bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 typedef char *str_p;
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   6 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
   7
   8 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
   9 {
  10         int ori_len = b->data_len;
  11         b->data_len += 3 + len;
  12         b->l_aux += 3 + len;
  13         if (b->m_data < b->data_len) {
  14                 b->m_data = b->data_len;
  15                 kroundup32(b->m_data);
  16                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  17         }
  18         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  19         b->data[ori_len + 2] = type;
  20         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  21 }
  22
  23 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
  24 {
  25         return bam_aux_get(b, tag);
  26 }
  27
  28 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
  29 {
  30         uint8_t *s;
  31         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  32         s = bam1_aux(b);
  33         while (s < b->data + b->data_len) {
  34                 int type, x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  35                 s += 2;
  36                 if (x == y) return s;
  37                 type = toupper(*s); ++s;
  38                 if (type == 'C') ++s;
  39                 else if (type == 'S') s += 2;
  40                 else if (type == 'I' || type == 'F') s += 4;
  41                 else if (type == 'D') s += 8;
  42                 else if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*s) ++s; ++s; }
  43         }
  44         return 0;
  45 }
  46
  47 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  48 {
  49         if (header->hash == 0) {
  50                 int ret, i;
  51                 khiter_t iter;
  52                 khash_t(s) *h;
  53                 header->hash = h = kh_init(s);
  54                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  55                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  56                         kh_value(h, iter) = i;
  57                 }
  58         }
  59 }
  60
  61 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  62 {
  63         if (header->hash)
  64                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  65 }
  66
  67 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  68 {
  69         khint_t k;
  70         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  71         k = kh_get(s, h, seq_name);
  72         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  73 }
  74
  75 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
  76 {
  77         char *s, *p;
  78         int i, l, k;
  79         khiter_t iter;
  80         khash_t(s) *h;
  81
  82         bam_init_header_hash(header);
  83         h = (khash_t(s)*)header->hash;
  84
  85         l = strlen(str);
  86         p = s = (char*)malloc(l+1);
  87         /* squeeze out "," */
  88         for (i = k = 0; i != l; ++i)
  89                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
  90         s[k] = 0;
  91         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
  92         s[i] = 0;
  93         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
  94         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
  95                 *ref_id = -1; free(s);
  96                 return -1;
  97         }
  98         *ref_id = kh_value(h, iter);
  99         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
 100                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
 101                 return -1;
 102         }
 103         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
 104         *begin = atoi(p);
 105         if (i < k) {
 106                 p = s + i + 1;
 107                 *end = atoi(p);
 108         } else *end = 1<<29;
 109         if (*begin > 0) --*begin;
 110         free(s);
 111         if (*begin > *end) {
 112                 fprintf(stderr, "[bam_parse_region] invalid region.\n");
 113                 return -1;
 114         }
 115         return 0;
 116 }
 117
 118 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 119 {
 120         int type;
 121         if (s == 0) return 0;
 122         type = *s++;
 123         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 124         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 125         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 126         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 127         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 128         else return 0;
 129 }
 130
 131 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 132 {
 133         int type;
 134         type = *s++;
 135         if (s == 0) return 0.0;
 136         if (type == 'f') return *(float*)s;
 137         else return 0.0;
 138 }
 139
 140 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 141 {
 142         int type;
 143         type = *s++;
 144         if (s == 0) return 0.0;
 145         if (type == 'd') return *(double*)s;
 146         else return 0.0;
 147 }
 148
 149 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 150 {
 151         int type;
 152         type = *s++;
 153         if (s == 0) return 0;
 154         if (type == 'A') return *(char*)s;
 155         else return 0;
 156 }
 157
 158 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 159 {
 160         int type;
 161         type = *s++;
 162         if (s == 0) return 0;
 163         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 164         else return 0;
 165 }
 166
 167 /******************
 168  * rg2lib related *
 169  ******************/
 170
 171 int bam_strmap_put(void *rg2lib, const char *rg, const char *lib)
 172 {
 173         int ret;
 174         khint_t k;
 175         khash_t(r2l) *h = (khash_t(r2l)*)rg2lib;
 176         char *key;
 177         if (h == 0) return 1;
 178         key = strdup(rg);
 179         k = kh_put(r2l, h, key, &ret);
 180         if (ret) kh_val(h, k) = strdup(lib);
 181         else {
 182                 fprintf(stderr, "[bam_rg2lib_put] duplicated @RG ID: %s\n", rg);
 183                 free(key);
 184         }
 185         return 0;
 186 }
 187
 188 const char *bam_strmap_get(const void *rg2lib, const char *rg)
 189 {
 190         const khash_t(r2l) *h = (const khash_t(r2l)*)rg2lib;
 191         khint_t k;
 192         if (h == 0) return 0;
 193         k = kh_get(r2l, h, rg);
 194         if (k != kh_end(h)) return (const char*)kh_val(h, k);
 195         else return 0;
 196 }
 197
 198 void *bam_strmap_dup(const void *rg2lib)
 199 {
 200         const khash_t(r2l) *h = (const khash_t(r2l)*)rg2lib;
 201         khash_t(r2l) *g;
 202         khint_t k, l;
 203         int ret;
 204         if (h == 0) return 0;
 205         g = kh_init(r2l);
 206         for (k = kh_begin(h); k < kh_end(h); ++k) {
 207                 if (kh_exist(h, k)) {
 208                         char *key = strdup(kh_key(h, k));
 209                         l = kh_put(r2l, g, key, &ret);
 210                         kh_val(g, l) = strdup(kh_val(h, k));
 211                 }
 212         }
 213         return g;
 214 }
 215
 216 void *bam_strmap_init()
 217 {
 218         return (void*)kh_init(r2l);
 219 }
 220
 221 void bam_strmap_destroy(void *rg2lib)
 222 {
 223         khash_t(r2l) *h = (khash_t(r2l)*)rg2lib;
 224         khint_t k;
 225         if (h == 0) return;
 226         for (k = kh_begin(h); k < kh_end(h); ++k) {
 227                 if (kh_exist(h, k)) {
 228                         free((char*)kh_key(h, k)); free(kh_val(h, k));
 229                 }
 230         }
 231         kh_destroy(r2l, h);
 232 }