bamtk.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <unistd.h>
   3 #include <assert.h>
   4 #include "bam.h"
   5
   6 #ifndef PACKAGE_VERSION
   7 #define PACKAGE_VERSION "0.1.5c (r385)"
   8 #endif
   9
  10 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
  11 int bam_pileup(int argc, char *argv[]);
  12 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
  13 int bam_index(int argc, char *argv[]);
  14 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
  15 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
  16 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
  17 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
  18 int bam_rmdupse(int argc, char *argv[]);
  19 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
  20 int bam_fillmd(int argc, char *argv[]);
  21
  22 int main_samview(int argc, char *argv[]);
  23 int main_import(int argc, char *argv[]);
  24
  25 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
  26 int glf3_view_main(int argc, char *argv[]);
  27
  28 int bam_tagview(int argc, char *argv[])
  29 {
  30         bamFile fp;
  31         bam_header_t *header;
  32         bam1_t *b;
  33         char tag[2];
  34         int ret;
  35         if (argc < 3) {
  36                 fprintf(stderr, "Usage: samtools tagview <in.bam> <tag>\n");
  37                 return 1;
  38         }
  39         fp = strcmp(argv[1], "-")? bam_open(argv[1], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  40         assert(fp);
  41         header = bam_header_read(fp);
  42         if (header == 0) {
  43                 fprintf(stderr, "[bam_view] fail to read the BAM header. Abort!\n");
  44                 return 1;
  45         }
  46         tag[0] = argv[2][0]; tag[1] = argv[2][1];
  47         b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
  48         while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0) {
  49                 uint8_t *d = bam_aux_get(b, tag);
  50                 if (d) {
  51                         printf("%s\t%d\t", bam1_qname(b), b->core.flag);
  52                         if (d[0] == 'Z' || d[0] == 'H') printf("%s\n", bam_aux2Z(d));
  53                         else if (d[0] == 'f') printf("%f\n", bam_aux2f(d));
  54                         else if (d[0] == 'd') printf("%lf\n", bam_aux2d(d));
  55                         else if (d[0] == 'A') printf("%c\n", bam_aux2A(d));
  56                         else if (d[0] == 'c' || d[0] == 's' || d[0] == 'i') printf("%d\n", bam_aux2i(d));
  57                         else if (d[0] == 'C' || d[0] == 'S' || d[0] == 'I') printf("%u\n", bam_aux2i(d));
  58                         else printf("\n");
  59                 }
  60         }
  61         if (ret < -1) fprintf(stderr, "[bam_view] truncated file? Continue anyway. (%d)\n", ret);
  62         free(b->data); free(b);
  63         bam_header_destroy(header);
  64         bam_close(fp);
  65         return 0;
  66 }
  67
  68 static int usage()
  69 {
  70         fprintf(stderr, "\n");
  71         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
  72         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", PACKAGE_VERSION);
  73         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
  74         fprintf(stderr, "Command: import      import from SAM (obsolete; use `view')\n");
  75         fprintf(stderr, "         view        export to the text format\n");
  76         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
  77         fprintf(stderr, "         merge       merge multiple sorted alignment files\n");
  78         fprintf(stderr, "         pileup      generate pileup output\n");
  79         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
  80 #ifndef _NO_CURSES
  81         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
  82 #endif
  83         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
  84         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
  85         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
  86         fprintf(stderr, "         glfview     print GLFv3 file\n");
  87         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
  88         fprintf(stderr, "         fillmd      fill the MD tag and change identical base to =\n");
  89         fprintf(stderr, "\n");
  90         return 1;
  91 }
  92
  93 int main(int argc, char *argv[])
  94 {
  95         if (argc < 2) return usage();
  96         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return main_samview(argc-1, argv+1);
  97         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return main_import(argc-1, argv+1);
  98         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) return bam_pileup(argc-1, argv+1);
  99         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
 100         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
 101         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
 102         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
 103         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
 104         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
 105         else if (strcmp(argv[1], "rmdupse") == 0) return bam_rmdupse(argc-1, argv+1);
 106         else if (strcmp(argv[1], "glfview") == 0) return glf3_view_main(argc-1, argv+1);
 107         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
 108         else if (strcmp(argv[1], "tagview") == 0) return bam_tagview(argc-1, argv+1);
 109         else if (strcmp(argv[1], "fillmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
 110 #ifndef _NO_CURSES
 111         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
 112 #endif
 113         else {
 114                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
 115                 return 1;
 116         }
 117         return 0;
 118 }