bgzf.h

   1 /* The MIT License
   2
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   4
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  21    THE SOFTWARE.
  22 */
  23
  24 #ifndef __BGZF_H
  25 #define __BGZF_H
  26
  27 #include <stdint.h>
  28 #include <stdio.h>
  29 #include <stdbool.h>
  30 #include <zlib.h>
  31 #ifdef _USE_KNETFILE
  32 #include "knetfile.h"
  33 #endif
  34
  35 //typedef int8_t bool;
  36
  37 typedef struct {
  38     int file_descriptor;
  39     char open_mode;  // 'r' or 'w'
  40     bool owned_file, is_uncompressed;
  41 #ifdef _USE_KNETFILE
  42         union {
  43                 knetFile *fpr;
  44                 FILE *fpw;
  45         } x;
  46 #else
  47     FILE* file;
  48 #endif
  49     int uncompressed_block_size;
  50     int compressed_block_size;
  51     void* uncompressed_block;
  52     void* compressed_block;
  53     int64_t block_address;
  54     int block_length;
  55     int block_offset;
  56         int cache_size;
  57     const char* error;
  58         void *cache; // a pointer to a hash table
  59 } BGZF;
  60
  61 #ifdef __cplusplus
  62 extern "C" {
  63 #endif
  64
  65 /*
  66  * Open an existing file descriptor for reading or writing.
  67  * Mode must be either "r" or "w".
  68  * A subsequent bgzf_close will not close the file descriptor.
  69  * Returns null on error.
  70  */
  71 BGZF* bgzf_fdopen(int fd, const char* __restrict mode);
  72
  73 /*
  74  * Open the specified file for reading or writing.
  75  * Mode must be either "r" or "w".
  76  * Returns null on error.
  77  */
  78 BGZF* bgzf_open(const char* path, const char* __restrict mode);
  79
  80 /*
  81  * Close the BGZ file and free all associated resources.
  82  * Does not close the underlying file descriptor if created with bgzf_fdopen.
  83  * Returns zero on success, -1 on error.
  84  */
  85 int bgzf_close(BGZF* fp);
  86
  87 /*
  88  * Read up to length bytes from the file storing into data.
  89  * Returns the number of bytes actually read.
  90  * Returns zero on end of file.
  91  * Returns -1 on error.
  92  */
  93 int bgzf_read(BGZF* fp, void* data, int length);
  94
  95 /*
  96  * Write length bytes from data to the file.
  97  * Returns the number of bytes written.
  98  * Returns -1 on error.
  99  */
 100 int bgzf_write(BGZF* fp, const void* data, int length);
 101
 102 /*
 103  * Return a virtual file pointer to the current location in the file.
 104  * No interpetation of the value should be made, other than a subsequent
 105  * call to bgzf_seek can be used to position the file at the same point.
 106  * Return value is non-negative on success.
 107  * Returns -1 on error.
 108  */
 109 int64_t bgzf_tell(BGZF* fp);
 110
 111 /*
 112  * Set the file to read from the location specified by pos, which must
 113  * be a value previously returned by bgzf_tell for this file (but not
 114  * necessarily one returned by this file handle).
 115  * The where argument must be SEEK_SET.
 116  * Seeking on a file opened for write is not supported.
 117  * Returns zero on success, -1 on error.
 118  */
 119 int64_t bgzf_seek(BGZF* fp, int64_t pos, int where);
 120
 121 /*
 122  * Set the cache size. Zero to disable. By default, caching is
 123  * disabled. The recommended cache size for frequent random access is
 124  * about 8M bytes.
 125  */
 126 void bgzf_set_cache_size(BGZF *fp, int cache_size);
 127
 128 int bgzf_check_EOF(BGZF *fp);
 129
 130 #ifdef __cplusplus
 131 }
 132 #endif
 133
 134 #endif