NEWS

   1 Beta Release 0.1.7 (10 November, 2009)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 Notable changes:
   5
   6  * Improved the indel caller in complex scenariors, in particular for
   7    long reads. The indel caller is now able to make reasonable indel
   8    calls from Craig Venter capillary reads.
   9
  10  * Rewrote single-end duplicate removal with improved
  11    performance. Paired-end reads are not touched.
  12
  13  * Duplicate removal is now library aware. Samtools remove potential
  14    PCR/optical dupliates inside a library rather than across libraries.
  15
  16  * SAM header is now fully parsed, although this functionality is not
  17    used in merging and so on.
  18
  19  * In samtools merge, optionally take the input file name as RG-ID and
  20    attach the RG tag to each alignment.
  21
  22  * Added FTP support in the RAZF library. RAZF-compressed reference
  23    sequence can be retrieved remotely.
  24
  25  * Improved network support for Win32.
  26
  27  * Samtools sort and merge are now stable.
  28
  29 Changes in other utilities:
  30
  31  * Implemented sam2vcf.pl that converts the pileup format to the VCF
  32    format.
  33
  34  * This release of samtools is known to work with the latest
  35    Bio-Samtools Perl module.
  36
  37 (0.1.7: 10 November 2009, r510)
  38
  39
  40
  41 Beta Release 0.1.6 (2 September, 2009)
  42 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  43
  44 Notable changes:
  45
  46  * In tview, do not show a blank screen when no reads mapped to the
  47    corresponding region.
  48
  49  * Implemented native HTTP support in the BGZF library. Samtools is now
  50    able to directly open a BAM file on HTTP. HTTP proxy is also
  51    supported via the "http_proxy" environmental variable.
  52
  53  * Samtools is now compitable with the MinGW (win32) compiler and the
  54    PDCurses library.
  55
  56  * The calmd (or fillmd) command now calculates the NM tag and replaces
  57    MD tags if they are wrong.
  58
  59  * The view command now recognizes and optionally prints FLAG in HEXs or
  60    strings to make a SAM file more friendly to human eyes. This is a
  61    samtools-C extension, not implemented in Picard for the time
  62    being. Please type `samtools view -?' for more information.
  63
  64  * BAM files now have an end-of-file (EOF) marker to facilitate
  65    truncation detection. A warning will be given if an on-disk BAM file
  66    does not have this marker. The warning will be seen on BAM files
  67    generated by an older version of samtools. It does NO harm.
  68
  69  * New key bindings in tview: `r' to show read names and `s' to show
  70    reference skip (N operation) as deletions.
  71
  72  * Fixed a bug in `samtools merge -n'.
  73
  74  * Samtools merge now optionally copies the header of a user specified
  75    SAM file to the resultant BAM output.
  76
  77  * Samtools pileup/tview works with a CIGAR with the first or the last
  78    operation is an indel.
  79
  80  * Fixed a bug in bam_aux_get().
  81
  82
  83 Changes in other utilies:
  84
  85  * Fixed wrong FLAG in maq2sam.
  86
  87
  88 (0.1.6: 2 September 2009, r453)
  89
  90
  91
  92 Beta Release 0.1.5 (7 July, 2009)
  93 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  94
  95 Notable changes:
  96
  97  * Support opening a BAM alignment on FTP. Users can now use "tview" to
  98    view alignments at the NCBI ftp site. Please read manual for more
  99    information.
 100
 101  * In library, propagate errors rather than exit or complain assertion
 102    failure.
 103
 104  * Simplified the building system and fixed compiling errors caused by
 105    zlib<1.2.2.1.
 106
 107  * Fixed an issue about lost header information when a SAM is imported
 108    with "view -t".
 109
 110  * Implemented "samtool.pl varFilter" which filters both SNPs and short
 111    indels. This command replaces "indelFilter".
 112
 113  * Implemented "samtools.pl pileup2fq" to generate FASTQ consensus from
 114    pileup output.
 115
 116  * In pileup, cap mapping quality at 60. This helps filtering when
 117    different aligners are in use.
 118
 119  * In pileup, allow to output variant sites only.
 120
 121  * Made pileup generate correct calls in repetitive region. At the same
 122    time, I am considering to implement a simplified model in SOAPsnp,
 123    although this has not happened yet.
 124
 125  * In view, added '-u' option to output BAM without compression. This
 126    option is preferred when the output is piped to other commands.
 127
 128  * In view, added '-l' and '-r' to get the alignments for one library or
 129    read group. The "@RG" header lines are now partially parsed.
 130
 131  * Do not include command line utilities to libbam.a.
 132
 133  * Fixed memory leaks in pileup and bam_view1().
 134
 135  * Made faidx more tolerant to empty lines right before or after FASTA >
 136    lines.
 137
 138
 139 Changes in other utilities:
 140
 141  * Updated novo2sam.pl by Colin Hercus, the key developer of novoalign.
 142
 143
 144 This release involves several modifications to the key code base which
 145 may potentially introduce new bugs even though we have tried to minimize
 146 this by testing on several examples. Please let us know if you catch
 147 bugs.
 148
 149 (0.1.5: 7 July 2009, r373)
 150
 151
 152
 153 Beta Release 0.1.4 (21 May, 2009)
 154 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 155
 156 Notable changes:
 157
 158  * Added the 'rmdupse' command: removing duplicates for SE reads.
 159
 160  * Fixed a critical bug in the indel caller: clipped alignments are not
 161    processed correctly.
 162
 163  * Fixed a bug in the tview: gapped alignment may be incorrectly
 164    displayed.
 165
 166  * Unified the interface to BAM and SAM I/O. This is done by
 167    implementing a wrapper on top of the old APIs and therefore old APIs
 168    are still valid. The new I/O APIs also recognize the @SQ header
 169    lines.
 170
 171  * Generate the MD tag.
 172
 173  * Generate "=" bases. However, the indel caller will not work when "="
 174    bases are present.
 175
 176  * Enhanced support of color-read display (by Nils Homer).
 177
 178  * Implemented the GNU building system. However, currently the building
 179    system does not generate libbam.a. We will improve this later. For
 180    the time being, `make -f Makefile.generic' is preferred.
 181
 182  * Fixed a minor bug in pileup: the first read in a chromosome may be
 183    skipped.
 184
 185  * Fixed bugs in bam_aux.c. These bugs do not affect other components as
 186    they were not used previously.
 187
 188  * Output the 'SM' tag from maq2sam.
 189
 190 (0.1.4: 21 May 2009, r297)
 191
 192
 193
 194 Beta Release 0.1.3 (15 April, 2009)
 195 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 196
 197 Notable changes in SAMtools:
 198
 199  * SAMtools is more consistent with the specification: a) '*' in the
 200    QUAL field is allowed; b) the field separator is TAB only and SPACE
 201    is treated as a character in a field; c) empty header is allowed.
 202
 203  * Implemented GLFv3 support in pileup.
 204
 205  * Fixed a severe bug in fixmate: strand information is wrongly
 206    overwritten.
 207
 208  * Fixed a bug in alignment retrieval: alignments bridging n*16384bp are
 209    not correctly retrieved sometimes.
 210
 211  * Fixed a bug in rmdup: segfault if unmapped reads are present.
 212
 213  * Move indel_filter.pl to samtools.pl and improved the filtering by
 214    checking the actual number of alignments containing indels. The indel
 215    pileup line is also changed a little to make this filtration easier.
 216
 217  * Fixed a minor bug in indexing: the bin number of an unmapped read is
 218    wrongly calculated.
 219
 220  * Added `flagstat' command to show statistics on the FLAG field.
 221
 222  * Improved indel caller by setting the maximum window size in local
 223    realignment.
 224
 225 Changes in other utilities:
 226
 227  * Fixed a bug in maq2sam: a tag name is obsolete.
 228
 229  * Improvement to wgsim: a) added support for SOLiD read simulation; b)
 230    show the number of substitutions/indels/errors in read name; c)
 231    considerable code clean up.
 232
 233  * Various converters: improved functionality in general.
 234
 235  * Updated the example SAM due to the previous bug in fixmate.
 236
 237 (0.1.3: 15 April 2009, r227)
 238
 239
 240
 241 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
 242 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 243
 244 Notable changes in SAMtools:
 245
 246  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
 247    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
 248    caller. The pileup format is also changed accordingly.
 249
 250  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
 251    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
 252    correctly set.
 253
 254  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
 255    related flags from a name-sorted alignment.
 256
 257  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
 258
 259  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
 260
 261  * Generate GLFv2 from pileup.
 262
 263  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
 264    failure.
 265
 266  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
 267    work.
 268
 269  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
 270    have problem to compile it.
 271
 272  * Fixed a bug in import command when there are reads without
 273    coordinates.
 274
 275  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
 276
 277  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
 278
 279  * Fixed a bug in merge command.
 280
 281 Changes in other utilities:
 282
 283  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
 284    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
 285    longer indels.
 286
 287  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
 288    alignment on reads generated by wgsim.
 289
 290  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
 291    work properly when multiple hits are output.
 292
 293  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
 294    be retained when multiple hits are present.
 295
 296  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
 297
 298  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
 299
 300  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
 301    indel are not properly handled, though.
 302
 303  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
 304    default Illumina output.
 305
 306 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
 307
 308
 309
 310 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
 311 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 312
 313 The is the first public release of samtools. For more information,
 314 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
 315 http://samtools.sourceforge.net