bcftools/main.c

   1 #include <string.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include <sys/stat.h>
   4 #include "bcf.h"
   5
   6 int bcfview(int argc, char *argv[]);
   7 int bcf_main_index(int argc, char *argv[]);
   8 int bcf_main_pwld(int argc, char *argv[]);
   9
  10 #define BUF_SIZE 0x10000
  11
  12 int bcf_cat(int n, char * const *fn)
  13 {
  14         int i;
  15         bcf_t *out;
  16         uint8_t *buf;
  17         buf = malloc(BUF_SIZE);
  18         out = bcf_open("-", "w");
  19         for (i = 0; i < n; ++i) {
  20                 bcf_t *in;
  21                 bcf_hdr_t *h;
  22                 off_t end;
  23                 struct stat s;
  24                 in = bcf_open(fn[i], "r");
  25                 h = bcf_hdr_read(in);
  26                 if (i == 0) bcf_hdr_write(out, h);
  27                 bcf_hdr_destroy(h);
  28 #ifdef _USE_KNETFILE
  29                 fstat(knet_fileno(in->fp->x.fpr), &s);
  30                 end = s.st_size - 28;
  31                 while (knet_tell(in->fp->x.fpr) < end) {
  32                         int size = knet_tell(in->fp->x.fpr) + BUF_SIZE < end? BUF_SIZE : end - knet_tell(in->fp->x.fpr);
  33                         knet_read(in->fp->x.fpr, buf, size);
  34                         fwrite(buf, 1, size, out->fp->x.fpw);
  35                 }
  36 #else
  37                 abort(); // FIXME: not implemented
  38 #endif
  39                 bcf_close(in);
  40         }
  41         bcf_close(out);
  42         free(buf);
  43         return 0;
  44 }
  45
  46 int main(int argc, char *argv[])
  47 {
  48         if (argc == 1) {
  49                 fprintf(stderr, "\n");
  50                 fprintf(stderr, "Usage:   bcftools <command> <arguments>\n\n");
  51                 fprintf(stderr, "Command: view      print, extract, convert and call SNPs from BCF\n");
  52                 fprintf(stderr, "         index     index BCF\n");
  53                 fprintf(stderr, "         cat       concatenate BCFs\n");
  54                 fprintf(stderr, "         ld        compute all-pair r^2\n");
  55                 fprintf(stderr, "\n");
  56                 return 1;
  57         }
  58         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return bcfview(argc-1, argv+1);
  59         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bcf_main_index(argc-1, argv+1);
  60         else if (strcmp(argv[1], "ld") == 0) return bcf_main_pwld(argc-1, argv+1);
  61         else if (strcmp(argv[1], "cat") == 0) return bcf_cat(argc-2, argv+2); // cat is different ...
  62         else {
  63                 fprintf(stderr, "[main] Unrecognized command.\n");
  64                 return 1;
  65         }
  66         return 0;
  67 }