NEWS

   1 Beta Release 0.1.5 (7 July, 2009)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes:
   5
   6  * Support opening a BAM alignment on FTP. Users can now use "tview" to
   7    view alignments at the NCBI ftp site. Please read manual for more
   8    information.
   9
  10  * In library, propagate errors rather than exit or complain assertion
  11    failure.
  12
  13  * Simplified the building system and fixed compiling errors caused by
  14    zlib<1.2.2.1.
  15
  16  * Fixed an issue about lost header information when a SAM is imported
  17    with "view -t".
  18
  19  * Implemented "samtool.pl varFilter" which filters both SNPs and short
  20    indels. This command replaces "indelFilter".
  21
  22  * Implemented "samtools.pl pileup2fq" to generate FASTQ consensus from
  23    pileup output.
  24
  25  * In pileup, cap mapping quality at 60. This helps filtering when
  26    different aligners are in use.
  27
  28  * In pileup, allow to output variant sites only.
  29
  30  * Made pileup generate correct calls in repetitive region. At the same
  31    time, I am considering to implement a simplified model in SOAPsnp,
  32    although this has not happened yet.
  33
  34  * In view, added '-u' option to output BAM without compression. This
  35    option is preferred when the output is piped to other commands.
  36
  37  * In view, added '-l' and '-r' to get the alignments for one library or
  38    read group. The "@RG" header lines are now partially parsed.
  39
  40  * Do not include command line utilities to libbam.a.
  41
  42  * Fixed memory leaks in pileup and bam_view1().
  43
  44  * Made faidx more tolerant to empty lines right before or after FASTA >
  45    lines.
  46
  47
  48 Changes in other utilities:
  49
  50  * Updated novo2sam.pl by Colin Hercus, the key developer of novoalign.
  51
  52
  53 This release involves several modifications to the key code base which
  54 may potentially introduce new bugs even though we have tried to minimize
  55 this by testing on several examples. Please let us know if you catch
  56 bugs.
  57
  58 (0.1.5: 7 July 2009, r373)
  59
  60
  61
  62 Beta Release 0.1.4 (21 May, 2009)
  63 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  64
  65 Notable changes:
  66
  67  * Added the 'rmdupse' command: removing duplicates for SE reads.
  68
  69  * Fixed a critical bug in the indel caller: clipped alignments are not
  70    processed correctly.
  71
  72  * Fixed a bug in the tview: gapped alignment may be incorrectly
  73    displayed.
  74
  75  * Unified the interface to BAM and SAM I/O. This is done by
  76    implementing a wrapper on top of the old APIs and therefore old APIs
  77    are still valid. The new I/O APIs also recognize the @SQ header
  78    lines.
  79
  80  * Generate the MD tag.
  81
  82  * Generate "=" bases. However, the indel caller will not work when "="
  83    bases are present.
  84
  85  * Enhanced support of color-read display (by Nils Homer).
  86
  87  * Implemented the GNU building system. However, currently the building
  88    system does not generate libbam.a. We will improve this later. For
  89    the time being, `make -f Makefile.generic' is preferred.
  90
  91  * Fixed a minor bug in pileup: the first read in a chromosome may be
  92    skipped.
  93
  94  * Fixed bugs in bam_aux.c. These bugs do not affect other components as
  95    they were not used previously.
  96
  97  * Output the 'SM' tag from maq2sam.
  98
  99 (0.1.4: 21 May 2009, r297)
 100
 101
 102
 103 Beta Release 0.1.3 (15 April, 2009)
 104 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 105
 106 Notable changes in SAMtools:
 107
 108  * SAMtools is more consistent with the specification: a) '*' in the
 109    QUAL field is allowed; b) the field separator is TAB only and SPACE
 110    is treated as a character in a field; c) empty header is allowed.
 111
 112  * Implemented GLFv3 support in pileup.
 113
 114  * Fixed a severe bug in fixmate: strand information is wrongly
 115    overwritten.
 116
 117  * Fixed a bug in alignment retrieval: alignments bridging n*16384bp are
 118    not correctly retrieved sometimes.
 119
 120  * Fixed a bug in rmdup: segfault if unmapped reads are present.
 121
 122  * Move indel_filter.pl to samtools.pl and improved the filtering by
 123    checking the actual number of alignments containing indels. The indel
 124    pileup line is also changed a little to make this filtration easier.
 125
 126  * Fixed a minor bug in indexing: the bin number of an unmapped read is
 127    wrongly calculated.
 128
 129  * Added `flagstat' command to show statistics on the FLAG field.
 130
 131  * Improved indel caller by setting the maximum window size in local
 132    realignment.
 133
 134 Changes in other utilities:
 135
 136  * Fixed a bug in maq2sam: a tag name is obsolete.
 137
 138  * Improvement to wgsim: a) added support for SOLiD read simulation; b)
 139    show the number of substitutions/indels/errors in read name; c)
 140    considerable code clean up.
 141
 142  * Various converters: improved functionality in general.
 143
 144  * Updated the example SAM due to the previous bug in fixmate.
 145
 146 (0.1.3: 15 April 2009, r227)
 147
 148
 149
 150 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
 151 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 152
 153 Notable changes in SAMtools:
 154
 155  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
 156    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
 157    caller. The pileup format is also changed accordingly.
 158
 159  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
 160    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
 161    correctly set.
 162
 163  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
 164    related flags from a name-sorted alignment.
 165
 166  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
 167
 168  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
 169
 170  * Generate GLFv2 from pileup.
 171
 172  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
 173    failure.
 174
 175  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
 176    work.
 177
 178  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
 179    have problem to compile it.
 180
 181  * Fixed a bug in import command when there are reads without
 182    coordinates.
 183
 184  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
 185
 186  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
 187
 188  * Fixed a bug in merge command.
 189
 190 Changes in other utilities:
 191
 192  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
 193    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
 194    longer indels.
 195
 196  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
 197    alignment on reads generated by wgsim.
 198
 199  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
 200    work properly when multiple hits are output.
 201
 202  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
 203    be retained when multiple hits are present.
 204
 205  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
 206
 207  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
 208
 209  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
 210    indel are not properly handled, though.
 211
 212  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
 213    default Illumina output.
 214
 215 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
 216
 217
 218
 219 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
 220 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 221
 222 The is the first public release of samtools. For more information,
 223 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
 224 http://samtools.sourceforge.net