Makefile.mingw

   1 CC=                     gcc.exe
   2 AR=                     ar.exe
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2
   4 DFLAGS=         -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=2
   5 KNETFILE_O=     knetfile.o
   6 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   7                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o \
   8                         $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bedidx.o
   9 AOBJS=          bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
  10                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
  11                         bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
  12                         cut_target.o phase.o bam_cat.o bam2depth.o
  13 BCFOBJS=        bcftools/bcf.o bcftools/fet.o bcftools/bcf2qcall.o bcftools/bcfutils.o \
  14                         bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/em.o \
  15                         bcftools/kmin.o bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o bcftools/mut.o
  16 PROG=           samtools.exe bcftools.exe
  17 INCLUDES=       -I. -Iwin32
  18 SUBDIRS=        .
  19 LIBPATH=
  20
  21 .SUFFIXES:.c .o
  22
  23 .c.o:
  24                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  25
  26 all:$(PROG)
  27
  28 .PHONY:all lib clean cleanlocal
  29 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  30
  31 lib:libbam.a
  32
  33 libbam.a:$(LOBJS)
  34                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  35
  36 samtools.exe:$(AOBJS) libbam.a $(BCFOBJS)
  37                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(BCFOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
  38
  39 bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o
  40                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
  41
  42 razip.o:razf.h
  43 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
  44 sam.o:sam.h bam.h
  45 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  46 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  47 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
  48 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  49 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  50 bam_tview.o:bam.h faidx.h
  51 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  52 bam_md.o:bam.h faidx.h
  53 sam_header.o:sam_header.h khash.h
  54 bcf.o:bcftools/bcf.h
  55 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
  56 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
  57 errmod.o:errmod.h
  58
  59 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  60 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  61
  62 clean:
  63                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib