bcftools/bcfutils.c

   1 #include "bcf.h"
   2 #include "kstring.h"
   3 #include "khash.h"
   4 KHASH_MAP_INIT_STR(str2id, int)
   5
   6 void *bcf_build_refhash(bcf_hdr_t *h)
   7 {
   8         khash_t(str2id) *hash;
   9         int i, ret;
  10         hash = kh_init(str2id);
  11         for (i = 0; i < h->n_ref; ++i) {
  12                 khint_t k;
  13                 k = kh_put(str2id, hash, h->ns[i], &ret); // FIXME: check ret
  14                 kh_val(hash, k) = i;
  15         }
  16         return hash;
  17 }
  18
  19 void *bcf_str2id_init()
  20 {
  21         return kh_init(str2id);
  22 }
  23
  24 void bcf_str2id_destroy(void *_hash)
  25 {
  26         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  27         if (hash) kh_destroy(str2id, hash); // Note that strings are not freed.
  28 }
  29
  30 int bcf_str2id(void *_hash, const char *str)
  31 {
  32         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  33         khint_t k;
  34         if (!hash) return -1;
  35         k = kh_get(str2id, hash, str);
  36         return k == kh_end(hash)? -1 : kh_val(hash, k);
  37 }
  38
  39 int bcf_str2id_add(void *_hash, const char *str)
  40 {
  41         khint_t k;
  42         int ret;
  43         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  44         if (!hash) return -1;
  45         k = kh_put(str2id, hash, str, &ret);
  46         if (ret == 0) return kh_val(hash, k);
  47         kh_val(hash, k) = kh_size(hash) - 1;
  48         return kh_val(hash, k);
  49 }
  50
  51 int bcf_shrink_alt(bcf1_t *b, int n)
  52 {
  53         char *p;
  54         int i, j, k, *z, n_smpl = b->n_smpl;
  55         if (b->n_alleles <= n) return -1;
  56         if (n > 1) {
  57                 for (p = b->alt, k = 1; *p; ++p)
  58                         if (*p == ',' && ++k == n) break;
  59                 *p = '\0';
  60         } else p = b->alt, *p = '\0';
  61         ++p;
  62         memmove(p, b->flt, b->str + b->l_str - b->flt);
  63         b->l_str -= b->flt - p;
  64         z = alloca(sizeof(int) / 2 * n * (n+1));
  65         for (i = k = 0; i < n; ++i)
  66                 for (j = 0; j < n - i; ++j)
  67                         z[k++] = i * b->n_alleles + j;
  68         for (i = 0; i < b->n_gi; ++i) {
  69                 bcf_ginfo_t *g = b->gi + i;
  70                 if (g->fmt == bcf_str2int("PL", 2)) {
  71                         int l, x = b->n_alleles * (b->n_alleles + 1) / 2;
  72                         uint8_t *d = (uint8_t*)g->data;
  73                         g->len = n * (n + 1) / 2;
  74                         for (l = k = 0; l < n_smpl; ++l) {
  75                                 uint8_t *dl = d + l * x;
  76                                 for (j = 0; j < g->len; ++j) d[k++] = dl[z[j]];
  77                         }
  78                 } // FIXME: to add GL
  79         }
  80         b->n_alleles = n;
  81         bcf_sync(b);
  82         return 0;
  83 }
  84
  85 int bcf_gl2pl(bcf1_t *b)
  86 {
  87         char *p;
  88         int i, n_smpl = b->n_smpl;
  89         bcf_ginfo_t *g;
  90         float *d0;
  91         uint8_t *d1;
  92         if (strstr(b->fmt, "PL")) return -1;
  93         if ((p = strstr(b->fmt, "GL")) == 0) return -1;
  94         *p = 'P';
  95         for (i = 0; i < b->n_gi; ++i)
  96                 if (b->gi[i].fmt == bcf_str2int("GL", 2))
  97                         break;
  98         g = b->gi + i;
  99         g->fmt = bcf_str2int("PL", 2);
 100         g->len /= 4; // 4 == sizeof(float)
 101         d0 = (float*)g->data; d1 = (uint8_t*)g->data;
 102         for (i = 0; i < n_smpl * g->len; ++i) {
 103                 int x = (int)(-10. * d0[i] + .499);
 104                 if (x > 255) x = 255;
 105                 if (x < 0) x = 0;
 106                 d1[i] = x;
 107         }
 108         return 0;
 109 }