NEWS

   1 Beta Release 0.1.18 (2 September, 2011)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes in samtools:
   5
   6  * Support the new =/X CIGAR operators (by Peter Cock).
   7
   8  * Allow to subsample BAM while keeping the pairing intact (view -s).
   9
  10  * Implemented variant distance bias as a new filter (by Petr Danecek).
  11
  12  * Bugfix: huge memory usage during indexing
  13
  14  * Bugfix: use of uninitialized variable in mpileup (rare)
  15
  16  * Bugfix: wrong BAQ probability (rare)
  17
  18 Notable changes in bcftools:
  19
  20  * Support indel in the contrast caller.
  21
  22  * Bugfix: LRT2=nan in rare cases
  23
  24 (0.1.18: 2 September 2011, r982:295)
  25
  26
  27
  28 Beta Release 0.1.17 (6 July, 2011)
  29 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  30
  31 With the maturity of `mpileup' and the lack of update in the `pileup' command,
  32 the `pileup' command is now formally dropped. Most of the pileup functionality,
  33 such as outputting mapping quality and read positions, have been added
  34 `mpileup'.
  35
  36 Since this release, `bcftools view' is able to perform contrast SNP calling
  37 (option -T) for discovering de novo and/or somatic mutations between a pair of
  38 samples or in a family trio. Potential mutations are scored by a log likelihood
  39 ratio, which is very simple in math, but should be comparable to more
  40 sophisticated methods. Note that getting the score is only the very first step.
  41 A lot more need to be done to reduce systematical errors due to mapping and
  42 reference errors and structural variations.
  43
  44 Other notable changes in samtools:
  45
  46  * Improved sorting order checking during indexing.
  47
  48  * Improved region parsing. Colons in reference sequence names are parsed
  49    properly.
  50
  51  * Fixed an issue where mpileup does not apply BAQ for the first few reads when
  52    a region is specified.
  53
  54  * Fixed an issue where `faidx' does not work with FASTA files with long lines.
  55
  56  * Bugfix: wrong SP genotype information in the BCF output.
  57
  58 Other notable changes in bcftools:
  59
  60  * Output the ML esitmate of the allele count.
  61
  62  * Added the HWE plus F<0 filter to varFilter. For multiple samples, it
  63    effectively filters false heterozygous calls around centromeres.
  64
  65  * For association mapping, perform both 1-degree and 2-degree test. The
  66    2-degree test is conservative but more robust to HWE violation.
  67
  68 (0.1.17: 6 July 2011, r973:277)
  69
  70
  71
  72 Beta Release 0.1.16 (21 April, 2011)
  73 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  74
  75 Notable changes in samtools:
  76
  77  * Support the new SAM/BAM type `B' in the latest SAM spec v1.4.
  78
  79  * When the output file of `samtools merge' exists, do not overwrite it unless
  80    a new command-line option `-f' is applied.
  81
  82  * Bugfix: BED support is not working when the input BED is not sorted.
  83
  84  * Bugfix: some reads without coordinates but given on the reverse strand are
  85    lost in merging.
  86
  87 Notable changes in bcftools:
  88
  89  * Code cleanup: separated max-likelihood inference and Bayesian inference.
  90
  91  * Test Hardy-Weinberg equilibrium with a likelihood-ratio test.
  92
  93  * Provided another association test P-value by likelihood-ratio test.
  94
  95  * Use Brent's method to estimate the site allele frequency when EM converges
  96    slowly. The resulting ML estimate of allele frequnecy is more accurate.
  97
  98  * Added the `ldpair' command, which computes r^2 between SNP pairs given in
  99    an input file.
 100
 101 Also, the `pileup' command, which has been deprecated by `mpileup' since
 102 version 0.1.10, will be dropped in the next release. The old `pileup' command
 103 is substandard and causing a lot of confusion.
 104
 105 (0.1.16: 21 April 2011, r963:234)
 106
 107
 108
 109 Beta Release 0.1.15 (10 April, 2011)
 110 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 111
 112 Noteable changes:
 113
 114  * Allow to perform variant calling or to extract information in multiple
 115    regions specified by a BED file (`samtools mpileup -l', `samtools view -L'
 116    and `bcftools view -l').
 117
 118  * Added the `depth' command to samtools to compute the per-base depth with a
 119    simpler interface. File `bam2depth.c', which implements this command, is the
 120    recommended example on how to use the mpileup APIs.
 121
 122  * Estimate genotype frequencies with ML; perform chi^2 based Hardy-Weinberg
 123    test using this estimate.
 124
 125  * For `samtools view', when `-R' is specified, drop read groups in the header
 126    that are not contained in the specified file.
 127
 128  * For `samtools flagstat', separate QC-pass and QC-fail reads.
 129
 130  * Improved the command line help of `samtools mpileup' and `bcftools view'.
 131
 132  * Use a global variable to control the verbose level of samtools stderr
 133    output. Nonetheless, it has not been full utilized.
 134
 135  * Fixed an issue in association test which may report false associations,
 136    possibly due to floating point underflow.
 137
 138 (0.1.15: 10 April 2011, r949:203)
 139
 140
 141
 142 Beta release 0.1.14 (21 March, 2011)
 143 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 144
 145 This release implements a method for testing associations for case-control
 146 data. The method does not call genotypes but instead sums over all genotype
 147 configurations to compute a chi^2 based test statistics. It can be potentially
 148 applied to comparing a pair of samples (e.g. a tumor-normal pair), but this
 149 has not been evaluated on real data.
 150
 151 Another new feature is to make X chromosome variant calls when female and male
 152 samples are both present. The user needs to provide a file indicating the
 153 ploidy of each sample (see also manual bcftools/bcftools.1).
 154
 155 Other notable changes:
 156
 157  * Added `bcftools view -F' to parse BCF files generated by samtools r921 or
 158    older which encodes PL in a different way.
 159
 160  * Changed the behavior of `bcftools view -s'. Now when a list of samples is
 161    provided, the samples in the output will be reordered to match the ordering
 162    in the sample list. This change is mainly designed for association test.
 163
 164  * Sped up `bcftools view -v' for target sequencing given thousands of samples.
 165    Also added a new option `view -d' to skip loci where only a few samples are
 166    covered by reads.
 167
 168  * Dropped HWE test. This feature has never been implemented properly. An EM
 169    should be much better. To be implemented in future.
 170
 171  * Added the `cat' command to samtools. This command concatenate BAMs with
 172    identical sequence dictionaries in an efficient way. Modified from bam_cat.c
 173    written by Chris Saunders.
 174
 175  * Added `samtools view -1' to write BAMs at a low compression level but twice
 176    faster to create. The `sort' command generates temporary files at a low
 177    compression level as well.
 178
 179  * Added `samtools mpileup -6' to accept "BAM" with Illumina 1.3+ quality
 180    strings (strictly speaking, such a file is not BAM).
 181
 182  * Added `samtools mpileup -L' to skip INDEL calling in regions with
 183    excessively high coverage. Such regions dramatically slow down mpileup.
 184
 185  * Updated `misc/export2sam.pl', provided by Chris Saunders from Illumina Inc.
 186
 187 (0.1.14: 21 March 2011, r933:170)
 188
 189
 190
 191 Beta release 0.1.13 (1 March, 2011)
 192 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 193
 194 The most important though largely invisible modification is the change of the
 195 order of genotypes in the PL VCF/BCF tag. This is to conform the upcoming VCF
 196 spec v4.1. The change means that 0.1.13 is not backward compatible with VCF/BCF
 197 generated by samtools older than r921 inclusive.  VCF/BCF generated by the new
 198 samtools will contain a line `##fileformat=VCFv4.1' as well as the samtools
 199 version number.
 200
 201 Single Individual Haplotyping (SIH) is added as an experimental feature. It
 202 originally aims to produce haploid consensus from fosmid pool sequencing, but
 203 also works with short-read data. For short reads, phased blocks are usually too
 204 short to be useful in many applications, but they can help to rule out part of
 205 SNPs close to INDELs or between copies of CNVs.
 206
 207
 208 Other notable changes in samtools:
 209
 210  * Construct per-sample consensus to reduce the effect of nearby SNPs in INDEL
 211    calling. This reduces the power but improves specificity.
 212
 213  * Improved sorting order checking in indexing. Now indexing is the preferred way
 214    to check if a BAM is sorted.
 215
 216  * Added a switch `-E' to mpileup and calmd. This option uses an alternative way
 217    to apply BAQ, which increases sensistivity, especially to MNPs, at the cost of
 218    a little loss in specificity.
 219
 220  * Added `mpileup -A' to allow to use reads in anomalous pairs in SNP calling.
 221
 222  * Added `mpileup -m' to allow fine control of the collection of INDEL candidates.
 223
 224  * Added `mpileup -S' to compute per-sample strand bias P-value.
 225
 226  * Added `mpileup -G' to exclude read groups in variant calling.
 227
 228  * Fixed segfault in indel calling related to unmapped and refskip reads.
 229
 230  * Fixed an integer overflow in INDEL calling. This bug produces wrong INDEL
 231    genotypes for longer short INDELs, typically over 10bp.
 232
 233  * Fixed a bug in tview on big-endian machines.
 234
 235  * Fixed a very rare memory issue in bam_md.c
 236
 237  * Fixed an out-of-boundary bug in mpileup when the read base is `N'.
 238
 239  * Fixed a compiling error when the knetfile library is not used. Fixed a
 240    library compiling error due to the lack of bam_nt16_nt4_table[] table.
 241    Suppress a compiling warning related to the latest zlib.
 242
 243
 244 Other notable changes in bcftools:
 245
 246  * Updated the BCF spec.
 247
 248  * Added the `FQ' VCF INFO field, which gives the phred-scaled probability
 249    of all samples being the same (identical to the reference or all homozygous
 250    variants). Option `view -f' has been dropped.
 251
 252  * Implementated of "vcfutils.pl vcf2fq" to generate a consensus sequence
 253    similar to "samtools.pl pileup2fq".
 254
 255  * Make sure the GT FORMAT field is always the first FORMAT to conform the VCF
 256    spec. Drop bcf-fix.pl.
 257
 258  * Output bcftools specific INFO and FORMAT in the VCF header.
 259
 260  * Added `view -s' to call variants from a subset of samples.
 261
 262  * Properly convert VCF to BCF with a user provided sequence dictionary. Nonetheless,
 263    custom fields are still unparsed and will be stored as a missing value.
 264
 265  * Fixed a minor bug in Fisher's exact test; the results are rarely changed.
 266
 267
 268 (0.1.13: 1 March 2011, r926:134)
 269
 270
 271
 272 Beta release 0.1.12a (2 December, 2010)
 273 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 274
 275 This is another bug fix release:
 276
 277  * Fixed a memory violation in mpileup, which causes segfault. Release
 278    0.1.9 and above are affected.
 279
 280  * Fixed a memory violation in the indel caller, which does not causes
 281    segfault, but may potentially affect deletion calls in an unexpected
 282    way. Release 0.1.10 and above are affected.
 283
 284  * Fixed a bug in computing r-square in bcftools. Few are using this
 285    functionality and it only has minor effect.
 286
 287  * Fixed a memory leak in bam_fetch().
 288
 289  * Fixed a bug in writing meta information to the BAM index for the last
 290    sequence. This bug is invisible to most users, but it is a bug anyway.
 291
 292  * Fixed a bug in bcftools which causes false "DP4=0,0,0,0" annotations.
 293
 294 (0.1.12: 2 December 2010, r862)
 295
 296
 297
 298 Beta release 0.1.11 (21 November, 2010)
 299 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 300
 301 This is mainly a bug fix release:
 302
 303  * Fixed a bug in random retrieval (since 0.1.8). It occurs when reads
 304    are retrieved from a small region containing no reads.
 305
 306  * Fixed a bug in pileup (since 0.1.9). The bug causes an assertion
 307    failure when the first CIGAR operation is a deletion.
 308
 309  * Improved fault tolerence in remote access.
 310
 311 One minor feature has been implemented in bcftools:
 312
 313  * Added a reference-free variant calling mode. In this mode, a site is
 314    regarded as a variat iff the sample(s) contains two or more alleles;
 315    the meaning of the QUAL field in the VCF output is changed
 316    accordingly. Effectively, the reference allele is irrelevant to the
 317    result in the new mode, although the reference sequence has to be
 318    used in realignment when SAMtools computes genotype likelihoods.
 319
 320 In addition, since 0.1.10, the `pileup' command has been deprecated by
 321 `mpileup' which is more powerful and more accurate. The `pileup' command
 322 will not be removed in the next few releases, but new features will not
 323 be added.
 324
 325 (0.1.11: 21 November 2010, r851)
 326
 327
 328
 329 Beta Release 0.1.10 (16 November, 2010)
 330 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 331
 332 This release is featured as the first major improvement to the indel
 333 caller. The method is similar to the old one implemented in the pileup
 334 command, but the details are handled more carefully both in theory and
 335 in practice. As a result, the new indel caller usually gives more
 336 accurate indel calls, though at the cost of sensitivity. The caller is
 337 implemented in the mpileup command and is invoked by default. It works
 338 with multiple samples.
 339
 340 Other notable changes:
 341
 342  * With the -r option, the calmd command writes the difference between
 343    the original base quality and the BAQ capped base quality at the BQ
 344    tag but does not modify the base quality. Please use -Ar to overwrite
 345    the original base quality (the 0.1.9 behavior).
 346
 347  * Allow to set a maximum per-sample read depth to reduce memory. In
 348    0.1.9, most of memory is wasted for the ultra high read depth in some
 349    regions (e.g. the chr1 centromere).
 350
 351  * Optionally write per-sample read depth and per-sample strand bias
 352    P-value.
 353
 354  * Compute equal-tail (Bayesian) credible interval of site allele
 355    frequency at the CI95 VCF annotation.
 356
 357  * Merged the vcfutils.pl varFilter and filter4vcf for better SNP/indel
 358    filtering.
 359
 360 (0.1.10: 16 November 2010, r829)
 361
 362
 363
 364 Beta Release 0.1.9 (27 October, 2010)
 365 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 366
 367 This release is featured as the first major improvement to the samtools'
 368 SNP caller.  It comes with a revised MAQ error model, the support of
 369 multi-sample SNP calling and the computation of base alignment quality
 370 (BAQ).
 371
 372 The revised MAQ error model is based on the original model. It solves an
 373 issue of miscalling SNPs in repetitive regions. Althought such SNPs can
 374 usually be filtered at a later step, they mess up unfiltered calls. This
 375 is a theoretical flaw in the original model. The revised MAQ model
 376 deprecates the orginal MAQ model and the simplified SOAPsnp model.
 377
 378 Multi-sample SNP calling is separated in two steps. The first is done by
 379 samtools mpileup and the second by a new program, bcftools, which is
 380 included in the samtools source code tree. Multi-sample SNP calling also
 381 works for single sample and has the advantage of enabling more powerful
 382 filtration. It is likely to deprecate pileup in future once a proper
 383 indel calling method is implemented.
 384
 385 BAQ is the Phred-scaled probability of a read base being wrongly
 386 aligned. Capping base quality by BAQ has been shown to be very effective
 387 in suppressing false SNPs caused by misalignments around indels or in
 388 low-complexity regions with acceptable compromise on computation
 389 time. This strategy is highly recommended and can be used with other SNP
 390 callers as well.
 391
 392 In addition to the three major improvements, other notable changes are:
 393
 394  * Changes to the pileup format. A reference skip (the N CIGAR operator)
 395    is shown as '<' or '>' depending on the strand. Tview is also changed
 396    accordingly.
 397
 398  * Accelerated pileup. The plain pileup is about 50% faster.
 399
 400  * Regional merge. The merge command now accepts a new option to merge
 401    files in a specified region.
 402
 403  * Fixed a bug in bgzip and razip which causes source files to be
 404    deleted even if option -c is applied.
 405
 406  * In APIs, propogate errors to downstream callers and make samtools
 407    return non-zero values once errors occur.
 408
 409 (0.1.9: 27 October 2010, r783)
 410
 411
 412
 413 Beta Release 0.1.8 (11 July, 2010)
 414 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 415
 416 Notable functional changes:
 417
 418  * Added the `reheader' command which replaces a BAM header with a new
 419    header. This command is much faster than replacing header by
 420    BAM->SAM->BAM conversions.
 421
 422  * Added the `mpileup' command which computes the pileup of multiple
 423    alignments.
 424
 425  * The `index' command now stores the number of mapped and unmapped
 426    reads in the index file. This information can be retrieved quickly by
 427    the new `idxstats' command.
 428
 429  * By default, pileup used the SOAPsnp model for SNP calling. This
 430    avoids the floating overflow in the MAQ model which leads to spurious
 431    calls in repetitive regions, although these calls will be immediately
 432    filtered by varFilter.
 433
 434  * The `tview' command now correctly handles CIGARs like 7I10M and
 435    10M1P1I10M which cause assertion failure in earlier versions.
 436
 437  * Tview accepts a region like `=10,000' where `=' stands for the
 438    current sequence name. This saves typing for long sequence names.
 439
 440  * Added the `-d' option to `pileup' which avoids slow indel calling
 441    in ultradeep regions by subsampling reads locally.
 442
 443  * Added the `-R' option to `view' which retrieves alignments in read
 444    groups listed in the specified file.
 445
 446 Performance improvements:
 447
 448  * The BAM->SAM conversion is up to twice faster, depending on the
 449    characteristic of the input.
 450
 451  * Parsing SAM headers with a lot of reference sequences is now much
 452    faster.
 453
 454  * The number of lseek() calls per query is reduced when the query
 455    region contains no read alignments.
 456
 457 Bug fixes:
 458
 459  * Fixed an issue in the indel caller that leads to miscall of indels.
 460    Note that this solution may not work well when the sequencing indel
 461    error rate is higher than the rate of SNPs.
 462
 463  * Fixed another issue in the indel caller which may lead to incorrect
 464    genotype.
 465
 466  * Fixed a bug in `sort' when option `-o' is applied.
 467
 468  * Fixed a bug in `view -r'.
 469
 470 APIs and other changes:
 471
 472  * Added iterator interfaces to random access and pileup. The callback
 473    interfaces directly call the iterator interfaces.
 474
 475  * The BGZF blocks holding the BAM header are indepedent of alignment
 476    BGZF blocks. Alignment records shorter than 64kB is guaranteed to be
 477    fully contained in one BGZF block. This change is fully compatible
 478    with the old version of samtools/picard.
 479
 480 Changes in other utilities:
 481
 482  * Updated export2sam.pl by Chris Saunders.
 483
 484  * Improved the sam2vcf.pl script.
 485
 486  * Added a Python version of varfilter.py by Aylwyn Scally.
 487
 488 (0.1.8: 11 July 2010, r613)
 489
 490
 491
 492 Beta Release 0.1.7 (10 November, 2009)
 493 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 494
 495 Notable changes:
 496
 497  * Improved the indel caller in complex scenariors, in particular for
 498    long reads. The indel caller is now able to make reasonable indel
 499    calls from Craig Venter capillary reads.
 500
 501  * Rewrote single-end duplicate removal with improved
 502    performance. Paired-end reads are not touched.
 503
 504  * Duplicate removal is now library aware. Samtools remove potential
 505    PCR/optical dupliates inside a library rather than across libraries.
 506
 507  * SAM header is now fully parsed, although this functionality is not
 508    used in merging and so on.
 509
 510  * In samtools merge, optionally take the input file name as RG-ID and
 511    attach the RG tag to each alignment.
 512
 513  * Added FTP support in the RAZF library. RAZF-compressed reference
 514    sequence can be retrieved remotely.
 515
 516  * Improved network support for Win32.
 517
 518  * Samtools sort and merge are now stable.
 519
 520 Changes in other utilities:
 521
 522  * Implemented sam2vcf.pl that converts the pileup format to the VCF
 523    format.
 524
 525  * This release of samtools is known to work with the latest
 526    Bio-Samtools Perl module.
 527
 528 (0.1.7: 10 November 2009, r510)
 529
 530
 531
 532 Beta Release 0.1.6 (2 September, 2009)
 533 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 534
 535 Notable changes:
 536
 537  * In tview, do not show a blank screen when no reads mapped to the
 538    corresponding region.
 539
 540  * Implemented native HTTP support in the BGZF library. Samtools is now
 541    able to directly open a BAM file on HTTP. HTTP proxy is also
 542    supported via the "http_proxy" environmental variable.
 543
 544  * Samtools is now compitable with the MinGW (win32) compiler and the
 545    PDCurses library.
 546
 547  * The calmd (or fillmd) command now calculates the NM tag and replaces
 548    MD tags if they are wrong.
 549
 550  * The view command now recognizes and optionally prints FLAG in HEXs or
 551    strings to make a SAM file more friendly to human eyes. This is a
 552    samtools-C extension, not implemented in Picard for the time
 553    being. Please type `samtools view -?' for more information.
 554
 555  * BAM files now have an end-of-file (EOF) marker to facilitate
 556    truncation detection. A warning will be given if an on-disk BAM file
 557    does not have this marker. The warning will be seen on BAM files
 558    generated by an older version of samtools. It does NO harm.
 559
 560  * New key bindings in tview: `r' to show read names and `s' to show
 561    reference skip (N operation) as deletions.
 562
 563  * Fixed a bug in `samtools merge -n'.
 564
 565  * Samtools merge now optionally copies the header of a user specified
 566    SAM file to the resultant BAM output.
 567
 568  * Samtools pileup/tview works with a CIGAR with the first or the last
 569    operation is an indel.
 570
 571  * Fixed a bug in bam_aux_get().
 572
 573
 574 Changes in other utilies:
 575
 576  * Fixed wrong FLAG in maq2sam.
 577
 578
 579 (0.1.6: 2 September 2009, r453)
 580
 581
 582
 583 Beta Release 0.1.5 (7 July, 2009)
 584 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 585
 586 Notable changes:
 587
 588  * Support opening a BAM alignment on FTP. Users can now use "tview" to
 589    view alignments at the NCBI ftp site. Please read manual for more
 590    information.
 591
 592  * In library, propagate errors rather than exit or complain assertion
 593    failure.
 594
 595  * Simplified the building system and fixed compiling errors caused by
 596    zlib<1.2.2.1.
 597
 598  * Fixed an issue about lost header information when a SAM is imported
 599    with "view -t".
 600
 601  * Implemented "samtool.pl varFilter" which filters both SNPs and short
 602    indels. This command replaces "indelFilter".
 603
 604  * Implemented "samtools.pl pileup2fq" to generate FASTQ consensus from
 605    pileup output.
 606
 607  * In pileup, cap mapping quality at 60. This helps filtering when
 608    different aligners are in use.
 609
 610  * In pileup, allow to output variant sites only.
 611
 612  * Made pileup generate correct calls in repetitive region. At the same
 613    time, I am considering to implement a simplified model in SOAPsnp,
 614    although this has not happened yet.
 615
 616  * In view, added '-u' option to output BAM without compression. This
 617    option is preferred when the output is piped to other commands.
 618
 619  * In view, added '-l' and '-r' to get the alignments for one library or
 620    read group. The "@RG" header lines are now partially parsed.
 621
 622  * Do not include command line utilities to libbam.a.
 623
 624  * Fixed memory leaks in pileup and bam_view1().
 625
 626  * Made faidx more tolerant to empty lines right before or after FASTA >
 627    lines.
 628
 629
 630 Changes in other utilities:
 631
 632  * Updated novo2sam.pl by Colin Hercus, the key developer of novoalign.
 633
 634
 635 This release involves several modifications to the key code base which
 636 may potentially introduce new bugs even though we have tried to minimize
 637 this by testing on several examples. Please let us know if you catch
 638 bugs.
 639
 640 (0.1.5: 7 July 2009, r373)
 641
 642
 643
 644 Beta Release 0.1.4 (21 May, 2009)
 645 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 646
 647 Notable changes:
 648
 649  * Added the 'rmdupse' command: removing duplicates for SE reads.
 650
 651  * Fixed a critical bug in the indel caller: clipped alignments are not
 652    processed correctly.
 653
 654  * Fixed a bug in the tview: gapped alignment may be incorrectly
 655    displayed.
 656
 657  * Unified the interface to BAM and SAM I/O. This is done by
 658    implementing a wrapper on top of the old APIs and therefore old APIs
 659    are still valid. The new I/O APIs also recognize the @SQ header
 660    lines.
 661
 662  * Generate the MD tag.
 663
 664  * Generate "=" bases. However, the indel caller will not work when "="
 665    bases are present.
 666
 667  * Enhanced support of color-read display (by Nils Homer).
 668
 669  * Implemented the GNU building system. However, currently the building
 670    system does not generate libbam.a. We will improve this later. For
 671    the time being, `make -f Makefile.generic' is preferred.
 672
 673  * Fixed a minor bug in pileup: the first read in a chromosome may be
 674    skipped.
 675
 676  * Fixed bugs in bam_aux.c. These bugs do not affect other components as
 677    they were not used previously.
 678
 679  * Output the 'SM' tag from maq2sam.
 680
 681 (0.1.4: 21 May 2009, r297)
 682
 683
 684
 685 Beta Release 0.1.3 (15 April, 2009)
 686 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 687
 688 Notable changes in SAMtools:
 689
 690  * SAMtools is more consistent with the specification: a) '*' in the
 691    QUAL field is allowed; b) the field separator is TAB only and SPACE
 692    is treated as a character in a field; c) empty header is allowed.
 693
 694  * Implemented GLFv3 support in pileup.
 695
 696  * Fixed a severe bug in fixmate: strand information is wrongly
 697    overwritten.
 698
 699  * Fixed a bug in alignment retrieval: alignments bridging n*16384bp are
 700    not correctly retrieved sometimes.
 701
 702  * Fixed a bug in rmdup: segfault if unmapped reads are present.
 703
 704  * Move indel_filter.pl to samtools.pl and improved the filtering by
 705    checking the actual number of alignments containing indels. The indel
 706    pileup line is also changed a little to make this filtration easier.
 707
 708  * Fixed a minor bug in indexing: the bin number of an unmapped read is
 709    wrongly calculated.
 710
 711  * Added `flagstat' command to show statistics on the FLAG field.
 712
 713  * Improved indel caller by setting the maximum window size in local
 714    realignment.
 715
 716 Changes in other utilities:
 717
 718  * Fixed a bug in maq2sam: a tag name is obsolete.
 719
 720  * Improvement to wgsim: a) added support for SOLiD read simulation; b)
 721    show the number of substitutions/indels/errors in read name; c)
 722    considerable code clean up.
 723
 724  * Various converters: improved functionality in general.
 725
 726  * Updated the example SAM due to the previous bug in fixmate.
 727
 728 (0.1.3: 15 April 2009, r227)
 729
 730
 731
 732 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
 733 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 734
 735 Notable changes in SAMtools:
 736
 737  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
 738    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
 739    caller. The pileup format is also changed accordingly.
 740
 741  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
 742    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
 743    correctly set.
 744
 745  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
 746    related flags from a name-sorted alignment.
 747
 748  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
 749
 750  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
 751
 752  * Generate GLFv2 from pileup.
 753
 754  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
 755    failure.
 756
 757  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
 758    work.
 759
 760  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
 761    have problem to compile it.
 762
 763  * Fixed a bug in import command when there are reads without
 764    coordinates.
 765
 766  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
 767
 768  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
 769
 770  * Fixed a bug in merge command.
 771
 772 Changes in other utilities:
 773
 774  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
 775    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
 776    longer indels.
 777
 778  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
 779    alignment on reads generated by wgsim.
 780
 781  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
 782    work properly when multiple hits are output.
 783
 784  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
 785    be retained when multiple hits are present.
 786
 787  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
 788
 789  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
 790
 791  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
 792    indel are not properly handled, though.
 793
 794  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
 795    default Illumina output.
 796
 797 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
 798
 799
 800
 801 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
 802 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 803
 804 The is the first public release of samtools. For more information,
 805 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
 806 http://samtools.sourceforge.net