bam_maqcns.h

   1 #ifndef BAM_MAQCNS_H
   2 #define BAM_MAQCNS_H
   3
   4 #include "glf.h"
   5
   6 struct __bmc_aux_t;
   7
   8 typedef struct {
   9         float het_rate, theta;
  10         int n_hap, cap_mapQ, is_soap;
  11
  12         float eta, q_r;
  13         double *fk, *coef;
  14         double *lhet;
  15         struct __bmc_aux_t *aux;
  16 } bam_maqcns_t;
  17
  18 typedef struct {
  19         int q_indel; // indel sequencing error, phred scaled
  20         float r_indel; // indel prior
  21         float r_snp; // snp prior
  22         // hidden parameters, unchangeable from command line
  23         int mm_penalty, indel_err, ambi_thres;
  24 } bam_maqindel_opt_t;
  25
  26 typedef struct {
  27         int indel1, indel2;
  28         int cnt1, cnt2, cnt_anti;
  29         int cnt_ref, cnt_ambi;
  30         char *s[2];
  31         //
  32         int gt, gl[2];
  33         int q_cns, q_ref;
  34 } bam_maqindel_ret_t;
  35
  36 #ifdef __cplusplus
  37 extern "C" {
  38 #endif
  39
  40         bam_maqcns_t *bam_maqcns_init();
  41         void bam_maqcns_prepare(bam_maqcns_t *bm);
  42         void bam_maqcns_destroy(bam_maqcns_t *bm);
  43         glf1_t *bam_maqcns_glfgen(int n, const bam_pileup1_t *pl, uint8_t ref_base, bam_maqcns_t *bm);
  44         uint32_t bam_maqcns_call(int n, const bam_pileup1_t *pl, bam_maqcns_t *bm);
  45         // return: cns<<28 | cns2<<24 | mapQ<<16 | cnsQ<<8 | cnsQ2
  46         uint32_t glf2cns(const glf1_t *g, int q_r);
  47
  48         bam_maqindel_opt_t *bam_maqindel_opt_init();
  49         bam_maqindel_ret_t *bam_maqindel(int n, int pos, const bam_maqindel_opt_t *mi, const bam_pileup1_t *pl, const char *ref,
  50                                                                          int _n_types, int *_types);
  51         void bam_maqindel_ret_destroy(bam_maqindel_ret_t*);
  52
  53 #ifdef __cplusplus
  54 }
  55 #endif
  56
  57 #endif