examples/00README.txt

   1 File ex1.fa contains two sequences cut from the human genome
   2 build36. They were exatracted with command:
   3
   4   samtools faidx human_b36.fa 2:2043966-2045540 20:67967-69550
   5
   6 Sequence names were changed manually for simplicity. File ex1.sam.gz
   7 contains MAQ alignments exatracted with:
   8
   9   (samtools view NA18507_maq.bam 2:2044001-2045500;
  10    samtools view NA18507_maq.bam 20:68001-69500)
  11
  12 and processed with `samtools fixmate' to make it self-consistent as a
  13 standalone alignment.
  14
  15 To try samtools, you may run the following commands:
  16
  17   samtools faidx ex1.fa                 # index the reference FASTA
  18   samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam   # SAM->BAM
  19   samtools index ex1.bam                # index BAM
  20   samtools tview ex1.bam ex1.fa         # view alignment
  21   samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam    # pileup and consensus
  22   samtools pileup -cf ex1.fa -t ex1.fa.fai ex1.sam.gz
  23