bcftools/main.c

   1 #include <string.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include <sys/stat.h>
   4 #include "bcf.h"
   5
   6 int bcfview(int argc, char *argv[]);
   7 int bcf_main_index(int argc, char *argv[]);
   8
   9 #define BUF_SIZE 0x10000
  10
  11 int bcf_cat(int n, char * const *fn)
  12 {
  13         int i;
  14         bcf_t *out;
  15         uint8_t *buf;
  16         buf = malloc(BUF_SIZE);
  17         out = bcf_open("-", "w");
  18         for (i = 0; i < n; ++i) {
  19                 bcf_t *in;
  20                 bcf_hdr_t *h;
  21                 off_t end;
  22                 struct stat s;
  23                 in = bcf_open(fn[i], "r");
  24                 h = bcf_hdr_read(in);
  25                 if (i == 0) bcf_hdr_write(out, h);
  26                 bcf_hdr_destroy(h);
  27 #ifdef _USE_KNETFILE
  28                 fstat(knet_fileno(in->fp->x.fpr), &s);
  29                 end = s.st_size - 28;
  30                 while (knet_tell(in->fp->x.fpr) < end) {
  31                         int size = knet_tell(in->fp->x.fpr) + BUF_SIZE < end? BUF_SIZE : end - knet_tell(in->fp->x.fpr);
  32                         knet_read(in->fp->x.fpr, buf, size);
  33                         fwrite(buf, 1, size, out->fp->x.fpw);
  34                 }
  35 #else
  36                 abort(); // FIXME: not implemented
  37 #endif
  38                 bcf_close(in);
  39         }
  40         bcf_close(out);
  41         free(buf);
  42         return 0;
  43 }
  44
  45 int main(int argc, char *argv[])
  46 {
  47         if (argc == 1) {
  48                 fprintf(stderr, "\n");
  49                 fprintf(stderr, "Usage:   bcftools <command> <arguments>\n\n");
  50                 fprintf(stderr, "Command: view      print, extract, convert and call SNPs from BCF\n");
  51                 fprintf(stderr, "         index     index BCF\n");
  52                 fprintf(stderr, "         cat       concatenate BCFs\n");
  53                 fprintf(stderr, "\n");
  54                 return 1;
  55         }
  56         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return bcfview(argc-1, argv+1);
  57         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bcf_main_index(argc-1, argv+1);
  58         else if (strcmp(argv[1], "cat") == 0) return bcf_cat(argc-2, argv+2);
  59         else {
  60                 fprintf(stderr, "[main] Unrecognized command.\n");
  61                 return 1;
  62         }
  63         return 0;
  64 }