errmod.h

   1 #ifndef ERRMOD_H
   2 #define ERRMOD_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5
   6 struct __errmod_coef_t;
   7
   8 typedef struct {
   9         double depcorr;
  10         struct __errmod_coef_t *coef;
  11 } errmod_t;
  12
  13 errmod_t *errmod_init(float depcorr);
  14 void errmod_destroy(errmod_t *em);
  15
  16 /*
  17         n: number of bases
  18         m: maximum base
  19         bases[i]: qual:6, strand:1, base:4
  20         q[i*m+j]: phred-scaled likelihood of (i,j)
  21  */
  22 int errmod_cal(const errmod_t *em, int n, int m, uint16_t *bases, float *q);
  23
  24 #endif