/examples/Makefile:108)
4698    D /trunk/samtools/examples/ex1.fa.fai
4699    M /trunk/samtools/examples/ex1.sam.gz
4700    M /trunk/samtools/faidx.c
4701    A /trunk/samtools/glf.c (from /branches/dev/samtools/glf.c:108)
4702    M /trunk/samtools/glf.h
4703    M /trunk/samtools/misc/Makefile
4704    M /trunk/samtools/misc/maq2sam.c
4705    M /trunk/samtools/razf.c
4706    M /trunk/samtools/source.dot
4707
4708  * Merge from branches/dev/
4709  * all future development will happen here at trunk/
4710
4711 ------------------------------------------------------------------------
4712 r79 | bhandsaker | 2009-01-07 16:42:15 -0500 (Wed, 07 Jan 2009) | 2 lines
4713 Changed paths:
4714    M /trunk/samtools/bam_maqcns.c
4715    M /trunk/samtools/bam_tview.c
4716
4717 Fix problem with compiling without curses.
4718
4719 ------------------------------------------------------------------------
4720 r63 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:58:02 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4721 Changed paths:
4722    A /trunk/samtools (from /branches/dev/samtools:62)
4723
4724 Create trunk copy
4725
4726 ------------------------------------------------------------------------
4727 r62 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:55:13 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4728 Changed paths:
4729    A /branches/dev/samtools/NEWS
4730    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4731    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4732
4733 Release samtools-0.1.1
4734
4735 ------------------------------------------------------------------------
4736 r61 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:46:08 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 10 lines
4737 Changed paths:
4738    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4739    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4740    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4741    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4742    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4743    M /branches/dev/samtools/razf.c
4744    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4745
4746  * samtools-0.1.0-66
4747  * fixed a bug in razf.c: reset z_eof when razf_seek() is called
4748  * fixed a memory leak in parsing a region
4749  * changed pileup a little bit when -s is in use: output ^ and $
4750  * when a bam is not indexed, output more meaningful error message
4751  * fixed a bug in indexing for small alignment
4752  * fixed a bug in the viewer when we come to the end of a reference file
4753  * updated documentation
4754  * prepare to release 0.1.1
4755
4756 ------------------------------------------------------------------------
4757 r60 | lh3lh3 | 2008-12-22 10:10:16 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4758 Changed paths:
4759    A /branches/dev/samtools/examples
4760    A /branches/dev/samtools/examples/00README.txt
4761    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa
4762    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.fa.fai
4763    A /branches/dev/samtools/examples/ex1.sam.gz
4764
4765 example
4766
4767 ------------------------------------------------------------------------
4768 r59 | lh3lh3 | 2008-12-22 04:38:15 -0500 (Mon, 22 Dec 2008) | 2 lines
4769 Changed paths:
4770    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4771
4772 update ChangeLog
4773
4774 ------------------------------------------------------------------------
4775 r58 | lh3lh3 | 2008-12-20 18:06:00 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 3 lines
4776 Changed paths:
4777    M /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4778
4779  * added comments
4780  * fixed several bugs
4781
4782 ------------------------------------------------------------------------
4783 r57 | lh3lh3 | 2008-12-20 10:44:20 -0500 (Sat, 20 Dec 2008) | 2 lines
4784 Changed paths:
4785    A /branches/dev/samtools/misc/export2sam.pl
4786
4787 convert Export format to SAM; not thoroughly tested
4788
4789 ------------------------------------------------------------------------
4790 r56 | lh3lh3 | 2008-12-19 17:13:28 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 6 lines
4791 Changed paths:
4792    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4793    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4794    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
4795    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4796    A /branches/dev/samtools/source.dot
4797
4798  * samtools-0.1.0-65
4799  * pileup: generate maq-like simple output
4800  * pileup: allow to output pileup at required sites
4801  * source.dot: source file relationship graph
4802  * tview: fixed a minor bug
4803
4804 ------------------------------------------------------------------------
4805 r55 | lh3lh3 | 2008-12-19 15:10:26 -0500 (Fri, 19 Dec 2008) | 2 lines
4806 Changed paths:
4807    D /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
4808
4809 remove all2sam.pl
4810
4811 ------------------------------------------------------------------------
4812 r54 | lh3lh3 | 2008-12-16 17:34:25 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 2 lines
4813 Changed paths:
4814    A /branches/dev/samtools/COPYING
4815    M /branches/dev/samtools/bam.h
4816    M /branches/dev/samtools/faidx.h
4817    M /branches/dev/samtools/khash.h
4818    M /branches/dev/samtools/kseq.h
4819    M /branches/dev/samtools/ksort.h
4820    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4821
4822 Added copyright information and a bit more documentation. No code change.
4823
4824 ------------------------------------------------------------------------
4825 r53 | lh3lh3 | 2008-12-16 08:40:18 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4826 Changed paths:
4827    M /branches/dev/samtools/bam.c
4828    M /branches/dev/samtools/bam.h
4829    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4830    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4831    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4832
4833  * samtools-0.1.0-64
4834  * improved efficiency of the indel caller for spliced alignments
4835
4836 ------------------------------------------------------------------------
4837 r52 | lh3lh3 | 2008-12-16 05:28:20 -0500 (Tue, 16 Dec 2008) | 3 lines
4838 Changed paths:
4839    M /branches/dev/samtools/bam.c
4840    M /branches/dev/samtools/bam.h
4841    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
4842    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4843    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4844
4845  * samtools-0.1.0-63
4846  * a bit code cleanup: reduce the dependency between source files
4847
4848 ------------------------------------------------------------------------
4849 r51 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:29:32 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 3 lines
4850 Changed paths:
4851    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4852    M /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4853    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4854
4855  * samtools-0.1.0-62
4856  * fixed a memory leak
4857
4858 ------------------------------------------------------------------------
4859 r50 | lh3lh3 | 2008-12-15 09:00:13 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 2 lines
4860 Changed paths:
4861    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
4862    M /branches/dev/samtools/bam.h
4863    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4864
4865 update documentation, ChangeLog and a comment
4866
4867 ------------------------------------------------------------------------
4868 r49 | lh3lh3 | 2008-12-15 08:36:43 -0500 (Mon, 15 Dec 2008) | 6 lines
4869 Changed paths:
4870    M /branches/dev/samtools/Makefile
4871    M /branches/dev/samtools/bam.h
4872    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4873    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
4874    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4875    A /branches/dev/samtools/bam_plcmd.c
4876    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4877    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4878
4879  * samtools-0.1.0-61
4880  * moved pileup command to a separate source file
4881  * added indel caller
4882  * added bam_cal_segend(). (NOT WORKING for spliced alignment!!!)
4883  * updated documentation
4884
4885 ------------------------------------------------------------------------
4886 r48 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:55:36 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 3 lines
4887 Changed paths:
4888    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4889    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4890
4891  * samtools-0.1.0-60
4892  * fixed another bug in maqcns when there is a nearby deletion
4893
4894 ------------------------------------------------------------------------
4895 r47 | lh3lh3 | 2008-12-12 08:42:16 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 5 lines
4896 Changed paths:
4897    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
4898    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4899    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4900
4901  * samtools-0.1.0-59
4902  * pileup: outputing consensus is now optional
4903  * fixed a bug in glfgen. This bug also exists in maq's glfgen. However,
4904    I am not quite sure why the previous version may have problem.
4905
4906 ------------------------------------------------------------------------
4907 r46 | lh3lh3 | 2008-12-12 06:44:56 -0500 (Fri, 12 Dec 2008) | 6 lines
4908 Changed paths:
4909    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4910    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4911
4912  * samtools-0.1.0-58
4913  * add maq consensus to pileup. However, I will move this part to a new
4914    command as strictly speaking, consensus callin is not part of pileup,
4915    and imposing it would make it harder to generate for other language
4916    bindings.
4917
4918 ------------------------------------------------------------------------
4919 r45 | bhandsaker | 2008-12-11 15:43:56 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4920 Changed paths:
4921    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4922
4923 Fix bug in tell() after reads that consume to the exact end of a block.
4924
4925 ------------------------------------------------------------------------
4926 r44 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:36:53 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 2 lines
4927 Changed paths:
4928    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4929
4930 update manual
4931
4932 ------------------------------------------------------------------------
4933 r43 | lh3lh3 | 2008-12-11 04:25:36 -0500 (Thu, 11 Dec 2008) | 4 lines
4934 Changed paths:
4935    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4936    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4937
4938  * samtools-0.1.0-57
4939  * fixed a bug in parser when there is auxiliary fields
4940  * made the parser a bit more robust
4941
4942 ------------------------------------------------------------------------
4943 r42 | lh3lh3 | 2008-12-10 09:57:29 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4944 Changed paths:
4945    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
4946    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4947    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
4948
4949  * samtools-0.1.0-56
4950  * fixed a bug in bgzf (only reading is affected)
4951  * fixed a typo in bam_index.c
4952  * in bam_index.c, check potential bugs in the underlying I/O library
4953
4954 ------------------------------------------------------------------------
4955 r41 | lh3lh3 | 2008-12-10 07:53:08 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 2 lines
4956 Changed paths:
4957    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4958
4959 update manual
4960
4961 ------------------------------------------------------------------------
4962 r40 | lh3lh3 | 2008-12-10 06:52:10 -0500 (Wed, 10 Dec 2008) | 5 lines
4963 Changed paths:
4964    M /branches/dev/samtools/bam.h
4965    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
4966    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4967
4968  * samtools-0.1.0-55
4969  * tried to make pileup work with clipping (previously not), though NOT tested
4970  * removed -v from pileup
4971  * made pileup take the reference sequence
4972
4973 ------------------------------------------------------------------------
4974 r39 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:59:28 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 4 lines
4975 Changed paths:
4976    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
4977    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
4978    M /branches/dev/samtools/samtools.1
4979
4980  * samtools-0.1.0-54
4981  * in parser, recognize "=", rather than ",", as a match
4982  * in parser, correctl parse "=" at the MRNM field.
4983
4984 ------------------------------------------------------------------------
4985 r38 | lh3lh3 | 2008-12-09 06:39:07 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4986 Changed paths:
4987    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
4988
4989 fixed a bug in handling maq flag 64 and 192
4990
4991 ------------------------------------------------------------------------
4992 r37 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:53:46 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
4993 Changed paths:
4994    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
4995
4996 also calculate unordered md5sum check
4997
4998 ------------------------------------------------------------------------
4999 r36 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:46:21 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5000 Changed paths:
5001    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5002
5003 fixed a minor bug when there are space in the sequence
5004
5005 ------------------------------------------------------------------------
5006 r35 | lh3lh3 | 2008-12-09 04:40:45 -0500 (Tue, 09 Dec 2008) | 2 lines
5007 Changed paths:
5008    M /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5009
5010 fixed a potential memory leak
5011
5012 ------------------------------------------------------------------------
5013 r34 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:52:17 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5014 Changed paths:
5015    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5016    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5017    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5018
5019  * fixed a bug in import: bin is wrongly calculated
5020
5021 ------------------------------------------------------------------------
5022 r33 | lh3lh3 | 2008-12-08 09:08:01 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 2 lines
5023 Changed paths:
5024    M /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5025
5026 nothing, really
5027
5028 ------------------------------------------------------------------------
5029 r32 | lh3lh3 | 2008-12-08 07:56:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5030 Changed paths:
5031    M /branches/dev/samtools/Makefile
5032    M /branches/dev/samtools/kseq.h
5033    M /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5034    A /branches/dev/samtools/misc/md5.c
5035    A /branches/dev/samtools/misc/md5.h
5036    A /branches/dev/samtools/misc/md5fa.c
5037
5038  * fixed two warnings in kseq.h
5039  * added md5sum utilities
5040
5041 ------------------------------------------------------------------------
5042 r31 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:35:29 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 5 lines
5043 Changed paths:
5044    M /branches/dev/samtools/Makefile
5045    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5046    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5047    A /branches/dev/samtools/kseq.h
5048    D /branches/dev/samtools/kstream.h
5049
5050  * samtools-0.1.0-52
5051  * replace kstream with kseq. kseq is a superset of kstream. I need the
5052    extra functions in kseq.h.
5053  * also compile stand-alone faidx
5054
5055 ------------------------------------------------------------------------
5056 r30 | lh3lh3 | 2008-12-08 06:17:04 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5057 Changed paths:
5058    M /branches/dev/samtools/bam.h
5059    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5060    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5061
5062  * samtools-0.1.0-51
5063  * sorting by read names is available
5064
5065 ------------------------------------------------------------------------
5066 r29 | lh3lh3 | 2008-12-08 05:29:02 -0500 (Mon, 08 Dec 2008) | 3 lines
5067 Changed paths:
5068    M /branches/dev/samtools/bam.c
5069    M /branches/dev/samtools/bam.h
5070    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5071    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5072    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5073    M /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5074    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5075    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5076    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5077
5078  * samtools-0.1.0-50
5079  * format change to meet the latest specification
5080
5081 ------------------------------------------------------------------------
5082 r28 | lh3lh3 | 2008-12-04 11:09:21 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 3 lines
5083 Changed paths:
5084    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5085    M /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5086
5087  * minor change in maqcns: special care when n==0
5088  * change maq2sam to meet the latest specification
5089
5090 ------------------------------------------------------------------------
5091 r27 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:55:44 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5092 Changed paths:
5093    M /branches/dev/samtools/razf.c
5094    M /branches/dev/samtools/razf.h
5095
5096 considerable code clean up in razf
5097
5098 ------------------------------------------------------------------------
5099 r26 | lh3lh3 | 2008-12-04 10:08:18 -0500 (Thu, 04 Dec 2008) | 2 lines
5100 Changed paths:
5101    M /branches/dev/samtools/ChangeLog
5102    M /branches/dev/samtools/Makefile
5103    M /branches/dev/samtools/faidx.c
5104
5105 make RAZF optional in faidx.c
5106
5107 ------------------------------------------------------------------------
5108 r25 | lh3lh3 | 2008-12-01 10:27:22 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 3 lines
5109 Changed paths:
5110    M /branches/dev/samtools/Makefile
5111    M /branches/dev/samtools/bam.h
5112    M /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5113    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5114    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5115
5116  * samtools-0.1.0-49
5117  * added routines for retrieving aux data, NOT TESTED YET!
5118
5119 ------------------------------------------------------------------------
5120 r24 | lh3lh3 | 2008-12-01 09:29:43 -0500 (Mon, 01 Dec 2008) | 5 lines
5121 Changed paths:
5122    M /branches/dev/samtools/bam.c
5123    M /branches/dev/samtools/bam_import.c
5124    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5125    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5126    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5127    M /branches/dev/samtools/samtools.1
5128
5129  * samtools-0.1.0-48
5130  * bgzf: fixed a potential integer overflow on 32-it machines
5131  * maqcns: set the minimum combined quality as 0
5132  * supporting hex strings
5133
5134 ------------------------------------------------------------------------
5135 r23 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:14:37 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5136 Changed paths:
5137    M /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5138    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5139
5140  * samtools-0.1.0-47
5141  * fixed the bug in maqcns
5142
5143 ------------------------------------------------------------------------
5144 r22 | lh3lh3 | 2008-11-27 12:08:11 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5145 Changed paths:
5146    M /branches/dev/samtools/Makefile
5147    M /branches/dev/samtools/bam.h
5148    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.c
5149    A /branches/dev/samtools/bam_maqcns.h
5150    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5151    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5152    A /branches/dev/samtools/glf.h
5153
5154  * samtools-0.1.0-46
5155  * add MAQ consensus caller, currently BUGGY!
5156
5157 ------------------------------------------------------------------------
5158 r21 | lh3lh3 | 2008-11-27 08:51:28 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 4 lines
5159 Changed paths:
5160    M /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5161    M /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5162    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5163
5164  * samtools-0.1.0-45
5165  * tview: display padded alignment (but not P operation)
5166  * better coordinates and reference sequence
5167
5168 ------------------------------------------------------------------------
5169 r19 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:26:05 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 2 lines
5170 Changed paths:
5171    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5172
5173 new ChangeLog
5174
5175 ------------------------------------------------------------------------
5176 r18 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:24:45 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 3 lines
5177 Changed paths:
5178    D /branches/dev/samtools/ChangeLog
5179    A /branches/dev/samtools/ChangeLog.old (from /branches/dev/samtools/ChangeLog:6)
5180
5181 Rename ChangeLog to ChangeLog.old. This old ChangeLog is generated from
5182 the log of my personal SVN repository.
5183
5184 ------------------------------------------------------------------------
5185 r17 | lh3lh3 | 2008-11-27 04:22:55 -0500 (Thu, 27 Nov 2008) | 6 lines
5186 Changed paths:
5187    M /branches/dev/samtools/Makefile
5188    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5189    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5190
5191  * samtools-0.1.0-44
5192  * declare fseeko and ftello as some Linux may not do this by default and
5193    missing these declarations will make bgzf buggy
5194  * get rid of some harmless warings
5195  * use BGZF by default, now
5196
5197 ------------------------------------------------------------------------
5198 r16 | lh3lh3 | 2008-11-26 16:19:11 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5199 Changed paths:
5200    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5201    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5202    M /branches/dev/samtools/razf.c
5203
5204  * samtools-0.1.0-43
5205  * fixed a bug in razf_read()
5206  * give more warnings when the file is truncated (or due to bugs in I/O library)
5207
5208 ------------------------------------------------------------------------
5209 r15 | lh3lh3 | 2008-11-26 15:41:39 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5210 Changed paths:
5211    M /branches/dev/samtools/bgzf.c
5212
5213 fixed a bug in bgzf.c at the end of the file
5214
5215 ------------------------------------------------------------------------
5216 r14 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:05:18 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 4 lines
5217 Changed paths:
5218    M /branches/dev/samtools/bamtk.c
5219
5220  * samtools-0.1.0-42
5221  * a lot happened to RAZF, although samtools itself is untouched. Better
5222    also update the version number anyway to avoid confusion
5223
5224 ------------------------------------------------------------------------
5225 r13 | lh3lh3 | 2008-11-26 12:03:48 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5226 Changed paths:
5227    M /branches/dev/samtools/razf.c
5228
5229 a change from Jue, but I think it should not matter
5230
5231 ------------------------------------------------------------------------
5232 r12 | lh3lh3 | 2008-11-26 11:48:14 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 3 lines
5233 Changed paths:
5234    M /branches/dev/samtools/razf.c
5235
5236 fixed a potential bug in razf. However, it seems still buggy, just
5237 rarely happens, very rarely.
5238
5239 ------------------------------------------------------------------------
5240 r11 | lh3lh3 | 2008-11-26 09:02:56 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5241 Changed paths:
5242    M /branches/dev/samtools/razf.c
5243
5244 fixed a bug in razf, with the help of Jue
5245
5246 ------------------------------------------------------------------------
5247 r10 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:55:32 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5248 Changed paths:
5249    M /branches/dev/samtools/bam_index.c
5250
5251 remove a comment
5252
5253 ------------------------------------------------------------------------
5254 r9 | lh3lh3 | 2008-11-26 06:37:05 -0500 (Wed, 26 Nov 2008) | 2 lines
5255 Changed paths:
5256    M /branches/dev/samtools/Makefile
5257    M /branches/dev/samtools/bam.h
5258    M /branches/dev/samtools/razf.c
5259    M /branches/dev/samtools/razf.h
5260
5261  * Jue has updated razf to realize Bob's scheme
5262
5263 ------------------------------------------------------------------------
5264 r7 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:37 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5265 Changed paths:
5266    A /branches/dev/samtools/samtools.1
5267
5268 the manual page
5269
5270 ------------------------------------------------------------------------
5271 r6 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:37:16 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 3 lines
5272 Changed paths:
5273    A /branches/dev/samtools/ChangeLog
5274    A /branches/dev/samtools/Makefile
5275    A /branches/dev/samtools/bam.c
5276    A /branches/dev/samtools/bam.h
5277    A /branches/dev/samtools/bam_aux.c
5278    A /branches/dev/samtools/bam_endian.h
5279    A /branches/dev/samtools/bam_import.c
5280    A /branches/dev/samtools/bam_index.c
5281    A /branches/dev/samtools/bam_lpileup.c
5282    A /branches/dev/samtools/bam_pileup.c
5283    A /branches/dev/samtools/bam_sort.c
5284    A /branches/dev/samtools/bam_tview.c
5285    A /branches/dev/samtools/bamtk.c
5286    A /branches/dev/samtools/bgzf.c
5287    A /branches/dev/samtools/bgzf.h
5288    A /branches/dev/samtools/bgzip.c
5289    A /branches/dev/samtools/faidx.c
5290    A /branches/dev/samtools/faidx.h
5291    A /branches/dev/samtools/khash.h
5292    A /branches/dev/samtools/ksort.h
5293    A /branches/dev/samtools/kstream.h
5294    A /branches/dev/samtools/misc
5295    A /branches/dev/samtools/misc/Makefile
5296    A /branches/dev/samtools/misc/all2sam.pl
5297    A /branches/dev/samtools/misc/maq2sam.c
5298    A /branches/dev/samtools/razf.c
5299    A /branches/dev/samtools/razf.h
5300    A /branches/dev/samtools/razip.c
5301    A /branches/dev/samtools/zutil.h
5302
5303 The initial version of samtools, replicated from my local SVN repository.
5304 The current version is: 0.1.0-42. All future development will happen here.
5305
5306 ------------------------------------------------------------------------
5307 r5 | lh3lh3 | 2008-11-25 15:30:49 -0500 (Tue, 25 Nov 2008) | 2 lines
5308 Changed paths:
5309    A /branches/dev/samtools
5310
5311 samtools (C version)
5312
5313 ------------------------------------------------------------------------