Imported Debian patch 0.1.6~dfsg-1
[samtools.git] / debian / control
1 Source: samtools
2 Section: science
3 Priority: optional
4 Maintainer: Debian-Med Packaging Team <>
5 DM-Upload-Allowed: yes
6 Uploaders: Charles Plessy <>
7 Build-Depends: debhelper (>= 7), cdbs, libncurses5-dev, zlib1g-dev
8 Standards-Version: 3.8.3
9 Homepage:
10 Vcs-Browser:
11 Vcs-Svn: svn://
13 Package: samtools
14 Architecture: any
15 Depends: ${shlibs:Depends}, ${misc:Depends}
16 Description: processing sequence alignments in SAM and BAM formats
17  Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments
18  in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM
19  (Sequence Alignment/Map) format, does sorting, merging and indexing, and allows
20  to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream,
21  and is able to open a BAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.
23 Package: libbam-dev
24 Architecture: any
25 Section: libdevel
26 Depends: ${shlibs:Depends}, ${misc:Depends}
27 Description: manipulates nucleotide sequence alignments in BAM or SAM format 
28  The BAM library provides I/O and various operations on manipulating nucleotide
29  sequence alignments in the BAM (Binary Alignment/Mapping) or SAM (Sequence
30  Alignment/Map) format. It now supports importing from or exporting to SAM,
31  sorting, merging, generating pileup, and quickly retrieval of reads overlapped
32  with a specified region.