bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "errmod.h"
   6 #include "bcftools/bcf.h"
   7
   8 #define B2B_INDEL_NULL 10000
   9
  10 typedef struct __bcf_callaux_t {
  11         int capQ, min_baseQ;
  12         int openQ, extQ, tandemQ;
  13         // for internal uses
  14         int max_bases;
  15         int indel_types[4];
  16         int maxins, indelreg;
  17         char *inscns;
  18         uint16_t *bases;
  19         errmod_t *e;
  20         void *rghash;
  21 } bcf_callaux_t;
  22
  23 typedef struct {
  24         int depth, ori_depth, qsum[4];
  25         int anno[16];
  26         float p[25];
  27 } bcf_callret1_t;
  28
  29 typedef struct {
  30         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  31         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  32         int anno[16], depth, ori_depth;
  33         uint8_t *PL;
  34 } bcf_call_t;
  35
  36 #ifdef __cplusplus
  37 extern "C" {
  38 #endif
  39
  40         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  41         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  42         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  43         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  44         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b, bcf_callret1_t *bcr, int is_SP,
  45                                          const bcf_callaux_t *bca, const char *ref);
  46         int bcf_call_gap_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref,
  47                                                   const void *rghash);
  48
  49 #ifdef __cplusplus
  50 }
  51 #endif
  52
  53 #endif