bam_aux.c

   1 #include <ctype.h>
   2 #include "bam.h"
   3 #include "khash.h"
   4 typedef char *str_p;
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(s, int)
   6 KHASH_MAP_INIT_STR(r2l, str_p)
   7
   8 void bam_aux_append(bam1_t *b, const char tag[2], char type, int len, uint8_t *data)
   9 {
  10         int ori_len = b->data_len;
  11         b->data_len += 3 + len;
  12         b->l_aux += 3 + len;
  13         if (b->m_data < b->data_len) {
  14                 b->m_data = b->data_len;
  15                 kroundup32(b->m_data);
  16                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  17         }
  18         b->data[ori_len] = tag[0]; b->data[ori_len + 1] = tag[1];
  19         b->data[ori_len + 2] = type;
  20         memcpy(b->data + ori_len + 3, data, len);
  21 }
  22
  23 uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2])
  24 {
  25         return bam_aux_get(b, tag);
  26 }
  27
  28 #define __skip_tag(s) do { \
  29                 int type = toupper(*(s)); \
  30                 ++(s); \
  31                 if (type == 'Z' || type == 'H') { while (*(s)) ++(s); ++(s); } \
  32                 else if (type == 'B') (s) += 5 + bam_aux_type2size(*(s)) * (*(int32_t*)((s)+1)); \
  33                 else (s) += bam_aux_type2size(type); \
  34         } while(0)
  35
  36 uint8_t *bam_aux_get(const bam1_t *b, const char tag[2])
  37 {
  38         uint8_t *s;
  39         int y = tag[0]<<8 | tag[1];
  40         s = bam1_aux(b);
  41         while (s < b->data + b->data_len) {
  42                 int x = (int)s[0]<<8 | s[1];
  43                 s += 2;
  44                 if (x == y) return s;
  45                 __skip_tag(s);
  46         }
  47         return 0;
  48 }
  49 // s MUST BE returned by bam_aux_get()
  50 int bam_aux_del(bam1_t *b, uint8_t *s)
  51 {
  52         uint8_t *p, *aux;
  53         aux = bam1_aux(b);
  54         p = s - 2;
  55         __skip_tag(s);
  56         memmove(p, s, b->l_aux - (s - aux));
  57         b->data_len -= s - p;
  58         b->l_aux -= s - p;
  59         return 0;
  60 }
  61
  62 int bam_aux_drop_other(bam1_t *b, uint8_t *s)
  63 {
  64         if (s) {
  65                 uint8_t *p, *aux;
  66                 aux = bam1_aux(b);
  67                 p = s - 2;
  68                 __skip_tag(s);
  69                 memmove(aux, p, s - p);
  70                 b->data_len -= b->l_aux - (s - p);
  71                 b->l_aux = s - p;
  72         } else {
  73                 b->data_len -= b->l_aux;
  74                 b->l_aux = 0;
  75         }
  76         return 0;
  77 }
  78
  79 void bam_init_header_hash(bam_header_t *header)
  80 {
  81         if (header->hash == 0) {
  82                 int ret, i;
  83                 khiter_t iter;
  84                 khash_t(s) *h;
  85                 header->hash = h = kh_init(s);
  86                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i) {
  87                         iter = kh_put(s, h, header->target_name[i], &ret);
  88                         kh_value(h, iter) = i;
  89                 }
  90         }
  91 }
  92
  93 void bam_destroy_header_hash(bam_header_t *header)
  94 {
  95         if (header->hash)
  96                 kh_destroy(s, (khash_t(s)*)header->hash);
  97 }
  98
  99 int32_t bam_get_tid(const bam_header_t *header, const char *seq_name)
 100 {
 101         khint_t k;
 102         khash_t(s) *h = (khash_t(s)*)header->hash;
 103         k = kh_get(s, h, seq_name);
 104         return k == kh_end(h)? -1 : kh_value(h, k);
 105 }
 106
 107 int bam_parse_region(bam_header_t *header, const char *str, int *ref_id, int *beg, int *end)
 108 {
 109         char *s;
 110         int i, l, k, name_end;
 111         khiter_t iter;
 112         khash_t(s) *h;
 113
 114         bam_init_header_hash(header);
 115         h = (khash_t(s)*)header->hash;
 116
 117         *ref_id = *beg = *end = -1;
 118         name_end = l = strlen(str);
 119         s = (char*)malloc(l+1);
 120         // remove space
 121         for (i = k = 0; i < l; ++i)
 122                 if (!isspace(str[i])) s[k++] = str[i];
 123         s[k] = 0; l = k;
 124         // determine the sequence name
 125         for (i = l - 1; i >= 0; --i) if (s[i] == ':') break; // look for colon from the end
 126         if (i >= 0) name_end = i;
 127         if (name_end < l) { // check if this is really the end
 128                 int n_hyphen = 0;
 129                 for (i = name_end + 1; i < l; ++i) {
 130                         if (s[i] == '-') ++n_hyphen;
 131                         else if (!isdigit(s[i]) && s[i] != ',') break;
 132                 }
 133                 if (i < l || n_hyphen > 1) name_end = l; // malformated region string; then take str as the name
 134                 s[name_end] = 0;
 135                 iter = kh_get(s, h, s);
 136                 if (iter == kh_end(h)) { // cannot find the sequence name
 137                         iter = kh_get(s, h, str); // try str as the name
 138                         if (iter == kh_end(h)) {
 139                                 if (bam_verbose >= 2) fprintf(stderr, "[%s] fail to determine the sequence name.\n", __func__);
 140                                 free(s); return -1;
 141                         } else s[name_end] = ':', name_end = l;
 142                 }
 143         } else iter = kh_get(s, h, str);
 144         *ref_id = kh_val(h, iter);
 145         // parse the interval
 146         if (name_end < l) {
 147                 for (i = k = name_end + 1; i < l; ++i)
 148                         if (s[i] != ',') s[k++] = s[i];
 149                 s[k] = 0;
 150                 *beg = atoi(s + name_end + 1);
 151                 for (i = name_end + 1; i != k; ++i) if (s[i] == '-') break;
 152                 *end = i < k? atoi(s + i + 1) : 1<<29;
 153                 if (*beg > 0) --*beg;
 154         } else *beg = 0, *end = 1<<29;
 155         free(s);
 156         return *beg <= *end? 0 : -1;
 157 }
 158
 159 int32_t bam_aux2i(const uint8_t *s)
 160 {
 161         int type;
 162         if (s == 0) return 0;
 163         type = *s++;
 164         if (type == 'c') return (int32_t)*(int8_t*)s;
 165         else if (type == 'C') return (int32_t)*(uint8_t*)s;
 166         else if (type == 's') return (int32_t)*(int16_t*)s;
 167         else if (type == 'S') return (int32_t)*(uint16_t*)s;
 168         else if (type == 'i' || type == 'I') return *(int32_t*)s;
 169         else return 0;
 170 }
 171
 172 float bam_aux2f(const uint8_t *s)
 173 {
 174         int type;
 175         type = *s++;
 176         if (s == 0) return 0.0;
 177         if (type == 'f') return *(float*)s;
 178         else return 0.0;
 179 }
 180
 181 double bam_aux2d(const uint8_t *s)
 182 {
 183         int type;
 184         type = *s++;
 185         if (s == 0) return 0.0;
 186         if (type == 'd') return *(double*)s;
 187         else return 0.0;
 188 }
 189
 190 char bam_aux2A(const uint8_t *s)
 191 {
 192         int type;
 193         type = *s++;
 194         if (s == 0) return 0;
 195         if (type == 'A') return *(char*)s;
 196         else return 0;
 197 }
 198
 199 char *bam_aux2Z(const uint8_t *s)
 200 {
 201         int type;
 202         type = *s++;
 203         if (s == 0) return 0;
 204         if (type == 'Z' || type == 'H') return (char*)s;
 205         else return 0;
 206 }
 207
 208 #ifdef _WIN32
 209 double drand48()
 210 {
 211         return (double)rand() / RAND_MAX;
 212 }
 213 #endif