Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CXX=            g++
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   4 CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
   5 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE #-D_NO_CURSES
   6 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   7                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o     \
   8                         bam_sort.o
   9 AOBJS=          bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
  10                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
  11                         bamtk.o
  12 PROG=           samtools
  13 INCLUDES=
  14 SUBDIRS=        . misc
  15 LIBPATH=
  16
  17 .SUFFIXES:.c .o
  18
  19 .c.o:
  20                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  21
  22 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  23                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  24                 wdir=`pwd`; \
  25                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  26                         cd $$subdir; \
  27                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  28                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  29                         cd $$wdir; \
  30                 done;
  31
  32 all:$(PROG)
  33
  34 lib:libbam.a
  35
  36 libbam.a:$(LOBJS)
  37                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  38
  39 ### For the curses library: comment out `-lcurses' if you do not have curses installed
  40 samtools:lib $(AOBJS)
  41                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -lcurses -lz -L. -lbam
  42
  43 razip:razip.o razf.o
  44                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
  45
  46 bgzip:bgzip.o bgzf.o
  47                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
  48
  49 razip.o:razf.h
  50 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
  51 sam.o:sam.h bam.h
  52 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  53 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  54 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
  55 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  56 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  57 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  58 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
  59 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  60 bam_md.o:bam.h faidx.h
  61 glf.o:glf.h
  62
  63 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  64 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  65
  66 cleanlocal:
  67                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
  68
  69 clean:cleanlocal-recur