bam_maqcns.h

   1 #ifndef BAM_MAQCNS_H
   2 #define BAM_MAQCNS_H
   3
   4 #include "glf.h"
   5
   6 struct __bmc_aux_t;
   7
   8 typedef struct {
   9         float het_rate, theta;
  10         int n_hap, cap_mapQ;
  11
  12         float eta, q_r;
  13         double *fk, *coef;
  14         double *lhet;
  15         struct __bmc_aux_t *aux;
  16 } bam_maqcns_t;
  17
  18 typedef struct {
  19         int q_indel;
  20         float r_indel;
  21         // hidden parameters, unchangeable from command line
  22         int mm_penalty, indel_err, ambi_thres;
  23 } bam_maqindel_opt_t;
  24
  25 typedef struct {
  26         int indel1, indel2;
  27         int cnt1, cnt2, cnt_anti;
  28         int cnt_ref, cnt_ambi;
  29         char *s[2];
  30         //
  31         int gt, gl[2];
  32         int q_cns, q_ref;
  33 } bam_maqindel_ret_t;
  34
  35 #ifdef __cplusplus
  36 extern "C" {
  37 #endif
  38
  39         bam_maqcns_t *bam_maqcns_init();
  40         void bam_maqcns_prepare(bam_maqcns_t *bm);
  41         void bam_maqcns_destroy(bam_maqcns_t *bm);
  42         glf1_t *bam_maqcns_glfgen(int n, const bam_pileup1_t *pl, uint8_t ref_base, bam_maqcns_t *bm);
  43         uint32_t bam_maqcns_call(int n, const bam_pileup1_t *pl, bam_maqcns_t *bm);
  44         // return: cns<<28 | cns2<<24 | mapQ<<16 | cnsQ<<8 | cnsQ2
  45         uint32_t glf2cns(const glf1_t *g, int q_r);
  46
  47         bam_maqindel_opt_t *bam_maqindel_opt_init();
  48         bam_maqindel_ret_t *bam_maqindel(int n, int pos, const bam_maqindel_opt_t *mi, const bam_pileup1_t *pl, const char *ref,
  49                                                                          int _n_types, int *_types);
  50         void bam_maqindel_ret_destroy(bam_maqindel_ret_t*);
  51
  52 #ifdef __cplusplus
  53 }
  54 #endif
  55
  56 #endif