Merge commit 'upstream/0.1.10'
[samtools.git] / bam_aux.c
1 #include <ctype.h>
2 #include "bam.h"
3 #include "khash.h"
4 typedef char *str_p;
5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
6 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
7
8 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
9 {
10         int ori_len = b->data_len;
11         b->data_len += 3 + len;
12         b->l_aux += 3 + len;
13         if (b->m_data < b->data_len) {
14                 b->m_data = b->data_len;
15                 kroundup32(b->m_data);
16                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
17         }
18         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
19         b->data[ori_len + 2] = type;
20         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
21 }
22
23 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
24 {
25         return bam_aux_get(b, tag);
26 }
27
28 #define __skip_tag(s) do { \
29                 int type = toupper(*(s));                                                                               \
30                 ++(s);                                                                                                                  \
31                 if (type == 'C' || type == 'A') ++(s);                                                  \
32                 else if (type == 'S') (s) += 2;                                                                 \
33                 else if (type == 'I' || type == 'F') (s) += 4;                                  \
34                 else if (type == 'D') (s) += 8;                                                                 \
35                 else if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
36         } while (0)
37
38 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
39 {
40         uint8_t *s;
41         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
42         s = bam1_aux(b);
43         while (s < b->data + b->data_len) {
44                 int x = (int)s[0]<<8 | s[1];
45                 s += 2;
46                 if (x == y) return s;
47                 __skip_tag(s);
48         }
49         return 0;
50 }
51 // s MUST BE returned by bam_aux_get()
52 int bam_aux_del(bam1_t *b, uint8_t *s)
53 {
54         uint8_t *p, *aux;
55         aux = bam1_aux(b);
56         p = s - 2;
57         __skip_tag(s);
58         memmove(p, s, b->l_aux - (s - aux));
59         b->data_len -= s - p;
60         b->l_aux -= s - p;
61         return 0;
62 }
63
64 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
65 {
66         if (header->hash == 0) {
67                 int ret, i;
68                 khiter_t iter;
69                 khash_t(s) *h;
70                 header->hash = h = kh_init(s);
71                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
72                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
73                         kh_value(h, iter) = i;
74                 }
75         }
76 }
77
78 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
79 {
80         if (header->hash)
81                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
82 }
83
84 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
85 {
86         khint_t k;
87         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
88         k = kh_get(s, h, seq_name);
89         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
90 }
91
92 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *begin, int *end)
93 {
94         char *s, *p;
95         int i, l, k;
96         khiter_t iter;
97         khash_t(s) *h;
98
99         bam_init_header_hash(header);
100         h = (khash_t(s)*)header->hash;
101
102         l = strlen(str);
103         p = s = (char*)malloc(l+1);
104         /* squeeze out "," */
105         for (i = k = 0; i != l; ++i)
106                 if (str[i] != ',' && !isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
107         s[k] = 0;
108         for (i = 0; i != k; ++i) if (s[i] == ':') break;
109         s[i] = 0;
110         iter = kh_get(s, h, s); /* get the ref_id */
111         if (iter == kh_end(h)) { // name not found
112                 *ref_id = -1; free(s);
113                 return -1;
114         }
115         *ref_id = kh_value(h, iter);
116         if (i == k) { /* dump the whole sequence */
117                 *begin = 0; *end = 1<<29; free(s);
118                 return 0;
119         }
120         for (p = s + i + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
121         *begin = atoi(p);
122         if (i < k) {
123                 p = s + i + 1;
124                 *end = atoi(p);
125         } else *end = 1<<29;
126         if (*begin > 0) --*begin;
127         free(s);
128         if (*begin > *end) {
129                 fprintf(stderr, "[bam_parse_region] invalid region.\n");
130                 return -1;
131         }
132         return 0;
133 }
134
135 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
136 {
137         int type;
138         if (s == 0) return 0;
139         type = *s++;
140         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
141         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
142         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
143         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
144         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
145         else return 0;
146 }
147
148 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
149 {
150         int type;
151         type = *s++;
152         if (s == 0) return 0.0;
153         if (type == 'f') return *(float*)s;
154         else return 0.0;
155 }
156
157 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
158 {
159         int type;
160         type = *s++;
161         if (s == 0) return 0.0;
162         if (type == 'd') return *(double*)s;
163         else return 0.0;
164 }
165
166 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
167 {
168         int type;
169         type = *s++;
170         if (s == 0) return 0;
171         if (type == 'A') return *(char*)s;
172         else return 0;
173 }
174
175 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
176 {
177         int type;
178         type = *s++;
179         if (s == 0) return 0;
180         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
181         else return 0;
182 }