bam_reheader.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include "bgzf.h"
   4 #include "bam.h"
   5
   6 #define BUF_SIZE 0x10000
   7
   8 int bam_reheader(BGZF *in, const bam_header_t *h, int fd)
   9 {
  10         BGZF *fp;
  11         bam_header_t *old;
  12         int len;
  13         uint8_t *buf;
  14         if (in->open_mode != 'r') return -1;
  15         buf = malloc(BUF_SIZE);
  16         old = bam_header_read(in);
  17         fp = bgzf_fdopen(fd, "w");
  18         bam_header_write(fp, h);
  19         if (in->block_offset < in->block_length) {
  20                 bgzf_write(fp, in->uncompressed_block + in->block_offset, in->block_length - in->block_offset);
  21                 bgzf_flush(fp);
  22         }
  23 #ifdef _USE_KNETFILE
  24         while ((len = knet_read(in->x.fpr, buf, BUF_SIZE)) > 0)
  25 #else
  26         while (!feof(in->file) && (len = fread(buf, 1, BUF_SIZE, in->file)) > 0)
  27 #endif
  28                 fwrite(buf, 1, len, fp->x.fpw);
  29         free(buf);
  30         fp->block_offset = in->block_offset = 0;
  31         bgzf_close(fp);
  32         return 0;
  33 }
  34
  35 int main_reheader(int argc, char *argv[])
  36 {
  37         bam_header_t *h;
  38         BGZF *in;
  39         if (argc != 3) {
  40                 fprintf(stderr, "Usage: samtools reheader <in.header.sam> <in.bam>\n");
  41                 return 1;
  42         }
  43         { // read the header
  44                 tamFile fph = sam_open(argv[1]);
  45                 if (fph == 0) {
  46                         fprintf(stderr, "[%s] fail to read the header from %s.\n", __func__, argv[1]);
  47                         return 1;
  48                 }
  49                 h = sam_header_read(fph);
  50                 sam_close(fph);
  51         }
  52         in = strcmp(argv[2], "-")? bam_open(argv[2], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  53         if (in == 0) {
  54                 fprintf(stderr, "[%s] fail to open file %s.\n", __func__, argv[2]);
  55                 return 1;
  56         }
  57         bam_reheader(in, h, fileno(stdout));
  58         bgzf_close(in);
  59         return 0;
  60 }