bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 typedef char *str_p;
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   6 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
   7
   8 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
   9 {
  10         int ori_len = b->data_len;
  11         b->data_len += 3 + len;
  12         b->l_aux += 3 + len;
  13         if (b->m_data < b->data_len) {
  14                 b->m_data = b->data_len;
  15                 kroundup32(b->m_data);
  16                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  17         }
  18         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  19         b->data[ori_len + 2] = type;
  20         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  21 }
  22
  23 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
  24 {
  25         return bam_aux_get(b, tag);
  26 }
  27
  28 #define __skip_tag(s) do { \
  29                 int type = toupper(*(s)); \
  30                 ++(s); \
  31                 if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
  32                 else if (type == 'B') (s) += 5 + bam_aux_type2size(*(s)) * (*(int32_t*)((s)+1)); \
  33                 else (s) += bam_aux_type2size(type); \
  34         } while(0)
  35
  36 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
  37 {
  38         uint8_t *s;
  39         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  40         s = bam1_aux(b);
  41         while (s < b->data + b->data_len) {
  42                 int x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  43                 s += 2;
  44                 if (x == y) return s;
  45                 __skip_tag(s);
  46         }
  47         return 0;
  48 }
  49 // s MUST BE returned by bam_aux_get()
  50 int bam_aux_del(bam1_t *b, uint8_t *s)
  51 {
  52         uint8_t *p, *aux;
  53         aux = bam1_aux(b);
  54         p = s - 2;
  55         __skip_tag(s);
  56         memmove(p, s, b->l_aux - (s - aux));
  57         b->data_len -= s - p;
  58         b->l_aux -= s - p;
  59         return 0;
  60 }
  61
  62 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  63 {
  64         if (header->hash == 0) {
  65                 int ret, i;
  66                 khiter_t iter;
  67                 khash_t(s) *h;
  68                 header->hash = h = kh_init(s);
  69                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  70                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  71                         kh_value(h, iter) = i;
  72                 }
  73         }
  74 }
  75
  76 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  77 {
  78         if (header->hash)
  79                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  80 }
  81
  82 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
  83 {
  84         khint_t k;
  85         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
  86         k = kh_get(s, h, seq_name);
  87         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
  88 }
  89
  90 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
  91 {
  92         char *s, *p;
  93         int i, l, k;
  94         khiter_t iter;
  95         khash_t(s) *h;
  96
  97         bam_init_header_hash(header);
  98         h = (khash_t(s)*)header->hash;
  99
 100         l = strlen(str);
 101         p = s = (char*)malloc(l+1);
 102         /* squeeze out "," */
 103         for (i = k = 0; i != l; ++i)
 104                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
 105         s[k] = 0;
 106         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
 107         s[i] = 0;
 108         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
 109         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
 110                 *ref_id = -1; free(s);
 111                 return -1;
 112         }
 113         *ref_id = kh_value(h, iter);
 114         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
 115                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
 116                 return 0;
 117         }
 118         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
 119         *begin = atoi(p);
 120         if (i < k) {
 121                 p = s + i + 1;
 122                 *end = atoi(p);
 123         } else *end = 1<<29;
 124         if (*begin > 0) --*begin;
 125         free(s);
 126         if (*begin > *end) {
 127                 fprintf(stderr, "[bam_parse_region] invalid region.\n");
 128                 return -1;
 129         }
 130         return 0;
 131 }
 132
 133 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 134 {
 135         int type;
 136         if (s == 0) return 0;
 137         type = *s++;
 138         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 139         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 140         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 141         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 142         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 143         else return 0;
 144 }
 145
 146 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 147 {
 148         int type;
 149         type = *s++;
 150         if (s == 0) return 0.0;
 151         if (type == 'f') return *(float*)s;
 152         else return 0.0;
 153 }
 154
 155 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 156 {
 157         int type;
 158         type = *s++;
 159         if (s == 0) return 0.0;
 160         if (type == 'd') return *(double*)s;
 161         else return 0.0;
 162 }
 163
 164 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 165 {
 166         int type;
 167         type = *s++;
 168         if (s == 0) return 0;
 169         if (type == 'A') return *(char*)s;
 170         else return 0;
 171 }
 172
 173 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 174 {
 175         int type;
 176         type = *s++;
 177         if (s == 0) return 0;
 178         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 179         else return 0;
 180 }
 181
 182 #ifdef _WIN32
 183 double drand48()
 184 {
 185         return (double)rand() / RAND_MAX;
 186 }
 187 #endif