bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "errmod.h"
   6 #include "bcftools/bcf.h"
   7
   8 #define B2B_INDEL_NULL 10000
   9
  10 typedef struct __bcf_callaux_t {
  11         int capQ, min_baseQ;
  12         int openQ, extQ, tandemQ; // for indels
  13         int min_support; // for collecting indel candidates
  14         double min_frac; // for collecting indel candidates
  15         // for internal uses
  16         int max_bases;
  17         int indel_types[4];
  18         int maxins, indelreg;
  19         char *inscns;
  20         uint16_t *bases;
  21         errmod_t *e;
  22         void *rghash;
  23 } bcf_callaux_t;
  24
  25 typedef struct {
  26         int depth, ori_depth, qsum[4];
  27         int anno[16];
  28         float p[25];
  29     int mvd[3]; // mean variant distance, number of variant reads, average read length
  30 } bcf_callret1_t;
  31
  32 typedef struct {
  33         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  34         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  35         int anno[16], depth, ori_depth;
  36         uint8_t *PL;
  37     float vdb; // variant distance bias
  38 } bcf_call_t;
  39
  40 #ifdef __cplusplus
  41 extern "C" {
  42 #endif
  43
  44         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  45         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  46         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  47         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  48         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b, bcf_callret1_t *bcr, int is_SP,
  49                                          const bcf_callaux_t *bca, const char *ref);
  50         int bcf_call_gap_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref,
  51                                                   const void *rghash);
  52
  53 #ifdef __cplusplus
  54 }
  55 #endif
  56
  57 #endif