bam_maqcns.h

   1 #ifndef BAM_MAQCNS_H
   2 #define BAM_MAQCNS_H
   3
   4 #include "glf.h"
   5
   6 #define BAM_ERRMOD_MAQ2 0
   7 #define BAM_ERRMOD_MAQ  1
   8 #define BAM_ERRMOD_SOAP 2
   9
  10 struct __bmc_aux_t;
  11
  12 typedef struct {
  13         float het_rate, theta;
  14         int n_hap, cap_mapQ, errmod, min_baseQ;
  15
  16         float eta, q_r;
  17         double *fk, *coef;
  18         double *lhet;
  19         struct __bmc_aux_t *aux;
  20 } bam_maqcns_t;
  21
  22 typedef struct {
  23         int q_indel; // indel sequencing error, phred scaled
  24         float r_indel; // indel prior
  25         float r_snp; // snp prior
  26         // hidden parameters, unchangeable from command line
  27         int mm_penalty, indel_err, ambi_thres;
  28 } bam_maqindel_opt_t;
  29
  30 typedef struct {
  31         int indel1, indel2;
  32         int cnt1, cnt2, cnt_anti;
  33         int cnt_ref, cnt_ambi;
  34         char *s[2];
  35         //
  36         int gt, gl[2];
  37         int q_cns, q_ref;
  38 } bam_maqindel_ret_t;
  39
  40 #ifdef __cplusplus
  41 extern "C" {
  42 #endif
  43
  44         bam_maqcns_t *bam_maqcns_init();
  45         void bam_maqcns_prepare(bam_maqcns_t *bm);
  46         void bam_maqcns_destroy(bam_maqcns_t *bm);
  47         glf1_t *bam_maqcns_glfgen(int n, const bam_pileup1_t *pl, uint8_t ref_base, bam_maqcns_t *bm);
  48         uint32_t bam_maqcns_call(int n, const bam_pileup1_t *pl, bam_maqcns_t *bm);
  49         // return: cns<<28 | cns2<<24 | mapQ<<16 | cnsQ<<8 | cnsQ2
  50         uint32_t glf2cns(const glf1_t *g, int q_r);
  51
  52         bam_maqindel_opt_t *bam_maqindel_opt_init();
  53         bam_maqindel_ret_t *bam_maqindel(int n, int pos, const bam_maqindel_opt_t *mi, const bam_pileup1_t *pl, const char *ref,
  54                                                                          int _n_types, int *_types);
  55         void bam_maqindel_ret_destroy(bam_maqindel_ret_t*);
  56
  57 #ifdef __cplusplus
  58 }
  59 #endif
  60
  61 #endif