debian/patches/no-pileup-tests.patch

   1 --- a/examples/Makefile
   2 +++ b/examples/Makefile
   3 @@ -1,5 +1,5 @@
   4  all:../libbam.a ../samtools ../bcftools/bcftools \
   5 -       ex1.glf ex1.pileup.gz ex1.bam.bai ex1f-rmduppe.bam ex1f-rmdupse.bam ex1.glfview.gz ex1.bcf calDepth
   6 +       ex1.bam.bai ex1f-rmduppe.bam ex1f-rmdupse.bam ex1.bcf calDepth
   7                 @echo; echo \# You can now launch the viewer with: \'samtools tview ex1.bam ex1.fa\'; echo;
   8
   9  ex1.fa.fai:ex1.fa
  10 @@ -8,12 +8,6 @@
  11                 ../samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
  12  ex1.bam.bai:ex1.bam
  13                 ../samtools index ex1.bam
  14 -ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  15 -               ../samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  16 -ex1.glf:ex1.bam ex1.fa
  17 -               ../samtools pileup -gf ex1.fa ex1.bam > ex1.glf
  18 -ex1.glfview.gz:ex1.glf
  19 -               ../samtools glfview ex1.glf | gzip > ex1.glfview.gz
  20  ex1a.bam:ex1.bam
  21                 ../samtools view -h ex1.bam | awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{if(/^@/)print;else{$$1=$$1"a";print}}' | ../samtools view -bS - > $@
  22  ex1b.bam:ex1.bam