Uploading samtools_0.1.17-1_amd64.changes.
[samtools.git] / bamtk.c
1 #include <stdio.h>
2 #include <unistd.h>
3 #include <assert.h>
4 #include <fcntl.h>
5 #include "bam.h"
6
7 #ifdef _USE_KNETFILE
8 #include "knetfile.h"
9 #endif
10
11 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
12 int bam_mpileup(int argc, char *argv[]);
13 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
14 int bam_index(int argc, char *argv[]);
15 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
16 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
17 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
18 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
19 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
20 int bam_fillmd(int argc, char *argv[]);
21 int bam_idxstats(int argc, char *argv[]);
22 int main_samview(int argc, char *argv[]);
23 int main_import(int argc, char *argv[]);
24 int main_reheader(int argc, char *argv[]);
25 int main_cut_target(int argc, char *argv[]);
26 int main_phase(int argc, char *argv[]);
27 int main_cat(int argc, char *argv[]);
28 int main_depth(int argc, char *argv[]);
29 int main_bam2fq(int argc, char *argv[]);
30
31 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
32
33 static int usage()
34 {
35         fprintf(stderr, "\n");
36         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
37         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", BAM_VERSION);
38         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
39         fprintf(stderr, "Command: view        SAM<->BAM conversion\n");
40         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
41         fprintf(stderr, "         mpileup     multi-way pileup\n");
42         fprintf(stderr, "         depth       compute the depth\n");
43         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
44 #if _CURSES_LIB != 0
45         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
46 #endif
47         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
48         fprintf(stderr, "         idxstats    BAM index stats (r595 or later)\n");
49         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
50         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
51         fprintf(stderr, "         calmd       recalculate MD/NM tags and '=' bases\n");
52         fprintf(stderr, "         merge       merge sorted alignments\n");
53         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
54         fprintf(stderr, "         reheader    replace BAM header\n");
55         fprintf(stderr, "         cat         concatenate BAMs\n");
56         fprintf(stderr, "         targetcut   cut fosmid regions (for fosmid pool only)\n");
57         fprintf(stderr, "         phase       phase heterozygotes\n");
58         fprintf(stderr, "\n");
59 #ifdef _WIN32
60         fprintf(stderr, "\
61 Note: The Windows version of SAMtools is mainly designed for read-only\n\
62       operations, such as viewing the alignments and generating the pileup.\n\
63       Binary files generated by the Windows version may be buggy.\n\n");
64 #endif
65         return 1;
66 }
67
68 int main(int argc, char *argv[])
69 {
70 #ifdef _WIN32
71         setmode(fileno(stdout), O_BINARY);
72         setmode(fileno(stdin),  O_BINARY);
73 #ifdef _USE_KNETFILE
74         knet_win32_init();
75 #endif
76 #endif
77         if (argc < 2) return usage();
78         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return main_samview(argc-1, argv+1);
79         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return main_import(argc-1, argv+1);
80         else if (strcmp(argv[1], "mpileup") == 0) return bam_mpileup(argc-1, argv+1);
81         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
82         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
83         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
84         else if (strcmp(argv[1], "idxstats") == 0) return bam_idxstats(argc-1, argv+1);
85         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
86         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
87         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
88         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
89         else if (strcmp(argv[1], "calmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
90         else if (strcmp(argv[1], "fillmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
91         else if (strcmp(argv[1], "reheader") == 0) return main_reheader(argc-1, argv+1);
92         else if (strcmp(argv[1], "cat") == 0) return main_cat(argc-1, argv+1);
93         else if (strcmp(argv[1], "targetcut") == 0) return main_cut_target(argc-1, argv+1);
94         else if (strcmp(argv[1], "phase") == 0) return main_phase(argc-1, argv+1);
95         else if (strcmp(argv[1], "depth") == 0) return main_depth(argc-1, argv+1);
96         else if (strcmp(argv[1], "bam2fq") == 0) return main_bam2fq(argc-1, argv+1);
97         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) {
98                 fprintf(stderr, "[main] The `pileup' command has been removed. Please use `mpileup' instead.\n");
99                 return 1;
100         }
101 #if _CURSES_LIB != 0
102         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
103 #endif
104         else {
105                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
106                 return 1;
107         }
108         return 0;       
109 }