bcftools/prob1.h

   1 #ifndef BCF_PROB1_H
   2 #define BCF_PROB1_H
   3
   4 #include "bcf.h"
   5
   6 struct __bcf_p1aux_t;
   7 typedef struct __bcf_p1aux_t bcf_p1aux_t;
   8
   9 typedef struct {
  10         int rank0;
  11         double f_em, f_exp, f_flat, p_ref;
  12         double cil, cih;
  13         double pc[4];
  14         double g[3];
  15 } bcf_p1rst_t;
  16
  17 #define MC_PTYPE_FULL  1
  18 #define MC_PTYPE_COND2 2
  19 #define MC_PTYPE_FLAT  3
  20
  21 #ifdef __cplusplus
  22 extern "C" {
  23 #endif
  24
  25         bcf_p1aux_t *bcf_p1_init(int n);
  26         void bcf_p1_init_prior(bcf_p1aux_t *ma, int type, double theta);
  27         void bcf_p1_init_subprior(bcf_p1aux_t *ma, int type, double theta);
  28         void bcf_p1_destroy(bcf_p1aux_t *ma);
  29         int bcf_p1_cal(bcf1_t *b, bcf_p1aux_t *ma, bcf_p1rst_t *rst);
  30         int bcf_p1_call_gt(const bcf_p1aux_t *ma, double f0, int k);
  31         void bcf_p1_dump_afs(bcf_p1aux_t *ma);
  32         int bcf_p1_read_prior(bcf_p1aux_t *ma, const char *fn);
  33         long double bcf_p1_cal_g3(bcf_p1aux_t *p1a, double g[3]);
  34         int bcf_p1_set_n1(bcf_p1aux_t *b, int n1);
  35
  36 #ifdef __cplusplus
  37 }
  38 #endif
  39
  40 #endif