bgzf.h

   1 /* The MIT License
   2
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   4
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  21    THE SOFTWARE.
  22 */
  23
  24 #ifndef __BGZF_H
  25 #define __BGZF_H
  26
  27 #include <stdint.h>
  28 #include <stdio.h>
  29 #include <zlib.h>
  30 #ifdef _USE_KNETFILE
  31 #include "knetfile.h"
  32 #endif
  33
  34 //typedef int8_t bool;
  35
  36 typedef struct {
  37     int file_descriptor;
  38     char open_mode;  // 'r' or 'w'
  39     int16_t owned_file, compress_level;
  40 #ifdef _USE_KNETFILE
  41         union {
  42                 knetFile *fpr;
  43                 FILE *fpw;
  44         } x;
  45 #else
  46     FILE* file;
  47 #endif
  48     int uncompressed_block_size;
  49     int compressed_block_size;
  50     void* uncompressed_block;
  51     void* compressed_block;
  52     int64_t block_address;
  53     int block_length;
  54     int block_offset;
  55         int cache_size;
  56     const char* error;
  57         void *cache; // a pointer to a hash table
  58 } BGZF;
  59
  60 #ifdef __cplusplus
  61 extern "C" {
  62 #endif
  63
  64 /*
  65  * Open an existing file descriptor for reading or writing.
  66  * Mode must be either "r" or "w".
  67  * A subsequent bgzf_close will not close the file descriptor.
  68  * Returns null on error.
  69  */
  70 BGZF* bgzf_fdopen(int fd, const char* __restrict mode);
  71
  72 /*
  73  * Open the specified file for reading or writing.
  74  * Mode must be either "r" or "w".
  75  * Returns null on error.
  76  */
  77 BGZF* bgzf_open(const char* path, const char* __restrict mode);
  78
  79 /*
  80  * Close the BGZ file and free all associated resources.
  81  * Does not close the underlying file descriptor if created with bgzf_fdopen.
  82  * Returns zero on success, -1 on error.
  83  */
  84 int bgzf_close(BGZF* fp);
  85
  86 /*
  87  * Read up to length bytes from the file storing into data.
  88  * Returns the number of bytes actually read.
  89  * Returns zero on end of file.
  90  * Returns -1 on error.
  91  */
  92 int bgzf_read(BGZF* fp, void* data, int length);
  93
  94 /*
  95  * Write length bytes from data to the file.
  96  * Returns the number of bytes written.
  97  * Returns -1 on error.
  98  */
  99 int bgzf_write(BGZF* fp, const void* data, int length);
 100
 101 /*
 102  * Return a virtual file pointer to the current location in the file.
 103  * No interpetation of the value should be made, other than a subsequent
 104  * call to bgzf_seek can be used to position the file at the same point.
 105  * Return value is non-negative on success.
 106  * Returns -1 on error.
 107  */
 108 #define bgzf_tell(fp) ((fp->block_address << 16) | (fp->block_offset & 0xFFFF))
 109
 110 /*
 111  * Set the file to read from the location specified by pos, which must
 112  * be a value previously returned by bgzf_tell for this file (but not
 113  * necessarily one returned by this file handle).
 114  * The where argument must be SEEK_SET.
 115  * Seeking on a file opened for write is not supported.
 116  * Returns zero on success, -1 on error.
 117  */
 118 int64_t bgzf_seek(BGZF* fp, int64_t pos, int where);
 119
 120 /*
 121  * Set the cache size. Zero to disable. By default, caching is
 122  * disabled. The recommended cache size for frequent random access is
 123  * about 8M bytes.
 124  */
 125 void bgzf_set_cache_size(BGZF *fp, int cache_size);
 126
 127 int bgzf_check_EOF(BGZF *fp);
 128 int bgzf_read_block(BGZF* fp);
 129 int bgzf_flush(BGZF* fp);
 130 int bgzf_flush_try(BGZF *fp, int size);
 131
 132 #ifdef __cplusplus
 133 }
 134 #endif
 135
 136 static inline int bgzf_getc(BGZF *fp)
 137 {
 138         int c;
 139         if (fp->block_offset >= fp->block_length) {
 140                 if (bgzf_read_block(fp) != 0) return -2; /* error */
 141                 if (fp->block_length == 0) return -1; /* end-of-file */
 142         }
 143         c = ((unsigned char*)fp->uncompressed_block)[fp->block_offset++];
 144     if (fp->block_offset == fp->block_length) {
 145 #ifdef _USE_KNETFILE
 146         fp->block_address = knet_tell(fp->x.fpr);
 147 #else
 148         fp->block_address = ftello(fp->file);
 149 #endif
 150         fp->block_offset = 0;
 151         fp->block_length = 0;
 152     }
 153         return c;
 154 }
 155
 156 #endif