Compress binary packages with xz.
[samtools.git] / errmod.h
1 #ifndef ERRMOD_H
2 #define ERRMOD_H
3
4 #include <stdint.h>
5
6 struct __errmod_coef_t;
7
8 typedef struct {
9         double depcorr;
10         struct __errmod_coef_t *coef;
11 } errmod_t;
12
13 errmod_t *errmod_init(float depcorr);
14 void errmod_destroy(errmod_t *em);
15
16 /*
17         n: number of bases
18         m: maximum base
19         bases[i]: qual:6, strand:1, base:4
20         q[i*m+j]: phred-scaled likelihood of (i,j)
21  */
22 int errmod_cal(const errmod_t *em, int n, int m, uint16_t *bases, float *q);
23
24 #endif