Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CFLAGS=         -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   3 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
   4 KNETFILE_O=     knetfile.o
   5 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   6                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
   7                         $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
   8 AOBJS=          bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
   9                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
  10                         bamtk.o kaln.o bam2bcf.o errmod.o sample.o
  11 PROG=           samtools
  12 INCLUDES=       -I.
  13 SUBDIRS=        . bcftools misc
  14 LIBPATH=
  15 LIBCURSES=      -lcurses # -lXCurses
  16
  17 .SUFFIXES:.c .o
  18
  19 .c.o:
  20                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  21
  22 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  23                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  24                 wdir=`pwd`; \
  25                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  26                         cd $$subdir; \
  27                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  28                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  29                         cd $$wdir; \
  30                 done;
  31
  32 all:$(PROG)
  33
  34 .PHONY:all lib clean cleanlocal
  35 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  36
  37 lib:libbam.a
  38
  39 libbam.a:$(LOBJS)
  40                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  41
  42 samtools:lib-recur $(AOBJS)
  43                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
  44
  45 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  46                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
  47
  48 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
  49                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
  50
  51 razip.o:razf.h
  52 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
  53 sam.o:sam.h bam.h
  54 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  55 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  56 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
  57 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  58 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  59 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  60 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
  61 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  62 bam_md.o:bam.h faidx.h
  63 glf.o:glf.h
  64 sam_header.o:sam_header.h khash.h
  65 bcf.o:bcftools/bcf.h
  66 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
  67 errmod.o:errmod.h
  68
  69 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  70 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  71
  72
  73 libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
  74                 libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
  75
  76 libbam.so.1-local:$(LOBJS)
  77                 $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
  78
  79 dylib:
  80                 @$(MAKE) cleanlocal; \
  81                 case `uname` in \
  82                         Linux) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.so.1-local;; \
  83                         Darwin) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.1.dylib-local;; \
  84                         *) echo 'Unknown OS';; \
  85                 esac
  86
  87
  88 cleanlocal:
  89                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib
  90
  91 clean:cleanlocal-recur