bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "bcftools/bcf.h"
   6
   7 struct __bcf_callaux_t;
   8 typedef struct __bcf_callaux_t bcf_callaux_t;
   9
  10 typedef struct {
  11         int depth, qsum[4];
  12         int anno[16];
  13         float p[25];
  14 } bcf_callret1_t;
  15
  16 typedef struct {
  17         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  18         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  19         int anno[16], depth;
  20         uint8_t *PL;
  21 } bcf_call_t;
  22
  23 #ifdef __cplusplus
  24 extern "C" {
  25 #endif
  26
  27         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  28         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  29         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base /*4-bit*/, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  30         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  31         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b);
  32
  33 #ifdef __cplusplus
  34 }
  35 #endif
  36
  37 #endif