NEWS

   1 Beta Release 0.1.17 (6 July, 2011)
   2 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
   3
   4 With the maturity of `mpileup' and the lack of update in the `pileup' command,
   5 the `pileup' command is now formally dropped. Most of the pileup functionality,
   6 such as outputting mapping quality and read positions, have been added
   7 `mpileup'.
   8
   9 Since this release, `bcftools view' is able to perform contrast SNP calling
  10 (option -T) for discovering de novo and/or somatic mutations between a pair of
  11 samples or in a family trio. Potential mutations are scored by a log likelihood
  12 ratio, which is very simple in math, but should be comparable to more
  13 sophisticated methods. Note that getting the score is only the very first step.
  14 A lot more need to be done to reduce systematical errors due to mapping and
  15 reference errors and structural variations.
  16
  17 Other notable changes in samtools:
  18
  19  * Improved sorting order checking during indexing.
  20
  21  * Improved region parsing. Colons in reference sequence names are parsed
  22    properly.
  23
  24  * Fixed an issue where mpileup does not apply BAQ for the first few reads when
  25    a region is specified.
  26
  27  * Fixed an issue where `faidx' does not work with FASTA files with long lines.
  28
  29  * Bugfix: wrong SP genotype information in the BCF output.
  30
  31 Other notable changes in bcftools:
  32
  33  * Output the ML esitmate of the allele count.
  34
  35  * Added the HWE plus F<0 filter to varFilter. For multiple samples, it
  36    effectively filters false heterozygous calls around centromeres.
  37
  38  * For association mapping, perform both 1-degree and 2-degree test. The
  39    2-degree test is conservative but more robust to HWE violation.
  40
  41 (0.1.17: 6 July 2011, r973:277)
  42
  43
  44
  45 Beta Release 0.1.16 (21 April, 2011)
  46 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  47
  48 Notable changes in samtools:
  49
  50  * Support the new SAM/BAM type `B' in the latest SAM spec v1.4.
  51
  52  * When the output file of `samtools merge' exists, do not overwrite it unless
  53    a new command-line option `-f' is applied.
  54
  55  * Bugfix: BED support is not working when the input BED is not sorted.
  56
  57  * Bugfix: some reads without coordinates but given on the reverse strand are
  58    lost in merging.
  59
  60 Notable changes in bcftools:
  61
  62  * Code cleanup: separated max-likelihood inference and Bayesian inference.
  63
  64  * Test Hardy-Weinberg equilibrium with a likelihood-ratio test.
  65
  66  * Provided another association test P-value by likelihood-ratio test.
  67
  68  * Use Brent's method to estimate the site allele frequency when EM converges
  69    slowly. The resulting ML estimate of allele frequnecy is more accurate.
  70
  71  * Added the `ldpair' command, which computes r^2 between SNP pairs given in
  72    an input file.
  73
  74 Also, the `pileup' command, which has been deprecated by `mpileup' since
  75 version 0.1.10, will be dropped in the next release. The old `pileup' command
  76 is substandard and causing a lot of confusion.
  77
  78 (0.1.16: 21 April 2011, r963:234)
  79
  80
  81
  82 Beta Release 0.1.15 (10 April, 2011)
  83 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  84
  85 Noteable changes:
  86
  87  * Allow to perform variant calling or to extract information in multiple
  88    regions specified by a BED file (`samtools mpileup -l', `samtools view -L'
  89    and `bcftools view -l').
  90
  91  * Added the `depth' command to samtools to compute the per-base depth with a
  92    simpler interface. File `bam2depth.c', which implements this command, is the
  93    recommended example on how to use the mpileup APIs.
  94
  95  * Estimate genotype frequencies with ML; perform chi^2 based Hardy-Weinberg
  96    test using this estimate.
  97
  98  * For `samtools view', when `-R' is specified, drop read groups in the header
  99    that are not contained in the specified file.
 100
 101  * For `samtools flagstat', separate QC-pass and QC-fail reads.
 102
 103  * Improved the command line help of `samtools mpileup' and `bcftools view'.
 104
 105  * Use a global variable to control the verbose level of samtools stderr
 106    output. Nonetheless, it has not been full utilized.
 107
 108  * Fixed an issue in association test which may report false associations,
 109    possibly due to floating point underflow.
 110
 111 (0.1.15: 10 April 2011, r949:203)
 112
 113
 114
 115 Beta release 0.1.14 (21 March, 2011)
 116 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 117
 118 This release implements a method for testing associations for case-control
 119 data. The method does not call genotypes but instead sums over all genotype
 120 configurations to compute a chi^2 based test statistics. It can be potentially
 121 applied to comparing a pair of samples (e.g. a tumor-normal pair), but this
 122 has not been evaluated on real data.
 123
 124 Another new feature is to make X chromosome variant calls when female and male
 125 samples are both present. The user needs to provide a file indicating the
 126 ploidy of each sample (see also manual bcftools/bcftools.1).
 127
 128 Other notable changes:
 129
 130  * Added `bcftools view -F' to parse BCF files generated by samtools r921 or
 131    older which encodes PL in a different way.
 132
 133  * Changed the behavior of `bcftools view -s'. Now when a list of samples is
 134    provided, the samples in the output will be reordered to match the ordering
 135    in the sample list. This change is mainly designed for association test.
 136
 137  * Sped up `bcftools view -v' for target sequencing given thousands of samples.
 138    Also added a new option `view -d' to skip loci where only a few samples are
 139    covered by reads.
 140
 141  * Dropped HWE test. This feature has never been implemented properly. An EM
 142    should be much better. To be implemented in future.
 143
 144  * Added the `cat' command to samtools. This command concatenate BAMs with
 145    identical sequence dictionaries in an efficient way. Modified from bam_cat.c
 146    written by Chris Saunders.
 147
 148  * Added `samtools view -1' to write BAMs at a low compression level but twice
 149    faster to create. The `sort' command generates temporary files at a low
 150    compression level as well.
 151
 152  * Added `samtools mpileup -6' to accept "BAM" with Illumina 1.3+ quality
 153    strings (strictly speaking, such a file is not BAM).
 154
 155  * Added `samtools mpileup -L' to skip INDEL calling in regions with
 156    excessively high coverage. Such regions dramatically slow down mpileup.
 157
 158  * Updated `misc/export2sam.pl', provided by Chris Saunders from Illumina Inc.
 159
 160 (0.1.14: 21 March 2011, r933:170)
 161
 162
 163
 164 Beta release 0.1.13 (1 March, 2011)
 165 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 166
 167 The most important though largely invisible modification is the change of the
 168 order of genotypes in the PL VCF/BCF tag. This is to conform the upcoming VCF
 169 spec v4.1. The change means that 0.1.13 is not backward compatible with VCF/BCF
 170 generated by samtools older than r921 inclusive.  VCF/BCF generated by the new
 171 samtools will contain a line `##fileformat=VCFv4.1' as well as the samtools
 172 version number.
 173
 174 Single Individual Haplotyping (SIH) is added as an experimental feature. It
 175 originally aims to produce haploid consensus from fosmid pool sequencing, but
 176 also works with short-read data. For short reads, phased blocks are usually too
 177 short to be useful in many applications, but they can help to rule out part of
 178 SNPs close to INDELs or between copies of CNVs.
 179
 180
 181 Other notable changes in samtools:
 182
 183  * Construct per-sample consensus to reduce the effect of nearby SNPs in INDEL
 184    calling. This reduces the power but improves specificity.
 185
 186  * Improved sorting order checking in indexing. Now indexing is the preferred way
 187    to check if a BAM is sorted.
 188
 189  * Added a switch `-E' to mpileup and calmd. This option uses an alternative way
 190    to apply BAQ, which increases sensistivity, especially to MNPs, at the cost of
 191    a little loss in specificity.
 192
 193  * Added `mpileup -A' to allow to use reads in anomalous pairs in SNP calling.
 194
 195  * Added `mpileup -m' to allow fine control of the collection of INDEL candidates.
 196
 197  * Added `mpileup -S' to compute per-sample strand bias P-value.
 198
 199  * Added `mpileup -G' to exclude read groups in variant calling.
 200
 201  * Fixed segfault in indel calling related to unmapped and refskip reads.
 202
 203  * Fixed an integer overflow in INDEL calling. This bug produces wrong INDEL
 204    genotypes for longer short INDELs, typically over 10bp.
 205
 206  * Fixed a bug in tview on big-endian machines.
 207
 208  * Fixed a very rare memory issue in bam_md.c
 209
 210  * Fixed an out-of-boundary bug in mpileup when the read base is `N'.
 211
 212  * Fixed a compiling error when the knetfile library is not used. Fixed a
 213    library compiling error due to the lack of bam_nt16_nt4_table[] table.
 214    Suppress a compiling warning related to the latest zlib.
 215
 216
 217 Other notable changes in bcftools:
 218
 219  * Updated the BCF spec.
 220
 221  * Added the `FQ' VCF INFO field, which gives the phred-scaled probability
 222    of all samples being the same (identical to the reference or all homozygous
 223    variants). Option `view -f' has been dropped.
 224
 225  * Implementated of "vcfutils.pl vcf2fq" to generate a consensus sequence
 226    similar to "samtools.pl pileup2fq".
 227
 228  * Make sure the GT FORMAT field is always the first FORMAT to conform the VCF
 229    spec. Drop bcf-fix.pl.
 230
 231  * Output bcftools specific INFO and FORMAT in the VCF header.
 232
 233  * Added `view -s' to call variants from a subset of samples.
 234
 235  * Properly convert VCF to BCF with a user provided sequence dictionary. Nonetheless,
 236    custom fields are still unparsed and will be stored as a missing value.
 237
 238  * Fixed a minor bug in Fisher's exact test; the results are rarely changed.
 239
 240
 241 (0.1.13: 1 March 2011, r926:134)
 242
 243
 244
 245 Beta release 0.1.12a (2 December, 2010)
 246 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 247
 248 This is another bug fix release:
 249
 250  * Fixed a memory violation in mpileup, which causes segfault. Release
 251    0.1.9 and above are affected.
 252
 253  * Fixed a memory violation in the indel caller, which does not causes
 254    segfault, but may potentially affect deletion calls in an unexpected
 255    way. Release 0.1.10 and above are affected.
 256
 257  * Fixed a bug in computing r-square in bcftools. Few are using this
 258    functionality and it only has minor effect.
 259
 260  * Fixed a memory leak in bam_fetch().
 261
 262  * Fixed a bug in writing meta information to the BAM index for the last
 263    sequence. This bug is invisible to most users, but it is a bug anyway.
 264
 265  * Fixed a bug in bcftools which causes false "DP4=0,0,0,0" annotations.
 266
 267 (0.1.12: 2 December 2010, r862)
 268
 269
 270
 271 Beta release 0.1.11 (21 November, 2010)
 272 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 273
 274 This is mainly a bug fix release:
 275
 276  * Fixed a bug in random retrieval (since 0.1.8). It occurs when reads
 277    are retrieved from a small region containing no reads.
 278
 279  * Fixed a bug in pileup (since 0.1.9). The bug causes an assertion
 280    failure when the first CIGAR operation is a deletion.
 281
 282  * Improved fault tolerence in remote access.
 283
 284 One minor feature has been implemented in bcftools:
 285
 286  * Added a reference-free variant calling mode. In this mode, a site is
 287    regarded as a variat iff the sample(s) contains two or more alleles;
 288    the meaning of the QUAL field in the VCF output is changed
 289    accordingly. Effectively, the reference allele is irrelevant to the
 290    result in the new mode, although the reference sequence has to be
 291    used in realignment when SAMtools computes genotype likelihoods.
 292
 293 In addition, since 0.1.10, the `pileup' command has been deprecated by
 294 `mpileup' which is more powerful and more accurate. The `pileup' command
 295 will not be removed in the next few releases, but new features will not
 296 be added.
 297
 298 (0.1.11: 21 November 2010, r851)
 299
 300
 301
 302 Beta Release 0.1.10 (16 November, 2010)
 303 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 304
 305 This release is featured as the first major improvement to the indel
 306 caller. The method is similar to the old one implemented in the pileup
 307 command, but the details are handled more carefully both in theory and
 308 in practice. As a result, the new indel caller usually gives more
 309 accurate indel calls, though at the cost of sensitivity. The caller is
 310 implemented in the mpileup command and is invoked by default. It works
 311 with multiple samples.
 312
 313 Other notable changes:
 314
 315  * With the -r option, the calmd command writes the difference between
 316    the original base quality and the BAQ capped base quality at the BQ
 317    tag but does not modify the base quality. Please use -Ar to overwrite
 318    the original base quality (the 0.1.9 behavior).
 319
 320  * Allow to set a maximum per-sample read depth to reduce memory. In
 321    0.1.9, most of memory is wasted for the ultra high read depth in some
 322    regions (e.g. the chr1 centromere).
 323
 324  * Optionally write per-sample read depth and per-sample strand bias
 325    P-value.
 326
 327  * Compute equal-tail (Bayesian) credible interval of site allele
 328    frequency at the CI95 VCF annotation.
 329
 330  * Merged the vcfutils.pl varFilter and filter4vcf for better SNP/indel
 331    filtering.
 332
 333 (0.1.10: 16 November 2010, r829)
 334
 335
 336
 337 Beta Release 0.1.9 (27 October, 2010)
 338 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 339
 340 This release is featured as the first major improvement to the samtools'
 341 SNP caller.  It comes with a revised MAQ error model, the support of
 342 multi-sample SNP calling and the computation of base alignment quality
 343 (BAQ).
 344
 345 The revised MAQ error model is based on the original model. It solves an
 346 issue of miscalling SNPs in repetitive regions. Althought such SNPs can
 347 usually be filtered at a later step, they mess up unfiltered calls. This
 348 is a theoretical flaw in the original model. The revised MAQ model
 349 deprecates the orginal MAQ model and the simplified SOAPsnp model.
 350
 351 Multi-sample SNP calling is separated in two steps. The first is done by
 352 samtools mpileup and the second by a new program, bcftools, which is
 353 included in the samtools source code tree. Multi-sample SNP calling also
 354 works for single sample and has the advantage of enabling more powerful
 355 filtration. It is likely to deprecate pileup in future once a proper
 356 indel calling method is implemented.
 357
 358 BAQ is the Phred-scaled probability of a read base being wrongly
 359 aligned. Capping base quality by BAQ has been shown to be very effective
 360 in suppressing false SNPs caused by misalignments around indels or in
 361 low-complexity regions with acceptable compromise on computation
 362 time. This strategy is highly recommended and can be used with other SNP
 363 callers as well.
 364
 365 In addition to the three major improvements, other notable changes are:
 366
 367  * Changes to the pileup format. A reference skip (the N CIGAR operator)
 368    is shown as '<' or '>' depending on the strand. Tview is also changed
 369    accordingly.
 370
 371  * Accelerated pileup. The plain pileup is about 50% faster.
 372
 373  * Regional merge. The merge command now accepts a new option to merge
 374    files in a specified region.
 375
 376  * Fixed a bug in bgzip and razip which causes source files to be
 377    deleted even if option -c is applied.
 378
 379  * In APIs, propogate errors to downstream callers and make samtools
 380    return non-zero values once errors occur.
 381
 382 (0.1.9: 27 October 2010, r783)
 383
 384
 385
 386 Beta Release 0.1.8 (11 July, 2010)
 387 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 388
 389 Notable functional changes:
 390
 391  * Added the `reheader' command which replaces a BAM header with a new
 392    header. This command is much faster than replacing header by
 393    BAM->SAM->BAM conversions.
 394
 395  * Added the `mpileup' command which computes the pileup of multiple
 396    alignments.
 397
 398  * The `index' command now stores the number of mapped and unmapped
 399    reads in the index file. This information can be retrieved quickly by
 400    the new `idxstats' command.
 401
 402  * By default, pileup used the SOAPsnp model for SNP calling. This
 403    avoids the floating overflow in the MAQ model which leads to spurious
 404    calls in repetitive regions, although these calls will be immediately
 405    filtered by varFilter.
 406
 407  * The `tview' command now correctly handles CIGARs like 7I10M and
 408    10M1P1I10M which cause assertion failure in earlier versions.
 409
 410  * Tview accepts a region like `=10,000' where `=' stands for the
 411    current sequence name. This saves typing for long sequence names.
 412
 413  * Added the `-d' option to `pileup' which avoids slow indel calling
 414    in ultradeep regions by subsampling reads locally.
 415
 416  * Added the `-R' option to `view' which retrieves alignments in read
 417    groups listed in the specified file.
 418
 419 Performance improvements:
 420
 421  * The BAM->SAM conversion is up to twice faster, depending on the
 422    characteristic of the input.
 423
 424  * Parsing SAM headers with a lot of reference sequences is now much
 425    faster.
 426
 427  * The number of lseek() calls per query is reduced when the query
 428    region contains no read alignments.
 429
 430 Bug fixes:
 431
 432  * Fixed an issue in the indel caller that leads to miscall of indels.
 433    Note that this solution may not work well when the sequencing indel
 434    error rate is higher than the rate of SNPs.
 435
 436  * Fixed another issue in the indel caller which may lead to incorrect
 437    genotype.
 438
 439  * Fixed a bug in `sort' when option `-o' is applied.
 440
 441  * Fixed a bug in `view -r'.
 442
 443 APIs and other changes:
 444
 445  * Added iterator interfaces to random access and pileup. The callback
 446    interfaces directly call the iterator interfaces.
 447
 448  * The BGZF blocks holding the BAM header are indepedent of alignment
 449    BGZF blocks. Alignment records shorter than 64kB is guaranteed to be
 450    fully contained in one BGZF block. This change is fully compatible
 451    with the old version of samtools/picard.
 452
 453 Changes in other utilities:
 454
 455  * Updated export2sam.pl by Chris Saunders.
 456
 457  * Improved the sam2vcf.pl script.
 458
 459  * Added a Python version of varfilter.py by Aylwyn Scally.
 460
 461 (0.1.8: 11 July 2010, r613)
 462
 463
 464
 465 Beta Release 0.1.7 (10 November, 2009)
 466 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 467
 468 Notable changes:
 469
 470  * Improved the indel caller in complex scenariors, in particular for
 471    long reads. The indel caller is now able to make reasonable indel
 472    calls from Craig Venter capillary reads.
 473
 474  * Rewrote single-end duplicate removal with improved
 475    performance. Paired-end reads are not touched.
 476
 477  * Duplicate removal is now library aware. Samtools remove potential
 478    PCR/optical dupliates inside a library rather than across libraries.
 479
 480  * SAM header is now fully parsed, although this functionality is not
 481    used in merging and so on.
 482
 483  * In samtools merge, optionally take the input file name as RG-ID and
 484    attach the RG tag to each alignment.
 485
 486  * Added FTP support in the RAZF library. RAZF-compressed reference
 487    sequence can be retrieved remotely.
 488
 489  * Improved network support for Win32.
 490
 491  * Samtools sort and merge are now stable.
 492
 493 Changes in other utilities:
 494
 495  * Implemented sam2vcf.pl that converts the pileup format to the VCF
 496    format.
 497
 498  * This release of samtools is known to work with the latest
 499    Bio-Samtools Perl module.
 500
 501 (0.1.7: 10 November 2009, r510)
 502
 503
 504
 505 Beta Release 0.1.6 (2 September, 2009)
 506 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 507
 508 Notable changes:
 509
 510  * In tview, do not show a blank screen when no reads mapped to the
 511    corresponding region.
 512
 513  * Implemented native HTTP support in the BGZF library. Samtools is now
 514    able to directly open a BAM file on HTTP. HTTP proxy is also
 515    supported via the "http_proxy" environmental variable.
 516
 517  * Samtools is now compitable with the MinGW (win32) compiler and the
 518    PDCurses library.
 519
 520  * The calmd (or fillmd) command now calculates the NM tag and replaces
 521    MD tags if they are wrong.
 522
 523  * The view command now recognizes and optionally prints FLAG in HEXs or
 524    strings to make a SAM file more friendly to human eyes. This is a
 525    samtools-C extension, not implemented in Picard for the time
 526    being. Please type `samtools view -?' for more information.
 527
 528  * BAM files now have an end-of-file (EOF) marker to facilitate
 529    truncation detection. A warning will be given if an on-disk BAM file
 530    does not have this marker. The warning will be seen on BAM files
 531    generated by an older version of samtools. It does NO harm.
 532
 533  * New key bindings in tview: `r' to show read names and `s' to show
 534    reference skip (N operation) as deletions.
 535
 536  * Fixed a bug in `samtools merge -n'.
 537
 538  * Samtools merge now optionally copies the header of a user specified
 539    SAM file to the resultant BAM output.
 540
 541  * Samtools pileup/tview works with a CIGAR with the first or the last
 542    operation is an indel.
 543
 544  * Fixed a bug in bam_aux_get().
 545
 546
 547 Changes in other utilies:
 548
 549  * Fixed wrong FLAG in maq2sam.
 550
 551
 552 (0.1.6: 2 September 2009, r453)
 553
 554
 555
 556 Beta Release 0.1.5 (7 July, 2009)
 557 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 558
 559 Notable changes:
 560
 561  * Support opening a BAM alignment on FTP. Users can now use "tview" to
 562    view alignments at the NCBI ftp site. Please read manual for more
 563    information.
 564
 565  * In library, propagate errors rather than exit or complain assertion
 566    failure.
 567
 568  * Simplified the building system and fixed compiling errors caused by
 569    zlib<1.2.2.1.
 570
 571  * Fixed an issue about lost header information when a SAM is imported
 572    with "view -t".
 573
 574  * Implemented "samtool.pl varFilter" which filters both SNPs and short
 575    indels. This command replaces "indelFilter".
 576
 577  * Implemented "samtools.pl pileup2fq" to generate FASTQ consensus from
 578    pileup output.
 579
 580  * In pileup, cap mapping quality at 60. This helps filtering when
 581    different aligners are in use.
 582
 583  * In pileup, allow to output variant sites only.
 584
 585  * Made pileup generate correct calls in repetitive region. At the same
 586    time, I am considering to implement a simplified model in SOAPsnp,
 587    although this has not happened yet.
 588
 589  * In view, added '-u' option to output BAM without compression. This
 590    option is preferred when the output is piped to other commands.
 591
 592  * In view, added '-l' and '-r' to get the alignments for one library or
 593    read group. The "@RG" header lines are now partially parsed.
 594
 595  * Do not include command line utilities to libbam.a.
 596
 597  * Fixed memory leaks in pileup and bam_view1().
 598
 599  * Made faidx more tolerant to empty lines right before or after FASTA >
 600    lines.
 601
 602
 603 Changes in other utilities:
 604
 605  * Updated novo2sam.pl by Colin Hercus, the key developer of novoalign.
 606
 607
 608 This release involves several modifications to the key code base which
 609 may potentially introduce new bugs even though we have tried to minimize
 610 this by testing on several examples. Please let us know if you catch
 611 bugs.
 612
 613 (0.1.5: 7 July 2009, r373)
 614
 615
 616
 617 Beta Release 0.1.4 (21 May, 2009)
 618 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 619
 620 Notable changes:
 621
 622  * Added the 'rmdupse' command: removing duplicates for SE reads.
 623
 624  * Fixed a critical bug in the indel caller: clipped alignments are not
 625    processed correctly.
 626
 627  * Fixed a bug in the tview: gapped alignment may be incorrectly
 628    displayed.
 629
 630  * Unified the interface to BAM and SAM I/O. This is done by
 631    implementing a wrapper on top of the old APIs and therefore old APIs
 632    are still valid. The new I/O APIs also recognize the @SQ header
 633    lines.
 634
 635  * Generate the MD tag.
 636
 637  * Generate "=" bases. However, the indel caller will not work when "="
 638    bases are present.
 639
 640  * Enhanced support of color-read display (by Nils Homer).
 641
 642  * Implemented the GNU building system. However, currently the building
 643    system does not generate libbam.a. We will improve this later. For
 644    the time being, `make -f Makefile.generic' is preferred.
 645
 646  * Fixed a minor bug in pileup: the first read in a chromosome may be
 647    skipped.
 648
 649  * Fixed bugs in bam_aux.c. These bugs do not affect other components as
 650    they were not used previously.
 651
 652  * Output the 'SM' tag from maq2sam.
 653
 654 (0.1.4: 21 May 2009, r297)
 655
 656
 657
 658 Beta Release 0.1.3 (15 April, 2009)
 659 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 660
 661 Notable changes in SAMtools:
 662
 663  * SAMtools is more consistent with the specification: a) '*' in the
 664    QUAL field is allowed; b) the field separator is TAB only and SPACE
 665    is treated as a character in a field; c) empty header is allowed.
 666
 667  * Implemented GLFv3 support in pileup.
 668
 669  * Fixed a severe bug in fixmate: strand information is wrongly
 670    overwritten.
 671
 672  * Fixed a bug in alignment retrieval: alignments bridging n*16384bp are
 673    not correctly retrieved sometimes.
 674
 675  * Fixed a bug in rmdup: segfault if unmapped reads are present.
 676
 677  * Move indel_filter.pl to samtools.pl and improved the filtering by
 678    checking the actual number of alignments containing indels. The indel
 679    pileup line is also changed a little to make this filtration easier.
 680
 681  * Fixed a minor bug in indexing: the bin number of an unmapped read is
 682    wrongly calculated.
 683
 684  * Added `flagstat' command to show statistics on the FLAG field.
 685
 686  * Improved indel caller by setting the maximum window size in local
 687    realignment.
 688
 689 Changes in other utilities:
 690
 691  * Fixed a bug in maq2sam: a tag name is obsolete.
 692
 693  * Improvement to wgsim: a) added support for SOLiD read simulation; b)
 694    show the number of substitutions/indels/errors in read name; c)
 695    considerable code clean up.
 696
 697  * Various converters: improved functionality in general.
 698
 699  * Updated the example SAM due to the previous bug in fixmate.
 700
 701 (0.1.3: 15 April 2009, r227)
 702
 703
 704
 705 Beta Release 0.1.2 (28 January, 2008)
 706 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 707
 708 Notable changes in SAMtools:
 709
 710  * Implemented a Bayesian indel caller. The new caller generate scores
 711    and genotype and is potentially more accurate than Maq's indel
 712    caller. The pileup format is also changed accordingly.
 713
 714  * Implemented rmdup command: remove potential PCR duplicates. Note that
 715    this command ONLY works for FR orientation and requires ISIZE is
 716    correctly set.
 717
 718  * Added fixmate command: fill in mate coordinates, ISIZE and mate
 719    related flags from a name-sorted alignment.
 720
 721  * Fixed a bug in indexing: reads bridging 16x kbp were not retrieved.
 722
 723  * Allow to select reads shown in the pileup output with a mask.
 724
 725  * Generate GLFv2 from pileup.
 726
 727  * Added two more flags for flagging PCR/optical duplicates and for QC
 728    failure.
 729
 730  * Fixed a bug in sort command: name sorting for large alignment did not
 731    work.
 732
 733  * Allow to completely disable RAZF (using Makefile.lite) as some people
 734    have problem to compile it.
 735
 736  * Fixed a bug in import command when there are reads without
 737    coordinates.
 738
 739  * Fixed a bug in tview: clipping broke the alignment viewer.
 740
 741  * Fixed a compiling error when _NO_CURSES is applied.
 742
 743  * Fixed a bug in merge command.
 744
 745 Changes in other utilities:
 746
 747  * Added wgsim, a paired-end reads simulator. Wgsim was adapted from
 748    maq's reads simulator. Colin Hercus further improved it to allow
 749    longer indels.
 750
 751  * Added wgsim_eval.pl, a script that evaluates the accuracy of
 752    alignment on reads generated by wgsim.
 753
 754  * Added soap2sam.pl, a SOAP2->SAM converter. This converter does not
 755    work properly when multiple hits are output.
 756
 757  * Added bowtie2sam.pl, a Bowtie->SAM converter. Only the top hit will
 758    be retained when multiple hits are present.
 759
 760  * Fixed a bug in export2sam.pl for QC reads.
 761
 762  * Support RG tag at MAQ->SAM converter.
 763
 764  * Added novo2sam.pl, a NovoAlign->SAM converter. Multiple hits and
 765    indel are not properly handled, though.
 766
 767  * Added zoom2sam.pl, a ZOOM->SAM converter. It only works with the
 768    default Illumina output.
 769
 770 (0.1.2: 28 January 2008; r116)
 771
 772
 773
 774 Beta Release 0.1.1 (22 December, 2008)
 775 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
 776
 777 The is the first public release of samtools. For more information,
 778 please check the manual page `samtools.1' and the samtools website
 779 http://samtools.sourceforge.net