debian/patches/no-pileup-tests.patch

   1 Description: disable samtools pileup commands in the example tests.
   2  ‘samtools pileup’ has been dropped in version 0.1.17.
   3 Forwarded: samtools-devel@lists.sourceforge.net
   4 Origin: vendor
   5
   6 --- a/examples/Makefile
   7 +++ b/examples/Makefile
   8 @@ -1,5 +1,5 @@
   9  all:../libbam.a ../samtools ../bcftools/bcftools \
  10 -       ex1.glf ex1.pileup.gz ex1.bam.bai ex1f-rmduppe.bam ex1f-rmdupse.bam ex1.glfview.gz ex1.bcf calDepth
  11 +       ex1.bam.bai ex1f-rmduppe.bam ex1f-rmdupse.bam ex1.bcf calDepth
  12                 @echo; echo \# You can now launch the viewer with: \'samtools tview ex1.bam ex1.fa\'; echo;
  13
  14  ex1.fa.fai:ex1.fa
  15 @@ -8,12 +8,6 @@
  16                 ../samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
  17  ex1.bam.bai:ex1.bam
  18                 ../samtools index ex1.bam
  19 -ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  20 -               ../samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  21 -ex1.glf:ex1.bam ex1.fa
  22 -               ../samtools pileup -gf ex1.fa ex1.bam > ex1.glf
  23 -ex1.glfview.gz:ex1.glf
  24 -               ../samtools glfview ex1.glf | gzip > ex1.glfview.gz
  25  ex1a.bam:ex1.bam
  26                 ../samtools view -h ex1.bam | awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{if(/^@/)print;else{$$1=$$1"a";print}}' | ../samtools view -bS - > $@
  27  ex1b.bam:ex1.bam