bcftools/bcf2qcall.c

   1 #include <errno.h>
   2 #include <math.h>
   3 #include <string.h>
   4 #include <stdlib.h>
   5 #include "bcf.h"
   6
   7 static int8_t nt4_table[256] = {
   8         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
   9         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  10         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4 /*'-'*/, 4, 4,
  11         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  12         4, 0, 4, 1,  4, 4, 4, 2,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  13         4, 4, 4, 4,  3, 4, 4, 4, -1, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  14         4, 0, 4, 1,  4, 4, 4, 2,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  15         4, 4, 4, 4,  3, 4, 4, 4, -1, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  16         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  17         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  18         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  19         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  20         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  21         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  22         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,
  23         4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4,  4, 4, 4, 4
  24 };
  25
  26 static int read_I16(bcf1_t *b, int anno[16])
  27 {
  28         char *p;
  29         int i;
  30         if ((p = strstr(b->info, "I16=")) == 0) return -1;
  31         p += 4;
  32         for (i = 0; i < 16; ++i) {
  33                 anno[i] = strtol(p, &p, 10);
  34                 if (anno[i] == 0 && (errno == EINVAL || errno == ERANGE)) return -2;
  35                 ++p;
  36         }
  37         return 0;
  38 }
  39
  40 int bcf_2qcall(bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b)
  41 {
  42         int a[4], k, g[10], l, map[4], k1, j, i, i0, anno[16], dp, mq, d_rest;
  43         char *s;
  44         if (b->ref[1] != 0 || b->n_alleles > 4) return -1; // ref is not a single base
  45         for (i = 0; i < b->n_gi; ++i)
  46                 if (b->gi[i].fmt == bcf_str2int("PL", 2)) break;
  47         if (i == b->n_gi) return -1; // no PL
  48         if (read_I16(b, anno) != 0) return -1; // no I16; FIXME: can be improved
  49         d_rest = dp = anno[0] + anno[1] + anno[2] + anno[3];
  50         if (dp == 0) return -1; // depth is zero
  51         mq = (int)(sqrt((double)(anno[9] + anno[11]) / dp) + .499);
  52         i0 = i;
  53         a[0] = nt4_table[(int)b->ref[0]];
  54         if (a[0] > 3) return -1; // ref is not A/C/G/T
  55         a[1] = a[2] = a[3] = -2; // -1 has a special meaning
  56         if (b->alt[0] == 0) return -1; // no alternate allele
  57         map[0] = map[1] = map[2] = map[3] = -2;
  58         map[a[0]] = 0;
  59         for (k = 0, s = b->alt, k1 = -1; k < 3 && *s; ++k, s += 2) {
  60                 if (s[1] != ',' && s[1] != 0) return -1; // ALT is not single base
  61                 a[k+1] = nt4_table[(int)*s];
  62                 if (a[k+1] >= 0) map[a[k+1]] = k+1;
  63                 else k1 = k+1;
  64                 if (s[1] == 0) break;
  65         }
  66         for (k = 0; k < 4; ++k)
  67                 if (map[k] < 0) map[k] = k1;
  68         for (i = 0; i < h->n_smpl; ++i) {
  69                 int d;
  70                 uint8_t *p = b->gi[i0].data + i * b->gi[i0].len;
  71                 for (j = 0; j < b->gi[i0].len; ++j)
  72                         if (p[j]) break;
  73                 d = (int)((double)d_rest / (h->n_smpl - i) + .499);
  74                 if (d == 0) d = 1;
  75                 if (j == b->gi[i0].len) d = 0;
  76                 d_rest -= d;
  77                 for (k = j = 0; k < 4; ++k) {
  78                         for (l = k; l < 4; ++l) {
  79                                 int t, x = map[k], y = map[l];
  80                                 if (x > y) t = x, x = y, y = t; // swap
  81                                 g[j++] = p[y * (y+1) / 2 + x];
  82                         }
  83                 }
  84                 printf("%s\t%d\t%c", h->ns[b->tid], b->pos+1, *b->ref);
  85                 printf("\t%d\t%d\t0", d, mq);
  86                 for (j = 0; j < 10; ++j)
  87                         printf("\t%d", g[j]);
  88                 printf("\t%s\n", h->sns[i]);
  89         }
  90         return 0;
  91 }