bam_sort.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <ctype.h>
   3 #include <assert.h>
   4 #include <stdio.h>
   5 #include <string.h>
   6 #include <unistd.h>
   7 #include "bam.h"
   8 #include "ksort.h"
   9
  10 static int g_is_by_qname = 0;
  11
  12 static inline int strnum_cmp(const char *a, const char *b)
  13 {
  14         char *pa, *pb;
  15         pa = (char*)a; pb = (char*)b;
  16         while (*pa && *pb) {
  17                 if (isdigit(*pa) && isdigit(*pb)) {
  18                         long ai, bi;
  19                         ai = strtol(pa, &pa, 10);
  20                         bi = strtol(pb, &pb, 10);
  21                         if (ai != bi) return ai<bi? -1 : ai>bi? 1 : 0;
  22                 } else {
  23                         if (*pa != *pb) break;
  24                         ++pa; ++pb;
  25                 }
  26         }
  27         if (*pa == *pb)
  28                 return (pa-a) < (pb-b)? -1 : (pa-a) > (pb-b)? 1 : 0;
  29         return *pa<*pb? -1 : *pa>*pb? 1 : 0;
  30 }
  31
  32 #define HEAP_EMPTY 0xffffffffffffffffull
  33
  34 typedef struct {
  35         int i;
  36         uint64_t pos, idx;
  37         bam1_t *b;
  38 } heap1_t;
  39
  40 #define __pos_cmp(a, b) ((a).pos > (b).pos || ((a).pos == (b).pos && ((a).i > (b).i || ((a).i == (b).i && (a).idx > (b).idx))))
  41
  42 static inline int heap_lt(const heap1_t a, const heap1_t b)
  43 {
  44         if (g_is_by_qname) {
  45                 int t;
  46                 if (a.b == 0 || b.b == 0) return a.b == 0? 1 : 0;
  47                 t = strnum_cmp(bam1_qname(a.b), bam1_qname(b.b));
  48                 return (t > 0 || (t == 0 && __pos_cmp(a, b)));
  49         } else return __pos_cmp(a, b);
  50 }
  51
  52 KSORT_INIT(heap, heap1_t, heap_lt)
  53
  54 static void swap_header_text(bam_header_t *h1, bam_header_t *h2)
  55 {
  56         int tempi;
  57         char *temps;
  58         tempi = h1->l_text, h1->l_text = h2->l_text, h2->l_text = tempi;
  59         temps = h1->text, h1->text = h2->text, h2->text = temps;
  60 }
  61
  62 /*!
  63   @abstract    Merge multiple sorted BAM.
  64   @param  is_by_qname whether to sort by query name
  65   @param  out  output BAM file name
  66   @param  headers  name of SAM file from which to copy '@' header lines,
  67                    or NULL to copy them from the first file to be merged
  68   @param  n    number of files to be merged
  69   @param  fn   names of files to be merged
  70
  71   @discussion Padding information may NOT correctly maintained. This
  72   function is NOT thread safe.
  73  */
  74 void bam_merge_core(int by_qname, const char *out, const char *headers, int n, char * const *fn, int add_RG)
  75 {
  76         bamFile fpout, *fp;
  77         heap1_t *heap;
  78         bam_header_t *hout = 0;
  79         bam_header_t *hheaders = NULL;
  80         int i, j, *RG_len = 0;
  81         uint64_t idx = 0;
  82         char **RG = 0;
  83
  84         if (headers) {
  85                 tamFile fpheaders = sam_open(headers);
  86                 if (fpheaders == 0) {
  87                         fprintf(stderr, "[bam_merge_core] Cannot open file `%s'. Continue anyway.\n", headers);
  88                 } else {
  89                         hheaders = sam_header_read(fpheaders);
  90                         sam_close(fpheaders);
  91                 }
  92         }
  93
  94         g_is_by_qname = by_qname;
  95         fp = (bamFile*)calloc(n, sizeof(bamFile));
  96         heap = (heap1_t*)calloc(n, sizeof(heap1_t));
  97         // prepare RG tag
  98         if (add_RG) {
  99                 RG = (char**)calloc(n, sizeof(void*));
 100                 RG_len = (int*)calloc(n, sizeof(int));
 101                 for (i = 0; i != n; ++i) {
 102                         int l = strlen(fn[i]);
 103                         const char *s = fn[i];
 104                         if (l > 4 && strcmp(s + l - 4, ".bam") == 0) l -= 4;
 105                         for (j = l - 1; j >= 0; --j) if (s[j] == '/') break;
 106                         ++j; l -= j;
 107                         RG[i] = calloc(l + 1, 1);
 108                         RG_len[i] = l;
 109                         strncpy(RG[i], s + j, l);
 110                 }
 111         }
 112         // read the first
 113         for (i = 0; i != n; ++i) {
 114                 heap1_t *h;
 115                 bam_header_t *hin;
 116                 fp[i] = bam_open(fn[i], "r");
 117                 if (fp[i] == 0) {
 118                         int j;
 119                         fprintf(stderr, "[bam_merge_core] fail to open file %s\n", fn[i]);
 120                         for (j = 0; j < i; ++j) bam_close(fp[j]);
 121                         free(fp); free(heap);
 122                         // FIXME: possible memory leak
 123                         return;
 124                 }
 125                 hin = bam_header_read(fp[i]);
 126                 if (i == 0) { // the first SAM
 127                         hout = hin;
 128                         if (hheaders) {
 129                                 // If the text headers to be swapped in include any @SQ headers,
 130                                 // check that they are consistent with the existing binary list
 131                                 // of reference information.
 132                                 if (hheaders->n_targets > 0) {
 133                                         if (hout->n_targets != hheaders->n_targets)
 134                                                 fprintf(stderr, "[bam_merge_core] number of @SQ headers in `%s' differs from number of target sequences", headers);
 135                                         for (j = 0; j < hout->n_targets; ++j)
 136                                                 if (strcmp(hout->target_name[j], hheaders->target_name[j]) != 0)
 137                                                         fprintf(stderr, "[bam_merge_core] @SQ header '%s' in '%s' differs from target sequence", hheaders->target_name[j], headers);
 138                                 }
 139                                 swap_header_text(hout, hheaders);
 140                                 bam_header_destroy(hheaders);
 141                                 hheaders = NULL;
 142                         }
 143                 } else { // validate multiple baf
 144                         if (hout->n_targets != hin->n_targets) {
 145                                 fprintf(stderr, "[bam_merge_core] file '%s' has different number of target sequences. Abort!\n", fn[i]);
 146                                 exit(1);
 147                         }
 148                         for (j = 0; j < hout->n_targets; ++j) {
 149                                 if (strcmp(hout->target_name[j], hin->target_name[j])) {
 150                                         fprintf(stderr, "[bam_merge_core] different target sequence name: '%s' != '%s' in file '%s'. Abort!\n",
 151                                                         hout->target_name[j], hin->target_name[j], fn[i]);
 152                                         exit(1);
 153                                 }
 154                         }
 155                         bam_header_destroy(hin);
 156                 }
 157                 h = heap + i;
 158                 h->i = i;
 159                 h->b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
 160                 if (bam_read1(fp[i], h->b) >= 0) {
 161                         h->pos = ((uint64_t)h->b->core.tid<<32) | (uint32_t)h->b->core.pos<<1 | bam1_strand(h->b);
 162                         h->idx = idx++;
 163                 }
 164                 else h->pos = HEAP_EMPTY;
 165         }
 166         fpout = strcmp(out, "-")? bam_open(out, "w") : bam_dopen(fileno(stdout), "w");
 167         assert(fpout);
 168         bam_header_write(fpout, hout);
 169         bam_header_destroy(hout);
 170
 171         ks_heapmake(heap, n, heap);
 172         while (heap->pos != HEAP_EMPTY) {
 173                 bam1_t *b = heap->b;
 174                 if (add_RG && bam_aux_get(b, "RG") == 0)
 175                         bam_aux_append(b, "RG", 'Z', RG_len[heap->i] + 1, (uint8_t*)RG[heap->i]);
 176                 bam_write1_core(fpout, &b->core, b->data_len, b->data);
 177                 if ((j = bam_read1(fp[heap->i], b)) >= 0) {
 178                         heap->pos = ((uint64_t)b->core.tid<<32) | (uint32_t)b->core.pos<<1 | bam1_strand(b);
 179                         heap->idx = idx++;
 180                 } else if (j == -1) {
 181                         heap->pos = HEAP_EMPTY;
 182                         free(heap->b->data); free(heap->b);
 183                         heap->b = 0;
 184                 } else fprintf(stderr, "[bam_merge_core] '%s' is truncated. Continue anyway.\n", fn[heap->i]);
 185                 ks_heapadjust(heap, 0, n, heap);
 186         }
 187
 188         if (add_RG) {
 189                 for (i = 0; i != n; ++i) free(RG[i]);
 190                 free(RG); free(RG_len);
 191         }
 192         for (i = 0; i != n; ++i) bam_close(fp[i]);
 193         bam_close(fpout);
 194         free(fp); free(heap);
 195 }
 196 int bam_merge(int argc, char *argv[])
 197 {
 198         int c, is_by_qname = 0, add_RG = 0;
 199         char *fn_headers = NULL;
 200
 201         while ((c = getopt(argc, argv, "h:nr")) >= 0) {
 202                 switch (c) {
 203                 case 'r': add_RG = 1; break;
 204                 case 'h': fn_headers = strdup(optarg); break;
 205                 case 'n': is_by_qname = 1; break;
 206                 }
 207         }
 208         if (optind + 2 >= argc) {
 209                 fprintf(stderr, "\n");
 210                 fprintf(stderr, "Usage:   samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam> [...]\n\n");
 211                 fprintf(stderr, "Options: -n       sort by read names\n");
 212                 fprintf(stderr, "         -r       attach RG tag (inferred from file names)\n");
 213                 fprintf(stderr, "         -h FILE  copy the header in FILE to <out.bam> [in1.bam]\n\n");
 214                 fprintf(stderr, "Note: Samtools' merge does not reconstruct the @RG dictionary in the header. Users\n");
 215                 fprintf(stderr, "      must provide the correct header with -h, or uses Picard which properly maintains\n");
 216                 fprintf(stderr, "      the header dictionary in merging.\n\n");
 217                 return 1;
 218         }
 219         bam_merge_core(is_by_qname, argv[optind], fn_headers, argc - optind - 1, argv + optind + 1, add_RG);
 220         free(fn_headers);
 221         return 0;
 222 }
 223
 224 typedef bam1_t *bam1_p;
 225
 226 static inline int bam1_lt(const bam1_p a, const bam1_p b)
 227 {
 228         if (g_is_by_qname) {
 229                 int t = strnum_cmp(bam1_qname(a), bam1_qname(b));
 230                 return (t < 0 || (t == 0 && (((uint64_t)a->core.tid<<32|a->core.pos) < ((uint64_t)b->core.tid<<32|b->core.pos))));
 231         } else return (((uint64_t)a->core.tid<<32|a->core.pos) < ((uint64_t)b->core.tid<<32|b->core.pos));
 232 }
 233 KSORT_INIT(sort, bam1_p, bam1_lt)
 234
 235 static void sort_blocks(int n, int k, bam1_p *buf, const char *prefix, const bam_header_t *h, int is_stdout)
 236 {
 237         char *name;
 238         int i;
 239         bamFile fp;
 240         ks_mergesort(sort, k, buf, 0);
 241         name = (char*)calloc(strlen(prefix) + 20, 1);
 242         if (n >= 0) sprintf(name, "%s.%.4d.bam", prefix, n);
 243         else sprintf(name, "%s.bam", prefix);
 244         fp = is_stdout? bam_dopen(fileno(stdout), "w") : bam_open(name, "w");
 245         if (fp == 0) {
 246                 fprintf(stderr, "[sort_blocks] fail to create file %s.\n", name);
 247                 free(name);
 248                 // FIXME: possible memory leak
 249                 return;
 250         }
 251         free(name);
 252         bam_header_write(fp, h);
 253         for (i = 0; i < k; ++i)
 254                 bam_write1_core(fp, &buf[i]->core, buf[i]->data_len, buf[i]->data);
 255         bam_close(fp);
 256 }
 257
 258 /*!
 259   @abstract Sort an unsorted BAM file based on the chromosome order
 260   and the leftmost position of an alignment
 261
 262   @param  is_by_qname whether to sort by query name
 263   @param  fn       name of the file to be sorted
 264   @param  prefix   prefix of the output and the temporary files; upon
 265                            sucessess, prefix.bam will be written.
 266   @param  max_mem  approxiate maximum memory (very inaccurate)
 267
 268   @discussion It may create multiple temporary subalignment files
 269   and then merge them by calling bam_merge_core(). This function is
 270   NOT thread safe.
 271  */
 272 void bam_sort_core_ext(int is_by_qname, const char *fn, const char *prefix, size_t max_mem, int is_stdout)
 273 {
 274         int n, ret, k, i;
 275         size_t mem;
 276         bam_header_t *header;
 277         bamFile fp;
 278         bam1_t *b, **buf;
 279
 280         g_is_by_qname = is_by_qname;
 281         n = k = 0; mem = 0;
 282         fp = strcmp(fn, "-")? bam_open(fn, "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
 283         if (fp == 0) {
 284                 fprintf(stderr, "[bam_sort_core] fail to open file %s\n", fn);
 285                 return;
 286         }
 287         header = bam_header_read(fp);
 288         buf = (bam1_t**)calloc(max_mem / BAM_CORE_SIZE, sizeof(bam1_t*));
 289         // write sub files
 290         for (;;) {
 291                 if (buf[k] == 0) buf[k] = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
 292                 b = buf[k];
 293                 if ((ret = bam_read1(fp, b)) < 0) break;
 294                 mem += ret;
 295                 ++k;
 296                 if (mem >= max_mem) {
 297                         sort_blocks(n++, k, buf, prefix, header, is_stdout);
 298                         mem = 0; k = 0;
 299                 }
 300         }
 301         if (ret != -1)
 302                 fprintf(stderr, "[bam_sort_core] truncated file. Continue anyway.\n");
 303         if (n == 0) sort_blocks(-1, k, buf, prefix, header, is_stdout);
 304         else { // then merge
 305                 char **fns, *fnout;
 306                 fprintf(stderr, "[bam_sort_core] merging from %d files...\n", n+1);
 307                 sort_blocks(n++, k, buf, prefix, header, is_stdout);
 308                 fnout = (char*)calloc(strlen(prefix) + 20, 1);
 309                 if (is_stdout) sprintf(fnout, "-");
 310                 else sprintf(fnout, "%s.bam", prefix);
 311                 fns = (char**)calloc(n, sizeof(char*));
 312                 for (i = 0; i < n; ++i) {
 313                         fns[i] = (char*)calloc(strlen(prefix) + 20, 1);
 314                         sprintf(fns[i], "%s.%.4d.bam", prefix, i);
 315                 }
 316                 bam_merge_core(is_by_qname, fnout, 0, n, fns, 0);
 317                 free(fnout);
 318                 for (i = 0; i < n; ++i) {
 319                         unlink(fns[i]);
 320                         free(fns[i]);
 321                 }
 322                 free(fns);
 323         }
 324         for (k = 0; k < max_mem / BAM_CORE_SIZE; ++k) {
 325                 if (buf[k]) {
 326                         free(buf[k]->data);
 327                         free(buf[k]);
 328                 }
 329         }
 330         free(buf);
 331         bam_header_destroy(header);
 332         bam_close(fp);
 333 }
 334
 335 void bam_sort_core(int is_by_qname, const char *fn, const char *prefix, size_t max_mem)
 336 {
 337         bam_sort_core_ext(is_by_qname, fn, prefix, max_mem, 0);
 338 }
 339
 340 int bam_sort(int argc, char *argv[])
 341 {
 342         size_t max_mem = 500000000;
 343         int c, is_by_qname = 0, is_stdout = 0;
 344         while ((c = getopt(argc, argv, "nom:")) >= 0) {
 345                 switch (c) {
 346                 case 'o': is_stdout = 1; break;
 347                 case 'n': is_by_qname = 1; break;
 348                 case 'm': max_mem = atol(optarg); break;
 349                 }
 350         }
 351         if (optind + 2 > argc) {
 352                 fprintf(stderr, "Usage: samtools sort [-on] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix>\n");
 353                 return 1;
 354         }
 355         bam_sort_core_ext(is_by_qname, argv[optind], argv[optind+1], max_mem, is_stdout);
 356         return 0;
 357 }