examples/Makefile

   1 all:../libbam.a ../samtools ex1.glf ex1.pileup.gz ex1.bam.bai ex1.glfview.gz calDepth
   2                 @echo; echo \# You can now launch the viewer with: \'samtools tview ex1.bam ex1.fa\'; echo;
   3
   4 ex1.fa.fai:ex1.fa
   5                 ../samtools faidx ex1.fa
   6 ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
   7                 ../samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
   8 ex1.bam.bai:ex1.bam
   9                 ../samtools index ex1.bam
  10 ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  11                 ../samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  12 ex1.glf:ex1.bam ex1.fa
  13                 ../samtools pileup -gf ex1.fa ex1.bam > ex1.glf
  14 ex1.glfview.gz:ex1.glf
  15                 ../samtools glfview ex1.glf | gzip > ex1.glfview.gz
  16
  17 ../samtools:
  18                 (cd ..; make samtools)
  19
  20 ../libbam.a:
  21                 (cd ..; make libbam.a)
  22
  23 calDepth:../libbam.a calDepth.c
  24                 gcc -g -Wall -O2 -I.. calDepth.c -o $@ -lm -lz -L.. -lbam
  25
  26 clean:
  27                 rm -fr *.bam *.bai *.glf* *.fai *.pileup* *~ calDepth *.dSYM