bamtk.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <unistd.h>
   3 #include <assert.h>
   4 #include <fcntl.h>
   5 #include "bam.h"
   6
   7 #ifdef _USE_KNETFILE
   8 #include "knetfile.h"
   9 #endif
  10
  11 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
  12 int bam_pileup(int argc, char *argv[]);
  13 int bam_mpileup(int argc, char *argv[]);
  14 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
  15 int bam_index(int argc, char *argv[]);
  16 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
  17 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
  18 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
  19 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
  20 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
  21 int bam_fillmd(int argc, char *argv[]);
  22 int bam_idxstats(int argc, char *argv[]);
  23 int main_samview(int argc, char *argv[]);
  24 int main_import(int argc, char *argv[]);
  25 int main_reheader(int argc, char *argv[]);
  26 int main_cut_target(int argc, char *argv[]);
  27 int main_phase(int argc, char *argv[]);
  28
  29 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
  30 int glf3_view_main(int argc, char *argv[]);
  31
  32 int bam_tagview(int argc, char *argv[])
  33 {
  34         bamFile fp;
  35         bam_header_t *header;
  36         bam1_t *b;
  37         char tag[2];
  38         int ret;
  39         if (argc < 3) {
  40                 fprintf(stderr, "Usage: samtools tagview <in.bam> <tag>\n");
  41                 return 1;
  42         }
  43         fp = strcmp(argv[1], "-")? bam_open(argv[1], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  44         assert(fp);
  45         header = bam_header_read(fp);
  46         if (header == 0) {
  47                 fprintf(stderr, "[bam_view] fail to read the BAM header. Abort!\n");
  48                 return 1;
  49         }
  50         tag[0] = argv[2][0]; tag[1] = argv[2][1];
  51         b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
  52         while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0) {
  53                 uint8_t *d = bam_aux_get(b, tag);
  54                 if (d) {
  55                         printf("%s\t%d\t", bam1_qname(b), b->core.flag);
  56                         if (d[0] == 'Z' || d[0] == 'H') printf("%s\n", bam_aux2Z(d));
  57                         else if (d[0] == 'f') printf("%f\n", bam_aux2f(d));
  58                         else if (d[0] == 'd') printf("%lf\n", bam_aux2d(d));
  59                         else if (d[0] == 'A') printf("%c\n", bam_aux2A(d));
  60                         else if (d[0] == 'c' || d[0] == 's' || d[0] == 'i') printf("%d\n", bam_aux2i(d));
  61                         else if (d[0] == 'C' || d[0] == 'S' || d[0] == 'I') printf("%u\n", bam_aux2i(d));
  62                         else printf("\n");
  63                 }
  64         }
  65         if (ret < -1) fprintf(stderr, "[bam_view] truncated file? Continue anyway. (%d)\n", ret);
  66         free(b->data); free(b);
  67         bam_header_destroy(header);
  68         bam_close(fp);
  69         return 0;
  70 }
  71
  72 static int usage()
  73 {
  74         fprintf(stderr, "\n");
  75         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
  76         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", BAM_VERSION);
  77         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
  78         fprintf(stderr, "Command: view        SAM<->BAM conversion\n");
  79         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
  80         fprintf(stderr, "         pileup      generate pileup output\n");
  81         fprintf(stderr, "         mpileup     multi-way pileup\n");
  82         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
  83 #if _CURSES_LIB != 0
  84         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
  85 #endif
  86         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
  87         fprintf(stderr, "         idxstats    BAM index stats (r595 or later)\n");
  88         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
  89         fprintf(stderr, "         glfview     print GLFv3 file\n");
  90         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
  91         fprintf(stderr, "         calmd       recalculate MD/NM tags and '=' bases\n");
  92         fprintf(stderr, "         merge       merge sorted alignments\n");
  93         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
  94         fprintf(stderr, "         reheader    replace BAM header\n");
  95         fprintf(stderr, "         targetcut   cut fosmid regions (for fosmid pool only)\n");
  96         fprintf(stderr, "         phase       phase heterozygotes\n");
  97         fprintf(stderr, "\n");
  98 #ifdef _WIN32
  99         fprintf(stderr, "\
 100 Note: The Windows version of SAMtools is mainly designed for read-only\n\
 101       operations, such as viewing the alignments and generating the pileup.\n\
 102       Binary files generated by the Windows version may be buggy.\n\n");
 103 #endif
 104         return 1;
 105 }
 106
 107 int main(int argc, char *argv[])
 108 {
 109 #ifdef _WIN32
 110         setmode(fileno(stdout), O_BINARY);
 111         setmode(fileno(stdin),  O_BINARY);
 112 #ifdef _USE_KNETFILE
 113         knet_win32_init();
 114 #endif
 115 #endif
 116         if (argc < 2) return usage();
 117         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return main_samview(argc-1, argv+1);
 118         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return main_import(argc-1, argv+1);
 119         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) return bam_pileup(argc-1, argv+1);
 120         else if (strcmp(argv[1], "mpileup") == 0) return bam_mpileup(argc-1, argv+1);
 121         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
 122         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
 123         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
 124         else if (strcmp(argv[1], "idxstats") == 0) return bam_idxstats(argc-1, argv+1);
 125         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
 126         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
 127         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
 128         else if (strcmp(argv[1], "glfview") == 0) return glf3_view_main(argc-1, argv+1);
 129         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
 130         else if (strcmp(argv[1], "tagview") == 0) return bam_tagview(argc-1, argv+1);
 131         else if (strcmp(argv[1], "calmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
 132         else if (strcmp(argv[1], "fillmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
 133         else if (strcmp(argv[1], "reheader") == 0) return main_reheader(argc-1, argv+1);
 134         else if (strcmp(argv[1], "targetcut") == 0) return main_cut_target(argc-1, argv+1);
 135         else if (strcmp(argv[1], "phase") == 0) return main_phase(argc-1, argv+1);
 136 #if _CURSES_LIB != 0
 137         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
 138 #endif
 139         else {
 140                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
 141                 return 1;
 142         }
 143         return 0;
 144 }