bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 typedef char *str_p;
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   6 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
   7
   8 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
   9 {
  10         int ori_len = b->data_len;
  11         b->data_len += 3 + len;
  12         b->l_aux += 3 + len;
  13         if (b->m_data < b->data_len) {
  14                 b->m_data = b->data_len;
  15                 kroundup32(b->m_data);
  16                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  17         }
  18         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  19         b->data[ori_len + 2] = type;
  20         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  21 }
  22
  23 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
  24 {
  25         return bam_aux_get(b, tag);
  26 }
  27
  28 #define __skip_tag(s) do { \
  29                 int type = toupper(*(s)); \
  30                 ++(s); \
  31                 if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
  32                 else if (type == 'B') (s) += 5 + bam_aux_type2size(*(s)) * (*(int32_t*)((s)+1)); \
  33                 else (s) += bam_aux_type2size(type); \
  34         } while(0)
  35
  36 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
  37 {
  38         uint8_t *s;
  39         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  40         s = bam1_aux(b);
  41         while (s < b->data + b->data_len) {
  42                 int x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  43                 s += 2;
  44                 if (x == y) return s;
  45                 __skip_tag(s);
  46         }
  47         return 0;
  48 }
  49 // s MUST BE returned by bam_aux_get()
  50 int bam_aux_del(bam1_t *b, uint8_t *s)
  51 {
  52         uint8_t *p, *aux;
  53         aux = bam1_aux(b);
  54         p = s - 2;
  55         __skip_tag(s);
  56         memmove(p, s, b->l_aux - (s - aux));
  57         b->data_len -= s - p;
  58         b->l_aux -= s - p;
  59         return 0;
  60 }
  61
  62 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  63 {
  64         if (header->hash == 0) {
  65                 int ret, i;
  66                 khiter_t iter;
  67                 khash_t(s) *h;
  68                 header->hash = h = kh_init(s);
  69                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  70                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  71                         kh_value(h, iter) = i;
  72                 }
  73         }
  74 }
  75
  76 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  77 {
  78         if (header->hash)
  79                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  80 }
  81
  82 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  83 {
  84         khint_t k;
  85         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  86         k = kh_get(s, h, seq_name);
  87         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  88 }
  89
  90 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *beg, int *end)
  91 {
  92         char *s;
  93         int i, l, k, name_end;
  94         khiter_t iter;
  95         khash_t(s) *h;
  96
  97         bam_init_header_hash(header);
  98         h = (khash_t(s)*)header->hash;
  99
 100         *ref_id = *beg = *end = -1;
 101         name_end = l = strlen(str);
 102         s = (char*)malloc(l+1);
 103         // remove space
 104         for (i = k = 0; i < l; ++i)
 105                 if (!isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
 106         s[k] = 0; l = k;
 107         // determine the sequence name
 108         for (i = l - 1; i >= 0; --i) if (s[i] == ':') break; // look for colon from the end
 109         if (i >= 0) name_end = i;
 110         if (name_end < l) { // check if this is really the end
 111                 int n_hyphen = 0;
 112                 for (i = name_end + 1; i < l; ++i) {
 113                         if (s[i] == '-') ++n_hyphen;
 114                         else if (!isdigit(s[i]) && s[i] != ',') break;
 115                 }
 116                 if (i < l || n_hyphen > 1) name_end = l; // malformated region string; then take str as the name
 117                 s[name_end] = 0;
 118                 iter = kh_get(s, h, s);
 119                 if (iter == kh_end(h)) { // cannot find the sequence name
 120                         iter = kh_get(s, h, str); // try str as the name
 121                         if (iter == kh_end(h)) {
 122                                 if (bam_verbose >= 2) fprintf(stderr, "[%s] fail to determine the sequence name.\n", __func__);
 123                                 free(s); return -1;
 124                         } else s[name_end] = ':', name_end = l;
 125                 }
 126         } else iter = kh_get(s, h, str);
 127         *ref_id = kh_val(h, iter);
 128         // parse the interval
 129         if (name_end < l) {
 130                 for (i = k = name_end + 1; i < l; ++i)
 131                         if (s[i] != ',') s[k++] = s[i];
 132                 s[k] = 0;
 133                 *beg = atoi(s + name_end + 1);
 134                 for (i = name_end + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
 135                 *end = i < k? atoi(s + i + 1) : 1<<29;
 136                 if (*beg > 0) --*beg;
 137         } else *beg = 0, *end = 1<<29;
 138         free(s);
 139         return *beg <= *end? 0 : -1;
 140 }
 141
 142 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 143 {
 144         int type;
 145         if (s == 0) return 0;
 146         type = *s++;
 147         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 148         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 149         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 150         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 151         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 152         else return 0;
 153 }
 154
 155 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 156 {
 157         int type;
 158         type = *s++;
 159         if (s == 0) return 0.0;
 160         if (type == 'f') return *(float*)s;
 161         else return 0.0;
 162 }
 163
 164 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 165 {
 166         int type;
 167         type = *s++;
 168         if (s == 0) return 0.0;
 169         if (type == 'd') return *(double*)s;
 170         else return 0.0;
 171 }
 172
 173 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 174 {
 175         int type;
 176         type = *s++;
 177         if (s == 0) return 0;
 178         if (type == 'A') return *(char*)s;
 179         else return 0;
 180 }
 181
 182 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 183 {
 184         int type;
 185         type = *s++;
 186         if (s == 0) return 0;
 187         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 188         else return 0;
 189 }
 190
 191 #ifdef _WIN32
 192 double drand48()
 193 {
 194         return (double)rand() / RAND_MAX;
 195 }
 196 #endif