bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 typedef char *str_p;
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   6 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
   7
   8 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
   9 {
  10         int ori_len = b->data_len;
  11         b->data_len += 3 + len;
  12         b->l_aux += 3 + len;
  13         if (b->m_data < b->data_len) {
  14                 b->m_data = b->data_len;
  15                 kroundup32(b->m_data);
  16                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  17         }
  18         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  19         b->data[ori_len + 2] = type;
  20         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  21 }
  22
  23 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
  24 {
  25         return bam_aux_get(b, tag);
  26 }
  27
  28 #define __skip_tag(s) do { \
  29                 int type = toupper(*(s));                                                                               \
  30                 ++(s);                                                                                                                  \
  31                 if (type == 'C' || type == 'A') ++(s);                                                  \
  32                 else if (type == 'S') (s) += 2;                                                                 \
  33                 else if (type == 'I' || type == 'F') (s) += 4;                                  \
  34                 else if (type == 'D') (s) += 8;                                                                 \
  35                 else if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
  36         } while (0)
  37
  38 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
  39 {
  40         uint8_t *s;
  41         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  42         s = bam1_aux(b);
  43         while (s < b->data + b->data_len) {
  44                 int x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  45                 s += 2;
  46                 if (x == y) return s;
  47                 __skip_tag(s);
  48         }
  49         return 0;
  50 }
  51 // s MUST BE returned by bam_aux_get()
  52 int bam_aux_del(bam1_t *b, uint8_t *s)
  53 {
  54         uint8_t *p, *aux;
  55         aux = bam1_aux(b);
  56         p = s - 2;
  57         __skip_tag(s);
  58         memmove(p, s, b->l_aux - (s - aux));
  59         b->data_len -= s - p;
  60         b->l_aux -= s - p;
  61         return 0;
  62 }
  63
  64 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  65 {
  66         if (header->hash == 0) {
  67                 int ret, i;
  68                 khiter_t iter;
  69                 khash_t(s) *h;
  70                 header->hash = h = kh_init(s);
  71                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  72                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  73                         kh_value(h, iter) = i;
  74                 }
  75         }
  76 }
  77
  78 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  79 {
  80         if (header->hash)
  81                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  82 }
  83
  84 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  85 {
  86         khint_t k;
  87         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  88         k = kh_get(s, h, seq_name);
  89         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  90 }
  91
  92 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
  93 {
  94         char *s, *p;
  95         int i, l, k;
  96         khiter_t iter;
  97         khash_t(s) *h;
  98
  99         bam_init_header_hash(header);
 100         h = (khash_t(s)*)header->hash;
 101
 102         l = strlen(str);
 103         p = s = (char*)malloc(l+1);
 104         /* squeeze out "," */
 105         for (i = k = 0; i != l; ++i)
 106                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
 107         s[k] = 0;
 108         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
 109         s[i] = 0;
 110         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
 111         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
 112                 *ref_id = -1; free(s);
 113                 return -1;
 114         }
 115         *ref_id = kh_value(h, iter);
 116         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
 117                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
 118                 return -1;
 119         }
 120         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
 121         *begin = atoi(p);
 122         if (i < k) {
 123                 p = s + i + 1;
 124                 *end = atoi(p);
 125         } else *end = 1<<29;
 126         if (*begin > 0) --*begin;
 127         free(s);
 128         if (*begin > *end) {
 129                 fprintf(stderr, "[bam_parse_region] invalid region.\n");
 130                 return -1;
 131         }
 132         return 0;
 133 }
 134
 135 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 136 {
 137         int type;
 138         if (s == 0) return 0;
 139         type = *s++;
 140         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 141         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 142         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 143         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 144         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 145         else return 0;
 146 }
 147
 148 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 149 {
 150         int type;
 151         type = *s++;
 152         if (s == 0) return 0.0;
 153         if (type == 'f') return *(float*)s;
 154         else return 0.0;
 155 }
 156
 157 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 158 {
 159         int type;
 160         type = *s++;
 161         if (s == 0) return 0.0;
 162         if (type == 'd') return *(double*)s;
 163         else return 0.0;
 164 }
 165
 166 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 167 {
 168         int type;
 169         type = *s++;
 170         if (s == 0) return 0;
 171         if (type == 'A') return *(char*)s;
 172         else return 0;
 173 }
 174
 175 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 176 {
 177         int type;
 178         type = *s++;
 179         if (s == 0) return 0;
 180         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 181         else return 0;
 182 }