Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CFLAGS=         -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   3 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
   4 KNETFILE_O=     knetfile.o
   5 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   6                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
   7                         $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
   8 AOBJS=          bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
   9                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
  10                         bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
  11                         cut_target.o phase.o
  12 PROG=           samtools
  13 INCLUDES=       -I.
  14 SUBDIRS=        . bcftools misc
  15 LIBPATH=
  16 LIBCURSES=      -lcurses # -lXCurses
  17
  18 .SUFFIXES:.c .o
  19
  20 .c.o:
  21                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  22
  23 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  24                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  25                 wdir=`pwd`; \
  26                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  27                         cd $$subdir; \
  28                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  29                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  30                         cd $$wdir; \
  31                 done;
  32
  33 all:$(PROG)
  34
  35 .PHONY:all lib clean cleanlocal
  36 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  37
  38 lib:libbam.a
  39
  40 libbam.a:$(LOBJS)
  41                 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
  42
  43 samtools:lib-recur $(AOBJS)
  44                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
  45
  46 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  47                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
  48
  49 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
  50                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
  51
  52 razip.o:razf.h
  53 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
  54 sam.o:sam.h bam.h
  55 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  56 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  57 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
  58 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  59 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  60 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
  61 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
  62 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  63 bam_md.o:bam.h faidx.h
  64 glf.o:glf.h
  65 sam_header.o:sam_header.h khash.h
  66 bcf.o:bcftools/bcf.h
  67 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
  68 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
  69 errmod.o:errmod.h
  70 phase.o:bam.h khash.h ksort.h
  71 bamtk.o:bam.h
  72
  73 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  74 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  75
  76
  77 libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
  78                 libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
  79
  80 libbam.so.1-local:$(LOBJS)
  81                 $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
  82
  83 dylib:
  84                 @$(MAKE) cleanlocal; \
  85                 case `uname` in \
  86                         Linux) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.so.1-local;; \
  87                         Darwin) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.1.dylib-local;; \
  88                         *) echo 'Unknown OS';; \
  89                 esac
  90
  91
  92 cleanlocal:
  93                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib
  94
  95 clean:cleanlocal-recur